help/html/io/index.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Input/Output</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Input</strong></p>\r
   5 <p>Jalview can read alignment files in any of the following standard formats:</p>\r
   6 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>\r
   7 <p>The EBI has <a href="http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html">examples</a> of\r
   8   these file formats.</p>\r
   9 <p>Additionally, annotated whole sets of alignments and trees can be\r
  10 read from a Jalview\r
  11 (jar) format file using <strong>Desktop&#8594;Load Project</strong>. </p>\r
  12 <p>Use the <strong>Desktop&#8594;Input Alignment</strong> menu to read in files from:</p>\r
  13 <ul>\r
  14   <li><strong>From File</strong>: the local file system</li>\r
  15   <li><strong>From URL</strong>: the web (please use the full url)</li>\r
  16   <li><strong>from Textbox</strong>: a copy and paste into the\r
  17   &quot;Cut &amp; Paste&quot; text window</li>\r
  18 </ul>\r
  19 <p>Jalview will try to recognise the file type automatically (using\r
  20 some special <a href="fileformats.html">features</a>). If a\r
  21 file is of an unknown format or there is any other error reading the\r
  22 alignment file then you will be given an error message. If you think\r
  23 Jalview really should be able to read your file, then send an email\r
  24 containing the problem file to jalview@jalview.org.\r
  25 </p>\r
  26 <p><strong>Output</strong> </p>\r
  27 <p>Each alignment, whether it is the original or an edited version may be saved\r
  28   in the standard formats using <strong>File&#8594;Save As</strong></p>\r
  29 <p><em>Fasta (Pearson), GCG-MSF, ALN/ClustalW, AMPS Block file, NBRF/PIR, Pfam/Stockholm</em></p>\r
  30 <p>You can also save the current set of alignments and their colours, annotations and\r
  31 trees in a Jalview archive file using <strong>Desktop&#8594;Save project</strong>. </p>\r
  32 <p>&nbsp;</p>\r
  33 <p><strong>Export<a name="export"></a></strong></p>\r
  34 <p>The alignment view can be printed using\r
  35 <strong>File&#8594;Print</strong>, or exported in a number of ways via the\r
  36 <strong>File&#8594;Export</strong> menu:\r
  37 <ul>\r
  38 <li>HTML<br><em>for viewing in a web browser</em>\r
  39 </li>\r
  40 <li>PNG - a Portable Networks Graphics image<br><em>For low quality\r
  41 diagrams and powerpoint presentations</em>\r
  42 </li>\r
  43 <li>EPS - an Encapsulated Postscript Document<br><em>For high quality\r
  44 diagrams and publications.</em>\r
  45 </li></ul>\r
  46   \r
  47 <p><em>Tips for working with EPS Files</em></p><ul><li>The EPS file generated by jalview contains vector\r
  48   graphics which are directly editable in graphics applications such as\r
  49   Adobe Illustrator.</li>\r
  50 <li>When importing an EPS into to a Microsoft office document, a snapshot image of the\r
  51   file will be displayed which often looks blurred. Right-click the\r
  52   image and choose &quot;Edit image.&quot; to convert it to word\r
  53   drawing objects which give a truer WYSIWIG representation.\r
  54   </li>\r
  55   <li>\r
  56   Mac OSX users will find that eps files are automatically converted into\r
  57   PDF files. \r
  58   </li>\r
  59 </p>\r
  60 </body>\r
  61 </html>\r