help/html/io/modellerpir.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Modeller PIR Format IO</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Modeller PIR Format IO</strong></p>
  41 <p>The homology modelling program, <a
  42 href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a special form
  43 of the PIR format where information about sequence numbering and chain
  44 codes are written into the 'description' line between the PIR protein
  45 tag and the protein alignment entry:</p>
  46 <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  47 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  48 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  49 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  50 ---------------------*
  51 &gt;P1;PDB|1FER|_
  52 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  53 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  54 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  55 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  56 </pre>
  57 <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  58 Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  59 numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  60 information is always stored in the sequence description string - so
  61 no information is lost if this parsing process fails.</p>
  62 <p>The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a href="../features/preferences.html">Preferences dialog
  63 box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
  64 files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
  65 information in the description string of an alignment is appended to
  66 an automatically generated modeller description line for that
  67 sequence.</p>
  68 <p>The general format used for generating the Modeller/PIR sequence
  69 description line is shown below :
  70 <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  71 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  72   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  73   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em></pre>
  74 The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  75 presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  76 PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  77 already existed when the sequence was imported into Jalview.
  78 </body>
  79 </html>