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   1 <html>
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  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Modeller PIR Format IO</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Modeller PIR Format IO</strong></p>
  25 <p>The homology modelling program, <a
  26 href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a special form
  27 of the PIR format where information about sequence numbering and chain
  28 codes are written into the 'description' line between the PIR protein
  29 tag and the protein alignment entry:</p>
  30 <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
  31 sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
  32 ----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
  33 EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
  34 ---------------------*
  35 &gt;P1;PDB|1FER|_
  36 structureX:1FER:1:.:105:.:.
  37 ----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
  38 EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
  39 KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
  40 </pre>
  41 <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
  42 Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
  43 numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
  44 information is always stored in the sequence description string - so
  45 no information is lost if this parsing process fails.</p>
  46 <p>The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a href="../features/preferences.html">Preferences dialog
  47 box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
  48 files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
  49 information in the description string of an alignment is appended to
  50 an automatically generated modeller description line for that
  51 sequence.</p>
  52 <p>The general format used for generating the Modeller/PIR sequence
  53 description line is shown below :
  54 <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
  55 <em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
  56   available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
  57   residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em></pre>
  58 The first field is either sequence or structureX, depending upon the
  59 presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
  60 PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
  61 already existed when the sequence was imported into Jalview.
  62 </body>
  63 </html>