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19 -->
20 <head>
21 <title>T-COFFEE Annotation Scores</title>
22 </head>
23 <body>
24 <p><strong>Loading and viewing T-COFFEE Annotation Scores</strong></p>
25 <p>T-COFFEE score files like the <a href="#tcoffeeeg">one below</a> can be displayed on the alignment using the <strong><em>Colours&rarr;T-COFFEE Scores</em></strong>
26 or <strong><em>Colour &rarr; <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by Annotation</a></em></strong> options.</p>
27 <img src="../colourSchemes/colbytcoffee.png"/>
28 <p><strong><a name="tcoffeeeg">Example T-COFFEE Score file</a></strong><br/>
29 T-COFFEE score files like the one below can be dropped directly onto the corresponding alignment to visualize alignment confidence scores.
30 </p>
31 <pre>
32 T-COFFEE, Version_9.02.r1228 (2012-02-16 18:15:12 - Revision 1228 - Build 336)
33 Cedric Notredame 
34 CPU TIME:0 sec.
35 SCORE=90
36 *
37  BAD AVG GOOD
38 *
39 1PHT   :  89
40 1BB9   :  90
41 1UHC   :  94
42 1YCS   :  94
43 1OOT   :  93
44 1ABO   :  94
45 1FYN   :  94
46 1QCF   :  94
47 cons   :  90
48
49 1PHT   999999999999999999999999998762112222543211112134
50 1BB9   99999999999999999999999999987-------4322----2234
51 1UHC   99999999999999999999999999987-------5321----2246
52 1YCS   99999999999999999999999999986-------4321----1-35
53 1OOT   999999999999999999999999999861-------3------1135
54 1ABO   99999999999999999999999999986-------422-------34
55 1FYN   99999999999999999999999999985-------32--------35
56 1QCF   99999999999999999999999999974-------2---------24
57 cons   999999999999999999999999999851000110321100001134
58
59
60 1PHT   ----------5666642367889999999999889
61 1BB9   1111111111676653-355679999999999889
62 1UHC   ----------788774--66789999999999889
63 1YCS   ----------78777--356789999999999889
64 1OOT   ----------78877--356789999999997-67
65 1ABO   ----------687774--56779999999999889
66 1FYN   ----------6888842356789999999999889
67 1QCF   ----------6878742356789999999999889
68 cons   00100000006877641356789999999999889
69 </pre>
70
71 </body>
72 </html>