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   1 <html>
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  19 -->
  20 <head>
  21 <title>T-COFFEE Annotation Scores</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Loading and viewing T-COFFEE Annotation Scores</strong></p>
  25 <p>T-COFFEE score files like the <a href="#tcoffeeeg">one below</a> can be displayed on the alignment using the <strong><em>Colours&rarr;T-COFFEE Scores</em></strong>
  26 or <strong><em>Colour &rarr; <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Colour by Annotation</a></em></strong> options.</p>
  27 <img src="../colourSchemes/colbytcoffee.png"/>
  28 <p><strong><a name="tcoffeeeg">Example T-COFFEE Score file</a></strong><br/>
  29 T-COFFEE score files like the one below can be dropped directly onto the corresponding alignment to visualize alignment confidence scores.
  30 </p>
  31 <pre>
  32 T-COFFEE, Version_9.02.r1228 (2012-02-16 18:15:12 - Revision 1228 - Build 336)
  33 Cedric Notredame
  34 CPU TIME:0 sec.
  35 SCORE=90
  36 *
  37  BAD AVG GOOD
  38 *
  39 1PHT   :  89
  40 1BB9   :  90
  41 1UHC   :  94
  42 1YCS   :  94
  43 1OOT   :  93
  44 1ABO   :  94
  45 1FYN   :  94
  46 1QCF   :  94
  47 cons   :  90
  48
  49 1PHT   999999999999999999999999998762112222543211112134
  50 1BB9   99999999999999999999999999987-------4322----2234
  51 1UHC   99999999999999999999999999987-------5321----2246
  52 1YCS   99999999999999999999999999986-------4321----1-35
  53 1OOT   999999999999999999999999999861-------3------1135
  54 1ABO   99999999999999999999999999986-------422-------34
  55 1FYN   99999999999999999999999999985-------32--------35
  56 1QCF   99999999999999999999999999974-------2---------24
  57 cons   999999999999999999999999999851000110321100001134
  58
  59
  60 1PHT   ----------5666642367889999999999889
  61 1BB9   1111111111676653-355679999999999889
  62 1UHC   ----------788774--66789999999999889
  63 1YCS   ----------78777--356789999999999889
  64 1OOT   ----------78877--356789999999997-67
  65 1ABO   ----------687774--56779999999999889
  66 1FYN   ----------6888842356789999999999889
  67 1QCF   ----------6878742356789999999999889
  68 cons   00100000006877641356789999999999889
  69 </pre>
  70
  71 </body>
  72 </html>