patch name, reference and URL for Multi-Harmony : JAL-724
[jalview.git] / help / html / jalviewjnlp.html
1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  * 
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18 -->
19 <head>
20 <title>Jalview local Jnlp File</title>
21 </head>
22 <body>
23 <h1>Jalview local Jnlp File</h1>
24 <pre>
25 &lt;jnlp spec="1.0+" codebase="http://www.jalview.org/webstart/"&gt;
26   &lt;information&gt;
27     &lt;title&gt;Jalview&lt;/title&gt;
28     &lt;vendor&gt;The Barton Group&lt;/vendor&gt;
29     &lt;homepage href="http://www.jalview.org"/&gt;
30     &lt;description&gt;Jalview Multiple Alignment Editor&lt;/description&gt;
31     &lt;description kind="short"&gt;Jalview&lt;/description&gt;
32     &lt;icon href="http://www.jalview.org/webstart/logo_big.gif" kind="default"/&gt;
33     &lt;association extensions="fa" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
34     &lt;association extensions="fasta" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
35     &lt;association extensions="fastq" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
36     &lt;association extensions="blc" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
37     &lt;association extensions="msf" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
38     &lt;association extensions="pfam" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
39     &lt;association extensions="aln" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
40     &lt;association extensions="pir" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
41     &lt;association extensions="stk" mime-type="application-x/ext-file"/&gt;
42     &lt;offline-allowed/&gt;
43   &lt;/information&gt;
44   &lt;security&gt;
45     &lt;all-permissions/&gt;
46   &lt;/security&gt;
47   &lt;resources&gt;
48   &lt;!-- <em>the additional memory parameters are here</em> --&gt;
49   &lt;j2se version="1.5+" initial-heap-size="500M" max-heap-size="1000M"/&gt;
50                 &lt;jar href="jalview.jar"/&gt;
51                 &lt;jar href="JGoogleAnalytics-0.2.1-SNAPSHOT.jar"/&gt;
52                 &lt;jar href="Jmol-12.1.13.jar"/&gt;
53                 &lt;jar href="activation.jar"/&gt;
54                 &lt;jar href="axis.jar"/&gt;
55                 &lt;jar href="castor-1.1-cycle-xml.jar"/&gt;
56                 &lt;jar href="commons-discovery.jar"/&gt;
57                 &lt;jar href="commons-logging.jar"/&gt;
58                 &lt;jar href="jaxrpc.jar"/&gt;
59                 &lt;jar href="jhall.jar"/&gt;
60                 &lt;jar href="log4j-1.2.8.jar"/&gt;
61                 &lt;jar href="mail.jar"/&gt;
62                 &lt;jar href="min-jaba-client.jar"/&gt;
63                 &lt;jar href="regex.jar"/&gt;
64                 &lt;jar href="saaj.jar"/&gt;
65                 &lt;jar href="vamsas-client.jar"/&gt;
66                 &lt;jar href="wsdl4j.jar"/&gt;
67                 &lt;jar href="xercesImpl.jar"/&gt;
68                 &lt;jar href="xml-apis.jar"/&gt;
69                 &lt;property name="jalview.version" value="2.6.1"/&gt;
70   &lt;/resources&gt;
71   &lt;application-desc main-class="jalview.bin.Jalview"/&gt;
72 &lt;/jnlp&gt;
73 </pre>
74 <address><a
75         href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">If
76 you have problems, send an email to jalview-discuss</a></address>
77 </body>
78 </html>