Merge: 497958b 68dcaa7
[jalview.git] / help / html / keys.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head><title>Key Strokes</title></head>
23 <body>
24 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
25 <p>
26 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
27  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
28  provide short cuts to common commands. In <a
29  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
30  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
31  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
32  and editing operations.
33 </p>
34 <table border="1">
35   <tr> 
36     <td><strong>Key</strong></td>
37     <td><strong>Which Mode</strong></td>
38     <td><strong>Action</strong></td>
39   </tr>
40   <!--<tr>
41 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
42 <td>The Panic button.</td></tr>
43 <tr> -->
44   <tr> 
45     <td><strong> Escape</strong></td>
46     <td>Normal</td>
47     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted 
48       residues. </td>
49   </tr>
50   <tr> 
51     <td><strong>Escape</strong></td>
52     <td>Cursor</td>
53     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
54   </tr>
55   <tr> 
56     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
57     <td>Both</td>
58     <td>Show Help Documentation</td>
59   </tr>
60   <tr> 
61     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
62     <td></td>
63     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
64   </tr>
65   <tr> 
66     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
67     <td>Both</td>
68     <td>Undoes the last sequence edit</td>
69   </tr>
70   <tr> 
71     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
72     <td>Both</td>
73     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
74   </tr>
75   <tr> 
76     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
77     <td>Normal</td>
78     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
79   </tr>
80   <tr> 
81     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
82     <td>Normal</td>
83     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
84   </tr>
85   <tr> 
86     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
87     <td>Normal </td>
88     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
89   </tr>
90   <tr> 
91     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
92     <td>Normal</td>
93     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
94   </tr>
95   <tr> 
96     <td><strong>Cursor Keys<br>
97       (Arrow Keys)</strong></td>
98     <td>Cursor</td>
99     <td>Move cursor around alignment</td>
100   </tr>
101   <tr> 
102     <td><strong>Page Up</strong></td>
103     <td>Both</td>
104     <td>Scroll up the alignment view</td>
105   </tr>
106   <tr> 
107     <td><strong>Page Down</strong></td>
108     <td>Both</td>
109     <td>Scroll down the alignment view</td>
110   </tr>
111   <tr> 
112     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
113     <td>Both</td>
114     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
115   </tr>
116   <tr> 
117     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
118     <td>Both </td>
119     <td>Invert sequence selection. </td>
120   </tr>
121   <tr> 
122     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
123     <td>Both </td>
124     <td>Invert column selection. </td>
125   </tr>
126   <tr> 
127     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
128     <td>Both</td>
129     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br> 
130       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
131   </tr>
132   <tr> 
133     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
134     <td>Both</td>
135     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window. 
136       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the 
137       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations 
138       will also be copied over.</em></td>
139   </tr>
140   <tr> 
141     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
142     <td>Both</td>
143     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment 
144       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
145   </tr>
146   <tr> 
147     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
148     <td>Both</td>
149     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. 
150       <!-- not yet in this version 
151 This will not happen if only some
152 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
153     </td>
154   </tr>
155   <tr> 
156     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
157     <td>Both</td>
158     <td>Launches the search window</td>
159   </tr>
160   <tr> 
161     <td><strong>H</strong></td>
162     <td>Both</td>
163     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
164   </tr>
165   <tr> 
166     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
167     <td>Both</td>
168     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
169   </tr>
170   <tr> 
171     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
172     <td>Both</td>
173     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
174   </tr>
175   <tr>
176     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
177     <td>Both</td>
178     <td>Hides everything but the current selection</td>
179   </tr>
180   <tr> 
181     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
182     <td>Both</td>
183     <td>Input new alignment from file</td>
184   </tr>
185   <tr> 
186     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
187     <td>Both</td>
188     <td>Save alignment with current filename and format</td>
189   </tr>
190   <tr> 
191     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
192     <td>Both</td>
193     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
194   </tr>
195   <tr> 
196     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
197     <td>Both</td>
198     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
199   </tr>
200   <tr> 
201     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
202     <td>Both</td>
203     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
204   </tr>
205   <tr> 
206     <td><strong>Backspace</strong></td>
207     <td>Normal</td>
208     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
209   </tr>
210   <tr> 
211     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
212     <td>Left</td>
213     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
214   </tr>
215   <tr> 
216     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
217     <td>Both</td>
218     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
219   </tr>
220   <tr> 
221     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
222     <td>Both</td>
223     <td>Remove gapped columns</td>
224   </tr>
225   <tr> 
226     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
227     <td>Both</td>
228     <td>Remove all gaps</td>
229   </tr>
230   <tr> 
231     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
232     <td>Both</td>
233     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
234   </tr>
235   <tr> 
236     <td><strong></strong></td>
237     <td>Normal</td>
238     <td></td>
239   </tr>
240 </table>
241 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
242 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
243 number, and some more complex commands take one or more numeric
244 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
245 <table border=1><tr><td><strong>Compound
246 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
247 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
248 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
249 command.</td></tr>
250 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
251 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
252 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
253 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
254 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
255 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
256 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
257 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
258 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
259 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
260 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
261 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
262 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
263 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
264 <p>&nbsp;</p>
265 <p>&nbsp;</p>
266 </body>
267 </html>