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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  17  *
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>Key Strokes</title></head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
  25 <p>
  26 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  27  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  28  provide short cuts to common commands. In <a
  29  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  30  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  31  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  32  and editing operations.
  33 </p>
  34 <table border="1">
  35   <tr>
  36     <td><strong>Key</strong></td>
  37     <td><strong>Which Mode</strong></td>
  38     <td><strong>Action</strong></td>
  39   </tr>
  40   <!--<tr>
  41 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  42 <td>The Panic button.</td></tr>
  43 <tr> -->
  44   <tr>
  45     <td><strong> Escape</strong></td>
  46     <td>Normal</td>
  47     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted
  48       residues. </td>
  49   </tr>
  50   <tr>
  51     <td><strong>Escape</strong></td>
  52     <td>Cursor</td>
  53     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
  54   </tr>
  55   <tr>
  56     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  57     <td>Both</td>
  58     <td>Show Help Documentation</td>
  59   </tr>
  60   <tr>
  61     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  62     <td></td>
  63     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  64   </tr>
  65   <tr>
  66     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  67     <td>Both</td>
  68     <td>Undoes the last sequence edit</td>
  69   </tr>
  70   <tr>
  71     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  72     <td>Both</td>
  73     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  74   </tr>
  75   <tr>
  76     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  77     <td>Normal</td>
  78     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  79   </tr>
  80   <tr>
  81     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  82     <td>Normal</td>
  83     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  84   </tr>
  85   <tr>
  86     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  87     <td>Normal </td>
  88     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  89   </tr>
  90   <tr>
  91     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
  92     <td>Normal</td>
  93     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
  94   </tr>
  95   <tr>
  96     <td><strong>Cursor Keys<br>
  97       (Arrow Keys)</strong></td>
  98     <td>Cursor</td>
  99     <td>Move cursor around alignment</td>
 100   </tr>
 101   <tr>
 102     <td><strong>Page Up</strong></td>
 103     <td>Both</td>
 104     <td>Scroll up the alignment view</td>
 105   </tr>
 106   <tr>
 107     <td><strong>Page Down</strong></td>
 108     <td>Both</td>
 109     <td>Scroll down the alignment view</td>
 110   </tr>
 111   <tr>
 112     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 113     <td>Both</td>
 114     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 115   </tr>
 116   <tr>
 117     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 118     <td>Both </td>
 119     <td>Invert sequence selection. </td>
 120   </tr>
 121   <tr>
 122     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 123     <td>Both </td>
 124     <td>Invert column selection. </td>
 125   </tr>
 126   <tr>
 127     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 128     <td>Both</td>
 129     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br>
 130       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
 131   </tr>
 132   <tr>
 133     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 134     <td>Both</td>
 135     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window.
 136       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the
 137       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations
 138       will also be copied over.</em></td>
 139   </tr>
 140   <tr>
 141     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 142     <td>Both</td>
 143     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment
 144       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 145   </tr>
 146   <tr>
 147     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 148     <td>Both</td>
 149     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment.
 150       <!-- not yet in this version
 151 This will not happen if only some
 152 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 153     </td>
 154   </tr>
 155   <tr>
 156     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 157     <td>Both</td>
 158     <td>Launches the search window</td>
 159   </tr>
 160   <tr>
 161     <td><strong>H</strong></td>
 162     <td>Both</td>
 163     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 164   </tr>
 165   <tr>
 166     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 167     <td>Both</td>
 168     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 169   </tr>
 170   <tr>
 171     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 172     <td>Both</td>
 173     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 174   </tr>
 175   <tr>
 176     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 177     <td>Both</td>
 178     <td>Hides everything but the current selection</td>
 179   </tr>
 180   <tr>
 181     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 182     <td>Both</td>
 183     <td>Input new alignment from file</td>
 184   </tr>
 185   <tr>
 186     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 187     <td>Both</td>
 188     <td>Save alignment with current filename and format</td>
 189   </tr>
 190   <tr>
 191     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 192     <td>Both</td>
 193     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 194   </tr>
 195   <tr>
 196     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 197     <td>Both</td>
 198     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 199   </tr>
 200   <tr>
 201     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 202     <td>Both</td>
 203     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 204   </tr>
 205   <tr>
 206     <td><strong>Backspace</strong></td>
 207     <td>Normal</td>
 208     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
 209   </tr>
 210   <tr>
 211     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 212     <td>Left</td>
 213     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 214   </tr>
 215   <tr>
 216     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 217     <td>Both</td>
 218     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 219   </tr>
 220   <tr>
 221     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 222     <td>Both</td>
 223     <td>Remove gapped columns</td>
 224   </tr>
 225   <tr>
 226     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 227     <td>Both</td>
 228     <td>Remove all gaps</td>
 229   </tr>
 230   <tr>
 231     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 232     <td>Both</td>
 233     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 234   </tr>
 235   <tr>
 236     <td><strong></strong></td>
 237     <td>Normal</td>
 238     <td></td>
 239   </tr>
 240 </table>
 241 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
 242 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
 243 number, and some more complex commands take one or more numeric
 244 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
 245 <table border=1><tr><td><strong>Compound
 246 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
 247 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
 248 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
 249 command.</td></tr>
 250 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
 251 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
 252 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
 253 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
 254 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
 255 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
 256 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
 257 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
 258 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
 259 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 260 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 261 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
 262 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
 263 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
 264 <p>&nbsp;</p>
 265 <p>&nbsp;</p>
 266 </body>
 267 </html>