help/html/keys.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Key Strokes</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Key Strokes</strong></p>\r
   5 <p>\r
   6 Jalview responds a number of key strokes, and has two distinct modes of\r
   7 keyboard operation. The <em>F2</em> key switches between 'Normal' and\r
   8 <a href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode operation.\r
   9 </p>\r
  10 <table border="1">\r
  11   <tr> \r
  12     <td><strong>Key</strong></td>\r
  13     <td><strong>Which Mode</strong></td>\r
  14     <td><strong>Action</strong></td>\r
  15   </tr>\r
  16   <!--<tr>\r
  17 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>\r
  18 <td>The Panic button.</td></tr>\r
  19 <tr> -->\r
  20   <td><strong> Escape</strong></td>\r
  21   <td>Normal</td>\r
  22   <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted \r
  23     residues. </td>\r
  24   </tr>\r
  25   <tr> \r
  26     <td><strong>Escape</strong></td>\r
  27     <td>Cursor</td>\r
  28     As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td></tr>\r
  29   <tr> \r
  30     <td><strong><em>F1</em></strong></td>\r
  31     <td>Both</td>\r
  32     Show Help Documentation</td></tr>\r
  33   <tr> \r
  34     <td><strong><em>F2</em></strong></td>\r
  35     <td></td>\r
  36     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>\r
  37   </tr>\r
  38   <tr> \r
  39     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>\r
  40     <td>Both</td>\r
  41     <td>Undoes the last sequence edit</td>\r
  42   </tr>\r
  43   <tr> \r
  44     <td><strong>Up Arrow</strong></td>\r
  45     <td>Normal</td>\r
  46     Moves selected sequence(s) up the alignment</td></tr>\r
  47   <tr> \r
  48     <td><strong>Down Arrow</strong></td>\r
  49     <td>Normal</td>\r
  50     Moves selected sequence(s) down the alignment.</td></tr>\r
  51   <tr><strong>Cursor Keys<br>\r
  52     (Arrow Keys)</strong></td>\r
  53     <td>Cursor</td>\r
  54     <td>Move cursor around alignment</td>\r
  55   </tr>\r
  56   <tr> \r
  57     <td><strong>Control 'A'</strong></td>\r
  58     <td>Both</td>\r
  59     <td>Selects all sequences in the alignment</td>\r
  60   </tr>\r
  61   <tr> \r
  62     <td><strong>Control 'C'</strong></td>\r
  63     <td>Both</td>\r
  64     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br> \r
  65       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>\r
  66   </tr>\r
  67   <tr> \r
  68     <td><strong>Control 'V'</strong></td>\r
  69     <td>Both</td>\r
  70     Pastes the contents of the clipboard to a new alignment window. (same as the \r
  71     Alignment Window menu Edit->Paste command)<br>\r
  72     <em>nb. if the paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment \r
  73     annotations will also be copied over.</em></td></tr>\r
  74   <tr> \r
  75     <td><strong>Control 'X'</strong></td>\r
  76     <td>Both</td>\r
  77     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. \r
  78       <!-- not yet in this version \r
  79 This will not happen if only some\r
  80 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->\r
  81     </td>\r
  82   </tr>\r
  83   <tr> \r
  84     <td><strong>Control 'F'</strong></td>\r
  85     <td>Both</td>\r
  86     <td>Launches the search window</td>\r
  87   </tr>\r
  88   <tr> \r
  89     <td><strong>H</strong></td>\r
  90     <td>Both</td>\r
  91     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>\r
  92   </tr>\r
  93   <tr> \r
  94     <td><strong>Control 'H'</strong></td>\r
  95     <td>Both</td>\r
  96     <td>Hides / Reveals selected columns</td>\r
  97   </tr>\r
  98   <tr> \r
  99     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>\r
 100     <td>Both</td>\r
 101     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>\r
 102   </tr>\r
 103 </table>\r
 104 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised\r
 105 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition\r
 106 number, and some more complex commands take one or more numeric\r
 107 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>\r
 108 <table border=1><tr><td><strong>Compound\r
 109 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>\r
 110 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a\r
 111 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit\r
 112 command.</td></tr>\r
 113 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or\r
 114 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>\r
 115 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>\r
 116 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>\r
 117 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>\r
 118 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>\r
 119 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>\r
 120 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>\r
 121 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts\r
 122 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>\r
 123 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes\r
 124 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>\r
 125 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes\r
 126 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>\r
 127 <p>&nbsp;</p>\r
 128 <p>&nbsp;</p>\r
 129 </body>\r
 130 </html>\r