do not commit .settings to .git
[jalview.git] / help / html / keys.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  * 
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18 -->
19 <head><title>Key Strokes</title></head>
20 <body>
21 <p><strong>Key Strokes</strong></p>
22 <p>
23 Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
24  mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
25  provide short cuts to common commands. In <a
26  href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
27  <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
28  Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
29  and editing operations.
30 </p>
31 <table border="1">
32   <tr> 
33     <td><strong>Key</strong></td>
34     <td><strong>Which Mode</strong></td>
35     <td><strong>Action</strong></td>
36   </tr>
37   <!--<tr>
38 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
39 <td>The Panic button.</td></tr>
40 <tr> -->
41   <tr> 
42     <td><strong> Escape</strong></td>
43     <td>Normal</td>
44     <td>Clears the current selection region, highlighted columns and highlghted 
45       residues. </td>
46   </tr>
47   <tr> 
48     <td><strong>Escape</strong></td>
49     <td>Cursor</td>
50     <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered commands</td>
51   </tr>
52   <tr> 
53     <td><strong><em>F1</em></strong></td>
54     <td>Both</td>
55     <td>Show Help Documentation</td>
56   </tr>
57   <tr> 
58     <td><strong><em>F2</em></strong></td>
59     <td></td>
60     <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
61   </tr>
62   <tr> 
63     <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
64     <td>Both</td>
65     <td>Undoes the last sequence edit</td>
66   </tr>
67   <tr> 
68     <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
69     <td>Both</td>
70     <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
71   </tr>
72   <tr> 
73     <td><strong>Up Arrow</strong></td>
74     <td>Normal</td>
75     <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
76   </tr>
77   <tr> 
78     <td><strong>Down Arrow</strong></td>
79     <td>Normal</td>
80     <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
81   </tr>
82   <tr> 
83     <td><strong>Left Arrow</strong></td>
84     <td>Normal </td>
85     <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
86   </tr>
87   <tr> 
88     <td><strong>Right Arrow</strong></td>
89     <td>Normal</td>
90     <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide in cursor mode</td>
91   </tr>
92   <tr> 
93     <td><strong>Cursor Keys<br>
94       (Arrow Keys)</strong></td>
95     <td>Cursor</td>
96     <td>Move cursor around alignment</td>
97   </tr>
98   <tr> 
99     <td><strong>Page Up</strong></td>
100     <td>Both</td>
101     <td>Scroll up the alignment view</td>
102   </tr>
103   <tr> 
104     <td><strong>Page Down</strong></td>
105     <td>Both</td>
106     <td>Scroll down the alignment view</td>
107   </tr>
108   <tr> 
109     <td><strong>Control 'A'</strong></td>
110     <td>Both</td>
111     <td>Selects all sequences in the alignment</td>
112   </tr>
113   <tr> 
114     <td><strong>Control 'I'</strong></td>
115     <td>Both </td>
116     <td>Invert sequence selection. </td>
117   </tr>
118   <tr> 
119     <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
120     <td>Both </td>
121     <td>Invert column selection. </td>
122   </tr>
123   <tr> 
124     <td><strong>Control 'C'</strong></td>
125     <td>Both</td>
126     <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta format file<br> 
127       <em>nb. not available in applet, as no clipboard is available</em></td>
128   </tr>
129   <tr> 
130     <td><strong>Control 'V'</strong></td>
131     <td>Both</td>
132     <td> Paste the contents of the clipboard to the current alignment window. 
133       (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this Alignment)<br> <em>nb. if the 
134       paste is from a Jalview alignment, any sequence and alignment annotations 
135       will also be copied over.</em></td>
136   </tr>
137   <tr> 
138     <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
139     <td>Both</td>
140     <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment window. (Alignment 
141       Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
142   </tr>
143   <tr> 
144     <td><strong>Control 'X'</strong></td>
145     <td>Both</td>
146     <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. 
147       <!-- not yet in this version 
148 This will not happen if only some
149 columns are selected, you should use the <a href="features/regionHiding.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
150     </td>
151   </tr>
152   <tr> 
153     <td><strong>Control 'F'</strong></td>
154     <td>Both</td>
155     <td>Launches the search window</td>
156   </tr>
157   <tr> 
158     <td><strong>H</strong></td>
159     <td>Both</td>
160     <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
161   </tr>
162   <tr> 
163     <td><strong>Control 'H'</strong></td>
164     <td>Both</td>
165     <td>Hides / Reveals selected columns</td>
166   </tr>
167   <tr> 
168     <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
169     <td>Both</td>
170     <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
171   </tr>
172   <tr>
173     <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
174     <td>Both</td>
175     <td>Hides everything but the current selection</td>
176   </tr>
177   <tr> 
178     <td><strong>Control 'O'</strong></td>
179     <td>Both</td>
180     <td>Input new alignment from file</td>
181   </tr>
182   <tr> 
183     <td><strong>Control 'S'</strong></td>
184     <td>Both</td>
185     <td>Save alignment with current filename and format</td>
186   </tr>
187   <tr> 
188     <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
189     <td>Both</td>
190     <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
191   </tr>
192   <tr> 
193     <td><strong>Control 'P'</strong></td>
194     <td>Both</td>
195     <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
196   </tr>
197   <tr> 
198     <td><strong>Control 'W'</strong></td>
199     <td>Both</td>
200     <td>Closes the current view or the current alignment</td>
201   </tr>
202   <tr> 
203     <td><strong>Backspace</strong></td>
204     <td>Normal</td>
205     <td>Delete the currently selected rows or columns from the alignment.</td>
206   </tr>
207   <tr> 
208     <td><strong>Control 'L'</strong></td>
209     <td>Left</td>
210     <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
211   </tr>
212   <tr> 
213     <td><strong>Control 'R'</strong></td>
214     <td>Both</td>
215     <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
216   </tr>
217   <tr> 
218     <td><strong>Control 'E'</strong></td>
219     <td>Both</td>
220     <td>Remove gapped columns</td>
221   </tr>
222   <tr> 
223     <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
224     <td>Both</td>
225     <td>Remove all gaps</td>
226   </tr>
227   <tr> 
228     <td><strong>Control 'D'</strong></td>
229     <td>Both</td>
230     <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
231   </tr>
232   <tr> 
233     <td><strong></strong></td>
234     <td>Normal</td>
235     <td></td>
236   </tr>
237 </table>
238 <p>The compound commands available in the Cursor mode are summarised
239 below. Single letter commands can be prefixed by digits to specify a repetition
240 number, and some more complex commands take one or more numeric
241 parameters (prefixing the command key and separated by commas).</p>
242 <table border=1><tr><td><strong>Compound
243 Command</strong></td><td>Mode</td><td>Action (and parameter description)</td></tr>
244 <tr><td><strong>0-9</strong></td><td>Cursor</td><td>Begin entering a
245 numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>) or repetition number for a cursor movement or edit
246 command.</td></tr>
247 <tr><td><strong>,</strong></td><td>Cursor</td><td>Separates one or
248 more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>) for a command.</td></tr>
249 <tr><td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td><td>Cursor</td><td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>) and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br><em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th column in the 6th sequence.</em></td></tr>
250 <tr><td><strong><em>p</em>S</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in the alignment.</td></tr>
251 <tr><td><strong><em>p</em>P</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in current sequence.</td></tr>
252 <tr><td><strong><em>p</em>C</strong></td><td>Cursor</td><td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the alignment.</td></tr>
253 <tr><td><strong>Q</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the top left corner of the selection area</td></tr>
254 <tr><td><strong>M</strong></td><td>Cursor</td><td>Marks the bottom right corner of the selection area</td></tr>
255 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td><td>Cursor</td><td>Inserts
256 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the current position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
257 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
258 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr>
259 <tr><td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td><td>Cursor</td><td>Removes
260 one (or optionally <strong><em>p</em></strong>) gaps at the cursor position.<br><em>Hold down Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td></tr></table>
261 <p>&nbsp;</p>
262 <p>&nbsp;</p>
263 </body>
264 </html>