JAL-2483 JAL-2481 fixed findAllFeatures to handle null group correctly
[jalview.git] / help / html / menus / alignmentMenu.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Window Menus</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <!-- NOTE: THIS PAGE COLLECTS TOGETHER THE INDIVIDUAL ALIGNMENT WINDOW MENU PAGES - DON"T EDIT INDIVIDUAL ENTRIES HERE!  -->
28   <p>
29     <strong>Alignment Window Menus</strong>
30   </p>
31   <ul>
32     <li><strong>File</strong>
33       <ul>
34         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br> <em>Shows
35             a dialog window in which you can retrieve known ids from
36             UniProt, EMBL, EMBLCDS, PFAM, Rfam, or PDB database using
37             Web Services provided by the European Bioinformatics
38             Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
39               Fetcher</a>
40         </em>.</li>
41         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br> Add
42             sequences to the visible alignment from file, URL, or cut
43             &amp; paste window </em></li>
44         <li><strong>Reload</strong><em><br> Reloads the
45             alignment from the original file, if available.<br> <strong>Warning:
46               This will delete any edits, analyses and colourings
47               applied since the alignment was last saved, and cannot be
48               undone.</strong> </em></li>
49         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
50             Saves the alignment to the file it was loaded from (if
51             available), in the same format, updating the original in
52             place. </em></li>
53         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
54         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection
55             window will open, use the &quot;Files of type:&quot;
56             selection box to determine which <a href="../io/index.html">alignment
57               format</a> to save as.
58         </em></li>
59         <li><strong>Output to Textbox<br>
60         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
61             window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the
62             pull down menu, or your standard operating system copy and
63             paste keys. The output window also has a <strong>&quot;New
64               Window&quot;</strong> button to import the (possibly edited) text
65             as a new alignment.<br> Select the format of the text
66             by selecting one of the following menu items.
67         </em>
68           <ul>
69             <li><strong>FASTA</strong></li>
70             <li><strong>MSF</strong></li>
71             <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
72             <li><strong>BLC</strong></li>
73             <li><strong>PIR</strong></li>
74             <li><strong>PFAM</strong></li>
75             <li><strong>PileUp</strong></li>
76             <li><strong>AMSA</strong></li>
77             <li><strong>STH</strong></li>
78             <li><strong>Phylip</strong></li>
79             <li><strong>JSON</strong></li>
80           </ul></li>
81         <li><strong>Page Setup ...</strong><br> <em>Open
82             the printing system's Page Setup dialog box, to control page
83             size, layout and orientation.</em></li>
84         <li><strong>Print (Control P)<br>
85         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current
86             fonts and colours of your alignment. If the alignment has
87             annotations visible, these will be printed below the
88             alignment. If the alignment is wrapped the number of
89             residues per line of your alignment will depend on the paper
90             width or your alignment window width, whichever is the
91             smaller. </em></li>
92         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
93             Creates an alignment graphic with the current view's
94             annotation, alignment background colours and group colours.
95             If the alignment is <a href="../features/wrap.html">wrapped</a>,
96             the output will also be wrapped and will have the same
97             visible residue width as the open alignment. </em>
98           <ul>
99             <li><strong>HTML<br>
100             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>
101                 from your alignment.
102             </em></li>
103             <li><strong>EPS<br>
104             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
105                   Postscript</a> file from your alignment.
106             </em></li>
107             <li><strong>PNG<br>
108             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
109                   Network Graphics</a> file from your alignment.
110             </em></li>
111             <li><strong>SVG<br>
112             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Scalable
113                   Vector Graphics</a> file from your alignment for embedding
114                 in web pages.
115             </em></li>
116             <li><strong>BioJS<br>
117             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">BioJS MSA
118                   Viewer HTML </a> file from your alignment.
119             </em></li>
120           </ul></li>
121         <li><strong>Export Features</strong><em><br> All
122             features visible on the alignment can be saved to file or
123             displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
124         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
125             All annotations visible on the alignment can be saved to
126             file or displayed in a textbox in Jalview annotations
127             format. </em></li>
128         <li><strong>Load Associated Tree<br>
129         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
130               trees</a> stored in the Newick file format, and associate them
131             with the alignment. Note: the ids of the tree file and your
132             alignment MUST be the same.
133         </em></li>
134         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
135         </strong><em>Load files describing precalculated <a
136             href="../features/featuresFormat.html">sequence
137               features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment
138               annotations</a>.
139         </em></li>
140         <li><strong>Close (Control W)</strong><br> <em>Close
141             the alignment window. Make sure you have saved your
142             alignment before you close - either from the Desktop's <strong>Save
143               Project</strong> File menu option, or by using the <strong>Save
144               As</strong> menu.
145         </em></li>
146       </ul></li>
147     <li><strong>Edit</strong>
148       <ul>
149         <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
150             This will undo any edits you make to the alignment. This
151             applies to insertion or deletion of gaps, cutting residues
152             or sequences from the alignment or pasting sequences to the
153             current alignment or sorting the alignment. <strong>NOTE:</strong>
154             It DOES NOT undo colour changes, adjustments to group sizes,
155             or changes to the annotation panel. </em></li>
156         <li><strong>Redo (Control Y)<br>
157         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
158         <li><strong>Cut (Control X)<br>
159         </strong><em>This will make a copy of the currently selected
160             residues before removing them from your alignment. Click on
161             a sequence name if you wish to select a whole sequence. <br>
162             Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to
163             cut.
164         </em></li>
165         <li><strong>Copy (Control C)</strong><br> <em>Copies
166             the currently selected residues to the system clipboard -
167             you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
168             (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br> If you try to
169             paste the clipboard contents to a text editor, you will see
170             the format of the copied residues FASTA.
171         </em></li>
172         <li><strong>Paste </strong>
173           <ul>
174             <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
175             </strong><em>A new alignment window will be created from
176                 sequences previously copied or cut to the system
177                 clipboard. <br> Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt;
178                 and V(&lt;APPLE&gt; and &lt;SHIFT;&gt; and and V on
179                 MacOSX) to paste.
180             </em></li>
181             <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
182             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can
183                 be added to the current Jalview alignment. </em></li>
184           </ul></li>
185         <li><strong>Delete (Backspace)<br>
186         </strong><em>This will delete the currently selected residues
187             without copying them to the clipboard. Like the other edit
188             operations, this can be undone with <strong>Undo</strong>.
189         </em></li>
190         <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
191         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
192             be trimmed to the left of the leftmost marked column. To
193             mark a column, mouse click the scale bar above the
194             alignment. Click again to unmark a column, or select
195             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
196         <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
197         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will
198             be trimmed to the right of the rightmost marked column. To
199             mark a column, mouse click the scale bar above the
200             alignment. Click again to unmark a column, or select
201             &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
202         <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
203         </strong><em>All columns which only contain gap characters
204             (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted.<br> You
205             may set the default gap character in <a
206             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
207         </em></li>
208         <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
209           <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be
210             deleted from the selected area of the alignment. If no
211             selection is made, ALL the gaps in the alignment will be
212             removed.<br> You may set the default gap character in <a
213             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
214         </em></li>
215         <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
216         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to
217             select a threshold. If the percentage identity between any
218             two sequences (under the current alignment) exceeds this
219             value then one of the sequences (the shorter) is discarded.
220             Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant
221             sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last
222             redundancy deletion.</em></li>
223         <li><strong>Pad Gaps<br>
224         </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal
225             width (so there are no empty columns before or after the
226             first or last aligned residue) and all sequences will be
227             padded with gap characters before and after their
228             terminating residues.<br> This switch is useful when
229             making a tree using unaligned sequences and when working
230             with alignment analysis programs which require 'properly
231             aligned sequences' to be all the same length.<br> You
232             may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
233             href="../features/preferences.html">preferences</a>.
234         </em></li>
235       </ul></li>
236     <li><strong>Select</strong>
237       <ul>
238         <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
239               (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
240             search for residues, sequence name or residue position
241             within the alignment and create new sequence features from
242             the queries. </em>
243         <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
244         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the
245             alignment. <br> Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt;
246             and A on a MacOSX) to select all.
247         </em></em></li>
248         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
249         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from
250             the alignment window. All selected sequences, residues and
251             marked columns will be deselected. </em><em> <br> Use
252             &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
253         </em></li>
254         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
255         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace
256             the current selection. </em></li>
257         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt
258             I)<br>
259         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the
260             current column selection. </em></li>
261         <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
262             a group containing the currently selected sequences.</em></li>
263         <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong>
264           <em>Ungroup the currently selected sequence group.</em></li>
265         <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
266             currently selected groups of the alignment will be
267             subdivided according to the contents of the currently
268             selected region. <br />Use this to subdivide an alignment
269             based on the different combinations of residues at marked
270             columns.
271         </em></li>
272         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
273         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
274             <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
275         </em></li>
276         <li><strong><a
277             href="../features/columnFilterByAnnotation.html">Select/Hide
278               Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select or Hide
279             columns in the alignment according to secondary structure,
280             labels and values shown in alignment annotation rows. </em></li>
281         <li><strong>Select Highlighted Columns</strong> <br /> <em>Selects
282         the columns currently highlighted as a result of a find, mouse
283         over, or selection event from a linked structure viewer or other
284         application. Modifiers will work on some platforms: ALT will add
285         all but the highlighted set to the column selection, and CTRL
286         (or META) will toggle the selection. </em></li>
287       </ul></li>
288     <li><strong>View</strong>
289       <ul>
290         <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
291             Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
292         <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
293             Display each view associated with the alignment in its own
294             alignment window, allowing several views to be displayed
295             simultaneously. </em></li>
296         <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
297             Each view associated with the alignment will be displayed
298             within its own tab on the current alignment window. </em></li>
299         <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
300             Sequences and Columns)</strong><em><br> All hidden Columns
301             / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
302         <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
303             Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
304             Hides the all the currently selected Columns / Sequences /
305             Region or everything but the selected Region.</em></li>
306         <li><strong>Automatic Scrolling<br>
307         </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
308             display the highlighted sequence position corresponding to
309             the position under the mouse pointer in a linked alignment
310             or structure view.</em></li>
311         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
312             or hide sequence features on this alignment.</em></li>
313         <li><strong><a
314             href="../features/featuresettings.html">Sequence
315               Feature Settings...</a> </strong><em><br> <em>Opens the
316               Sequence Feature Settings dialog box to control the colour
317               and display of sequence features on the alignment, and
318               configure and retrieve features from DAS annotation
319               servers.</em></li>
320         <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em>
321             (application only) <br>This submenu's options allow the
322             inclusion or exclusion of non-positional sequence features
323             or database cross references from the tooltip shown when the
324             mouse hovers over the sequence ID panel.
325         </em></li>
326         <li><strong>Alignment Properties...<br />
327         </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
328             current alignment view and any named properties defined on
329             the whole alignment.</em></li>
330         <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
331               Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
332             will be displayed in a small window. A red box will indicate
333             the currently visible area of the alignment. Move the
334             visible region using the mouse. </em></li>
335       </ul></li>
336     <li><strong>Annotations</strong><em> (Since Jalview 2.8.2)</em>
337       <ul>
338         <li><strong>Show Annotations<br>
339         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot;
340             will be displayed below the alignment. The default setting
341             is to display the conservation calculation, quality
342             calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
343         <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
344             Show all annotations that are for the alignment as a whole
345             (for example, Consensus, or secondary structure prediction
346             from alignment).</em></li>
347         <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
348             Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
349         <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
350             Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
351         <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
352             Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
353         <li><em>You can also selectively show or hide
354             annotations from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or
355             <a href="../features/annotation.html">Annotation</a> menus.
356         </em></li>
357         <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
358             sequence-specific annotations by sequence order in the
359             alignment (and within that, by label).</em></li>
360         <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
361             sequence-specific annotations by label (and within that, by
362             sequence order). If neither sort order is selected, no
363             sorting is applied, allowing you to make a manual ordering
364             of the annotations.</em></li>
365         <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
366         </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
367           <ul>
368             <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
369                 autocalculated annotations above sequence-specific
370                 annotations. Note this also applies to other annotations
371                 for the alignment, for example secondary structure
372                 prediction from alignment.</em></li>
373             <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
374                 autocalculated / alignment annotations below
375                 sequence-specific annotations.</em></li>
376             <li><strong>Apply to all groups<br>
377             </strong><em> When ticked, any modification to the current
378                 settings will be applied to all autocalculated
379                 annotation.</em></li>
380             <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
381             </strong><em> Enable or disable the display of the histogram
382                 above the consensus sequence.</em></li>
383             <li><strong>Show Consensus Logo<br>
384             </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus
385                 Logo above the consensus sequence.</em></li>
386             <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
387             </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
388                 height, making it easier to compare symbol diversity in
389                 highly variable regions.</em></li>
390             <li><strong>Group Conservation<br>
391             </strong><em> When ticked, display a conservation row for all
392                 groups (only available for protein alignments).</em></li>
393             <li><strong>Group Consensus<br>
394             </strong><em> When ticked, display a consensus row for all
395                 groups.</em></li>
396           </ul></li>
397       </ul></li>
398     <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
399       <ul>
400         <li><strong>Font...<br>
401         </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order
402             to change the font of the display and enable or disable
403             'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster alignment
404             rendering. </em></li>
405         <li><strong>Wrap<br>
406         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
407             href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to
408             the width of the alignment window. This is useful if your
409             alignment has only a few sequences to view its full width at
410             once.
411         </em><br> Additional options for display of sequence numbering
412           and scales are also visible in wrapped layout mode:<br>
413           <ul>
414             <li><strong>Scale Above</strong><br> <em>
415                 Show the alignment column position scale.</em></li>
416             <li><strong>Scale Left</strong><br> <em> Show
417                 the sequence position for the first aligned residue in
418                 each row in the left column of the alignment.</em></li>
419             <li><strong>Scale Right</strong><br> <em>
420                 Show the sequence position for the last aligned residue
421                 in each row in the right-most column of the alignment.</em></li>
422             <li><strong>Show Sequence Limits<br>
423             </strong><em>If this box is selected the sequence name will have
424                 the start and end position of the sequence appended to
425                 the name, in the format NAME/START-END</em></li>
426             <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
427             </strong><em>If this box is selected then the sequence names
428                 displayed in the sequence label area will be aligned
429                 against the left-hand edge of the alignment display,
430                 rather than the left-hand edge of the alignment window.
431             </li>
432             <li><strong>Show Hidden Markers<br>
433             </strong><em>When this box is selected, positions in the
434                 alignment where rows and columns are hidden will be
435                 marked by blue arrows. </li>
436             <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is
437                 selected the background of a residue will be coloured
438                 using the selected background colour. Useful if used in
439                 conjunction with &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
440             <li><strong>Text<br>
441             </strong><em>If this is selected the residues will be displayed
442                 using the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
443             <li><strong>Colour Text<br>
444             </strong><em>If this is selected the residues will be coloured
445                 according to the background colour associated with that
446                 residue. The colour is slightly darker than background
447                 so the amino acid symbol remains visible. </em></li>
448             <li><strong>Show Gaps<br>
449             </strong><em>When this is selected, gap characters will be
450                 displayed as &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If
451                 unselected, then gap characters will appear as blank
452                 spaces. <br> You may set the default gap character
453                 in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
454             </em></li>
455             <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
456             </strong><em>Select this to center labels along an annotation
457                 row relative to their associated column (default is off,
458                 i.e. left-justified).</em></li>
459             <li><strong>Show Unconserved<br>
460             </strong><em>When this is selected, all consensus sequence
461                 symbols will be rendered as a '.', highlighting
462                 mutations in highly conserved alignments. </em></li>
463
464           </ul></li>
465       </ul></li>
466
467   </ul>
468   </li>
469
470   <li><strong>Colour</strong>
471     <ul>
472       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
473       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
474           colour will be applied to all currently defined groups.<br>
475       </em></li>
476       <li><strong><a
477           href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
478             Text...</a> </strong><em><br> Opens the Colour Text dialog box
479           to set a different text colour for light and dark background,
480           and the intensity threshold for transition between them. </em></li>
481       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
482           Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
483           Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
484           Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User
485           Defined<br>
486       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a>
487           for a description of all colour schemes.
488       </em><br></li>
489       <li><strong>By Conservation<br>
490       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
491             by Conservation</a>.
492       </em><br></li>
493       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
494       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
495           window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
496           conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
497       <li><strong>Above Identity Threshold<br>
498       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
499             Percentage Identity</a>
500       </em><strong>.<br>
501       </strong></li>
502       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
503       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
504           Identity. Useful if the window has been closed.<br>
505       </em></li>
506       <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
507           the alignment on a per-column value from a specified
508           annotation. See <a
509           href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
510             Colouring</a>.
511       </em><br></li>
512       <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
513           the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
514           See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
515             Helices Colouring</a>.
516       </em><br></li>
517     </ul></li>
518   <li><strong>Calculate</strong>
519     <ul>
520       <li><strong>Sort </strong>
521         <ul>
522           <li><strong>by ID</strong><em><br> This will
523               sort the sequences according to sequence name. If the sort
524               is repeated, the order of the sorted sequences will be
525               inverted. </em></li>
526           <li><strong>by Length</strong><em><br> This
527               will sort the sequences according to their length
528               (excluding gap characters). If the sort is repeated, the
529               order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
530           <li><strong>by Group</strong><strong><br> </strong><em>This
531               will sort the sequences according to sequence name. If the
532               sort is repeated, the order of the sorted sequences will
533               be inverted. </em><strong></strong></li>
534           <li><strong>by Pairwise Identity<br>
535           </strong><em>This will sort the selected sequences by their
536               percentage identity to the consensus sequence. The most
537               similar sequence is put at the top. </em></li>
538           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
539                 menu</a> will have some additional options if you have just
540               done a multiple alignment calculation, or opened a tree
541               viewer window.
542           </em><br></li>
543         </ul></li>
544       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br> <em>Functions
545           for calculating trees on the alignment or the currently
546           selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
547             trees</a>.
548       </em>
549         <ul>
550           <li><strong>Neighbour Joining Using PAM250 </strong></li>
551           <li><strong>Neighbour Joining Using Sequence
552               Feature Similarity</strong></li>
553           <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62 </strong></li>
554           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
555           <li><strong>Average Distance Using PAM250 </strong></li>
556           <li><strong>Average Distance Using Sequence
557               Feature Similarity</strong></li>
558           <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
559           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
560         </ul> <strong>Note: Since Version 2.8.1, a number of
561           additional similarity measures for tree calculation are
562           provided in this menu.</strong></li>
563       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
564           Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
565           href="../calculations/pairwise.html">pairwise
566             alignments</a>.
567       </em><br></li>
568       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br> <em>Shows
569           a spatial clustering of the sequences based on similarity
570           scores calculated with the alignment. See <a
571           href="../calculations/pca.html">Principal
572             Component Analysis</a>.
573       </em> <br></li>
574       <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
575           option is only visible if Jalview detects one or more
576           white-space separated values in the description line of the
577           alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
578           parsed into sequence associated annotation which can then be
579           used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
580       </em> <br></li>
581       <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
582           large alignments it can be useful to deselect
583           &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This
584           prevents the sometimes lengthy calculations performed after
585           each sequence edit.</em> <br></li>
586       <li><strong>Sort With New Tree</strong><br> <em>When
587           enabled, Jalview will automatically sort the alignment when a
588           new tree is calculated or loaded onto it.</em> <br></li>
589       <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
590           a new alignment window showing any additional sequence data
591           either side of the current alignment. Useful in conjunction
592           with 'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved
593           Sequences' option is disabled to retrieve full length
594           sequences for a set of aligned peptides. </em></li>
595     </ul></li>
596
597   <li><strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu
598       is dynamic, and may contain user-defined web service entries in
599       addition to any of the following ones:</em>
600     <ul>
601       <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
602           submenu contains options for accessing any of the database
603           services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers
604           and the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify
605           sequence start/end positions and retrieve all database cross
606           references and PDB ids associated with all or just the
607           selected sequences in the alignment.
608           <ul>
609             <li>'Trim Retrieved Sequences' - when checked, Jalview
610               will discard any additional sequence data for accessions
611               associated with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
612                 Disabling this could cause out of memory errors when
613                 working with genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
614                 in Jalview 2.8.1</strong>
615             </li>
616             <li>'Standard Databases' will check sequences against
617               the EBI databases plus any active DAS sequence sources<</li>
618           </ul> Other sub-menus allow you to pick a specific source to query
619           - sources are listed alphabetically according to their
620           nickname.
621       </em><br></li>
622     </ul>
623     <p>Selecting items from the following submenus will start a
624       remote service on compute facilities at the University of Dundee,
625       or elsewhere. You need a continuous network connection in order to
626       use these services through Jalview.</p>
627     <ul>
628       <li><strong>Alignment</strong><br /> <em> Align the
629           currently selected sequences or all sequences in the
630           alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
631           sequences. Entries in this menu provide access to the various
632           alignment programs supported by <a
633           href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>. See the
634           <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple Sequence
635             Alignment webservice client</a> entry for more information.
636       </em></li>
637       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
638         <ul>
639           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
640             <em>Secondary structure prediction by network
641               consensus. See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred</a>
642               client entry for more information. The behaviour of this
643               calculation depends on the current selection:
644               <ul>
645                 <li>If nothing is selected, and the displayed
646                   sequences appear to be aligned, then a JPred prediction
647                   will be run for the first sequence in the alignment,
648                   using the current alignment. Otherwise the first
649                   sequence will be submitted for prediction.</li>
650                 <li>If just one sequence (or a region on one
651                   sequence) has been selected, it will be submitted to
652                   the automatic JPred prediction server for homolog
653                   detection and prediction.</li>
654                 <li>If a set of sequences are selected, and they
655                   appear to be aligned, then the alignment will be used
656                   for a JPred prediction on the <strong>first</strong>
657                   sequence in the set (that is, the one that appears
658                   first in the alignment window).
659                 </li>
660               </ul>
661           </em>
662         </ul></li>
663       <li><strong>Analysis</strong><br />
664         <ul>
665           <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
666               functional residue analysis on a protein family alignment
667               with sub-families defined on it. See the <a
668               href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony
669                 service</a> entry for more information.
670           </em></li>
671         </ul></li>
672     </ul></li>
673   </ul>
674
675 </body>
676 </html>