help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>File</strong>\r
   8     <ul>\r
   9       <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>\r
  10         <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from Uniprot,\r
  11         EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by the European\r
  12         Bioinformatics Institute. See <a href="../features/seqfetch.html">Sequence\r
  13         Fetcher</a></em>.</li>\r
  14       <li><strong>Save As<br>\r
  15         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window\r
  16         will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine\r
  17         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>\r
  18       <li><strong>Export</strong> <em><br>\r
  19         Creates an alignment graphic with the current annotation, alignment background\r
  20         colours and group colours. If the alignment is <a\r
  21       href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be wrapped\r
  22         and will have the same visible residue width as the open alignment. </em>\r
  23         <ul>\r
  24           <li><strong>HTML<br>\r
  25             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>\r
  26             from your alignment.</em></li>\r
  27           <li><strong>EPS<br>\r
  28             </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated\r
  29             Postscript</a> file from your alignment.</em></li>\r
  30           <li><strong>PNG<br>\r
  31             </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network\r
  32             Graphics</a> file from your alignment.</em></li>\r
  33         </ul>\r
  34       </li>\r
  35       <li><strong>Output to Textbox<br>\r
  36         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window\r
  37         which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or\r
  38         your standard operating system copy and paste keys. <br>\r
  39         Select the format of the text by selecting one of the following menu items.</em>\r
  40         <ul>\r
  41           <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>\r
  42           <li><strong>MSF</strong></li>\r
  43           <li><strong>CLUSTAL</strong></li>\r
  44           <li><strong>BLC</strong></li>\r
  45           <li><strong>PIR</strong></li>\r
  46           <li><strong>PFAM</strong></li>\r
  47         </ul>\r
  48       </li>\r
  49       <li><strong>Print<br>\r
  50         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts\r
  51         and colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,\r
  52         these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped\r
  53         the number of residues per line of your alignment will depend on the paper\r
  54         width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>\r
  55       <li><strong>Load Associated Tree<br>\r
  56         </strong><em>Jalview can <a\r
  57       href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in the Newick\r
  58         file format, and associate them with the alignment. Note: the ids of the\r
  59         tree file and your alignment MUST be the same.</em></li>\r
  60       <li><strong>Load Features / Annotations<br>\r
  61         </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence\r
  62         features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment\r
  63         annotations</a>.</em></li>\r
  64       <li><strong>Close<br>\r
  65         </strong><em>Close the alignment window. Make sure you have saved your\r
  66         alignment before you close - either as a Jalview project or by using the\r
  67         <strong>Save As</strong> menu.<br>\r
  68         </em></li>\r
  69     </ul>\r
  70   </li>\r
  71   <li><strong>Edit</strong>\r
  72     <ul>\r
  73       <li><strong>Undo</strong><em><br>\r
  74         This will undo any edits you make to the alignment. This applies to insertion\r
  75         or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the alignment\r
  76         or pasting sequences to the current alignment or sorting the alignment.\r
  77         <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes, adjustments to\r
  78         group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>\r
  79       <li><strong>Redo<br>\r
  80         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>\r
  81       <li><strong>Cut<br>\r
  82         </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues\r
  83         before removing them from your alignment. Click on a sequence name if\r
  84         you wish to select a whole sequence. <br>\r
  85         Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>\r
  86       <li><strong>Copy</strong><br>\r
  87         <em>Copies the currently selected residues to the system clipboard - you\r
  88         can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C (&lt;APPLE&gt; and C on\r
  89         MacOSX). <br>\r
  90         If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will\r
  91         see the format of the copied residues FASTA.</em></li>\r
  92       <li><strong>Paste </strong>\r
  93         <ul>\r
  94           <li><strong>To New Alignment<br>\r
  95             </strong><em>A new alignment window will be created from sequences\r
  96             previously copied or cut to the system clipboard. <br>\r
  97             Use &lt;CTRL&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and V on MacOSX) to paste.</em></li>\r
  98           <li><strong>Add To This Alignment<br>\r
  99             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be\r
 100             added to the current Jalview alignment. </em></li>\r
 101         </ul>\r
 102       </li>\r
 103       <li><strong>Delete<br>\r
 104         </strong><em>This will delete the currently selected residues without\r
 105         copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this can\r
 106         be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>\r
 107       <li><strong>Select All<br>\r
 108         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment.\r
 109         <br>\r
 110         Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></li>\r
 111       <li><strong>Deselect All<br>\r
 112         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the\r
 113         alignment window. All selected sequences, residues and marked columns\r
 114         will be deselected. </em><em> <br>\r
 115         Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>\r
 116       <li><strong>Invert Selection<br>\r
 117         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the\r
 118         current selection. </em></li>\r
 119       <li><strong>Undefine Groups<br>\r
 120         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>\r
 121         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>\r
 122       <li><strong>Remove Left<br>\r
 123         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be\r
 124         trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse\r
 125         click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column,\r
 126         or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>\r
 127       <li><strong>Remove Right<br>\r
 128         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be\r
 129         trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse\r
 130         click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column,\r
 131         or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>\r
 132       <li><strong>Remove Empty Columns<br>\r
 133         </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,\r
 134         &quot;.&quot;) will be deleted.<br>\r
 135         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
 136         </em></li>\r
 137       <li><strong>Remove All Gaps</strong><br>\r
 138         <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted from\r
 139         the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL the gaps\r
 140         in the alignment will be removed.<br>\r
 141         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
 142         </em> </li>\r
 143       <li><strong>Remove Redundancy<br>\r
 144         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select\r
 145         a threshold. If the percentage identity between any two sequences (under\r
 146         the current alignment) exceeds this value then one of the sequences (the\r
 147         shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant\r
 148         sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last redundancy deletion.</em></li>\r
 149   <li><strong>Pad Gaps<br>\r
 150     </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal\r
 151     width (so there no empty columns before or after the first or last aligned\r
 152     residue) and all sequences will be padded with gap characters to\r
 153     the before and after their terminating residues.<br>\r
 154     This switch is useful when making a tree using unaligned\r
 155     sequences and when working with alignment analysis programs which\r
 156     require 'properly aligned sequences' to be all the same length.<br>\r
 157     You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
 158     </em></li>\r
 159         </em><br>\r
 160       </li>\r
 161     </ul>\r
 162   </li>\r
 163   <li><strong>Search</strong>\r
 164     <ul>\r
 165       <li><strong>Find<br>\r
 166         </strong><em>Select this to <a href="../features/search.html">search</a>\r
 167         for residues, sequence name or residue position within the\r
 168         alignment and create new sequence features from the queries.\r
 169         <br>\r
 170         </em></li>\r
 171     </ul>\r
 172   </li>\r
 173   <li><strong>View</strong>\r
 174     <ul>\r
 175       <li><strong>Font<br>\r
 176         </strong><em>Change the font of the display from the &quot;Choose Font&quot;\r
 177         dialog box, which is shown when this item is selected. </em></li>\r
 178       <li><strong>Smooth Fonts</strong><em><br>\r
 179       If selected, the alignment will be drawn with anti-aliasing on which looks\r
 180       better, but performace is reduced.\r
 181       </em></li>\r
 182       <li><strong>Wrap<br>\r
 183         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot;\r
 184         to the width of the alignment window. This is useful if your alignment\r
 185         has only a few sequences to view its full width at once.<br>\r
 186         Options are available to show the residue numbering at the start and/or\r
 187         end of an alignment as well as showing the alignment position above each\r
 188         sequence row. <br>\r
 189         <strong>NOTE</strong>: When in wrapped alignment view, the alignment cannot\r
 190         be edited or have regions selected on it. </em></li>\r
 191       <li><strong>Show Full Sequence ID<br>\r
 192         </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start\r
 193         and end position of the sequence appended to the name, in the format NAME/START-END</em></li>\r
 194       <li><strong>Boxes</strong><em><br>\r
 195         If this is selected the background of a residue will be coloured using\r
 196         the selected background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour\r
 197         Text.&quot; </em></li>\r
 198       <li><strong>Text<br>\r
 199         </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using\r
 200         the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>\r
 201       <li><strong>Colour Text<br>\r
 202         </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according\r
 203         to the background colour associated with that residue. The colour is slightly\r
 204         darker than background so the amino acid symbol remains visible. </em></li>\r
 205       <li><strong>Show Gaps<br>\r
 206         </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as\r
 207         &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will\r
 208         appear as blank spaces. <br>\r
 209         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>\r
 210       <li><strong>Show Annotations<br>\r
 211         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will\r
 212         be displayed below the alignment. The default setting is to display the\r
 213         conservation calculation, quality calculation and consensus values as\r
 214         bar charts. </em></li>\r
 215       <li><strong>Fetch Sequence Features<br>\r
 216         </strong><em>If the sequence names are Swissprot entries Jalview will\r
 217         use the names to retrieve <a href="../features/seqfeatures.html">sequence\r
 218         features</a> from the EBI. Features which are 1 residue in length are\r
 219         coloured red, sequences longer than 1 residue are coloured blue. Move\r
 220         the mouse over a coloured feature to display the details of the feature.\r
 221         <br>\r
 222         Note: The retrieved information will update the sequence start and end\r
 223         labels if they are incorrect. </em></li>\r
 224         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br><em>Show or\r
 225         hide sequence features on this alignment.</em></li>\r
 226     <li><strong>Seqence Feature Settings...</strong><em><br>\r
 227       <em>Control the colour and display of sequence features on the\r
 228       alignment. See <a\r
 229       href="../features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a>.</em><br>\r
 230       </em></li>\r
 231       <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>\r
 232         </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a\r
 233         small window. A red box will indicate the currently visible area of the\r
 234         alignment. Move the visible region using the mouse. </em><strong> </strong></li>\r
 235     </ul>\r
 236   </li>\r
 237   <li><strong>Colour</strong>\r
 238     <ul>\r
 239       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>\r
 240         </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour\r
 241         will be applied to all currently defined groups.</em></li>\r
 242       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage\r
 243         Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,\r
 244         Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>\r
 245         </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for\r
 246         a description of all colour schemes.</em></li>\r
 247       <li><strong>By Conservation<br>\r
 248         </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring\r
 249         by Conservation</a>.</em></li>\r
 250       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>\r
 251         </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.\r
 252         Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option\r
 253         appears to be doing nothing!</em></li>\r
 254       <li><strong>Above Identity Threshold<br>\r
 255         </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage\r
 256         Identity</a></em><strong>.</strong></li>\r
 257       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>\r
 258         </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.\r
 259         Useful if the window has been closed. <br>\r
 260         </em></li>\r
 261     <li><strong>By Annotation</strong><br>\r
 262       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.\r
 263       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>\r
 264     </li>\r
 265     </ul>\r
 266   </li>\r
 267   <li><strong>Calculate</strong>\r
 268     <ul>\r
 269       <li>Sort\r
 270         <ul>\r
 271           <li><strong>by ID</strong><em><br>\r
 272             This will sort the sequences according to sequence name. If the sort\r
 273             is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>\r
 274           <li><strong>by Group</strong><strong><br>\r
 275             </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.\r
 276             If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be\r
 277             inverted. </em><strong></strong></li>\r
 278           <li><strong>by Pairwise Identity<br>\r
 279             </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage\r
 280             identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put\r
 281             at the top. </em></li>\r
 282           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will\r
 283             have some additional options if you have just done a multiple alignment\r
 284             calculation, or opened a tree viewer window.</em></li>\r
 285         </ul>\r
 286       </li>\r
 287       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>\r
 288         <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently\r
 289         selected region. See <a\r
 290     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>\r
 291         <ul>\r
 292           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>\r
 293           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>\r
 294           <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>\r
 295           <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62</strong></li>\r
 296         </ul>\r
 297       </li>\r
 298       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>\r
 299         <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise\r
 300         alignments</a>.</em></li>\r
 301       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>\r
 302         <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62\r
 303         scores in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal\r
 304         Component Analysis</a>.</em> </li>\r
 305       <li><strong>Translate cDNA</strong><br>\r
 306         <em>If you are viewing a cDNA alignment a very simple translation service\r
 307         is available. The translation ignores all gaps in the cDNA sequences.\r
 308         </em> <br>\r
 309       </li>\r
 310     </ul>\r
 311   </li>\r
 312   <li><strong>Web Service<br>\r
 313     </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service\r
 314     on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network\r
 315     connection in order to use these services through Jalview. </em>\r
 316     <ul>\r
 317       <li><strong>Alignment </strong>\r
 318         <ul>\r
 319           <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
 320             <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment\r
 321             with clustal W.</em></li>\r
 322           <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>\r
 323             <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment\r
 324             with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an\r
 325             existing alignment.</em></li>\r
 326           <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>\r
 327             <em> Submits all, or jut the currently selected sequences for alignment\r
 328             using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid\r
 329             sequences.</em></li>\r
 330         </ul>\r
 331       </li>\r
 332       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>\r
 333         <ul>\r
 334           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>\r
 335             <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour\r
 336             of this calculation depends on the current selection: </em></li>\r
 337           <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to\r
 338             be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence\r
 339             in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first\r
 340             sequence will be submitted for prediction. </em></li>\r
 341           <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been\r
 342             selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server\r
 343             for homolog detection and prediction. </em></li>\r
 344           <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned,\r
 345             then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>\r
 346             sequence selected in the set (that is, the one that was first clicked\r
 347             on). </em> </li>\r
 348         </ul>\r
 349       </li>\r
 350     </ul>\r
 351   </li>\r
 352 </ul>\r
 353 </body>\r
 354 </html>\r