Merge branch 'releases/Release_2_10_0_Branch'
[jalview.git] / help / html / menus / alwannotation.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Window Menus</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Alignment Window Annotations Menu</strong> <em>Since
29       Jalview 2.8.2</em>
30   </p>
31   <ul>
32     <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
33         Show all annotations that are for the alignment as a whole (for
34         example, Consensus, or secondary structure prediction from
35         alignment)).</em></li>
36     <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
37         Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
38     <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
39         Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
40     <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
41         Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
42     <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
43         Show all annotations that are for the alignment as a whole (for
44         example, Consensus).</em></li>
45     <li><em>You can also selectively show or hide annotations
46         from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or <a
47         href="../features/annotation.html">Annotation</a> menus.
48     </em></li>
49     <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
50         sequence-specific annotations by sequence order in the alignment
51         (and within that, by label).</em></li>
52     <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
53         sequence-specific annotations by label (and within that, by
54         sequence order). If neither sort order is selected, no sorting
55         is applied, allowing you to make a manual ordering of the
56         annotations.</em></li>
57     <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
58     </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
59       <ul>
60         <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
61             autocalculated annotations above sequence-specific
62             annotations. Note this also applies to other annotations for
63             the alignment, for example secondary structure prediction
64             from alignment.</em></li>
65         <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
66             autocalculated / alignment annotations below
67             sequence-specific annotations.</em></li>
68         <li><strong>Apply to all groups<br>
69         </strong><em> When ticked, any modification to the current settings
70             will be applied to all autocalculated annotation.</em></li>
71         <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
72         </strong><em> Enable or disable the display of the histogram above
73             the consensus sequence.</em></li>
74         <li><strong>Show Consensus Logo<br>
75         </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus Logo
76             above the consensus sequence.</em></li>
77         <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
78         </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
79             height, making it easier to compare symbol diversity in
80             highly variable regions.</em></li>
81         <li><strong>Group Conservation<br>
82         </strong><em> When ticked, display a conservation row for all groups
83             (only available for protein alignments).</em></li>
84         <li><strong>Group Consensus<br>
85         </strong><em> When ticked, display a consensus row for all groups.</em></li>
86       </ul></li>
87   </ul>
88   <p>&nbsp;</p>
89 </body>
90 </html>