help/html/menus/alwannotations.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <title>Annotation Panel Menus</title>\r
   4 </head>\r
   5 <body>\r
   6 <p><strong>Annotation Panel Menus</strong></p>\r
   7 <ul>\r
   8   <li> <strong>Annotation Label Popup Menu</strong><br>\r
   9     <em>This menu is opened by clicking anywhere on the annotation row labels \r
  10     area (below the sequence ID area).</em> \r
  11     <ul>\r
  12       <li><strong> Add New Row</strong><br>\r
  13         <em>Adds a new, named annotation row (a dialog box will pop up for you \r
  14         to enter the label for the new row). </em> </li>\r
  15       <li><strong>Hide Row</strong><br>\r
  16         <em>Hides the annotation row whose label was clicked in order to bring \r
  17         up the menu.</em> </li>\r
  18       <li><strong>Delete Row</strong><br>\r
  19         <em>Deletes the annotation row whose label was clicked in order to bring \r
  20         up the menu.</em> </li>\r
  21       <li><strong>Show All Hidden Rows</strong><br>\r
  22         <em>Shows all hidden annotation rows.</em> </li>\r
  23       <li><strong>Show Values in Text Box</strong><br>\r
  24         <em>Opens a text box with a list of comma-separated values corresponding \r
  25         to the annotation (numerical or otherwise) at each position in the row. \r
  26         This is useful to export alignment quality measurements for further analysis.</em> \r
  27       </li>\r
  28       <li><strong>Ignore Gaps in Consensus</strong><br>\r
  29         If this checkbox is selected, all consensus calculations performed in the \r
  30         current Alignment window will be done without counting gaps as\r
  31         a consensus character.</li>\r
  32     </ul>\r
  33   </li>\r
  34   <li><strong>Annotation Popup Menu<br>\r
  35     </strong><em>This menu is opened when right-clicking on the selected positions \r
  36     of an annotation.</em> \r
  37     <ul>\r
  38       <li><strong>Helix</strong><br>\r
  39         <em>Mark selected positions with a helix glyph (a red oval), and optional \r
  40         text label (see below). Consecutive ovals will be rendered as an unbroken \r
  41         red line.</em> </li>\r
  42       <li><strong>Sheet</strong><br>\r
  43         <em>Mark selected positions with a sheet glyph (a green arrow oriented \r
  44         from left to right), and optional text label (see below). Consecutive \r
  45         arrows will be joined together to form a single green arrow.</em> </li>\r
  46       <li><strong>Label</strong><br>\r
  47         <em>Sets the text label at the selected positions. If more that one consecutive \r
  48         position is marked with the same label, only the first position's label \r
  49         will be rendered.</em> </li>\r
  50       <li><strong>Colour</strong><br>\r
  51         <em>Changes the colour of the annotation text label.</em> </li>\r
  52       <li><strong>Remove Annotation</strong><br>\r
  53         <em>Blanks any annotation at the selected positions on the row. Note: \r
  54         <strong>This cannot be undone</strong></em> </li>\r
  55     </ul>\r
  56   </li>\r
  57 </ul>\r
  58 </body>\r
  59 </html>\r