help/html/menus/alwannotations.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Annotation Panel Menus</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Annotation Panel Menus</strong></p>
  41 <ul>
  42   <li> <strong>Annotation Label Popup Menu</strong><br>
  43     <em>This menu is opened by clicking anywhere on the annotation row labels
  44     area (below the sequence ID area).</em>
  45     <ul>
  46       <li><strong> Add New Row</strong><br>
  47         <em>Adds a new, named annotation row (a dialog box will pop up for you
  48         to enter the label for the new row). </em> </li>
  49       <li><strong>Hide Row</strong><br>
  50         <em>Hides the annotation row whose label was clicked in order to bring
  51         up the menu.</em> </li>
  52       <li><strong>Delete Row</strong><br>
  53         <em>Deletes the annotation row whose label was clicked in order to bring
  54         up the menu.</em> </li>
  55       <li><strong>Show All Hidden Rows</strong><br>
  56         <em>Shows all hidden annotation rows.</em> </li>
  57       <li><strong>Export Annotation</strong> <em>(Application only)</em><br>
  58        <em>Annotations can be saved to file or output to a text window in either the
  59         Jalview annotations format or as a spreadsheet style set of comma separated values (CSV). </em> </li>
  60       <li><strong>Show Values in Text Box</strong> <em>(applet only)</em><br>
  61         <em>Opens a text box with a list of comma-separated values corresponding
  62         to the annotation (numerical or otherwise) at each position in the row.
  63         This is useful to export alignment quality measurements for further analysis.</em>
  64       </li>
  65    </ul>
  66    <em>The following additional entries are avalable when the popup menu is opened on a consensus sequence annotation row:</em>
  67    <ul>
  68       <li><strong>Ignore Gaps in Consensus</strong><br>
  69         If this checkbox is selected, all consensus calculations performed in
  70         the current Alignment window will be done without counting gaps as a consensus
  71         character.</li>
  72       <li><strong>Copy Consensus Sequence</strong><br>
  73         Copies the consensus sequence to the clipboard in Fasta format, to allow
  74         the consensus sequence to be added to an alignment. Note the copied sequence
  75         is not accessible to other programs if Jalview is running as an applet
  76         in a web page.</li>
  77     </ul>
  78   </li>
  79   <li><strong>Annotation Popup Menu<br>
  80     </strong><em>This menu is opened when right-clicking on the selected positions
  81     of an annotation.</em>
  82     <ul>
  83       <li><strong>Helix</strong><br>
  84         <em>Mark selected positions with a helix glyph (a red oval), and optional
  85         text label (see below). Consecutive ovals will be rendered as an unbroken
  86         red line.</em> </li>
  87       <li><strong>Sheet</strong><br>
  88         <em>Mark selected positions with a sheet glyph (a green arrow oriented
  89         from left to right), and optional text label (see below). Consecutive
  90         arrows will be joined together to form a single green arrow.</em> </li>
  91       <li><strong>Label</strong><br>
  92         <em>Sets the text label at the selected positions. If more that one consecutive
  93         position is marked with the same label, only the first position's label
  94         will be rendered.</em> </li>
  95       <li><strong>Colour</strong><br>
  96         <em>Changes the colour of the annotation text label.</em> </li>
  97       <li><strong>Remove Annotation</strong><br>
  98         <em>Blanks any annotation at the selected positions on the row. Note:
  99         <strong>This cannot be undone</strong></em> </li>
 100     </ul>
 101   </li>
 102 </ul>
 103 </body>
 104 </html>