JAL-1705 fetch Uniprot and PDB xrefs for Ensembl protein products
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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6  * This file is part of Jalview.
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9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
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13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Window Menus</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Alignment Window Calculate Menu</strong>
29   </p>
30   <ul>
31     <li><strong>Sort </strong>
32       <ul>
33         <li><strong>By ID</strong><em><br> This will sort
34             the sequences according to sequence name. If the sort is
35             repeated, the order of the sorted sequences will be
36             inverted. </em></li>
37         <li><strong>By Length</strong><em><br> This will
38             sort the sequences according to their length (excluding gap
39             characters). If the sort is repeated, the order of the
40             sorted sequences will be inverted. </em></li>
41         <li><strong>By Group</strong><strong><br> </strong><em>This
42             will sort the sequences according to sequence name. If the
43             sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
44             inverted. </em><strong></strong></li>
45         <li><strong>By Pairwise Identity<br>
46         </strong><em>This will sort the selected sequences by their
47             percentage identity to the consensus sequence. The most
48             similar sequence is put at the top. </em></li>
49         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
50               menu</a> will have some additional options if the alignment
51             has any associated score annotation, or you have just done a
52             multiple alignment calculation or opened a tree viewer
53             window.
54         </em><br></li>
55       </ul></li>
56     <li><strong>Calculate Tree </strong> <br> <em>Functions
57         for calculating trees on the alignment or the currently selected
58         region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
59           trees</a>.
60     </em>
61       <ul>
62         <li><strong>Neighbour Joining Using PAM250<br>
63         </strong></li>
64         <li><strong>Neighbour Joining Using Sequence
65             Feature Similarity</strong></li>
66         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
67         </strong></li>
68         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
69         <li><strong>Average Distance Using PAM250<br>
70         </strong></li>
71         <li><strong>Average Distance Using Sequence
72             Feature Similarity</strong></li>
73         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
74         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
75       </ul></li>
76     <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
77         Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
78         href="../calculations/pairwise.html"
79       >pairwise alignments</a>.
80     </em><br></li>
81     <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br> <em>Shows
82         a spatial clustering of the sequences based on similarity scores
83         calculated over the alignment.. See <a
84         href="../calculations/pca.html"
85       >Principal Component Analysis</a>.
86     </em> <br></li>
87     <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
88         option is only visible if Jalview detects one or more
89         white-space separated values in the description line of the
90         alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
91         parsed into sequence associated annotation which can then be
92         used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
93     </em> <br></li>
94     <li><strong>Translate as cDNA</strong> (not applet)<br>
95     <em>This option is visible for nucleotide alignments. Selecting
96         this option shows the DNA's calculated protein product in a new
97         <a href="../features/splitView.html">split frame</a> window.
98         Note that the translation is not frame- or intron-aware; it
99         simply translates all codons in each sequence, using the
100         standard <a href="../misc/geneticCode.html">genetic code</a>
101         (any incomplete final codon is discarded). You can perform this
102         action on the whole alignment, or selected rows, columns, or
103         regions.
104     </em> <br></li>
105     <li><strong>Get Cross-References</strong> (not applet)<br>
106     <em>This option is visible where sequences have
107         cross-references to other standard databases; for example, an
108         EMBL entry may have cross-references to one or more UNIPROT
109         entries. Select the database to view all cross-referenced
110         sequences in a new <a href="../features/splitView.html">split
111           frame</a> window.
112     </em> <br></li>
113     <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
114         large alignments it can be useful to deselect
115         &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents
116         the sometimes lengthy calculations performed after each sequence
117         edit.</em> <br></li>
118     <li><strong>Sort Alignment With New Tree</strong><br> <em>If
119         this option is selected, the alignment will be automatically
120         sorted whenever a new tree is calculated or loaded.</em> <br></li>
121     <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
122         a new alignment window showing any additional sequence data
123         either side of the current alignment. Useful in conjunction with
124         'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved Sequences'
125         option is disabled to retrieve full length sequences for a set
126         of aligned peptides. </em></li>
127   </ul>
128 </body>
129 </html>