help/html/menus/alwcalculate.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Calculate Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>Calculate</strong></li>\r
   8 </ul>\r
   9 <blockquote>\r
  10   <ul>\r
  11     <li><strong>Sort </strong>\r
  12       <ul>\r
  13         <li><strong>by ID<br>\r
  14           </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.\r
  15           If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted.\r
  16           </em><strong><br>\r
  17           </strong></li>\r
  18         <li><strong>by Group</strong><strong><br>\r
  19           </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.\r
  20           If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted.\r
  21           </em><strong></strong><strong><br>\r
  22           </strong></li>\r
  23         <li><strong>by Pairwise Identity<br>\r
  24           </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage\r
  25           identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put\r
  26           at the top. </em><strong><br>\r
  27           </strong></li>\r
  28       </ul>\r
  29       <em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will\r
  30       have some additional options if you have just done a multiple\r
  31       alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>\r
  32     </li>\r
  33     <li><strong>Calculate Tree </strong>\r
  34     <br><em>Functions for calculating trees on the alignment or the\r
  35     currently selected region. See <a\r
  36     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>\r
  37       <ul>\r
  38         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>\r
  39         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>\r
  40         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>\r
  41         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br></strong></li>\r
  42       </ul>\r
  43     </li>\r
  44     <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>\r
  45       <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>\r
  46     </li>\r
  47     <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>\r
  48       <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the\r
  49       BLOSUM62 scores in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em>\r
  50       <br>\r
  51     </li>\r
  52     <li><strong>Web Service<br>\r
  53       </strong>\r
  54         <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service\r
  55         on compute facilities at the University of Dundee. You need a\r
  56         continuous network connection in order to use these services\r
  57         through Jalview.\r
  58         </em>\r
  59       <ul>\r
  60         <li><strong>Clustal Alignment</strong><br><em>\r
  61         Submits all, or just the currently selected sequences for alignment with clustal W.</em><br></li>\r
  62         <li><strong>Clustal Realign</strong><br><em>\r
  63         Submits the alignment or currently selected region for\r
  64         re-alignment with clustal W. Use this if you have added some\r
  65         new sequences to an existing alignment.</em><br></li>\r
  66         <li><strong>Muscle Alignment</strong><br><em>\r
  67         Submits all, or jut the currently selected sequences for\r
  68         alignment using Muscle. Do not use this if you are working with\r
  69         nucleic acid sequences.</em><br>\r
  70         <li><strong>JNet</strong><br><em>\r
  71         Secondary structure prediction by network consensus. The\r
  72         behaviour of this calculation depends on the current selection:\r
  73         <ul>\r
  74         <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to\r
  75         be aligned, then a JNet prediction will be run for the first\r
  76         sequence in the alignment, using the current\r
  77         alignment. Otherwise the first sequence will be submitted for prediction.\r
  78         </li>\r
  79         <li>If\r
  80         just one sequence (or a region on one sequence) has been selected,\r
  81         it will be submitted to the automatic JNet prediction server\r
  82         for homolog detection and prediction.\r
  83         </li>\r
  84         <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned,\r
  85         then the alignment will be used for a Jnet prediction on the\r
  86         <strong>first</strong> sequence selected in the set (that is, the one\r
  87         that was first clicked on).\r
  88         </li>\r
  89       </ul>\r
  90      </li>\r
  91      <p>&nbsp;</p>\r
  92 </ul>\r
  93 </blockquote>\r
  94 \r
  95 </body>\r
  96 </html>\r