JAL-2483 JAL-2481 fixed findAllFeatures to handle null group correctly
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
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15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Window Menus</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Alignment Window Calculate Menu</strong>
29   </p>
30   <ul>
31     <li><strong>Sort </strong>
32       <ul>
33         <li><strong>By ID</strong><em><br> This will sort
34             the sequences according to sequence name. If the sort is
35             repeated, the order of the sorted sequences will be
36             inverted. </em></li>
37         <li><strong>By Length</strong><em><br> This will
38             sort the sequences according to their length (excluding gap
39             characters). If the sort is repeated, the order of the
40             sorted sequences will be inverted. </em></li>
41         <li><strong>By Group</strong><strong><br> </strong><em>This
42             will sort the sequences according to sequence name. If the
43             sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
44             inverted. </em><strong></strong></li>
45         <li><strong>By Pairwise Identity<br>
46         </strong><em>This will sort the selected sequences by their
47             percentage identity to the consensus sequence. The most
48             similar sequence is put at the top. </em></li>
49         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
50               menu</a> will have some additional options if the alignment
51             has any associated score annotation, or you have just done a
52             multiple alignment calculation or opened a tree viewer
53             window.
54         </em><br></li>
55       </ul></li>
56     <li><strong>Calculate Tree </strong> <br> <em>Functions
57         for calculating trees on the alignment or the currently selected
58         region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
59           trees</a>.
60     </em>
61       <ul>
62         <li><strong>Neighbour Joining Using PAM250<br>
63         </strong></li>
64         <li><strong>Neighbour Joining Using Sequence
65             Feature Similarity</strong></li>
66         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
67         </strong></li>
68         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
69         <li><strong>Average Distance Using PAM250<br>
70         </strong></li>
71         <li><strong>Average Distance Using Sequence
72             Feature Similarity</strong></li>
73         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
74         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
75       </ul></li>
76     <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br> <em>Applies
77         Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a
78         href="../calculations/pairwise.html">pairwise
79           alignments</a>.
80     </em><br></li>
81     <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br> <em>Shows
82         a spatial clustering of the sequences based on similarity scores
83         calculated over the alignment.. See <a
84         href="../calculations/pca.html">Principal Component
85           Analysis</a>.
86     </em> <br></li>
87     <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br> <em>This
88         option is only visible if Jalview detects one or more
89         white-space separated values in the description line of the
90         alignment sequences.<br> When selected, these numbers are
91         parsed into sequence associated annotation which can then be
92         used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.
93     </em> <br></li>
94     <li><strong>Translate as cDNA</strong> (not applet)<br> <em>This
95         option is visible for nucleotide alignments. Selecting this
96         option shows the DNA's calculated protein product in a new <a
97         href="../features/splitView.html">split frame</a> window. Note
98         that the translation is not frame- or intron-aware; it simply
99         translates all codons in each sequence, using the standard <a
100         href="../misc/geneticCode.html">genetic code</a> (any incomplete
101         final codon is discarded). You can perform this action on the
102         whole alignment, or selected rows, columns, or regions.
103     </em> <br></li>
104     <li><strong>Reverse, Reverse Complement</strong> (not applet)<br>
105       <em>These options are visible for nucleotide alignments.
106         Selecting them adds the reverse (or reverse complement) of the
107         sequences (or selected region) as new sequences in the
108         alignment. To try this out, add this sequence and perform
109         'Reverse Complement' followed by 'Translate as cDNA': <br>
110       <small> Seq
111           GTCATTTGCGCGTGTTGATTATTCGGACCGCTCCACTTCCCTTTACTCGTGCGTTCAATTGATTTAATCCTC
112           TGGGGGGGCTCTGGTTTACATAGCTTAAATCTATTCCATTCAAGGAAGCTCATG</small>
113     </em> <br></li>
114     <li><strong>Get Cross-References</strong> (not applet)<br>
115       <em>This option is visible where sequences have
116         cross-references to other standard databases; for example, an
117         EMBL entry may have cross-references to one or more UNIPROT
118         entries. Select the database to view all cross-referenced
119         sequences in a new <a href="../features/splitView.html">split
120           frame</a> window.
121     </em> <br></li>
122     <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br> <em>For
123         large alignments it can be useful to deselect
124         &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents
125         the sometimes lengthy calculations performed after each sequence
126         edit.</em> <br></li>
127     <li><strong>Sort Alignment With New Tree</strong><br> <em>If
128         this option is selected, the alignment will be automatically
129         sorted whenever a new tree is calculated or loaded.</em> <br></li>
130     <li><strong>Show Flanking Regions</strong><br> <em>Opens
131         a new alignment window showing any additional sequence data
132         either side of the current alignment. Useful in conjunction with
133         'Fetch Database References' when the 'Trim Retrieved Sequences'
134         option is disabled to retrieve full length sequences for a set
135         of aligned peptides. </em></li>
136   </ul>
137 </body>
138 </html>