help/html/menus/alwcalculate.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
  37
  38 <body>
  39 <p><strong>Alignment Window Calculate Menu</strong></p>
  40 <ul>
  41   <li><strong>Sort </strong>
  42     <ul>
  43       <li><strong>by ID</strong><em><br>
  44         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is
  45         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
  46       <li><strong>by Length</strong><em><br>
  47         This will sort the sequences according to their length (excluding gap characters). If the sort is
  48         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
  49       <li><strong>by Group</strong><strong><br>
  50         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.
  51         If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted.
  52         </em><strong></strong></li>
  53       <li><strong>by Pairwise Identity<br>
  54         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
  55         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put at
  56         the top. </em></li>
  57       <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will have
  58         some additional options if the alignment has any associated
  59         score annotation, or you have just done a multiple alignment calculation
  60         or opened a tree viewer window.</em><br>
  61       </li>
  62     </ul>
  63   </li>
  64   <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
  65     <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently selected
  66     region. See <a
  67     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>
  68     <ul>
  69       <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
  70       <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
  71       <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
  72       <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
  73         </strong></li>
  74     </ul>
  75   </li>
  76   <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
  77     <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  78     alignments</a>.</em><br>
  79   </li>
  80   <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
  81     <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 scores
  82     in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component
  83     Analysis</a>.</em> <br>
  84   </li>
  85         <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
  86                 <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
  87                 When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can
  88                 then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
  89         </li>
  90
  91   <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
  92     <em>For large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate
  93     Consensus&quot; when editing. This prevents the sometimes lengthy calculations
  94     performed after each sequence edit.</em> <br>
  95   </li>
  96 </ul>
  97   </body>
  98 </html>