help/html/menus/alwcalculate.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Calculate Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>Sort </strong> \r
   8     <ul>\r
   9       <li><strong>by ID</strong><em><br>\r
  10         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is \r
  11         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>\r
  12       <li><strong>by Group</strong><strong><br>\r
  13         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. \r
  14         If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. \r
  15         </em><strong></strong></li>\r
  16       <li><strong>by Pairwise Identity<br>\r
  17         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage \r
  18         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put at \r
  19         the top. </em></li>\r
  20       <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will have \r
  21         some additional options if you have just done a multiple alignment calculation, \r
  22         or opened a tree viewer window.</em><br>\r
  23       </li>\r
  24     </ul>\r
  25   </li>\r
  26   <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>\r
  27     <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently selected \r
  28     region. See <a\r
  29     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em> \r
  30     <ul>\r
  31       <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>\r
  32       <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>\r
  33       <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>\r
  34       <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>\r
  35         </strong></li>\r
  36     </ul>\r
  37   </li>\r
  38   <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>\r
  39     <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise \r
  40     alignments</a>.</em><br>\r
  41   </li>\r
  42   <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>\r
  43     <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 scores \r
  44     in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component \r
  45     Analysis</a>.</em> <br>\r
  46   </li>\r
  47   <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>\r
  48     <em>For large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate \r
  49     Consensus&quot; when editing. This prevents lengthy calculations which are \r
  50     performed after each sequence edit.</em> <br>\r
  51   </li>\r
  52 </ul>\r
  53   </body>\r
  54 </html>\r