help/html/menus/alwcolour.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>Colour</strong></li>\r
   8 </ul>\r
   9 <blockquote> \r
  10   <ul>\r
  11     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>\r
  12       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour \r
  13       will be applied to all currently defined groups.<br>\r
  14       </em></li>\r
  15     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage \r
  16       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, \r
  17       Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>\r
  18       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for \r
  19       a description of all colour schemes.</em><br>\r
  20     </li>\r
  21     <li><strong>By Conservation<br>\r
  22       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring \r
  23       by Conservation</a>.</em><br>\r
  24     </li>\r
  25     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>\r
  26       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window. \r
  27       Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option \r
  28       appears to be doing nothing!</em><br>\r
  29     </li>\r
  30     <li><strong>Above Identity Threshold<br>\r
  31       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage \r
  32       Identity</a></em><strong>.<br>\r
  33       </strong></li>\r
  34     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>\r
  35       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity. \r
  36       Useful if the window has been closed.<br>\r
  37       </em></li>\r
  38     <li><strong>By Annotation</strong><br>\r
  39       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation. \r
  40       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>\r
  41     </li>\r
  42   </ul>\r
  43 </blockquote>\r
  44 </body>\r
  45 </html>\r