help/html/menus/alwedit.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Edit Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>Edit</strong></li>\r
   8 </ul>\r
   9 <blockquote>\r
  10   <ul>\r
  11     <li><strong>Undo</strong><em><br>\r
  12       This will undo any edits you make to the alignment. This applies to insertion\r
  13       or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the alignment or\r
  14       pasting sequences to the current alignment or sorting the\r
  15       alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour\r
  16       changes, adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. <br>\r
  17       </em></li>\r
  18     <li><strong>Redo<br>\r
  19       </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. <br>\r
  20       </em></li>\r
  21     <li><strong>Cut<br>\r
  22       </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues before\r
  23       removing them from your alignment. Click on a sequence name if you wish\r
  24       to select a whole sequence. <br>\r
  25       Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.<br>\r
  26       </em></li>\r
  27     <li><strong>Copy</strong><br>\r
  28       <em>Copies the currently selected residues to the system\r
  29       clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C\r
  30       (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>\r
  31       If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will see\r
  32       the format of the copied residues is a tab separated list:<br>\r
  33 <pre>\r
  34 NAME    START_RES    END_RES    SEQUENCE\r
  35 </pre><br>\r
  36       </em></li>\r
  37     <li><strong>Paste</strong>\r
  38       <ul>\r
  39         <li><strong>To New Alignment<br>\r
  40           </strong><em>A new alignment window will be created from sequences previously\r
  41           copied or cut to the system clipboard. <br>\r
  42           Use &lt;CTRL&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and V on MacOSX) to paste.</em></li>\r
  43         <li><strong>Add To This Alignment<br>\r
  44           </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be added\r
  45           to the current Jalview alignment. <br>\r
  46           </em><strong> </strong></li>\r
  47       </ul>\r
  48     </li>\r
  49     <li><strong>Delete<br>\r
  50       </strong><em>This will delete the currently selected residues\r
  51       without copying them to the clipboard. Like the other edit\r
  52       operations, this can be undone with <strong>Undo</strong>.<br>\r
  53       </em></li>\r
  54     <li><strong>Select All<br>\r
  55       </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>\r
  56       Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.<br>\r
  57       </em></li>\r
  58     <li><strong>Deselect All<br>\r
  59       </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the\r
  60       alignment window. All selected sequences, residues and marked columns will\r
  61       be deselected. </em><em> <br>\r
  62       Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.<br>\r
  63       </em></li>\r
  64     <li><strong>Invert Selection<br>\r
  65       </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the current\r
  66       selection. <br>\r
  67       </em><strong> </strong></li>\r
  68     <li><strong>Undefine Groups<br>\r
  69       </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br> <strong>WARNING</strong>:\r
  70       This cannot be undone.<br>\r
  71       </em></li>\r
  72     <li><strong>Remove Left<br>\r
  73       </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be\r
  74       trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse\r
  75       click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column,\r
  76       or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.<br>\r
  77       </em></li>\r
  78     <li><strong>Remove Right<br>\r
  79       </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be\r
  80       trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse\r
  81       click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column,\r
  82       or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.<br>\r
  83       </em></li>\r
  84     <li><strong>Remove Empty Columns<br>\r
  85       </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,\r
  86       &quot;.&quot;) will be deleted.<br>\r
  87       You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
  88       </em><em><br>\r
  89       </em></li>\r
  90     <li><strong>Remove All Gaps</strong><br>\r
  91       <em><strong>All</strong> gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted from\r
  92       the alignment.<br>\r
  93       You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
  94       <br>\r
  95       </em> </li>\r
  96     <li><strong>Remove Redundancy<br>\r
  97       </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select\r
  98       a threshold. If the percentage identity between any two sequences\r
  99       (under the current alignment) exceeds this\r
 100       value then one of the sequences (the shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot;\r
 101       button to remove redundant sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last\r
 102       redundancy deletion.<br>\r
 103       </em></li>\r
 104     <li><strong>Pad Gaps<br>\r
 105       </strong><em>Adds gaps to the end of all the sequences so they\r
 106       are all the same length. This is useful for making a tree using\r
 107       unaligned sequences.<br>\r
 108       You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.\r
 109       </em></li>\r
 110   </ul>\r
 111 </blockquote>\r
 112 </body>\r
 113 </html>\r