help/html/menus/alwfile.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window File Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>File</strong><br>\r
   8   </li>\r
   9   <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>\r
  10     <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from Uniprot,\r
  11     EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by the European\r
  12     Bioinformatics Institute. See <a href="features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>.</em></li>\r
  13 </ul>\r
  14 <ul>\r
  15     <li><strong>Save As<br>\r
  16       </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window will\r
  17       open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine which\r
  18       <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.<br>\r
  19       </em></li>\r
  20     <li><strong>Export</strong> <em><br>\r
  21       Creates an alignment graphic with the current annotation,\r
  22       alignment background colours and group colours. If the alignment is <a\r
  23       href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also\r
  24       be wrapped and will have the same visible residue width as the\r
  25       open alignment.\r
  26       </em>\r
  27       <ul>\r
  28         <li><strong>HTML<br>\r
  29           </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a>\r
  30           from your alignment.</em></li>\r
  31         <li><strong>EPS<br>\r
  32           </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated\r
  33           Postscript</a> file from your alignment.</em></li>\r
  34         <li><strong>PNG<br>\r
  35           </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network\r
  36           Graphics</a> file from your alignment.<br>\r
  37           </em></li>\r
  38       </ul>\r
  39     </li>\r
  40     <li><strong>Output to Textbox<br>\r
  41       </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window\r
  42       which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or your\r
  43       standard operating system copy and paste keys. <br>\r
  44       Select the format of the text by selecting one of the following menu items.</em>\r
  45       <ul>\r
  46         <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>\r
  47         <li><strong>MSF</strong></li>\r
  48         <li><strong>CLUSTAL</strong></li>\r
  49         <li><strong>BLC</strong></li>\r
  50         <li><strong>PIR</strong></li>\r
  51         <li><strong>PFAM</strong><br></li>\r
  52       </ul>\r
  53     </li>\r
  54     <li><strong>Print<br>\r
  55       </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and\r
  56       colours of your alignment. If the alignment has annotations visible, these\r
  57       will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped the number\r
  58       of residues per line of your alignment will depend on the paper width or\r
  59       your alignment window width, whichever is the smaller. <br>\r
  60       </em></li>\r
  61     <li><strong>Load Associated Tree<br>\r
  62       </strong><em>Jalview can <a\r
  63       href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in\r
  64       the Newick file format, and associate them with the\r
  65       alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment\r
  66       MUST be the same.<br>\r
  67       </em></li>\r
  68       <li><strong>Load Features / Annotations<br>\r
  69         </strong><em>Load files describing precalculated <a href="../features/featuresFormat.html">sequence\r
  70         features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment\r
  71         annotations</a>.</em></li>\r
  72     <li><strong>Close<br>\r
  73       </strong><em>Close the alignment window. Make sure you have\r
  74       saved your alignment before you close - either as a Jalview\r
  75       project or by using the <strong>Save As</strong> menu.<br>\r
  76       </em></li>\r
  77   </ul>\r
  78 </body>\r
  79 </html>\r