help/html/menus/alwfile.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window File Menu</strong></p>
   8 <ul>
   9         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  10         <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  11         Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  12         the European Bioinformatics Institute. See <a
  13                 href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  14         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  15         Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  16         paste window </em></li>
  17         <li><strong>Reload</strong><em><br>
  18         Reloads the alignment from the original file, if available.<br><strong>Warning:
  19         This will delete any edits, analyses and colourings applied since the
  20         alignment was last saved, and cannot be undone.</strong></em></li>
  21         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  22         Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  23         the same format, updating the original in place. </em></li>
  24         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  25         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window will
  26         open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine
  27         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>
  28         <li><strong>Output to Textbox<br>
  29         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window
  30         which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or
  31         your standard operating system copy and paste keys. <br>
  32         Select the format of the text by selecting one of the following menu
  33         items.</em>
  34         <ul>
  35                 <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  36                 <li><strong>MSF</strong></li>
  37                 <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  38                 <li><strong>BLC</strong></li>
  39                 <li><strong>PIR</strong></li>
  40                 <li><strong>PFAM</strong></li>
  41         </ul>
  42         </li>
  43         <li><strong>Print (Control P)<br>
  44         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  45         colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  46         these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  47         the number of residues per line of your alignment will depend on the
  48         paper width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>
  49         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  50         Creates an alignment graphic with the current view's annotation, alignment
  51         background colours and group colours. If the alignment is <a
  52                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  53         wrapped and will have the same visible residue width as the open
  54         alignment. </em>
  55         <ul>
  56                 <li><strong>HTML<br>
  57                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  58                 alignment.</em></li>
  59                 <li><strong>EPS<br>
  60                 </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  61                 Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
  62                 <li><strong>PNG<br>
  63                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
  64                 Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
  65         </ul>
  66         </li>
  67         <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  68         All features visible on the alignment can be saved to file or displayed
  69         in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
  70         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  71         All annotations visible on the alignment can be saved to file or
  72         displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
  73         <li><strong>Load Associated Tree<br>
  74         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
  75         trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
  76         alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
  77         the same.</em></li>
  78         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
  79         </strong><em>Load files describing precalculated <a
  80                 href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
  81                 href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
  82         <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
  83         <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
  84         alignment before you close - either as a Jalview project or by using
  85         the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
  86 </ul>
  87 </body>
  88 </html>