Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability
[jalview.git] / help / html / menus / alwformat.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <p>
24   <strong>Alignment Window Format Menu</strong>
25 </p>
26 <ul>
27   <li><strong>Font...</strong><br> <em>Opens the
28       &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to change the font of
29       the display and enable or disable 'smooth fonts' (anti-aliasing)
30       for faster alignment rendering. </em></em></li>
31   <li><strong>Wrap<br>
32   </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
33       href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width
34       of the alignment window. This is useful if your alignment has only
35       a few sequences to view its full width at once.<br>
36       Additional options for display of sequence numbering and scales
37       are also visible in wrapped layout mode:
38   </em>
39     <ul>
40       <li><strong>Scale Left</strong><br> <em>Show the
41           sequence position for the first aligned residue in each row in
42           the left column of the alignment.</em></li>
43       <li><strong>Scale Right</strong><br> <em>Show the
44           sequence position for the last aligned residue in each row in
45           the right-most column of the alignment.</em></li>
46       <li><strong>Scale Above</strong><br> <em>Show the
47           alignment column position scale.</em></li>
48     </ul>
49   <li><strong>Show Sequence Limits<br>
50   </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
51       and end position of the sequence appended to the name, in the
52       format NAME/START-END</em></li>
53   <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
54   </strong> <em>If this box is selected then the sequence names displayed in
55       the sequence label area will be aligned against the left-hand edge
56       of the alignment display, rather than the left-hand edge of the
57       alignment window.</em></li>
58   <li><strong>Show Hidden Markers<br>
59   </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
60       rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</em></li>
61   <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is selected
62       the background of a residue will be coloured using the selected
63       background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour
64       Text.&quot; </em></li>
65   <li><strong>Text<br>
66   </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
67       standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
68   <li><strong>Colour Text<br>
69   </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according
70       to the background colour associated with that residue. The colour
71       is slightly darker than background so the amino acid symbol
72       remains visible. </em></li>
73   <li><strong>Show Gaps<br>
74   </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
75       &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters
76       will appear as blank spaces. <br> You may set the default gap
77       character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
78   </em></li>
79   <li><strong>Centre Column Labels<br>
80   </strong><em>When this is selected, the text labels within each annotation
81       row will be centred on the column that they are associated with. </em></li>
82   <li><strong>Show Unconserved<br>
83   </strong><em>When this is selected, all consensus sequence symbols will be
84       rendered as a '.', highlighting mutations in highly conserved
85       alignments. </em></li>
86
87 </ul>
88 </body>
89 </html>