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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <body>
  24   <p>
  25     <strong>Alignment Window Select Menu</strong>
  26   </p>
  27   <ul>
  28
  29     <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
  30           (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
  31         search for residues, sequence name or residue position within
  32         the alignment and create new sequence features from the queries.
  33     </em>
  34     <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
  35     </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
  36         Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to
  37         select all.
  38     </em></em></li>
  39     <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
  40     </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
  41         alignment window. All selected sequences, residues and marked
  42         columns will be deselected. </em><em> <br> Use
  43         &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
  44     </em></li>
  45     <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
  46     </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
  47         current selection. </em></li>
  48     <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
  49     </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
  50         column selection. </em></li>
  51     <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
  52         a group containing the currently selected sequences.</em></li>
  53     <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong> <em>Ungroup
  54         the currently selected sequence group.</em></li>
  55     <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
  56         currently selected groups of the alignment will be subdivided
  57         according to the contents of the currently selected region. <br />Use
  58         this to subdivide an alignment based on the different
  59         combinations of residues at marked columns.
  60     </em></li>
  61     <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
  62     </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
  63         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
  64     </em></li>
  65     <li><strong><a
  66         href="../features/columnFilterByAnnotation.html"
  67       >Select/Hide Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select or
  68         Hide columns in the alignment according to secondary structure,
  69         labels and values shown in alignment annotation rows. </em></li>
  70   </ul>
  71 </body>
  72 </html>