JAL-1705 fetch Uniprot and PDB xrefs for Ensembl protein products
[jalview.git] / help / html / menus / alwselect.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <body>
24   <p>
25     <strong>Alignment Window Select Menu</strong>
26   </p>
27   <ul>
28
29     <li><a href="../features/search.html"><strong>Find...
30           (Control F)</strong></a><br> <em>Opens the Find dialog box to
31         search for residues, sequence name or residue position within
32         the alignment and create new sequence features from the queries.
33     </em>
34     <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
35     </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
36         Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to
37         select all.
38     </em></em></li>
39     <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
40     </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
41         alignment window. All selected sequences, residues and marked
42         columns will be deselected. </em><em> <br> Use
43         &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.
44     </em></li>
45     <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
46     </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
47         current selection. </em></li>
48     <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
49     </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
50         column selection. </em></li>
51     <li><strong>Create Group (Control G)<br></strong> <em>Create
52         a group containing the currently selected sequences.</em></li>
53     <li><strong>Remove Group (Shift Control G)<br></strong> <em>Ungroup
54         the currently selected sequence group.</em></li>
55     <li><strong>Make Groups for selection<br /></strong> <em>The
56         currently selected groups of the alignment will be subdivided
57         according to the contents of the currently selected region. <br />Use
58         this to subdivide an alignment based on the different
59         combinations of residues at marked columns.
60     </em></li>
61     <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
62     </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
63         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.
64     </em></li>
65     <li><strong><a
66         href="../features/columnFilterByAnnotation.html"
67       >Select/Hide Columns by Annotation</a></strong> <br /> <em>Select or
68         Hide columns in the alignment according to secondary structure,
69         labels and values shown in alignment annotation rows. </em></li>
70   </ul>
71 </body>
72 </html>