help/html/menus/alwselect.html

   1 <html>
   2 <head><body>
   3 <p><strong>Alignment Window Select Menu</strong></p>
   4 <ul>
   5
   6   <li><a href="../features/search.html"><strong>Find... (Control F)</strong></a><br>
   7     <em>Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or residue
   8     position within the alignment and create new sequence features from the queries.
   9     </em>
  10   <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
  11     </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
  12     Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></em></li>
  13         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
  14         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
  15         alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
  16         will be deselected. </em><em> <br>
  17         Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
  18         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
  19         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
  20         current selection. </em></li>
  21         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
  22         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
  23         column selection. </em></li>
  24         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
  25         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
  26         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
  27         <li><strong>Make Groups<br/></strong>
  28         <em>The currently selected groups of the alignment will be subdivided according to the contents of the currently selected region. <br/>Use this to subdivide an alignment based on the different combinations of residues observed at specific positions. (new in jalview 2.5)</em></li>
  29 </ul>
  30 </body>
  31 </html>