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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window View Menu</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  32         Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  33     <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br> Display
  34         each view associated with the alignment in its own alignment
  35         window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  36     <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br> Each
  37         view associated with the alignment will be displayed within its
  38         own tab on the current alignment window. </em></li>
  39     <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
  40         Sequences and Columns</strong>)</strong><em><br> All hidden Columns /
  41         Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  42     <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
  43         Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  44         Hides the currently selected Columns / Sequences / Region or
  45         everything but the selected Region.</em></li>
  46     <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  47     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
  48         display the highlighted sequence position corresponding to the
  49         position under the mouse pointer in a linked alignment or
  50         structure view.</em></li>
  51     <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
  52         or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  53     <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Sequence
  54           Feature Settings...</a></strong><em><br> Opens the Sequence
  55         Feature Settings dialog box to control the colour and display of
  56         sequence features on the alignment, and configure and retrieve
  57         features from DAS annotation servers.</em></li>
  58     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application
  59         only) <br>This submenu's options allow the inclusion or
  60         exclusion of non-positional sequence features or database cross
  61         references from the tooltip shown when the mouse hovers over the
  62         sequence ID panel.
  63     </em></li>
  64     <li><strong>Alignment Properties...<br>
  65     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the current
  66         alignment view and any named properties defined on the whole
  67         alignment.</em></li>
  68     <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
  69           Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
  70         will be displayed in a small window. A red box will indicate the
  71         currently visible area of the alignment. Move the visible region
  72         using the mouse. </em></li>
  73   </ul>
  74   <p>&nbsp;</p>
  75 </body>
  76 </html>