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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Window Menus</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Alignment Window View Menu</strong>
29   </p>
30   <ul>
31     <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
32         Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
33     <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br> Display
34         each view associated with the alignment in its own alignment
35         window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
36     <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br> Each
37         view associated with the alignment will be displayed within its
38         own tab on the current alignment window. </em></li>
39     <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences /
40         Sequences and Columns</strong>)</strong><em><br> All hidden Columns /
41         Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
42     <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences /
43         Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
44         Hides the currently selected Columns / Sequences / Region or
45         everything but the selected Region.</em></li>
46     <li><strong>Automatic Scrolling<br>
47     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to
48         display the highlighted sequence position corresponding to the
49         position under the mouse pointer in a linked alignment or
50         structure view.</em></li>
51     <li><strong>Show Sequence Features</strong><br> <em>Show
52         or hide sequence features on this alignment.</em></li>
53     <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Sequence
54           Feature Settings...</a></strong><em><br> Opens the Sequence
55         Feature Settings dialog box to control the colour and display of
56         sequence features on the alignment, and configure and retrieve
57         features from DAS annotation servers.</em></li>
58     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application
59         only) <br>This submenu's options allow the inclusion or
60         exclusion of non-positional sequence features or database cross
61         references from the tooltip shown when the mouse hovers over the
62         sequence ID panel.
63     </em></li>
64     <li><strong>Alignment Properties...<br>
65     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the current
66         alignment view and any named properties defined on the whole
67         alignment.</em></li>
68     <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
69           Window</a><br> </strong><em>A scaled version of the alignment
70         will be displayed in a small window. A red box will indicate the
71         currently visible area of the alignment. Move the visible region
72         using the mouse. </em></li>
73   </ul>
74   <p>&nbsp;</p>
75 </body>
76 </html>