help/html/menus/alwview.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Alignment Window Menus</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  42 <ul>
  43   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  44     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  45   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  46     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  47     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  48   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  49     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  50     on the current alignment window. </em></li>
  51   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  52     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  53   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  54     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  55   <li><strong>Show Annotations<br>
  56     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  57     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  58     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  59     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  60     <ul><li>
  61         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  62         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
  63         </li>
  64         <li>
  65         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  66         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  67         </li>
  68         <li>
  69         <strong>Show Consensus Profile<br></strong>
  70                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  71         </li>
  72         <li>
  73         <strong>Group Conservation<br></strong>
  74         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  75         </li>
  76         <li>
  77         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  78         When ticked, display a consensus row for all groups.
  79         </li>
  80         </ul>
  81     </li>
  82   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  83     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  84     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  85     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  86   </li>
  87   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  88     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  89   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  90     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  91     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  92     from DAS annotation servers.</em></li>
  93     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  94     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  95     non-positional sequence features or database cross references
  96     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  97   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  98     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  99     current alignment view and any named properties defined on the
 100     whole alignment.</em></li>
 101   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
 102     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
 103     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
 104     Move the visible region using the mouse. </em></li>
 105 </ul>
 106 <p>&nbsp;</p>
 107 </body>
 108 </html>