help/html/menus/desktopMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Desktop Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Desktop Menus</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>File</strong><em> </em> \r
   8     <ul>\r
   9       <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See more on <a href="../io/index.html">file \r
  10         formats</a>) </em> \r
  11         <ul>\r
  12           <li><strong>File</strong><br>\r
  13             <em>open file(s) on your local file system</em></li>\r
  14           <li><strong>URL</strong><br>\r
  15             <em>open a file from a website. The URL MUST start with http://</em></li>\r
  16           <li><strong>Textbox</strong><br>\r
  17             <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>\r
  18         </ul>\r
  19       </li>\r
  20       <li><strong>Fetch Sequence<br>\r
  21         </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids from \r
  22         Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by \r
  23         the European Bioinformatics Institute.</em></li>\r
  24       <li><strong>Save Project</strong><br>\r
  25         <em>Saves all currently open alignment windows with their current view \r
  26         settings and any associated trees, as a <a href="../features/jalarchive.html">Jalview \r
  27         Archive</a> (which has a .jar extension).</em></li>\r
  28       <li><strong>Load Project</strong><br>\r
  29         <em>Loads Jalview archives <strong>only</strong>.</em></li>\r
  30       <li><strong>Quit</strong><br>\r
  31         <em>Close Jalview. Warning - any annotations you have made on alignments \r
  32         will be lost unless you Save your work before quitting.</em><br>\r
  33       </li>\r
  34     </ul>\r
  35   </li>\r
  36   <li><strong>Tools </strong> \r
  37     <ul>\r
  38       <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>\r
  39         </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new alignment \r
  40         windows.</em><strong><br>\r
  41         </strong></li>\r
  42     </ul>\r
  43   </li>\r
  44   <li><strong>Help </strong> \r
  45     <ul>\r
  46       <li><strong>About<br>\r
  47         </strong><em>Displays the version and creation date of the application, \r
  48         as well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>\r
  49       <li><strong>Documentation<br>\r
  50         </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages \r
  51         with a table of contents. </em><strong><br>\r
  52         </strong></li>\r
  53     </ul>\r
  54   </li>\r
  55   <li><strong>Window<br>\r
  56     </strong><em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a new \r
  57     menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu. If you are working \r
  58     with several alignments, trees or other types of windows use the &quot;Window&quot; \r
  59     menu to bring your window of choice to the top of the pile if it has been \r
  60     hidden by other windows. </em></li>\r
  61 </ul>\r
  62 </body>\r
  63 </html>\r