help/html/menus/desktopMenu.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Desktop Menus</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>Desktop Menus</strong></p>
  42 <ul>
  43         <li><em> <strong>File</strong></em>
  44         <ul>
  45                 <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See more on <a
  46                         href="../io/index.html">file formats</a>) </em>
  47                 <ul>
  48                         <li><strong>File (Control O)</strong><br>
  49                         <em>open file(s) on your local file system</em></li>
  50                         <li><strong>URL</strong><br>
  51                         <em>open a file from a website. The URL MUST start with http://</em></li>
  52                         <li><strong>Textbox</strong><br>
  53                         <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>
  54                 </ul>
  55                 </li>
  56                 <li><strong>Fetch Sequence<br>
  57                 </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  58                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  59                 the European Bioinformatics Institute.</em></li>
  60                 <li><strong>Save Project</strong><br>
  61                 <em>Saves all currently open alignment windows with their current
  62                 view settings and any associated trees, as a <a
  63                         href="../features/jalarchive.html">Jalview Archive</a> (which has a
  64                 .jar extension).</em></li>
  65                 <li><strong>Load Project</strong><br>
  66                 <em>Loads Jalview archives <strong>only</strong>.</em></li>
  67                 <li><strong>Quit</strong><br>
  68         <em>Close Jalview. <br>
  69         <strong>Note - any annotation you have made on alignments will be lost
  70         unless you Save your work before quitting.</strong></em><br>
  71       </li>
  72         </ul>
  73         </li>
  74         <li><strong>Tools</strong>
  75         <ul>
  76                 <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>
  77                 </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new alignment
  78                 windows.</em></li>
  79                 <li><strong>Show Memory Usage<br></strong>
  80                 <em>When ticked, the currently available memory will be displayed in the
  81                 bottom right of the desktop background area.<br>
  82                 See the <a href="../memory.html">help on jalview memory settings</a> for more information.</em></li>
  83                 <li><strong>Collect Garbage<br></strong>
  84                 <em>Selecting this will initiate the Java Virtual Machine garbage collector, which might help free up some memory... perhaps.
  85                 </em></li>
  86                 <li><strong>Java Console<br/></strong>
  87                 <em>Toggles the display of a the Jalview Java Console window. This setting will be remembered in your user preferences.</em></li>
  88                 <li><strong>Groovy Console...<em> (only available if groovy is on the classpath)</em><br></strong>
  89                 <em>Open's the <a href="../groovy.html">Groovy Console</a> for interactive scripting.</em><strong><br></strong></li>
  90
  91         </ul>
  92         </li>
  93         <li><strong>Vamsas</strong>
  94         <em>For more details, read the <a href="../vamsas/index.html">Jalview VAMSAS documentation</a>.<br/>
  95         When no session is active, the menu provides options for initiating a new VAMSAS session:</em>
  96         <ul>
  97         <li><strong>Connect to<br/></strong>
  98         <em>Connect to one of the existing sessions available.</em></li>
  99         <li><strong>New VAMSAS session<br/></strong>
 100         <em>Initiates a new local VAMSAS session.</em></li>
 101         <li><strong>Load VAMSAS session...<br/></strong>
 102         <em>Opens a file browser allowing you to choose a VAMSAS document to import into a new local session.</em></li>
 103         </ul>
 104         <em>When Jalview is joined to a VAMSAS session, the menu contains the following:</em>
 105         <ul>
 106         <li><strong>Session Update<br/></strong>
 107         <em>Sends alignment data in the Jalview desktop to the VAMSAS session.</em></li>
 108         <li><strong>Save VAMSAS Session...<br/></strong>
 109         <em>Saves the current session to a VAMSAS document archive.</em></li>
 110         <li><strong>Stop VAMSAS Session<br/></strong>
 111         <em>Disconnects from the current session. You may be asked if you want to save the current session's data if no other VAMSAS clients are connected.</em></li>
 112         </ul>
 113         </li>
 114         <li><strong>Help </strong>
 115         <ul>
 116                 <li><strong>About<br>
 117                 </strong><em>Displays the version and creation date of the application, as
 118                 well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>
 119                 <li><strong>Documentation<br>
 120                 </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages
 121                 with a table of contents. </em><strong><br>
 122                 </strong></li>
 123         </ul>
 124         </li>
 125         <li><strong>Window</strong><br>
 126         <em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a
 127         corresponding menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu
 128         that will bring the window to the top of the pile when it is selected.
 129         <ul>
 130                 <li><strong>Close All</strong><br>
 131                 Close all alignment and analysis windows.<br><strong>Note: This will erase all alignments from memory, and cannot be undone!</strong></li>
 132                 <li><strong>Raise Associated Windows</strong><br>
 133                 Bring all windows associated with the current alignment to the top of the pile.
 134                 </li>
 135                 <li><strong>Minimise Associated Windows</strong><br>
 136                 Hide all windows related to the current alignment behind icons on the Jalview Desktop.
 137                 </ul>
 138                 </em></li>
 139         </ul>
 140 </body>
 141 </html>