help/html/menus/popupMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <title>Popup Menu</title>\r
   4 </head>\r
   5 \r
   6 <body>\r
   7 <p><strong>Popup Menu</strong><br>\r
   8 <em>This menu is visible when right clicking either within a\r
   9 selected region on the alignment or on a selected sequence name. It may\r
  10 not be accessible when in 'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em></p>\r
  11 <ul>\r
  12   <li><strong>Selection</strong> \r
  13     <ul>\r
  14       <li><strong>Edit </strong> \r
  15         <ul>\r
  16           <li><strong>Copy</strong><br>\r
  17             <em>Copys the selected region. In the applet version, the copied sequences \r
  18             are not available to the system clipboard.</em></li>\r
  19           <li><strong>Cut<br>\r
  20             </strong><em>Cuts the selected region from the alignment. In the applet \r
  21             version, the copied sequences are not available to the system clipboard.</em></li>\r
  22           <li><strong>Edit Sequence</strong><br>\r
  23             <em>Edit the selected sequence(s) directly. Spaces will be converted \r
  24             to current gap character.</em></li>\r
  25           <li><strong>To Upper Case</strong><em><strong><br>\r
  26             </strong><em>Changes the case of selected region to lower case.</em> \r
  27             </em></li>\r
  28           <li><strong>To Lower Case<br>\r
  29             </strong><em>Changes the case of selected region to upper case.</em><strong> \r
  30             </strong></li>\r
  31           <li><strong>Toggle Case</strong><br>\r
  32             <em>Switches the case of all residues within the selected region.</em></li>\r
  33         </ul>\r
  34       </li>\r
  35       <li><strong>Output to Textbox<br>\r
  36         </strong><em>The selection area will be output to a a text window in the \r
  37         selected alignment format. </em></li>\r
  38       <li><strong><a href="../features/creatinFeatures.html">Create Sequence Feature...</a></strong><br>\r
  39         <em>Opens the dialog box for creating sequence features over the currently \r
  40         selected region on each selected sequence.</em></li>\r
  41       <li><strong>Group</strong><br>\r
  42         <em>Group Operations</em> \r
  43         <ul>\r
  44           <li><strong>Group</strong><em>This will display a window asking for \r
  45             the name of the currently selected group. Click OK to set the name, \r
  46             cancel to use the default group name. </em></li>\r
  47           <li><strong>Remove Group<br>\r
  48             </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong> \r
  49             </strong></li>\r
  50           <li><strong>Group Colour<br>\r
  51             </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a> \r
  52             of the group.</em><strong> </strong></li>\r
  53           <li><strong>Boxes<br>\r
  54             </strong><em>If selected the background of a residue within the selected \r
  55             group will be coloured according to the assigned colour scheme.</em><strong> \r
  56             </strong></li>\r
  57           <li><strong>Text<br>\r
  58             </strong><em>If selected the selected group will display text. </em></li>\r
  59           <li><strong>Colour Text<br>\r
  60             </strong><em>If selected the selected group will display text in a \r
  61             colour slightly darker than the background colour of that residue.</em></li>\r
  62           <li><strong>Border Colour <br>\r
  63             </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour Chooser&quot; \r
  64             window. Select a colour than press OK to set the border colour of \r
  65             a group.</em></li>\r
  66         </ul>\r
  67       </li>\r
  68     </ul>\r
  69   </li>\r
  70   <li><strong>Sequence Id<br>\r
  71     </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence name. \r
  72     </em> \r
  73     <ul>\r
  74       <li><strong>Edit Name/Description<br>\r
  75         </strong><em>You may edit the name and description of each sequence. A \r
  76         window will be displayed asking for a new sequence name and sequence description \r
  77         to be entered. Press OK to accept your edit. To save sequence descriptions, \r
  78         you must save in Fasta, PIR or Jalview File format.</em></li>\r
  79       <li><em> </em></li>\r
  80       <li><strong>Represent Group With (Sequence Id)</strong><br>\r
  81         <em>All sequences in the current selection group will be hidden, apart \r
  82         from (Sequence Id). Any edits performed on the visible representative \r
  83         sequence will be propagated to the hidden sequences. </em></li>\r
  84       <li><strong>Link</strong><br>\r
  85         <em>This menu item lists all links which have been set up in the <a href="../features/preferences.html">Preferences</a> \r
  86         Connections tab.</em><strong><br>\r
  87         </strong></li>\r
  88     </ul>\r
  89   </li>\r
  90   <li><strong>Structure</strong> \r
  91     <ul>\r
  92       <li><strong>Associate Structure with Sequence</strong> \r
  93         <ul>\r
  94           <li><strong>From File<br>\r
  95             </strong><em>Load a PDB file from local disk which will be associated \r
  96             with this sequence. This file will be used if the user subsequently \r
  97             clicks on &quot;View PDB Structure&quot; menu item.</em></li>\r
  98           <li><strong>Enter PDB id<br>\r
  99             </strong><em>Enter the PDB id from an input window. This PDB id will \r
 100             be used by the service WSDBFetch, provided by the EBI, to fetch the \r
 101             PDB file if the user subsequently clicks on &quot;View PDB Structure&quot; \r
 102             menu item. </em></li>\r
 103           <li><strong>Discover PDB ids<br>\r
 104             </strong><em>This will use the service WSDBFetch, provided by the \r
 105             EBI, to retrieve all PDB ids associated with the sequences in the \r
 106             alignment if the sequences have valid Uniprot names or accession ids. \r
 107             </em></li>\r
 108         </ul>\r
 109       </li>\r
 110       <li><strong>View Structure<br>\r
 111         </strong><em> If the sequence has an associated PDB file added by one \r
 112         of the methods described above, Jalview will display a 3D interactive \r
 113         viewer of the file.<br>\r
 114         This entry is only present if the sequence has an <a\r
 115                         href="../features/viewingpdbs.html">associated PDB structure</a>.</em><br>\r
 116       </li>\r
 117     </ul>\r
 118   </li>\r
 119   <li><strong>Hide Sequences</strong><br>\r
 120     <em>Hides the currently selected seuqences in this alignment view.</em><strong><br>\r
 121     <br>\r
 122     </strong></li>\r
 123 </ul>\r
 124 </body>\r
 125 </html>\r