JAL-1705 fetch Uniprot and PDB xrefs for Ensembl protein products
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Web Service Menu</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu is
29       dynamic, and may contain user-defined web service entries in
30       addition to any of the following ones:</em>
31   <ul>
32     <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
33         submenu contains options for accessing any of the database
34         services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers and
35         the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify sequence
36         start/end positions and retrieve all database cross references
37         and PDB ids associated with all or just the selected sequences
38         in the alignment.
39         <ul>
40           <li>'Retrieve full Sequence' - when checked, Jalview will
41             retrieve the full sequence for any accessions associated
42             with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
43               This could cause out of memory errors when working with
44               genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
45               in Jalview 2.8.1</strong>
46           </li>
47           <li>'Standard Databases' will check sequences against the
48             EBI databases plus any active DAS sequence sources<</li>
49         </ul> Other submenus allow you to pick a specific source to query -
50         sources are listed alphabetically according to their nickname.
51     </em></li>
52   </ul>
53   <p>Selecting items from the following submenus will start a remote
54     service on compute facilities at the University of Dundee, or
55     elsewhere. You need a continuous network connection in order to use
56     these services through Jalview.</p>
57   <ul>
58     <li><strong>Alignment</strong><br />
59     <em> Align the currently selected sequences or all sequences in
60         the alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
61         sequences. Entries in this menu provide access to the various
62         alignment programs supported by <a
63         href="../webServices/JABAWS.html"
64       >JABAWS</a>. See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple
65           Sequence Alignment webservice client</a> entry for more
66         information.
67     </em></li>
68     <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
69       <ul>
70         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
71           <em>Secondary structure prediction by network consensus.
72             See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred3</a> client
73             entry for more information. The behaviour of this
74             calculation depends on the current selection:
75             <ul>
76               <li>If nothing is selected, and the displayed
77                 sequences appear to be aligned, then a JNet prediction
78                 will be run for the first sequence in the alignment,
79                 using the current alignment. Otherwise the first
80                 sequence will be submitted for prediction.</li>
81               <li>If just one sequence (or a region on one
82                 sequence) has been selected, it will be submitted to the
83                 automatic JNet prediction server for homolog detection
84                 and prediction.</li>
85               <li>If a set of sequences are selected, and they
86                 appear to be aligned, then the alignment will be used
87                 for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
88                 sequence in the set (that is, the one that appears first
89                 in the alignment window).
90               </li>
91             </ul>
92         </em>
93       </ul></li>
94     <li><strong>Analysis</strong><br />
95       <ul>
96         <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
97             functional residue analysis on a protein family alignment
98             with sub-families defined on it. See the <a
99             href="../webServices/shmr.html"
100           >Multi-Harmony service</a> entry for more information.
101         </em></li>
102       </ul></li>
103   </ul>
104 </body>
105 </html>