help/html/menus/wsmenu.html

   1 <html>
   2 <head><title>Web Service Menu</title></head>
   3
   4 <body>
   5 <p><strong>Web Service Menu</strong></p>
   6 <p><strong><br>
   7   </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service
   8   on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network
   9   connection in order to use these services through Jalview. </em> </p>
  10 <ul>
  11   <li><strong>Fetch DB References</strong><br>
  12   <em>This will use the service WSDBFetch, provided by the EBI, to retrieve all
  13     uniprot database cross references and PDB ids associated with the selected sequences in
  14     the alignment if the sequences have valid Uniprot names or accession ids.</em><br>
  15   </li>
  16   <li><strong>Alignment</strong>
  17     <ul>
  18       <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
  19         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment
  20         with clustal W.</em></li>
  21       <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>
  22         <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment
  23         with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an existing
  24         alignment.</em></li>
  25       <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
  26         <em>Submits all, or just the currently selected region for alignment with
  27         MAFFT. </em> </li>
  28       <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>
  29         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment
  30         using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid sequences.</em></li>
  31     </ul>
  32   </li>
  33   <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  34     <ul>
  35       <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
  36         <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour
  37         of this calculation depends on the current selection: </em></li>
  38       <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to be
  39         aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence in
  40         the alignment, using the current alignment. Otherwise the first sequence
  41         will be submitted for prediction. </em></li>
  42       <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been selected,
  43         it will be submitted to the automatic JNet prediction server for homolog
  44         detection and prediction. </em></li>
  45       <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned,
  46         then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  47         sequence in the set (that is, the one that appears first in the alignment
  48         window). </em> </li>
  49     </ul>
  50   </li>
  51 </ul>
  52 <p><strong> </strong></p>
  53 </body>
  54 </html>