help/html/menus/wsmenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Web Service Menu</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Web Service Menu</strong></p>\r
   6 <p><strong><br>\r
   7   </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service \r
   8   on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network \r
   9   connection in order to use these services through Jalview. </em> </p>\r
  10 <ul>\r
  11   <li><strong>Alignment</strong> \r
  12     <ul>\r
  13       <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
  14         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment \r
  15         with clustal W.</em></li>\r
  16       <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>\r
  17         <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment \r
  18         with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an existing \r
  19         alignment.</em></li>\r
  20       <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
  21         <em>Submits all, or just the currently selected region for alignment with \r
  22         MAFFT. </em> </li>\r
  23       <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>\r
  24         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment \r
  25         using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid sequences.</em></li>\r
  26     </ul>\r
  27   </li>\r
  28   <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong> \r
  29     <ul>\r
  30       <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>\r
  31         <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour \r
  32         of this calculation depends on the current selection: </em></li>\r
  33       <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to be \r
  34         aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence in \r
  35         the alignment, using the current alignment. Otherwise the first sequence \r
  36         will be submitted for prediction. </em></li>\r
  37       <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been selected, \r
  38         it will be submitted to the automatic JNet prediction server for homolog \r
  39         detection and prediction. </em></li>\r
  40       <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned, \r
  41         then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong> \r
  42         sequence in the set (that is, the one that appears first in the alignment \r
  43         window). </em> </li>\r
  44     </ul>\r
  45   </li>\r
  46 </ul>\r
  47 <p><strong> </strong></p>\r
  48 </body>\r
  49 </html>\r