Merge branch 'docs/2_8_1_Release' into Release_2_8_1_Branch
[jalview.git] / help / html / misc / aaproperties.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
19 -->
20 <head><title>Amino Acid Properties</title>
21 </head>
22 <body><div align="center">
23 <h1>Amino Acid Properties</h1>
24   <img src="properties.gif">
25   <br>
26   <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
27     <tr>
28       <td width="291"><pre><font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>
29 XXXXXXXXXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic
30 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar
31 &middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small
32 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline
33 &middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny
34 XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic
35 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic
36 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive
37 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative
38 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font></pre></td>
39     </tr>
40   </table>
41   </div>
42 <p><br>
43    From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
44   "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue
45   Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9, 745-756. </p>
46   <br>
47 </div>
48 </body>
49 </html>