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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Nucleic Acid Support</title>
24 <style type="text/css">
25 <!--
26 td {
27         font-family: "Courier New", Courier, mono;
28         font-style: normal;
29         font-size: medium;
30 }
31 -->
32 </style>
33 </head>
34 <body>
35   <p>
36     <strong>Nucleic Acid Support</strong>
37   </p>
38   <p>
39     <em>Colour Schemes</em>
40   </p>
41   <p>Jalview has color schemes for nucleic acid based sequences,
42     ability to fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure
43     coloring</p>
44   <p>
45     Information on the <a href="../colourSchemes/nucleotide.html">Nucleotide
46       colour scheme</a> and <a href="../colourSchemes/purinepyrimidine.html">
47       Purine/Pyrimidine colour scheme</a> are available under the Colour
48     Menu. See <a href="../colourSchemes/index.html">Colour Schemes</a>.
49   </p>
50   <p>
51     <em>RNA Support</em>
52   </p>
53   Jalview supports annotation of RNA sequences with secondary structure
54   information. You can interactively
55   <a href="../features/annotation.html#rna">create and edit RNA
56     secondary structure annotation rows</a>, or import data in the following
57   way:
58   <ul>
59     <li><em>RFAM</em> - Sequences can be <a
60       href="../features/seqfetch.html">fetched</a> from the RFAM
61       database by accession number or ID.</li>
62     <li><em>Stockholm files</em> - WUSS (or VIENNA) dot-bracket
63       notation found in the secondary structure annotation line will be
64       imported as sequence or alignment associated secondary structure
65       annotation.</li>
66     <li><em>Clustal files</em> - certain RNA alignment programs,
67       such as <a href="http://rna.informatik.uni-freiburg.de/LocARNA">LocaRNA</a>
68       output consensus RNA secondary structure lines in the line
69       normally reserved for the Clustal consensus line in a clustal
70       file.</li>
71     <li><em>RNAML</em> Jalview can import RNAML files containing
72       sequences and extended secondary structure annotation derived from
73       RNA 3D structure</li>
74   </ul>
75   <p>
76     <strong>RNA Secondary Structure Visualization and Analysis</strong><br />
77     If a sequence or RNA alignment has secondary structure information,
78     the alignment will have a secondary structure line shown below it,
79     and a number of additional options become available:
80   <ul>
81     <li><a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
82         Helix colouring</a> - highlights columns of alignment involved in
83       particular RNA helices, Uses the first displayed secondary
84       structure annotation.</li>
85     <li><a href="../calculations/structureconsensus.html">Base
86         Pair Conservation Analysis</a> - shown as a histogram and base-pair
87       logo below the alignment. Uses the first displayed secondary
88       structure annotation row.</li>
89     <li><a href="../features/varna.html">2D Structure
90         Visualization in VARNA</a> - allows linked viewing of the consensus
91       or an individual sequence's structure. Accessed via the Sequence
92       ID popup menu.</li>
93     <li><strong>per sequence secondary structure
94         annotation</strong><br /> Sequence associated secondary structure
95       annotation imported via stockholm, PDB files, or other sources can
96       be shown on the alignment with the <strong>Colours&#8594;By
97         Annotation</strong> dialog box. Colours are assigned according to RNA
98       helix topology number (number of distinct nested helices).
99       Alignments can also be sorted by RNA helix secondary structure
100       topology number, <em>via</em> the <strong>Calculations&#8594;Sort&#8594;By
101         Annotation&#8594;Secondary Structure</strong> option (only present when
102       per-sequence secondary structure is available).</li>
103   </ul>
104   <p>
105     <strong>Pseudo-knots</strong><br /> Jalview 2.8.2 introduced
106     limited support for working with structures including pseudoknots.
107     Where possible, extended WUSS symbols (e.g. different types of
108     parentheses, or upper and lower case letters) are preserved when
109     parsing RNA structure annotation and will be shaded differently when
110     displayed in the structure.<br /> Extended WUSS annotation is also
111     employed to distinguish different base pair interactions obtained
112     from RNAML files.
113   </p>
114
115   <p>
116     <strong>Limitations when working with RNA in Jalview</strong><br />
117     Currently, Jalview is not able to export RNA secondary structure
118     annotation in any format other than Jalview annotation </br> <em>Jalview's
119       RNA handling capabilities were introduced in v2.8</em>
120   </p>
121   <p align="center">&nbsp;</p>
122 </body>
123 </html>