additional instructions and use of -jar for launching
[jalview.git] / help / html / privacy.html
1 <html>
2 <head>
3 <title>Jalview Privacy Statement</title>
4 </head>
5 <body>
6 <p><strong>Privacy for Jalview Users</strong><br>
7 <p>The Jalview Desktop application which is available from the
8 www.jalview.org site does not contain code designed collect personal or
9 private information without your consent. However, we do collect usage
10 statistics to work out who is using Jalview, so we can apply for funding
11 to support Jalview development, and make it better for our users.</p>
12 <p>Usage data is collected from the logs of various web services that the Jalview Desktop contacts through its normal operation.
13 These are described below:</p>
14 <ul>
15         <li><em>HTTP logs on the Jalview website</em><br>
16         We record IP addresses of machines which access the web site, either
17         via the browser when downloading the application, or when the Jalview
18         Desktop user interface is launched.<br><br>
19         <ul>
20                 <li><i>The JNLP file at www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp
21                 is retrieved to determine if you are running the latest version of
22                 Jalview.</i></li>
23                 <li><i>The questionnaire web service at
24                 www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl is checked and a unique
25                 cookie for the current questionnaire is stored in the Jalview
26                 properties file.</i></li>
27                 <li><i>The Jalview web services stack is contacted to
28                 retrieve the currently available web services. All interactions with
29                 the public jalview web services are logged, but we delete all job data
30                 (input data and results) after about two weeks.</i></li>
31         </ul><br>
32         </li>
33         <li><em>Google Analytics</em><br>
34         Since jalview 2.4.0b2, the Jalview Desktop records usage data with
35         Google Analytics via the <a
36                 href="http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/">JGoogleAnalytics</a>
37         class.<br>
38         The Google Analytics logs for Jalview version 2.4 only record the fact
39         that the application was started, but in the future, we will use this
40         mechanism to improve the Desktop user interface, by tracking which
41         parts of the user interface are being used most often.</li>
42 </ul>
43 </p>
44 <p><strong>Stopping Jalview from calling home</strong><br>
45 If you run Jalview in 'headless mode' via the command line, then the
46 program shouldn't try to contact any of the web servers mentioned above
47 (if it does, then it's a bug!). You can also specify some <a
48         href="features/commandline.html">command line options</a> to disable
49 the questionnaire and usage statistics check. Finally, the <a
50         href="features/preferences.html#connections">Connections Tab</a> of the
51 jalview preferences contains options for controlling the submission of
52 usage statistics.
53 <p><strong>Other Web Clients in Jalview</strong><br>
54 The Jalview desktop is intended to make it easier to interact with
55 web-based bioinformatics resources. However, we can't take any
56 responsibility for the integrity of any external services you might
57 access via the program. Sorry!</p>
58 </body>
59 </html>