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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  86               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  90               extension when importing structure files without embedded
  91               names or PDB accessions
  92             </li>
  93           </ul>
  94           <em>Application</em>
  95           <ul>
  96             <li>
  97               <!-- JAL-2447 -->
  98               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  99               menu to hide or show untested features in the application.
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 102           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 103           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 104           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 105           </ul>
 106           <em>Experimental features</em>
 107           <ul>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 110               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 111               features, and vice-versa.
 112             </li>
 113           </ul>
 114           <em>Applet</em>
 115           <ul>
 116           <li><!--  --></li>
 117           </ul>
 118           <em>Test Suite</em>
 119           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 120           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 121           <li><!--  -->
 122           </ul>
 123           </div></td><td><div align="left">
 124           <em>General</em>
 125           <ul>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 128               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 129               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 133               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 134               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 135               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 136               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 137               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 138               Jalview's PCAs were different to those produced by
 139               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 140               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 141               behaviour<br />
 142               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 143               2.10.1 mode<br />
 144               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 145               restore 2.10.2 mode
 146             </li>
 147             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 148           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 149           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 150           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 151           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 152           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 153           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 154           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 155           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 156           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 157           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 158           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 159           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 160           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 161           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 162           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 163           </ul>
 164           <em>Application</em>
 165           <ul>
 166           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 167           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 168           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 169           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 170           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 171           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 172           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 173           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 174           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 175           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 176           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 177           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 180               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 181               the project is loaded and the structure viewed
 182             </li>
 183           </ul>
 184           <em>Applet</em>
 185           <ul>
 186           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 187           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 188           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 189           </ul>
 190           <em>New Known Issues</em>
 191           <ul>
 192           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 193           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 194           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 195           </ul>
 196
 197           </div>
 198     <tr>
 199       <td width="60" nowrap>
 200         <div align="center">
 201           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 202             <em>29/11/2016</em></strong>
 203         </div>
 204       </td>
 205       <td><div align="left">
 206           <em>General</em>
 207           <ul>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 210               for all consensus calculations
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 214             </li>
 215             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 216               for 2016-2017</li>
 217           </ul>
 218           <em>Application</em>
 219           <ul>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 222               set of database cross-references, sorted alphabetically
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 226               from database cross references. Users with custom links
 227               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 228                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 232               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 233               Chimera session
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 237               the Chimera it is connected to is shut down
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 241               columns menu item to mark columns containing
 242               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 243               of a Find operation)
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 247               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 248               MSAviewer
 249             </li>
 250           </ul>
 251         </div></td>
 252       <td>
 253         <div align="left">
 254           <em>General</em>
 255           <ul>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 258               are not coloured or thresholded according to percent
 259               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 263               hydrophobic
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 267               threshold, amino acid properties)
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 271               reported as mapped to residues in a structure file in the
 272               View Mapping report
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 276               could be added multiple times to a sequence
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 280               bond features shown as two highlighted residues rather
 281               than a range in linked structure views, and treated
 282               correctly when selecting and computing trees from features
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 286               cross-references are matched to database name regardless
 287               of case
 288             </li>
 289
 290           </ul>
 291           <em>Application</em>
 292           <ul>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 295               names without regular expressions also offer links from
 296               Sequence ID
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 300               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 301               update Jalview configuration
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 305               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 309               files with similarly named sequences if dropped onto the
 310               alignment
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 314               entries where more chains exist in the PDB accession than
 315               are reported in the SIFTS file
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 319               the structure view when displayed with Chimera
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 323               panel's View->Show Chains submenu
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 327               work for wrapped alignment views
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 331               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 335               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 336               first annotation row
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 340               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 341             </li>
 342             <li>
 343             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 344             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 345           </ul>
 346 <!--           <em>New Known Issues</em>
 347           <ul>
 348             <li></li>
 349           </ul> -->
 350         </div>
 351       </td>
 352     </tr>
 353       <td width="60" nowrap>
 354         <div align="center">
 355           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 356             <em>25/10/2016</em></strong>
 357         </div>
 358       </td>
 359       <td><em>Application</em>
 360         <ul>
 361           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 362             view if structures already loaded</li>
 363           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 364             structure views</li>
 365         </ul></td>
 366       <td>
 367         <div align="left">
 368           <em>General</em>
 369           <ul>
 370             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 371               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 372             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 373               example sequences/projects/trees</li>
 374           </ul>
 375           <em>Application</em>
 376           <ul>
 377             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 378               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 379             <li>Multiple structure views can be opened and
 380               superposed without timeout for structures with multiple
 381               models or multiple sequences in alignment</li>
 382             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 383               a PDB ID HEADER line</li>
 384             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 385               superposition is performed</li>
 386             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 387               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 388             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 389             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 390               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 391               Refs UI option</li>
 392             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 393               view is created on the alignment</li>
 394             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 395               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 396               to open group pop-up menu</li>
 397           </ul>
 398           <em>Build and deployment</em>
 399           <ul>
 400             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 401               tags</li>
 402           </ul>
 403           <em>New Known Issues</em>
 404           <ul>
 405             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 406               work on Windows</li>
 407           </ul>
 408         </div>
 409       </td>
 410     </tr>
 411     <tr>
 412       <td width="60" nowrap>
 413         <div align="center">
 414           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 415         </div>
 416       </td>
 417       <td><em>General</em>
 418         <ul>
 419           <li>
 420           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 424             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 425             better PDB parsing.
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 429             reference sequence
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 433             mousing over sequence associated annotation
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 437             for manual entry
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 441             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 442             for each column
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 446             showing or hiding columns containing a feature
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 450             group and sequence associated annotation labels
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 454             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 455             dialogs
 456           </li>
 457
 458         </ul> <em>Application</em>
 459         <ul>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 462             gene/transcript view
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 466             dialog
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 470             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 474             Pfam sources to xfam.org
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 481             over sequences in Jalview
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 485             regions in ENA and EMBL
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 489             for record retrieval via ENA rest API
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 493             complement operator
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 497             groovy script execution
 498           </li>
 499           <li>
 500             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 501             alignment window's Calculate menu
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 505             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 509             calculation workers from groovy scripts
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 513             Jalview projects
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 517             associations are now saved/restored from project
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 521             before sequence fetcher is opened
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 525             database chooser opens a sequence fetcher
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 529             the UniProt REST API
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 533             the news reader opening
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 537             querying stored in preferences
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 541             search results
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 548             menu for nucleotide sequences
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 552             and feature counts preserves alignment ordering (and
 553             debugged for complex feature sets).
 554           </li>
 555           <li>
 556             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 557             viewing structures with Jalview 2.10
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 561             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 562             Ensembl Genomes REST API
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 566             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 567             (Ensembl)
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 571             sequences
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 575             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 576             data from external database records.
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 580             efficient recovery of sequence coding and alignment
 581             annotation relationships.
 582           </li>
 583         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 584         <ul>
 585           <li>
 586             -- JAL---
 587           </li>
 588         </ul> --></td>
 589       <td>
 590         <div align="left">
 591           <em>General</em>
 592           <ul>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 595               menu on OSX
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 599               includes graduated colourschemes
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 603               working with big alignments and lots of hidden columns
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 607               at right of alignment window
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 611               contents
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 615               for DNA alignments
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 619               based tree calculation
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 623               unconserved enabled for group on alignment
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 627               set as reference
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 631               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 632               annotation
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 636               hidden columns present
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 640               user created annotation added to alignment
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 644               '()' base pair annotation
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 648               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 649               Consensus
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 653               feature not working
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 657               beginning of sequence
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 661               entry 3a6s
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 665               from a tree when t-coffee scores are shown
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 669               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 673               some structures
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 677               to Clustal, PIR and PileUp output
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 681               not visible causes alignment window to repaint
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 685               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 686               scores associated with features and annotation rows
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 690               calculation should be case independent
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 694               columns
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 698               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 699               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 703               problems when reference sequence defined and 'show
 704               non-conserved' enabled
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 708               load even when Consensus calculation is disabled
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 712               alignment does nothing
 713             </li>
 714           </ul>
 715           <em>Application</em>
 716           <ul>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 719               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 720               yet fixed for El Capitan)
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 724               output when running on non-gb/us i18n platforms
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 728               hidden sequences as flat-file alignment
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 732               launching Chimera
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 736               (also hotfix for 2.9.0b2)
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 740               reference sequence defined
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 744               alignments and views when revealing hidden columns
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 748               view in a cDNA/Protein splitframe
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 752               sequence from project when only one sequence is
 753               represented
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 757               in Structure Chooser
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 761               structure consensus didn't refresh annotation panel
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 765               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 769               dialogs format columns correctly, don't display array
 770               data, sort columns according to type
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 774               file chooser is cancelled during an image export
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 778               sequence name containing special characters
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 782               case insensitive
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 786               formatting don't wrap
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 790               truncated so L looks like I in consensus annotation
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 794               currently displayed features for the current selection or
 795               view
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 799               after fetching cross-references, and restoring from project
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 803               followed in the structure viewer
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 807               splitframe not restored from project
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 811               trailing end of protein alignment in transcript/product
 812               splitview when pad-gaps not enabled by default
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 816               is case dependent
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 820               article has been read (reopened issue due to
 821               internationalisation problems)
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 825               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 826               cross-references
 827             </li>
 828
 829             <li>
 830               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 831               alignment as HTML
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 835               multiple structures are shown for one or more sequences.
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 839               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 840               is enabled.
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 844               specific PDB id for sequence
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 848               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 849               columns' is disabled.
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 853               selects lowest rather than highest resolution structures
 854               for each sequence
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 858               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 862               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 863             </li>
 864             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 865               after clicking on it to create new annotation for a
 866               column.
 867             </li>
 868             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 869             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 870           </ul>
 871           <em>Applet</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 875               hidden columns present before start of sequence
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 879               (JSON jars)
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 883               sequences are hidden in applet
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 887               deployment on examples pages.
 888             </li>
 889           </ul>
 890         </div>
 891       </td>
 892     </tr>
 893     <tr>
 894       <td width="60" nowrap>
 895         <div align="center">
 896           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 897             <em>16/10/2015</em></strong>
 898         </div>
 899       </td>
 900       <td><em>General</em>
 901         <ul>
 902           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 903             jars</li>
 904         </ul></td>
 905       <td>
 906         <div align="left">
 907           <em>Application</em>
 908           <ul>
 909             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 910               shown when tree is partitioned</li>
 911             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 912               multiple cDNA/Protein split views</li>
 913           </ul>
 914         </div>
 915       </td>
 916     </tr>
 917     <tr>
 918       <td width="60" nowrap>
 919         <div align="center">
 920           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 921             <em>8/10/2015</em></strong>
 922         </div>
 923       </td>
 924       <td><em>General</em>
 925         <ul>
 926           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 927             2.9</li>
 928         </ul> <em>Application</em>
 929         <ul>
 930           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 931           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 932           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 933         </ul> <em>Applet</em>
 934         <ul>
 935           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 936         </ul><em>Build and Deployment</em>
 937         <ul>
 938           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 939         </ul></td>
 940       <td>
 941         <div align="left">
 942           <em>General</em>
 943           <ul>
 944             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 945               incorrect when sequence start > 1</li>
 946             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 947               documentation</li>
 948             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 949             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 950               loading a features file containing HTML tags in feature
 951               description</li>
 952
 953           </ul>
 954           <em>Application</em>
 955           <ul>
 956             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 957               reimport</li>
 958             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 959               with 'trim retrieved sequences'</li>
 960             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 961               deleting selected columns</li>
 962             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 963               JNLP templates for webstart launch</li>
 964             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 965               unreleased structures for download or viewing</li>
 966             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 967               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 968             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 969               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 970             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 971               recovered from jalview project</li>
 972             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 973               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 974               alignment view</li>
 975             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 976               color schemes from BioJSON</li>
 977           </ul>
 978           <em>Applet</em>
 979           <ul>
 980             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 981               frame</li>
 982             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 983           </ul>
 984         </div>
 985       </td>
 986     </tr>
 987     <tr>
 988       <td><div align="center">
 989           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 990         </div></td>
 991       <td><em>General</em>
 992         <ul>
 993           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 994             alignments:
 995             <ul>
 996               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 997                 and DNA alignment views</li>
 998               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 999                 cDNA alignment views</li>
1000               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1001                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1002               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1003                 protein sequences</li>
1004             </ul>
1005           </li>
1006           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1007           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1008             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1009           <li>New alignment annotation file statements for
1010             reference sequences and marking hidden columns</li>
1011           <li>Reference sequence based alignment shading to
1012             highlight variation</li>
1013           <li>Select or hide columns according to alignment
1014             annotation</li>
1015           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1016           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1017             acid conservation row</li>
1018           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1019         </ul> <em>Application</em>
1020         <ul>
1021           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1022             <ul>
1023               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1024                 view with cDNA/Protein</li>
1025               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1026                 sequences are placed in the same alignment</li>
1027               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1028                 projects</li>
1029             </ul>
1030           </li>
1031
1032           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1033           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1034             Jalview windows</li>
1035
1036           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1037           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1038           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1039             be shown in VARNA</li>
1040
1041           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1042             as the active selected region</li>
1043
1044           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1045             similarity</li>
1046           <li>New Export options
1047             <ul>
1048               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1049                 region export in flat file generation</li>
1050
1051               <li>Export alignment views for display with the <a
1052                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1053
1054               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1055               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1056                 alignment figures to HTML</li>
1057           </li>
1058           <li>3D structure retrieval and display
1059             <ul>
1060               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1061                 Search API</li>
1062               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1063                 PDB structures for a sequence set</li>
1064             </ul>
1065           </li>
1066
1067           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1068             predictions</li>
1069           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1070             for one or a group of sequences</li>
1071           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1072             from the JPred4 web server</li>
1073           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1074             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1075             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1076           </li>
1077           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1078             VARNA 2D Structure'</li>
1079           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1080             Structure ..."</li>
1081
1082         </ul> <em>Applet</em>
1083         <ul>
1084           <li>New layout for applet example pages</li>
1085           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1086             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1087           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1088             Protein alignments</li>
1089         </ul> <em>Development and deployment</em>
1090         <ul>
1091           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1092           <li>Include installation type and git revision in build
1093             properties and console log output</li>
1094           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1095             storing BioJsMSA Templates</li>
1096           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1097         </ul></td>
1098       <td>
1099         <!-- <em>General</em>
1100         <ul>
1101         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1102         <ul>
1103           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1104           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1105           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1106             predictions are not highlighted in amber</li>
1107           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1108             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1109           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1110             associated structure views</li>
1111           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1112             width checkbox not enabled</li>
1113           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1114             creating user defined colours</li>
1115           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1116             mappings for just that viewer's sequences</li>
1117           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1118             multiple models in Chimera</li>
1119           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1120             over Jmol structure</li>
1121           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1122             output to text box</li>
1123           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1124             have incorrect sequence start/end</li>
1125           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1126             Jalview fails</li>
1127           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1128             work for nucleotide</li>
1129           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1130             to a grey/invisible alignment window</li>
1131           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1132             imports to different position</li>
1133           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1134             on some platforms</li>
1135           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1136             populated</li>
1137           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1138             console if Chimera has been opened</li>
1139           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1140           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1141             retrieved</li>
1142           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1143           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1144             either sequence shows on first structure</li>
1145           <li>'Show annotations' options should not make
1146             non-positional annotations visible</li>
1147           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1148             in right place after 'view flanking regions'</li>
1149           <li>File Save As type unset when current file format is
1150             unknown</li>
1151           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1152             projects</li>
1153           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1154             responsive</li>
1155           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1156             several views on same alignment</li>
1157           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1158           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1159             spaces</li>
1160         </ul> <em>Applet</em>
1161         <ul>
1162           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1163           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1164             descriptions containing angle brackets</li>
1165         </ul> <em>General</em>
1166         <ul>
1167           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1168             via jalview annotation file</li>
1169           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1170             with RNA secondary structure</li>
1171           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1172             translation doesn't work.</li>
1173           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1174           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1175             positions</li>
1176           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1177             choosing 1pt font</li>
1178           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1179             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1180             'h'</li>
1181           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1182             new feature</li>
1183           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1184             order dependent</li>
1185           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1186             sequences</li>
1187           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1188         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1189         <ul>
1190           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1191             www.jalview.org</li>
1192         </ul> <em>Application Known issues</em>
1193         <ul>
1194           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1195           <li>Misleading message appears after trying to delete
1196             solid column.</li>
1197           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1198             version launches</li>
1199           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1200             fails with a sequence mismatch</li>
1201           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1202             scrolling alignment to right</li>
1203           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1204             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1205           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1206             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1207           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1208             ultra-high resolution</li>
1209           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1210             quality and conservation</li>
1211           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1212             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1213         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1214         <ul>
1215           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1216           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1217             window is being resized</li>
1218
1219         </ul>
1220       </td>
1221     </tr>
1222     <tr>
1223       <td><div align="center">
1224           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1225         </div></td>
1226       <td><em>General</em>
1227         <ul>
1228           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1229             Certum.PL.</li>
1230           <li>Features and annotation preserved when performing
1231             pairwise alignment</li>
1232           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1233             imported/exported/displayed</li>
1234           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1235             protein secondary structure</li>
1236           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1237               post-hoc with 2.9 release</em>)
1238           </li>
1239
1240         </ul> <em>Application</em>
1241         <ul>
1242           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1243             with 3D structures</li>
1244           <li>Support for parsing RNAML</li>
1245           <li>Annotations menu for layout
1246             <ul>
1247               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1248               <li>place sequence annotation above/below alignment
1249                 annotation</li>
1250             </ul>
1251           <li>Output in Stockholm format</li>
1252           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1253             translation</li>
1254           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1255           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1256             shared between alignments</li>
1257           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1258             Jalview</li>
1259           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1260             all or current selection</li>
1261           <li>disorder and secondary structure predictions
1262             available as dataset annotation</li>
1263           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1264
1265
1266           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1267             alignments from Rfam</li>
1268           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1269
1270           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1271             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1272           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1273           <li>include installation type in build properties and
1274             console log output</li>
1275           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1276             annotation</li>
1277         </ul></td>
1278       <td>
1279         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1280         <ul>
1281           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1282             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1283           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1284             alignment</li>
1285           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1286           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1287           <li>Double click on sequence associated annotation
1288             selects only first column</li>
1289           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1290             leaves shown in tree</li>
1291           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1292             properly</li>
1293           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1294           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1295             screen and buttons not visible</li>
1296           <li>author list isn't updated if already written to
1297             Jalview properties</li>
1298           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1299             from database</li>
1300           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1301           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1302             browser search window</li>
1303           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1304             in feature settings dialog</li>
1305           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1306             desktop</li>
1307           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1308             pass validation</li>
1309           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1310             fit on screen</li>
1311           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1312             tooltip</li>
1313           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1314             defined user preset</li>
1315           <li>MSA web services warns user if they were launched
1316             with invalid input</li>
1317           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1318             Java 8</li>
1319           <li>
1320             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1321             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1322             created
1323           </li>
1324
1325         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1326                                 <ul>
1327                                 </ul> <em>General</em>
1328                                 <ul>
1329                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1330         <ul>
1331           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1332             memory allocation</li>
1333           <li>launchApp service doesn't automatically open
1334             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1335           <li>
1336             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1337             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1338             1.7_055 is available
1339           </li>
1340         </ul> <em>Application Known issues</em>
1341         <ul>
1342           <li>
1343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1344             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1345             alignment to right
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1349             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1350             with large number of ID
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1354             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1355             start/end
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1359             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1360             structure tracks are rearranged
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1364             invalid rna structure positional highlighting does not
1365             highlight position of invalid base pairs
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1369             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1370             project from alignment window file menu
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1374             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1375             structures
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1379             colour by RNA Helices not enabled when user created
1380             annotation added to alignment
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1384             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1385           </li>
1386         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1387         <ul>
1388           <li>
1389             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1390             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1394             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1395           </li>
1396
1397           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1398             when selected</li>
1399         </ul>
1400       </td>
1401     </tr>
1402     <tr>
1403       <td><div align="center">
1404           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1405         </div></td>
1406       <td>
1407         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1408         <em>General</em>
1409         <ul>
1410           <li>Internationalisation of user interface (usually
1411             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1412           <li>Define/Undefine group on current selection with
1413             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1414           <li>Improved group creation/removal options in
1415             alignment/sequence Popup menu</li>
1416           <li>Sensible precision for symbol distribution
1417             percentages shown in logo tooltip.</li>
1418           <li>Annotation panel height set according to amount of
1419             annotation when alignment first opened</li>
1420         </ul> <em>Application</em>
1421         <ul>
1422           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1423             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1424           <li>Select columns containing particular features from
1425             Feature Settings dialog</li>
1426           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1427             sequences</li>
1428           <li>Update Jalview project format:
1429             <ul>
1430               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1431               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1432                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1433               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1434                 colouring</li>
1435             </ul>
1436           </li>
1437           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1438             (PAM250)</li>
1439           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1440             flanking regions for an alignment</li>
1441         </ul>
1442       </td>
1443       <td>
1444         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1445         <ul>
1446           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1447             running after job is cancelled</li>
1448           <li>cannot export features from alignments imported from
1449             Jalview/VAMSAS projects</li>
1450           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1451             float values</li>
1452           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1453             have 'display all symbols' flag set</li>
1454           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1455             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1456           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1457             Jalview</li>
1458           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1459             Lion/Webstart</li>
1460           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1461           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1462           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1463             alignment onto desktop</li>
1464           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1465             'extract scores' function</li>
1466           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1467             alignment window</li>
1468           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1469             performing IUPred disorder prediction</li>
1470           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1471             changing 'normalise logo' display setting</li>
1472           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1473             nothing matches query</li>
1474           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1475             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1476           </li>
1477           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1478             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1479           </li>
1480           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1481             Jalview's menu</li>
1482           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1483             'invalid literal/length code'</li>
1484           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1485             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1486           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1487             colourscheme</li>
1488
1489         </ul> <em>Applet</em>
1490         <ul>
1491           <li>Remove group option is shown even when selection is
1492             not a group</li>
1493           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1494             don't affect groups</li>
1495           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1496             colourscheme name</li>
1497           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1498             Annotation panel is not displayed</li>
1499           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1500             embedded windows</li>
1501         </ul> <em>Other</em>
1502         <ul>
1503           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1504             single sequence were not calculated</li>
1505           <li>annotation files that contain only groups imported as
1506             annotation and junk sequences</li>
1507           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1508             recognised as PFAM or BLC</li>
1509           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1510             doesn't affect background (2.8.0b1)
1511           <li></li>
1512           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1513           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1514             trailing gaps</li>
1515           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1516             registered correctly on import</li>
1517           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1518             certain alignments</li>
1519           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1520             existing annotation based 'use original colours'
1521             colourscheme loses original colours setting</li>
1522         </ul>
1523       </td>
1524     </tr>
1525     <tr>
1526       <td><div align="center">
1527           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1528             <em>30/1/2014</em></strong>
1529         </div></td>
1530       <td>
1531         <ul>
1532           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1533             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1534             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1535             open source project).
1536           </li>
1537           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1538           </li>
1539           <li>Output in Stockholm format</li>
1540           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1541           <li>Export/import group and sequence associated line
1542             graph thresholds</li>
1543           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1544             ambiguity codes</li>
1545           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1546             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1547             works</li>
1548           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1549         </ul> <em>Other improvements</em>
1550         <ul>
1551           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1552           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1553             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1554           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1555             files</li>
1556           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1557           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1558             link but no description</li>
1559           <li>Select primary source when selecting authority in
1560             database fetcher GUI</li>
1561           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1562             Jalview</li>
1563           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1564         </ul>
1565       </td>
1566       <td>
1567         <ul>
1568           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1569             displayed</li>
1570           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1571             secondary structure annotation line</li>
1572           <li>Sequence database accessions not imported when
1573             fetching alignments from Rfam</li>
1574           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1575             identical IDs</li>
1576           <li>View all structures does not always superpose
1577             structures</li>
1578           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1579             reflect user or preset settings</li>
1580           <li>Null pointer exceptions for some services without
1581             presets or adjustable parameters</li>
1582           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1583             discover PDB xRefs</li>
1584           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1585             features with DAS</li>
1586           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1587             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1588           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1589             residue follows a gap</li>
1590           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1591             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1592           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1593             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1594           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1595             annotation already exists on alignment</li>
1596           <li>oninit javascript function should be called after
1597             initialisation completes</li>
1598           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1599             alignment window display</li>
1600           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1601           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1602             to annotation file</li>
1603           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1604             groups created</li>
1605           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1606             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1607           <li>Pressing return several times causes Number Format
1608             exceptions in keyboard mode</li>
1609           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1610             correct partitions for input data</li>
1611           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1612           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1613           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1614           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1615             mode</li>
1616           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1617             changes one row&#39;s threshold</li>
1618           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1619             doesn&#39;t open</li>
1620           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1621             quality histograms</li>
1622         </ul>
1623       </td>
1624     </tr>
1625     <tr>
1626       <td><div align="center">
1627           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1628         </div></td>
1629       <td><em>Application</em>
1630         <ul>
1631           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1632             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1633           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1634             preferences</li>
1635           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1636             in Jalview alignment window</li>
1637           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1638             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1639           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1640             RNA and ambiguity codes</li>
1641
1642           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1643           <li>Support fetching and database reference look up
1644             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1645             refs')</li>
1646           <li>Jalview project improvements
1647             <ul>
1648               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1649                 flag for annotation</li>
1650               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1651                 alignment</li>
1652               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1653                 Jalview project</li>
1654
1655             </ul>
1656           </li>
1657           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1658           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1659             running</li>
1660           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1661           <li>visual indication that web service results are still
1662             being retrieved from server</li>
1663           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1664             starts up for first time</li>
1665           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1666             services</li>
1667           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1668             client library</li>
1669           <li>Examples directory and Groovy library included in
1670             InstallAnywhere distribution</li>
1671         </ul> <em>Applet</em>
1672         <ul>
1673           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1674             visualization applet example</li>
1675         </ul> <em>General</em>
1676         <ul>
1677           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1678           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1679             defaults</li>
1680           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1681             calculation</li>
1682           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1683             matrices
1684           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1685             in HTML</li>
1686           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1687             structure contacts</li>
1688           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1689           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1690           <li>Parse sequence associated secondary structure
1691             information in Stockholm files</li>
1692           <li>HTML Export database accessions and annotation
1693             information presented in tooltip for sequences</li>
1694           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1695             style RNA alignment files</li>
1696           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1697             alignment</li>
1698           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1699             shade each sequence according to its associated alignment
1700             annotation</li>
1701           <li>New Jalview Logo</li>
1702         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1703         <ul>
1704           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1705           <li>New Website!</li>
1706         </ul></td>
1707       <td><em>Application</em>
1708         <ul>
1709           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1710             wsdbfetch REST service</li>
1711           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1712           <li>Filetype associations not installed for webstart
1713             launch</li>
1714           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1715             job execution in full once it is complete</li>
1716           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1717             uploaded via ali_file parameter</li>
1718           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1719           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1720           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1721             submitted for prediction</li>
1722           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1723             desktop window</li>
1724           <li>Putting fractional value into integer text box in
1725             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1726           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1727             windows 7</li>
1728           <li>View all structures fails with exception shown in
1729             structure view</li>
1730           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1731             escaped in a platform independent way</li>
1732           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1733             using proxy</li>
1734           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1735             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1736           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1737             failure when java web start temporary file caching is
1738             disabled</li>
1739           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1740             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1741           <li>Errors during processing of command line arguments
1742             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1743           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1744             DAS sources in sequence fetcher</li>
1745           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1746             dialog is shown</li>
1747           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1748           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1749           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1750           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1751             on OSX Mountain Lion</li>
1752           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1753             sequences with alignment annotation are pasted into the
1754             alignment</li>
1755           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1756             when loaded from Jalview project</li>
1757           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1758           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1759             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1760           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1761             associated with all views</li>
1762           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1763             annotation rows to new window</li>
1764         </ul> <em>Applet</em>
1765         <ul>
1766           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1767             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1768           <li>loading features via javascript API automatically
1769             enables feature display</li>
1770           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1771             work</li>
1772         </ul> <em>General</em>
1773         <ul>
1774           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1775           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1776             and then deselected</li>
1777           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1778           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1779             coloured with clustalx</li>
1780           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1781             exceptions and redraw errors</li>
1782           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1783             reconfigured view</li>
1784           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1785             colour</li>
1786           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1787             for lots of labels</li>
1788         </ul>
1789     </tr>
1790     <tr>
1791       <td>
1792         <div align="center">
1793           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1794         </div>
1795       </td>
1796       <td><em>Application</em>
1797         <ul>
1798           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1799           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1800           <li>View/alignment association menu to enable user to
1801             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1802             its colours/correspondences from</li>
1803           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1804           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1805             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1806           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1807           <li>Annotation row column label formatting attributes
1808             stored in project file</li>
1809           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1810             rows preserved in Jalview project file</li>
1811           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1812             saved using Desktop window menu</li>
1813           <li>Visual indication that command line arguments are
1814             still being processed</li>
1815           <li>Groovy script execution from URL</li>
1816           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1817             preferences</li>
1818           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1819             alignment with sequences that have high similarity and
1820             matching IDs</li>
1821           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1822           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1823             structures in same window</li>
1824           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1825           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1826             analysis function in its own submenu</li>
1827         </ul> <em>Applet</em>
1828         <ul>
1829           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1830             groups</li>
1831           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1832           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1833           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1834           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1835           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1836             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1837           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1838           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1839             parameters are treated as such</li>
1840           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1841             <ul>
1842               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1843               <li>Javascript callbacks for
1844                 <ul>
1845                   <li>Applet initialisation</li>
1846                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1847                 </ul>
1848               </li>
1849               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1850                 functions</li>
1851               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1852               <li>javascript structure viewer harness to pass
1853                 messages between Jmol and Jalview when running as
1854                 distinct applets</li>
1855               <li>sortBy method</li>
1856               <li>Set of applet and application examples shipped
1857                 with documentation</li>
1858               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1859                 javascript message exchange</li>
1860             </ul>
1861         </ul> <em>General</em>
1862         <ul>
1863           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1864             multiple alignments</li>
1865           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1866           <li>User configurable link to enable redirects to a
1867             www.Jalview.org mirror</li>
1868           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1869           <li>Configurable newline string when writing alignment
1870             and other flat files</li>
1871           <li>Allow alignment annotation description lines to
1872             contain html tags</li>
1873         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1874         <ul>
1875           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1876             examples</li>
1877           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1878             using a web service before displaying the result in the
1879             Jalview desktop</li>
1880           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1881           <li>Ant target to publish example html files with applet
1882             archive</li>
1883           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1884           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1885         </ul></td>
1886       <td><em>Application</em>
1887         <ul>
1888           <li>User defined colourscheme throws exception when
1889             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1890           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1891             dialog for valid filename/format</li>
1892           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1893           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1894             P37173</li>
1895           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1896             which sequence is to be associated with the file</li>
1897           <li>Find All raises null pointer exception when query
1898             only matches sequence IDs</li>
1899           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1900           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1901             2.4 cannot be loaded</li>
1902           <li>Filetype associations not installed for webstart
1903             launch</li>
1904           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1905             with sequences in different alignments do not get coloured
1906             by their associated sequence</li>
1907           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1908             not preserved when project is loaded</li>
1909           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1910             stored in Jalview project</li>
1911           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1912             Jalview project</li>
1913           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1914           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1915             by conservation</li>
1916           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1917             created on new view</li>
1918           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1919             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1920           <li>Alignment quality not updated after alignment
1921             annotation row is hidden then shown</li>
1922           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1923             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1924           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1925             properly</li>
1926           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1927             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1928           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1929           <li>Structures imported from file and saved in project
1930             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1931           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1932             job execution in full once it is complete</li>
1933         </ul> <em>Applet</em>
1934         <ul>
1935           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1936             annotation rows are displayed</li>
1937           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1938             codebase</li>
1939           <li>View follows highlighting does not work for positions
1940             in sequences</li>
1941           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1942           <li>Export features raises exception when no features
1943             exist</li>
1944           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1945             for javascript api is modified when separator string
1946             provided as parameter</li>
1947           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1948             alignment with no existing selection</li>
1949           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1950             to applet&#39;s codebase</li>
1951           <li>Status bar not updated after finished searching and
1952             search wraps around to first result</li>
1953           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1954             several Jalview applets causes race conditions and memory
1955             leaks</li>
1956           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1957             not sent from Jmol in applet</li>
1958           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1959             applet API fatally hang browser</li>
1960         </ul> <em>General</em>
1961         <ul>
1962           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1963             position with wrapped view and hidden regions</li>
1964           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1965             with/without hidden columns</li>
1966           <li>Sequence length given in alignment properties window
1967             is off by 1</li>
1968           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1969             import PDB like structure files</li>
1970           <li>Positional search results are only highlighted
1971             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1972           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1973           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1974             given sequence position</li>
1975           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1976             output</li>
1977           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1978             from nucleotide chains correctly</li>
1979           <li>Structure colours not updated when tree partition
1980             changed in alignment</li>
1981           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1982             parsed in interleaved stockholm</li>
1983           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1984             state</li>
1985           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1986             properly</li>
1987           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1988             properly associated with their pdb files</li>
1989         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1990         <ul>
1991           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1992             ApplyCopyright tool</li>
1993         </ul></td>
1994     </tr>
1995     <tr>
1996       <td>
1997         <div align="center">
1998           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1999         </div>
2000       </td>
2001       <td><em>Application</em>
2002         <ul>
2003           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2004             contact web services</li>
2005           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2006             service job window</li>
2007           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2008         </ul></td>
2009       <td>
2010         <ul>
2011           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2012             pir file emitted by Jalview</li>
2013           <li>Existing feature settings transferred to new
2014             alignment view created from cut'n'paste</li>
2015           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2016             parsing PDB files</li>
2017           <li>Consensus and conservation annotation rows
2018             occasionally become blank for all new windows</li>
2019           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2020             in wrapped view mode</li>
2021         </ul> <em>Application</em>
2022         <ul>
2023           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2024             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2025           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2026             parameter names</li>
2027           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2028             is down</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031     </tr>
2032     <tr>
2033       <td>
2034         <div align="center">
2035           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2036         </div>
2037       </td>
2038       <td><em>Application</em>
2039         <ul>
2040           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2041             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2042             (JABAWS)
2043           </li>
2044           <li>Web Services preference tab</li>
2045           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2046             preferences</li>
2047           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2048           <li>Superpose structures using associated sequence
2049             alignment</li>
2050           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2051             viewer</li>
2052         </ul> <em>Applet</em>
2053         <ul>
2054           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2055             link out mechanism</li>
2056         </ul> <em>Other</em>
2057         <ul>
2058           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2059             series 12</li>
2060           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2061             require Java 1.5</li>
2062           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2063             sequence annotation files</li>
2064           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2065             type colour specification</li>
2066           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2067             script to check if it being run in an interactive session or
2068             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2069         </ul></td>
2070       <td>
2071         <ul>
2072           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2073             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2074         </ul> <em>Application</em>
2075         <ul>
2076           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2077             selected Regions menu item</li>
2078           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2079             part of a valid accession ID</li>
2080           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2081             runs out of memory</li>
2082           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2083             analysis results</li>
2084           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2085             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2086           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2087         </ul> <em>Applet</em>
2088         <ul>
2089           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2090             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2091             defined.</li>
2092         </ul>
2093       </td>
2094     </tr>
2095     <tr>
2096       <td>
2097         <div align="center">
2098           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2099         </div>
2100       </td>
2101       <td></td>
2102       <td>
2103         <ul>
2104           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2105             sequence IDs</li>
2106           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2107             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2108           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2109             import correctly</li>
2110           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2111             number of columns are hidden</li>
2112           <li>annotation label popup menu not providing correct
2113             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2114             present</li>
2115           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2116             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2117           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2118             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2119
2120         </ul> <em>Applet</em>
2121         <ul>
2122           <li>annotation panel disappears when annotation is
2123             hidden/removed</li>
2124         </ul> <em>Application</em>
2125         <ul>
2126           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2127             alignment opened where annotation panel is visible but no
2128             annotations are present on alignment</li>
2129           <li>pasted region containing hidden columns is
2130             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2131           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2132             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2133           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2134             selected Rregions menu item.</li>
2135           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2136             'Un' or 'Non'conserved</li>
2137           <li>Sequence feature settings are being shared by
2138             multiple distinct alignments</li>
2139           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2140             changed</li>
2141           <li>double click on group annotation to select sequences
2142             does not propagate to associated trees</li>
2143           <li>Mac OSX specific issues:
2144             <ul>
2145               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2146                 window background</li>
2147               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2148                 name set correctly</li>
2149               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2150                 save feature colourscheme button</li>
2151             </ul>
2152           </li>
2153         </ul>
2154       </td>
2155     </tr>
2156     <tr>
2157
2158       <td>
2159         <div align="center">
2160           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2161         </div>
2162       </td>
2163       <td><em>New Capabilities</em>
2164         <ul>
2165           <li>URL links generated from description line for
2166             regular-expression based URL links (applet and application)
2167
2168
2169
2170
2171
2172
2173           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2174             menu</li>
2175           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2176             structures</li>
2177           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2178             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2179           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2180             average score or total feature count for each sequence.</li>
2181           <li>Shading features by score or associated description</li>
2182           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2183             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2184           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2185             hide everything but the currently selected region.</li>
2186           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2187         </ul> <em>Application</em>
2188         <ul>
2189           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2190             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2191           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2192             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2193           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2194             database references and protein_name is parsed as
2195             description line (BioSapiens terms).</li>
2196           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2197             references in sequence ID tooltip from View menu in
2198             application.</li>
2199           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2200                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2201           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2202             conservation plots</li>
2203           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2204             and visualized as sequence logos</li>
2205           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2206             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2207           </li>
2208           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2209             when a new tree is opened.</li>
2210           <li>Jalview Java Console</li>
2211           <li>Better placement of desktop window when moving
2212             between different screens.</li>
2213           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2214             consensus annotation</li>
2215           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2216             Workflows</li>
2217           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2218             <ul>
2219               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2220                 used to preserve views, structures, and tree display
2221                 settings)</li>
2222               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2223                 command line</li>
2224               <li>Sharing of selected regions between views and
2225                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2226               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2227             </ul></li>
2228         </ul> <em>Applet</em>
2229         <ul>
2230           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2231           <li>New Parameters
2232             <ul>
2233               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2234                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2235                 opened.</li>
2236               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2237                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2238               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2239                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2240               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2241                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2242                 view</li>
2243               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2244                 increase the height or width of a cell in the alignment
2245                 grid relative to the current font size.</li>
2246             </ul>
2247           </li>
2248           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2249             tooltip</li>
2250         </ul> <em>Other</em>
2251         <ul>
2252           <li>Features format: graduated colour definitions and
2253             specification of feature scores</li>
2254           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2255             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2256             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2257           <li>XML formats extended to support graduated feature
2258             colourschemes, group associated annotation, and profile
2259             visualization settings.</li></td>
2260       <td>
2261         <ul>
2262           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2263             rather than description</li>
2264           <li>Non-positional features are now included in sequence
2265             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2266             visibility in tooltip).</li>
2267           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2268           <li>Added URL embedding instructions to features file
2269             documentation.</li>
2270           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2271             'X' in peptide product</li>
2272           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2273             sequence ID and sequence string and query strings do not
2274             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2275           <li>AMSA files only contain first column of
2276             multi-character column annotation labels</li>
2277           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2278             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2279             exported and re-imported)</li>
2280           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2281             name</li>
2282           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2283             as subsequence matches, and correctly reports total number
2284             of both.</li>
2285           <li>Application:
2286             <ul>
2287               <li>Better handling of exceptions during sequence
2288                 retrieval</li>
2289               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2290                 link text excludes the start_end suffix</li>
2291               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2292                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2293               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2294               <li>Sequence description lines properly shared via
2295                 VAMSAS</li>
2296               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2297                 data sources</li>
2298               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2299                 completes before alignment figures are generated.</li>
2300               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2301                 first time.</li>
2302               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2303                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2304               <li>User defined group colours properly recovered
2305                 from Jalview projects.</li>
2306             </ul>
2307           </li>
2308         </ul>
2309       </td>
2310
2311     </tr>
2312     <tr>
2313       <td>
2314         <div align="center">
2315           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2316         </div>
2317       </td>
2318       <td>
2319         <ul>
2320           <li>Experimental support for google analytics usage
2321             tracking.</li>
2322           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2323         </ul>
2324       </td>
2325       <td>
2326         <ul>
2327           <li>Race condition in applet preventing startup in
2328             jre1.6.0u12+.</li>
2329           <li>Exception when feature created from selection beyond
2330             length of sequence.</li>
2331           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2332           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2333             all sequences with a given id</li>
2334           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2335             ID string searches</li>
2336           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2337             alignment to fail with exception</li>
2338         </ul> <em>Application Issues</em>
2339         <ul>
2340           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2341           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2342             data sources</li>
2343         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2344         <ul>
2345           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2346             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2347           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2348             version (java class versioning error fixed)</li>
2349         </ul>
2350       </td>
2351     </tr>
2352     <tr>
2353       <td>
2354
2355         <div align="center">
2356           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2357         </div>
2358       </td>
2359       <td><em>User Interface</em>
2360         <ul>
2361           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2362             translation and protein products</li>
2363           <li>Linked highlighting of structure associated with
2364             residue mapping to codon position</li>
2365           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2366             and 'clear' button</li>
2367           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2368             Tools menu</li>
2369           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2370             numeric data in description line</li>
2371           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2372           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2373             of sequence</li>
2374         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2375         <ul>
2376           <li>JPred3 web service</li>
2377           <li>Prototype sequence search client (no public services
2378             available yet)</li>
2379           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2380             PFAM</li>
2381           <li>URL Links created for matching database cross
2382             references as well as sequence ID</li>
2383           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2384         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2385         <ul>
2386           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2387             databases</li>
2388           <li>Generalised database reference retrieval and
2389             validation to all fetchable databases</li>
2390           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2391             sequence command</li>
2392         </ul> <em>Import and Export</em>
2393         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2394         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2395           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2396         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2397           File</li>
2398         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2399           triplet as name of colourscheme</li>
2400         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2401         <ul>
2402           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2403           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2404             alignments (experimental)</li>
2405           <li>Create new or select existing session to join</li>
2406           <li>load and save of vamsas documents</li>
2407         </ul> <em>Application command line</em>
2408         <ul>
2409           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2410             from applet)</li>
2411           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2412             of DAS servers to query for alignment features</li>
2413           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2414             that are also automatically queried for features</li>
2415           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2416             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2417         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2418         <ul>
2419           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2420             application (when using &quot;View in full
2421             application&quot;)</li>
2422         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2423         <ul>
2424           <li>feature group display control parameter</li>
2425           <li>debug parameter</li>
2426           <li>showbutton parameter</li>
2427         </ul> <em>Applet API methods</em>
2428         <ul>
2429           <li>newView public method</li>
2430           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2431           <li>Feature display control methods</li>
2432           <li>get list of currently selected sequences</li>
2433         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2434         <ul>
2435           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2436           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2437             Jalview release.</li>
2438           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2439             property controls execution of obfuscator</li>
2440           <li>Build target for generating source distribution</li>
2441           <li>Debug flag for javacc</li>
2442           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2443             jalview.bin.Cache</li>
2444           <li>Continuous Build Integration for stable and
2445             development version of Application, Applet and source
2446             distribution</li>
2447         </ul></td>
2448       <td>
2449         <ul>
2450           <li>selected region output includes visible annotations
2451             (for certain formats)</li>
2452           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2453             for editing</li>
2454           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2455           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2456           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2457           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2458             comments</li>
2459           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2460             filenames containing a ':'</li>
2461           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2462             global sequence features</li>
2463           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2464             references from alignment sequences goes to zero</li>
2465           <li>Close of tree branch colour box without colour
2466             selection causes cascading exceptions</li>
2467           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2468           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2469             file parsing fails.</li>
2470           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2471           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2472             not a valid output format</li>
2473           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2474             vamsas</li>
2475           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2476           <li>error messages passed up and output when data read
2477             fails</li>
2478           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2479             sequence is edited</li>
2480           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2481             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2482           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2483             filetype</li>
2484           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2485             import fixed for PFAM records</li>
2486           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2487             window list</li>
2488           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2489             can be read and written correctly to annotation file</li>
2490           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2491             correctly</li>
2492           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2493             non-italic font for representatives in Applet</li>
2494           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2495             Macs.</li>
2496           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2497             Applet)</li>
2498           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2499             due to null pointer exceptions</li>
2500           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2501             first column of alignment</li>
2502           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2503             July 2008</li>
2504           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2505             file is case-insensitive</li>
2506           <li>Sequence features read from Features file appended to
2507             all sequences with matching IDs</li>
2508           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2509             containing a sub-sequence</li>
2510           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2511           <li>feature and annotation file applet parameters
2512             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2513           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2514           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2515             splash-screen version check to complete</li>
2516           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2517             when passing them to the launchApp service</li>
2518           <li>display name and local features preserved in results
2519             retrieved from web service</li>
2520           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2521             sequence fetcher initialisation</li>
2522           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2523             dasobert DAS client</li>
2524           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2525             association</li>
2526           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2527             sequences
2528           </li>
2529         </ul>
2530       </td>
2531     </tr>
2532     <tr>
2533       <td>
2534         <div align="center">
2535           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2536         </div>
2537       </td>
2538       <td>
2539         <ul>
2540           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2541           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2542           <li>Slide sequences</li>
2543           <li>Edit sequence in place</li>
2544           <li>EMBL CDS features</li>
2545           <li>DAS Feature mapping</li>
2546           <li>Feature ordering</li>
2547           <li>Alignment Properties</li>
2548           <li>Annotation Scores</li>
2549           <li>Sort by scores</li>
2550           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2551         </ul>
2552       </td>
2553       <td>
2554         <ul>
2555           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2556           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2557           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2558           <li>Feature group display state in XML</li>
2559           <li>Feature ordering in XML</li>
2560           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2561           <li>Stockholm alignment properties</li>
2562           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2563           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2564           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2565           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2566         </ul>
2567       </td>
2568
2569     </tr>
2570     <tr>
2571       <td>
2572         <div align="center">
2573           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2574         </div>
2575       </td>
2576       <td>
2577         <ul>
2578           <li>Non standard characters can be read and displayed
2579           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2580             applet via textbox
2581           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2582             name &amp; description
2583           <li>Preference setting to display sequence name in
2584             italics
2585           <li>Annotation file format extended to allow
2586             Sequence_groups to be defined
2587           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2588             specified in preferences
2589           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2590             sequences
2591         </ul>
2592       </td>
2593       <td>
2594         <ul>
2595           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2596             installed
2597           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2598           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2599         </ul>
2600       </td>
2601     </tr>
2602     <tr>
2603       <td>
2604         <div align="center">
2605           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2606         </div>
2607       </td>
2608       <td>
2609         <ul>
2610           <li>Multiple views on alignment
2611           <li>Sequence feature editing
2612           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2613           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2614           <li>Background dependent text colour
2615           <li>Right align sequence ids
2616           <li>User-defined lower case residue colours
2617           <li>Format Menu
2618           <li>Select Menu
2619           <li>Menu item accelerator keys
2620           <li>Control-V pastes to current alignment
2621           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2622           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2623           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2624
2625
2626
2627
2628
2629
2630           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2631         </ul>
2632       </td>
2633       <td>
2634         <ul>
2635           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2636           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2637             calculations
2638           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2639             edits
2640           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2641             of alignment)
2642           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2643
2644
2645
2646
2647
2648
2649           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2650             display correctly
2651           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2652           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2653             analysis results
2654           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2655             &#8739;
2656           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2657           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2658           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2659
2660
2661
2662
2663
2664
2665         </ul>
2666       </td>
2667     </tr>
2668     <tr>
2669       <td>
2670         <div align="center">
2671           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2672         </div>
2673       </td>
2674       <td>
2675         <ul>
2676           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2677         </ul>
2678       </td>
2679       <td>
2680         <ul>
2681           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2682             sequence id panel has been resized</li>
2683           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2684             rendered</li>
2685           <li>Annotation files with sequence references - all
2686             elements in file are relative to sequence position</li>
2687           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2688         </ul>
2689       </td>
2690     </tr>
2691     <tr>
2692       <td>
2693         <div align="center">
2694           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2695         </div>
2696       </td>
2697       <td>
2698         <ul>
2699           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2700           <li>DAS Feature fetching</li>
2701           <li>Hide sequences and columns</li>
2702           <li>Export Annotations and Features</li>
2703           <li>GFF file reading / writing</li>
2704           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2705             files</li>
2706           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2707           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2708           <li>Applet can launch the full application</li>
2709           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2710             required)</li>
2711           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2712           <li>Applet can load sequences from parameter
2713             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2714           </li>
2715         </ul>
2716       </td>
2717       <td>
2718         <ul>
2719           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2720           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2721           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2722         </ul>
2723       </td>
2724     </tr>
2725     <tr>
2726       <td>
2727         <div align="center">
2728           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2729         </div>
2730       </td>
2731       <td>
2732         <ul>
2733           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2734           <li>Choose to match case when searching</li>
2735           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2736             expand the visible width and height of the alignment</li>
2737         </ul>
2738       </td>
2739       <td>
2740         <ul>
2741           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2742         </ul>
2743       </td>
2744     </tr>
2745     <tr>
2746       <td>
2747         <div align="center">
2748           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2749         </div>
2750       </td>
2751       <td>&nbsp;</td>
2752       <td>
2753         <ul>
2754           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2755           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2756             value</li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759     </tr>
2760     <tr>
2761       <td>
2762         <div align="center">
2763           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2764         </div>
2765       </td>
2766       <td>
2767         <ul>
2768           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2769           <li>Keyboard editing</li>
2770           <li>Create sequence features from searches</li>
2771           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2772             alignments</li>
2773           <li>Features file allows grouping of features</li>
2774           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2775           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2776           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2777         </ul>
2778       </td>
2779       <td>
2780         <ul>
2781           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2782           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2783             descriptions saved.</li>
2784         </ul>
2785       </td>
2786     </tr>
2787     <tr>
2788       <td>
2789         <div align="center">
2790           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2791         </div>
2792       </td>
2793       <td>
2794         <ul>
2795           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2796           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2797           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2798             name for file output</li>
2799           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2800           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2801             used for HTML form input</li>
2802         </ul>
2803       </td>
2804       <td>
2805         <ul>
2806           <li>HTML output writes groups and features</li>
2807           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2808           <li>File IO bugs</li>
2809         </ul>
2810       </td>
2811     </tr>
2812     <tr>
2813       <td>
2814         <div align="center">
2815           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2816         </div>
2817       </td>
2818       <td>
2819         <ul>
2820           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2821           <li>More options for PCA viewer</li>
2822         </ul>
2823       </td>
2824       <td>
2825         <ul>
2826           <li>GUI bugs resolved</li>
2827           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2828         </ul>
2829       </td>
2830     </tr>
2831     <tr>
2832       <td height="63">
2833         <div align="center">
2834           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2835         </div>
2836       </td>
2837       <td>
2838         <ul>
2839           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2840           <li>Jar files are executable</li>
2841           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844       <td>
2845         <ul>
2846           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2847           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2848           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2849         </ul>
2850       </td>
2851     </tr>
2852     <tr>
2853       <td>
2854         <div align="center">
2855           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2856         </div>
2857       </td>
2858       <td>
2859         <ul>
2860           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2861         </ul>
2862       </td>
2863       <td>
2864         <ul>
2865           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2866         </ul>
2867       </td>
2868     </tr>
2869     <tr>
2870       <td>
2871         <div align="center">
2872           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2873         </div>
2874       </td>
2875       <td>
2876         <ul>
2877           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2878             size</li>
2879         </ul>
2880       </td>
2881       <td>
2882         <ul>
2883           <li>Improved JPred client reliability</li>
2884           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2885         </ul>
2886       </td>
2887     </tr>
2888     <tr>
2889       <td>
2890         <div align="center">
2891           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2892         </div>
2893       </td>
2894       <td>
2895         <ul>
2896           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2897           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2898           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2899             to Colour Menu</li>
2900           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2901           <li>Unix users can set default web browser</li>
2902           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2903           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2904         </ul>
2905       </td>
2906       <td>
2907         <ul>
2908           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2909         </ul>
2910       </td>
2911     </tr>
2912     <tr>
2913       <td>
2914         <div align="center">
2915           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2916         </div>
2917       </td>
2918       <td>&nbsp;</td>
2919       <td>
2920         <ul>
2921           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2922             alignment order.</li>
2923         </ul>
2924       </td>
2925     </tr>
2926     <tr>
2927       <td>
2928         <div align="center">
2929           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2930         </div>
2931       </td>
2932       <td>
2933         <ul>
2934           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2935           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2936           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2937             annotations.</li>
2938           <li>Version and build date written to build properties
2939             file.</li>
2940           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2941             at launch of Jalview.</li>
2942         </ul>
2943       </td>
2944       <td>
2945         <ul>
2946           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2947           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2948           <li>Can remove groups one by one.</li>
2949           <li>Filechooser icons installed.</li>
2950           <li>Finder ignores return character when searching.
2951             Return key will initiate a search.<br>
2952           </li>
2953         </ul>
2954       </td>
2955     </tr>
2956     <tr>
2957       <td>
2958         <div align="center">
2959           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2960         </div>
2961       </td>
2962       <td>
2963         <ul>
2964           <li>New codebase</li>
2965         </ul>
2966       </td>
2967       <td>&nbsp;</td>
2968     </tr>
2969   </table>
2970   <p>&nbsp;</p>
2971 </body>
2972 </html>