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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 116               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 120               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 124               columns in annotation row
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 128               honored in interactive and batch mode
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 132               for structures added to existing Jmol view
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 136               entries after importing project with multiple views
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 140               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 141               with negative residue numbers or missing residues fails
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 145               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 146               as generated by CONSURF)
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 150               very slow for alignments with large numbers of sequences
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 154               with 'StringIndexOutOfBounds'
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) (<a
 158               href="http://violetlib.org/vaqua/overview.html">download
 159                 here</a>) provided as fallback Look and Feel for OSX
 160               platforms running Java 10
 161             </li>
 162           </ul>
 163           <em>Applet</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 167               should copy the group consensus when popup is opened on it
 168             </li>
 169
 170           </ul>
 171           <em>New Known Defects</em>
 172           <ul>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 175               editing a large alignment and overview is displayed
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 179               repeatedly after a series of edits even when the overview
 180               is no longer reflecting updates
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 184               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 185               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 186               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 187             </li>
 188           </ul>
 189         </div>
 190           </td>
 191     </tr>
 192     <tr>
 193       <td width="60" nowrap>
 194         <div align="center">
 195           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 196         </div>
 197       </td>
 198       <td><div align="left">
 199           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 200               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 201       <td><div align="left">
 202           <em>Desktop</em><ul>
 203           <ul>
 204             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 205             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 206             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 207             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 208             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 209             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 210             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 211           </ul>
 212           </div>
 213       </td>
 214     </tr>
 215     <tr>
 216       <td width="60" nowrap>
 217         <div align="center">
 218           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 219         </div>
 220       </td>
 221       <td><div align="left">
 222           <em></em>
 223           <ul>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 226               rendering of sequence features
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 230               429 rate limit request hander
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 234               their colours have changed
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 238               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 242               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 246               view from Ensembl locus cross-references
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 250               Alignment report
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 254               feature can be disabled
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 258               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 262               Uniprot
 263             </li>
 264           </ul>
 265           <em>Scripting</em>
 266           <ul>
 267             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 268             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 269               percent identity scores for current alignment.</li>
 270           </ul>
 271           <em>Testing and Deployment</em>
 272           <ul>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 275             </li>
 276           </ul>
 277         </div></td>
 278       <td><div align="left">
 279           <em>General</em>
 280           <ul>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 283               threshold text field doesn't trigger an update to the
 284               alignment view
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 288               strings in parallel
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 292               alignment window is closed
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 296               group visibility
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 300               takes a long time in Cursor mode
 301             </li>
 302           </ul>
 303           <em>Desktop</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 307               cannot be viewed in Chimera
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 311               CDS/Protein view
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 315               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 316               Search Dialogs
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 326               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 330               scrolling right in unwapped alignment view
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 334               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 335               database
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 339               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 343               features of same type and group to be selected for
 344               amending
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 348               alignments when hidden columns are present
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 352               displaying several structures
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 356               moving a window
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 360               within the Jalview desktop on OSX
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 364               when in wrapped alignment mode
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 368               hand end of alignment
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 372               each selected sequence do not have correct start/end
 373               positions
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 377               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 381               restoring project until a new view is created
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 385               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 386               configured (since 2.10.2b2)
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 390               position is adjusted
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 394               in a multi-chain structure when viewing alignment
 395               involving more than one chain (since 2.10)
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 399               if new selection moves alignment window
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 403               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 407               that produces correctly annotated transcripts and products
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 411               doesn't update associated structure view
 412             </li>
 413           </ul>
 414           <em>Applet</em><br />
 415           <ul>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 418               closing alignment panel
 419             </li>
 420           </ul>
 421           <em>BioJSON</em><br />
 422           <ul>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 425               non-positional features
 426             </li>
 427           </ul>
 428           <em>New Known Issues</em>
 429           <ul>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 432               sequence features correctly (for many previous versions of
 433               Jalview)
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 437               using cursor in wrapped panel other than top
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 441               graduated colour threshold
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 445               always preserve numbering and sequence features
 446             </li>
 447           </ul>
 448           <em>Known Java 9 Issues</em>
 449           <ul>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 452               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 453               9.01, OSX 10.10)
 454             </li>
 455           </ul>
 456         </div></td>
 457     </tr>
 458     <tr>
 459       <td width="60" nowrap>
 460         <div align="center">
 461           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 462             <em>2/10/2017</em></strong>
 463         </div>
 464       </td>
 465       <td><div align="left">
 466           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 467           <ul>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 470             </li>
 471             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 472             </li>
 473           </ul>
 474         </div></td>
 475       <td><div align="left">
 476         </div></td>
 477     </tr>
 478     <tr>
 479       <td width="60" nowrap>
 480         <div align="center">
 481           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 482             <em>7/9/2017</em></strong>
 483         </div>
 484       </td>
 485       <td><div align="left">
 486           <em></em>
 487           <ul>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 490               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 491               white)
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 495               Preferences
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 499               in size and progress bar shown as higher resolution
 500               overview is recalculated
 501             </li>
 502
 503           </ul>
 504         </div></td>
 505       <td><div align="left">
 506           <em></em>
 507           <ul>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 510               column region row by row
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 514               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 518               format setting is unticked
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 522               if group has show boxes format setting unticked
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 526               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 527               include sequences and columns not currently displayed
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 531               assemblies are imported via CIF file
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 535               displayed when threshold or conservation colouring is also
 536               enabled.
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 540               server version
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 544               dragging a selected region off the visible region of the
 545               alignment
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 549               colourscheme to all groups in a view
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 553               initially after font size change using the Font chooser or
 554               middle-mouse zoom
 555             </li>
 556           </ul>
 557         </div></td>
 558     </tr>
 559     <tr>
 560       <td width="60" nowrap>
 561         <div align="center">
 562           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 563         </div>
 564       </td>
 565       <td><div align="left">
 566           <em>Calculations</em>
 567           <ul>
 568
 569             <li>
 570               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 571               ungapped positions in each column of the alignment.
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 575               a calculation dialog box
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 579               and memory efficiency (~30x faster)
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 583               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 584               and other calculations
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 588               files within the Jalview codebase
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 592               Similarity may have different topology due to increased
 593               precision
 594             </li>
 595           </ul>
 596           <em>Rendering</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 600               model for alignments and groups
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 604               scripts
 605             </li>
 606           </ul>
 607           <em>Overview</em>
 608           <ul>
 609             <li>
 610               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 611               with alignment and overview windows
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 615               overview
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 619               omitted in Overview
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 623               adjustment of visible position
 624             </li>
 625           </ul>
 626
 627           <em>Data import/export</em>
 628           <ul>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 631               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 635               annotation input/output via stockholm flatfile
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 639               extension when importing structure files without embedded
 640               names or PDB accessions
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 644               format sequence substitution matrices
 645             </li>
 646           </ul>
 647           <em>User Interface</em>
 648           <ul>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 651               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 652               the application.
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 656               via Overview or sequence motif search operations
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 660               opened by double clicking gaps within sequence feature
 661               extent
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 665               aligned positions were available to create a 3D structure
 666               superposition.
 667             </li>
 668           </ul>
 669           <em>3D Structure</em>
 670           <ul>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 673               coloured in linked structure views
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 677               file-based command exchange
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 681               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 682               structures are already available for sequences
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 686               the Jalview project rather than downloaded again when the
 687               project is reopened.
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 691               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 692               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 693                 Feature</strong>)
 694             </li>
 695           </ul>
 696           <em>Web Services</em>
 697           <ul>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 703               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 704               Analysis services
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 708               cross-references provided by identifiers.org and the
 709               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 710             </li>
 711           </ul>
 712
 713           <em>Scripting</em>
 714           <ul>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 717               identifying file formats (instead of String constants)
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 721               efficiency when counting all displayed features (not
 722               backwards compatible with 2.10.1)
 723             </li>
 724           </ul>
 725           <em>Example files</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 729               included in the example feature file
 730             </li>
 731           </ul>
 732           <em>Documentation</em>
 733           <ul>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 736               with the built-in Java help viewer
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 740               sequence description' option
 741             </li>
 742           </ul>
 743           <em>Test Suite</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 747               Uniprot REST Free Text Search Client
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 754               during tests
 755             </li>
 756           </ul>
 757         </div></td>
 758       <td><div align="left">
 759           <em>Calculations</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 763               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 764               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 765             </li>
 766             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 767               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 768               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 769               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 770               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 771               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 772               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 773               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 774               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 775               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 776               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 777               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 778               // for 2.10.1 mode <br />
 779               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 780               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 781                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 782                 calculations (not recommended)</em></li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 785               scaling of branch lengths for trees computed using
 786               Sequence Feature Similarity.
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 790               generating output report when working with highly
 791               redundant alignments
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 795               right of selected region when gaps present on right-hand
 796               boundary
 797             </li>
 798           </ul>
 799           <em>User Interface</em>
 800           <ul>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 803               doesn't reselect a specific sequence's associated
 804               annotation after it was used for colouring a view
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 808               opened on a region of alignment without groups
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 812               of an alignment with overlapping groups
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 816               name and description match
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 820               hidden regions results in incorrect hidden regions
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 824               changing colour does not apply Conservation slider value
 825               to all groups
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 829               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 833               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 837               gaps before start of features
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 841               restored to UI when feature colour is edited
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 845               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 849               as graduate feature colour settings are modified via the
 850               dialog box
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 854               when a group defined on the alignment is resized
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 858               wrapped view result in positional status updates
 859             </li>
 860
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 863               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 867               alignment included gapped columns
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 871               widgets don't permanently disappear
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 875               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 876               T-Coffee column reliability scores)
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 880               sequence feature on gaps only
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 884               button from a Find inherit previously defined feature type
 885               rather than the Find query string
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 889               exporting tree calculated in Jalview
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 893               and then revealing them reorders sequences on the
 894               alignment
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 898               doesn't update to reflect available set of groups after
 899               interactively adding or modifying features
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 903               Linux
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 907               only excluded gaps in current sequence and ignored
 908               selection.
 909             </li>
 910           </ul>
 911           <em>Rendering</em>
 912           <ul>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 915               erratically when hidden rows or columns are present
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 919               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 920               sequence colouring
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 924               colour and group colour menu for protein alignments
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 928               reflect currently selected view or group's shading
 929               thresholds
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 933               when rendered on overview and structures when opacity at
 934               100%
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 938               overview when features overlaid on alignment
 939             </li>
 940           </ul>
 941           <em>Data import/export</em>
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 945               load
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 949               added after a sequence was imported are not written to
 950               Stockholm File
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 954               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 958               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 962               with lightGray or darkGray via features file (but can
 963               specify lightgray)
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 967               when alignment view imported from project
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 971               structure and sequences extracted from structure files
 972               imported via URL and viewed in Jmol
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 976               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 977               the project is loaded and the structure viewed
 978             </li>
 979           </ul>
 980           <em>Web Services</em>
 981           <ul>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 984               release of Ensembl v.88
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 988               appear enabled in Preferences->Connections
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 992               removed from console output
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 996               Ensembl by Peptide ID
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1000               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1001               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1002               due to 'null' string rather than empty string used for
1003               residues with no corresponding PDB mapping).
1004             </li>
1005           </ul>
1006           <em>Application UI</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1010               menu
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1014               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1015               new documentation and tooltips added)
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1019               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1023               new features are added to alignment
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1027               changes to feature colours via the Amend features dialog
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1031               edit graduated feature colour via amend features dialog
1032               box
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1036               selection menu changes colours of alignment views
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1040               from alignment calculation workers after alignment has
1041               been closed
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1045               groups now 'Create Group'
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1049               Create/Undefine group doesn't always work
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1053               shown again after pressing 'Cancel'
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1057               adjusts start position in wrap mode
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1061               ambiguous amino acids
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1065               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1066               proteins
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1070               Defined' don't appear in Colours menu
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>Applet</em>
1074           <ul>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1077               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1081               overview or linked structure view
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1085               work (since 2.8)
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1089               user-defined colourscheme doesn't restore original
1090               colourscheme
1091             </li>
1092           </ul>
1093           <em>Test Suite</em>
1094           <ul>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1097               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1101               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1102               problems with deep array comparison equality asserts in
1103               successive versions of TestNG
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1107               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1108             </li>
1109           </ul>
1110           <em>New Known Issues</em>
1111           <ul>
1112             <li>
1113               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1114               phase after a sequence motif find operation
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1118               containing just upper and lower case letters are
1119               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1123               reliably from eggnog Ortholog database
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1127               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1128               to mark columns containing highlighted regions.
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1132               doesn't always add secondary structure annotation.
1133             </li>
1134           </ul>
1135         </div>
1136     <tr>
1137       <td width="60" nowrap>
1138         <div align="center">
1139           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1140         </div>
1141       </td>
1142       <td><div align="left">
1143           <em>General</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1147               for all consensus calculations
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1151               3rd Oct 2016)
1152             </li>
1153             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1154               for 2016-2017</li>
1155           </ul>
1156           <em>Application</em>
1157           <ul>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1160               set of database cross-references, sorted alphabetically
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1164               from database cross references. Users with custom links
1165               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1166                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1170               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1171               Chimera session
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1175               the Chimera it is connected to is shut down
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1179               columns menu item to mark columns containing highlighted
1180               regions (e.g. from structure selections or results of a
1181               Find operation)
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1185               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1186               MSAviewer
1187             </li>
1188           </ul>
1189         </div></td>
1190       <td>
1191         <div align="left">
1192           <em>General</em>
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1196               are not coloured or thresholded according to percent
1197               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1201               hydrophobic
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1205               threshold, amino acid properties)
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1209               reported as mapped to residues in a structure file in the
1210               View Mapping report
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1214               could be added multiple times to a sequence
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1218               bond features shown as two highlighted residues rather
1219               than a range in linked structure views, and treated
1220               correctly when selecting and computing trees from features
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1224               cross-references are matched to database name regardless
1225               of case
1226             </li>
1227
1228           </ul>
1229           <em>Application</em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1233               names without regular expressions also offer links from
1234               Sequence ID
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1238               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1239               update Jalview configuration
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1243               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1247               files with similarly named sequences if dropped onto the
1248               alignment
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1252               entries where more chains exist in the PDB accession than
1253               are reported in the SIFTS file
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1257               the structure view when displayed with Chimera
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1261               panel's View->Show Chains submenu
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1265               work for wrapped alignment views
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1269               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1273               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1274               first annotation row
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1278               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1282               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1283             </li>
1284             <!-- JAL-2319 -->
1285             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1286             coordindate data
1287             </li>
1288           </ul>
1289           <!--           <em>New Known Issues</em>
1290           <ul>
1291             <li></li>
1292           </ul> -->
1293         </div>
1294       </td>
1295     </tr>
1296     <td width="60" nowrap>
1297       <div align="center">
1298         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1299           <em>25/10/2016</em></strong>
1300       </div>
1301     </td>
1302     <td><em>Application</em>
1303       <ul>
1304         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1305           view if structures already loaded</li>
1306         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1307           structure views</li>
1308       </ul></td>
1309     <td>
1310       <div align="left">
1311         <em>General</em>
1312         <ul>
1313           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1314             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1315           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1316             example sequences/projects/trees</li>
1317         </ul>
1318         <em>Application</em>
1319         <ul>
1320           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1321             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1322           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1323             without timeout for structures with multiple models or
1324             multiple sequences in alignment</li>
1325           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1326             PDB ID HEADER line</li>
1327           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1328             is performed</li>
1329           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1330             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1331           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1332           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1333             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1334             option</li>
1335           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1336             is created on the alignment</li>
1337           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1338             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1339             pop-up menu</li>
1340         </ul>
1341         <em>Build and deployment</em>
1342         <ul>
1343           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1344             tags</li>
1345         </ul>
1346         <em>New Known Issues</em>
1347         <ul>
1348           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1349             on Windows</li>
1350         </ul>
1351       </div>
1352     </td>
1353     </tr>
1354     <tr>
1355       <td width="60" nowrap>
1356         <div align="center">
1357           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1358         </div>
1359       </td>
1360       <td><em>General</em>
1361         <ul>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1367             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1368             better PDB parsing.
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1372             reference sequence
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1376             mousing over sequence associated annotation
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1380             for manual entry
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1384             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1385             for each column
1386           </li>
1387           <li>
1388             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1389             showing or hiding columns containing a feature
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1393             group and sequence associated annotation labels
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1397             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1398             dialogs
1399           </li>
1400
1401         </ul> <em>Application</em>
1402         <ul>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1405             gene/transcript view
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1409             dialog
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1413             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1417             Pfam sources to xfam.org
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1424             over sequences in Jalview
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1428             regions in ENA and EMBL
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1432             for record retrieval via ENA rest API
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1436             complement operator
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1440             groovy script execution
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1444             alignment window's Calculate menu
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1448             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1452             calculation workers from groovy scripts
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1456             Jalview projects
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1460             associations are now saved/restored from project
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1464             before sequence fetcher is opened
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1468             database chooser opens a sequence fetcher
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1472             the UniProt REST API
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1476             the news reader opening
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1480             querying stored in preferences
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1484             search results
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1488           </li>
1489           <li>
1490             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1491             menu for nucleotide sequences
1492           </li>
1493           <li>
1494             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1495             and feature counts preserves alignment ordering (and
1496             debugged for complex feature sets).
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1500             viewing structures with Jalview 2.10
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1504             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1505             Ensembl Genomes REST API
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1509             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1510             (Ensembl)
1511           </li>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1514             sequences
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1518             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1519             data from external database records.
1520           </li>
1521           <li>
1522             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1523             efficient recovery of sequence coding and alignment
1524             annotation relationships.
1525           </li>
1526         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1527         <ul>
1528           <li>
1529             -- JAL---
1530           </li>
1531         </ul> --></td>
1532       <td>
1533         <div align="left">
1534           <em>General</em>
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1538               menu on OSX
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1542               includes graduated colourschemes
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1546               working with big alignments and lots of hidden columns
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1550               at right of alignment window
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1554               contents
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1558               for DNA alignments
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1562               based tree calculation
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1566               unconserved enabled for group on alignment
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1570               set as reference
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1574               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1575               annotation
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1579               hidden columns present
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1583               user created annotation added to alignment
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1587               '()' base pair annotation
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1591               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1592               Consensus
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1596               feature not working
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1600               beginning of sequence
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1604               entry 3a6s
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1608               from a tree when t-coffee scores are shown
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1612               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1616               some structures
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1620               to Clustal, PIR and PileUp output
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1624               not visible causes alignment window to repaint
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1628               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1629               scores associated with features and annotation rows
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1633               calculation should be case independent
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1637               columns
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1641               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1642               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1646               problems when reference sequence defined and 'show
1647               non-conserved' enabled
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1651               load even when Consensus calculation is disabled
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1655               alignment does nothing
1656             </li>
1657           </ul>
1658           <em>Application</em>
1659           <ul>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1662               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1663               yet fixed for El Capitan)
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1667               output when running on non-gb/us i18n platforms
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1671               hidden sequences as flat-file alignment
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1675               launching Chimera
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1679               (also hotfix for 2.9.0b2)
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1683               reference sequence defined
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1687               alignments and views when revealing hidden columns
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1691               view in a cDNA/Protein splitframe
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1695               sequence from project when only one sequence is
1696               represented
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1700               in Structure Chooser
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1704               structure consensus didn't refresh annotation panel
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1708               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1712               dialogs format columns correctly, don't display array
1713               data, sort columns according to type
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1717               file chooser is cancelled during an image export
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1721               sequence name containing special characters
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1725               case insensitive
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1729               formatting don't wrap
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1733               truncated so L looks like I in consensus annotation
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1737               currently displayed features for the current selection or
1738               view
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1742               after fetching cross-references, and restoring from
1743               project
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1747               followed in the structure viewer
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1751               splitframe not restored from project
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1755               trailing end of protein alignment in transcript/product
1756               splitview when pad-gaps not enabled by default
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1760               is case dependent
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1764               article has been read (reopened issue due to
1765               internationalisation problems)
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1769               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1770               cross-references
1771             </li>
1772
1773             <li>
1774               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1775               alignment as HTML
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1779               multiple structures are shown for one or more sequences.
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1783               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1784               is enabled.
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1788               specific PDB id for sequence
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1792               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1793               columns' is disabled.
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1797               selects lowest rather than highest resolution structures
1798               for each sequence
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1802               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1806               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1810               after clicking on it to create new annotation for a
1811               column.
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1815               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1816             </li>
1817             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1818             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1819           </ul>
1820           <em>Applet</em>
1821           <ul>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1824               hidden columns present before start of sequence
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1828               (JSON jars)
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1832               sequences are hidden in applet
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1836               deployment on examples pages.
1837             </li>
1838           </ul>
1839         </div>
1840       </td>
1841     </tr>
1842     <tr>
1843       <td width="60" nowrap>
1844         <div align="center">
1845           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1846             <em>16/10/2015</em></strong>
1847         </div>
1848       </td>
1849       <td><em>General</em>
1850         <ul>
1851           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1852             jars</li>
1853         </ul></td>
1854       <td>
1855         <div align="left">
1856           <em>Application</em>
1857           <ul>
1858             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1859               shown when tree is partitioned</li>
1860             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1861               multiple cDNA/Protein split views</li>
1862           </ul>
1863         </div>
1864       </td>
1865     </tr>
1866     <tr>
1867       <td width="60" nowrap>
1868         <div align="center">
1869           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1870             <em>8/10/2015</em></strong>
1871         </div>
1872       </td>
1873       <td><em>General</em>
1874         <ul>
1875           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1876             2.9</li>
1877         </ul> <em>Application</em>
1878         <ul>
1879           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1880           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1881           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1882         </ul> <em>Applet</em>
1883         <ul>
1884           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1885         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1886         <ul>
1887           <li>
1888             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1889             suite
1890           </li>
1891         </ul></td>
1892       <td>
1893         <div align="left">
1894           <em>General</em>
1895           <ul>
1896             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1897               incorrect when sequence start > 1</li>
1898             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1899               documentation</li>
1900             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1901             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1902               loading a features file containing HTML tags in feature
1903               description</li>
1904
1905           </ul>
1906           <em>Application</em>
1907           <ul>
1908             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1909               reimport</li>
1910             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1911               with 'trim retrieved sequences'</li>
1912             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1913               deleting selected columns</li>
1914             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1915               JNLP templates for webstart launch</li>
1916             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1917               unreleased structures for download or viewing</li>
1918             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1919               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1920             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1921               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1922             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1923               recovered from jalview project</li>
1924             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1925               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1926               alignment view</li>
1927             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1928               color schemes from BioJSON</li>
1929           </ul>
1930           <em>Applet</em>
1931           <ul>
1932             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1933               frame</li>
1934             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1935           </ul>
1936         </div>
1937       </td>
1938     </tr>
1939     <tr>
1940       <td><div align="center">
1941           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1942         </div></td>
1943       <td><em>General</em>
1944         <ul>
1945           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1946             alignments:
1947             <ul>
1948               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1949                 and DNA alignment views</li>
1950               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1951                 cDNA alignment views</li>
1952               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1953                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1954               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1955                 protein sequences</li>
1956             </ul>
1957           </li>
1958           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1959           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1960             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1961           <li>New alignment annotation file statements for
1962             reference sequences and marking hidden columns</li>
1963           <li>Reference sequence based alignment shading to
1964             highlight variation</li>
1965           <li>Select or hide columns according to alignment
1966             annotation</li>
1967           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1968           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1969             acid conservation row</li>
1970           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1971         </ul> <em>Application</em>
1972         <ul>
1973           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1974             <ul>
1975               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1976                 view with cDNA/Protein</li>
1977               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1978                 sequences are placed in the same alignment</li>
1979               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1980                 projects</li>
1981             </ul>
1982           </li>
1983
1984           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1985           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1986             Jalview windows</li>
1987
1988           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1989           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1990           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1991             be shown in VARNA</li>
1992
1993           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1994             as the active selected region</li>
1995
1996           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1997             similarity</li>
1998           <li>New Export options
1999             <ul>
2000               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2001                 region export in flat file generation</li>
2002
2003               <li>Export alignment views for display with the <a
2004                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2005
2006               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2007               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2008                 alignment figures to HTML</li>
2009           </li>
2010           <li>3D structure retrieval and display
2011             <ul>
2012               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2013                 Search API</li>
2014               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2015                 PDB structures for a sequence set</li>
2016             </ul>
2017           </li>
2018
2019           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2020             predictions</li>
2021           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2022             for one or a group of sequences</li>
2023           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2024             from the JPred4 web server</li>
2025           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2026             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2027             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2028           </li>
2029           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2030             VARNA 2D Structure'</li>
2031           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2032             Structure ..."</li>
2033
2034         </ul> <em>Applet</em>
2035         <ul>
2036           <li>New layout for applet example pages</li>
2037           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2038             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2039           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2040             Protein alignments</li>
2041         </ul> <em>Development and deployment</em>
2042         <ul>
2043           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2044           <li>Include installation type and git revision in build
2045             properties and console log output</li>
2046           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2047             storing BioJsMSA Templates</li>
2048           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2049         </ul></td>
2050       <td>
2051         <!-- <em>General</em>
2052         <ul>
2053         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2054         <ul>
2055           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2056           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2057           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2058             predictions are not highlighted in amber</li>
2059           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2060             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2061           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2062             associated structure views</li>
2063           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2064             width checkbox not enabled</li>
2065           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2066             creating user defined colours</li>
2067           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2068             mappings for just that viewer's sequences</li>
2069           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2070             multiple models in Chimera</li>
2071           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2072             over Jmol structure</li>
2073           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2074             output to text box</li>
2075           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2076             have incorrect sequence start/end</li>
2077           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2078             Jalview fails</li>
2079           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2080             work for nucleotide</li>
2081           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2082             to a grey/invisible alignment window</li>
2083           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2084             imports to different position</li>
2085           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2086             on some platforms</li>
2087           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2088             populated</li>
2089           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2090             console if Chimera has been opened</li>
2091           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2092           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2093             retrieved</li>
2094           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2095           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2096             either sequence shows on first structure</li>
2097           <li>'Show annotations' options should not make
2098             non-positional annotations visible</li>
2099           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2100             in right place after 'view flanking regions'</li>
2101           <li>File Save As type unset when current file format is
2102             unknown</li>
2103           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2104             projects</li>
2105           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2106             responsive</li>
2107           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2108             several views on same alignment</li>
2109           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2110           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2111             spaces</li>
2112         </ul> <em>Applet</em>
2113         <ul>
2114           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2115           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2116             descriptions containing angle brackets</li>
2117         </ul> <em>General</em>
2118         <ul>
2119           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2120             via jalview annotation file</li>
2121           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2122             with RNA secondary structure</li>
2123           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2124             translation doesn't work.</li>
2125           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2126           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2127             positions</li>
2128           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2129             choosing 1pt font</li>
2130           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2131             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2132             'h'</li>
2133           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2134             new feature</li>
2135           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2136             order dependent</li>
2137           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2138             sequences</li>
2139           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2140         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2141         <ul>
2142           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2143             www.jalview.org</li>
2144         </ul> <em>Application Known issues</em>
2145         <ul>
2146           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2147           <li>Misleading message appears after trying to delete
2148             solid column.</li>
2149           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2150             version launches</li>
2151           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2152             fails with a sequence mismatch</li>
2153           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2154             scrolling alignment to right</li>
2155           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2156             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2157           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2158             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2159           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2160             ultra-high resolution</li>
2161           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2162             quality and conservation</li>
2163           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2164             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2165         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2166         <ul>
2167           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2168           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2169             window is being resized</li>
2170
2171         </ul>
2172       </td>
2173     </tr>
2174     <tr>
2175       <td><div align="center">
2176           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2177         </div></td>
2178       <td><em>General</em>
2179         <ul>
2180           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2181             Certum.PL.</li>
2182           <li>Features and annotation preserved when performing
2183             pairwise alignment</li>
2184           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2185             imported/exported/displayed</li>
2186           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2187             protein secondary structure</li>
2188           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2189               post-hoc with 2.9 release</em>)
2190           </li>
2191
2192         </ul> <em>Application</em>
2193         <ul>
2194           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2195             with 3D structures</li>
2196           <li>Support for parsing RNAML</li>
2197           <li>Annotations menu for layout
2198             <ul>
2199               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2200               <li>place sequence annotation above/below alignment
2201                 annotation</li>
2202             </ul>
2203           <li>Output in Stockholm format</li>
2204           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2205             translation</li>
2206           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2207           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2208             shared between alignments</li>
2209           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2210             Jalview</li>
2211           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2212             all or current selection</li>
2213           <li>disorder and secondary structure predictions
2214             available as dataset annotation</li>
2215           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2216
2217
2218           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2219             alignments from Rfam</li>
2220           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2221
2222           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2223             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2224           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2225           <li>include installation type in build properties and
2226             console log output</li>
2227           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2228             annotation</li>
2229         </ul></td>
2230       <td>
2231         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2232         <ul>
2233           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2234             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2235           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2236             alignment</li>
2237           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2238           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2239           <li>Double click on sequence associated annotation
2240             selects only first column</li>
2241           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2242             leaves shown in tree</li>
2243           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2244             properly</li>
2245           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2246           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2247             screen and buttons not visible</li>
2248           <li>author list isn't updated if already written to
2249             Jalview properties</li>
2250           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2251             from database</li>
2252           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2253           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2254             browser search window</li>
2255           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2256             in feature settings dialog</li>
2257           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2258             desktop</li>
2259           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2260             pass validation</li>
2261           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2262             fit on screen</li>
2263           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2264             tooltip</li>
2265           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2266             defined user preset</li>
2267           <li>MSA web services warns user if they were launched
2268             with invalid input</li>
2269           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2270             Java 8</li>
2271           <li>
2272             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2273             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2274             created
2275           </li>
2276
2277         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2278         <ul>
2279         </ul> <em>General</em>
2280         <ul>
2281         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2282         <ul>
2283           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2284             memory allocation</li>
2285           <li>launchApp service doesn't automatically open
2286             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2287           <li>
2288             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2289             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2290             1.7_055 is available
2291           </li>
2292         </ul> <em>Application Known issues</em>
2293         <ul>
2294           <li>
2295             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2296             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2297             alignment to right
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2301             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2302             with large number of ID
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2306             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2307             start/end
2308           </li>
2309           <li>
2310             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2311             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2312             structure tracks are rearranged
2313           </li>
2314           <li>
2315             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2316             invalid rna structure positional highlighting does not
2317             highlight position of invalid base pairs
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2321             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2322             project from alignment window file menu
2323           </li>
2324           <li>
2325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2326             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2327             structures
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2331             colour by RNA Helices not enabled when user created
2332             annotation added to alignment
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2336             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2337           </li>
2338         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2339         <ul>
2340           <li>
2341             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2342             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2346             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2347           </li>
2348
2349           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2350             when selected</li>
2351         </ul>
2352       </td>
2353     </tr>
2354     <tr>
2355       <td><div align="center">
2356           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2357         </div></td>
2358       <td>
2359         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2360         <em>General</em>
2361         <ul>
2362           <li>Internationalisation of user interface (usually
2363             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2364           <li>Define/Undefine group on current selection with
2365             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2366           <li>Improved group creation/removal options in
2367             alignment/sequence Popup menu</li>
2368           <li>Sensible precision for symbol distribution
2369             percentages shown in logo tooltip.</li>
2370           <li>Annotation panel height set according to amount of
2371             annotation when alignment first opened</li>
2372         </ul> <em>Application</em>
2373         <ul>
2374           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2375             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2376           <li>Select columns containing particular features from
2377             Feature Settings dialog</li>
2378           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2379             sequences</li>
2380           <li>Update Jalview project format:
2381             <ul>
2382               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2383               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2384                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2385               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2386                 colouring</li>
2387             </ul>
2388           </li>
2389           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2390             (PAM250)</li>
2391           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2392             flanking regions for an alignment</li>
2393         </ul>
2394       </td>
2395       <td>
2396         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2397         <ul>
2398           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2399             running after job is cancelled</li>
2400           <li>cannot export features from alignments imported from
2401             Jalview/VAMSAS projects</li>
2402           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2403             float values</li>
2404           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2405             have 'display all symbols' flag set</li>
2406           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2407             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2408           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2409             Jalview</li>
2410           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2411             Lion/Webstart</li>
2412           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2413           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2414           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2415             alignment onto desktop</li>
2416           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2417             'extract scores' function</li>
2418           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2419             alignment window</li>
2420           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2421             performing IUPred disorder prediction</li>
2422           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2423             changing 'normalise logo' display setting</li>
2424           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2425             nothing matches query</li>
2426           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2427             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2428           </li>
2429           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2430             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2431           </li>
2432           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2433             Jalview's menu</li>
2434           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2435             'invalid literal/length code'</li>
2436           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2437             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2438           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2439             colourscheme</li>
2440
2441         </ul> <em>Applet</em>
2442         <ul>
2443           <li>Remove group option is shown even when selection is
2444             not a group</li>
2445           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2446             don't affect groups</li>
2447           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2448             colourscheme name</li>
2449           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2450             Annotation panel is not displayed</li>
2451           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2452             embedded windows</li>
2453         </ul> <em>Other</em>
2454         <ul>
2455           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2456             single sequence were not calculated</li>
2457           <li>annotation files that contain only groups imported as
2458             annotation and junk sequences</li>
2459           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2460             recognised as PFAM or BLC</li>
2461           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2462             doesn't affect background (2.8.0b1)
2463           <li></li>
2464           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2465           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2466             trailing gaps</li>
2467           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2468             registered correctly on import</li>
2469           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2470             certain alignments</li>
2471           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2472             existing annotation based 'use original colours'
2473             colourscheme loses original colours setting</li>
2474         </ul>
2475       </td>
2476     </tr>
2477     <tr>
2478       <td><div align="center">
2479           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2480             <em>30/1/2014</em></strong>
2481         </div></td>
2482       <td>
2483         <ul>
2484           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2485             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2486             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2487             open source project).
2488           </li>
2489           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2490           <li>Output in Stockholm format</li>
2491           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2492           <li>Export/import group and sequence associated line
2493             graph thresholds</li>
2494           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2495             ambiguity codes</li>
2496           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2497             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2498             works</li>
2499           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2500         </ul> <em>Other improvements</em>
2501         <ul>
2502           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2503           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2504             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2505           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2506             files</li>
2507           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2508           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2509             link but no description</li>
2510           <li>Select primary source when selecting authority in
2511             database fetcher GUI</li>
2512           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2513             Jalview</li>
2514           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2515         </ul>
2516       </td>
2517       <td>
2518         <ul>
2519           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2520             displayed</li>
2521           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2522             secondary structure annotation line</li>
2523           <li>Sequence database accessions not imported when
2524             fetching alignments from Rfam</li>
2525           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2526             identical IDs</li>
2527           <li>View all structures does not always superpose
2528             structures</li>
2529           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2530             reflect user or preset settings</li>
2531           <li>Null pointer exceptions for some services without
2532             presets or adjustable parameters</li>
2533           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2534             discover PDB xRefs</li>
2535           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2536             features with DAS</li>
2537           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2538             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2539           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2540             residue follows a gap</li>
2541           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2542             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2543           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2544             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2545           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2546             annotation already exists on alignment</li>
2547           <li>oninit javascript function should be called after
2548             initialisation completes</li>
2549           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2550             alignment window display</li>
2551           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2552           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2553             to annotation file</li>
2554           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2555             groups created</li>
2556           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2557             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2558           <li>Pressing return several times causes Number Format
2559             exceptions in keyboard mode</li>
2560           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2561             correct partitions for input data</li>
2562           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2563           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2564           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2565           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2566             mode</li>
2567           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2568             changes one row&#39;s threshold</li>
2569           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2570             doesn&#39;t open</li>
2571           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2572             quality histograms</li>
2573         </ul>
2574       </td>
2575     </tr>
2576     <tr>
2577       <td><div align="center">
2578           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2579         </div></td>
2580       <td><em>Application</em>
2581         <ul>
2582           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2583             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2584           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2585             preferences</li>
2586           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2587             in Jalview alignment window</li>
2588           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2589             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2590           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2591             RNA and ambiguity codes</li>
2592
2593           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2594           <li>Support fetching and database reference look up
2595             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2596             refs')</li>
2597           <li>Jalview project improvements
2598             <ul>
2599               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2600                 flag for annotation</li>
2601               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2602                 alignment</li>
2603               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2604                 Jalview project</li>
2605
2606             </ul>
2607           </li>
2608           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2609           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2610             running</li>
2611           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2612           <li>visual indication that web service results are still
2613             being retrieved from server</li>
2614           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2615             starts up for first time</li>
2616           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2617             services</li>
2618           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2619             client library</li>
2620           <li>Examples directory and Groovy library included in
2621             InstallAnywhere distribution</li>
2622         </ul> <em>Applet</em>
2623         <ul>
2624           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2625             visualization applet example</li>
2626         </ul> <em>General</em>
2627         <ul>
2628           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2629           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2630             defaults</li>
2631           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2632             calculation</li>
2633           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2634             matrices
2635           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2636             in HTML</li>
2637           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2638             structure contacts</li>
2639           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2640           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2641           <li>Parse sequence associated secondary structure
2642             information in Stockholm files</li>
2643           <li>HTML Export database accessions and annotation
2644             information presented in tooltip for sequences</li>
2645           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2646             style RNA alignment files</li>
2647           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2648             alignment</li>
2649           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2650             shade each sequence according to its associated alignment
2651             annotation</li>
2652           <li>New Jalview Logo</li>
2653         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2654         <ul>
2655           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2656           <li>New Website!</li>
2657         </ul></td>
2658       <td><em>Application</em>
2659         <ul>
2660           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2661             wsdbfetch REST service</li>
2662           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2663           <li>Filetype associations not installed for webstart
2664             launch</li>
2665           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2666             job execution in full once it is complete</li>
2667           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2668             uploaded via ali_file parameter</li>
2669           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2670           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2671           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2672             submitted for prediction</li>
2673           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2674             desktop window</li>
2675           <li>Putting fractional value into integer text box in
2676             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2677           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2678             windows 7</li>
2679           <li>View all structures fails with exception shown in
2680             structure view</li>
2681           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2682             escaped in a platform independent way</li>
2683           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2684             using proxy</li>
2685           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2686             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2687           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2688             failure when java web start temporary file caching is
2689             disabled</li>
2690           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2691             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2692           <li>Errors during processing of command line arguments
2693             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2694           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2695             DAS sources in sequence fetcher</li>
2696           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2697             dialog is shown</li>
2698           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2699           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2700           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2701           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2702             on OSX Mountain Lion</li>
2703           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2704             sequences with alignment annotation are pasted into the
2705             alignment</li>
2706           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2707             when loaded from Jalview project</li>
2708           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2709           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2710             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2711           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2712             associated with all views</li>
2713           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2714             annotation rows to new window</li>
2715         </ul> <em>Applet</em>
2716         <ul>
2717           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2718             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2719           <li>loading features via javascript API automatically
2720             enables feature display</li>
2721           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2722             work</li>
2723         </ul> <em>General</em>
2724         <ul>
2725           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2726           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2727             and then deselected</li>
2728           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2729           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2730             coloured with clustalx</li>
2731           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2732             exceptions and redraw errors</li>
2733           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2734             reconfigured view</li>
2735           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2736             colour</li>
2737           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2738             for lots of labels</li>
2739         </ul>
2740     </tr>
2741     <tr>
2742       <td>
2743         <div align="center">
2744           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2745         </div>
2746       </td>
2747       <td><em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2750           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2751           <li>View/alignment association menu to enable user to
2752             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2753             its colours/correspondences from</li>
2754           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2755           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2756             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2757           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2758           <li>Annotation row column label formatting attributes
2759             stored in project file</li>
2760           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2761             rows preserved in Jalview project file</li>
2762           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2763             saved using Desktop window menu</li>
2764           <li>Visual indication that command line arguments are
2765             still being processed</li>
2766           <li>Groovy script execution from URL</li>
2767           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2768             preferences</li>
2769           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2770             alignment with sequences that have high similarity and
2771             matching IDs</li>
2772           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2773           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2774             structures in same window</li>
2775           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2776           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2777             analysis function in its own submenu</li>
2778         </ul> <em>Applet</em>
2779         <ul>
2780           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2781             groups</li>
2782           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2783           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2784           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2785           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2786           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2787             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2788           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2789           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2790             parameters are treated as such</li>
2791           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2792             <ul>
2793               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2794               <li>Javascript callbacks for
2795                 <ul>
2796                   <li>Applet initialisation</li>
2797                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2798                 </ul>
2799               </li>
2800               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2801                 functions</li>
2802               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2803               <li>javascript structure viewer harness to pass
2804                 messages between Jmol and Jalview when running as
2805                 distinct applets</li>
2806               <li>sortBy method</li>
2807               <li>Set of applet and application examples shipped
2808                 with documentation</li>
2809               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2810                 javascript message exchange</li>
2811             </ul>
2812         </ul> <em>General</em>
2813         <ul>
2814           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2815             multiple alignments</li>
2816           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2817           <li>User configurable link to enable redirects to a
2818             www.Jalview.org mirror</li>
2819           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2820           <li>Configurable newline string when writing alignment
2821             and other flat files</li>
2822           <li>Allow alignment annotation description lines to
2823             contain html tags</li>
2824         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2825         <ul>
2826           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2827             examples</li>
2828           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2829             using a web service before displaying the result in the
2830             Jalview desktop</li>
2831           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2832           <li>Ant target to publish example html files with applet
2833             archive</li>
2834           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2835           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2836         </ul></td>
2837       <td><em>Application</em>
2838         <ul>
2839           <li>User defined colourscheme throws exception when
2840             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2841           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2842             dialog for valid filename/format</li>
2843           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2844           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2845             P37173</li>
2846           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2847             which sequence is to be associated with the file</li>
2848           <li>Find All raises null pointer exception when query
2849             only matches sequence IDs</li>
2850           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2851           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2852             2.4 cannot be loaded</li>
2853           <li>Filetype associations not installed for webstart
2854             launch</li>
2855           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2856             with sequences in different alignments do not get coloured
2857             by their associated sequence</li>
2858           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2859             not preserved when project is loaded</li>
2860           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2861             stored in Jalview project</li>
2862           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2863             Jalview project</li>
2864           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2865           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2866             by conservation</li>
2867           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2868             created on new view</li>
2869           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2870             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2871           <li>Alignment quality not updated after alignment
2872             annotation row is hidden then shown</li>
2873           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2874             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2875           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2876             properly</li>
2877           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2878             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2879           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2880           <li>Structures imported from file and saved in project
2881             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2882           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2883             job execution in full once it is complete</li>
2884         </ul> <em>Applet</em>
2885         <ul>
2886           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2887             annotation rows are displayed</li>
2888           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2889             codebase</li>
2890           <li>View follows highlighting does not work for positions
2891             in sequences</li>
2892           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2893           <li>Export features raises exception when no features
2894             exist</li>
2895           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2896             for javascript api is modified when separator string
2897             provided as parameter</li>
2898           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2899             alignment with no existing selection</li>
2900           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2901             to applet&#39;s codebase</li>
2902           <li>Status bar not updated after finished searching and
2903             search wraps around to first result</li>
2904           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2905             several Jalview applets causes race conditions and memory
2906             leaks</li>
2907           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2908             not sent from Jmol in applet</li>
2909           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2910             applet API fatally hang browser</li>
2911         </ul> <em>General</em>
2912         <ul>
2913           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2914             position with wrapped view and hidden regions</li>
2915           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2916             with/without hidden columns</li>
2917           <li>Sequence length given in alignment properties window
2918             is off by 1</li>
2919           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2920             import PDB like structure files</li>
2921           <li>Positional search results are only highlighted
2922             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2923           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2924           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2925             given sequence position</li>
2926           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2927             output</li>
2928           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2929             from nucleotide chains correctly</li>
2930           <li>Structure colours not updated when tree partition
2931             changed in alignment</li>
2932           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2933             parsed in interleaved stockholm</li>
2934           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2935             state</li>
2936           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2937             properly</li>
2938           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2939             properly associated with their pdb files</li>
2940         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2941         <ul>
2942           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2943             ApplyCopyright tool</li>
2944         </ul></td>
2945     </tr>
2946     <tr>
2947       <td>
2948         <div align="center">
2949           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2950         </div>
2951       </td>
2952       <td><em>Application</em>
2953         <ul>
2954           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2955             contact web services</li>
2956           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2957             service job window</li>
2958           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2959         </ul></td>
2960       <td>
2961         <ul>
2962           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2963             pir file emitted by Jalview</li>
2964           <li>Existing feature settings transferred to new
2965             alignment view created from cut'n'paste</li>
2966           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2967             parsing PDB files</li>
2968           <li>Consensus and conservation annotation rows
2969             occasionally become blank for all new windows</li>
2970           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2971             in wrapped view mode</li>
2972         </ul> <em>Application</em>
2973         <ul>
2974           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2975             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2976           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2977             parameter names</li>
2978           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2979             is down</li>
2980         </ul>
2981       </td>
2982     </tr>
2983     <tr>
2984       <td>
2985         <div align="center">
2986           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2987         </div>
2988       </td>
2989       <td><em>Application</em>
2990         <ul>
2991           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2992             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2993             (JABAWS)
2994           </li>
2995           <li>Web Services preference tab</li>
2996           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2997             preferences</li>
2998           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2999           <li>Superpose structures using associated sequence
3000             alignment</li>
3001           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3002             viewer</li>
3003         </ul> <em>Applet</em>
3004         <ul>
3005           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3006             link out mechanism</li>
3007         </ul> <em>Other</em>
3008         <ul>
3009           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3010             series 12</li>
3011           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3012             require Java 1.5</li>
3013           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3014             sequence annotation files</li>
3015           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3016             type colour specification</li>
3017           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3018             script to check if it being run in an interactive session or
3019             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3020         </ul></td>
3021       <td>
3022         <ul>
3023           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3024             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3025         </ul> <em>Application</em>
3026         <ul>
3027           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3028             selected Regions menu item</li>
3029           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3030             part of a valid accession ID</li>
3031           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3032             runs out of memory</li>
3033           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3034             analysis results</li>
3035           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3036             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3037           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3038         </ul> <em>Applet</em>
3039         <ul>
3040           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3041             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3042             defined.</li>
3043         </ul>
3044       </td>
3045     </tr>
3046     <tr>
3047       <td>
3048         <div align="center">
3049           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3050         </div>
3051       </td>
3052       <td></td>
3053       <td>
3054         <ul>
3055           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3056             sequence IDs</li>
3057           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3058             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3059           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3060             import correctly</li>
3061           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3062             number of columns are hidden</li>
3063           <li>annotation label popup menu not providing correct
3064             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3065             present</li>
3066           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3067             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3068           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3069             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3070
3071         </ul> <em>Applet</em>
3072         <ul>
3073           <li>annotation panel disappears when annotation is
3074             hidden/removed</li>
3075         </ul> <em>Application</em>
3076         <ul>
3077           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3078             alignment opened where annotation panel is visible but no
3079             annotations are present on alignment</li>
3080           <li>pasted region containing hidden columns is
3081             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3082           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3083             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3084           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3085             selected Rregions menu item.</li>
3086           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3087             'Un' or 'Non'conserved</li>
3088           <li>Sequence feature settings are being shared by
3089             multiple distinct alignments</li>
3090           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3091             changed</li>
3092           <li>double click on group annotation to select sequences
3093             does not propagate to associated trees</li>
3094           <li>Mac OSX specific issues:
3095             <ul>
3096               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3097                 window background</li>
3098               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3099                 name set correctly</li>
3100               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3101                 save feature colourscheme button</li>
3102             </ul>
3103           </li>
3104         </ul>
3105       </td>
3106     </tr>
3107     <tr>
3108
3109       <td>
3110         <div align="center">
3111           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3112         </div>
3113       </td>
3114       <td><em>New Capabilities</em>
3115         <ul>
3116           <li>URL links generated from description line for
3117             regular-expression based URL links (applet and application)
3118
3119           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3120             menu</li>
3121           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3122             structures</li>
3123           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3124             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3125           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3126             average score or total feature count for each sequence.</li>
3127           <li>Shading features by score or associated description</li>
3128           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3129             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3130           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3131             hide everything but the currently selected region.</li>
3132           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3133         </ul> <em>Application</em>
3134         <ul>
3135           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3136             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3137           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3138             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3139           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3140             database references and protein_name is parsed as
3141             description line (BioSapiens terms).</li>
3142           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3143             references in sequence ID tooltip from View menu in
3144             application.</li>
3145           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3146       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3147           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3148             conservation plots</li>
3149           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3150             and visualized as sequence logos</li>
3151           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3152             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3153           </li>
3154           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3155             when a new tree is opened.</li>
3156           <li>Jalview Java Console</li>
3157           <li>Better placement of desktop window when moving
3158             between different screens.</li>
3159           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3160             consensus annotation</li>
3161           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3162             Workflows</li>
3163           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3164             <ul>
3165               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3166                 used to preserve views, structures, and tree display
3167                 settings)</li>
3168               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3169                 command line</li>
3170               <li>Sharing of selected regions between views and
3171                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3172               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3173             </ul></li>
3174         </ul> <em>Applet</em>
3175         <ul>
3176           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3177           <li>New Parameters
3178             <ul>
3179               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3180                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3181                 opened.</li>
3182               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3183                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3184               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3185                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3186               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3187                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3188                 view</li>
3189               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3190                 increase the height or width of a cell in the alignment
3191                 grid relative to the current font size.</li>
3192             </ul>
3193           </li>
3194           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3195             tooltip</li>
3196         </ul> <em>Other</em>
3197         <ul>
3198           <li>Features format: graduated colour definitions and
3199             specification of feature scores</li>
3200           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3201             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3202             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3203           <li>XML formats extended to support graduated feature
3204             colourschemes, group associated annotation, and profile
3205             visualization settings.</li></td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3209             rather than description</li>
3210           <li>Non-positional features are now included in sequence
3211             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3212             visibility in tooltip).</li>
3213           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3214           <li>Added URL embedding instructions to features file
3215             documentation.</li>
3216           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3217             'X' in peptide product</li>
3218           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3219             sequence ID and sequence string and query strings do not
3220             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3221           <li>AMSA files only contain first column of
3222             multi-character column annotation labels</li>
3223           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3224             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3225             exported and re-imported)</li>
3226           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3227             name</li>
3228           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3229             as subsequence matches, and correctly reports total number
3230             of both.</li>
3231           <li>Application:
3232             <ul>
3233               <li>Better handling of exceptions during sequence
3234                 retrieval</li>
3235               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3236                 link text excludes the start_end suffix</li>
3237               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3238                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3239               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3240               <li>Sequence description lines properly shared via
3241                 VAMSAS</li>
3242               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3243                 data sources</li>
3244               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3245                 completes before alignment figures are generated.</li>
3246               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3247                 first time.</li>
3248               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3249                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3250               <li>User defined group colours properly recovered
3251                 from Jalview projects.</li>
3252             </ul>
3253           </li>
3254         </ul>
3255       </td>
3256
3257     </tr>
3258     <tr>
3259       <td>
3260         <div align="center">
3261           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3262         </div>
3263       </td>
3264       <td>
3265         <ul>
3266           <li>Experimental support for google analytics usage
3267             tracking.</li>
3268           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3269         </ul>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Race condition in applet preventing startup in
3274             jre1.6.0u12+.</li>
3275           <li>Exception when feature created from selection beyond
3276             length of sequence.</li>
3277           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3278           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3279             all sequences with a given id</li>
3280           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3281             ID string searches</li>
3282           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3283             alignment to fail with exception</li>
3284         </ul> <em>Application Issues</em>
3285         <ul>
3286           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3287           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3288             data sources</li>
3289         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3290         <ul>
3291           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3292             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3293           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3294             version (java class versioning error fixed)</li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297     </tr>
3298     <tr>
3299       <td>
3300
3301         <div align="center">
3302           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3303         </div>
3304       </td>
3305       <td><em>User Interface</em>
3306         <ul>
3307           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3308             translation and protein products</li>
3309           <li>Linked highlighting of structure associated with
3310             residue mapping to codon position</li>
3311           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3312             and 'clear' button</li>
3313           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3314             Tools menu</li>
3315           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3316             numeric data in description line</li>
3317           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3318           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3319             of sequence</li>
3320         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3321         <ul>
3322           <li>JPred3 web service</li>
3323           <li>Prototype sequence search client (no public services
3324             available yet)</li>
3325           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3326             PFAM</li>
3327           <li>URL Links created for matching database cross
3328             references as well as sequence ID</li>
3329           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3330         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3331         <ul>
3332           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3333             databases</li>
3334           <li>Generalised database reference retrieval and
3335             validation to all fetchable databases</li>
3336           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3337             sequence command</li>
3338         </ul> <em>Import and Export</em>
3339         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3340         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3341           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3342         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3343           File</li>
3344         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3345           triplet as name of colourscheme</li>
3346         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3347         <ul>
3348           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3349           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3350             alignments (experimental)</li>
3351           <li>Create new or select existing session to join</li>
3352           <li>load and save of vamsas documents</li>
3353         </ul> <em>Application command line</em>
3354         <ul>
3355           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3356             from applet)</li>
3357           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3358             of DAS servers to query for alignment features</li>
3359           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3360             that are also automatically queried for features</li>
3361           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3362             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3363         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3364         <ul>
3365           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3366             application (when using &quot;View in full
3367             application&quot;)</li>
3368         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3369         <ul>
3370           <li>feature group display control parameter</li>
3371           <li>debug parameter</li>
3372           <li>showbutton parameter</li>
3373         </ul> <em>Applet API methods</em>
3374         <ul>
3375           <li>newView public method</li>
3376           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3377           <li>Feature display control methods</li>
3378           <li>get list of currently selected sequences</li>
3379         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3380         <ul>
3381           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3382           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3383             Jalview release.</li>
3384           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3385             property controls execution of obfuscator</li>
3386           <li>Build target for generating source distribution</li>
3387           <li>Debug flag for javacc</li>
3388           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3389             jalview.bin.Cache</li>
3390           <li>Continuous Build Integration for stable and
3391             development version of Application, Applet and source
3392             distribution</li>
3393         </ul></td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>selected region output includes visible annotations
3397             (for certain formats)</li>
3398           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3399             for editing</li>
3400           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3401           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3402           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3403           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3404             comments</li>
3405           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3406             filenames containing a ':'</li>
3407           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3408             global sequence features</li>
3409           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3410             references from alignment sequences goes to zero</li>
3411           <li>Close of tree branch colour box without colour
3412             selection causes cascading exceptions</li>
3413           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3414           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3415             file parsing fails.</li>
3416           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3417           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3418             not a valid output format</li>
3419           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3420             vamsas</li>
3421           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3422           <li>error messages passed up and output when data read
3423             fails</li>
3424           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3425             sequence is edited</li>
3426           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3427             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3428           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3429             filetype</li>
3430           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3431             import fixed for PFAM records</li>
3432           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3433             window list</li>
3434           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3435             can be read and written correctly to annotation file</li>
3436           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3437             correctly</li>
3438           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3439             non-italic font for representatives in Applet</li>
3440           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3441             Macs.</li>
3442           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3443             Applet)</li>
3444           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3445             due to null pointer exceptions</li>
3446           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3447             first column of alignment</li>
3448           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3449             July 2008</li>
3450           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3451             file is case-insensitive</li>
3452           <li>Sequence features read from Features file appended to
3453             all sequences with matching IDs</li>
3454           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3455             containing a sub-sequence</li>
3456           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3457           <li>feature and annotation file applet parameters
3458             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3459           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3460           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3461             splash-screen version check to complete</li>
3462           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3463             when passing them to the launchApp service</li>
3464           <li>display name and local features preserved in results
3465             retrieved from web service</li>
3466           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3467             sequence fetcher initialisation</li>
3468           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3469             dasobert DAS client</li>
3470           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3471             association</li>
3472           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3473             sequences
3474           </li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477     </tr>
3478     <tr>
3479       <td>
3480         <div align="center">
3481           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3482         </div>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3487           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3488           <li>Slide sequences</li>
3489           <li>Edit sequence in place</li>
3490           <li>EMBL CDS features</li>
3491           <li>DAS Feature mapping</li>
3492           <li>Feature ordering</li>
3493           <li>Alignment Properties</li>
3494           <li>Annotation Scores</li>
3495           <li>Sort by scores</li>
3496           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3502           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3503           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3504           <li>Feature group display state in XML</li>
3505           <li>Feature ordering in XML</li>
3506           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3507           <li>Stockholm alignment properties</li>
3508           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3509           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3510           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3511           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514
3515     </tr>
3516     <tr>
3517       <td>
3518         <div align="center">
3519           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3520         </div>
3521       </td>
3522       <td>
3523         <ul>
3524           <li>Non standard characters can be read and displayed
3525           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3526             applet via textbox
3527           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3528             name &amp; description
3529           <li>Preference setting to display sequence name in
3530             italics
3531           <li>Annotation file format extended to allow
3532             Sequence_groups to be defined
3533           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3534             specified in preferences
3535           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3536             sequences
3537         </ul>
3538       </td>
3539       <td>
3540         <ul>
3541           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3542             installed
3543           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3544           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3545         </ul>
3546       </td>
3547     </tr>
3548     <tr>
3549       <td>
3550         <div align="center">
3551           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3552         </div>
3553       </td>
3554       <td>
3555         <ul>
3556           <li>Multiple views on alignment
3557           <li>Sequence feature editing
3558           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3559           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3560           <li>Background dependent text colour
3561           <li>Right align sequence ids
3562           <li>User-defined lower case residue colours
3563           <li>Format Menu
3564           <li>Select Menu
3565           <li>Menu item accelerator keys
3566           <li>Control-V pastes to current alignment
3567           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3568           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3569           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3570
3571           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3572         </ul>
3573       </td>
3574       <td>
3575         <ul>
3576           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3577           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3578             calculations
3579           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3580             edits
3581           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3582             of alignment)
3583           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3584
3585           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3586             display correctly
3587           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3588           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3589             analysis results
3590           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3591             &#8739;
3592           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3593           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3594           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3595
3596         </ul>
3597       </td>
3598     </tr>
3599     <tr>
3600       <td>
3601         <div align="center">
3602           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3603         </div>
3604       </td>
3605       <td>
3606         <ul>
3607           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3608         </ul>
3609       </td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3613             sequence id panel has been resized</li>
3614           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3615             rendered</li>
3616           <li>Annotation files with sequence references - all
3617             elements in file are relative to sequence position</li>
3618           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3619         </ul>
3620       </td>
3621     </tr>
3622     <tr>
3623       <td>
3624         <div align="center">
3625           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3626         </div>
3627       </td>
3628       <td>
3629         <ul>
3630           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3631           <li>DAS Feature fetching</li>
3632           <li>Hide sequences and columns</li>
3633           <li>Export Annotations and Features</li>
3634           <li>GFF file reading / writing</li>
3635           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3636             files</li>
3637           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3638           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3639           <li>Applet can launch the full application</li>
3640           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3641             required)</li>
3642           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3643           <li>Applet can load sequences from parameter
3644             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3645           </li>
3646         </ul>
3647       </td>
3648       <td>
3649         <ul>
3650           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3651           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3652           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3653         </ul>
3654       </td>
3655     </tr>
3656     <tr>
3657       <td>
3658         <div align="center">
3659           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3660         </div>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3665           <li>Choose to match case when searching</li>
3666           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3667             expand the visible width and height of the alignment</li>
3668         </ul>
3669       </td>
3670       <td>
3671         <ul>
3672           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3673         </ul>
3674       </td>
3675     </tr>
3676     <tr>
3677       <td>
3678         <div align="center">
3679           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3680         </div>
3681       </td>
3682       <td>&nbsp;</td>
3683       <td>
3684         <ul>
3685           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3686           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3687             value</li>
3688         </ul>
3689       </td>
3690     </tr>
3691     <tr>
3692       <td>
3693         <div align="center">
3694           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3695         </div>
3696       </td>
3697       <td>
3698         <ul>
3699           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3700           <li>Keyboard editing</li>
3701           <li>Create sequence features from searches</li>
3702           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3703             alignments</li>
3704           <li>Features file allows grouping of features</li>
3705           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3706           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3707           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3708         </ul>
3709       </td>
3710       <td>
3711         <ul>
3712           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3713           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3714             descriptions saved.</li>
3715         </ul>
3716       </td>
3717     </tr>
3718     <tr>
3719       <td>
3720         <div align="center">
3721           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3722         </div>
3723       </td>
3724       <td>
3725         <ul>
3726           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3727           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3728           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3729             name for file output</li>
3730           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3731           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3732             used for HTML form input</li>
3733         </ul>
3734       </td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>HTML output writes groups and features</li>
3738           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3739           <li>File IO bugs</li>
3740         </ul>
3741       </td>
3742     </tr>
3743     <tr>
3744       <td>
3745         <div align="center">
3746           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3747         </div>
3748       </td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3752           <li>More options for PCA viewer</li>
3753         </ul>
3754       </td>
3755       <td>
3756         <ul>
3757           <li>GUI bugs resolved</li>
3758           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3759         </ul>
3760       </td>
3761     </tr>
3762     <tr>
3763       <td height="63">
3764         <div align="center">
3765           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3766         </div>
3767       </td>
3768       <td>
3769         <ul>
3770           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3771           <li>Jar files are executable</li>
3772           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3773         </ul>
3774       </td>
3775       <td>
3776         <ul>
3777           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3778           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3779           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3780         </ul>
3781       </td>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td>
3785         <div align="center">
3786           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3792         </ul>
3793       </td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3797         </ul>
3798       </td>
3799     </tr>
3800     <tr>
3801       <td>
3802         <div align="center">
3803           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3804         </div>
3805       </td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3809             size</li>
3810         </ul>
3811       </td>
3812       <td>
3813         <ul>
3814           <li>Improved JPred client reliability</li>
3815           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820       <td>
3821         <div align="center">
3822           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3823         </div>
3824       </td>
3825       <td>
3826         <ul>
3827           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3828           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3829           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3830             to Colour Menu</li>
3831           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3832           <li>Unix users can set default web browser</li>
3833           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3834           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3835         </ul>
3836       </td>
3837       <td>
3838         <ul>
3839           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3840         </ul>
3841       </td>
3842     </tr>
3843     <tr>
3844       <td>
3845         <div align="center">
3846           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3847         </div>
3848       </td>
3849       <td>&nbsp;</td>
3850       <td>
3851         <ul>
3852           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3853             alignment order.</li>
3854         </ul>
3855       </td>
3856     </tr>
3857     <tr>
3858       <td>
3859         <div align="center">
3860           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3861         </div>
3862       </td>
3863       <td>
3864         <ul>
3865           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3866           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3867           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3868             annotations.</li>
3869           <li>Version and build date written to build properties
3870             file.</li>
3871           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3872             at launch of Jalview.</li>
3873         </ul>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3878           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3879           <li>Can remove groups one by one.</li>
3880           <li>Filechooser icons installed.</li>
3881           <li>Finder ignores return character when searching.
3882             Return key will initiate a search.<br>
3883           </li>
3884         </ul>
3885       </td>
3886     </tr>
3887     <tr>
3888       <td>
3889         <div align="center">
3890           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3891         </div>
3892       </td>
3893       <td>
3894         <ul>
3895           <li>New codebase</li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898       <td>&nbsp;</td>
3899     </tr>
3900   </table>
3901   <p>&nbsp;</p>
3902 </body>
3903 </html>