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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li><!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop Preferences</li>
  86           </ul>
  87         </div></td>
  88       <td><div align="left">
  89           <em></em>
  90           <ul>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
  93               column region row by row
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
  97               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
  98             </li>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 101               format setting is unticked
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 105               if group has show boxes format setting unticked
 106             </li>
 107           </ul>
 108         </div></td>
 109
 110     <tr>
 111       <td width="60" nowrap>
 112         <div align="center">
 113           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 114         </div>
 115       </td>
 116       <td><div align="left">
 117           <em>Calculations</em>
 118           <ul>
 119
 120             <li>
 121               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 122               ungapped positions in each column of the alignment.
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 126               a calculation dialog box
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 130               and memory efficiency (~30x faster)
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 134               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 135               and other calculations
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 139               files within the Jalview codebase
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 143               Similarity may have different topology due to increased
 144               precision
 145             </li>
 146           </ul>
 147           <em>Rendering</em>
 148           <ul>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 151               model for alignments and groups
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 155               scripts
 156             </li>
 157           </ul>
 158           <em>Overview</em>
 159           <ul>
 160             <li>
 161               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 162               with alignment and overview windows
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 166               overview
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 170               omitted in Overview
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 174               adjustment of visible position
 175             </li>
 176           </ul>
 177
 178           <em>Data import/export</em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 182               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 186               annotation input/output via stockholm flatfile
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 190               extension when importing structure files without embedded
 191               names or PDB accessions
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 195               format sequence substitution matrices
 196             </li>
 197           </ul>
 198           <em>User Interface</em>
 199           <ul>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 202               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 203               the application.
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 207               via Overview or sequence motif search operations
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 211               opened by double clicking gaps within sequence feature
 212               extent
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 216               aligned positions were available to create a 3D structure
 217               superposition.
 218             </li>
 219           </ul>
 220           <em>3D Structure</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 224               coloured in linked structure views
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 228               file-based command exchange
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 232               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 233               structures are already available for sequences
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 237               the Jalview project rather than downloaded again when the
 238               project is reopened.
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 242               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 243               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 244                 Feature</strong>)
 245             </li>
 246           </ul>
 247           <em>Web Services</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 254               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 255               Analysis services
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 259               cross-references provided by identifiers.org and the
 260               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 261             </li>
 262           </ul>
 263
 264           <em>Scripting</em>
 265           <ul>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 268               identifying file formats (instead of String constants)
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 272               efficiency when counting all displayed features (not
 273               backwards compatible with 2.10.1)
 274             </li>
 275           </ul>
 276           <em>Example files</em>
 277           <ul>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 280               included in the example feature file
 281             </li>
 282           </ul>
 283           <em>Documentation</em>
 284           <ul>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 287               with the built-in Java help viewer
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 291               sequence description' option
 292             </li>
 293           </ul>
 294           <em>Test Suite</em>
 295           <ul>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 298               Uniprot REST Free Text Search Client
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 305               during tests
 306             </li>
 307           </ul>
 308         </div></td>
 309       <td><div align="left">
 310           <em>Calculations</em>
 311           <ul>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 314               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 315               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 316             </li>
 317             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 318               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 319               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 320               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 321               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 322               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 323               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 324               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 325               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 326               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 327               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 328               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 329               // for 2.10.1 mode <br />
 330               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 331               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 332                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 333                 calculations (not recommended)</em></li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 336               scaling of branch lengths for trees computed using
 337               Sequence Feature Similarity.
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 341               generating output report when working with highly
 342               redundant alignments
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 346               right of selected region when gaps present on right-hand
 347               boundary
 348             </li>
 349           </ul>
 350           <em>User Interface</em>
 351           <ul>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 354               doesn't reselect a specific sequence's associated
 355               annotation after it was used for colouring a view
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 359               opened on a region of alignment without groups
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 363               of an alignment with overlapping groups
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 367               name and description match
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 371               hidden regions results in incorrect hidden regions
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 375               changing colour does not apply Conservation slider value
 376               to all groups
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 380               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 384               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 388               gaps before start of features
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 392               restored to UI when feature colour is edited
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 396               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 400               as graduate feature colour settings are modified via the
 401               dialog box
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 405               when a group defined on the alignment is resized
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 409               wrapped view result in positional status updates
 410             </li>
 411
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 414               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 418               alignment included gapped columns
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 422               widgets don't permanently disappear
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 426               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 427               T-Coffee column reliability scores)
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 431               sequence feature on gaps only
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 435               button from a Find inherit previously defined feature type
 436               rather than the Find query string
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 440               exporting tree calculated in Jalview
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 444               and then revealing them reorders sequences on the
 445               alignment
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 449               doesn't update to reflect available set of groups after
 450               interactively adding or modifying features
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 454               Linux
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 458               only excluded gaps in current sequence and ignored
 459               selection.
 460             </li>
 461           </ul>
 462           <em>Rendering</em>
 463           <ul>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 466               erratically when hidden rows or columns are present
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 470               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 471               sequence colouring
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 475               colour and group colour menu for protein alignments
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 479               reflect currently selected view or group's shading
 480               thresholds
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 484               when rendered on overview and structures when opacity at
 485               100%
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 489               overview when features overlaid on alignment
 490             </li>
 491           </ul>
 492           <em>Data import/export</em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 496               load
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 500               added after a sequence was imported are not written to
 501               Stockholm File
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 505               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 509               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 513               with lightGray or darkGray via features file (but can
 514               specify lightgray)
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 518               when alignment view imported from project
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 522               structure and sequences extracted from structure files
 523               imported via URL and viewed in Jmol
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 527               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 528               the project is loaded and the structure viewed
 529             </li>
 530           </ul>
 531           <em>Web Services</em>
 532           <ul>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 535               release of Ensembl v.88
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 539               appear enabled in Preferences->Connections
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 543               removed from console output
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 547               Ensembl by Peptide ID
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 551               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 552               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 553               due to 'null' string rather than empty string used for
 554               residues with no corresponding PDB mapping).
 555             </li>
 556           </ul>
 557           <em>Application UI</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 561               menu
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 565               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 566               new documentation and tooltips added)
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 570               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 574               new features are added to alignment
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 578               changes to feature colours via the Amend features dialog
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 582               edit graduated feature colour via amend features dialog
 583               box
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 587               selection menu changes colours of alignment views
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 591               from alignment calculation workers after alignment has
 592               been closed
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 596               groups now 'Create Group'
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 600               Create/Undefine group doesn't always work
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 604               shown again after pressing 'Cancel'
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 608               adjusts start position in wrap mode
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 612               ambiguous amino acids
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 616               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 617               proteins
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 621               Defined' don't appear in Colours menu
 622             </li>
 623           </ul>
 624           <em>Applet</em>
 625           <ul>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 628               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 632               overview or linked structure view
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 636               work (since 2.8)
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 640               user-defined colourscheme doesn't restore original
 641               colourscheme
 642             </li>
 643           </ul>
 644           <em>Test Suite</em>
 645           <ul>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 648               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 652               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 653               problems with deep array comparison equality asserts in
 654               successive versions of TestNG
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 658               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 659             </li>
 660           </ul>
 661           <em>New Known Issues</em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 665               phase after a sequence motif find operation
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 669               containing just upper and lower case letters are
 670               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 674               reliably from eggnog Ortholog database
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 678               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 679               to mark columns containing highlighted regions.
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 683               doesn't always add secondary structure annotation.
 684             </li>
 685           </ul>
 686         </div>
 687     <tr>
 688       <td width="60" nowrap>
 689         <div align="center">
 690           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 691         </div>
 692       </td>
 693       <td><div align="left">
 694           <em>General</em>
 695           <ul>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 698               for all consensus calculations
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 702               3rd Oct 2016)
 703             </li>
 704             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 705               for 2016-2017</li>
 706           </ul>
 707           <em>Application</em>
 708           <ul>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 711               set of database cross-references, sorted alphabetically
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 715               from database cross references. Users with custom links
 716               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 717                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 721               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 722               Chimera session
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 726               the Chimera it is connected to is shut down
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 730               columns menu item to mark columns containing highlighted
 731               regions (e.g. from structure selections or results of a
 732               Find operation)
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 736               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 737               MSAviewer
 738             </li>
 739           </ul>
 740         </div></td>
 741       <td>
 742         <div align="left">
 743           <em>General</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 747               are not coloured or thresholded according to percent
 748               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 752               hydrophobic
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 756               threshold, amino acid properties)
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 760               reported as mapped to residues in a structure file in the
 761               View Mapping report
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 765               could be added multiple times to a sequence
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 769               bond features shown as two highlighted residues rather
 770               than a range in linked structure views, and treated
 771               correctly when selecting and computing trees from features
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 775               cross-references are matched to database name regardless
 776               of case
 777             </li>
 778
 779           </ul>
 780           <em>Application</em>
 781           <ul>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 784               names without regular expressions also offer links from
 785               Sequence ID
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 789               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 790               update Jalview configuration
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 794               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 798               files with similarly named sequences if dropped onto the
 799               alignment
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 803               entries where more chains exist in the PDB accession than
 804               are reported in the SIFTS file
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 808               the structure view when displayed with Chimera
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 812               panel's View->Show Chains submenu
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 816               work for wrapped alignment views
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 820               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 824               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 825               first annotation row
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 829               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 833               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 834             </li>
 835             <!-- JAL-2319 -->
 836             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 837             coordindate data
 838             </li>
 839           </ul>
 840           <!--           <em>New Known Issues</em>
 841           <ul>
 842             <li></li>
 843           </ul> -->
 844         </div>
 845       </td>
 846     </tr>
 847     <td width="60" nowrap>
 848       <div align="center">
 849         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 850           <em>25/10/2016</em></strong>
 851       </div>
 852     </td>
 853     <td><em>Application</em>
 854       <ul>
 855         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 856           view if structures already loaded</li>
 857         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 858           structure views</li>
 859       </ul></td>
 860     <td>
 861       <div align="left">
 862         <em>General</em>
 863         <ul>
 864           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 865             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 866           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 867             example sequences/projects/trees</li>
 868         </ul>
 869         <em>Application</em>
 870         <ul>
 871           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 872             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 873           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 874             without timeout for structures with multiple models or
 875             multiple sequences in alignment</li>
 876           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 877             PDB ID HEADER line</li>
 878           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 879             is performed</li>
 880           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 881             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 882           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 883           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 884             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 885             option</li>
 886           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 887             is created on the alignment</li>
 888           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 889             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 890             pop-up menu</li>
 891         </ul>
 892         <em>Build and deployment</em>
 893         <ul>
 894           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 895             tags</li>
 896         </ul>
 897         <em>New Known Issues</em>
 898         <ul>
 899           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 900             on Windows</li>
 901         </ul>
 902       </div>
 903     </td>
 904     </tr>
 905     <tr>
 906       <td width="60" nowrap>
 907         <div align="center">
 908           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 909         </div>
 910       </td>
 911       <td><em>General</em>
 912         <ul>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 915           </li>
 916           <li>
 917             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 918             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 919             better PDB parsing.
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 923             reference sequence
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 927             mousing over sequence associated annotation
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 931             for manual entry
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 935             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 936             for each column
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 940             showing or hiding columns containing a feature
 941           </li>
 942           <li>
 943             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 944             group and sequence associated annotation labels
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 948             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 949             dialogs
 950           </li>
 951
 952         </ul> <em>Application</em>
 953         <ul>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 956             gene/transcript view
 957           </li>
 958           <li>
 959             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 960             dialog
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 964             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 968             Pfam sources to xfam.org
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 975             over sequences in Jalview
 976           </li>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 979             regions in ENA and EMBL
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 983             for record retrieval via ENA rest API
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 987             complement operator
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 991             groovy script execution
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 995             alignment window's Calculate menu
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 999             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1000           </li>
1001           <li>
1002             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1003             calculation workers from groovy scripts
1004           </li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1007             Jalview projects
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1011             associations are now saved/restored from project
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1015             before sequence fetcher is opened
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1019             database chooser opens a sequence fetcher
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1023             the UniProt REST API
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1027             the news reader opening
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1031             querying stored in preferences
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1035             search results
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1042             menu for nucleotide sequences
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1046             and feature counts preserves alignment ordering (and
1047             debugged for complex feature sets).
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1051             viewing structures with Jalview 2.10
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1055             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1056             Ensembl Genomes REST API
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1060             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1061             (Ensembl)
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1065             sequences
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1069             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1070             data from external database records.
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1074             efficient recovery of sequence coding and alignment
1075             annotation relationships.
1076           </li>
1077         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1078         <ul>
1079           <li>
1080             -- JAL---
1081           </li>
1082         </ul> --></td>
1083       <td>
1084         <div align="left">
1085           <em>General</em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1089               menu on OSX
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1093               includes graduated colourschemes
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1097               working with big alignments and lots of hidden columns
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1101               at right of alignment window
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1105               contents
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1109               for DNA alignments
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1113               based tree calculation
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1117               unconserved enabled for group on alignment
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1121               set as reference
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1125               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1126               annotation
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1130               hidden columns present
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1134               user created annotation added to alignment
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1138               '()' base pair annotation
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1142               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1143               Consensus
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1147               feature not working
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1151               beginning of sequence
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1155               entry 3a6s
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1159               from a tree when t-coffee scores are shown
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1163               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1167               some structures
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1171               to Clustal, PIR and PileUp output
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1175               not visible causes alignment window to repaint
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1179               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1180               scores associated with features and annotation rows
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1184               calculation should be case independent
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1188               columns
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1192               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1193               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1197               problems when reference sequence defined and 'show
1198               non-conserved' enabled
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1202               load even when Consensus calculation is disabled
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1206               alignment does nothing
1207             </li>
1208           </ul>
1209           <em>Application</em>
1210           <ul>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1213               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1214               yet fixed for El Capitan)
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1218               output when running on non-gb/us i18n platforms
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1222               hidden sequences as flat-file alignment
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1226               launching Chimera
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1230               (also hotfix for 2.9.0b2)
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1234               reference sequence defined
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1238               alignments and views when revealing hidden columns
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1242               view in a cDNA/Protein splitframe
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1246               sequence from project when only one sequence is
1247               represented
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1251               in Structure Chooser
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1255               structure consensus didn't refresh annotation panel
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1259               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1263               dialogs format columns correctly, don't display array
1264               data, sort columns according to type
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1268               file chooser is cancelled during an image export
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1272               sequence name containing special characters
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1276               case insensitive
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1280               formatting don't wrap
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1284               truncated so L looks like I in consensus annotation
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1288               currently displayed features for the current selection or
1289               view
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1293               after fetching cross-references, and restoring from
1294               project
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1298               followed in the structure viewer
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1302               splitframe not restored from project
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1306               trailing end of protein alignment in transcript/product
1307               splitview when pad-gaps not enabled by default
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1311               is case dependent
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1315               article has been read (reopened issue due to
1316               internationalisation problems)
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1320               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1321               cross-references
1322             </li>
1323
1324             <li>
1325               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1326               alignment as HTML
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1330               multiple structures are shown for one or more sequences.
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1334               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1335               is enabled.
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1339               specific PDB id for sequence
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1343               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1344               columns' is disabled.
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1348               selects lowest rather than highest resolution structures
1349               for each sequence
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1353               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1357               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1361               after clicking on it to create new annotation for a
1362               column.
1363             </li>
1364             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1365             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1366           </ul>
1367           <em>Applet</em>
1368           <ul>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1371               hidden columns present before start of sequence
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1375               (JSON jars)
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1379               sequences are hidden in applet
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1383               deployment on examples pages.
1384             </li>
1385           </ul>
1386         </div>
1387       </td>
1388     </tr>
1389     <tr>
1390       <td width="60" nowrap>
1391         <div align="center">
1392           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1393             <em>16/10/2015</em></strong>
1394         </div>
1395       </td>
1396       <td><em>General</em>
1397         <ul>
1398           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1399             jars</li>
1400         </ul></td>
1401       <td>
1402         <div align="left">
1403           <em>Application</em>
1404           <ul>
1405             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1406               shown when tree is partitioned</li>
1407             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1408               multiple cDNA/Protein split views</li>
1409           </ul>
1410         </div>
1411       </td>
1412     </tr>
1413     <tr>
1414       <td width="60" nowrap>
1415         <div align="center">
1416           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1417             <em>8/10/2015</em></strong>
1418         </div>
1419       </td>
1420       <td><em>General</em>
1421         <ul>
1422           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1423             2.9</li>
1424         </ul> <em>Application</em>
1425         <ul>
1426           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1427           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1428           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1429         </ul> <em>Applet</em>
1430         <ul>
1431           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1432         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1433         <ul>
1434           <li>
1435             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1436             suite
1437           </li>
1438         </ul></td>
1439       <td>
1440         <div align="left">
1441           <em>General</em>
1442           <ul>
1443             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1444               incorrect when sequence start > 1</li>
1445             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1446               documentation</li>
1447             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1448             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1449               loading a features file containing HTML tags in feature
1450               description</li>
1451
1452           </ul>
1453           <em>Application</em>
1454           <ul>
1455             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1456               reimport</li>
1457             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1458               with 'trim retrieved sequences'</li>
1459             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1460               deleting selected columns</li>
1461             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1462               JNLP templates for webstart launch</li>
1463             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1464               unreleased structures for download or viewing</li>
1465             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1466               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1467             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1468               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1469             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1470               recovered from jalview project</li>
1471             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1472               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1473               alignment view</li>
1474             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1475               color schemes from BioJSON</li>
1476           </ul>
1477           <em>Applet</em>
1478           <ul>
1479             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1480               frame</li>
1481             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1482           </ul>
1483         </div>
1484       </td>
1485     </tr>
1486     <tr>
1487       <td><div align="center">
1488           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1489         </div></td>
1490       <td><em>General</em>
1491         <ul>
1492           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1493             alignments:
1494             <ul>
1495               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1496                 and DNA alignment views</li>
1497               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1498                 cDNA alignment views</li>
1499               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1500                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1501               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1502                 protein sequences</li>
1503             </ul>
1504           </li>
1505           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1506           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1507             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1508           <li>New alignment annotation file statements for
1509             reference sequences and marking hidden columns</li>
1510           <li>Reference sequence based alignment shading to
1511             highlight variation</li>
1512           <li>Select or hide columns according to alignment
1513             annotation</li>
1514           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1515           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1516             acid conservation row</li>
1517           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1518         </ul> <em>Application</em>
1519         <ul>
1520           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1521             <ul>
1522               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1523                 view with cDNA/Protein</li>
1524               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1525                 sequences are placed in the same alignment</li>
1526               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1527                 projects</li>
1528             </ul>
1529           </li>
1530
1531           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1532           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1533             Jalview windows</li>
1534
1535           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1536           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1537           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1538             be shown in VARNA</li>
1539
1540           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1541             as the active selected region</li>
1542
1543           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1544             similarity</li>
1545           <li>New Export options
1546             <ul>
1547               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1548                 region export in flat file generation</li>
1549
1550               <li>Export alignment views for display with the <a
1551                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1552
1553               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1554               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1555                 alignment figures to HTML</li>
1556           </li>
1557           <li>3D structure retrieval and display
1558             <ul>
1559               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1560                 Search API</li>
1561               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1562                 PDB structures for a sequence set</li>
1563             </ul>
1564           </li>
1565
1566           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1567             predictions</li>
1568           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1569             for one or a group of sequences</li>
1570           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1571             from the JPred4 web server</li>
1572           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1573             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1574             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1575           </li>
1576           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1577             VARNA 2D Structure'</li>
1578           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1579             Structure ..."</li>
1580
1581         </ul> <em>Applet</em>
1582         <ul>
1583           <li>New layout for applet example pages</li>
1584           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1585             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1586           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1587             Protein alignments</li>
1588         </ul> <em>Development and deployment</em>
1589         <ul>
1590           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1591           <li>Include installation type and git revision in build
1592             properties and console log output</li>
1593           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1594             storing BioJsMSA Templates</li>
1595           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1596         </ul></td>
1597       <td>
1598         <!-- <em>General</em>
1599         <ul>
1600         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1601         <ul>
1602           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1603           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1604           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1605             predictions are not highlighted in amber</li>
1606           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1607             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1608           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1609             associated structure views</li>
1610           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1611             width checkbox not enabled</li>
1612           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1613             creating user defined colours</li>
1614           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1615             mappings for just that viewer's sequences</li>
1616           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1617             multiple models in Chimera</li>
1618           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1619             over Jmol structure</li>
1620           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1621             output to text box</li>
1622           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1623             have incorrect sequence start/end</li>
1624           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1625             Jalview fails</li>
1626           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1627             work for nucleotide</li>
1628           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1629             to a grey/invisible alignment window</li>
1630           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1631             imports to different position</li>
1632           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1633             on some platforms</li>
1634           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1635             populated</li>
1636           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1637             console if Chimera has been opened</li>
1638           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1639           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1640             retrieved</li>
1641           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1642           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1643             either sequence shows on first structure</li>
1644           <li>'Show annotations' options should not make
1645             non-positional annotations visible</li>
1646           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1647             in right place after 'view flanking regions'</li>
1648           <li>File Save As type unset when current file format is
1649             unknown</li>
1650           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1651             projects</li>
1652           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1653             responsive</li>
1654           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1655             several views on same alignment</li>
1656           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1657           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1658             spaces</li>
1659         </ul> <em>Applet</em>
1660         <ul>
1661           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1662           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1663             descriptions containing angle brackets</li>
1664         </ul> <em>General</em>
1665         <ul>
1666           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1667             via jalview annotation file</li>
1668           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1669             with RNA secondary structure</li>
1670           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1671             translation doesn't work.</li>
1672           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1673           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1674             positions</li>
1675           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1676             choosing 1pt font</li>
1677           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1678             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1679             'h'</li>
1680           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1681             new feature</li>
1682           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1683             order dependent</li>
1684           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1685             sequences</li>
1686           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1687         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1688         <ul>
1689           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1690             www.jalview.org</li>
1691         </ul> <em>Application Known issues</em>
1692         <ul>
1693           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1694           <li>Misleading message appears after trying to delete
1695             solid column.</li>
1696           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1697             version launches</li>
1698           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1699             fails with a sequence mismatch</li>
1700           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1701             scrolling alignment to right</li>
1702           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1703             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1704           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1705             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1706           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1707             ultra-high resolution</li>
1708           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1709             quality and conservation</li>
1710           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1711             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1712         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1713         <ul>
1714           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1715           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1716             window is being resized</li>
1717
1718         </ul>
1719       </td>
1720     </tr>
1721     <tr>
1722       <td><div align="center">
1723           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1724         </div></td>
1725       <td><em>General</em>
1726         <ul>
1727           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1728             Certum.PL.</li>
1729           <li>Features and annotation preserved when performing
1730             pairwise alignment</li>
1731           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1732             imported/exported/displayed</li>
1733           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1734             protein secondary structure</li>
1735           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1736               post-hoc with 2.9 release</em>)
1737           </li>
1738
1739         </ul> <em>Application</em>
1740         <ul>
1741           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1742             with 3D structures</li>
1743           <li>Support for parsing RNAML</li>
1744           <li>Annotations menu for layout
1745             <ul>
1746               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1747               <li>place sequence annotation above/below alignment
1748                 annotation</li>
1749             </ul>
1750           <li>Output in Stockholm format</li>
1751           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1752             translation</li>
1753           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1754           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1755             shared between alignments</li>
1756           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1757             Jalview</li>
1758           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1759             all or current selection</li>
1760           <li>disorder and secondary structure predictions
1761             available as dataset annotation</li>
1762           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1763
1764
1765           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1766             alignments from Rfam</li>
1767           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1768
1769           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1770             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1771           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1772           <li>include installation type in build properties and
1773             console log output</li>
1774           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1775             annotation</li>
1776         </ul></td>
1777       <td>
1778         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1779         <ul>
1780           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1781             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1782           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1783             alignment</li>
1784           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1785           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1786           <li>Double click on sequence associated annotation
1787             selects only first column</li>
1788           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1789             leaves shown in tree</li>
1790           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1791             properly</li>
1792           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1793           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1794             screen and buttons not visible</li>
1795           <li>author list isn't updated if already written to
1796             Jalview properties</li>
1797           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1798             from database</li>
1799           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1800           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1801             browser search window</li>
1802           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1803             in feature settings dialog</li>
1804           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1805             desktop</li>
1806           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1807             pass validation</li>
1808           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1809             fit on screen</li>
1810           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1811             tooltip</li>
1812           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1813             defined user preset</li>
1814           <li>MSA web services warns user if they were launched
1815             with invalid input</li>
1816           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1817             Java 8</li>
1818           <li>
1819             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1820             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1821             created
1822           </li>
1823
1824         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1825         <ul>
1826         </ul> <em>General</em>
1827         <ul>
1828         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1829         <ul>
1830           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1831             memory allocation</li>
1832           <li>launchApp service doesn't automatically open
1833             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1834           <li>
1835             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1836             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1837             1.7_055 is available
1838           </li>
1839         </ul> <em>Application Known issues</em>
1840         <ul>
1841           <li>
1842             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1843             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1844             alignment to right
1845           </li>
1846           <li>
1847             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1848             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1849             with large number of ID
1850           </li>
1851           <li>
1852             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1853             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1854             start/end
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1858             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1859             structure tracks are rearranged
1860           </li>
1861           <li>
1862             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1863             invalid rna structure positional highlighting does not
1864             highlight position of invalid base pairs
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1868             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1869             project from alignment window file menu
1870           </li>
1871           <li>
1872             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1873             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1874             structures
1875           </li>
1876           <li>
1877             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1878             colour by RNA Helices not enabled when user created
1879             annotation added to alignment
1880           </li>
1881           <li>
1882             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1883             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1884           </li>
1885         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1886         <ul>
1887           <li>
1888             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1889             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1890           </li>
1891           <li>
1892             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1893             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1894           </li>
1895
1896           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1897             when selected</li>
1898         </ul>
1899       </td>
1900     </tr>
1901     <tr>
1902       <td><div align="center">
1903           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1904         </div></td>
1905       <td>
1906         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1907         <em>General</em>
1908         <ul>
1909           <li>Internationalisation of user interface (usually
1910             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1911           <li>Define/Undefine group on current selection with
1912             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1913           <li>Improved group creation/removal options in
1914             alignment/sequence Popup menu</li>
1915           <li>Sensible precision for symbol distribution
1916             percentages shown in logo tooltip.</li>
1917           <li>Annotation panel height set according to amount of
1918             annotation when alignment first opened</li>
1919         </ul> <em>Application</em>
1920         <ul>
1921           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1922             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1923           <li>Select columns containing particular features from
1924             Feature Settings dialog</li>
1925           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1926             sequences</li>
1927           <li>Update Jalview project format:
1928             <ul>
1929               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1930               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1931                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1932               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1933                 colouring</li>
1934             </ul>
1935           </li>
1936           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1937             (PAM250)</li>
1938           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1939             flanking regions for an alignment</li>
1940         </ul>
1941       </td>
1942       <td>
1943         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1944         <ul>
1945           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1946             running after job is cancelled</li>
1947           <li>cannot export features from alignments imported from
1948             Jalview/VAMSAS projects</li>
1949           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1950             float values</li>
1951           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1952             have 'display all symbols' flag set</li>
1953           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1954             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1955           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1956             Jalview</li>
1957           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1958             Lion/Webstart</li>
1959           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1960           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1961           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1962             alignment onto desktop</li>
1963           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1964             'extract scores' function</li>
1965           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1966             alignment window</li>
1967           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1968             performing IUPred disorder prediction</li>
1969           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1970             changing 'normalise logo' display setting</li>
1971           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1972             nothing matches query</li>
1973           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1974             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1975           </li>
1976           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1977             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1978           </li>
1979           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1980             Jalview's menu</li>
1981           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1982             'invalid literal/length code'</li>
1983           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1984             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1985           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1986             colourscheme</li>
1987
1988         </ul> <em>Applet</em>
1989         <ul>
1990           <li>Remove group option is shown even when selection is
1991             not a group</li>
1992           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1993             don't affect groups</li>
1994           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1995             colourscheme name</li>
1996           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1997             Annotation panel is not displayed</li>
1998           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1999             embedded windows</li>
2000         </ul> <em>Other</em>
2001         <ul>
2002           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2003             single sequence were not calculated</li>
2004           <li>annotation files that contain only groups imported as
2005             annotation and junk sequences</li>
2006           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2007             recognised as PFAM or BLC</li>
2008           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2009             doesn't affect background (2.8.0b1)
2010           <li></li>
2011           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2012           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2013             trailing gaps</li>
2014           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2015             registered correctly on import</li>
2016           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2017             certain alignments</li>
2018           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2019             existing annotation based 'use original colours'
2020             colourscheme loses original colours setting</li>
2021         </ul>
2022       </td>
2023     </tr>
2024     <tr>
2025       <td><div align="center">
2026           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2027             <em>30/1/2014</em></strong>
2028         </div></td>
2029       <td>
2030         <ul>
2031           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2032             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2033             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2034             open source project).
2035           </li>
2036           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2037           <li>Output in Stockholm format</li>
2038           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2039           <li>Export/import group and sequence associated line
2040             graph thresholds</li>
2041           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2042             ambiguity codes</li>
2043           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2044             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2045             works</li>
2046           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2047         </ul> <em>Other improvements</em>
2048         <ul>
2049           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2050           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2051             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2052           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2053             files</li>
2054           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2055           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2056             link but no description</li>
2057           <li>Select primary source when selecting authority in
2058             database fetcher GUI</li>
2059           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2060             Jalview</li>
2061           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2062         </ul>
2063       </td>
2064       <td>
2065         <ul>
2066           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2067             displayed</li>
2068           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2069             secondary structure annotation line</li>
2070           <li>Sequence database accessions not imported when
2071             fetching alignments from Rfam</li>
2072           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2073             identical IDs</li>
2074           <li>View all structures does not always superpose
2075             structures</li>
2076           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2077             reflect user or preset settings</li>
2078           <li>Null pointer exceptions for some services without
2079             presets or adjustable parameters</li>
2080           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2081             discover PDB xRefs</li>
2082           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2083             features with DAS</li>
2084           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2085             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2086           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2087             residue follows a gap</li>
2088           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2089             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2090           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2091             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2092           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2093             annotation already exists on alignment</li>
2094           <li>oninit javascript function should be called after
2095             initialisation completes</li>
2096           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2097             alignment window display</li>
2098           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2099           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2100             to annotation file</li>
2101           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2102             groups created</li>
2103           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2104             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2105           <li>Pressing return several times causes Number Format
2106             exceptions in keyboard mode</li>
2107           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2108             correct partitions for input data</li>
2109           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2110           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2111           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2112           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2113             mode</li>
2114           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2115             changes one row&#39;s threshold</li>
2116           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2117             doesn&#39;t open</li>
2118           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2119             quality histograms</li>
2120         </ul>
2121       </td>
2122     </tr>
2123     <tr>
2124       <td><div align="center">
2125           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2126         </div></td>
2127       <td><em>Application</em>
2128         <ul>
2129           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2130             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2131           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2132             preferences</li>
2133           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2134             in Jalview alignment window</li>
2135           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2136             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2137           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2138             RNA and ambiguity codes</li>
2139
2140           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2141           <li>Support fetching and database reference look up
2142             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2143             refs')</li>
2144           <li>Jalview project improvements
2145             <ul>
2146               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2147                 flag for annotation</li>
2148               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2149                 alignment</li>
2150               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2151                 Jalview project</li>
2152
2153             </ul>
2154           </li>
2155           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2156           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2157             running</li>
2158           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2159           <li>visual indication that web service results are still
2160             being retrieved from server</li>
2161           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2162             starts up for first time</li>
2163           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2164             services</li>
2165           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2166             client library</li>
2167           <li>Examples directory and Groovy library included in
2168             InstallAnywhere distribution</li>
2169         </ul> <em>Applet</em>
2170         <ul>
2171           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2172             visualization applet example</li>
2173         </ul> <em>General</em>
2174         <ul>
2175           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2176           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2177             defaults</li>
2178           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2179             calculation</li>
2180           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2181             matrices
2182           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2183             in HTML</li>
2184           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2185             structure contacts</li>
2186           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2187           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2188           <li>Parse sequence associated secondary structure
2189             information in Stockholm files</li>
2190           <li>HTML Export database accessions and annotation
2191             information presented in tooltip for sequences</li>
2192           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2193             style RNA alignment files</li>
2194           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2195             alignment</li>
2196           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2197             shade each sequence according to its associated alignment
2198             annotation</li>
2199           <li>New Jalview Logo</li>
2200         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2201         <ul>
2202           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2203           <li>New Website!</li>
2204         </ul></td>
2205       <td><em>Application</em>
2206         <ul>
2207           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2208             wsdbfetch REST service</li>
2209           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2210           <li>Filetype associations not installed for webstart
2211             launch</li>
2212           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2213             job execution in full once it is complete</li>
2214           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2215             uploaded via ali_file parameter</li>
2216           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2217           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2218           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2219             submitted for prediction</li>
2220           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2221             desktop window</li>
2222           <li>Putting fractional value into integer text box in
2223             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2224           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2225             windows 7</li>
2226           <li>View all structures fails with exception shown in
2227             structure view</li>
2228           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2229             escaped in a platform independent way</li>
2230           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2231             using proxy</li>
2232           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2233             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2234           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2235             failure when java web start temporary file caching is
2236             disabled</li>
2237           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2238             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2239           <li>Errors during processing of command line arguments
2240             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2241           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2242             DAS sources in sequence fetcher</li>
2243           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2244             dialog is shown</li>
2245           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2246           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2247           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2248           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2249             on OSX Mountain Lion</li>
2250           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2251             sequences with alignment annotation are pasted into the
2252             alignment</li>
2253           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2254             when loaded from Jalview project</li>
2255           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2256           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2257             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2258           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2259             associated with all views</li>
2260           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2261             annotation rows to new window</li>
2262         </ul> <em>Applet</em>
2263         <ul>
2264           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2265             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2266           <li>loading features via javascript API automatically
2267             enables feature display</li>
2268           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2269             work</li>
2270         </ul> <em>General</em>
2271         <ul>
2272           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2273           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2274             and then deselected</li>
2275           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2276           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2277             coloured with clustalx</li>
2278           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2279             exceptions and redraw errors</li>
2280           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2281             reconfigured view</li>
2282           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2283             colour</li>
2284           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2285             for lots of labels</li>
2286         </ul>
2287     </tr>
2288     <tr>
2289       <td>
2290         <div align="center">
2291           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2292         </div>
2293       </td>
2294       <td><em>Application</em>
2295         <ul>
2296           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2297           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2298           <li>View/alignment association menu to enable user to
2299             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2300             its colours/correspondences from</li>
2301           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2302           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2303             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2304           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2305           <li>Annotation row column label formatting attributes
2306             stored in project file</li>
2307           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2308             rows preserved in Jalview project file</li>
2309           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2310             saved using Desktop window menu</li>
2311           <li>Visual indication that command line arguments are
2312             still being processed</li>
2313           <li>Groovy script execution from URL</li>
2314           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2315             preferences</li>
2316           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2317             alignment with sequences that have high similarity and
2318             matching IDs</li>
2319           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2320           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2321             structures in same window</li>
2322           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2323           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2324             analysis function in its own submenu</li>
2325         </ul> <em>Applet</em>
2326         <ul>
2327           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2328             groups</li>
2329           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2330           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2331           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2332           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2333           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2334             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2335           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2336           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2337             parameters are treated as such</li>
2338           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2339             <ul>
2340               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2341               <li>Javascript callbacks for
2342                 <ul>
2343                   <li>Applet initialisation</li>
2344                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2345                 </ul>
2346               </li>
2347               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2348                 functions</li>
2349               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2350               <li>javascript structure viewer harness to pass
2351                 messages between Jmol and Jalview when running as
2352                 distinct applets</li>
2353               <li>sortBy method</li>
2354               <li>Set of applet and application examples shipped
2355                 with documentation</li>
2356               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2357                 javascript message exchange</li>
2358             </ul>
2359         </ul> <em>General</em>
2360         <ul>
2361           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2362             multiple alignments</li>
2363           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2364           <li>User configurable link to enable redirects to a
2365             www.Jalview.org mirror</li>
2366           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2367           <li>Configurable newline string when writing alignment
2368             and other flat files</li>
2369           <li>Allow alignment annotation description lines to
2370             contain html tags</li>
2371         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2372         <ul>
2373           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2374             examples</li>
2375           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2376             using a web service before displaying the result in the
2377             Jalview desktop</li>
2378           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2379           <li>Ant target to publish example html files with applet
2380             archive</li>
2381           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2382           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2383         </ul></td>
2384       <td><em>Application</em>
2385         <ul>
2386           <li>User defined colourscheme throws exception when
2387             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2388           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2389             dialog for valid filename/format</li>
2390           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2391           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2392             P37173</li>
2393           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2394             which sequence is to be associated with the file</li>
2395           <li>Find All raises null pointer exception when query
2396             only matches sequence IDs</li>
2397           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2398           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2399             2.4 cannot be loaded</li>
2400           <li>Filetype associations not installed for webstart
2401             launch</li>
2402           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2403             with sequences in different alignments do not get coloured
2404             by their associated sequence</li>
2405           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2406             not preserved when project is loaded</li>
2407           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2408             stored in Jalview project</li>
2409           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2410             Jalview project</li>
2411           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2412           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2413             by conservation</li>
2414           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2415             created on new view</li>
2416           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2417             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2418           <li>Alignment quality not updated after alignment
2419             annotation row is hidden then shown</li>
2420           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2421             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2422           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2423             properly</li>
2424           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2425             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2426           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2427           <li>Structures imported from file and saved in project
2428             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2429           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2430             job execution in full once it is complete</li>
2431         </ul> <em>Applet</em>
2432         <ul>
2433           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2434             annotation rows are displayed</li>
2435           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2436             codebase</li>
2437           <li>View follows highlighting does not work for positions
2438             in sequences</li>
2439           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2440           <li>Export features raises exception when no features
2441             exist</li>
2442           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2443             for javascript api is modified when separator string
2444             provided as parameter</li>
2445           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2446             alignment with no existing selection</li>
2447           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2448             to applet&#39;s codebase</li>
2449           <li>Status bar not updated after finished searching and
2450             search wraps around to first result</li>
2451           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2452             several Jalview applets causes race conditions and memory
2453             leaks</li>
2454           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2455             not sent from Jmol in applet</li>
2456           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2457             applet API fatally hang browser</li>
2458         </ul> <em>General</em>
2459         <ul>
2460           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2461             position with wrapped view and hidden regions</li>
2462           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2463             with/without hidden columns</li>
2464           <li>Sequence length given in alignment properties window
2465             is off by 1</li>
2466           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2467             import PDB like structure files</li>
2468           <li>Positional search results are only highlighted
2469             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2470           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2471           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2472             given sequence position</li>
2473           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2474             output</li>
2475           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2476             from nucleotide chains correctly</li>
2477           <li>Structure colours not updated when tree partition
2478             changed in alignment</li>
2479           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2480             parsed in interleaved stockholm</li>
2481           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2482             state</li>
2483           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2484             properly</li>
2485           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2486             properly associated with their pdb files</li>
2487         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2488         <ul>
2489           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2490             ApplyCopyright tool</li>
2491         </ul></td>
2492     </tr>
2493     <tr>
2494       <td>
2495         <div align="center">
2496           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2497         </div>
2498       </td>
2499       <td><em>Application</em>
2500         <ul>
2501           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2502             contact web services</li>
2503           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2504             service job window</li>
2505           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2506         </ul></td>
2507       <td>
2508         <ul>
2509           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2510             pir file emitted by Jalview</li>
2511           <li>Existing feature settings transferred to new
2512             alignment view created from cut'n'paste</li>
2513           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2514             parsing PDB files</li>
2515           <li>Consensus and conservation annotation rows
2516             occasionally become blank for all new windows</li>
2517           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2518             in wrapped view mode</li>
2519         </ul> <em>Application</em>
2520         <ul>
2521           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2522             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2523           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2524             parameter names</li>
2525           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2526             is down</li>
2527         </ul>
2528       </td>
2529     </tr>
2530     <tr>
2531       <td>
2532         <div align="center">
2533           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2534         </div>
2535       </td>
2536       <td><em>Application</em>
2537         <ul>
2538           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2539             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2540             (JABAWS)
2541           </li>
2542           <li>Web Services preference tab</li>
2543           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2544             preferences</li>
2545           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2546           <li>Superpose structures using associated sequence
2547             alignment</li>
2548           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2549             viewer</li>
2550         </ul> <em>Applet</em>
2551         <ul>
2552           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2553             link out mechanism</li>
2554         </ul> <em>Other</em>
2555         <ul>
2556           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2557             series 12</li>
2558           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2559             require Java 1.5</li>
2560           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2561             sequence annotation files</li>
2562           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2563             type colour specification</li>
2564           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2565             script to check if it being run in an interactive session or
2566             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2567         </ul></td>
2568       <td>
2569         <ul>
2570           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2571             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2572         </ul> <em>Application</em>
2573         <ul>
2574           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2575             selected Regions menu item</li>
2576           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2577             part of a valid accession ID</li>
2578           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2579             runs out of memory</li>
2580           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2581             analysis results</li>
2582           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2583             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2584           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2585         </ul> <em>Applet</em>
2586         <ul>
2587           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2588             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2589             defined.</li>
2590         </ul>
2591       </td>
2592     </tr>
2593     <tr>
2594       <td>
2595         <div align="center">
2596           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2597         </div>
2598       </td>
2599       <td></td>
2600       <td>
2601         <ul>
2602           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2603             sequence IDs</li>
2604           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2605             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2606           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2607             import correctly</li>
2608           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2609             number of columns are hidden</li>
2610           <li>annotation label popup menu not providing correct
2611             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2612             present</li>
2613           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2614             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2615           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2616             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2617
2618         </ul> <em>Applet</em>
2619         <ul>
2620           <li>annotation panel disappears when annotation is
2621             hidden/removed</li>
2622         </ul> <em>Application</em>
2623         <ul>
2624           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2625             alignment opened where annotation panel is visible but no
2626             annotations are present on alignment</li>
2627           <li>pasted region containing hidden columns is
2628             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2629           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2630             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2631           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2632             selected Rregions menu item.</li>
2633           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2634             'Un' or 'Non'conserved</li>
2635           <li>Sequence feature settings are being shared by
2636             multiple distinct alignments</li>
2637           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2638             changed</li>
2639           <li>double click on group annotation to select sequences
2640             does not propagate to associated trees</li>
2641           <li>Mac OSX specific issues:
2642             <ul>
2643               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2644                 window background</li>
2645               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2646                 name set correctly</li>
2647               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2648                 save feature colourscheme button</li>
2649             </ul>
2650           </li>
2651         </ul>
2652       </td>
2653     </tr>
2654     <tr>
2655
2656       <td>
2657         <div align="center">
2658           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2659         </div>
2660       </td>
2661       <td><em>New Capabilities</em>
2662         <ul>
2663           <li>URL links generated from description line for
2664             regular-expression based URL links (applet and application)
2665
2666           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2667             menu</li>
2668           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2669             structures</li>
2670           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2671             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2672           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2673             average score or total feature count for each sequence.</li>
2674           <li>Shading features by score or associated description</li>
2675           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2676             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2677           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2678             hide everything but the currently selected region.</li>
2679           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2680         </ul> <em>Application</em>
2681         <ul>
2682           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2683             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2684           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2685             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2686           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2687             database references and protein_name is parsed as
2688             description line (BioSapiens terms).</li>
2689           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2690             references in sequence ID tooltip from View menu in
2691             application.</li>
2692           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2693       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2694           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2695             conservation plots</li>
2696           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2697             and visualized as sequence logos</li>
2698           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2699             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2700           </li>
2701           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2702             when a new tree is opened.</li>
2703           <li>Jalview Java Console</li>
2704           <li>Better placement of desktop window when moving
2705             between different screens.</li>
2706           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2707             consensus annotation</li>
2708           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2709             Workflows</li>
2710           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2711             <ul>
2712               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2713                 used to preserve views, structures, and tree display
2714                 settings)</li>
2715               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2716                 command line</li>
2717               <li>Sharing of selected regions between views and
2718                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2719               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2720             </ul></li>
2721         </ul> <em>Applet</em>
2722         <ul>
2723           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2724           <li>New Parameters
2725             <ul>
2726               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2727                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2728                 opened.</li>
2729               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2730                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2731               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2732                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2733               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2734                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2735                 view</li>
2736               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2737                 increase the height or width of a cell in the alignment
2738                 grid relative to the current font size.</li>
2739             </ul>
2740           </li>
2741           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2742             tooltip</li>
2743         </ul> <em>Other</em>
2744         <ul>
2745           <li>Features format: graduated colour definitions and
2746             specification of feature scores</li>
2747           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2748             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2749             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2750           <li>XML formats extended to support graduated feature
2751             colourschemes, group associated annotation, and profile
2752             visualization settings.</li></td>
2753       <td>
2754         <ul>
2755           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2756             rather than description</li>
2757           <li>Non-positional features are now included in sequence
2758             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2759             visibility in tooltip).</li>
2760           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2761           <li>Added URL embedding instructions to features file
2762             documentation.</li>
2763           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2764             'X' in peptide product</li>
2765           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2766             sequence ID and sequence string and query strings do not
2767             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2768           <li>AMSA files only contain first column of
2769             multi-character column annotation labels</li>
2770           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2771             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2772             exported and re-imported)</li>
2773           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2774             name</li>
2775           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2776             as subsequence matches, and correctly reports total number
2777             of both.</li>
2778           <li>Application:
2779             <ul>
2780               <li>Better handling of exceptions during sequence
2781                 retrieval</li>
2782               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2783                 link text excludes the start_end suffix</li>
2784               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2785                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2786               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2787               <li>Sequence description lines properly shared via
2788                 VAMSAS</li>
2789               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2790                 data sources</li>
2791               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2792                 completes before alignment figures are generated.</li>
2793               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2794                 first time.</li>
2795               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2796                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2797               <li>User defined group colours properly recovered
2798                 from Jalview projects.</li>
2799             </ul>
2800           </li>
2801         </ul>
2802       </td>
2803
2804     </tr>
2805     <tr>
2806       <td>
2807         <div align="center">
2808           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2809         </div>
2810       </td>
2811       <td>
2812         <ul>
2813           <li>Experimental support for google analytics usage
2814             tracking.</li>
2815           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2816         </ul>
2817       </td>
2818       <td>
2819         <ul>
2820           <li>Race condition in applet preventing startup in
2821             jre1.6.0u12+.</li>
2822           <li>Exception when feature created from selection beyond
2823             length of sequence.</li>
2824           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2825           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2826             all sequences with a given id</li>
2827           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2828             ID string searches</li>
2829           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2830             alignment to fail with exception</li>
2831         </ul> <em>Application Issues</em>
2832         <ul>
2833           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2834           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2835             data sources</li>
2836         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2837         <ul>
2838           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2839             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2840           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2841             version (java class versioning error fixed)</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td>
2847
2848         <div align="center">
2849           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2850         </div>
2851       </td>
2852       <td><em>User Interface</em>
2853         <ul>
2854           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2855             translation and protein products</li>
2856           <li>Linked highlighting of structure associated with
2857             residue mapping to codon position</li>
2858           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2859             and 'clear' button</li>
2860           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2861             Tools menu</li>
2862           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2863             numeric data in description line</li>
2864           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2865           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2866             of sequence</li>
2867         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2868         <ul>
2869           <li>JPred3 web service</li>
2870           <li>Prototype sequence search client (no public services
2871             available yet)</li>
2872           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2873             PFAM</li>
2874           <li>URL Links created for matching database cross
2875             references as well as sequence ID</li>
2876           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2877         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2878         <ul>
2879           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2880             databases</li>
2881           <li>Generalised database reference retrieval and
2882             validation to all fetchable databases</li>
2883           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2884             sequence command</li>
2885         </ul> <em>Import and Export</em>
2886         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2887         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2888           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2889         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2890           File</li>
2891         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2892           triplet as name of colourscheme</li>
2893         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2894         <ul>
2895           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2896           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2897             alignments (experimental)</li>
2898           <li>Create new or select existing session to join</li>
2899           <li>load and save of vamsas documents</li>
2900         </ul> <em>Application command line</em>
2901         <ul>
2902           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2903             from applet)</li>
2904           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2905             of DAS servers to query for alignment features</li>
2906           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2907             that are also automatically queried for features</li>
2908           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2909             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2910         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2911         <ul>
2912           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2913             application (when using &quot;View in full
2914             application&quot;)</li>
2915         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2916         <ul>
2917           <li>feature group display control parameter</li>
2918           <li>debug parameter</li>
2919           <li>showbutton parameter</li>
2920         </ul> <em>Applet API methods</em>
2921         <ul>
2922           <li>newView public method</li>
2923           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2924           <li>Feature display control methods</li>
2925           <li>get list of currently selected sequences</li>
2926         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2927         <ul>
2928           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2929           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2930             Jalview release.</li>
2931           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2932             property controls execution of obfuscator</li>
2933           <li>Build target for generating source distribution</li>
2934           <li>Debug flag for javacc</li>
2935           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2936             jalview.bin.Cache</li>
2937           <li>Continuous Build Integration for stable and
2938             development version of Application, Applet and source
2939             distribution</li>
2940         </ul></td>
2941       <td>
2942         <ul>
2943           <li>selected region output includes visible annotations
2944             (for certain formats)</li>
2945           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2946             for editing</li>
2947           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2948           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2949           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2950           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2951             comments</li>
2952           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2953             filenames containing a ':'</li>
2954           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2955             global sequence features</li>
2956           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2957             references from alignment sequences goes to zero</li>
2958           <li>Close of tree branch colour box without colour
2959             selection causes cascading exceptions</li>
2960           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2961           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2962             file parsing fails.</li>
2963           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2964           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2965             not a valid output format</li>
2966           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2967             vamsas</li>
2968           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2969           <li>error messages passed up and output when data read
2970             fails</li>
2971           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2972             sequence is edited</li>
2973           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2974             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2975           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2976             filetype</li>
2977           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2978             import fixed for PFAM records</li>
2979           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2980             window list</li>
2981           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2982             can be read and written correctly to annotation file</li>
2983           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2984             correctly</li>
2985           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2986             non-italic font for representatives in Applet</li>
2987           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2988             Macs.</li>
2989           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2990             Applet)</li>
2991           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2992             due to null pointer exceptions</li>
2993           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2994             first column of alignment</li>
2995           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2996             July 2008</li>
2997           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2998             file is case-insensitive</li>
2999           <li>Sequence features read from Features file appended to
3000             all sequences with matching IDs</li>
3001           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3002             containing a sub-sequence</li>
3003           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3004           <li>feature and annotation file applet parameters
3005             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3006           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3007           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3008             splash-screen version check to complete</li>
3009           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3010             when passing them to the launchApp service</li>
3011           <li>display name and local features preserved in results
3012             retrieved from web service</li>
3013           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3014             sequence fetcher initialisation</li>
3015           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3016             dasobert DAS client</li>
3017           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3018             association</li>
3019           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3020             sequences
3021           </li>
3022         </ul>
3023       </td>
3024     </tr>
3025     <tr>
3026       <td>
3027         <div align="center">
3028           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3029         </div>
3030       </td>
3031       <td>
3032         <ul>
3033           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3034           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3035           <li>Slide sequences</li>
3036           <li>Edit sequence in place</li>
3037           <li>EMBL CDS features</li>
3038           <li>DAS Feature mapping</li>
3039           <li>Feature ordering</li>
3040           <li>Alignment Properties</li>
3041           <li>Annotation Scores</li>
3042           <li>Sort by scores</li>
3043           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3044         </ul>
3045       </td>
3046       <td>
3047         <ul>
3048           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3049           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3050           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3051           <li>Feature group display state in XML</li>
3052           <li>Feature ordering in XML</li>
3053           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3054           <li>Stockholm alignment properties</li>
3055           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3056           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3057           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3058           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3059         </ul>
3060       </td>
3061
3062     </tr>
3063     <tr>
3064       <td>
3065         <div align="center">
3066           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3067         </div>
3068       </td>
3069       <td>
3070         <ul>
3071           <li>Non standard characters can be read and displayed
3072           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3073             applet via textbox
3074           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3075             name &amp; description
3076           <li>Preference setting to display sequence name in
3077             italics
3078           <li>Annotation file format extended to allow
3079             Sequence_groups to be defined
3080           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3081             specified in preferences
3082           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3083             sequences
3084         </ul>
3085       </td>
3086       <td>
3087         <ul>
3088           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3089             installed
3090           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3091           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3092         </ul>
3093       </td>
3094     </tr>
3095     <tr>
3096       <td>
3097         <div align="center">
3098           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3099         </div>
3100       </td>
3101       <td>
3102         <ul>
3103           <li>Multiple views on alignment
3104           <li>Sequence feature editing
3105           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3106           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3107           <li>Background dependent text colour
3108           <li>Right align sequence ids
3109           <li>User-defined lower case residue colours
3110           <li>Format Menu
3111           <li>Select Menu
3112           <li>Menu item accelerator keys
3113           <li>Control-V pastes to current alignment
3114           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3115           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3116           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3117
3118           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3119         </ul>
3120       </td>
3121       <td>
3122         <ul>
3123           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3124           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3125             calculations
3126           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3127             edits
3128           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3129             of alignment)
3130           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3131
3132           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3133             display correctly
3134           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3135           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3136             analysis results
3137           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3138             &#8739;
3139           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3140           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3141           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3142
3143         </ul>
3144       </td>
3145     </tr>
3146     <tr>
3147       <td>
3148         <div align="center">
3149           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3150         </div>
3151       </td>
3152       <td>
3153         <ul>
3154           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3155         </ul>
3156       </td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3160             sequence id panel has been resized</li>
3161           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3162             rendered</li>
3163           <li>Annotation files with sequence references - all
3164             elements in file are relative to sequence position</li>
3165           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3166         </ul>
3167       </td>
3168     </tr>
3169     <tr>
3170       <td>
3171         <div align="center">
3172           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3173         </div>
3174       </td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3178           <li>DAS Feature fetching</li>
3179           <li>Hide sequences and columns</li>
3180           <li>Export Annotations and Features</li>
3181           <li>GFF file reading / writing</li>
3182           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3183             files</li>
3184           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3185           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3186           <li>Applet can launch the full application</li>
3187           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3188             required)</li>
3189           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3190           <li>Applet can load sequences from parameter
3191             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3192           </li>
3193         </ul>
3194       </td>
3195       <td>
3196         <ul>
3197           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3198           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3199           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3200         </ul>
3201       </td>
3202     </tr>
3203     <tr>
3204       <td>
3205         <div align="center">
3206           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3207         </div>
3208       </td>
3209       <td>
3210         <ul>
3211           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3212           <li>Choose to match case when searching</li>
3213           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3214             expand the visible width and height of the alignment</li>
3215         </ul>
3216       </td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3220         </ul>
3221       </td>
3222     </tr>
3223     <tr>
3224       <td>
3225         <div align="center">
3226           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3227         </div>
3228       </td>
3229       <td>&nbsp;</td>
3230       <td>
3231         <ul>
3232           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3233           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3234             value</li>
3235         </ul>
3236       </td>
3237     </tr>
3238     <tr>
3239       <td>
3240         <div align="center">
3241           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3242         </div>
3243       </td>
3244       <td>
3245         <ul>
3246           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3247           <li>Keyboard editing</li>
3248           <li>Create sequence features from searches</li>
3249           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3250             alignments</li>
3251           <li>Features file allows grouping of features</li>
3252           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3253           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3254           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3255         </ul>
3256       </td>
3257       <td>
3258         <ul>
3259           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3260           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3261             descriptions saved.</li>
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td>
3267         <div align="center">
3268           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3269         </div>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3274           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3275           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3276             name for file output</li>
3277           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3278           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3279             used for HTML form input</li>
3280         </ul>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>HTML output writes groups and features</li>
3285           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3286           <li>File IO bugs</li>
3287         </ul>
3288       </td>
3289     </tr>
3290     <tr>
3291       <td>
3292         <div align="center">
3293           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3294         </div>
3295       </td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3299           <li>More options for PCA viewer</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302       <td>
3303         <ul>
3304           <li>GUI bugs resolved</li>
3305           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308     </tr>
3309     <tr>
3310       <td height="63">
3311         <div align="center">
3312           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3313         </div>
3314       </td>
3315       <td>
3316         <ul>
3317           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3318           <li>Jar files are executable</li>
3319           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3320         </ul>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3325           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3326           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329     </tr>
3330     <tr>
3331       <td>
3332         <div align="center">
3333           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3334         </div>
3335       </td>
3336       <td>
3337         <ul>
3338           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3339         </ul>
3340       </td>
3341       <td>
3342         <ul>
3343           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3344         </ul>
3345       </td>
3346     </tr>
3347     <tr>
3348       <td>
3349         <div align="center">
3350           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3351         </div>
3352       </td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3356             size</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359       <td>
3360         <ul>
3361           <li>Improved JPred client reliability</li>
3362           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3363         </ul>
3364       </td>
3365     </tr>
3366     <tr>
3367       <td>
3368         <div align="center">
3369           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3370         </div>
3371       </td>
3372       <td>
3373         <ul>
3374           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3375           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3376           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3377             to Colour Menu</li>
3378           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3379           <li>Unix users can set default web browser</li>
3380           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3381           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>&nbsp;</td>
3397       <td>
3398         <ul>
3399           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3400             alignment order.</li>
3401         </ul>
3402       </td>
3403     </tr>
3404     <tr>
3405       <td>
3406         <div align="center">
3407           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3408         </div>
3409       </td>
3410       <td>
3411         <ul>
3412           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3413           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3414           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3415             annotations.</li>
3416           <li>Version and build date written to build properties
3417             file.</li>
3418           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3419             at launch of Jalview.</li>
3420         </ul>
3421       </td>
3422       <td>
3423         <ul>
3424           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3425           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3426           <li>Can remove groups one by one.</li>
3427           <li>Filechooser icons installed.</li>
3428           <li>Finder ignores return character when searching.
3429             Return key will initiate a search.<br>
3430           </li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433     </tr>
3434     <tr>
3435       <td>
3436         <div align="center">
3437           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3438         </div>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>New codebase</li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445       <td>&nbsp;</td>
3446     </tr>
3447   </table>
3448   <p>&nbsp;</p>
3449 </body>
3450 </html>