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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
  74             <em>2/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>New features in Jalview Desktop</em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
  82               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
  83             </li>
  84
  85           </ul>
  86         </div></td>
  87       <td><div align="left">
  88           <em></em>
  89           <ul>
  90             <li>
  91               <!--  -->
  92             </li>
  93           </ul>
  94         </div></td>
  95     </tr>
  96     <tr>
  97       <td width="60" nowrap>
  98         <div align="center">
  99           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 100             <em>7/9/2017</em></strong>
 101         </div>
 102       </td>
 103       <td><div align="left">
 104           <em></em>
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 108               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 109               white)
 110             </li>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 113               Preferences
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 117               in size and progress bar shown as higher resolution
 118               overview is recalculated
 119             </li>
 120
 121           </ul>
 122         </div></td>
 123       <td><div align="left">
 124           <em></em>
 125           <ul>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 128               column region row by row
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 132               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 136               format setting is unticked
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 140               if group has show boxes format setting unticked
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 144               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 145               include sequences and columns not currently displayed
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 149               assemblies are imported via CIF file
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 153               displayed when threshold or conservation colouring is also
 154               enabled.
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 158               server version
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 162               dragging a selected region off the visible region of the
 163               alignment
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 167               colourscheme to all groups in a view
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 171               initially after font size change using the Font chooser or
 172               middle-mouse zoom
 173             </li>
 174           </ul>
 175         </div></td>
 176     </tr>
 177     <tr>
 178       <td width="60" nowrap>
 179         <div align="center">
 180           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 181         </div>
 182       </td>
 183       <td><div align="left">
 184           <em>Calculations</em>
 185           <ul>
 186
 187             <li>
 188               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 189               ungapped positions in each column of the alignment.
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 193               a calculation dialog box
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 197               and memory efficiency (~30x faster)
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 201               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 202               and other calculations
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 206               files within the Jalview codebase
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 210               Similarity may have different topology due to increased
 211               precision
 212             </li>
 213           </ul>
 214           <em>Rendering</em>
 215           <ul>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 218               model for alignments and groups
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 222               scripts
 223             </li>
 224           </ul>
 225           <em>Overview</em>
 226           <ul>
 227             <li>
 228               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 229               with alignment and overview windows
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 233               overview
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 237               omitted in Overview
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 241               adjustment of visible position
 242             </li>
 243           </ul>
 244
 245           <em>Data import/export</em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 249               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 253               annotation input/output via stockholm flatfile
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 257               extension when importing structure files without embedded
 258               names or PDB accessions
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 262               format sequence substitution matrices
 263             </li>
 264           </ul>
 265           <em>User Interface</em>
 266           <ul>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 269               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 270               the application.
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 274               via Overview or sequence motif search operations
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 278               opened by double clicking gaps within sequence feature
 279               extent
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 283               aligned positions were available to create a 3D structure
 284               superposition.
 285             </li>
 286           </ul>
 287           <em>3D Structure</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 291               coloured in linked structure views
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 295               file-based command exchange
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 299               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 300               structures are already available for sequences
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 304               the Jalview project rather than downloaded again when the
 305               project is reopened.
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 309               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 310               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 311                 Feature</strong>)
 312             </li>
 313           </ul>
 314           <em>Web Services</em>
 315           <ul>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 321               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 322               Analysis services
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 326               cross-references provided by identifiers.org and the
 327               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 328             </li>
 329           </ul>
 330
 331           <em>Scripting</em>
 332           <ul>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 335               identifying file formats (instead of String constants)
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 339               efficiency when counting all displayed features (not
 340               backwards compatible with 2.10.1)
 341             </li>
 342           </ul>
 343           <em>Example files</em>
 344           <ul>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 347               included in the example feature file
 348             </li>
 349           </ul>
 350           <em>Documentation</em>
 351           <ul>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 354               with the built-in Java help viewer
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 358               sequence description' option
 359             </li>
 360           </ul>
 361           <em>Test Suite</em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 365               Uniprot REST Free Text Search Client
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 372               during tests
 373             </li>
 374           </ul>
 375         </div></td>
 376       <td><div align="left">
 377           <em>Calculations</em>
 378           <ul>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 381               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 382               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 383             </li>
 384             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 385               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 386               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 387               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 388               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 389               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 390               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 391               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 392               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 393               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 394               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 395               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 396               // for 2.10.1 mode <br />
 397               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 398               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 399                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 400                 calculations (not recommended)</em></li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 403               scaling of branch lengths for trees computed using
 404               Sequence Feature Similarity.
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 408               generating output report when working with highly
 409               redundant alignments
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 413               right of selected region when gaps present on right-hand
 414               boundary
 415             </li>
 416           </ul>
 417           <em>User Interface</em>
 418           <ul>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 421               doesn't reselect a specific sequence's associated
 422               annotation after it was used for colouring a view
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 426               opened on a region of alignment without groups
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 430               of an alignment with overlapping groups
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 434               name and description match
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 438               hidden regions results in incorrect hidden regions
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 442               changing colour does not apply Conservation slider value
 443               to all groups
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 447               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 451               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 455               gaps before start of features
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 459               restored to UI when feature colour is edited
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 463               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 467               as graduate feature colour settings are modified via the
 468               dialog box
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 472               when a group defined on the alignment is resized
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 476               wrapped view result in positional status updates
 477             </li>
 478
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 481               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 485               alignment included gapped columns
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 489               widgets don't permanently disappear
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 493               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 494               T-Coffee column reliability scores)
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 498               sequence feature on gaps only
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 502               button from a Find inherit previously defined feature type
 503               rather than the Find query string
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 507               exporting tree calculated in Jalview
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 511               and then revealing them reorders sequences on the
 512               alignment
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 516               doesn't update to reflect available set of groups after
 517               interactively adding or modifying features
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 521               Linux
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 525               only excluded gaps in current sequence and ignored
 526               selection.
 527             </li>
 528           </ul>
 529           <em>Rendering</em>
 530           <ul>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 533               erratically when hidden rows or columns are present
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 537               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 538               sequence colouring
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 542               colour and group colour menu for protein alignments
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 546               reflect currently selected view or group's shading
 547               thresholds
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 551               when rendered on overview and structures when opacity at
 552               100%
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 556               overview when features overlaid on alignment
 557             </li>
 558           </ul>
 559           <em>Data import/export</em>
 560           <ul>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 563               load
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 567               added after a sequence was imported are not written to
 568               Stockholm File
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 572               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 576               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 580               with lightGray or darkGray via features file (but can
 581               specify lightgray)
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 585               when alignment view imported from project
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 589               structure and sequences extracted from structure files
 590               imported via URL and viewed in Jmol
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 594               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 595               the project is loaded and the structure viewed
 596             </li>
 597           </ul>
 598           <em>Web Services</em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 602               release of Ensembl v.88
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 606               appear enabled in Preferences->Connections
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 610               removed from console output
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 614               Ensembl by Peptide ID
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 618               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 619               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 620               due to 'null' string rather than empty string used for
 621               residues with no corresponding PDB mapping).
 622             </li>
 623           </ul>
 624           <em>Application UI</em>
 625           <ul>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 628               menu
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 632               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 633               new documentation and tooltips added)
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 637               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 641               new features are added to alignment
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 645               changes to feature colours via the Amend features dialog
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 649               edit graduated feature colour via amend features dialog
 650               box
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 654               selection menu changes colours of alignment views
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 658               from alignment calculation workers after alignment has
 659               been closed
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 663               groups now 'Create Group'
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 667               Create/Undefine group doesn't always work
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 671               shown again after pressing 'Cancel'
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 675               adjusts start position in wrap mode
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 679               ambiguous amino acids
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 683               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 684               proteins
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 688               Defined' don't appear in Colours menu
 689             </li>
 690           </ul>
 691           <em>Applet</em>
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 695               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 699               overview or linked structure view
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 703               work (since 2.8)
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 707               user-defined colourscheme doesn't restore original
 708               colourscheme
 709             </li>
 710           </ul>
 711           <em>Test Suite</em>
 712           <ul>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 715               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 719               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 720               problems with deep array comparison equality asserts in
 721               successive versions of TestNG
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 725               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 726             </li>
 727           </ul>
 728           <em>New Known Issues</em>
 729           <ul>
 730             <li>
 731               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 732               phase after a sequence motif find operation
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 736               containing just upper and lower case letters are
 737               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 741               reliably from eggnog Ortholog database
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 745               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 746               to mark columns containing highlighted regions.
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 750               doesn't always add secondary structure annotation.
 751             </li>
 752           </ul>
 753         </div>
 754     <tr>
 755       <td width="60" nowrap>
 756         <div align="center">
 757           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 758         </div>
 759       </td>
 760       <td><div align="left">
 761           <em>General</em>
 762           <ul>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 765               for all consensus calculations
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 769               3rd Oct 2016)
 770             </li>
 771             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 772               for 2016-2017</li>
 773           </ul>
 774           <em>Application</em>
 775           <ul>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 778               set of database cross-references, sorted alphabetically
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 782               from database cross references. Users with custom links
 783               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 784                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 788               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 789               Chimera session
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 793               the Chimera it is connected to is shut down
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 797               columns menu item to mark columns containing highlighted
 798               regions (e.g. from structure selections or results of a
 799               Find operation)
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 803               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 804               MSAviewer
 805             </li>
 806           </ul>
 807         </div></td>
 808       <td>
 809         <div align="left">
 810           <em>General</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 814               are not coloured or thresholded according to percent
 815               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 819               hydrophobic
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 823               threshold, amino acid properties)
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 827               reported as mapped to residues in a structure file in the
 828               View Mapping report
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 832               could be added multiple times to a sequence
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 836               bond features shown as two highlighted residues rather
 837               than a range in linked structure views, and treated
 838               correctly when selecting and computing trees from features
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 842               cross-references are matched to database name regardless
 843               of case
 844             </li>
 845
 846           </ul>
 847           <em>Application</em>
 848           <ul>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 851               names without regular expressions also offer links from
 852               Sequence ID
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 856               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 857               update Jalview configuration
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 861               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 865               files with similarly named sequences if dropped onto the
 866               alignment
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 870               entries where more chains exist in the PDB accession than
 871               are reported in the SIFTS file
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 875               the structure view when displayed with Chimera
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 879               panel's View->Show Chains submenu
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 883               work for wrapped alignment views
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 887               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 891               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 892               first annotation row
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 896               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 900               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 901             </li>
 902             <!-- JAL-2319 -->
 903             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 904             coordindate data
 905             </li>
 906           </ul>
 907           <!--           <em>New Known Issues</em>
 908           <ul>
 909             <li></li>
 910           </ul> -->
 911         </div>
 912       </td>
 913     </tr>
 914     <td width="60" nowrap>
 915       <div align="center">
 916         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 917           <em>25/10/2016</em></strong>
 918       </div>
 919     </td>
 920     <td><em>Application</em>
 921       <ul>
 922         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 923           view if structures already loaded</li>
 924         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 925           structure views</li>
 926       </ul></td>
 927     <td>
 928       <div align="left">
 929         <em>General</em>
 930         <ul>
 931           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 932             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 933           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 934             example sequences/projects/trees</li>
 935         </ul>
 936         <em>Application</em>
 937         <ul>
 938           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 939             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 940           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 941             without timeout for structures with multiple models or
 942             multiple sequences in alignment</li>
 943           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 944             PDB ID HEADER line</li>
 945           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 946             is performed</li>
 947           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 948             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 949           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 950           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 951             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 952             option</li>
 953           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 954             is created on the alignment</li>
 955           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 956             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 957             pop-up menu</li>
 958         </ul>
 959         <em>Build and deployment</em>
 960         <ul>
 961           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 962             tags</li>
 963         </ul>
 964         <em>New Known Issues</em>
 965         <ul>
 966           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 967             on Windows</li>
 968         </ul>
 969       </div>
 970     </td>
 971     </tr>
 972     <tr>
 973       <td width="60" nowrap>
 974         <div align="center">
 975           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 976         </div>
 977       </td>
 978       <td><em>General</em>
 979         <ul>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 985             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 986             better PDB parsing.
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 990             reference sequence
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 994             mousing over sequence associated annotation
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 998             for manual entry
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1002             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1003             for each column
1004           </li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1007             showing or hiding columns containing a feature
1008           </li>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1011             group and sequence associated annotation labels
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1015             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1016             dialogs
1017           </li>
1018
1019         </ul> <em>Application</em>
1020         <ul>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1023             gene/transcript view
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1027             dialog
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1031             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1035             Pfam sources to xfam.org
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1042             over sequences in Jalview
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1046             regions in ENA and EMBL
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1050             for record retrieval via ENA rest API
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1054             complement operator
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1058             groovy script execution
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1062             alignment window's Calculate menu
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1066             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1070             calculation workers from groovy scripts
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1074             Jalview projects
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1078             associations are now saved/restored from project
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1082             before sequence fetcher is opened
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1086             database chooser opens a sequence fetcher
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1090             the UniProt REST API
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1094             the news reader opening
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1098             querying stored in preferences
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1102             search results
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1109             menu for nucleotide sequences
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1113             and feature counts preserves alignment ordering (and
1114             debugged for complex feature sets).
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1118             viewing structures with Jalview 2.10
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1122             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1123             Ensembl Genomes REST API
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1127             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1128             (Ensembl)
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1132             sequences
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1136             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1137             data from external database records.
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1141             efficient recovery of sequence coding and alignment
1142             annotation relationships.
1143           </li>
1144         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1145         <ul>
1146           <li>
1147             -- JAL---
1148           </li>
1149         </ul> --></td>
1150       <td>
1151         <div align="left">
1152           <em>General</em>
1153           <ul>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1156               menu on OSX
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1160               includes graduated colourschemes
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1164               working with big alignments and lots of hidden columns
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1168               at right of alignment window
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1172               contents
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1176               for DNA alignments
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1180               based tree calculation
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1184               unconserved enabled for group on alignment
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1188               set as reference
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1192               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1193               annotation
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1197               hidden columns present
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1201               user created annotation added to alignment
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1205               '()' base pair annotation
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1209               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1210               Consensus
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1214               feature not working
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1218               beginning of sequence
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1222               entry 3a6s
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1226               from a tree when t-coffee scores are shown
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1230               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1234               some structures
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1238               to Clustal, PIR and PileUp output
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1242               not visible causes alignment window to repaint
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1246               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1247               scores associated with features and annotation rows
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1251               calculation should be case independent
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1255               columns
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1259               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1260               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1264               problems when reference sequence defined and 'show
1265               non-conserved' enabled
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1269               load even when Consensus calculation is disabled
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1273               alignment does nothing
1274             </li>
1275           </ul>
1276           <em>Application</em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1280               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1281               yet fixed for El Capitan)
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1285               output when running on non-gb/us i18n platforms
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1289               hidden sequences as flat-file alignment
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1293               launching Chimera
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1297               (also hotfix for 2.9.0b2)
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1301               reference sequence defined
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1305               alignments and views when revealing hidden columns
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1309               view in a cDNA/Protein splitframe
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1313               sequence from project when only one sequence is
1314               represented
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1318               in Structure Chooser
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1322               structure consensus didn't refresh annotation panel
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1326               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1330               dialogs format columns correctly, don't display array
1331               data, sort columns according to type
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1335               file chooser is cancelled during an image export
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1339               sequence name containing special characters
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1343               case insensitive
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1347               formatting don't wrap
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1351               truncated so L looks like I in consensus annotation
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1355               currently displayed features for the current selection or
1356               view
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1360               after fetching cross-references, and restoring from
1361               project
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1365               followed in the structure viewer
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1369               splitframe not restored from project
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1373               trailing end of protein alignment in transcript/product
1374               splitview when pad-gaps not enabled by default
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1378               is case dependent
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1382               article has been read (reopened issue due to
1383               internationalisation problems)
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1387               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1388               cross-references
1389             </li>
1390
1391             <li>
1392               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1393               alignment as HTML
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1397               multiple structures are shown for one or more sequences.
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1401               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1402               is enabled.
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1406               specific PDB id for sequence
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1410               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1411               columns' is disabled.
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1415               selects lowest rather than highest resolution structures
1416               for each sequence
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1420               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1424               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1428               after clicking on it to create new annotation for a
1429               column.
1430             </li>
1431             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1432             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1433           </ul>
1434           <em>Applet</em>
1435           <ul>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1438               hidden columns present before start of sequence
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1442               (JSON jars)
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1446               sequences are hidden in applet
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1450               deployment on examples pages.
1451             </li>
1452           </ul>
1453         </div>
1454       </td>
1455     </tr>
1456     <tr>
1457       <td width="60" nowrap>
1458         <div align="center">
1459           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1460             <em>16/10/2015</em></strong>
1461         </div>
1462       </td>
1463       <td><em>General</em>
1464         <ul>
1465           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1466             jars</li>
1467         </ul></td>
1468       <td>
1469         <div align="left">
1470           <em>Application</em>
1471           <ul>
1472             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1473               shown when tree is partitioned</li>
1474             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1475               multiple cDNA/Protein split views</li>
1476           </ul>
1477         </div>
1478       </td>
1479     </tr>
1480     <tr>
1481       <td width="60" nowrap>
1482         <div align="center">
1483           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1484             <em>8/10/2015</em></strong>
1485         </div>
1486       </td>
1487       <td><em>General</em>
1488         <ul>
1489           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1490             2.9</li>
1491         </ul> <em>Application</em>
1492         <ul>
1493           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1494           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1495           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1496         </ul> <em>Applet</em>
1497         <ul>
1498           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1499         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1500         <ul>
1501           <li>
1502             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1503             suite
1504           </li>
1505         </ul></td>
1506       <td>
1507         <div align="left">
1508           <em>General</em>
1509           <ul>
1510             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1511               incorrect when sequence start > 1</li>
1512             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1513               documentation</li>
1514             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1515             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1516               loading a features file containing HTML tags in feature
1517               description</li>
1518
1519           </ul>
1520           <em>Application</em>
1521           <ul>
1522             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1523               reimport</li>
1524             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1525               with 'trim retrieved sequences'</li>
1526             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1527               deleting selected columns</li>
1528             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1529               JNLP templates for webstart launch</li>
1530             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1531               unreleased structures for download or viewing</li>
1532             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1533               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1534             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1535               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1536             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1537               recovered from jalview project</li>
1538             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1539               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1540               alignment view</li>
1541             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1542               color schemes from BioJSON</li>
1543           </ul>
1544           <em>Applet</em>
1545           <ul>
1546             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1547               frame</li>
1548             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1549           </ul>
1550         </div>
1551       </td>
1552     </tr>
1553     <tr>
1554       <td><div align="center">
1555           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1556         </div></td>
1557       <td><em>General</em>
1558         <ul>
1559           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1560             alignments:
1561             <ul>
1562               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1563                 and DNA alignment views</li>
1564               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1565                 cDNA alignment views</li>
1566               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1567                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1568               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1569                 protein sequences</li>
1570             </ul>
1571           </li>
1572           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1573           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1574             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1575           <li>New alignment annotation file statements for
1576             reference sequences and marking hidden columns</li>
1577           <li>Reference sequence based alignment shading to
1578             highlight variation</li>
1579           <li>Select or hide columns according to alignment
1580             annotation</li>
1581           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1582           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1583             acid conservation row</li>
1584           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1585         </ul> <em>Application</em>
1586         <ul>
1587           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1588             <ul>
1589               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1590                 view with cDNA/Protein</li>
1591               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1592                 sequences are placed in the same alignment</li>
1593               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1594                 projects</li>
1595             </ul>
1596           </li>
1597
1598           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1599           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1600             Jalview windows</li>
1601
1602           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1603           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1604           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1605             be shown in VARNA</li>
1606
1607           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1608             as the active selected region</li>
1609
1610           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1611             similarity</li>
1612           <li>New Export options
1613             <ul>
1614               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1615                 region export in flat file generation</li>
1616
1617               <li>Export alignment views for display with the <a
1618                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1619
1620               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1621               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1622                 alignment figures to HTML</li>
1623           </li>
1624           <li>3D structure retrieval and display
1625             <ul>
1626               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1627                 Search API</li>
1628               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1629                 PDB structures for a sequence set</li>
1630             </ul>
1631           </li>
1632
1633           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1634             predictions</li>
1635           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1636             for one or a group of sequences</li>
1637           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1638             from the JPred4 web server</li>
1639           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1640             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1641             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1642           </li>
1643           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1644             VARNA 2D Structure'</li>
1645           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1646             Structure ..."</li>
1647
1648         </ul> <em>Applet</em>
1649         <ul>
1650           <li>New layout for applet example pages</li>
1651           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1652             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1653           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1654             Protein alignments</li>
1655         </ul> <em>Development and deployment</em>
1656         <ul>
1657           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1658           <li>Include installation type and git revision in build
1659             properties and console log output</li>
1660           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1661             storing BioJsMSA Templates</li>
1662           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1663         </ul></td>
1664       <td>
1665         <!-- <em>General</em>
1666         <ul>
1667         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1668         <ul>
1669           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1670           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1671           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1672             predictions are not highlighted in amber</li>
1673           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1674             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1675           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1676             associated structure views</li>
1677           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1678             width checkbox not enabled</li>
1679           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1680             creating user defined colours</li>
1681           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1682             mappings for just that viewer's sequences</li>
1683           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1684             multiple models in Chimera</li>
1685           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1686             over Jmol structure</li>
1687           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1688             output to text box</li>
1689           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1690             have incorrect sequence start/end</li>
1691           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1692             Jalview fails</li>
1693           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1694             work for nucleotide</li>
1695           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1696             to a grey/invisible alignment window</li>
1697           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1698             imports to different position</li>
1699           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1700             on some platforms</li>
1701           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1702             populated</li>
1703           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1704             console if Chimera has been opened</li>
1705           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1706           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1707             retrieved</li>
1708           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1709           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1710             either sequence shows on first structure</li>
1711           <li>'Show annotations' options should not make
1712             non-positional annotations visible</li>
1713           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1714             in right place after 'view flanking regions'</li>
1715           <li>File Save As type unset when current file format is
1716             unknown</li>
1717           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1718             projects</li>
1719           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1720             responsive</li>
1721           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1722             several views on same alignment</li>
1723           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1724           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1725             spaces</li>
1726         </ul> <em>Applet</em>
1727         <ul>
1728           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1729           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1730             descriptions containing angle brackets</li>
1731         </ul> <em>General</em>
1732         <ul>
1733           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1734             via jalview annotation file</li>
1735           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1736             with RNA secondary structure</li>
1737           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1738             translation doesn't work.</li>
1739           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1740           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1741             positions</li>
1742           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1743             choosing 1pt font</li>
1744           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1745             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1746             'h'</li>
1747           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1748             new feature</li>
1749           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1750             order dependent</li>
1751           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1752             sequences</li>
1753           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1754         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1755         <ul>
1756           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1757             www.jalview.org</li>
1758         </ul> <em>Application Known issues</em>
1759         <ul>
1760           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1761           <li>Misleading message appears after trying to delete
1762             solid column.</li>
1763           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1764             version launches</li>
1765           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1766             fails with a sequence mismatch</li>
1767           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1768             scrolling alignment to right</li>
1769           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1770             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1771           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1772             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1773           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1774             ultra-high resolution</li>
1775           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1776             quality and conservation</li>
1777           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1778             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1779         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1780         <ul>
1781           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1782           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1783             window is being resized</li>
1784
1785         </ul>
1786       </td>
1787     </tr>
1788     <tr>
1789       <td><div align="center">
1790           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1791         </div></td>
1792       <td><em>General</em>
1793         <ul>
1794           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1795             Certum.PL.</li>
1796           <li>Features and annotation preserved when performing
1797             pairwise alignment</li>
1798           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1799             imported/exported/displayed</li>
1800           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1801             protein secondary structure</li>
1802           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1803               post-hoc with 2.9 release</em>)
1804           </li>
1805
1806         </ul> <em>Application</em>
1807         <ul>
1808           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1809             with 3D structures</li>
1810           <li>Support for parsing RNAML</li>
1811           <li>Annotations menu for layout
1812             <ul>
1813               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1814               <li>place sequence annotation above/below alignment
1815                 annotation</li>
1816             </ul>
1817           <li>Output in Stockholm format</li>
1818           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1819             translation</li>
1820           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1821           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1822             shared between alignments</li>
1823           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1824             Jalview</li>
1825           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1826             all or current selection</li>
1827           <li>disorder and secondary structure predictions
1828             available as dataset annotation</li>
1829           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1830
1831
1832           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1833             alignments from Rfam</li>
1834           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1835
1836           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1837             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1838           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1839           <li>include installation type in build properties and
1840             console log output</li>
1841           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1842             annotation</li>
1843         </ul></td>
1844       <td>
1845         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1846         <ul>
1847           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1848             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1849           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1850             alignment</li>
1851           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1852           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1853           <li>Double click on sequence associated annotation
1854             selects only first column</li>
1855           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1856             leaves shown in tree</li>
1857           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1858             properly</li>
1859           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1860           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1861             screen and buttons not visible</li>
1862           <li>author list isn't updated if already written to
1863             Jalview properties</li>
1864           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1865             from database</li>
1866           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1867           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1868             browser search window</li>
1869           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1870             in feature settings dialog</li>
1871           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1872             desktop</li>
1873           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1874             pass validation</li>
1875           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1876             fit on screen</li>
1877           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1878             tooltip</li>
1879           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1880             defined user preset</li>
1881           <li>MSA web services warns user if they were launched
1882             with invalid input</li>
1883           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1884             Java 8</li>
1885           <li>
1886             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1887             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1888             created
1889           </li>
1890
1891         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1892         <ul>
1893         </ul> <em>General</em>
1894         <ul>
1895         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1896         <ul>
1897           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1898             memory allocation</li>
1899           <li>launchApp service doesn't automatically open
1900             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1901           <li>
1902             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1903             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1904             1.7_055 is available
1905           </li>
1906         </ul> <em>Application Known issues</em>
1907         <ul>
1908           <li>
1909             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1910             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1911             alignment to right
1912           </li>
1913           <li>
1914             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1915             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1916             with large number of ID
1917           </li>
1918           <li>
1919             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1920             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1921             start/end
1922           </li>
1923           <li>
1924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1925             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1926             structure tracks are rearranged
1927           </li>
1928           <li>
1929             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1930             invalid rna structure positional highlighting does not
1931             highlight position of invalid base pairs
1932           </li>
1933           <li>
1934             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1935             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1936             project from alignment window file menu
1937           </li>
1938           <li>
1939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1940             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1941             structures
1942           </li>
1943           <li>
1944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1945             colour by RNA Helices not enabled when user created
1946             annotation added to alignment
1947           </li>
1948           <li>
1949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1950             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1951           </li>
1952         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1953         <ul>
1954           <li>
1955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1956             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1960             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1961           </li>
1962
1963           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1964             when selected</li>
1965         </ul>
1966       </td>
1967     </tr>
1968     <tr>
1969       <td><div align="center">
1970           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1971         </div></td>
1972       <td>
1973         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1974         <em>General</em>
1975         <ul>
1976           <li>Internationalisation of user interface (usually
1977             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1978           <li>Define/Undefine group on current selection with
1979             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1980           <li>Improved group creation/removal options in
1981             alignment/sequence Popup menu</li>
1982           <li>Sensible precision for symbol distribution
1983             percentages shown in logo tooltip.</li>
1984           <li>Annotation panel height set according to amount of
1985             annotation when alignment first opened</li>
1986         </ul> <em>Application</em>
1987         <ul>
1988           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1989             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1990           <li>Select columns containing particular features from
1991             Feature Settings dialog</li>
1992           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1993             sequences</li>
1994           <li>Update Jalview project format:
1995             <ul>
1996               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1997               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1998                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1999               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2000                 colouring</li>
2001             </ul>
2002           </li>
2003           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2004             (PAM250)</li>
2005           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2006             flanking regions for an alignment</li>
2007         </ul>
2008       </td>
2009       <td>
2010         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2011         <ul>
2012           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2013             running after job is cancelled</li>
2014           <li>cannot export features from alignments imported from
2015             Jalview/VAMSAS projects</li>
2016           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2017             float values</li>
2018           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2019             have 'display all symbols' flag set</li>
2020           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2021             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2022           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2023             Jalview</li>
2024           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2025             Lion/Webstart</li>
2026           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2027           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2028           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2029             alignment onto desktop</li>
2030           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2031             'extract scores' function</li>
2032           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2033             alignment window</li>
2034           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2035             performing IUPred disorder prediction</li>
2036           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2037             changing 'normalise logo' display setting</li>
2038           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2039             nothing matches query</li>
2040           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2041             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2042           </li>
2043           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2044             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2045           </li>
2046           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2047             Jalview's menu</li>
2048           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2049             'invalid literal/length code'</li>
2050           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2051             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2052           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2053             colourscheme</li>
2054
2055         </ul> <em>Applet</em>
2056         <ul>
2057           <li>Remove group option is shown even when selection is
2058             not a group</li>
2059           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2060             don't affect groups</li>
2061           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2062             colourscheme name</li>
2063           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2064             Annotation panel is not displayed</li>
2065           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2066             embedded windows</li>
2067         </ul> <em>Other</em>
2068         <ul>
2069           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2070             single sequence were not calculated</li>
2071           <li>annotation files that contain only groups imported as
2072             annotation and junk sequences</li>
2073           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2074             recognised as PFAM or BLC</li>
2075           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2076             doesn't affect background (2.8.0b1)
2077           <li></li>
2078           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2079           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2080             trailing gaps</li>
2081           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2082             registered correctly on import</li>
2083           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2084             certain alignments</li>
2085           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2086             existing annotation based 'use original colours'
2087             colourscheme loses original colours setting</li>
2088         </ul>
2089       </td>
2090     </tr>
2091     <tr>
2092       <td><div align="center">
2093           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2094             <em>30/1/2014</em></strong>
2095         </div></td>
2096       <td>
2097         <ul>
2098           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2099             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2100             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2101             open source project).
2102           </li>
2103           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2104           <li>Output in Stockholm format</li>
2105           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2106           <li>Export/import group and sequence associated line
2107             graph thresholds</li>
2108           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2109             ambiguity codes</li>
2110           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2111             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2112             works</li>
2113           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2114         </ul> <em>Other improvements</em>
2115         <ul>
2116           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2117           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2118             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2119           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2120             files</li>
2121           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2122           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2123             link but no description</li>
2124           <li>Select primary source when selecting authority in
2125             database fetcher GUI</li>
2126           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2127             Jalview</li>
2128           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2129         </ul>
2130       </td>
2131       <td>
2132         <ul>
2133           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2134             displayed</li>
2135           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2136             secondary structure annotation line</li>
2137           <li>Sequence database accessions not imported when
2138             fetching alignments from Rfam</li>
2139           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2140             identical IDs</li>
2141           <li>View all structures does not always superpose
2142             structures</li>
2143           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2144             reflect user or preset settings</li>
2145           <li>Null pointer exceptions for some services without
2146             presets or adjustable parameters</li>
2147           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2148             discover PDB xRefs</li>
2149           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2150             features with DAS</li>
2151           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2152             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2153           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2154             residue follows a gap</li>
2155           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2156             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2157           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2158             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2159           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2160             annotation already exists on alignment</li>
2161           <li>oninit javascript function should be called after
2162             initialisation completes</li>
2163           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2164             alignment window display</li>
2165           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2166           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2167             to annotation file</li>
2168           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2169             groups created</li>
2170           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2171             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2172           <li>Pressing return several times causes Number Format
2173             exceptions in keyboard mode</li>
2174           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2175             correct partitions for input data</li>
2176           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2177           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2178           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2179           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2180             mode</li>
2181           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2182             changes one row&#39;s threshold</li>
2183           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2184             doesn&#39;t open</li>
2185           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2186             quality histograms</li>
2187         </ul>
2188       </td>
2189     </tr>
2190     <tr>
2191       <td><div align="center">
2192           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2193         </div></td>
2194       <td><em>Application</em>
2195         <ul>
2196           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2197             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2198           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2199             preferences</li>
2200           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2201             in Jalview alignment window</li>
2202           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2203             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2204           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2205             RNA and ambiguity codes</li>
2206
2207           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2208           <li>Support fetching and database reference look up
2209             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2210             refs')</li>
2211           <li>Jalview project improvements
2212             <ul>
2213               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2214                 flag for annotation</li>
2215               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2216                 alignment</li>
2217               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2218                 Jalview project</li>
2219
2220             </ul>
2221           </li>
2222           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2223           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2224             running</li>
2225           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2226           <li>visual indication that web service results are still
2227             being retrieved from server</li>
2228           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2229             starts up for first time</li>
2230           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2231             services</li>
2232           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2233             client library</li>
2234           <li>Examples directory and Groovy library included in
2235             InstallAnywhere distribution</li>
2236         </ul> <em>Applet</em>
2237         <ul>
2238           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2239             visualization applet example</li>
2240         </ul> <em>General</em>
2241         <ul>
2242           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2243           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2244             defaults</li>
2245           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2246             calculation</li>
2247           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2248             matrices
2249           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2250             in HTML</li>
2251           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2252             structure contacts</li>
2253           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2254           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2255           <li>Parse sequence associated secondary structure
2256             information in Stockholm files</li>
2257           <li>HTML Export database accessions and annotation
2258             information presented in tooltip for sequences</li>
2259           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2260             style RNA alignment files</li>
2261           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2262             alignment</li>
2263           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2264             shade each sequence according to its associated alignment
2265             annotation</li>
2266           <li>New Jalview Logo</li>
2267         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2268         <ul>
2269           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2270           <li>New Website!</li>
2271         </ul></td>
2272       <td><em>Application</em>
2273         <ul>
2274           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2275             wsdbfetch REST service</li>
2276           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2277           <li>Filetype associations not installed for webstart
2278             launch</li>
2279           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2280             job execution in full once it is complete</li>
2281           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2282             uploaded via ali_file parameter</li>
2283           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2284           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2285           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2286             submitted for prediction</li>
2287           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2288             desktop window</li>
2289           <li>Putting fractional value into integer text box in
2290             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2291           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2292             windows 7</li>
2293           <li>View all structures fails with exception shown in
2294             structure view</li>
2295           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2296             escaped in a platform independent way</li>
2297           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2298             using proxy</li>
2299           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2300             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2301           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2302             failure when java web start temporary file caching is
2303             disabled</li>
2304           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2305             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2306           <li>Errors during processing of command line arguments
2307             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2308           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2309             DAS sources in sequence fetcher</li>
2310           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2311             dialog is shown</li>
2312           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2313           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2314           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2315           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2316             on OSX Mountain Lion</li>
2317           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2318             sequences with alignment annotation are pasted into the
2319             alignment</li>
2320           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2321             when loaded from Jalview project</li>
2322           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2323           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2324             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2325           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2326             associated with all views</li>
2327           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2328             annotation rows to new window</li>
2329         </ul> <em>Applet</em>
2330         <ul>
2331           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2332             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2333           <li>loading features via javascript API automatically
2334             enables feature display</li>
2335           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2336             work</li>
2337         </ul> <em>General</em>
2338         <ul>
2339           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2340           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2341             and then deselected</li>
2342           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2343           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2344             coloured with clustalx</li>
2345           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2346             exceptions and redraw errors</li>
2347           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2348             reconfigured view</li>
2349           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2350             colour</li>
2351           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2352             for lots of labels</li>
2353         </ul>
2354     </tr>
2355     <tr>
2356       <td>
2357         <div align="center">
2358           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2359         </div>
2360       </td>
2361       <td><em>Application</em>
2362         <ul>
2363           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2364           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2365           <li>View/alignment association menu to enable user to
2366             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2367             its colours/correspondences from</li>
2368           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2369           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2370             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2371           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2372           <li>Annotation row column label formatting attributes
2373             stored in project file</li>
2374           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2375             rows preserved in Jalview project file</li>
2376           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2377             saved using Desktop window menu</li>
2378           <li>Visual indication that command line arguments are
2379             still being processed</li>
2380           <li>Groovy script execution from URL</li>
2381           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2382             preferences</li>
2383           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2384             alignment with sequences that have high similarity and
2385             matching IDs</li>
2386           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2387           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2388             structures in same window</li>
2389           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2390           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2391             analysis function in its own submenu</li>
2392         </ul> <em>Applet</em>
2393         <ul>
2394           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2395             groups</li>
2396           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2397           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2398           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2399           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2400           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2401             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2402           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2403           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2404             parameters are treated as such</li>
2405           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2406             <ul>
2407               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2408               <li>Javascript callbacks for
2409                 <ul>
2410                   <li>Applet initialisation</li>
2411                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2412                 </ul>
2413               </li>
2414               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2415                 functions</li>
2416               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2417               <li>javascript structure viewer harness to pass
2418                 messages between Jmol and Jalview when running as
2419                 distinct applets</li>
2420               <li>sortBy method</li>
2421               <li>Set of applet and application examples shipped
2422                 with documentation</li>
2423               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2424                 javascript message exchange</li>
2425             </ul>
2426         </ul> <em>General</em>
2427         <ul>
2428           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2429             multiple alignments</li>
2430           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2431           <li>User configurable link to enable redirects to a
2432             www.Jalview.org mirror</li>
2433           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2434           <li>Configurable newline string when writing alignment
2435             and other flat files</li>
2436           <li>Allow alignment annotation description lines to
2437             contain html tags</li>
2438         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2439         <ul>
2440           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2441             examples</li>
2442           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2443             using a web service before displaying the result in the
2444             Jalview desktop</li>
2445           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2446           <li>Ant target to publish example html files with applet
2447             archive</li>
2448           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2449           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2450         </ul></td>
2451       <td><em>Application</em>
2452         <ul>
2453           <li>User defined colourscheme throws exception when
2454             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2455           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2456             dialog for valid filename/format</li>
2457           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2458           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2459             P37173</li>
2460           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2461             which sequence is to be associated with the file</li>
2462           <li>Find All raises null pointer exception when query
2463             only matches sequence IDs</li>
2464           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2465           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2466             2.4 cannot be loaded</li>
2467           <li>Filetype associations not installed for webstart
2468             launch</li>
2469           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2470             with sequences in different alignments do not get coloured
2471             by their associated sequence</li>
2472           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2473             not preserved when project is loaded</li>
2474           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2475             stored in Jalview project</li>
2476           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2477             Jalview project</li>
2478           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2479           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2480             by conservation</li>
2481           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2482             created on new view</li>
2483           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2484             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2485           <li>Alignment quality not updated after alignment
2486             annotation row is hidden then shown</li>
2487           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2488             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2489           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2490             properly</li>
2491           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2492             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2493           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2494           <li>Structures imported from file and saved in project
2495             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2496           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2497             job execution in full once it is complete</li>
2498         </ul> <em>Applet</em>
2499         <ul>
2500           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2501             annotation rows are displayed</li>
2502           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2503             codebase</li>
2504           <li>View follows highlighting does not work for positions
2505             in sequences</li>
2506           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2507           <li>Export features raises exception when no features
2508             exist</li>
2509           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2510             for javascript api is modified when separator string
2511             provided as parameter</li>
2512           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2513             alignment with no existing selection</li>
2514           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2515             to applet&#39;s codebase</li>
2516           <li>Status bar not updated after finished searching and
2517             search wraps around to first result</li>
2518           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2519             several Jalview applets causes race conditions and memory
2520             leaks</li>
2521           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2522             not sent from Jmol in applet</li>
2523           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2524             applet API fatally hang browser</li>
2525         </ul> <em>General</em>
2526         <ul>
2527           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2528             position with wrapped view and hidden regions</li>
2529           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2530             with/without hidden columns</li>
2531           <li>Sequence length given in alignment properties window
2532             is off by 1</li>
2533           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2534             import PDB like structure files</li>
2535           <li>Positional search results are only highlighted
2536             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2537           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2538           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2539             given sequence position</li>
2540           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2541             output</li>
2542           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2543             from nucleotide chains correctly</li>
2544           <li>Structure colours not updated when tree partition
2545             changed in alignment</li>
2546           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2547             parsed in interleaved stockholm</li>
2548           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2549             state</li>
2550           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2551             properly</li>
2552           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2553             properly associated with their pdb files</li>
2554         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2555         <ul>
2556           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2557             ApplyCopyright tool</li>
2558         </ul></td>
2559     </tr>
2560     <tr>
2561       <td>
2562         <div align="center">
2563           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2564         </div>
2565       </td>
2566       <td><em>Application</em>
2567         <ul>
2568           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2569             contact web services</li>
2570           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2571             service job window</li>
2572           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2573         </ul></td>
2574       <td>
2575         <ul>
2576           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2577             pir file emitted by Jalview</li>
2578           <li>Existing feature settings transferred to new
2579             alignment view created from cut'n'paste</li>
2580           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2581             parsing PDB files</li>
2582           <li>Consensus and conservation annotation rows
2583             occasionally become blank for all new windows</li>
2584           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2585             in wrapped view mode</li>
2586         </ul> <em>Application</em>
2587         <ul>
2588           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2589             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2590           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2591             parameter names</li>
2592           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2593             is down</li>
2594         </ul>
2595       </td>
2596     </tr>
2597     <tr>
2598       <td>
2599         <div align="center">
2600           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2601         </div>
2602       </td>
2603       <td><em>Application</em>
2604         <ul>
2605           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2606             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2607             (JABAWS)
2608           </li>
2609           <li>Web Services preference tab</li>
2610           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2611             preferences</li>
2612           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2613           <li>Superpose structures using associated sequence
2614             alignment</li>
2615           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2616             viewer</li>
2617         </ul> <em>Applet</em>
2618         <ul>
2619           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2620             link out mechanism</li>
2621         </ul> <em>Other</em>
2622         <ul>
2623           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2624             series 12</li>
2625           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2626             require Java 1.5</li>
2627           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2628             sequence annotation files</li>
2629           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2630             type colour specification</li>
2631           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2632             script to check if it being run in an interactive session or
2633             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2634         </ul></td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2638             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2639         </ul> <em>Application</em>
2640         <ul>
2641           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2642             selected Regions menu item</li>
2643           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2644             part of a valid accession ID</li>
2645           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2646             runs out of memory</li>
2647           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2648             analysis results</li>
2649           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2650             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2651           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2652         </ul> <em>Applet</em>
2653         <ul>
2654           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2655             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2656             defined.</li>
2657         </ul>
2658       </td>
2659     </tr>
2660     <tr>
2661       <td>
2662         <div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2664         </div>
2665       </td>
2666       <td></td>
2667       <td>
2668         <ul>
2669           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2670             sequence IDs</li>
2671           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2672             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2673           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2674             import correctly</li>
2675           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2676             number of columns are hidden</li>
2677           <li>annotation label popup menu not providing correct
2678             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2679             present</li>
2680           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2681             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2682           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2683             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2684
2685         </ul> <em>Applet</em>
2686         <ul>
2687           <li>annotation panel disappears when annotation is
2688             hidden/removed</li>
2689         </ul> <em>Application</em>
2690         <ul>
2691           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2692             alignment opened where annotation panel is visible but no
2693             annotations are present on alignment</li>
2694           <li>pasted region containing hidden columns is
2695             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2696           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2697             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2698           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2699             selected Rregions menu item.</li>
2700           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2701             'Un' or 'Non'conserved</li>
2702           <li>Sequence feature settings are being shared by
2703             multiple distinct alignments</li>
2704           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2705             changed</li>
2706           <li>double click on group annotation to select sequences
2707             does not propagate to associated trees</li>
2708           <li>Mac OSX specific issues:
2709             <ul>
2710               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2711                 window background</li>
2712               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2713                 name set correctly</li>
2714               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2715                 save feature colourscheme button</li>
2716             </ul>
2717           </li>
2718         </ul>
2719       </td>
2720     </tr>
2721     <tr>
2722
2723       <td>
2724         <div align="center">
2725           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2726         </div>
2727       </td>
2728       <td><em>New Capabilities</em>
2729         <ul>
2730           <li>URL links generated from description line for
2731             regular-expression based URL links (applet and application)
2732
2733           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2734             menu</li>
2735           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2736             structures</li>
2737           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2738             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2739           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2740             average score or total feature count for each sequence.</li>
2741           <li>Shading features by score or associated description</li>
2742           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2743             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2744           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2745             hide everything but the currently selected region.</li>
2746           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2747         </ul> <em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2750             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2751           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2752             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2753           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2754             database references and protein_name is parsed as
2755             description line (BioSapiens terms).</li>
2756           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2757             references in sequence ID tooltip from View menu in
2758             application.</li>
2759           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2760       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2761           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2762             conservation plots</li>
2763           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2764             and visualized as sequence logos</li>
2765           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2766             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2767           </li>
2768           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2769             when a new tree is opened.</li>
2770           <li>Jalview Java Console</li>
2771           <li>Better placement of desktop window when moving
2772             between different screens.</li>
2773           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2774             consensus annotation</li>
2775           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2776             Workflows</li>
2777           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2778             <ul>
2779               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2780                 used to preserve views, structures, and tree display
2781                 settings)</li>
2782               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2783                 command line</li>
2784               <li>Sharing of selected regions between views and
2785                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2786               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2787             </ul></li>
2788         </ul> <em>Applet</em>
2789         <ul>
2790           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2791           <li>New Parameters
2792             <ul>
2793               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2794                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2795                 opened.</li>
2796               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2797                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2798               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2799                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2800               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2801                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2802                 view</li>
2803               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2804                 increase the height or width of a cell in the alignment
2805                 grid relative to the current font size.</li>
2806             </ul>
2807           </li>
2808           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2809             tooltip</li>
2810         </ul> <em>Other</em>
2811         <ul>
2812           <li>Features format: graduated colour definitions and
2813             specification of feature scores</li>
2814           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2815             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2816             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2817           <li>XML formats extended to support graduated feature
2818             colourschemes, group associated annotation, and profile
2819             visualization settings.</li></td>
2820       <td>
2821         <ul>
2822           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2823             rather than description</li>
2824           <li>Non-positional features are now included in sequence
2825             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2826             visibility in tooltip).</li>
2827           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2828           <li>Added URL embedding instructions to features file
2829             documentation.</li>
2830           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2831             'X' in peptide product</li>
2832           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2833             sequence ID and sequence string and query strings do not
2834             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2835           <li>AMSA files only contain first column of
2836             multi-character column annotation labels</li>
2837           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2838             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2839             exported and re-imported)</li>
2840           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2841             name</li>
2842           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2843             as subsequence matches, and correctly reports total number
2844             of both.</li>
2845           <li>Application:
2846             <ul>
2847               <li>Better handling of exceptions during sequence
2848                 retrieval</li>
2849               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2850                 link text excludes the start_end suffix</li>
2851               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2852                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2853               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2854               <li>Sequence description lines properly shared via
2855                 VAMSAS</li>
2856               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2857                 data sources</li>
2858               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2859                 completes before alignment figures are generated.</li>
2860               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2861                 first time.</li>
2862               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2863                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2864               <li>User defined group colours properly recovered
2865                 from Jalview projects.</li>
2866             </ul>
2867           </li>
2868         </ul>
2869       </td>
2870
2871     </tr>
2872     <tr>
2873       <td>
2874         <div align="center">
2875           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2876         </div>
2877       </td>
2878       <td>
2879         <ul>
2880           <li>Experimental support for google analytics usage
2881             tracking.</li>
2882           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2883         </ul>
2884       </td>
2885       <td>
2886         <ul>
2887           <li>Race condition in applet preventing startup in
2888             jre1.6.0u12+.</li>
2889           <li>Exception when feature created from selection beyond
2890             length of sequence.</li>
2891           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2892           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2893             all sequences with a given id</li>
2894           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2895             ID string searches</li>
2896           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2897             alignment to fail with exception</li>
2898         </ul> <em>Application Issues</em>
2899         <ul>
2900           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2901           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2902             data sources</li>
2903         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2904         <ul>
2905           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2906             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2907           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2908             version (java class versioning error fixed)</li>
2909         </ul>
2910       </td>
2911     </tr>
2912     <tr>
2913       <td>
2914
2915         <div align="center">
2916           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2917         </div>
2918       </td>
2919       <td><em>User Interface</em>
2920         <ul>
2921           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2922             translation and protein products</li>
2923           <li>Linked highlighting of structure associated with
2924             residue mapping to codon position</li>
2925           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2926             and 'clear' button</li>
2927           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2928             Tools menu</li>
2929           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2930             numeric data in description line</li>
2931           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2932           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2933             of sequence</li>
2934         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2935         <ul>
2936           <li>JPred3 web service</li>
2937           <li>Prototype sequence search client (no public services
2938             available yet)</li>
2939           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2940             PFAM</li>
2941           <li>URL Links created for matching database cross
2942             references as well as sequence ID</li>
2943           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2944         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2945         <ul>
2946           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2947             databases</li>
2948           <li>Generalised database reference retrieval and
2949             validation to all fetchable databases</li>
2950           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2951             sequence command</li>
2952         </ul> <em>Import and Export</em>
2953         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2954         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2955           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2956         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2957           File</li>
2958         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2959           triplet as name of colourscheme</li>
2960         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2961         <ul>
2962           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2963           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2964             alignments (experimental)</li>
2965           <li>Create new or select existing session to join</li>
2966           <li>load and save of vamsas documents</li>
2967         </ul> <em>Application command line</em>
2968         <ul>
2969           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2970             from applet)</li>
2971           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2972             of DAS servers to query for alignment features</li>
2973           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2974             that are also automatically queried for features</li>
2975           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2976             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2977         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2978         <ul>
2979           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2980             application (when using &quot;View in full
2981             application&quot;)</li>
2982         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2983         <ul>
2984           <li>feature group display control parameter</li>
2985           <li>debug parameter</li>
2986           <li>showbutton parameter</li>
2987         </ul> <em>Applet API methods</em>
2988         <ul>
2989           <li>newView public method</li>
2990           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2991           <li>Feature display control methods</li>
2992           <li>get list of currently selected sequences</li>
2993         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2994         <ul>
2995           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2996           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2997             Jalview release.</li>
2998           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2999             property controls execution of obfuscator</li>
3000           <li>Build target for generating source distribution</li>
3001           <li>Debug flag for javacc</li>
3002           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3003             jalview.bin.Cache</li>
3004           <li>Continuous Build Integration for stable and
3005             development version of Application, Applet and source
3006             distribution</li>
3007         </ul></td>
3008       <td>
3009         <ul>
3010           <li>selected region output includes visible annotations
3011             (for certain formats)</li>
3012           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3013             for editing</li>
3014           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3015           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3016           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3017           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3018             comments</li>
3019           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3020             filenames containing a ':'</li>
3021           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3022             global sequence features</li>
3023           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3024             references from alignment sequences goes to zero</li>
3025           <li>Close of tree branch colour box without colour
3026             selection causes cascading exceptions</li>
3027           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3028           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3029             file parsing fails.</li>
3030           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3031           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3032             not a valid output format</li>
3033           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3034             vamsas</li>
3035           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3036           <li>error messages passed up and output when data read
3037             fails</li>
3038           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3039             sequence is edited</li>
3040           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3041             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3042           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3043             filetype</li>
3044           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3045             import fixed for PFAM records</li>
3046           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3047             window list</li>
3048           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3049             can be read and written correctly to annotation file</li>
3050           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3051             correctly</li>
3052           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3053             non-italic font for representatives in Applet</li>
3054           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3055             Macs.</li>
3056           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3057             Applet)</li>
3058           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3059             due to null pointer exceptions</li>
3060           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3061             first column of alignment</li>
3062           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3063             July 2008</li>
3064           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3065             file is case-insensitive</li>
3066           <li>Sequence features read from Features file appended to
3067             all sequences with matching IDs</li>
3068           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3069             containing a sub-sequence</li>
3070           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3071           <li>feature and annotation file applet parameters
3072             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3073           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3074           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3075             splash-screen version check to complete</li>
3076           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3077             when passing them to the launchApp service</li>
3078           <li>display name and local features preserved in results
3079             retrieved from web service</li>
3080           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3081             sequence fetcher initialisation</li>
3082           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3083             dasobert DAS client</li>
3084           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3085             association</li>
3086           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3087             sequences
3088           </li>
3089         </ul>
3090       </td>
3091     </tr>
3092     <tr>
3093       <td>
3094         <div align="center">
3095           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3096         </div>
3097       </td>
3098       <td>
3099         <ul>
3100           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3101           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3102           <li>Slide sequences</li>
3103           <li>Edit sequence in place</li>
3104           <li>EMBL CDS features</li>
3105           <li>DAS Feature mapping</li>
3106           <li>Feature ordering</li>
3107           <li>Alignment Properties</li>
3108           <li>Annotation Scores</li>
3109           <li>Sort by scores</li>
3110           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3111         </ul>
3112       </td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3116           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3117           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3118           <li>Feature group display state in XML</li>
3119           <li>Feature ordering in XML</li>
3120           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3121           <li>Stockholm alignment properties</li>
3122           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3123           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3124           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3125           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3126         </ul>
3127       </td>
3128
3129     </tr>
3130     <tr>
3131       <td>
3132         <div align="center">
3133           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3134         </div>
3135       </td>
3136       <td>
3137         <ul>
3138           <li>Non standard characters can be read and displayed
3139           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3140             applet via textbox
3141           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3142             name &amp; description
3143           <li>Preference setting to display sequence name in
3144             italics
3145           <li>Annotation file format extended to allow
3146             Sequence_groups to be defined
3147           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3148             specified in preferences
3149           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3150             sequences
3151         </ul>
3152       </td>
3153       <td>
3154         <ul>
3155           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3156             installed
3157           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3158           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3159         </ul>
3160       </td>
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td>
3164         <div align="center">
3165           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3166         </div>
3167       </td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Multiple views on alignment
3171           <li>Sequence feature editing
3172           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3173           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3174           <li>Background dependent text colour
3175           <li>Right align sequence ids
3176           <li>User-defined lower case residue colours
3177           <li>Format Menu
3178           <li>Select Menu
3179           <li>Menu item accelerator keys
3180           <li>Control-V pastes to current alignment
3181           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3182           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3183           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3184
3185           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3186         </ul>
3187       </td>
3188       <td>
3189         <ul>
3190           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3191           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3192             calculations
3193           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3194             edits
3195           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3196             of alignment)
3197           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3198
3199           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3200             display correctly
3201           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3202           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3203             analysis results
3204           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3205             &#8739;
3206           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3207           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3208           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3209
3210         </ul>
3211       </td>
3212     </tr>
3213     <tr>
3214       <td>
3215         <div align="center">
3216           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3217         </div>
3218       </td>
3219       <td>
3220         <ul>
3221           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3222         </ul>
3223       </td>
3224       <td>
3225         <ul>
3226           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3227             sequence id panel has been resized</li>
3228           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3229             rendered</li>
3230           <li>Annotation files with sequence references - all
3231             elements in file are relative to sequence position</li>
3232           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3233         </ul>
3234       </td>
3235     </tr>
3236     <tr>
3237       <td>
3238         <div align="center">
3239           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3240         </div>
3241       </td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3245           <li>DAS Feature fetching</li>
3246           <li>Hide sequences and columns</li>
3247           <li>Export Annotations and Features</li>
3248           <li>GFF file reading / writing</li>
3249           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3250             files</li>
3251           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3252           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3253           <li>Applet can launch the full application</li>
3254           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3255             required)</li>
3256           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3257           <li>Applet can load sequences from parameter
3258             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3259           </li>
3260         </ul>
3261       </td>
3262       <td>
3263         <ul>
3264           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3265           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3266           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3267         </ul>
3268       </td>
3269     </tr>
3270     <tr>
3271       <td>
3272         <div align="center">
3273           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3274         </div>
3275       </td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3279           <li>Choose to match case when searching</li>
3280           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3281             expand the visible width and height of the alignment</li>
3282         </ul>
3283       </td>
3284       <td>
3285         <ul>
3286           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3287         </ul>
3288       </td>
3289     </tr>
3290     <tr>
3291       <td>
3292         <div align="center">
3293           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3294         </div>
3295       </td>
3296       <td>&nbsp;</td>
3297       <td>
3298         <ul>
3299           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3300           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3301             value</li>
3302         </ul>
3303       </td>
3304     </tr>
3305     <tr>
3306       <td>
3307         <div align="center">
3308           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3309         </div>
3310       </td>
3311       <td>
3312         <ul>
3313           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3314           <li>Keyboard editing</li>
3315           <li>Create sequence features from searches</li>
3316           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3317             alignments</li>
3318           <li>Features file allows grouping of features</li>
3319           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3320           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3321           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324       <td>
3325         <ul>
3326           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3327           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3328             descriptions saved.</li>
3329         </ul>
3330       </td>
3331     </tr>
3332     <tr>
3333       <td>
3334         <div align="center">
3335           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3336         </div>
3337       </td>
3338       <td>
3339         <ul>
3340           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3341           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3342           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3343             name for file output</li>
3344           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3345           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3346             used for HTML form input</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349       <td>
3350         <ul>
3351           <li>HTML output writes groups and features</li>
3352           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3353           <li>File IO bugs</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358       <td>
3359         <div align="center">
3360           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3361         </div>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3366           <li>More options for PCA viewer</li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369       <td>
3370         <ul>
3371           <li>GUI bugs resolved</li>
3372           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375     </tr>
3376     <tr>
3377       <td height="63">
3378         <div align="center">
3379           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3380         </div>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3385           <li>Jar files are executable</li>
3386           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3392           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3393           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3394         </ul>
3395       </td>
3396     </tr>
3397     <tr>
3398       <td>
3399         <div align="center">
3400           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3401         </div>
3402       </td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3406         </ul>
3407       </td>
3408       <td>
3409         <ul>
3410           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413     </tr>
3414     <tr>
3415       <td>
3416         <div align="center">
3417           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3418         </div>
3419       </td>
3420       <td>
3421         <ul>
3422           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3423             size</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>Improved JPred client reliability</li>
3429           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432     </tr>
3433     <tr>
3434       <td>
3435         <div align="center">
3436           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3437         </div>
3438       </td>
3439       <td>
3440         <ul>
3441           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3442           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3443           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3444             to Colour Menu</li>
3445           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3446           <li>Unix users can set default web browser</li>
3447           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3448           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3449         </ul>
3450       </td>
3451       <td>
3452         <ul>
3453           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459         <div align="center">
3460           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td>&nbsp;</td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3467             alignment order.</li>
3468         </ul>
3469       </td>
3470     </tr>
3471     <tr>
3472       <td>
3473         <div align="center">
3474           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3475         </div>
3476       </td>
3477       <td>
3478         <ul>
3479           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3480           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3481           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3482             annotations.</li>
3483           <li>Version and build date written to build properties
3484             file.</li>
3485           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3486             at launch of Jalview.</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489       <td>
3490         <ul>
3491           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3492           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3493           <li>Can remove groups one by one.</li>
3494           <li>Filechooser icons installed.</li>
3495           <li>Finder ignores return character when searching.
3496             Return key will initiate a search.<br>
3497           </li>
3498         </ul>
3499       </td>
3500     </tr>
3501     <tr>
3502       <td>
3503         <div align="center">
3504           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3505         </div>
3506       </td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>New codebase</li>
3510         </ul>
3511       </td>
3512       <td>&nbsp;</td>
3513     </tr>
3514   </table>
3515   <p>&nbsp;</p>
3516 </body>
3517 </html>