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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>8/8/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80                   <li><!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed and memory efficiency (~30x faster)</li>
  81                   <li><!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature Similarity may have different topology due to increased precision</li>
  82                   <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  83           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  84           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  85           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  86           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  87             <li>
  88               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  89               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  90             </li>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  93               extension when importing structure files without embedded
  94               names or PDB accessions
  95             </li>
  96           <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  97           <li><!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example included in the example feature file</li>
  98           </ul>
  99           <em>Application</em>
 100           <ul>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2447 -->
 103               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 104               menu to hide or show untested features in the application.
 105             </li>
 106             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 107           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 108           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 109           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 110           </ul>
 111           <em>Experimental features</em>
 112           <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 115               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 116               features, and vice-versa.
 117             </li>
 118           </ul>
 119           <em>Applet</em>
 120           <ul>
 121           <li><!--  --></li>
 122           </ul>
 123           <em>Test Suite</em>
 124           <ul>
 125           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 126           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 127           <li><!--  -->
 128           <em>Scripting</em>
 129           <ul>
 130                         <li><!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and identifying file formats (instead of String constants)</li>
 131           </ul>
 132           </ul>
 133           </div></td><td><div align="left">
 134           <em>General</em>
 135           <ul>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 138               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored with
 139               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 143               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 144               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 145               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 146               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 147               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 148               Jalview's PCAs were different to those produced by
 149               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 150               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 151               behaviour<br />
 152               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 153               2.10.1 mode<br />
 154               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 155               restore 2.10.2 mode
 156             </li>
 157             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 158           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 159           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 160           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 161           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 162           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 163           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 164           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 165           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 166           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 167           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 168           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 169           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 170           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 171           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 172           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 173           <li><!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to load</li>
 174             <li><!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not restored to UI when feature colour is edited</li>
 175             <li><!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected when rendered on overview and structures when opacity at 100%</li>
 176             <li><!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update as graduate feature colour settings are modified via the dialog box</li>
 177             <li><!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at a time when scrolling vertically in wrapped mode.</li>
 178             <li><!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update when a group defined on the alignment is resized</li>
 179             <li><!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in wrapped view result in positional status updates</li>
 180             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous amino acid and nucleotide symbols</li>
 181             <li><!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if alignment included gapped columns</li>
 182             <li><!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in overview when features overlaid on alignment</li>
 183             </ul>
 184               <strong>Documentation</strong>
 185               <ul>
 186                 <li><!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility with the built-in Java help viewer</li>
 187           </ul>
 188           <em>Application</em>
 189           <ul>
 190           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 191           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 192           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 193           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 194           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 195           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 196           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 197           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 198           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 199           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 200           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 201           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 204               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 205               the project is loaded and the structure viewed
 206             </li>
 207             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 208             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 209           <li><!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes gaps in selection, current sequence and only within selected columns</li>
 210           <li><!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from Ensembl by Peptide ID</li>
 211           <li><!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned proteins</li>
 212           </ul>
 213           <em>Applet</em>
 214           <ul>
 215           <li><!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein score models doesn't always result in an updated PCA plot</li>
 216           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 217           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 218           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 219           </ul>
 220           <em>New Known Issues</em>
 221           <ul>
 222           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 223           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 224             <li><!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog ortholog database</li>
 225           </ul>
 226           <em>Test Suite</em>
 227           <ul><li><!-- JAL-2314 -->Unit test failure: jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails</li>
 228           <li><!-- JAL- --></li>
 229           </ul>
 230           </div>
 231     <tr>
 232       <td width="60" nowrap>
 233         <div align="center">
 234           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 235             <em>29/11/2016</em></strong>
 236         </div>
 237       </td>
 238       <td><div align="left">
 239           <em>General</em>
 240           <ul>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 243               for all consensus calculations
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 247             </li>
 248             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 249               for 2016-2017</li>
 250           </ul>
 251           <em>Application</em>
 252           <ul>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 255               set of database cross-references, sorted alphabetically
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 259               from database cross references. Users with custom links
 260               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 261                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 265               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 266               Chimera session
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 270               the Chimera it is connected to is shut down
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 274               columns menu item to mark columns containing
 275               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 276               of a Find operation)
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 280               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 281               MSAviewer
 282             </li>
 283           </ul>
 284         </div></td>
 285       <td>
 286         <div align="left">
 287           <em>General</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 291               are not coloured or thresholded according to percent
 292               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 296               hydrophobic
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 300               threshold, amino acid properties)
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 304               reported as mapped to residues in a structure file in the
 305               View Mapping report
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 309               could be added multiple times to a sequence
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 313               bond features shown as two highlighted residues rather
 314               than a range in linked structure views, and treated
 315               correctly when selecting and computing trees from features
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 319               cross-references are matched to database name regardless
 320               of case
 321             </li>
 322
 323           </ul>
 324           <em>Application</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 328               names without regular expressions also offer links from
 329               Sequence ID
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 333               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 334               update Jalview configuration
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 338               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 342               files with similarly named sequences if dropped onto the
 343               alignment
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 347               entries where more chains exist in the PDB accession than
 348               are reported in the SIFTS file
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 352               the structure view when displayed with Chimera
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 356               panel's View->Show Chains submenu
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 360               work for wrapped alignment views
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 364               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 368               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 369               first annotation row
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 373               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 374             </li>
 375             <li>
 376             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 377             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 378           </ul>
 379 <!--           <em>New Known Issues</em>
 380           <ul>
 381             <li></li>
 382           </ul> -->
 383         </div>
 384       </td>
 385     </tr>
 386       <td width="60" nowrap>
 387         <div align="center">
 388           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 389             <em>25/10/2016</em></strong>
 390         </div>
 391       </td>
 392       <td><em>Application</em>
 393         <ul>
 394           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 395             view if structures already loaded</li>
 396           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 397             structure views</li>
 398         </ul></td>
 399       <td>
 400         <div align="left">
 401           <em>General</em>
 402           <ul>
 403             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 404               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 405             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 406               example sequences/projects/trees</li>
 407           </ul>
 408           <em>Application</em>
 409           <ul>
 410             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 411               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 412             <li>Multiple structure views can be opened and
 413               superposed without timeout for structures with multiple
 414               models or multiple sequences in alignment</li>
 415             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 416               a PDB ID HEADER line</li>
 417             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 418               superposition is performed</li>
 419             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 420               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 421             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 422             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 423               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 424               Refs UI option</li>
 425             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 426               view is created on the alignment</li>
 427             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 428               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 429               to open group pop-up menu</li>
 430           </ul>
 431           <em>Build and deployment</em>
 432           <ul>
 433             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 434               tags</li>
 435           </ul>
 436           <em>New Known Issues</em>
 437           <ul>
 438             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 439               work on Windows</li>
 440           </ul>
 441         </div>
 442       </td>
 443     </tr>
 444     <tr>
 445       <td width="60" nowrap>
 446         <div align="center">
 447           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 448         </div>
 449       </td>
 450       <td><em>General</em>
 451         <ul>
 452           <li>
 453           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 457             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 458             better PDB parsing.
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 462             reference sequence
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 466             mousing over sequence associated annotation
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 470             for manual entry
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 474             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 475             for each column
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 479             showing or hiding columns containing a feature
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 483             group and sequence associated annotation labels
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 487             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 488             dialogs
 489           </li>
 490
 491         </ul> <em>Application</em>
 492         <ul>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 495             gene/transcript view
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 499             dialog
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 503             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 507             Pfam sources to xfam.org
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 514             over sequences in Jalview
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 518             regions in ENA and EMBL
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 522             for record retrieval via ENA rest API
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 526             complement operator
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 530             groovy script execution
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 534             alignment window's Calculate menu
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 538             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 542             calculation workers from groovy scripts
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 546             Jalview projects
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 550             associations are now saved/restored from project
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 554             before sequence fetcher is opened
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 558             database chooser opens a sequence fetcher
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 562             the UniProt REST API
 563           </li>
 564           <li>
 565             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 566             the news reader opening
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 570             querying stored in preferences
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 574             search results
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 581             menu for nucleotide sequences
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 585             and feature counts preserves alignment ordering (and
 586             debugged for complex feature sets).
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 590             viewing structures with Jalview 2.10
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 594             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 595             Ensembl Genomes REST API
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 599             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 600             (Ensembl)
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 604             sequences
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 608             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 609             data from external database records.
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 613             efficient recovery of sequence coding and alignment
 614             annotation relationships.
 615           </li>
 616         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 617         <ul>
 618           <li>
 619             -- JAL---
 620           </li>
 621         </ul> --></td>
 622       <td>
 623         <div align="left">
 624           <em>General</em>
 625           <ul>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 628               menu on OSX
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 632               includes graduated colourschemes
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 636               working with big alignments and lots of hidden columns
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 640               at right of alignment window
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 644               contents
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 648               for DNA alignments
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 652               based tree calculation
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 656               unconserved enabled for group on alignment
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 660               set as reference
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 664               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 665               annotation
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 669               hidden columns present
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 673               user created annotation added to alignment
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 677               '()' base pair annotation
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 681               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 682               Consensus
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 686               feature not working
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 690               beginning of sequence
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 694               entry 3a6s
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 698               from a tree when t-coffee scores are shown
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 702               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 706               some structures
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 710               to Clustal, PIR and PileUp output
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 714               not visible causes alignment window to repaint
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 718               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 719               scores associated with features and annotation rows
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 723               calculation should be case independent
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 727               columns
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 731               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 732               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 736               problems when reference sequence defined and 'show
 737               non-conserved' enabled
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 741               load even when Consensus calculation is disabled
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 745               alignment does nothing
 746             </li>
 747           </ul>
 748           <em>Application</em>
 749           <ul>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 752               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 753               yet fixed for El Capitan)
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 757               output when running on non-gb/us i18n platforms
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 761               hidden sequences as flat-file alignment
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 765               launching Chimera
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 769               (also hotfix for 2.9.0b2)
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 773               reference sequence defined
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 777               alignments and views when revealing hidden columns
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 781               view in a cDNA/Protein splitframe
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 785               sequence from project when only one sequence is
 786               represented
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 790               in Structure Chooser
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 794               structure consensus didn't refresh annotation panel
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 798               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 802               dialogs format columns correctly, don't display array
 803               data, sort columns according to type
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 807               file chooser is cancelled during an image export
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 811               sequence name containing special characters
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 815               case insensitive
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 819               formatting don't wrap
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 823               truncated so L looks like I in consensus annotation
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 827               currently displayed features for the current selection or
 828               view
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 832               after fetching cross-references, and restoring from project
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 836               followed in the structure viewer
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 840               splitframe not restored from project
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 844               trailing end of protein alignment in transcript/product
 845               splitview when pad-gaps not enabled by default
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 849               is case dependent
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 853               article has been read (reopened issue due to
 854               internationalisation problems)
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 858               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 859               cross-references
 860             </li>
 861
 862             <li>
 863               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 864               alignment as HTML
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 868               multiple structures are shown for one or more sequences.
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 872               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 873               is enabled.
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 877               specific PDB id for sequence
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 881               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 882               columns' is disabled.
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 886               selects lowest rather than highest resolution structures
 887               for each sequence
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 891               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 895               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 896             </li>
 897             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 898               after clicking on it to create new annotation for a
 899               column.
 900             </li>
 901             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 902             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 903           </ul>
 904           <em>Applet</em>
 905           <ul>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 908               hidden columns present before start of sequence
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 912               (JSON jars)
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 916               sequences are hidden in applet
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 920               deployment on examples pages.
 921             </li>
 922           </ul>
 923         </div>
 924       </td>
 925     </tr>
 926     <tr>
 927       <td width="60" nowrap>
 928         <div align="center">
 929           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 930             <em>16/10/2015</em></strong>
 931         </div>
 932       </td>
 933       <td><em>General</em>
 934         <ul>
 935           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 936             jars</li>
 937         </ul></td>
 938       <td>
 939         <div align="left">
 940           <em>Application</em>
 941           <ul>
 942             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 943               shown when tree is partitioned</li>
 944             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 945               multiple cDNA/Protein split views</li>
 946           </ul>
 947         </div>
 948       </td>
 949     </tr>
 950     <tr>
 951       <td width="60" nowrap>
 952         <div align="center">
 953           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 954             <em>8/10/2015</em></strong>
 955         </div>
 956       </td>
 957       <td><em>General</em>
 958         <ul>
 959           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 960             2.9</li>
 961         </ul> <em>Application</em>
 962         <ul>
 963           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 964           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 965           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 966         </ul> <em>Applet</em>
 967         <ul>
 968           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 969         </ul><em>Build and Deployment</em>
 970         <ul>
 971           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 972         </ul></td>
 973       <td>
 974         <div align="left">
 975           <em>General</em>
 976           <ul>
 977             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 978               incorrect when sequence start > 1</li>
 979             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 980               documentation</li>
 981             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 982             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 983               loading a features file containing HTML tags in feature
 984               description</li>
 985
 986           </ul>
 987           <em>Application</em>
 988           <ul>
 989             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 990               reimport</li>
 991             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 992               with 'trim retrieved sequences'</li>
 993             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 994               deleting selected columns</li>
 995             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 996               JNLP templates for webstart launch</li>
 997             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 998               unreleased structures for download or viewing</li>
 999             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1000               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1001             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1002               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1003             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1004               recovered from jalview project</li>
1005             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1006               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1007               alignment view</li>
1008             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1009               color schemes from BioJSON</li>
1010           </ul>
1011           <em>Applet</em>
1012           <ul>
1013             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1014               frame</li>
1015             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1016           </ul>
1017         </div>
1018       </td>
1019     </tr>
1020     <tr>
1021       <td><div align="center">
1022           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1023         </div></td>
1024       <td><em>General</em>
1025         <ul>
1026           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1027             alignments:
1028             <ul>
1029               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1030                 and DNA alignment views</li>
1031               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1032                 cDNA alignment views</li>
1033               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1034                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1035               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1036                 protein sequences</li>
1037             </ul>
1038           </li>
1039           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1040           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1041             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1042           <li>New alignment annotation file statements for
1043             reference sequences and marking hidden columns</li>
1044           <li>Reference sequence based alignment shading to
1045             highlight variation</li>
1046           <li>Select or hide columns according to alignment
1047             annotation</li>
1048           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1049           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1050             acid conservation row</li>
1051           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1052         </ul> <em>Application</em>
1053         <ul>
1054           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1055             <ul>
1056               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1057                 view with cDNA/Protein</li>
1058               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1059                 sequences are placed in the same alignment</li>
1060               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1061                 projects</li>
1062             </ul>
1063           </li>
1064
1065           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1066           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1067             Jalview windows</li>
1068
1069           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1070           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1071           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1072             be shown in VARNA</li>
1073
1074           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1075             as the active selected region</li>
1076
1077           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1078             similarity</li>
1079           <li>New Export options
1080             <ul>
1081               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1082                 region export in flat file generation</li>
1083
1084               <li>Export alignment views for display with the <a
1085                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1086
1087               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1088               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1089                 alignment figures to HTML</li>
1090           </li>
1091           <li>3D structure retrieval and display
1092             <ul>
1093               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1094                 Search API</li>
1095               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1096                 PDB structures for a sequence set</li>
1097             </ul>
1098           </li>
1099
1100           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1101             predictions</li>
1102           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1103             for one or a group of sequences</li>
1104           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1105             from the JPred4 web server</li>
1106           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1107             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1108             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1109           </li>
1110           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1111             VARNA 2D Structure'</li>
1112           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1113             Structure ..."</li>
1114
1115         </ul> <em>Applet</em>
1116         <ul>
1117           <li>New layout for applet example pages</li>
1118           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1119             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1120           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1121             Protein alignments</li>
1122         </ul> <em>Development and deployment</em>
1123         <ul>
1124           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1125           <li>Include installation type and git revision in build
1126             properties and console log output</li>
1127           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1128             storing BioJsMSA Templates</li>
1129           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1130         </ul></td>
1131       <td>
1132         <!-- <em>General</em>
1133         <ul>
1134         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1135         <ul>
1136           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1137           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1138           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1139             predictions are not highlighted in amber</li>
1140           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1141             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1142           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1143             associated structure views</li>
1144           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1145             width checkbox not enabled</li>
1146           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1147             creating user defined colours</li>
1148           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1149             mappings for just that viewer's sequences</li>
1150           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1151             multiple models in Chimera</li>
1152           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1153             over Jmol structure</li>
1154           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1155             output to text box</li>
1156           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1157             have incorrect sequence start/end</li>
1158           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1159             Jalview fails</li>
1160           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1161             work for nucleotide</li>
1162           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1163             to a grey/invisible alignment window</li>
1164           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1165             imports to different position</li>
1166           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1167             on some platforms</li>
1168           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1169             populated</li>
1170           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1171             console if Chimera has been opened</li>
1172           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1173           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1174             retrieved</li>
1175           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1176           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1177             either sequence shows on first structure</li>
1178           <li>'Show annotations' options should not make
1179             non-positional annotations visible</li>
1180           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1181             in right place after 'view flanking regions'</li>
1182           <li>File Save As type unset when current file format is
1183             unknown</li>
1184           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1185             projects</li>
1186           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1187             responsive</li>
1188           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1189             several views on same alignment</li>
1190           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1191           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1192             spaces</li>
1193         </ul> <em>Applet</em>
1194         <ul>
1195           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1196           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1197             descriptions containing angle brackets</li>
1198         </ul> <em>General</em>
1199         <ul>
1200           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1201             via jalview annotation file</li>
1202           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1203             with RNA secondary structure</li>
1204           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1205             translation doesn't work.</li>
1206           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1207           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1208             positions</li>
1209           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1210             choosing 1pt font</li>
1211           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1212             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1213             'h'</li>
1214           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1215             new feature</li>
1216           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1217             order dependent</li>
1218           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1219             sequences</li>
1220           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1221         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1222         <ul>
1223           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1224             www.jalview.org</li>
1225         </ul> <em>Application Known issues</em>
1226         <ul>
1227           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1228           <li>Misleading message appears after trying to delete
1229             solid column.</li>
1230           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1231             version launches</li>
1232           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1233             fails with a sequence mismatch</li>
1234           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1235             scrolling alignment to right</li>
1236           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1237             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1238           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1239             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1240           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1241             ultra-high resolution</li>
1242           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1243             quality and conservation</li>
1244           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1245             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1246         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1247         <ul>
1248           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1249           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1250             window is being resized</li>
1251
1252         </ul>
1253       </td>
1254     </tr>
1255     <tr>
1256       <td><div align="center">
1257           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1258         </div></td>
1259       <td><em>General</em>
1260         <ul>
1261           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1262             Certum.PL.</li>
1263           <li>Features and annotation preserved when performing
1264             pairwise alignment</li>
1265           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1266             imported/exported/displayed</li>
1267           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1268             protein secondary structure</li>
1269           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1270               post-hoc with 2.9 release</em>)
1271           </li>
1272
1273         </ul> <em>Application</em>
1274         <ul>
1275           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1276             with 3D structures</li>
1277           <li>Support for parsing RNAML</li>
1278           <li>Annotations menu for layout
1279             <ul>
1280               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1281               <li>place sequence annotation above/below alignment
1282                 annotation</li>
1283             </ul>
1284           <li>Output in Stockholm format</li>
1285           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1286             translation</li>
1287           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1288           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1289             shared between alignments</li>
1290           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1291             Jalview</li>
1292           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1293             all or current selection</li>
1294           <li>disorder and secondary structure predictions
1295             available as dataset annotation</li>
1296           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1297
1298
1299           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1300             alignments from Rfam</li>
1301           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1302
1303           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1304             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1305           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1306           <li>include installation type in build properties and
1307             console log output</li>
1308           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1309             annotation</li>
1310         </ul></td>
1311       <td>
1312         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1313         <ul>
1314           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1315             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1316           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1317             alignment</li>
1318           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1319           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1320           <li>Double click on sequence associated annotation
1321             selects only first column</li>
1322           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1323             leaves shown in tree</li>
1324           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1325             properly</li>
1326           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1327           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1328             screen and buttons not visible</li>
1329           <li>author list isn't updated if already written to
1330             Jalview properties</li>
1331           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1332             from database</li>
1333           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1334           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1335             browser search window</li>
1336           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1337             in feature settings dialog</li>
1338           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1339             desktop</li>
1340           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1341             pass validation</li>
1342           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1343             fit on screen</li>
1344           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1345             tooltip</li>
1346           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1347             defined user preset</li>
1348           <li>MSA web services warns user if they were launched
1349             with invalid input</li>
1350           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1351             Java 8</li>
1352           <li>
1353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1354             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1355             created
1356           </li>
1357
1358         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1359                                 <ul>
1360                                 </ul> <em>General</em>
1361                                 <ul>
1362                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1363         <ul>
1364           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1365             memory allocation</li>
1366           <li>launchApp service doesn't automatically open
1367             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1368           <li>
1369             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1370             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1371             1.7_055 is available
1372           </li>
1373         </ul> <em>Application Known issues</em>
1374         <ul>
1375           <li>
1376             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1377             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1378             alignment to right
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1382             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1383             with large number of ID
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1387             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1388             start/end
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1392             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1393             structure tracks are rearranged
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1397             invalid rna structure positional highlighting does not
1398             highlight position of invalid base pairs
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1402             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1403             project from alignment window file menu
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1407             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1408             structures
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1412             colour by RNA Helices not enabled when user created
1413             annotation added to alignment
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1417             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1418           </li>
1419         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1420         <ul>
1421           <li>
1422             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1423             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1424           </li>
1425           <li>
1426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1427             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1428           </li>
1429
1430           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1431             when selected</li>
1432         </ul>
1433       </td>
1434     </tr>
1435     <tr>
1436       <td><div align="center">
1437           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1438         </div></td>
1439       <td>
1440         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1441         <em>General</em>
1442         <ul>
1443           <li>Internationalisation of user interface (usually
1444             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1445           <li>Define/Undefine group on current selection with
1446             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1447           <li>Improved group creation/removal options in
1448             alignment/sequence Popup menu</li>
1449           <li>Sensible precision for symbol distribution
1450             percentages shown in logo tooltip.</li>
1451           <li>Annotation panel height set according to amount of
1452             annotation when alignment first opened</li>
1453         </ul> <em>Application</em>
1454         <ul>
1455           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1456             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1457           <li>Select columns containing particular features from
1458             Feature Settings dialog</li>
1459           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1460             sequences</li>
1461           <li>Update Jalview project format:
1462             <ul>
1463               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1464               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1465                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1466               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1467                 colouring</li>
1468             </ul>
1469           </li>
1470           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1471             (PAM250)</li>
1472           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1473             flanking regions for an alignment</li>
1474         </ul>
1475       </td>
1476       <td>
1477         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1478         <ul>
1479           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1480             running after job is cancelled</li>
1481           <li>cannot export features from alignments imported from
1482             Jalview/VAMSAS projects</li>
1483           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1484             float values</li>
1485           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1486             have 'display all symbols' flag set</li>
1487           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1488             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1489           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1490             Jalview</li>
1491           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1492             Lion/Webstart</li>
1493           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1494           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1495           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1496             alignment onto desktop</li>
1497           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1498             'extract scores' function</li>
1499           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1500             alignment window</li>
1501           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1502             performing IUPred disorder prediction</li>
1503           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1504             changing 'normalise logo' display setting</li>
1505           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1506             nothing matches query</li>
1507           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1508             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1509           </li>
1510           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1511             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1512           </li>
1513           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1514             Jalview's menu</li>
1515           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1516             'invalid literal/length code'</li>
1517           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1518             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1519           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1520             colourscheme</li>
1521
1522         </ul> <em>Applet</em>
1523         <ul>
1524           <li>Remove group option is shown even when selection is
1525             not a group</li>
1526           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1527             don't affect groups</li>
1528           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1529             colourscheme name</li>
1530           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1531             Annotation panel is not displayed</li>
1532           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1533             embedded windows</li>
1534         </ul> <em>Other</em>
1535         <ul>
1536           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1537             single sequence were not calculated</li>
1538           <li>annotation files that contain only groups imported as
1539             annotation and junk sequences</li>
1540           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1541             recognised as PFAM or BLC</li>
1542           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1543             doesn't affect background (2.8.0b1)
1544           <li></li>
1545           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1546           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1547             trailing gaps</li>
1548           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1549             registered correctly on import</li>
1550           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1551             certain alignments</li>
1552           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1553             existing annotation based 'use original colours'
1554             colourscheme loses original colours setting</li>
1555         </ul>
1556       </td>
1557     </tr>
1558     <tr>
1559       <td><div align="center">
1560           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1561             <em>30/1/2014</em></strong>
1562         </div></td>
1563       <td>
1564         <ul>
1565           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1566             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1567             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1568             open source project).
1569           </li>
1570           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1571           </li>
1572           <li>Output in Stockholm format</li>
1573           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1574           <li>Export/import group and sequence associated line
1575             graph thresholds</li>
1576           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1577             ambiguity codes</li>
1578           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1579             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1580             works</li>
1581           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1582         </ul> <em>Other improvements</em>
1583         <ul>
1584           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1585           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1586             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1587           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1588             files</li>
1589           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1590           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1591             link but no description</li>
1592           <li>Select primary source when selecting authority in
1593             database fetcher GUI</li>
1594           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1595             Jalview</li>
1596           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1597         </ul>
1598       </td>
1599       <td>
1600         <ul>
1601           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1602             displayed</li>
1603           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1604             secondary structure annotation line</li>
1605           <li>Sequence database accessions not imported when
1606             fetching alignments from Rfam</li>
1607           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1608             identical IDs</li>
1609           <li>View all structures does not always superpose
1610             structures</li>
1611           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1612             reflect user or preset settings</li>
1613           <li>Null pointer exceptions for some services without
1614             presets or adjustable parameters</li>
1615           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1616             discover PDB xRefs</li>
1617           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1618             features with DAS</li>
1619           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1620             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1621           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1622             residue follows a gap</li>
1623           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1624             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1625           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1626             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1627           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1628             annotation already exists on alignment</li>
1629           <li>oninit javascript function should be called after
1630             initialisation completes</li>
1631           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1632             alignment window display</li>
1633           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1634           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1635             to annotation file</li>
1636           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1637             groups created</li>
1638           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1639             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1640           <li>Pressing return several times causes Number Format
1641             exceptions in keyboard mode</li>
1642           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1643             correct partitions for input data</li>
1644           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1645           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1646           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1647           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1648             mode</li>
1649           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1650             changes one row&#39;s threshold</li>
1651           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1652             doesn&#39;t open</li>
1653           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1654             quality histograms</li>
1655         </ul>
1656       </td>
1657     </tr>
1658     <tr>
1659       <td><div align="center">
1660           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1661         </div></td>
1662       <td><em>Application</em>
1663         <ul>
1664           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1665             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1666           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1667             preferences</li>
1668           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1669             in Jalview alignment window</li>
1670           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1671             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1672           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1673             RNA and ambiguity codes</li>
1674
1675           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1676           <li>Support fetching and database reference look up
1677             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1678             refs')</li>
1679           <li>Jalview project improvements
1680             <ul>
1681               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1682                 flag for annotation</li>
1683               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1684                 alignment</li>
1685               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1686                 Jalview project</li>
1687
1688             </ul>
1689           </li>
1690           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1691           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1692             running</li>
1693           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1694           <li>visual indication that web service results are still
1695             being retrieved from server</li>
1696           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1697             starts up for first time</li>
1698           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1699             services</li>
1700           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1701             client library</li>
1702           <li>Examples directory and Groovy library included in
1703             InstallAnywhere distribution</li>
1704         </ul> <em>Applet</em>
1705         <ul>
1706           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1707             visualization applet example</li>
1708         </ul> <em>General</em>
1709         <ul>
1710           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1711           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1712             defaults</li>
1713           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1714             calculation</li>
1715           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1716             matrices
1717           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1718             in HTML</li>
1719           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1720             structure contacts</li>
1721           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1722           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1723           <li>Parse sequence associated secondary structure
1724             information in Stockholm files</li>
1725           <li>HTML Export database accessions and annotation
1726             information presented in tooltip for sequences</li>
1727           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1728             style RNA alignment files</li>
1729           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1730             alignment</li>
1731           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1732             shade each sequence according to its associated alignment
1733             annotation</li>
1734           <li>New Jalview Logo</li>
1735         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1736         <ul>
1737           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1738           <li>New Website!</li>
1739         </ul></td>
1740       <td><em>Application</em>
1741         <ul>
1742           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1743             wsdbfetch REST service</li>
1744           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1745           <li>Filetype associations not installed for webstart
1746             launch</li>
1747           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1748             job execution in full once it is complete</li>
1749           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1750             uploaded via ali_file parameter</li>
1751           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1752           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1753           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1754             submitted for prediction</li>
1755           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1756             desktop window</li>
1757           <li>Putting fractional value into integer text box in
1758             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1759           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1760             windows 7</li>
1761           <li>View all structures fails with exception shown in
1762             structure view</li>
1763           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1764             escaped in a platform independent way</li>
1765           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1766             using proxy</li>
1767           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1768             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1769           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1770             failure when java web start temporary file caching is
1771             disabled</li>
1772           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1773             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1774           <li>Errors during processing of command line arguments
1775             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1776           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1777             DAS sources in sequence fetcher</li>
1778           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1779             dialog is shown</li>
1780           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1781           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1782           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1783           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1784             on OSX Mountain Lion</li>
1785           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1786             sequences with alignment annotation are pasted into the
1787             alignment</li>
1788           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1789             when loaded from Jalview project</li>
1790           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1791           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1792             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1793           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1794             associated with all views</li>
1795           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1796             annotation rows to new window</li>
1797         </ul> <em>Applet</em>
1798         <ul>
1799           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1800             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1801           <li>loading features via javascript API automatically
1802             enables feature display</li>
1803           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1804             work</li>
1805         </ul> <em>General</em>
1806         <ul>
1807           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1808           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1809             and then deselected</li>
1810           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1811           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1812             coloured with clustalx</li>
1813           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1814             exceptions and redraw errors</li>
1815           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1816             reconfigured view</li>
1817           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1818             colour</li>
1819           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1820             for lots of labels</li>
1821         </ul>
1822     </tr>
1823     <tr>
1824       <td>
1825         <div align="center">
1826           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1827         </div>
1828       </td>
1829       <td><em>Application</em>
1830         <ul>
1831           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1832           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1833           <li>View/alignment association menu to enable user to
1834             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1835             its colours/correspondences from</li>
1836           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1837           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1838             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1839           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1840           <li>Annotation row column label formatting attributes
1841             stored in project file</li>
1842           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1843             rows preserved in Jalview project file</li>
1844           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1845             saved using Desktop window menu</li>
1846           <li>Visual indication that command line arguments are
1847             still being processed</li>
1848           <li>Groovy script execution from URL</li>
1849           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1850             preferences</li>
1851           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1852             alignment with sequences that have high similarity and
1853             matching IDs</li>
1854           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1855           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1856             structures in same window</li>
1857           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1858           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1859             analysis function in its own submenu</li>
1860         </ul> <em>Applet</em>
1861         <ul>
1862           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1863             groups</li>
1864           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1865           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1866           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1867           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1868           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1869             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1870           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1871           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1872             parameters are treated as such</li>
1873           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1874             <ul>
1875               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1876               <li>Javascript callbacks for
1877                 <ul>
1878                   <li>Applet initialisation</li>
1879                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1880                 </ul>
1881               </li>
1882               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1883                 functions</li>
1884               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1885               <li>javascript structure viewer harness to pass
1886                 messages between Jmol and Jalview when running as
1887                 distinct applets</li>
1888               <li>sortBy method</li>
1889               <li>Set of applet and application examples shipped
1890                 with documentation</li>
1891               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1892                 javascript message exchange</li>
1893             </ul>
1894         </ul> <em>General</em>
1895         <ul>
1896           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1897             multiple alignments</li>
1898           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1899           <li>User configurable link to enable redirects to a
1900             www.Jalview.org mirror</li>
1901           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1902           <li>Configurable newline string when writing alignment
1903             and other flat files</li>
1904           <li>Allow alignment annotation description lines to
1905             contain html tags</li>
1906         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1907         <ul>
1908           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1909             examples</li>
1910           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1911             using a web service before displaying the result in the
1912             Jalview desktop</li>
1913           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1914           <li>Ant target to publish example html files with applet
1915             archive</li>
1916           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1917           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1918         </ul></td>
1919       <td><em>Application</em>
1920         <ul>
1921           <li>User defined colourscheme throws exception when
1922             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1923           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1924             dialog for valid filename/format</li>
1925           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1926           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1927             P37173</li>
1928           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1929             which sequence is to be associated with the file</li>
1930           <li>Find All raises null pointer exception when query
1931             only matches sequence IDs</li>
1932           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1933           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1934             2.4 cannot be loaded</li>
1935           <li>Filetype associations not installed for webstart
1936             launch</li>
1937           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1938             with sequences in different alignments do not get coloured
1939             by their associated sequence</li>
1940           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1941             not preserved when project is loaded</li>
1942           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1943             stored in Jalview project</li>
1944           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1945             Jalview project</li>
1946           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1947           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1948             by conservation</li>
1949           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1950             created on new view</li>
1951           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1952             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1953           <li>Alignment quality not updated after alignment
1954             annotation row is hidden then shown</li>
1955           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1956             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1957           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1958             properly</li>
1959           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1960             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1961           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1962           <li>Structures imported from file and saved in project
1963             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1964           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1965             job execution in full once it is complete</li>
1966         </ul> <em>Applet</em>
1967         <ul>
1968           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1969             annotation rows are displayed</li>
1970           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1971             codebase</li>
1972           <li>View follows highlighting does not work for positions
1973             in sequences</li>
1974           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1975           <li>Export features raises exception when no features
1976             exist</li>
1977           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1978             for javascript api is modified when separator string
1979             provided as parameter</li>
1980           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1981             alignment with no existing selection</li>
1982           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1983             to applet&#39;s codebase</li>
1984           <li>Status bar not updated after finished searching and
1985             search wraps around to first result</li>
1986           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1987             several Jalview applets causes race conditions and memory
1988             leaks</li>
1989           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1990             not sent from Jmol in applet</li>
1991           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1992             applet API fatally hang browser</li>
1993         </ul> <em>General</em>
1994         <ul>
1995           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1996             position with wrapped view and hidden regions</li>
1997           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1998             with/without hidden columns</li>
1999           <li>Sequence length given in alignment properties window
2000             is off by 1</li>
2001           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2002             import PDB like structure files</li>
2003           <li>Positional search results are only highlighted
2004             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2005           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2006           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2007             given sequence position</li>
2008           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2009             output</li>
2010           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2011             from nucleotide chains correctly</li>
2012           <li>Structure colours not updated when tree partition
2013             changed in alignment</li>
2014           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2015             parsed in interleaved stockholm</li>
2016           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2017             state</li>
2018           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2019             properly</li>
2020           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2021             properly associated with their pdb files</li>
2022         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2023         <ul>
2024           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2025             ApplyCopyright tool</li>
2026         </ul></td>
2027     </tr>
2028     <tr>
2029       <td>
2030         <div align="center">
2031           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2032         </div>
2033       </td>
2034       <td><em>Application</em>
2035         <ul>
2036           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2037             contact web services</li>
2038           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2039             service job window</li>
2040           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2041         </ul></td>
2042       <td>
2043         <ul>
2044           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2045             pir file emitted by Jalview</li>
2046           <li>Existing feature settings transferred to new
2047             alignment view created from cut'n'paste</li>
2048           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2049             parsing PDB files</li>
2050           <li>Consensus and conservation annotation rows
2051             occasionally become blank for all new windows</li>
2052           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2053             in wrapped view mode</li>
2054         </ul> <em>Application</em>
2055         <ul>
2056           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2057             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2058           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2059             parameter names</li>
2060           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2061             is down</li>
2062         </ul>
2063       </td>
2064     </tr>
2065     <tr>
2066       <td>
2067         <div align="center">
2068           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2069         </div>
2070       </td>
2071       <td><em>Application</em>
2072         <ul>
2073           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2074             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2075             (JABAWS)
2076           </li>
2077           <li>Web Services preference tab</li>
2078           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2079             preferences</li>
2080           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2081           <li>Superpose structures using associated sequence
2082             alignment</li>
2083           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2084             viewer</li>
2085         </ul> <em>Applet</em>
2086         <ul>
2087           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2088             link out mechanism</li>
2089         </ul> <em>Other</em>
2090         <ul>
2091           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2092             series 12</li>
2093           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2094             require Java 1.5</li>
2095           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2096             sequence annotation files</li>
2097           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2098             type colour specification</li>
2099           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2100             script to check if it being run in an interactive session or
2101             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2102         </ul></td>
2103       <td>
2104         <ul>
2105           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2106             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2107         </ul> <em>Application</em>
2108         <ul>
2109           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2110             selected Regions menu item</li>
2111           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2112             part of a valid accession ID</li>
2113           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2114             runs out of memory</li>
2115           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2116             analysis results</li>
2117           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2118             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2119           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2120         </ul> <em>Applet</em>
2121         <ul>
2122           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2123             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2124             defined.</li>
2125         </ul>
2126       </td>
2127     </tr>
2128     <tr>
2129       <td>
2130         <div align="center">
2131           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2132         </div>
2133       </td>
2134       <td></td>
2135       <td>
2136         <ul>
2137           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2138             sequence IDs</li>
2139           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2140             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2141           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2142             import correctly</li>
2143           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2144             number of columns are hidden</li>
2145           <li>annotation label popup menu not providing correct
2146             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2147             present</li>
2148           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2149             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2150           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2151             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2152
2153         </ul> <em>Applet</em>
2154         <ul>
2155           <li>annotation panel disappears when annotation is
2156             hidden/removed</li>
2157         </ul> <em>Application</em>
2158         <ul>
2159           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2160             alignment opened where annotation panel is visible but no
2161             annotations are present on alignment</li>
2162           <li>pasted region containing hidden columns is
2163             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2164           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2165             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2166           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2167             selected Rregions menu item.</li>
2168           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2169             'Un' or 'Non'conserved</li>
2170           <li>Sequence feature settings are being shared by
2171             multiple distinct alignments</li>
2172           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2173             changed</li>
2174           <li>double click on group annotation to select sequences
2175             does not propagate to associated trees</li>
2176           <li>Mac OSX specific issues:
2177             <ul>
2178               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2179                 window background</li>
2180               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2181                 name set correctly</li>
2182               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2183                 save feature colourscheme button</li>
2184             </ul>
2185           </li>
2186         </ul>
2187       </td>
2188     </tr>
2189     <tr>
2190
2191       <td>
2192         <div align="center">
2193           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2194         </div>
2195       </td>
2196       <td><em>New Capabilities</em>
2197         <ul>
2198           <li>URL links generated from description line for
2199             regular-expression based URL links (applet and application)
2200
2201
2202
2203
2204
2205
2206           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2207             menu</li>
2208           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2209             structures</li>
2210           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2211             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2212           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2213             average score or total feature count for each sequence.</li>
2214           <li>Shading features by score or associated description</li>
2215           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2216             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2217           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2218             hide everything but the currently selected region.</li>
2219           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2220         </ul> <em>Application</em>
2221         <ul>
2222           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2223             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2224           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2225             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2226           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2227             database references and protein_name is parsed as
2228             description line (BioSapiens terms).</li>
2229           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2230             references in sequence ID tooltip from View menu in
2231             application.</li>
2232           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2233                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2234           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2235             conservation plots</li>
2236           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2237             and visualized as sequence logos</li>
2238           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2239             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2240           </li>
2241           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2242             when a new tree is opened.</li>
2243           <li>Jalview Java Console</li>
2244           <li>Better placement of desktop window when moving
2245             between different screens.</li>
2246           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2247             consensus annotation</li>
2248           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2249             Workflows</li>
2250           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2251             <ul>
2252               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2253                 used to preserve views, structures, and tree display
2254                 settings)</li>
2255               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2256                 command line</li>
2257               <li>Sharing of selected regions between views and
2258                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2259               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2260             </ul></li>
2261         </ul> <em>Applet</em>
2262         <ul>
2263           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2264           <li>New Parameters
2265             <ul>
2266               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2267                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2268                 opened.</li>
2269               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2270                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2271               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2272                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2273               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2274                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2275                 view</li>
2276               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2277                 increase the height or width of a cell in the alignment
2278                 grid relative to the current font size.</li>
2279             </ul>
2280           </li>
2281           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2282             tooltip</li>
2283         </ul> <em>Other</em>
2284         <ul>
2285           <li>Features format: graduated colour definitions and
2286             specification of feature scores</li>
2287           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2288             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2289             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2290           <li>XML formats extended to support graduated feature
2291             colourschemes, group associated annotation, and profile
2292             visualization settings.</li></td>
2293       <td>
2294         <ul>
2295           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2296             rather than description</li>
2297           <li>Non-positional features are now included in sequence
2298             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2299             visibility in tooltip).</li>
2300           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2301           <li>Added URL embedding instructions to features file
2302             documentation.</li>
2303           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2304             'X' in peptide product</li>
2305           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2306             sequence ID and sequence string and query strings do not
2307             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2308           <li>AMSA files only contain first column of
2309             multi-character column annotation labels</li>
2310           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2311             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2312             exported and re-imported)</li>
2313           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2314             name</li>
2315           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2316             as subsequence matches, and correctly reports total number
2317             of both.</li>
2318           <li>Application:
2319             <ul>
2320               <li>Better handling of exceptions during sequence
2321                 retrieval</li>
2322               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2323                 link text excludes the start_end suffix</li>
2324               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2325                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2326               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2327               <li>Sequence description lines properly shared via
2328                 VAMSAS</li>
2329               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2330                 data sources</li>
2331               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2332                 completes before alignment figures are generated.</li>
2333               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2334                 first time.</li>
2335               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2336                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2337               <li>User defined group colours properly recovered
2338                 from Jalview projects.</li>
2339             </ul>
2340           </li>
2341         </ul>
2342       </td>
2343
2344     </tr>
2345     <tr>
2346       <td>
2347         <div align="center">
2348           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2349         </div>
2350       </td>
2351       <td>
2352         <ul>
2353           <li>Experimental support for google analytics usage
2354             tracking.</li>
2355           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2356         </ul>
2357       </td>
2358       <td>
2359         <ul>
2360           <li>Race condition in applet preventing startup in
2361             jre1.6.0u12+.</li>
2362           <li>Exception when feature created from selection beyond
2363             length of sequence.</li>
2364           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2365           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2366             all sequences with a given id</li>
2367           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2368             ID string searches</li>
2369           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2370             alignment to fail with exception</li>
2371         </ul> <em>Application Issues</em>
2372         <ul>
2373           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2374           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2375             data sources</li>
2376         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2377         <ul>
2378           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2379             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2380           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2381             version (java class versioning error fixed)</li>
2382         </ul>
2383       </td>
2384     </tr>
2385     <tr>
2386       <td>
2387
2388         <div align="center">
2389           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2390         </div>
2391       </td>
2392       <td><em>User Interface</em>
2393         <ul>
2394           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2395             translation and protein products</li>
2396           <li>Linked highlighting of structure associated with
2397             residue mapping to codon position</li>
2398           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2399             and 'clear' button</li>
2400           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2401             Tools menu</li>
2402           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2403             numeric data in description line</li>
2404           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2405           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2406             of sequence</li>
2407         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2408         <ul>
2409           <li>JPred3 web service</li>
2410           <li>Prototype sequence search client (no public services
2411             available yet)</li>
2412           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2413             PFAM</li>
2414           <li>URL Links created for matching database cross
2415             references as well as sequence ID</li>
2416           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2417         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2418         <ul>
2419           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2420             databases</li>
2421           <li>Generalised database reference retrieval and
2422             validation to all fetchable databases</li>
2423           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2424             sequence command</li>
2425         </ul> <em>Import and Export</em>
2426         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2427         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2428           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2429         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2430           File</li>
2431         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2432           triplet as name of colourscheme</li>
2433         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2434         <ul>
2435           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2436           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2437             alignments (experimental)</li>
2438           <li>Create new or select existing session to join</li>
2439           <li>load and save of vamsas documents</li>
2440         </ul> <em>Application command line</em>
2441         <ul>
2442           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2443             from applet)</li>
2444           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2445             of DAS servers to query for alignment features</li>
2446           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2447             that are also automatically queried for features</li>
2448           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2449             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2450         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2451         <ul>
2452           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2453             application (when using &quot;View in full
2454             application&quot;)</li>
2455         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2456         <ul>
2457           <li>feature group display control parameter</li>
2458           <li>debug parameter</li>
2459           <li>showbutton parameter</li>
2460         </ul> <em>Applet API methods</em>
2461         <ul>
2462           <li>newView public method</li>
2463           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2464           <li>Feature display control methods</li>
2465           <li>get list of currently selected sequences</li>
2466         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2467         <ul>
2468           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2469           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2470             Jalview release.</li>
2471           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2472             property controls execution of obfuscator</li>
2473           <li>Build target for generating source distribution</li>
2474           <li>Debug flag for javacc</li>
2475           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2476             jalview.bin.Cache</li>
2477           <li>Continuous Build Integration for stable and
2478             development version of Application, Applet and source
2479             distribution</li>
2480         </ul></td>
2481       <td>
2482         <ul>
2483           <li>selected region output includes visible annotations
2484             (for certain formats)</li>
2485           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2486             for editing</li>
2487           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2488           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2489           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2490           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2491             comments</li>
2492           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2493             filenames containing a ':'</li>
2494           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2495             global sequence features</li>
2496           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2497             references from alignment sequences goes to zero</li>
2498           <li>Close of tree branch colour box without colour
2499             selection causes cascading exceptions</li>
2500           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2501           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2502             file parsing fails.</li>
2503           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2504           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2505             not a valid output format</li>
2506           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2507             vamsas</li>
2508           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2509           <li>error messages passed up and output when data read
2510             fails</li>
2511           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2512             sequence is edited</li>
2513           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2514             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2515           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2516             filetype</li>
2517           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2518             import fixed for PFAM records</li>
2519           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2520             window list</li>
2521           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2522             can be read and written correctly to annotation file</li>
2523           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2524             correctly</li>
2525           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2526             non-italic font for representatives in Applet</li>
2527           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2528             Macs.</li>
2529           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2530             Applet)</li>
2531           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2532             due to null pointer exceptions</li>
2533           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2534             first column of alignment</li>
2535           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2536             July 2008</li>
2537           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2538             file is case-insensitive</li>
2539           <li>Sequence features read from Features file appended to
2540             all sequences with matching IDs</li>
2541           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2542             containing a sub-sequence</li>
2543           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2544           <li>feature and annotation file applet parameters
2545             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2546           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2547           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2548             splash-screen version check to complete</li>
2549           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2550             when passing them to the launchApp service</li>
2551           <li>display name and local features preserved in results
2552             retrieved from web service</li>
2553           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2554             sequence fetcher initialisation</li>
2555           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2556             dasobert DAS client</li>
2557           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2558             association</li>
2559           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2560             sequences
2561           </li>
2562         </ul>
2563       </td>
2564     </tr>
2565     <tr>
2566       <td>
2567         <div align="center">
2568           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2569         </div>
2570       </td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2574           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2575           <li>Slide sequences</li>
2576           <li>Edit sequence in place</li>
2577           <li>EMBL CDS features</li>
2578           <li>DAS Feature mapping</li>
2579           <li>Feature ordering</li>
2580           <li>Alignment Properties</li>
2581           <li>Annotation Scores</li>
2582           <li>Sort by scores</li>
2583           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2584         </ul>
2585       </td>
2586       <td>
2587         <ul>
2588           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2589           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2590           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2591           <li>Feature group display state in XML</li>
2592           <li>Feature ordering in XML</li>
2593           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2594           <li>Stockholm alignment properties</li>
2595           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2596           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2597           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2598           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2599         </ul>
2600       </td>
2601
2602     </tr>
2603     <tr>
2604       <td>
2605         <div align="center">
2606           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2607         </div>
2608       </td>
2609       <td>
2610         <ul>
2611           <li>Non standard characters can be read and displayed
2612           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2613             applet via textbox
2614           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2615             name &amp; description
2616           <li>Preference setting to display sequence name in
2617             italics
2618           <li>Annotation file format extended to allow
2619             Sequence_groups to be defined
2620           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2621             specified in preferences
2622           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2623             sequences
2624         </ul>
2625       </td>
2626       <td>
2627         <ul>
2628           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2629             installed
2630           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2631           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2632         </ul>
2633       </td>
2634     </tr>
2635     <tr>
2636       <td>
2637         <div align="center">
2638           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2639         </div>
2640       </td>
2641       <td>
2642         <ul>
2643           <li>Multiple views on alignment
2644           <li>Sequence feature editing
2645           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2646           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2647           <li>Background dependent text colour
2648           <li>Right align sequence ids
2649           <li>User-defined lower case residue colours
2650           <li>Format Menu
2651           <li>Select Menu
2652           <li>Menu item accelerator keys
2653           <li>Control-V pastes to current alignment
2654           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2655           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2656           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2657
2658
2659
2660
2661
2662
2663           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2664         </ul>
2665       </td>
2666       <td>
2667         <ul>
2668           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2669           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2670             calculations
2671           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2672             edits
2673           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2674             of alignment)
2675           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2676
2677
2678
2679
2680
2681
2682           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2683             display correctly
2684           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2685           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2686             analysis results
2687           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2688             &#8739;
2689           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2690           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2691           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2692
2693
2694
2695
2696
2697
2698         </ul>
2699       </td>
2700     </tr>
2701     <tr>
2702       <td>
2703         <div align="center">
2704           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2705         </div>
2706       </td>
2707       <td>
2708         <ul>
2709           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2710         </ul>
2711       </td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2715             sequence id panel has been resized</li>
2716           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2717             rendered</li>
2718           <li>Annotation files with sequence references - all
2719             elements in file are relative to sequence position</li>
2720           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2721         </ul>
2722       </td>
2723     </tr>
2724     <tr>
2725       <td>
2726         <div align="center">
2727           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2728         </div>
2729       </td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2733           <li>DAS Feature fetching</li>
2734           <li>Hide sequences and columns</li>
2735           <li>Export Annotations and Features</li>
2736           <li>GFF file reading / writing</li>
2737           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2738             files</li>
2739           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2740           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2741           <li>Applet can launch the full application</li>
2742           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2743             required)</li>
2744           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2745           <li>Applet can load sequences from parameter
2746             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2747           </li>
2748         </ul>
2749       </td>
2750       <td>
2751         <ul>
2752           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2753           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2754           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2755         </ul>
2756       </td>
2757     </tr>
2758     <tr>
2759       <td>
2760         <div align="center">
2761           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2762         </div>
2763       </td>
2764       <td>
2765         <ul>
2766           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2767           <li>Choose to match case when searching</li>
2768           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2769             expand the visible width and height of the alignment</li>
2770         </ul>
2771       </td>
2772       <td>
2773         <ul>
2774           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2775         </ul>
2776       </td>
2777     </tr>
2778     <tr>
2779       <td>
2780         <div align="center">
2781           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2782         </div>
2783       </td>
2784       <td>&nbsp;</td>
2785       <td>
2786         <ul>
2787           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2788           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2789             value</li>
2790         </ul>
2791       </td>
2792     </tr>
2793     <tr>
2794       <td>
2795         <div align="center">
2796           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2797         </div>
2798       </td>
2799       <td>
2800         <ul>
2801           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2802           <li>Keyboard editing</li>
2803           <li>Create sequence features from searches</li>
2804           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2805             alignments</li>
2806           <li>Features file allows grouping of features</li>
2807           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2808           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2809           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2810         </ul>
2811       </td>
2812       <td>
2813         <ul>
2814           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2815           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2816             descriptions saved.</li>
2817         </ul>
2818       </td>
2819     </tr>
2820     <tr>
2821       <td>
2822         <div align="center">
2823           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2824         </div>
2825       </td>
2826       <td>
2827         <ul>
2828           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2829           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2830           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2831             name for file output</li>
2832           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2833           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2834             used for HTML form input</li>
2835         </ul>
2836       </td>
2837       <td>
2838         <ul>
2839           <li>HTML output writes groups and features</li>
2840           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2841           <li>File IO bugs</li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td>
2847         <div align="center">
2848           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2849         </div>
2850       </td>
2851       <td>
2852         <ul>
2853           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2854           <li>More options for PCA viewer</li>
2855         </ul>
2856       </td>
2857       <td>
2858         <ul>
2859           <li>GUI bugs resolved</li>
2860           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2861         </ul>
2862       </td>
2863     </tr>
2864     <tr>
2865       <td height="63">
2866         <div align="center">
2867           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2868         </div>
2869       </td>
2870       <td>
2871         <ul>
2872           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2873           <li>Jar files are executable</li>
2874           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2875         </ul>
2876       </td>
2877       <td>
2878         <ul>
2879           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2880           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2881           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2882         </ul>
2883       </td>
2884     </tr>
2885     <tr>
2886       <td>
2887         <div align="center">
2888           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2889         </div>
2890       </td>
2891       <td>
2892         <ul>
2893           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2894         </ul>
2895       </td>
2896       <td>
2897         <ul>
2898           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2899         </ul>
2900       </td>
2901     </tr>
2902     <tr>
2903       <td>
2904         <div align="center">
2905           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2906         </div>
2907       </td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2911             size</li>
2912         </ul>
2913       </td>
2914       <td>
2915         <ul>
2916           <li>Improved JPred client reliability</li>
2917           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2918         </ul>
2919       </td>
2920     </tr>
2921     <tr>
2922       <td>
2923         <div align="center">
2924           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2925         </div>
2926       </td>
2927       <td>
2928         <ul>
2929           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2930           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2931           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2932             to Colour Menu</li>
2933           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2934           <li>Unix users can set default web browser</li>
2935           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2936           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2937         </ul>
2938       </td>
2939       <td>
2940         <ul>
2941           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2942         </ul>
2943       </td>
2944     </tr>
2945     <tr>
2946       <td>
2947         <div align="center">
2948           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2949         </div>
2950       </td>
2951       <td>&nbsp;</td>
2952       <td>
2953         <ul>
2954           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2955             alignment order.</li>
2956         </ul>
2957       </td>
2958     </tr>
2959     <tr>
2960       <td>
2961         <div align="center">
2962           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2963         </div>
2964       </td>
2965       <td>
2966         <ul>
2967           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2968           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2969           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2970             annotations.</li>
2971           <li>Version and build date written to build properties
2972             file.</li>
2973           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2974             at launch of Jalview.</li>
2975         </ul>
2976       </td>
2977       <td>
2978         <ul>
2979           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2980           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2981           <li>Can remove groups one by one.</li>
2982           <li>Filechooser icons installed.</li>
2983           <li>Finder ignores return character when searching.
2984             Return key will initiate a search.<br>
2985           </li>
2986         </ul>
2987       </td>
2988     </tr>
2989     <tr>
2990       <td>
2991         <div align="center">
2992           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2993         </div>
2994       </td>
2995       <td>
2996         <ul>
2997           <li>New codebase</li>
2998         </ul>
2999       </td>
3000       <td>&nbsp;</td>
3001     </tr>
3002   </table>
3003   <p>&nbsp;</p>
3004 </body>
3005 </html>