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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
  87               Preferences
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
  91               in size and progress bar shown as higher resolution
  92               overview is recalculated
  93             </li>
  94
  95           </ul>
  96         </div></td>
  97       <td><div align="left">
  98           <em></em>
  99           <ul>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 102               column region row by row
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 106               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 110               format setting is unticked
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 114               if group has show boxes format setting unticked
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 118               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 119               include sequences and columns not currently displayed
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 123               assemblies are imported via CIF file
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 127               displayed when threshold or conservation colouring is also
 128               enabled.
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 132               server version
 133             </li>
 134           </ul>
 135         </div></td>
 136
 137     <tr>
 138       <td width="60" nowrap>
 139         <div align="center">
 140           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 141         </div>
 142       </td>
 143       <td><div align="left">
 144           <em>Calculations</em>
 145           <ul>
 146
 147             <li>
 148               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 149               ungapped positions in each column of the alignment.
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 153               a calculation dialog box
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 157               and memory efficiency (~30x faster)
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 161               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 162               and other calculations
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 166               files within the Jalview codebase
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 170               Similarity may have different topology due to increased
 171               precision
 172             </li>
 173           </ul>
 174           <em>Rendering</em>
 175           <ul>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 178               model for alignments and groups
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 182               scripts
 183             </li>
 184           </ul>
 185           <em>Overview</em>
 186           <ul>
 187             <li>
 188               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 189               with alignment and overview windows
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 193               overview
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 197               omitted in Overview
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 201               adjustment of visible position
 202             </li>
 203           </ul>
 204
 205           <em>Data import/export</em>
 206           <ul>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 209               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 213               annotation input/output via stockholm flatfile
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 217               extension when importing structure files without embedded
 218               names or PDB accessions
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 222               format sequence substitution matrices
 223             </li>
 224           </ul>
 225           <em>User Interface</em>
 226           <ul>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 229               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 230               the application.
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 234               via Overview or sequence motif search operations
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 238               opened by double clicking gaps within sequence feature
 239               extent
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 243               aligned positions were available to create a 3D structure
 244               superposition.
 245             </li>
 246           </ul>
 247           <em>3D Structure</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 251               coloured in linked structure views
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 255               file-based command exchange
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 259               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 260               structures are already available for sequences
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 264               the Jalview project rather than downloaded again when the
 265               project is reopened.
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 269               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 270               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 271                 Feature</strong>)
 272             </li>
 273           </ul>
 274           <em>Web Services</em>
 275           <ul>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 281               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 282               Analysis services
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 286               cross-references provided by identifiers.org and the
 287               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 288             </li>
 289           </ul>
 290
 291           <em>Scripting</em>
 292           <ul>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 295               identifying file formats (instead of String constants)
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 299               efficiency when counting all displayed features (not
 300               backwards compatible with 2.10.1)
 301             </li>
 302           </ul>
 303           <em>Example files</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 307               included in the example feature file
 308             </li>
 309           </ul>
 310           <em>Documentation</em>
 311           <ul>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 314               with the built-in Java help viewer
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 318               sequence description' option
 319             </li>
 320           </ul>
 321           <em>Test Suite</em>
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 325               Uniprot REST Free Text Search Client
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 332               during tests
 333             </li>
 334           </ul>
 335         </div></td>
 336       <td><div align="left">
 337           <em>Calculations</em>
 338           <ul>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 341               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 342               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 343             </li>
 344             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 345               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 346               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 347               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 348               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 349               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 350               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 351               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 352               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 353               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 354               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 355               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 356               // for 2.10.1 mode <br />
 357               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 358               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 359                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 360                 calculations (not recommended)</em></li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 363               scaling of branch lengths for trees computed using
 364               Sequence Feature Similarity.
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 368               generating output report when working with highly
 369               redundant alignments
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 373               right of selected region when gaps present on right-hand
 374               boundary
 375             </li>
 376           </ul>
 377           <em>User Interface</em>
 378           <ul>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 381               doesn't reselect a specific sequence's associated
 382               annotation after it was used for colouring a view
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 386               opened on a region of alignment without groups
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 390               of an alignment with overlapping groups
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 394               name and description match
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 398               hidden regions results in incorrect hidden regions
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 402               changing colour does not apply Conservation slider value
 403               to all groups
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 407               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 411               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 415               gaps before start of features
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 419               restored to UI when feature colour is edited
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 423               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 427               as graduate feature colour settings are modified via the
 428               dialog box
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 432               when a group defined on the alignment is resized
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 436               wrapped view result in positional status updates
 437             </li>
 438
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 441               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 445               alignment included gapped columns
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 449               widgets don't permanently disappear
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 453               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 454               T-Coffee column reliability scores)
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 458               sequence feature on gaps only
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 462               button from a Find inherit previously defined feature type
 463               rather than the Find query string
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 467               exporting tree calculated in Jalview
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 471               and then revealing them reorders sequences on the
 472               alignment
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 476               doesn't update to reflect available set of groups after
 477               interactively adding or modifying features
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 481               Linux
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 485               only excluded gaps in current sequence and ignored
 486               selection.
 487             </li>
 488           </ul>
 489           <em>Rendering</em>
 490           <ul>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 493               erratically when hidden rows or columns are present
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 497               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 498               sequence colouring
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 502               colour and group colour menu for protein alignments
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 506               reflect currently selected view or group's shading
 507               thresholds
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 511               when rendered on overview and structures when opacity at
 512               100%
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 516               overview when features overlaid on alignment
 517             </li>
 518           </ul>
 519           <em>Data import/export</em>
 520           <ul>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 523               load
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 527               added after a sequence was imported are not written to
 528               Stockholm File
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 532               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 536               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 540               with lightGray or darkGray via features file (but can
 541               specify lightgray)
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 545               when alignment view imported from project
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 549               structure and sequences extracted from structure files
 550               imported via URL and viewed in Jmol
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 554               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 555               the project is loaded and the structure viewed
 556             </li>
 557           </ul>
 558           <em>Web Services</em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 562               release of Ensembl v.88
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 566               appear enabled in Preferences->Connections
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 570               removed from console output
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 574               Ensembl by Peptide ID
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 578               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 579               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 580               due to 'null' string rather than empty string used for
 581               residues with no corresponding PDB mapping).
 582             </li>
 583           </ul>
 584           <em>Application UI</em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 588               menu
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 592               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 593               new documentation and tooltips added)
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 597               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 601               new features are added to alignment
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 605               changes to feature colours via the Amend features dialog
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 609               edit graduated feature colour via amend features dialog
 610               box
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 614               selection menu changes colours of alignment views
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 618               from alignment calculation workers after alignment has
 619               been closed
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 623               groups now 'Create Group'
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 627               Create/Undefine group doesn't always work
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 631               shown again after pressing 'Cancel'
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 635               adjusts start position in wrap mode
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 639               ambiguous amino acids
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 643               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 644               proteins
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 648               Defined' don't appear in Colours menu
 649             </li>
 650           </ul>
 651           <em>Applet</em>
 652           <ul>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 655               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 659               overview or linked structure view
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 663               work (since 2.8)
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 667               user-defined colourscheme doesn't restore original
 668               colourscheme
 669             </li>
 670           </ul>
 671           <em>Test Suite</em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 675               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 679               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 680               problems with deep array comparison equality asserts in
 681               successive versions of TestNG
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 685               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 686             </li>
 687           </ul>
 688           <em>New Known Issues</em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 692               phase after a sequence motif find operation
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 696               containing just upper and lower case letters are
 697               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 701               reliably from eggnog Ortholog database
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 705               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 706               to mark columns containing highlighted regions.
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 710               doesn't always add secondary structure annotation.
 711             </li>
 712           </ul>
 713         </div>
 714     <tr>
 715       <td width="60" nowrap>
 716         <div align="center">
 717           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 718         </div>
 719       </td>
 720       <td><div align="left">
 721           <em>General</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 725               for all consensus calculations
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 729               3rd Oct 2016)
 730             </li>
 731             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 732               for 2016-2017</li>
 733           </ul>
 734           <em>Application</em>
 735           <ul>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 738               set of database cross-references, sorted alphabetically
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 742               from database cross references. Users with custom links
 743               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 744                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 748               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 749               Chimera session
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 753               the Chimera it is connected to is shut down
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 757               columns menu item to mark columns containing highlighted
 758               regions (e.g. from structure selections or results of a
 759               Find operation)
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 763               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 764               MSAviewer
 765             </li>
 766           </ul>
 767         </div></td>
 768       <td>
 769         <div align="left">
 770           <em>General</em>
 771           <ul>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 774               are not coloured or thresholded according to percent
 775               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 779               hydrophobic
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 783               threshold, amino acid properties)
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 787               reported as mapped to residues in a structure file in the
 788               View Mapping report
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 792               could be added multiple times to a sequence
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 796               bond features shown as two highlighted residues rather
 797               than a range in linked structure views, and treated
 798               correctly when selecting and computing trees from features
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 802               cross-references are matched to database name regardless
 803               of case
 804             </li>
 805
 806           </ul>
 807           <em>Application</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 811               names without regular expressions also offer links from
 812               Sequence ID
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 816               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 817               update Jalview configuration
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 821               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 825               files with similarly named sequences if dropped onto the
 826               alignment
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 830               entries where more chains exist in the PDB accession than
 831               are reported in the SIFTS file
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 835               the structure view when displayed with Chimera
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 839               panel's View->Show Chains submenu
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 843               work for wrapped alignment views
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 847               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 851               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 852               first annotation row
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 856               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 860               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 861             </li>
 862             <!-- JAL-2319 -->
 863             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 864             coordindate data
 865             </li>
 866           </ul>
 867           <!--           <em>New Known Issues</em>
 868           <ul>
 869             <li></li>
 870           </ul> -->
 871         </div>
 872       </td>
 873     </tr>
 874     <td width="60" nowrap>
 875       <div align="center">
 876         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 877           <em>25/10/2016</em></strong>
 878       </div>
 879     </td>
 880     <td><em>Application</em>
 881       <ul>
 882         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 883           view if structures already loaded</li>
 884         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 885           structure views</li>
 886       </ul></td>
 887     <td>
 888       <div align="left">
 889         <em>General</em>
 890         <ul>
 891           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 892             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 893           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 894             example sequences/projects/trees</li>
 895         </ul>
 896         <em>Application</em>
 897         <ul>
 898           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 899             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 900           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 901             without timeout for structures with multiple models or
 902             multiple sequences in alignment</li>
 903           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 904             PDB ID HEADER line</li>
 905           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 906             is performed</li>
 907           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 908             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 909           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 910           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 911             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 912             option</li>
 913           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 914             is created on the alignment</li>
 915           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 916             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 917             pop-up menu</li>
 918         </ul>
 919         <em>Build and deployment</em>
 920         <ul>
 921           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 922             tags</li>
 923         </ul>
 924         <em>New Known Issues</em>
 925         <ul>
 926           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 927             on Windows</li>
 928         </ul>
 929       </div>
 930     </td>
 931     </tr>
 932     <tr>
 933       <td width="60" nowrap>
 934         <div align="center">
 935           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 936         </div>
 937       </td>
 938       <td><em>General</em>
 939         <ul>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 945             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 946             better PDB parsing.
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 950             reference sequence
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 954             mousing over sequence associated annotation
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 958             for manual entry
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 962             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 963             for each column
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 967             showing or hiding columns containing a feature
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 971             group and sequence associated annotation labels
 972           </li>
 973           <li>
 974             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 975             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 976             dialogs
 977           </li>
 978
 979         </ul> <em>Application</em>
 980         <ul>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 983             gene/transcript view
 984           </li>
 985           <li>
 986             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 987             dialog
 988           </li>
 989           <li>
 990             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 991             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 995             Pfam sources to xfam.org
 996           </li>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1002             over sequences in Jalview
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1006             regions in ENA and EMBL
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1010             for record retrieval via ENA rest API
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1014             complement operator
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1018             groovy script execution
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1022             alignment window's Calculate menu
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1026             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1030             calculation workers from groovy scripts
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1034             Jalview projects
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1038             associations are now saved/restored from project
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1042             before sequence fetcher is opened
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1046             database chooser opens a sequence fetcher
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1050             the UniProt REST API
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1054             the news reader opening
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1058             querying stored in preferences
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1062             search results
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1069             menu for nucleotide sequences
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1073             and feature counts preserves alignment ordering (and
1074             debugged for complex feature sets).
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1078             viewing structures with Jalview 2.10
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1082             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1083             Ensembl Genomes REST API
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1087             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1088             (Ensembl)
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1092             sequences
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1096             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1097             data from external database records.
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1101             efficient recovery of sequence coding and alignment
1102             annotation relationships.
1103           </li>
1104         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1105         <ul>
1106           <li>
1107             -- JAL---
1108           </li>
1109         </ul> --></td>
1110       <td>
1111         <div align="left">
1112           <em>General</em>
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1116               menu on OSX
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1120               includes graduated colourschemes
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1124               working with big alignments and lots of hidden columns
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1128               at right of alignment window
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1132               contents
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1136               for DNA alignments
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1140               based tree calculation
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1144               unconserved enabled for group on alignment
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1148               set as reference
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1152               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1153               annotation
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1157               hidden columns present
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1161               user created annotation added to alignment
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1165               '()' base pair annotation
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1169               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1170               Consensus
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1174               feature not working
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1178               beginning of sequence
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1182               entry 3a6s
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1186               from a tree when t-coffee scores are shown
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1190               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1194               some structures
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1198               to Clustal, PIR and PileUp output
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1202               not visible causes alignment window to repaint
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1206               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1207               scores associated with features and annotation rows
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1211               calculation should be case independent
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1215               columns
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1219               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1220               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1224               problems when reference sequence defined and 'show
1225               non-conserved' enabled
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1229               load even when Consensus calculation is disabled
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1233               alignment does nothing
1234             </li>
1235           </ul>
1236           <em>Application</em>
1237           <ul>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1240               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1241               yet fixed for El Capitan)
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1245               output when running on non-gb/us i18n platforms
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1249               hidden sequences as flat-file alignment
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1253               launching Chimera
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1257               (also hotfix for 2.9.0b2)
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1261               reference sequence defined
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1265               alignments and views when revealing hidden columns
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1269               view in a cDNA/Protein splitframe
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1273               sequence from project when only one sequence is
1274               represented
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1278               in Structure Chooser
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1282               structure consensus didn't refresh annotation panel
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1286               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1290               dialogs format columns correctly, don't display array
1291               data, sort columns according to type
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1295               file chooser is cancelled during an image export
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1299               sequence name containing special characters
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1303               case insensitive
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1307               formatting don't wrap
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1311               truncated so L looks like I in consensus annotation
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1315               currently displayed features for the current selection or
1316               view
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1320               after fetching cross-references, and restoring from
1321               project
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1325               followed in the structure viewer
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1329               splitframe not restored from project
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1333               trailing end of protein alignment in transcript/product
1334               splitview when pad-gaps not enabled by default
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1338               is case dependent
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1342               article has been read (reopened issue due to
1343               internationalisation problems)
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1347               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1348               cross-references
1349             </li>
1350
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1353               alignment as HTML
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1357               multiple structures are shown for one or more sequences.
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1361               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1362               is enabled.
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1366               specific PDB id for sequence
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1370               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1371               columns' is disabled.
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1375               selects lowest rather than highest resolution structures
1376               for each sequence
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1380               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1384               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1388               after clicking on it to create new annotation for a
1389               column.
1390             </li>
1391             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1392             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1393           </ul>
1394           <em>Applet</em>
1395           <ul>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1398               hidden columns present before start of sequence
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1402               (JSON jars)
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1406               sequences are hidden in applet
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1410               deployment on examples pages.
1411             </li>
1412           </ul>
1413         </div>
1414       </td>
1415     </tr>
1416     <tr>
1417       <td width="60" nowrap>
1418         <div align="center">
1419           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1420             <em>16/10/2015</em></strong>
1421         </div>
1422       </td>
1423       <td><em>General</em>
1424         <ul>
1425           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1426             jars</li>
1427         </ul></td>
1428       <td>
1429         <div align="left">
1430           <em>Application</em>
1431           <ul>
1432             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1433               shown when tree is partitioned</li>
1434             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1435               multiple cDNA/Protein split views</li>
1436           </ul>
1437         </div>
1438       </td>
1439     </tr>
1440     <tr>
1441       <td width="60" nowrap>
1442         <div align="center">
1443           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1444             <em>8/10/2015</em></strong>
1445         </div>
1446       </td>
1447       <td><em>General</em>
1448         <ul>
1449           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1450             2.9</li>
1451         </ul> <em>Application</em>
1452         <ul>
1453           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1454           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1455           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1456         </ul> <em>Applet</em>
1457         <ul>
1458           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1459         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1460         <ul>
1461           <li>
1462             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1463             suite
1464           </li>
1465         </ul></td>
1466       <td>
1467         <div align="left">
1468           <em>General</em>
1469           <ul>
1470             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1471               incorrect when sequence start > 1</li>
1472             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1473               documentation</li>
1474             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1475             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1476               loading a features file containing HTML tags in feature
1477               description</li>
1478
1479           </ul>
1480           <em>Application</em>
1481           <ul>
1482             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1483               reimport</li>
1484             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1485               with 'trim retrieved sequences'</li>
1486             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1487               deleting selected columns</li>
1488             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1489               JNLP templates for webstart launch</li>
1490             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1491               unreleased structures for download or viewing</li>
1492             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1493               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1494             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1495               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1496             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1497               recovered from jalview project</li>
1498             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1499               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1500               alignment view</li>
1501             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1502               color schemes from BioJSON</li>
1503           </ul>
1504           <em>Applet</em>
1505           <ul>
1506             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1507               frame</li>
1508             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1509           </ul>
1510         </div>
1511       </td>
1512     </tr>
1513     <tr>
1514       <td><div align="center">
1515           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1516         </div></td>
1517       <td><em>General</em>
1518         <ul>
1519           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1520             alignments:
1521             <ul>
1522               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1523                 and DNA alignment views</li>
1524               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1525                 cDNA alignment views</li>
1526               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1527                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1528               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1529                 protein sequences</li>
1530             </ul>
1531           </li>
1532           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1533           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1534             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1535           <li>New alignment annotation file statements for
1536             reference sequences and marking hidden columns</li>
1537           <li>Reference sequence based alignment shading to
1538             highlight variation</li>
1539           <li>Select or hide columns according to alignment
1540             annotation</li>
1541           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1542           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1543             acid conservation row</li>
1544           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1545         </ul> <em>Application</em>
1546         <ul>
1547           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1548             <ul>
1549               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1550                 view with cDNA/Protein</li>
1551               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1552                 sequences are placed in the same alignment</li>
1553               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1554                 projects</li>
1555             </ul>
1556           </li>
1557
1558           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1559           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1560             Jalview windows</li>
1561
1562           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1563           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1564           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1565             be shown in VARNA</li>
1566
1567           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1568             as the active selected region</li>
1569
1570           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1571             similarity</li>
1572           <li>New Export options
1573             <ul>
1574               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1575                 region export in flat file generation</li>
1576
1577               <li>Export alignment views for display with the <a
1578                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1579
1580               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1581               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1582                 alignment figures to HTML</li>
1583           </li>
1584           <li>3D structure retrieval and display
1585             <ul>
1586               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1587                 Search API</li>
1588               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1589                 PDB structures for a sequence set</li>
1590             </ul>
1591           </li>
1592
1593           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1594             predictions</li>
1595           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1596             for one or a group of sequences</li>
1597           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1598             from the JPred4 web server</li>
1599           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1600             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1601             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1602           </li>
1603           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1604             VARNA 2D Structure'</li>
1605           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1606             Structure ..."</li>
1607
1608         </ul> <em>Applet</em>
1609         <ul>
1610           <li>New layout for applet example pages</li>
1611           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1612             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1613           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1614             Protein alignments</li>
1615         </ul> <em>Development and deployment</em>
1616         <ul>
1617           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1618           <li>Include installation type and git revision in build
1619             properties and console log output</li>
1620           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1621             storing BioJsMSA Templates</li>
1622           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1623         </ul></td>
1624       <td>
1625         <!-- <em>General</em>
1626         <ul>
1627         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1628         <ul>
1629           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1630           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1631           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1632             predictions are not highlighted in amber</li>
1633           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1634             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1635           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1636             associated structure views</li>
1637           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1638             width checkbox not enabled</li>
1639           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1640             creating user defined colours</li>
1641           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1642             mappings for just that viewer's sequences</li>
1643           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1644             multiple models in Chimera</li>
1645           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1646             over Jmol structure</li>
1647           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1648             output to text box</li>
1649           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1650             have incorrect sequence start/end</li>
1651           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1652             Jalview fails</li>
1653           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1654             work for nucleotide</li>
1655           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1656             to a grey/invisible alignment window</li>
1657           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1658             imports to different position</li>
1659           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1660             on some platforms</li>
1661           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1662             populated</li>
1663           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1664             console if Chimera has been opened</li>
1665           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1666           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1667             retrieved</li>
1668           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1669           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1670             either sequence shows on first structure</li>
1671           <li>'Show annotations' options should not make
1672             non-positional annotations visible</li>
1673           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1674             in right place after 'view flanking regions'</li>
1675           <li>File Save As type unset when current file format is
1676             unknown</li>
1677           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1678             projects</li>
1679           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1680             responsive</li>
1681           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1682             several views on same alignment</li>
1683           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1684           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1685             spaces</li>
1686         </ul> <em>Applet</em>
1687         <ul>
1688           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1689           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1690             descriptions containing angle brackets</li>
1691         </ul> <em>General</em>
1692         <ul>
1693           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1694             via jalview annotation file</li>
1695           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1696             with RNA secondary structure</li>
1697           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1698             translation doesn't work.</li>
1699           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1700           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1701             positions</li>
1702           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1703             choosing 1pt font</li>
1704           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1705             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1706             'h'</li>
1707           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1708             new feature</li>
1709           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1710             order dependent</li>
1711           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1712             sequences</li>
1713           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1714         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1715         <ul>
1716           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1717             www.jalview.org</li>
1718         </ul> <em>Application Known issues</em>
1719         <ul>
1720           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1721           <li>Misleading message appears after trying to delete
1722             solid column.</li>
1723           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1724             version launches</li>
1725           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1726             fails with a sequence mismatch</li>
1727           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1728             scrolling alignment to right</li>
1729           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1730             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1731           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1732             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1733           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1734             ultra-high resolution</li>
1735           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1736             quality and conservation</li>
1737           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1738             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1739         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1740         <ul>
1741           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1742           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1743             window is being resized</li>
1744
1745         </ul>
1746       </td>
1747     </tr>
1748     <tr>
1749       <td><div align="center">
1750           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1751         </div></td>
1752       <td><em>General</em>
1753         <ul>
1754           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1755             Certum.PL.</li>
1756           <li>Features and annotation preserved when performing
1757             pairwise alignment</li>
1758           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1759             imported/exported/displayed</li>
1760           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1761             protein secondary structure</li>
1762           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1763               post-hoc with 2.9 release</em>)
1764           </li>
1765
1766         </ul> <em>Application</em>
1767         <ul>
1768           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1769             with 3D structures</li>
1770           <li>Support for parsing RNAML</li>
1771           <li>Annotations menu for layout
1772             <ul>
1773               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1774               <li>place sequence annotation above/below alignment
1775                 annotation</li>
1776             </ul>
1777           <li>Output in Stockholm format</li>
1778           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1779             translation</li>
1780           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1781           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1782             shared between alignments</li>
1783           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1784             Jalview</li>
1785           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1786             all or current selection</li>
1787           <li>disorder and secondary structure predictions
1788             available as dataset annotation</li>
1789           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1790
1791
1792           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1793             alignments from Rfam</li>
1794           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1795
1796           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1797             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1798           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1799           <li>include installation type in build properties and
1800             console log output</li>
1801           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1802             annotation</li>
1803         </ul></td>
1804       <td>
1805         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1806         <ul>
1807           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1808             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1809           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1810             alignment</li>
1811           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1812           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1813           <li>Double click on sequence associated annotation
1814             selects only first column</li>
1815           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1816             leaves shown in tree</li>
1817           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1818             properly</li>
1819           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1820           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1821             screen and buttons not visible</li>
1822           <li>author list isn't updated if already written to
1823             Jalview properties</li>
1824           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1825             from database</li>
1826           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1827           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1828             browser search window</li>
1829           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1830             in feature settings dialog</li>
1831           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1832             desktop</li>
1833           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1834             pass validation</li>
1835           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1836             fit on screen</li>
1837           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1838             tooltip</li>
1839           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1840             defined user preset</li>
1841           <li>MSA web services warns user if they were launched
1842             with invalid input</li>
1843           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1844             Java 8</li>
1845           <li>
1846             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1847             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1848             created
1849           </li>
1850
1851         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1852         <ul>
1853         </ul> <em>General</em>
1854         <ul>
1855         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1856         <ul>
1857           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1858             memory allocation</li>
1859           <li>launchApp service doesn't automatically open
1860             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1861           <li>
1862             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1863             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1864             1.7_055 is available
1865           </li>
1866         </ul> <em>Application Known issues</em>
1867         <ul>
1868           <li>
1869             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1870             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1871             alignment to right
1872           </li>
1873           <li>
1874             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1875             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1876             with large number of ID
1877           </li>
1878           <li>
1879             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1880             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1881             start/end
1882           </li>
1883           <li>
1884             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1885             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1886             structure tracks are rearranged
1887           </li>
1888           <li>
1889             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1890             invalid rna structure positional highlighting does not
1891             highlight position of invalid base pairs
1892           </li>
1893           <li>
1894             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1895             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1896             project from alignment window file menu
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1900             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1901             structures
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1905             colour by RNA Helices not enabled when user created
1906             annotation added to alignment
1907           </li>
1908           <li>
1909             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1910             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1911           </li>
1912         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1913         <ul>
1914           <li>
1915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1916             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1917           </li>
1918           <li>
1919             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1920             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1921           </li>
1922
1923           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1924             when selected</li>
1925         </ul>
1926       </td>
1927     </tr>
1928     <tr>
1929       <td><div align="center">
1930           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1931         </div></td>
1932       <td>
1933         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1934         <em>General</em>
1935         <ul>
1936           <li>Internationalisation of user interface (usually
1937             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1938           <li>Define/Undefine group on current selection with
1939             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1940           <li>Improved group creation/removal options in
1941             alignment/sequence Popup menu</li>
1942           <li>Sensible precision for symbol distribution
1943             percentages shown in logo tooltip.</li>
1944           <li>Annotation panel height set according to amount of
1945             annotation when alignment first opened</li>
1946         </ul> <em>Application</em>
1947         <ul>
1948           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1949             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1950           <li>Select columns containing particular features from
1951             Feature Settings dialog</li>
1952           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1953             sequences</li>
1954           <li>Update Jalview project format:
1955             <ul>
1956               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1957               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1958                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1959               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1960                 colouring</li>
1961             </ul>
1962           </li>
1963           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1964             (PAM250)</li>
1965           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1966             flanking regions for an alignment</li>
1967         </ul>
1968       </td>
1969       <td>
1970         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1971         <ul>
1972           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1973             running after job is cancelled</li>
1974           <li>cannot export features from alignments imported from
1975             Jalview/VAMSAS projects</li>
1976           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1977             float values</li>
1978           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1979             have 'display all symbols' flag set</li>
1980           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1981             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1982           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1983             Jalview</li>
1984           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1985             Lion/Webstart</li>
1986           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1987           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1988           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1989             alignment onto desktop</li>
1990           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1991             'extract scores' function</li>
1992           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1993             alignment window</li>
1994           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1995             performing IUPred disorder prediction</li>
1996           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1997             changing 'normalise logo' display setting</li>
1998           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1999             nothing matches query</li>
2000           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2001             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2002           </li>
2003           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2004             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2005           </li>
2006           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2007             Jalview's menu</li>
2008           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2009             'invalid literal/length code'</li>
2010           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2011             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2012           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2013             colourscheme</li>
2014
2015         </ul> <em>Applet</em>
2016         <ul>
2017           <li>Remove group option is shown even when selection is
2018             not a group</li>
2019           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2020             don't affect groups</li>
2021           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2022             colourscheme name</li>
2023           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2024             Annotation panel is not displayed</li>
2025           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2026             embedded windows</li>
2027         </ul> <em>Other</em>
2028         <ul>
2029           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2030             single sequence were not calculated</li>
2031           <li>annotation files that contain only groups imported as
2032             annotation and junk sequences</li>
2033           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2034             recognised as PFAM or BLC</li>
2035           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2036             doesn't affect background (2.8.0b1)
2037           <li></li>
2038           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2039           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2040             trailing gaps</li>
2041           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2042             registered correctly on import</li>
2043           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2044             certain alignments</li>
2045           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2046             existing annotation based 'use original colours'
2047             colourscheme loses original colours setting</li>
2048         </ul>
2049       </td>
2050     </tr>
2051     <tr>
2052       <td><div align="center">
2053           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2054             <em>30/1/2014</em></strong>
2055         </div></td>
2056       <td>
2057         <ul>
2058           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2059             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2060             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2061             open source project).
2062           </li>
2063           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2064           <li>Output in Stockholm format</li>
2065           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2066           <li>Export/import group and sequence associated line
2067             graph thresholds</li>
2068           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2069             ambiguity codes</li>
2070           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2071             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2072             works</li>
2073           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2074         </ul> <em>Other improvements</em>
2075         <ul>
2076           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2077           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2078             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2079           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2080             files</li>
2081           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2082           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2083             link but no description</li>
2084           <li>Select primary source when selecting authority in
2085             database fetcher GUI</li>
2086           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2087             Jalview</li>
2088           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2089         </ul>
2090       </td>
2091       <td>
2092         <ul>
2093           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2094             displayed</li>
2095           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2096             secondary structure annotation line</li>
2097           <li>Sequence database accessions not imported when
2098             fetching alignments from Rfam</li>
2099           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2100             identical IDs</li>
2101           <li>View all structures does not always superpose
2102             structures</li>
2103           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2104             reflect user or preset settings</li>
2105           <li>Null pointer exceptions for some services without
2106             presets or adjustable parameters</li>
2107           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2108             discover PDB xRefs</li>
2109           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2110             features with DAS</li>
2111           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2112             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2113           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2114             residue follows a gap</li>
2115           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2116             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2117           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2118             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2119           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2120             annotation already exists on alignment</li>
2121           <li>oninit javascript function should be called after
2122             initialisation completes</li>
2123           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2124             alignment window display</li>
2125           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2126           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2127             to annotation file</li>
2128           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2129             groups created</li>
2130           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2131             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2132           <li>Pressing return several times causes Number Format
2133             exceptions in keyboard mode</li>
2134           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2135             correct partitions for input data</li>
2136           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2137           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2138           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2139           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2140             mode</li>
2141           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2142             changes one row&#39;s threshold</li>
2143           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2144             doesn&#39;t open</li>
2145           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2146             quality histograms</li>
2147         </ul>
2148       </td>
2149     </tr>
2150     <tr>
2151       <td><div align="center">
2152           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2153         </div></td>
2154       <td><em>Application</em>
2155         <ul>
2156           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2157             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2158           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2159             preferences</li>
2160           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2161             in Jalview alignment window</li>
2162           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2163             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2164           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2165             RNA and ambiguity codes</li>
2166
2167           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2168           <li>Support fetching and database reference look up
2169             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2170             refs')</li>
2171           <li>Jalview project improvements
2172             <ul>
2173               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2174                 flag for annotation</li>
2175               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2176                 alignment</li>
2177               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2178                 Jalview project</li>
2179
2180             </ul>
2181           </li>
2182           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2183           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2184             running</li>
2185           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2186           <li>visual indication that web service results are still
2187             being retrieved from server</li>
2188           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2189             starts up for first time</li>
2190           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2191             services</li>
2192           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2193             client library</li>
2194           <li>Examples directory and Groovy library included in
2195             InstallAnywhere distribution</li>
2196         </ul> <em>Applet</em>
2197         <ul>
2198           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2199             visualization applet example</li>
2200         </ul> <em>General</em>
2201         <ul>
2202           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2203           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2204             defaults</li>
2205           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2206             calculation</li>
2207           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2208             matrices
2209           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2210             in HTML</li>
2211           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2212             structure contacts</li>
2213           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2214           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2215           <li>Parse sequence associated secondary structure
2216             information in Stockholm files</li>
2217           <li>HTML Export database accessions and annotation
2218             information presented in tooltip for sequences</li>
2219           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2220             style RNA alignment files</li>
2221           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2222             alignment</li>
2223           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2224             shade each sequence according to its associated alignment
2225             annotation</li>
2226           <li>New Jalview Logo</li>
2227         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2228         <ul>
2229           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2230           <li>New Website!</li>
2231         </ul></td>
2232       <td><em>Application</em>
2233         <ul>
2234           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2235             wsdbfetch REST service</li>
2236           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2237           <li>Filetype associations not installed for webstart
2238             launch</li>
2239           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2240             job execution in full once it is complete</li>
2241           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2242             uploaded via ali_file parameter</li>
2243           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2244           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2245           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2246             submitted for prediction</li>
2247           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2248             desktop window</li>
2249           <li>Putting fractional value into integer text box in
2250             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2251           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2252             windows 7</li>
2253           <li>View all structures fails with exception shown in
2254             structure view</li>
2255           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2256             escaped in a platform independent way</li>
2257           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2258             using proxy</li>
2259           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2260             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2261           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2262             failure when java web start temporary file caching is
2263             disabled</li>
2264           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2265             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2266           <li>Errors during processing of command line arguments
2267             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2268           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2269             DAS sources in sequence fetcher</li>
2270           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2271             dialog is shown</li>
2272           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2273           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2274           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2275           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2276             on OSX Mountain Lion</li>
2277           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2278             sequences with alignment annotation are pasted into the
2279             alignment</li>
2280           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2281             when loaded from Jalview project</li>
2282           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2283           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2284             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2285           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2286             associated with all views</li>
2287           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2288             annotation rows to new window</li>
2289         </ul> <em>Applet</em>
2290         <ul>
2291           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2292             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2293           <li>loading features via javascript API automatically
2294             enables feature display</li>
2295           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2296             work</li>
2297         </ul> <em>General</em>
2298         <ul>
2299           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2300           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2301             and then deselected</li>
2302           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2303           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2304             coloured with clustalx</li>
2305           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2306             exceptions and redraw errors</li>
2307           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2308             reconfigured view</li>
2309           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2310             colour</li>
2311           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2312             for lots of labels</li>
2313         </ul>
2314     </tr>
2315     <tr>
2316       <td>
2317         <div align="center">
2318           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2319         </div>
2320       </td>
2321       <td><em>Application</em>
2322         <ul>
2323           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2324           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2325           <li>View/alignment association menu to enable user to
2326             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2327             its colours/correspondences from</li>
2328           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2329           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2330             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2331           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2332           <li>Annotation row column label formatting attributes
2333             stored in project file</li>
2334           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2335             rows preserved in Jalview project file</li>
2336           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2337             saved using Desktop window menu</li>
2338           <li>Visual indication that command line arguments are
2339             still being processed</li>
2340           <li>Groovy script execution from URL</li>
2341           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2342             preferences</li>
2343           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2344             alignment with sequences that have high similarity and
2345             matching IDs</li>
2346           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2347           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2348             structures in same window</li>
2349           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2350           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2351             analysis function in its own submenu</li>
2352         </ul> <em>Applet</em>
2353         <ul>
2354           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2355             groups</li>
2356           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2357           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2358           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2359           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2360           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2361             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2362           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2363           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2364             parameters are treated as such</li>
2365           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2366             <ul>
2367               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2368               <li>Javascript callbacks for
2369                 <ul>
2370                   <li>Applet initialisation</li>
2371                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2372                 </ul>
2373               </li>
2374               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2375                 functions</li>
2376               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2377               <li>javascript structure viewer harness to pass
2378                 messages between Jmol and Jalview when running as
2379                 distinct applets</li>
2380               <li>sortBy method</li>
2381               <li>Set of applet and application examples shipped
2382                 with documentation</li>
2383               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2384                 javascript message exchange</li>
2385             </ul>
2386         </ul> <em>General</em>
2387         <ul>
2388           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2389             multiple alignments</li>
2390           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2391           <li>User configurable link to enable redirects to a
2392             www.Jalview.org mirror</li>
2393           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2394           <li>Configurable newline string when writing alignment
2395             and other flat files</li>
2396           <li>Allow alignment annotation description lines to
2397             contain html tags</li>
2398         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2399         <ul>
2400           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2401             examples</li>
2402           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2403             using a web service before displaying the result in the
2404             Jalview desktop</li>
2405           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2406           <li>Ant target to publish example html files with applet
2407             archive</li>
2408           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2409           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2410         </ul></td>
2411       <td><em>Application</em>
2412         <ul>
2413           <li>User defined colourscheme throws exception when
2414             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2415           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2416             dialog for valid filename/format</li>
2417           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2418           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2419             P37173</li>
2420           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2421             which sequence is to be associated with the file</li>
2422           <li>Find All raises null pointer exception when query
2423             only matches sequence IDs</li>
2424           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2425           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2426             2.4 cannot be loaded</li>
2427           <li>Filetype associations not installed for webstart
2428             launch</li>
2429           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2430             with sequences in different alignments do not get coloured
2431             by their associated sequence</li>
2432           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2433             not preserved when project is loaded</li>
2434           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2435             stored in Jalview project</li>
2436           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2437             Jalview project</li>
2438           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2439           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2440             by conservation</li>
2441           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2442             created on new view</li>
2443           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2444             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2445           <li>Alignment quality not updated after alignment
2446             annotation row is hidden then shown</li>
2447           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2448             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2449           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2450             properly</li>
2451           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2452             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2453           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2454           <li>Structures imported from file and saved in project
2455             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2456           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2457             job execution in full once it is complete</li>
2458         </ul> <em>Applet</em>
2459         <ul>
2460           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2461             annotation rows are displayed</li>
2462           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2463             codebase</li>
2464           <li>View follows highlighting does not work for positions
2465             in sequences</li>
2466           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2467           <li>Export features raises exception when no features
2468             exist</li>
2469           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2470             for javascript api is modified when separator string
2471             provided as parameter</li>
2472           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2473             alignment with no existing selection</li>
2474           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2475             to applet&#39;s codebase</li>
2476           <li>Status bar not updated after finished searching and
2477             search wraps around to first result</li>
2478           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2479             several Jalview applets causes race conditions and memory
2480             leaks</li>
2481           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2482             not sent from Jmol in applet</li>
2483           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2484             applet API fatally hang browser</li>
2485         </ul> <em>General</em>
2486         <ul>
2487           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2488             position with wrapped view and hidden regions</li>
2489           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2490             with/without hidden columns</li>
2491           <li>Sequence length given in alignment properties window
2492             is off by 1</li>
2493           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2494             import PDB like structure files</li>
2495           <li>Positional search results are only highlighted
2496             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2497           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2498           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2499             given sequence position</li>
2500           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2501             output</li>
2502           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2503             from nucleotide chains correctly</li>
2504           <li>Structure colours not updated when tree partition
2505             changed in alignment</li>
2506           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2507             parsed in interleaved stockholm</li>
2508           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2509             state</li>
2510           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2511             properly</li>
2512           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2513             properly associated with their pdb files</li>
2514         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2515         <ul>
2516           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2517             ApplyCopyright tool</li>
2518         </ul></td>
2519     </tr>
2520     <tr>
2521       <td>
2522         <div align="center">
2523           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2524         </div>
2525       </td>
2526       <td><em>Application</em>
2527         <ul>
2528           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2529             contact web services</li>
2530           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2531             service job window</li>
2532           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2533         </ul></td>
2534       <td>
2535         <ul>
2536           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2537             pir file emitted by Jalview</li>
2538           <li>Existing feature settings transferred to new
2539             alignment view created from cut'n'paste</li>
2540           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2541             parsing PDB files</li>
2542           <li>Consensus and conservation annotation rows
2543             occasionally become blank for all new windows</li>
2544           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2545             in wrapped view mode</li>
2546         </ul> <em>Application</em>
2547         <ul>
2548           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2549             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2550           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2551             parameter names</li>
2552           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2553             is down</li>
2554         </ul>
2555       </td>
2556     </tr>
2557     <tr>
2558       <td>
2559         <div align="center">
2560           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2561         </div>
2562       </td>
2563       <td><em>Application</em>
2564         <ul>
2565           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2566             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2567             (JABAWS)
2568           </li>
2569           <li>Web Services preference tab</li>
2570           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2571             preferences</li>
2572           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2573           <li>Superpose structures using associated sequence
2574             alignment</li>
2575           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2576             viewer</li>
2577         </ul> <em>Applet</em>
2578         <ul>
2579           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2580             link out mechanism</li>
2581         </ul> <em>Other</em>
2582         <ul>
2583           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2584             series 12</li>
2585           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2586             require Java 1.5</li>
2587           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2588             sequence annotation files</li>
2589           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2590             type colour specification</li>
2591           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2592             script to check if it being run in an interactive session or
2593             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2594         </ul></td>
2595       <td>
2596         <ul>
2597           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2598             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2599         </ul> <em>Application</em>
2600         <ul>
2601           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2602             selected Regions menu item</li>
2603           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2604             part of a valid accession ID</li>
2605           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2606             runs out of memory</li>
2607           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2608             analysis results</li>
2609           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2610             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2611           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2612         </ul> <em>Applet</em>
2613         <ul>
2614           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2615             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2616             defined.</li>
2617         </ul>
2618       </td>
2619     </tr>
2620     <tr>
2621       <td>
2622         <div align="center">
2623           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2624         </div>
2625       </td>
2626       <td></td>
2627       <td>
2628         <ul>
2629           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2630             sequence IDs</li>
2631           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2632             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2633           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2634             import correctly</li>
2635           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2636             number of columns are hidden</li>
2637           <li>annotation label popup menu not providing correct
2638             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2639             present</li>
2640           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2641             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2642           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2643             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2644
2645         </ul> <em>Applet</em>
2646         <ul>
2647           <li>annotation panel disappears when annotation is
2648             hidden/removed</li>
2649         </ul> <em>Application</em>
2650         <ul>
2651           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2652             alignment opened where annotation panel is visible but no
2653             annotations are present on alignment</li>
2654           <li>pasted region containing hidden columns is
2655             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2656           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2657             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2658           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2659             selected Rregions menu item.</li>
2660           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2661             'Un' or 'Non'conserved</li>
2662           <li>Sequence feature settings are being shared by
2663             multiple distinct alignments</li>
2664           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2665             changed</li>
2666           <li>double click on group annotation to select sequences
2667             does not propagate to associated trees</li>
2668           <li>Mac OSX specific issues:
2669             <ul>
2670               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2671                 window background</li>
2672               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2673                 name set correctly</li>
2674               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2675                 save feature colourscheme button</li>
2676             </ul>
2677           </li>
2678         </ul>
2679       </td>
2680     </tr>
2681     <tr>
2682
2683       <td>
2684         <div align="center">
2685           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2686         </div>
2687       </td>
2688       <td><em>New Capabilities</em>
2689         <ul>
2690           <li>URL links generated from description line for
2691             regular-expression based URL links (applet and application)
2692
2693           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2694             menu</li>
2695           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2696             structures</li>
2697           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2698             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2699           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2700             average score or total feature count for each sequence.</li>
2701           <li>Shading features by score or associated description</li>
2702           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2703             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2704           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2705             hide everything but the currently selected region.</li>
2706           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2707         </ul> <em>Application</em>
2708         <ul>
2709           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2710             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2711           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2712             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2713           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2714             database references and protein_name is parsed as
2715             description line (BioSapiens terms).</li>
2716           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2717             references in sequence ID tooltip from View menu in
2718             application.</li>
2719           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2720       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2721           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2722             conservation plots</li>
2723           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2724             and visualized as sequence logos</li>
2725           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2726             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2727           </li>
2728           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2729             when a new tree is opened.</li>
2730           <li>Jalview Java Console</li>
2731           <li>Better placement of desktop window when moving
2732             between different screens.</li>
2733           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2734             consensus annotation</li>
2735           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2736             Workflows</li>
2737           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2738             <ul>
2739               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2740                 used to preserve views, structures, and tree display
2741                 settings)</li>
2742               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2743                 command line</li>
2744               <li>Sharing of selected regions between views and
2745                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2746               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2747             </ul></li>
2748         </ul> <em>Applet</em>
2749         <ul>
2750           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2751           <li>New Parameters
2752             <ul>
2753               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2754                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2755                 opened.</li>
2756               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2757                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2758               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2759                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2760               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2761                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2762                 view</li>
2763               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2764                 increase the height or width of a cell in the alignment
2765                 grid relative to the current font size.</li>
2766             </ul>
2767           </li>
2768           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2769             tooltip</li>
2770         </ul> <em>Other</em>
2771         <ul>
2772           <li>Features format: graduated colour definitions and
2773             specification of feature scores</li>
2774           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2775             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2776             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2777           <li>XML formats extended to support graduated feature
2778             colourschemes, group associated annotation, and profile
2779             visualization settings.</li></td>
2780       <td>
2781         <ul>
2782           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2783             rather than description</li>
2784           <li>Non-positional features are now included in sequence
2785             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2786             visibility in tooltip).</li>
2787           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2788           <li>Added URL embedding instructions to features file
2789             documentation.</li>
2790           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2791             'X' in peptide product</li>
2792           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2793             sequence ID and sequence string and query strings do not
2794             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2795           <li>AMSA files only contain first column of
2796             multi-character column annotation labels</li>
2797           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2798             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2799             exported and re-imported)</li>
2800           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2801             name</li>
2802           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2803             as subsequence matches, and correctly reports total number
2804             of both.</li>
2805           <li>Application:
2806             <ul>
2807               <li>Better handling of exceptions during sequence
2808                 retrieval</li>
2809               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2810                 link text excludes the start_end suffix</li>
2811               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2812                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2813               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2814               <li>Sequence description lines properly shared via
2815                 VAMSAS</li>
2816               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2817                 data sources</li>
2818               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2819                 completes before alignment figures are generated.</li>
2820               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2821                 first time.</li>
2822               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2823                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2824               <li>User defined group colours properly recovered
2825                 from Jalview projects.</li>
2826             </ul>
2827           </li>
2828         </ul>
2829       </td>
2830
2831     </tr>
2832     <tr>
2833       <td>
2834         <div align="center">
2835           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2836         </div>
2837       </td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>Experimental support for google analytics usage
2841             tracking.</li>
2842           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2843         </ul>
2844       </td>
2845       <td>
2846         <ul>
2847           <li>Race condition in applet preventing startup in
2848             jre1.6.0u12+.</li>
2849           <li>Exception when feature created from selection beyond
2850             length of sequence.</li>
2851           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2852           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2853             all sequences with a given id</li>
2854           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2855             ID string searches</li>
2856           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2857             alignment to fail with exception</li>
2858         </ul> <em>Application Issues</em>
2859         <ul>
2860           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2861           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2862             data sources</li>
2863         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2864         <ul>
2865           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2866             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2867           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2868             version (java class versioning error fixed)</li>
2869         </ul>
2870       </td>
2871     </tr>
2872     <tr>
2873       <td>
2874
2875         <div align="center">
2876           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2877         </div>
2878       </td>
2879       <td><em>User Interface</em>
2880         <ul>
2881           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2882             translation and protein products</li>
2883           <li>Linked highlighting of structure associated with
2884             residue mapping to codon position</li>
2885           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2886             and 'clear' button</li>
2887           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2888             Tools menu</li>
2889           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2890             numeric data in description line</li>
2891           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2892           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2893             of sequence</li>
2894         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2895         <ul>
2896           <li>JPred3 web service</li>
2897           <li>Prototype sequence search client (no public services
2898             available yet)</li>
2899           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2900             PFAM</li>
2901           <li>URL Links created for matching database cross
2902             references as well as sequence ID</li>
2903           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2904         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2905         <ul>
2906           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2907             databases</li>
2908           <li>Generalised database reference retrieval and
2909             validation to all fetchable databases</li>
2910           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2911             sequence command</li>
2912         </ul> <em>Import and Export</em>
2913         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2914         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2915           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2916         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2917           File</li>
2918         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2919           triplet as name of colourscheme</li>
2920         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2921         <ul>
2922           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2923           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2924             alignments (experimental)</li>
2925           <li>Create new or select existing session to join</li>
2926           <li>load and save of vamsas documents</li>
2927         </ul> <em>Application command line</em>
2928         <ul>
2929           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2930             from applet)</li>
2931           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2932             of DAS servers to query for alignment features</li>
2933           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2934             that are also automatically queried for features</li>
2935           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2936             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2937         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2938         <ul>
2939           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2940             application (when using &quot;View in full
2941             application&quot;)</li>
2942         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2943         <ul>
2944           <li>feature group display control parameter</li>
2945           <li>debug parameter</li>
2946           <li>showbutton parameter</li>
2947         </ul> <em>Applet API methods</em>
2948         <ul>
2949           <li>newView public method</li>
2950           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2951           <li>Feature display control methods</li>
2952           <li>get list of currently selected sequences</li>
2953         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2954         <ul>
2955           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2956           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2957             Jalview release.</li>
2958           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2959             property controls execution of obfuscator</li>
2960           <li>Build target for generating source distribution</li>
2961           <li>Debug flag for javacc</li>
2962           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2963             jalview.bin.Cache</li>
2964           <li>Continuous Build Integration for stable and
2965             development version of Application, Applet and source
2966             distribution</li>
2967         </ul></td>
2968       <td>
2969         <ul>
2970           <li>selected region output includes visible annotations
2971             (for certain formats)</li>
2972           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2973             for editing</li>
2974           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2975           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2976           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2977           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2978             comments</li>
2979           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2980             filenames containing a ':'</li>
2981           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2982             global sequence features</li>
2983           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2984             references from alignment sequences goes to zero</li>
2985           <li>Close of tree branch colour box without colour
2986             selection causes cascading exceptions</li>
2987           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2988           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2989             file parsing fails.</li>
2990           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2991           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2992             not a valid output format</li>
2993           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2994             vamsas</li>
2995           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2996           <li>error messages passed up and output when data read
2997             fails</li>
2998           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2999             sequence is edited</li>
3000           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3001             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3002           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3003             filetype</li>
3004           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3005             import fixed for PFAM records</li>
3006           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3007             window list</li>
3008           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3009             can be read and written correctly to annotation file</li>
3010           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3011             correctly</li>
3012           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3013             non-italic font for representatives in Applet</li>
3014           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3015             Macs.</li>
3016           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3017             Applet)</li>
3018           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3019             due to null pointer exceptions</li>
3020           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3021             first column of alignment</li>
3022           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3023             July 2008</li>
3024           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3025             file is case-insensitive</li>
3026           <li>Sequence features read from Features file appended to
3027             all sequences with matching IDs</li>
3028           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3029             containing a sub-sequence</li>
3030           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3031           <li>feature and annotation file applet parameters
3032             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3033           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3034           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3035             splash-screen version check to complete</li>
3036           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3037             when passing them to the launchApp service</li>
3038           <li>display name and local features preserved in results
3039             retrieved from web service</li>
3040           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3041             sequence fetcher initialisation</li>
3042           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3043             dasobert DAS client</li>
3044           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3045             association</li>
3046           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3047             sequences
3048           </li>
3049         </ul>
3050       </td>
3051     </tr>
3052     <tr>
3053       <td>
3054         <div align="center">
3055           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3056         </div>
3057       </td>
3058       <td>
3059         <ul>
3060           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3061           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3062           <li>Slide sequences</li>
3063           <li>Edit sequence in place</li>
3064           <li>EMBL CDS features</li>
3065           <li>DAS Feature mapping</li>
3066           <li>Feature ordering</li>
3067           <li>Alignment Properties</li>
3068           <li>Annotation Scores</li>
3069           <li>Sort by scores</li>
3070           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3071         </ul>
3072       </td>
3073       <td>
3074         <ul>
3075           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3076           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3077           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3078           <li>Feature group display state in XML</li>
3079           <li>Feature ordering in XML</li>
3080           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3081           <li>Stockholm alignment properties</li>
3082           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3083           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3084           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3085           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3086         </ul>
3087       </td>
3088
3089     </tr>
3090     <tr>
3091       <td>
3092         <div align="center">
3093           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3094         </div>
3095       </td>
3096       <td>
3097         <ul>
3098           <li>Non standard characters can be read and displayed
3099           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3100             applet via textbox
3101           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3102             name &amp; description
3103           <li>Preference setting to display sequence name in
3104             italics
3105           <li>Annotation file format extended to allow
3106             Sequence_groups to be defined
3107           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3108             specified in preferences
3109           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3110             sequences
3111         </ul>
3112       </td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3116             installed
3117           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3118           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3119         </ul>
3120       </td>
3121     </tr>
3122     <tr>
3123       <td>
3124         <div align="center">
3125           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3126         </div>
3127       </td>
3128       <td>
3129         <ul>
3130           <li>Multiple views on alignment
3131           <li>Sequence feature editing
3132           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3133           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3134           <li>Background dependent text colour
3135           <li>Right align sequence ids
3136           <li>User-defined lower case residue colours
3137           <li>Format Menu
3138           <li>Select Menu
3139           <li>Menu item accelerator keys
3140           <li>Control-V pastes to current alignment
3141           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3142           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3143           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3144
3145           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3146         </ul>
3147       </td>
3148       <td>
3149         <ul>
3150           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3151           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3152             calculations
3153           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3154             edits
3155           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3156             of alignment)
3157           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3158
3159           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3160             display correctly
3161           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3162           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3163             analysis results
3164           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3165             &#8739;
3166           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3167           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3168           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3169
3170         </ul>
3171       </td>
3172     </tr>
3173     <tr>
3174       <td>
3175         <div align="center">
3176           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3177         </div>
3178       </td>
3179       <td>
3180         <ul>
3181           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184       <td>
3185         <ul>
3186           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3187             sequence id panel has been resized</li>
3188           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3189             rendered</li>
3190           <li>Annotation files with sequence references - all
3191             elements in file are relative to sequence position</li>
3192           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3193         </ul>
3194       </td>
3195     </tr>
3196     <tr>
3197       <td>
3198         <div align="center">
3199           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3200         </div>
3201       </td>
3202       <td>
3203         <ul>
3204           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3205           <li>DAS Feature fetching</li>
3206           <li>Hide sequences and columns</li>
3207           <li>Export Annotations and Features</li>
3208           <li>GFF file reading / writing</li>
3209           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3210             files</li>
3211           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3212           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3213           <li>Applet can launch the full application</li>
3214           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3215             required)</li>
3216           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3217           <li>Applet can load sequences from parameter
3218             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3219           </li>
3220         </ul>
3221       </td>
3222       <td>
3223         <ul>
3224           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3225           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3226           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3227         </ul>
3228       </td>
3229     </tr>
3230     <tr>
3231       <td>
3232         <div align="center">
3233           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3234         </div>
3235       </td>
3236       <td>
3237         <ul>
3238           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3239           <li>Choose to match case when searching</li>
3240           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3241             expand the visible width and height of the alignment</li>
3242         </ul>
3243       </td>
3244       <td>
3245         <ul>
3246           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3247         </ul>
3248       </td>
3249     </tr>
3250     <tr>
3251       <td>
3252         <div align="center">
3253           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3254         </div>
3255       </td>
3256       <td>&nbsp;</td>
3257       <td>
3258         <ul>
3259           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3260           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3261             value</li>
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td>
3267         <div align="center">
3268           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3269         </div>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3274           <li>Keyboard editing</li>
3275           <li>Create sequence features from searches</li>
3276           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3277             alignments</li>
3278           <li>Features file allows grouping of features</li>
3279           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3280           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3281           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3282         </ul>
3283       </td>
3284       <td>
3285         <ul>
3286           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3287           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3288             descriptions saved.</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td>
3294         <div align="center">
3295           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3296         </div>
3297       </td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3301           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3302           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3303             name for file output</li>
3304           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3305           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3306             used for HTML form input</li>
3307         </ul>
3308       </td>
3309       <td>
3310         <ul>
3311           <li>HTML output writes groups and features</li>
3312           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3313           <li>File IO bugs</li>
3314         </ul>
3315       </td>
3316     </tr>
3317     <tr>
3318       <td>
3319         <div align="center">
3320           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3321         </div>
3322       </td>
3323       <td>
3324         <ul>
3325           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3326           <li>More options for PCA viewer</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329       <td>
3330         <ul>
3331           <li>GUI bugs resolved</li>
3332           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335     </tr>
3336     <tr>
3337       <td height="63">
3338         <div align="center">
3339           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3340         </div>
3341       </td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3345           <li>Jar files are executable</li>
3346           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349       <td>
3350         <ul>
3351           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3352           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3353           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358       <td>
3359         <div align="center">
3360           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3361         </div>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3366         </ul>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td>
3376         <div align="center">
3377           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3378         </div>
3379       </td>
3380       <td>
3381         <ul>
3382           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3383             size</li>
3384         </ul>
3385       </td>
3386       <td>
3387         <ul>
3388           <li>Improved JPred client reliability</li>
3389           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392     </tr>
3393     <tr>
3394       <td>
3395         <div align="center">
3396           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3397         </div>
3398       </td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3402           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3403           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3404             to Colour Menu</li>
3405           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3406           <li>Unix users can set default web browser</li>
3407           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3408           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411       <td>
3412         <ul>
3413           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3414         </ul>
3415       </td>
3416     </tr>
3417     <tr>
3418       <td>
3419         <div align="center">
3420           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3421         </div>
3422       </td>
3423       <td>&nbsp;</td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3427             alignment order.</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430     </tr>
3431     <tr>
3432       <td>
3433         <div align="center">
3434           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3435         </div>
3436       </td>
3437       <td>
3438         <ul>
3439           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3440           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3441           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3442             annotations.</li>
3443           <li>Version and build date written to build properties
3444             file.</li>
3445           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3446             at launch of Jalview.</li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3452           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3453           <li>Can remove groups one by one.</li>
3454           <li>Filechooser icons installed.</li>
3455           <li>Finder ignores return character when searching.
3456             Return key will initiate a search.<br>
3457           </li>
3458         </ul>
3459       </td>
3460     </tr>
3461     <tr>
3462       <td>
3463         <div align="center">
3464           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3465         </div>
3466       </td>
3467       <td>
3468         <ul>
3469           <li>New codebase</li>
3470         </ul>
3471       </td>
3472       <td>&nbsp;</td>
3473     </tr>
3474   </table>
3475   <p>&nbsp;</p>
3476 </body>
3477 </html>