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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94           </ul>
  95           <em>Application</em>
  96           <ul>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2447 -->
  99               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 100               menu to hide or show untested features in the application.
 101             </li>
 102             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 103           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 104           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 105           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 106           </ul>
 107           <em>Experimental features</em>
 108           <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 111               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 112               features, and vice-versa.
 113             </li>
 114           </ul>
 115           <em>Applet</em>
 116           <ul>
 117           <li><!--  --></li>
 118           </ul>
 119           <em>Test Suite</em>
 120           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 121           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 122           <li><!--  -->
 123           </ul>
 124           </div></td><td><div align="left">
 125           <em>General</em>
 126           <ul>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 129               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 130               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 134               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 135               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 136               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 137               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 138               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 139               Jalview's PCAs were different to those produced by
 140               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 141               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 142               behaviour<br />
 143               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 144               2.10.1 mode<br />
 145               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 146               restore 2.10.2 mode
 147             </li>
 148             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 149           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 150           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 151           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 152           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 153           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 154           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 155           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 156           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 157           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 158           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 159           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 160           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 161           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 162           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 163           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 164           </ul>
 165           <em>Application</em>
 166           <ul>
 167           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 168           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 169           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 170           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 171           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 172           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 173           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 174           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 175           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 176           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 177           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 178           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 181               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 182               the project is loaded and the structure viewed
 183             </li>
 184           </ul>
 185           <em>Applet</em>
 186           <ul>
 187           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 188           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 189           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 190           </ul>
 191           <em>New Known Issues</em>
 192           <ul>
 193           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 194           <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 195           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 196           </ul>
 197
 198           </div>
 199     <tr>
 200       <td width="60" nowrap>
 201         <div align="center">
 202           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 203             <em>29/11/2016</em></strong>
 204         </div>
 205       </td>
 206       <td><div align="left">
 207           <em>General</em>
 208           <ul>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 211               for all consensus calculations
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 215             </li>
 216             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 217               for 2016-2017</li>
 218           </ul>
 219           <em>Application</em>
 220           <ul>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 223               set of database cross-references, sorted alphabetically
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 227               from database cross references. Users with custom links
 228               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 229                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 233               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 234               Chimera session
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 238               the Chimera it is connected to is shut down
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 242               columns menu item to mark columns containing
 243               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 244               of a Find operation)
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 248               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 249               MSAviewer
 250             </li>
 251           </ul>
 252         </div></td>
 253       <td>
 254         <div align="left">
 255           <em>General</em>
 256           <ul>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 259               are not coloured or thresholded according to percent
 260               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 264               hydrophobic
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 268               threshold, amino acid properties)
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 272               reported as mapped to residues in a structure file in the
 273               View Mapping report
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 277               could be added multiple times to a sequence
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 281               bond features shown as two highlighted residues rather
 282               than a range in linked structure views, and treated
 283               correctly when selecting and computing trees from features
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 287               cross-references are matched to database name regardless
 288               of case
 289             </li>
 290
 291           </ul>
 292           <em>Application</em>
 293           <ul>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 296               names without regular expressions also offer links from
 297               Sequence ID
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 301               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 302               update Jalview configuration
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 306               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 310               files with similarly named sequences if dropped onto the
 311               alignment
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 315               entries where more chains exist in the PDB accession than
 316               are reported in the SIFTS file
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 320               the structure view when displayed with Chimera
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 324               panel's View->Show Chains submenu
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 328               work for wrapped alignment views
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 332               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 336               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 337               first annotation row
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 341               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 342             </li>
 343             <li>
 344             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 345             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 346           </ul>
 347 <!--           <em>New Known Issues</em>
 348           <ul>
 349             <li></li>
 350           </ul> -->
 351         </div>
 352       </td>
 353     </tr>
 354       <td width="60" nowrap>
 355         <div align="center">
 356           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 357             <em>25/10/2016</em></strong>
 358         </div>
 359       </td>
 360       <td><em>Application</em>
 361         <ul>
 362           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 363             view if structures already loaded</li>
 364           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 365             structure views</li>
 366         </ul></td>
 367       <td>
 368         <div align="left">
 369           <em>General</em>
 370           <ul>
 371             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 372               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 373             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 374               example sequences/projects/trees</li>
 375           </ul>
 376           <em>Application</em>
 377           <ul>
 378             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 379               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 380             <li>Multiple structure views can be opened and
 381               superposed without timeout for structures with multiple
 382               models or multiple sequences in alignment</li>
 383             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 384               a PDB ID HEADER line</li>
 385             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 386               superposition is performed</li>
 387             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 388               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 389             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 390             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 391               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 392               Refs UI option</li>
 393             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 394               view is created on the alignment</li>
 395             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 396               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 397               to open group pop-up menu</li>
 398           </ul>
 399           <em>Build and deployment</em>
 400           <ul>
 401             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 402               tags</li>
 403           </ul>
 404           <em>New Known Issues</em>
 405           <ul>
 406             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 407               work on Windows</li>
 408           </ul>
 409         </div>
 410       </td>
 411     </tr>
 412     <tr>
 413       <td width="60" nowrap>
 414         <div align="center">
 415           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 416         </div>
 417       </td>
 418       <td><em>General</em>
 419         <ul>
 420           <li>
 421           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 425             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 426             better PDB parsing.
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 430             reference sequence
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 434             mousing over sequence associated annotation
 435           </li>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 438             for manual entry
 439           </li>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 442             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 443             for each column
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 447             showing or hiding columns containing a feature
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 451             group and sequence associated annotation labels
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 455             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 456             dialogs
 457           </li>
 458
 459         </ul> <em>Application</em>
 460         <ul>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 463             gene/transcript view
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 467             dialog
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 471             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 475             Pfam sources to xfam.org
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 482             over sequences in Jalview
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 486             regions in ENA and EMBL
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 490             for record retrieval via ENA rest API
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 494             complement operator
 495           </li>
 496           <li>
 497             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 498             groovy script execution
 499           </li>
 500           <li>
 501             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 502             alignment window's Calculate menu
 503           </li>
 504           <li>
 505             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 506             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 507           </li>
 508           <li>
 509             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 510             calculation workers from groovy scripts
 511           </li>
 512           <li>
 513             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 514             Jalview projects
 515           </li>
 516           <li>
 517             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 518             associations are now saved/restored from project
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 522             before sequence fetcher is opened
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 526             database chooser opens a sequence fetcher
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 530             the UniProt REST API
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 534             the news reader opening
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 538             querying stored in preferences
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 542             search results
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 546           </li>
 547           <li>
 548             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 549             menu for nucleotide sequences
 550           </li>
 551           <li>
 552             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 553             and feature counts preserves alignment ordering (and
 554             debugged for complex feature sets).
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 558             viewing structures with Jalview 2.10
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 562             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 563             Ensembl Genomes REST API
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 567             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 568             (Ensembl)
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 572             sequences
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 576             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 577             data from external database records.
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 581             efficient recovery of sequence coding and alignment
 582             annotation relationships.
 583           </li>
 584         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 585         <ul>
 586           <li>
 587             -- JAL---
 588           </li>
 589         </ul> --></td>
 590       <td>
 591         <div align="left">
 592           <em>General</em>
 593           <ul>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 596               menu on OSX
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 600               includes graduated colourschemes
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 604               working with big alignments and lots of hidden columns
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 608               at right of alignment window
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 612               contents
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 616               for DNA alignments
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 620               based tree calculation
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 624               unconserved enabled for group on alignment
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 628               set as reference
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 632               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 633               annotation
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 637               hidden columns present
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 641               user created annotation added to alignment
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 645               '()' base pair annotation
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 649               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 650               Consensus
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 654               feature not working
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 658               beginning of sequence
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 662               entry 3a6s
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 666               from a tree when t-coffee scores are shown
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 670               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 674               some structures
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 678               to Clustal, PIR and PileUp output
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 682               not visible causes alignment window to repaint
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 686               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 687               scores associated with features and annotation rows
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 691               calculation should be case independent
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 695               columns
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 699               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 700               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 704               problems when reference sequence defined and 'show
 705               non-conserved' enabled
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 709               load even when Consensus calculation is disabled
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 713               alignment does nothing
 714             </li>
 715           </ul>
 716           <em>Application</em>
 717           <ul>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 720               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 721               yet fixed for El Capitan)
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 725               output when running on non-gb/us i18n platforms
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 729               hidden sequences as flat-file alignment
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 733               launching Chimera
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 737               (also hotfix for 2.9.0b2)
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 741               reference sequence defined
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 745               alignments and views when revealing hidden columns
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 749               view in a cDNA/Protein splitframe
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 753               sequence from project when only one sequence is
 754               represented
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 758               in Structure Chooser
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 762               structure consensus didn't refresh annotation panel
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 766               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 770               dialogs format columns correctly, don't display array
 771               data, sort columns according to type
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 775               file chooser is cancelled during an image export
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 779               sequence name containing special characters
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 783               case insensitive
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 787               formatting don't wrap
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 791               truncated so L looks like I in consensus annotation
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 795               currently displayed features for the current selection or
 796               view
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 800               after fetching cross-references, and restoring from project
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 804               followed in the structure viewer
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 808               splitframe not restored from project
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 812               trailing end of protein alignment in transcript/product
 813               splitview when pad-gaps not enabled by default
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 817               is case dependent
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 821               article has been read (reopened issue due to
 822               internationalisation problems)
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 826               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 827               cross-references
 828             </li>
 829
 830             <li>
 831               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 832               alignment as HTML
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 836               multiple structures are shown for one or more sequences.
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 840               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 841               is enabled.
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 845               specific PDB id for sequence
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 849               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 850               columns' is disabled.
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 854               selects lowest rather than highest resolution structures
 855               for each sequence
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 859               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 863               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 864             </li>
 865             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 866               after clicking on it to create new annotation for a
 867               column.
 868             </li>
 869             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 870             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 871           </ul>
 872           <em>Applet</em>
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 876               hidden columns present before start of sequence
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 880               (JSON jars)
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 884               sequences are hidden in applet
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 888               deployment on examples pages.
 889             </li>
 890           </ul>
 891         </div>
 892       </td>
 893     </tr>
 894     <tr>
 895       <td width="60" nowrap>
 896         <div align="center">
 897           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 898             <em>16/10/2015</em></strong>
 899         </div>
 900       </td>
 901       <td><em>General</em>
 902         <ul>
 903           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 904             jars</li>
 905         </ul></td>
 906       <td>
 907         <div align="left">
 908           <em>Application</em>
 909           <ul>
 910             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 911               shown when tree is partitioned</li>
 912             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 913               multiple cDNA/Protein split views</li>
 914           </ul>
 915         </div>
 916       </td>
 917     </tr>
 918     <tr>
 919       <td width="60" nowrap>
 920         <div align="center">
 921           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 922             <em>8/10/2015</em></strong>
 923         </div>
 924       </td>
 925       <td><em>General</em>
 926         <ul>
 927           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 928             2.9</li>
 929         </ul> <em>Application</em>
 930         <ul>
 931           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 932           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 933           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 934         </ul> <em>Applet</em>
 935         <ul>
 936           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 937         </ul><em>Build and Deployment</em>
 938         <ul>
 939           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 940         </ul></td>
 941       <td>
 942         <div align="left">
 943           <em>General</em>
 944           <ul>
 945             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 946               incorrect when sequence start > 1</li>
 947             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 948               documentation</li>
 949             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 950             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 951               loading a features file containing HTML tags in feature
 952               description</li>
 953
 954           </ul>
 955           <em>Application</em>
 956           <ul>
 957             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 958               reimport</li>
 959             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 960               with 'trim retrieved sequences'</li>
 961             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 962               deleting selected columns</li>
 963             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 964               JNLP templates for webstart launch</li>
 965             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 966               unreleased structures for download or viewing</li>
 967             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 968               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 969             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 970               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 971             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 972               recovered from jalview project</li>
 973             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 974               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 975               alignment view</li>
 976             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 977               color schemes from BioJSON</li>
 978           </ul>
 979           <em>Applet</em>
 980           <ul>
 981             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 982               frame</li>
 983             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 984           </ul>
 985         </div>
 986       </td>
 987     </tr>
 988     <tr>
 989       <td><div align="center">
 990           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 991         </div></td>
 992       <td><em>General</em>
 993         <ul>
 994           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 995             alignments:
 996             <ul>
 997               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 998                 and DNA alignment views</li>
 999               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1000                 cDNA alignment views</li>
1001               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1002                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1003               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1004                 protein sequences</li>
1005             </ul>
1006           </li>
1007           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1008           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1009             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1010           <li>New alignment annotation file statements for
1011             reference sequences and marking hidden columns</li>
1012           <li>Reference sequence based alignment shading to
1013             highlight variation</li>
1014           <li>Select or hide columns according to alignment
1015             annotation</li>
1016           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1017           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1018             acid conservation row</li>
1019           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1020         </ul> <em>Application</em>
1021         <ul>
1022           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1023             <ul>
1024               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1025                 view with cDNA/Protein</li>
1026               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1027                 sequences are placed in the same alignment</li>
1028               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1029                 projects</li>
1030             </ul>
1031           </li>
1032
1033           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1034           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1035             Jalview windows</li>
1036
1037           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1038           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1039           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1040             be shown in VARNA</li>
1041
1042           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1043             as the active selected region</li>
1044
1045           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1046             similarity</li>
1047           <li>New Export options
1048             <ul>
1049               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1050                 region export in flat file generation</li>
1051
1052               <li>Export alignment views for display with the <a
1053                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1054
1055               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1056               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1057                 alignment figures to HTML</li>
1058           </li>
1059           <li>3D structure retrieval and display
1060             <ul>
1061               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1062                 Search API</li>
1063               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1064                 PDB structures for a sequence set</li>
1065             </ul>
1066           </li>
1067
1068           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1069             predictions</li>
1070           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1071             for one or a group of sequences</li>
1072           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1073             from the JPred4 web server</li>
1074           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1075             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1076             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1077           </li>
1078           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1079             VARNA 2D Structure'</li>
1080           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1081             Structure ..."</li>
1082
1083         </ul> <em>Applet</em>
1084         <ul>
1085           <li>New layout for applet example pages</li>
1086           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1087             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1088           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1089             Protein alignments</li>
1090         </ul> <em>Development and deployment</em>
1091         <ul>
1092           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1093           <li>Include installation type and git revision in build
1094             properties and console log output</li>
1095           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1096             storing BioJsMSA Templates</li>
1097           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1098         </ul></td>
1099       <td>
1100         <!-- <em>General</em>
1101         <ul>
1102         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1103         <ul>
1104           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1105           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1106           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1107             predictions are not highlighted in amber</li>
1108           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1109             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1110           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1111             associated structure views</li>
1112           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1113             width checkbox not enabled</li>
1114           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1115             creating user defined colours</li>
1116           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1117             mappings for just that viewer's sequences</li>
1118           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1119             multiple models in Chimera</li>
1120           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1121             over Jmol structure</li>
1122           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1123             output to text box</li>
1124           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1125             have incorrect sequence start/end</li>
1126           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1127             Jalview fails</li>
1128           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1129             work for nucleotide</li>
1130           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1131             to a grey/invisible alignment window</li>
1132           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1133             imports to different position</li>
1134           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1135             on some platforms</li>
1136           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1137             populated</li>
1138           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1139             console if Chimera has been opened</li>
1140           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1141           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1142             retrieved</li>
1143           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1144           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1145             either sequence shows on first structure</li>
1146           <li>'Show annotations' options should not make
1147             non-positional annotations visible</li>
1148           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1149             in right place after 'view flanking regions'</li>
1150           <li>File Save As type unset when current file format is
1151             unknown</li>
1152           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1153             projects</li>
1154           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1155             responsive</li>
1156           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1157             several views on same alignment</li>
1158           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1159           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1160             spaces</li>
1161         </ul> <em>Applet</em>
1162         <ul>
1163           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1164           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1165             descriptions containing angle brackets</li>
1166         </ul> <em>General</em>
1167         <ul>
1168           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1169             via jalview annotation file</li>
1170           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1171             with RNA secondary structure</li>
1172           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1173             translation doesn't work.</li>
1174           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1175           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1176             positions</li>
1177           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1178             choosing 1pt font</li>
1179           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1180             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1181             'h'</li>
1182           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1183             new feature</li>
1184           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1185             order dependent</li>
1186           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1187             sequences</li>
1188           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1189         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1190         <ul>
1191           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1192             www.jalview.org</li>
1193         </ul> <em>Application Known issues</em>
1194         <ul>
1195           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1196           <li>Misleading message appears after trying to delete
1197             solid column.</li>
1198           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1199             version launches</li>
1200           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1201             fails with a sequence mismatch</li>
1202           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1203             scrolling alignment to right</li>
1204           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1205             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1206           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1207             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1208           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1209             ultra-high resolution</li>
1210           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1211             quality and conservation</li>
1212           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1213             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1214         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1215         <ul>
1216           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1217           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1218             window is being resized</li>
1219
1220         </ul>
1221       </td>
1222     </tr>
1223     <tr>
1224       <td><div align="center">
1225           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1226         </div></td>
1227       <td><em>General</em>
1228         <ul>
1229           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1230             Certum.PL.</li>
1231           <li>Features and annotation preserved when performing
1232             pairwise alignment</li>
1233           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1234             imported/exported/displayed</li>
1235           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1236             protein secondary structure</li>
1237           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1238               post-hoc with 2.9 release</em>)
1239           </li>
1240
1241         </ul> <em>Application</em>
1242         <ul>
1243           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1244             with 3D structures</li>
1245           <li>Support for parsing RNAML</li>
1246           <li>Annotations menu for layout
1247             <ul>
1248               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1249               <li>place sequence annotation above/below alignment
1250                 annotation</li>
1251             </ul>
1252           <li>Output in Stockholm format</li>
1253           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1254             translation</li>
1255           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1256           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1257             shared between alignments</li>
1258           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1259             Jalview</li>
1260           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1261             all or current selection</li>
1262           <li>disorder and secondary structure predictions
1263             available as dataset annotation</li>
1264           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1265
1266
1267           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1268             alignments from Rfam</li>
1269           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1270
1271           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1272             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1273           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1274           <li>include installation type in build properties and
1275             console log output</li>
1276           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1277             annotation</li>
1278         </ul></td>
1279       <td>
1280         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1281         <ul>
1282           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1283             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1284           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1285             alignment</li>
1286           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1287           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1288           <li>Double click on sequence associated annotation
1289             selects only first column</li>
1290           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1291             leaves shown in tree</li>
1292           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1293             properly</li>
1294           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1295           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1296             screen and buttons not visible</li>
1297           <li>author list isn't updated if already written to
1298             Jalview properties</li>
1299           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1300             from database</li>
1301           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1302           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1303             browser search window</li>
1304           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1305             in feature settings dialog</li>
1306           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1307             desktop</li>
1308           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1309             pass validation</li>
1310           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1311             fit on screen</li>
1312           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1313             tooltip</li>
1314           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1315             defined user preset</li>
1316           <li>MSA web services warns user if they were launched
1317             with invalid input</li>
1318           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1319             Java 8</li>
1320           <li>
1321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1322             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1323             created
1324           </li>
1325
1326         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1327                                 <ul>
1328                                 </ul> <em>General</em>
1329                                 <ul>
1330                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1331         <ul>
1332           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1333             memory allocation</li>
1334           <li>launchApp service doesn't automatically open
1335             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1336           <li>
1337             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1338             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1339             1.7_055 is available
1340           </li>
1341         </ul> <em>Application Known issues</em>
1342         <ul>
1343           <li>
1344             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1345             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1346             alignment to right
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1350             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1351             with large number of ID
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1355             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1356             start/end
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1360             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1361             structure tracks are rearranged
1362           </li>
1363           <li>
1364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1365             invalid rna structure positional highlighting does not
1366             highlight position of invalid base pairs
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1370             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1371             project from alignment window file menu
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1375             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1376             structures
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1380             colour by RNA Helices not enabled when user created
1381             annotation added to alignment
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1385             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1386           </li>
1387         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1388         <ul>
1389           <li>
1390             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1391             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1395             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1396           </li>
1397
1398           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1399             when selected</li>
1400         </ul>
1401       </td>
1402     </tr>
1403     <tr>
1404       <td><div align="center">
1405           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1406         </div></td>
1407       <td>
1408         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1409         <em>General</em>
1410         <ul>
1411           <li>Internationalisation of user interface (usually
1412             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1413           <li>Define/Undefine group on current selection with
1414             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1415           <li>Improved group creation/removal options in
1416             alignment/sequence Popup menu</li>
1417           <li>Sensible precision for symbol distribution
1418             percentages shown in logo tooltip.</li>
1419           <li>Annotation panel height set according to amount of
1420             annotation when alignment first opened</li>
1421         </ul> <em>Application</em>
1422         <ul>
1423           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1424             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1425           <li>Select columns containing particular features from
1426             Feature Settings dialog</li>
1427           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1428             sequences</li>
1429           <li>Update Jalview project format:
1430             <ul>
1431               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1432               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1433                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1434               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1435                 colouring</li>
1436             </ul>
1437           </li>
1438           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1439             (PAM250)</li>
1440           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1441             flanking regions for an alignment</li>
1442         </ul>
1443       </td>
1444       <td>
1445         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1446         <ul>
1447           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1448             running after job is cancelled</li>
1449           <li>cannot export features from alignments imported from
1450             Jalview/VAMSAS projects</li>
1451           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1452             float values</li>
1453           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1454             have 'display all symbols' flag set</li>
1455           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1456             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1457           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1458             Jalview</li>
1459           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1460             Lion/Webstart</li>
1461           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1462           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1463           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1464             alignment onto desktop</li>
1465           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1466             'extract scores' function</li>
1467           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1468             alignment window</li>
1469           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1470             performing IUPred disorder prediction</li>
1471           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1472             changing 'normalise logo' display setting</li>
1473           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1474             nothing matches query</li>
1475           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1476             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1477           </li>
1478           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1479             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1480           </li>
1481           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1482             Jalview's menu</li>
1483           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1484             'invalid literal/length code'</li>
1485           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1486             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1487           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1488             colourscheme</li>
1489
1490         </ul> <em>Applet</em>
1491         <ul>
1492           <li>Remove group option is shown even when selection is
1493             not a group</li>
1494           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1495             don't affect groups</li>
1496           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1497             colourscheme name</li>
1498           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1499             Annotation panel is not displayed</li>
1500           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1501             embedded windows</li>
1502         </ul> <em>Other</em>
1503         <ul>
1504           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1505             single sequence were not calculated</li>
1506           <li>annotation files that contain only groups imported as
1507             annotation and junk sequences</li>
1508           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1509             recognised as PFAM or BLC</li>
1510           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1511             doesn't affect background (2.8.0b1)
1512           <li></li>
1513           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1514           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1515             trailing gaps</li>
1516           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1517             registered correctly on import</li>
1518           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1519             certain alignments</li>
1520           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1521             existing annotation based 'use original colours'
1522             colourscheme loses original colours setting</li>
1523         </ul>
1524       </td>
1525     </tr>
1526     <tr>
1527       <td><div align="center">
1528           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1529             <em>30/1/2014</em></strong>
1530         </div></td>
1531       <td>
1532         <ul>
1533           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1534             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1535             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1536             open source project).
1537           </li>
1538           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1539           </li>
1540           <li>Output in Stockholm format</li>
1541           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1542           <li>Export/import group and sequence associated line
1543             graph thresholds</li>
1544           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1545             ambiguity codes</li>
1546           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1547             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1548             works</li>
1549           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1550         </ul> <em>Other improvements</em>
1551         <ul>
1552           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1553           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1554             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1555           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1556             files</li>
1557           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1558           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1559             link but no description</li>
1560           <li>Select primary source when selecting authority in
1561             database fetcher GUI</li>
1562           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1563             Jalview</li>
1564           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1565         </ul>
1566       </td>
1567       <td>
1568         <ul>
1569           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1570             displayed</li>
1571           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1572             secondary structure annotation line</li>
1573           <li>Sequence database accessions not imported when
1574             fetching alignments from Rfam</li>
1575           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1576             identical IDs</li>
1577           <li>View all structures does not always superpose
1578             structures</li>
1579           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1580             reflect user or preset settings</li>
1581           <li>Null pointer exceptions for some services without
1582             presets or adjustable parameters</li>
1583           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1584             discover PDB xRefs</li>
1585           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1586             features with DAS</li>
1587           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1588             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1589           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1590             residue follows a gap</li>
1591           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1592             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1593           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1594             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1595           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1596             annotation already exists on alignment</li>
1597           <li>oninit javascript function should be called after
1598             initialisation completes</li>
1599           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1600             alignment window display</li>
1601           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1602           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1603             to annotation file</li>
1604           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1605             groups created</li>
1606           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1607             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1608           <li>Pressing return several times causes Number Format
1609             exceptions in keyboard mode</li>
1610           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1611             correct partitions for input data</li>
1612           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1613           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1614           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1615           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1616             mode</li>
1617           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1618             changes one row&#39;s threshold</li>
1619           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1620             doesn&#39;t open</li>
1621           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1622             quality histograms</li>
1623         </ul>
1624       </td>
1625     </tr>
1626     <tr>
1627       <td><div align="center">
1628           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1629         </div></td>
1630       <td><em>Application</em>
1631         <ul>
1632           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1633             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1634           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1635             preferences</li>
1636           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1637             in Jalview alignment window</li>
1638           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1639             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1640           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1641             RNA and ambiguity codes</li>
1642
1643           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1644           <li>Support fetching and database reference look up
1645             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1646             refs')</li>
1647           <li>Jalview project improvements
1648             <ul>
1649               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1650                 flag for annotation</li>
1651               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1652                 alignment</li>
1653               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1654                 Jalview project</li>
1655
1656             </ul>
1657           </li>
1658           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1659           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1660             running</li>
1661           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1662           <li>visual indication that web service results are still
1663             being retrieved from server</li>
1664           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1665             starts up for first time</li>
1666           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1667             services</li>
1668           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1669             client library</li>
1670           <li>Examples directory and Groovy library included in
1671             InstallAnywhere distribution</li>
1672         </ul> <em>Applet</em>
1673         <ul>
1674           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1675             visualization applet example</li>
1676         </ul> <em>General</em>
1677         <ul>
1678           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1679           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1680             defaults</li>
1681           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1682             calculation</li>
1683           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1684             matrices
1685           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1686             in HTML</li>
1687           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1688             structure contacts</li>
1689           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1690           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1691           <li>Parse sequence associated secondary structure
1692             information in Stockholm files</li>
1693           <li>HTML Export database accessions and annotation
1694             information presented in tooltip for sequences</li>
1695           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1696             style RNA alignment files</li>
1697           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1698             alignment</li>
1699           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1700             shade each sequence according to its associated alignment
1701             annotation</li>
1702           <li>New Jalview Logo</li>
1703         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1704         <ul>
1705           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1706           <li>New Website!</li>
1707         </ul></td>
1708       <td><em>Application</em>
1709         <ul>
1710           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1711             wsdbfetch REST service</li>
1712           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1713           <li>Filetype associations not installed for webstart
1714             launch</li>
1715           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1716             job execution in full once it is complete</li>
1717           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1718             uploaded via ali_file parameter</li>
1719           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1720           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1721           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1722             submitted for prediction</li>
1723           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1724             desktop window</li>
1725           <li>Putting fractional value into integer text box in
1726             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1727           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1728             windows 7</li>
1729           <li>View all structures fails with exception shown in
1730             structure view</li>
1731           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1732             escaped in a platform independent way</li>
1733           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1734             using proxy</li>
1735           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1736             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1737           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1738             failure when java web start temporary file caching is
1739             disabled</li>
1740           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1741             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1742           <li>Errors during processing of command line arguments
1743             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1744           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1745             DAS sources in sequence fetcher</li>
1746           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1747             dialog is shown</li>
1748           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1749           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1750           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1751           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1752             on OSX Mountain Lion</li>
1753           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1754             sequences with alignment annotation are pasted into the
1755             alignment</li>
1756           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1757             when loaded from Jalview project</li>
1758           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1759           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1760             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1761           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1762             associated with all views</li>
1763           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1764             annotation rows to new window</li>
1765         </ul> <em>Applet</em>
1766         <ul>
1767           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1768             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1769           <li>loading features via javascript API automatically
1770             enables feature display</li>
1771           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1772             work</li>
1773         </ul> <em>General</em>
1774         <ul>
1775           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1776           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1777             and then deselected</li>
1778           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1779           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1780             coloured with clustalx</li>
1781           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1782             exceptions and redraw errors</li>
1783           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1784             reconfigured view</li>
1785           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1786             colour</li>
1787           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1788             for lots of labels</li>
1789         </ul>
1790     </tr>
1791     <tr>
1792       <td>
1793         <div align="center">
1794           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1795         </div>
1796       </td>
1797       <td><em>Application</em>
1798         <ul>
1799           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1800           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1801           <li>View/alignment association menu to enable user to
1802             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1803             its colours/correspondences from</li>
1804           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1805           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1806             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1807           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1808           <li>Annotation row column label formatting attributes
1809             stored in project file</li>
1810           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1811             rows preserved in Jalview project file</li>
1812           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1813             saved using Desktop window menu</li>
1814           <li>Visual indication that command line arguments are
1815             still being processed</li>
1816           <li>Groovy script execution from URL</li>
1817           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1818             preferences</li>
1819           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1820             alignment with sequences that have high similarity and
1821             matching IDs</li>
1822           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1823           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1824             structures in same window</li>
1825           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1826           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1827             analysis function in its own submenu</li>
1828         </ul> <em>Applet</em>
1829         <ul>
1830           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1831             groups</li>
1832           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1833           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1834           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1835           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1836           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1837             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1838           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1839           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1840             parameters are treated as such</li>
1841           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1842             <ul>
1843               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1844               <li>Javascript callbacks for
1845                 <ul>
1846                   <li>Applet initialisation</li>
1847                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1848                 </ul>
1849               </li>
1850               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1851                 functions</li>
1852               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1853               <li>javascript structure viewer harness to pass
1854                 messages between Jmol and Jalview when running as
1855                 distinct applets</li>
1856               <li>sortBy method</li>
1857               <li>Set of applet and application examples shipped
1858                 with documentation</li>
1859               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1860                 javascript message exchange</li>
1861             </ul>
1862         </ul> <em>General</em>
1863         <ul>
1864           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1865             multiple alignments</li>
1866           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1867           <li>User configurable link to enable redirects to a
1868             www.Jalview.org mirror</li>
1869           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1870           <li>Configurable newline string when writing alignment
1871             and other flat files</li>
1872           <li>Allow alignment annotation description lines to
1873             contain html tags</li>
1874         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1875         <ul>
1876           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1877             examples</li>
1878           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1879             using a web service before displaying the result in the
1880             Jalview desktop</li>
1881           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1882           <li>Ant target to publish example html files with applet
1883             archive</li>
1884           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1885           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1886         </ul></td>
1887       <td><em>Application</em>
1888         <ul>
1889           <li>User defined colourscheme throws exception when
1890             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1891           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1892             dialog for valid filename/format</li>
1893           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1894           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1895             P37173</li>
1896           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1897             which sequence is to be associated with the file</li>
1898           <li>Find All raises null pointer exception when query
1899             only matches sequence IDs</li>
1900           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1901           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1902             2.4 cannot be loaded</li>
1903           <li>Filetype associations not installed for webstart
1904             launch</li>
1905           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1906             with sequences in different alignments do not get coloured
1907             by their associated sequence</li>
1908           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1909             not preserved when project is loaded</li>
1910           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1911             stored in Jalview project</li>
1912           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1913             Jalview project</li>
1914           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1915           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1916             by conservation</li>
1917           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1918             created on new view</li>
1919           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1920             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1921           <li>Alignment quality not updated after alignment
1922             annotation row is hidden then shown</li>
1923           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1924             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1925           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1926             properly</li>
1927           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1928             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1929           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1930           <li>Structures imported from file and saved in project
1931             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1932           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1933             job execution in full once it is complete</li>
1934         </ul> <em>Applet</em>
1935         <ul>
1936           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1937             annotation rows are displayed</li>
1938           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1939             codebase</li>
1940           <li>View follows highlighting does not work for positions
1941             in sequences</li>
1942           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1943           <li>Export features raises exception when no features
1944             exist</li>
1945           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1946             for javascript api is modified when separator string
1947             provided as parameter</li>
1948           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1949             alignment with no existing selection</li>
1950           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1951             to applet&#39;s codebase</li>
1952           <li>Status bar not updated after finished searching and
1953             search wraps around to first result</li>
1954           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1955             several Jalview applets causes race conditions and memory
1956             leaks</li>
1957           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1958             not sent from Jmol in applet</li>
1959           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1960             applet API fatally hang browser</li>
1961         </ul> <em>General</em>
1962         <ul>
1963           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1964             position with wrapped view and hidden regions</li>
1965           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1966             with/without hidden columns</li>
1967           <li>Sequence length given in alignment properties window
1968             is off by 1</li>
1969           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1970             import PDB like structure files</li>
1971           <li>Positional search results are only highlighted
1972             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1973           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1974           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1975             given sequence position</li>
1976           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1977             output</li>
1978           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1979             from nucleotide chains correctly</li>
1980           <li>Structure colours not updated when tree partition
1981             changed in alignment</li>
1982           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1983             parsed in interleaved stockholm</li>
1984           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1985             state</li>
1986           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1987             properly</li>
1988           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1989             properly associated with their pdb files</li>
1990         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1991         <ul>
1992           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1993             ApplyCopyright tool</li>
1994         </ul></td>
1995     </tr>
1996     <tr>
1997       <td>
1998         <div align="center">
1999           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2000         </div>
2001       </td>
2002       <td><em>Application</em>
2003         <ul>
2004           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2005             contact web services</li>
2006           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2007             service job window</li>
2008           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2009         </ul></td>
2010       <td>
2011         <ul>
2012           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2013             pir file emitted by Jalview</li>
2014           <li>Existing feature settings transferred to new
2015             alignment view created from cut'n'paste</li>
2016           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2017             parsing PDB files</li>
2018           <li>Consensus and conservation annotation rows
2019             occasionally become blank for all new windows</li>
2020           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2021             in wrapped view mode</li>
2022         </ul> <em>Application</em>
2023         <ul>
2024           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2025             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2026           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2027             parameter names</li>
2028           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2029             is down</li>
2030         </ul>
2031       </td>
2032     </tr>
2033     <tr>
2034       <td>
2035         <div align="center">
2036           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2037         </div>
2038       </td>
2039       <td><em>Application</em>
2040         <ul>
2041           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2042             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2043             (JABAWS)
2044           </li>
2045           <li>Web Services preference tab</li>
2046           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2047             preferences</li>
2048           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2049           <li>Superpose structures using associated sequence
2050             alignment</li>
2051           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2052             viewer</li>
2053         </ul> <em>Applet</em>
2054         <ul>
2055           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2056             link out mechanism</li>
2057         </ul> <em>Other</em>
2058         <ul>
2059           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2060             series 12</li>
2061           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2062             require Java 1.5</li>
2063           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2064             sequence annotation files</li>
2065           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2066             type colour specification</li>
2067           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2068             script to check if it being run in an interactive session or
2069             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2070         </ul></td>
2071       <td>
2072         <ul>
2073           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2074             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2075         </ul> <em>Application</em>
2076         <ul>
2077           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2078             selected Regions menu item</li>
2079           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2080             part of a valid accession ID</li>
2081           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2082             runs out of memory</li>
2083           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2084             analysis results</li>
2085           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2086             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2087           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2088         </ul> <em>Applet</em>
2089         <ul>
2090           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2091             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2092             defined.</li>
2093         </ul>
2094       </td>
2095     </tr>
2096     <tr>
2097       <td>
2098         <div align="center">
2099           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2100         </div>
2101       </td>
2102       <td></td>
2103       <td>
2104         <ul>
2105           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2106             sequence IDs</li>
2107           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2108             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2109           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2110             import correctly</li>
2111           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2112             number of columns are hidden</li>
2113           <li>annotation label popup menu not providing correct
2114             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2115             present</li>
2116           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2117             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2118           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2119             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2120
2121         </ul> <em>Applet</em>
2122         <ul>
2123           <li>annotation panel disappears when annotation is
2124             hidden/removed</li>
2125         </ul> <em>Application</em>
2126         <ul>
2127           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2128             alignment opened where annotation panel is visible but no
2129             annotations are present on alignment</li>
2130           <li>pasted region containing hidden columns is
2131             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2132           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2133             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2134           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2135             selected Rregions menu item.</li>
2136           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2137             'Un' or 'Non'conserved</li>
2138           <li>Sequence feature settings are being shared by
2139             multiple distinct alignments</li>
2140           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2141             changed</li>
2142           <li>double click on group annotation to select sequences
2143             does not propagate to associated trees</li>
2144           <li>Mac OSX specific issues:
2145             <ul>
2146               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2147                 window background</li>
2148               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2149                 name set correctly</li>
2150               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2151                 save feature colourscheme button</li>
2152             </ul>
2153           </li>
2154         </ul>
2155       </td>
2156     </tr>
2157     <tr>
2158
2159       <td>
2160         <div align="center">
2161           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2162         </div>
2163       </td>
2164       <td><em>New Capabilities</em>
2165         <ul>
2166           <li>URL links generated from description line for
2167             regular-expression based URL links (applet and application)
2168
2169
2170
2171
2172
2173
2174           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2175             menu</li>
2176           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2177             structures</li>
2178           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2179             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2180           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2181             average score or total feature count for each sequence.</li>
2182           <li>Shading features by score or associated description</li>
2183           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2184             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2185           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2186             hide everything but the currently selected region.</li>
2187           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2188         </ul> <em>Application</em>
2189         <ul>
2190           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2191             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2192           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2193             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2194           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2195             database references and protein_name is parsed as
2196             description line (BioSapiens terms).</li>
2197           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2198             references in sequence ID tooltip from View menu in
2199             application.</li>
2200           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2201                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2202           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2203             conservation plots</li>
2204           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2205             and visualized as sequence logos</li>
2206           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2207             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2208           </li>
2209           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2210             when a new tree is opened.</li>
2211           <li>Jalview Java Console</li>
2212           <li>Better placement of desktop window when moving
2213             between different screens.</li>
2214           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2215             consensus annotation</li>
2216           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2217             Workflows</li>
2218           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2219             <ul>
2220               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2221                 used to preserve views, structures, and tree display
2222                 settings)</li>
2223               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2224                 command line</li>
2225               <li>Sharing of selected regions between views and
2226                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2227               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2228             </ul></li>
2229         </ul> <em>Applet</em>
2230         <ul>
2231           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2232           <li>New Parameters
2233             <ul>
2234               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2235                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2236                 opened.</li>
2237               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2238                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2239               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2240                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2241               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2242                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2243                 view</li>
2244               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2245                 increase the height or width of a cell in the alignment
2246                 grid relative to the current font size.</li>
2247             </ul>
2248           </li>
2249           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2250             tooltip</li>
2251         </ul> <em>Other</em>
2252         <ul>
2253           <li>Features format: graduated colour definitions and
2254             specification of feature scores</li>
2255           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2256             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2257             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2258           <li>XML formats extended to support graduated feature
2259             colourschemes, group associated annotation, and profile
2260             visualization settings.</li></td>
2261       <td>
2262         <ul>
2263           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2264             rather than description</li>
2265           <li>Non-positional features are now included in sequence
2266             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2267             visibility in tooltip).</li>
2268           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2269           <li>Added URL embedding instructions to features file
2270             documentation.</li>
2271           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2272             'X' in peptide product</li>
2273           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2274             sequence ID and sequence string and query strings do not
2275             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2276           <li>AMSA files only contain first column of
2277             multi-character column annotation labels</li>
2278           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2279             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2280             exported and re-imported)</li>
2281           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2282             name</li>
2283           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2284             as subsequence matches, and correctly reports total number
2285             of both.</li>
2286           <li>Application:
2287             <ul>
2288               <li>Better handling of exceptions during sequence
2289                 retrieval</li>
2290               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2291                 link text excludes the start_end suffix</li>
2292               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2293                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2294               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2295               <li>Sequence description lines properly shared via
2296                 VAMSAS</li>
2297               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2298                 data sources</li>
2299               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2300                 completes before alignment figures are generated.</li>
2301               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2302                 first time.</li>
2303               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2304                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2305               <li>User defined group colours properly recovered
2306                 from Jalview projects.</li>
2307             </ul>
2308           </li>
2309         </ul>
2310       </td>
2311
2312     </tr>
2313     <tr>
2314       <td>
2315         <div align="center">
2316           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2317         </div>
2318       </td>
2319       <td>
2320         <ul>
2321           <li>Experimental support for google analytics usage
2322             tracking.</li>
2323           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2324         </ul>
2325       </td>
2326       <td>
2327         <ul>
2328           <li>Race condition in applet preventing startup in
2329             jre1.6.0u12+.</li>
2330           <li>Exception when feature created from selection beyond
2331             length of sequence.</li>
2332           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2333           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2334             all sequences with a given id</li>
2335           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2336             ID string searches</li>
2337           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2338             alignment to fail with exception</li>
2339         </ul> <em>Application Issues</em>
2340         <ul>
2341           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2342           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2343             data sources</li>
2344         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2345         <ul>
2346           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2347             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2348           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2349             version (java class versioning error fixed)</li>
2350         </ul>
2351       </td>
2352     </tr>
2353     <tr>
2354       <td>
2355
2356         <div align="center">
2357           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2358         </div>
2359       </td>
2360       <td><em>User Interface</em>
2361         <ul>
2362           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2363             translation and protein products</li>
2364           <li>Linked highlighting of structure associated with
2365             residue mapping to codon position</li>
2366           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2367             and 'clear' button</li>
2368           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2369             Tools menu</li>
2370           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2371             numeric data in description line</li>
2372           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2373           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2374             of sequence</li>
2375         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2376         <ul>
2377           <li>JPred3 web service</li>
2378           <li>Prototype sequence search client (no public services
2379             available yet)</li>
2380           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2381             PFAM</li>
2382           <li>URL Links created for matching database cross
2383             references as well as sequence ID</li>
2384           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2385         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2386         <ul>
2387           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2388             databases</li>
2389           <li>Generalised database reference retrieval and
2390             validation to all fetchable databases</li>
2391           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2392             sequence command</li>
2393         </ul> <em>Import and Export</em>
2394         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2395         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2396           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2397         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2398           File</li>
2399         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2400           triplet as name of colourscheme</li>
2401         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2402         <ul>
2403           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2404           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2405             alignments (experimental)</li>
2406           <li>Create new or select existing session to join</li>
2407           <li>load and save of vamsas documents</li>
2408         </ul> <em>Application command line</em>
2409         <ul>
2410           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2411             from applet)</li>
2412           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2413             of DAS servers to query for alignment features</li>
2414           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2415             that are also automatically queried for features</li>
2416           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2417             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2418         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2419         <ul>
2420           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2421             application (when using &quot;View in full
2422             application&quot;)</li>
2423         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2424         <ul>
2425           <li>feature group display control parameter</li>
2426           <li>debug parameter</li>
2427           <li>showbutton parameter</li>
2428         </ul> <em>Applet API methods</em>
2429         <ul>
2430           <li>newView public method</li>
2431           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2432           <li>Feature display control methods</li>
2433           <li>get list of currently selected sequences</li>
2434         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2435         <ul>
2436           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2437           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2438             Jalview release.</li>
2439           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2440             property controls execution of obfuscator</li>
2441           <li>Build target for generating source distribution</li>
2442           <li>Debug flag for javacc</li>
2443           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2444             jalview.bin.Cache</li>
2445           <li>Continuous Build Integration for stable and
2446             development version of Application, Applet and source
2447             distribution</li>
2448         </ul></td>
2449       <td>
2450         <ul>
2451           <li>selected region output includes visible annotations
2452             (for certain formats)</li>
2453           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2454             for editing</li>
2455           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2456           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2457           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2458           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2459             comments</li>
2460           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2461             filenames containing a ':'</li>
2462           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2463             global sequence features</li>
2464           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2465             references from alignment sequences goes to zero</li>
2466           <li>Close of tree branch colour box without colour
2467             selection causes cascading exceptions</li>
2468           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2469           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2470             file parsing fails.</li>
2471           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2472           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2473             not a valid output format</li>
2474           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2475             vamsas</li>
2476           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2477           <li>error messages passed up and output when data read
2478             fails</li>
2479           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2480             sequence is edited</li>
2481           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2482             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2483           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2484             filetype</li>
2485           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2486             import fixed for PFAM records</li>
2487           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2488             window list</li>
2489           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2490             can be read and written correctly to annotation file</li>
2491           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2492             correctly</li>
2493           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2494             non-italic font for representatives in Applet</li>
2495           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2496             Macs.</li>
2497           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2498             Applet)</li>
2499           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2500             due to null pointer exceptions</li>
2501           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2502             first column of alignment</li>
2503           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2504             July 2008</li>
2505           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2506             file is case-insensitive</li>
2507           <li>Sequence features read from Features file appended to
2508             all sequences with matching IDs</li>
2509           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2510             containing a sub-sequence</li>
2511           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2512           <li>feature and annotation file applet parameters
2513             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2514           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2515           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2516             splash-screen version check to complete</li>
2517           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2518             when passing them to the launchApp service</li>
2519           <li>display name and local features preserved in results
2520             retrieved from web service</li>
2521           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2522             sequence fetcher initialisation</li>
2523           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2524             dasobert DAS client</li>
2525           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2526             association</li>
2527           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2528             sequences
2529           </li>
2530         </ul>
2531       </td>
2532     </tr>
2533     <tr>
2534       <td>
2535         <div align="center">
2536           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2537         </div>
2538       </td>
2539       <td>
2540         <ul>
2541           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2542           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2543           <li>Slide sequences</li>
2544           <li>Edit sequence in place</li>
2545           <li>EMBL CDS features</li>
2546           <li>DAS Feature mapping</li>
2547           <li>Feature ordering</li>
2548           <li>Alignment Properties</li>
2549           <li>Annotation Scores</li>
2550           <li>Sort by scores</li>
2551           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2552         </ul>
2553       </td>
2554       <td>
2555         <ul>
2556           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2557           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2558           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2559           <li>Feature group display state in XML</li>
2560           <li>Feature ordering in XML</li>
2561           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2562           <li>Stockholm alignment properties</li>
2563           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2564           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2565           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2566           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2567         </ul>
2568       </td>
2569
2570     </tr>
2571     <tr>
2572       <td>
2573         <div align="center">
2574           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2575         </div>
2576       </td>
2577       <td>
2578         <ul>
2579           <li>Non standard characters can be read and displayed
2580           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2581             applet via textbox
2582           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2583             name &amp; description
2584           <li>Preference setting to display sequence name in
2585             italics
2586           <li>Annotation file format extended to allow
2587             Sequence_groups to be defined
2588           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2589             specified in preferences
2590           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2591             sequences
2592         </ul>
2593       </td>
2594       <td>
2595         <ul>
2596           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2597             installed
2598           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2599           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2600         </ul>
2601       </td>
2602     </tr>
2603     <tr>
2604       <td>
2605         <div align="center">
2606           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2607         </div>
2608       </td>
2609       <td>
2610         <ul>
2611           <li>Multiple views on alignment
2612           <li>Sequence feature editing
2613           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2614           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2615           <li>Background dependent text colour
2616           <li>Right align sequence ids
2617           <li>User-defined lower case residue colours
2618           <li>Format Menu
2619           <li>Select Menu
2620           <li>Menu item accelerator keys
2621           <li>Control-V pastes to current alignment
2622           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2623           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2624           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2625
2626
2627
2628
2629
2630
2631           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2632         </ul>
2633       </td>
2634       <td>
2635         <ul>
2636           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2637           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2638             calculations
2639           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2640             edits
2641           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2642             of alignment)
2643           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2644
2645
2646
2647
2648
2649
2650           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2651             display correctly
2652           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2653           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2654             analysis results
2655           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2656             &#8739;
2657           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2658           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2659           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2660
2661
2662
2663
2664
2665
2666         </ul>
2667       </td>
2668     </tr>
2669     <tr>
2670       <td>
2671         <div align="center">
2672           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2673         </div>
2674       </td>
2675       <td>
2676         <ul>
2677           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2678         </ul>
2679       </td>
2680       <td>
2681         <ul>
2682           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2683             sequence id panel has been resized</li>
2684           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2685             rendered</li>
2686           <li>Annotation files with sequence references - all
2687             elements in file are relative to sequence position</li>
2688           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2689         </ul>
2690       </td>
2691     </tr>
2692     <tr>
2693       <td>
2694         <div align="center">
2695           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2696         </div>
2697       </td>
2698       <td>
2699         <ul>
2700           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2701           <li>DAS Feature fetching</li>
2702           <li>Hide sequences and columns</li>
2703           <li>Export Annotations and Features</li>
2704           <li>GFF file reading / writing</li>
2705           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2706             files</li>
2707           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2708           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2709           <li>Applet can launch the full application</li>
2710           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2711             required)</li>
2712           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2713           <li>Applet can load sequences from parameter
2714             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2715           </li>
2716         </ul>
2717       </td>
2718       <td>
2719         <ul>
2720           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2721           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2722           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2723         </ul>
2724       </td>
2725     </tr>
2726     <tr>
2727       <td>
2728         <div align="center">
2729           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2730         </div>
2731       </td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2735           <li>Choose to match case when searching</li>
2736           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2737             expand the visible width and height of the alignment</li>
2738         </ul>
2739       </td>
2740       <td>
2741         <ul>
2742           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2743         </ul>
2744       </td>
2745     </tr>
2746     <tr>
2747       <td>
2748         <div align="center">
2749           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2750         </div>
2751       </td>
2752       <td>&nbsp;</td>
2753       <td>
2754         <ul>
2755           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2756           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2757             value</li>
2758         </ul>
2759       </td>
2760     </tr>
2761     <tr>
2762       <td>
2763         <div align="center">
2764           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2765         </div>
2766       </td>
2767       <td>
2768         <ul>
2769           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2770           <li>Keyboard editing</li>
2771           <li>Create sequence features from searches</li>
2772           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2773             alignments</li>
2774           <li>Features file allows grouping of features</li>
2775           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2776           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2777           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2778         </ul>
2779       </td>
2780       <td>
2781         <ul>
2782           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2783           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2784             descriptions saved.</li>
2785         </ul>
2786       </td>
2787     </tr>
2788     <tr>
2789       <td>
2790         <div align="center">
2791           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2792         </div>
2793       </td>
2794       <td>
2795         <ul>
2796           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2797           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2798           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2799             name for file output</li>
2800           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2801           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2802             used for HTML form input</li>
2803         </ul>
2804       </td>
2805       <td>
2806         <ul>
2807           <li>HTML output writes groups and features</li>
2808           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2809           <li>File IO bugs</li>
2810         </ul>
2811       </td>
2812     </tr>
2813     <tr>
2814       <td>
2815         <div align="center">
2816           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2817         </div>
2818       </td>
2819       <td>
2820         <ul>
2821           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2822           <li>More options for PCA viewer</li>
2823         </ul>
2824       </td>
2825       <td>
2826         <ul>
2827           <li>GUI bugs resolved</li>
2828           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2829         </ul>
2830       </td>
2831     </tr>
2832     <tr>
2833       <td height="63">
2834         <div align="center">
2835           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2836         </div>
2837       </td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2841           <li>Jar files are executable</li>
2842           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2843         </ul>
2844       </td>
2845       <td>
2846         <ul>
2847           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2848           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2849           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2850         </ul>
2851       </td>
2852     </tr>
2853     <tr>
2854       <td>
2855         <div align="center">
2856           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2857         </div>
2858       </td>
2859       <td>
2860         <ul>
2861           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2862         </ul>
2863       </td>
2864       <td>
2865         <ul>
2866           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2867         </ul>
2868       </td>
2869     </tr>
2870     <tr>
2871       <td>
2872         <div align="center">
2873           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2874         </div>
2875       </td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2879             size</li>
2880         </ul>
2881       </td>
2882       <td>
2883         <ul>
2884           <li>Improved JPred client reliability</li>
2885           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2886         </ul>
2887       </td>
2888     </tr>
2889     <tr>
2890       <td>
2891         <div align="center">
2892           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2893         </div>
2894       </td>
2895       <td>
2896         <ul>
2897           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2898           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2899           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2900             to Colour Menu</li>
2901           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2902           <li>Unix users can set default web browser</li>
2903           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2904           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2905         </ul>
2906       </td>
2907       <td>
2908         <ul>
2909           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2910         </ul>
2911       </td>
2912     </tr>
2913     <tr>
2914       <td>
2915         <div align="center">
2916           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2917         </div>
2918       </td>
2919       <td>&nbsp;</td>
2920       <td>
2921         <ul>
2922           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2923             alignment order.</li>
2924         </ul>
2925       </td>
2926     </tr>
2927     <tr>
2928       <td>
2929         <div align="center">
2930           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2931         </div>
2932       </td>
2933       <td>
2934         <ul>
2935           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2936           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2937           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2938             annotations.</li>
2939           <li>Version and build date written to build properties
2940             file.</li>
2941           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2942             at launch of Jalview.</li>
2943         </ul>
2944       </td>
2945       <td>
2946         <ul>
2947           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2948           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2949           <li>Can remove groups one by one.</li>
2950           <li>Filechooser icons installed.</li>
2951           <li>Finder ignores return character when searching.
2952             Return key will initiate a search.<br>
2953           </li>
2954         </ul>
2955       </td>
2956     </tr>
2957     <tr>
2958       <td>
2959         <div align="center">
2960           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2961         </div>
2962       </td>
2963       <td>
2964         <ul>
2965           <li>New codebase</li>
2966         </ul>
2967       </td>
2968       <td>&nbsp;</td>
2969     </tr>
2970   </table>
2971   <p>&nbsp;</p>
2972 </body>
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