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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  74             <em>29/05/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80           </ul>
  81         </div></td>
  82       <td><div align="left">
  83           <em></em>
  84           <ul>
  85           </ul>
  86         </div></td>
  87     </tr>
  88     <tr>
  89       <td width="60" nowrap>
  90         <div align="center">
  91           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
  92         </div>
  93       </td>
  94       <td><div align="left">
  95           <em></em>
  96           <ul>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
  99               for disabling automatic superposition of multiple
 100               structures and open structures in existing views
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 104               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 105               adjust them.
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 109               Ensembl services
 110             </li>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 113               and lots of hidden columns
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 117               of features (particularly when transparency is disabled)
 118             </li>
 119           </ul>
 120           </div>
 121       </td>
 122       <td><div align="left">
 123           <ul>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 126               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 130               overlapping alignment panel
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 134               sequence as gaps
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 138               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 139               UTR
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 143               factor annotation not added to sequence when local PDB
 144               file associated with it by drag'n'drop or structure
 145               chooser
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 149               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 153               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 157               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 161               columns in annotation row
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 165               honored in batch mode
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 169               for structures added to existing Jmol view
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 173               entries after importing project with multiple views
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 177               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 178               with negative residue numbers or missing residues fails
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 182               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 183               as generated by CONSURF)
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 187               tooltip doesn't include a text description of mutation
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 191               structure and/or overview windows are also shown
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 195               very slow for alignments with large numbers of sequences
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 199               with 'StringIndexOutOfBounds'
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 203               platforms running Java 10
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 207               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 208             </li>
 209           </ul>
 210           <em>Applet</em>
 211           <ul>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 214               should copy the group consensus when popup is opened on it
 215             </li>
 216           </ul>
 217           <em>Batch Mode</em>
 218           <ul>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 221           </li>
 222           </ul>
 223           <em>New Known Defects</em>
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 227               editing a large alignment and overview is displayed
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 231               repeatedly after a series of edits even when the overview
 232               is no longer reflecting updates
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 236               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 237               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 238               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 239             </li>
 240           </ul>
 241         </div>
 242           </td>
 243     </tr>
 244     <tr>
 245       <td width="60" nowrap>
 246         <div align="center">
 247           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 248         </div>
 249       </td>
 250       <td><div align="left">
 251           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 252               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 253       <td><div align="left">
 254           <em>Desktop</em><ul>
 255           <ul>
 256             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 257             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 258             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 259             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 260             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 261             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 262             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 263           </ul>
 264           </div>
 265       </td>
 266     </tr>
 267     <tr>
 268       <td width="60" nowrap>
 269         <div align="center">
 270           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 271         </div>
 272       </td>
 273       <td><div align="left">
 274           <em></em>
 275           <ul>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 278               rendering of sequence features
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 282               429 rate limit request hander
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 286               their colours have changed
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 290               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 294               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 298               view from Ensembl locus cross-references
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 302               Alignment report
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 306               feature can be disabled
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 310               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 314               Uniprot
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>Scripting</em>
 318           <ul>
 319             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 320             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 321               percent identity scores for current alignment.</li>
 322           </ul>
 323           <em>Testing and Deployment</em>
 324           <ul>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 327             </li>
 328           </ul>
 329         </div></td>
 330       <td><div align="left">
 331           <em>General</em>
 332           <ul>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 335               threshold text field doesn't trigger an update to the
 336               alignment view
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 340               strings in parallel
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 344               alignment window is closed
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 348               group visibility
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 352               takes a long time in Cursor mode
 353             </li>
 354           </ul>
 355           <em>Desktop</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 359               cannot be viewed in Chimera
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 363               CDS/Protein view
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 367               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 368               Search Dialogs
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 378               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 382               scrolling right in unwapped alignment view
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 386               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 387               database
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 391               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 395               features of same type and group to be selected for
 396               amending
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 400               alignments when hidden columns are present
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 404               displaying several structures
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 408               moving a window
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 412               within the Jalview desktop on OSX
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 416               when in wrapped alignment mode
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 420               hand end of alignment
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 424               each selected sequence do not have correct start/end
 425               positions
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 429               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 433               restoring project until a new view is created
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 437               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 438               configured (since 2.10.2b2)
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 442               position is adjusted
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 446               in a multi-chain structure when viewing alignment
 447               involving more than one chain (since 2.10)
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 451               if new selection moves alignment window
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 455               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 459               that produces correctly annotated transcripts and products
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 463               doesn't update associated structure view
 464             </li>
 465           </ul>
 466           <em>Applet</em><br />
 467           <ul>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 470               closing alignment panel
 471             </li>
 472           </ul>
 473           <em>BioJSON</em><br />
 474           <ul>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 477               non-positional features
 478             </li>
 479           </ul>
 480           <em>New Known Issues</em>
 481           <ul>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 484               sequence features correctly (for many previous versions of
 485               Jalview)
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 489               using cursor in wrapped panel other than top
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 493               graduated colour threshold
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 497               always preserve numbering and sequence features
 498             </li>
 499           </ul>
 500           <em>Known Java 9 Issues</em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 504               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 505               9.01, OSX 10.10)
 506             </li>
 507           </ul>
 508         </div></td>
 509     </tr>
 510     <tr>
 511       <td width="60" nowrap>
 512         <div align="center">
 513           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 514             <em>2/10/2017</em></strong>
 515         </div>
 516       </td>
 517       <td><div align="left">
 518           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 519           <ul>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 522             </li>
 523             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 524             </li>
 525           </ul>
 526         </div></td>
 527       <td><div align="left">
 528         </div></td>
 529     </tr>
 530     <tr>
 531       <td width="60" nowrap>
 532         <div align="center">
 533           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 534             <em>7/9/2017</em></strong>
 535         </div>
 536       </td>
 537       <td><div align="left">
 538           <em></em>
 539           <ul>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 542               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 543               white)
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 547               Preferences
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 551               in size and progress bar shown as higher resolution
 552               overview is recalculated
 553             </li>
 554
 555           </ul>
 556         </div></td>
 557       <td><div align="left">
 558           <em></em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 562               column region row by row
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 566               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 570               format setting is unticked
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 574               if group has show boxes format setting unticked
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 578               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 579               include sequences and columns not currently displayed
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 583               assemblies are imported via CIF file
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 587               displayed when threshold or conservation colouring is also
 588               enabled.
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 592               server version
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 596               dragging a selected region off the visible region of the
 597               alignment
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 601               colourscheme to all groups in a view
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 605               initially after font size change using the Font chooser or
 606               middle-mouse zoom
 607             </li>
 608           </ul>
 609         </div></td>
 610     </tr>
 611     <tr>
 612       <td width="60" nowrap>
 613         <div align="center">
 614           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 615         </div>
 616       </td>
 617       <td><div align="left">
 618           <em>Calculations</em>
 619           <ul>
 620
 621             <li>
 622               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 623               ungapped positions in each column of the alignment.
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 627               a calculation dialog box
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 631               and memory efficiency (~30x faster)
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 635               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 636               and other calculations
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 640               files within the Jalview codebase
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 644               Similarity may have different topology due to increased
 645               precision
 646             </li>
 647           </ul>
 648           <em>Rendering</em>
 649           <ul>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 652               model for alignments and groups
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 656               scripts
 657             </li>
 658           </ul>
 659           <em>Overview</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 663               with alignment and overview windows
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 667               overview
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 671               omitted in Overview
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 675               adjustment of visible position
 676             </li>
 677           </ul>
 678
 679           <em>Data import/export</em>
 680           <ul>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 683               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 687               annotation input/output via stockholm flatfile
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 691               extension when importing structure files without embedded
 692               names or PDB accessions
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 696               format sequence substitution matrices
 697             </li>
 698           </ul>
 699           <em>User Interface</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 703               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 704               the application.
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 708               via Overview or sequence motif search operations
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 712               opened by double clicking gaps within sequence feature
 713               extent
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 717               aligned positions were available to create a 3D structure
 718               superposition.
 719             </li>
 720           </ul>
 721           <em>3D Structure</em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 725               coloured in linked structure views
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 729               file-based command exchange
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 733               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 734               structures are already available for sequences
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 738               the Jalview project rather than downloaded again when the
 739               project is reopened.
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 743               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 744               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 745                 Feature</strong>)
 746             </li>
 747           </ul>
 748           <em>Web Services</em>
 749           <ul>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 755               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 756               Analysis services
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 760               cross-references provided by identifiers.org and the
 761               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 762             </li>
 763           </ul>
 764
 765           <em>Scripting</em>
 766           <ul>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 769               identifying file formats (instead of String constants)
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 773               efficiency when counting all displayed features (not
 774               backwards compatible with 2.10.1)
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>Example files</em>
 778           <ul>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 781               included in the example feature file
 782             </li>
 783           </ul>
 784           <em>Documentation</em>
 785           <ul>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 788               with the built-in Java help viewer
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 792               sequence description' option
 793             </li>
 794           </ul>
 795           <em>Test Suite</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 799               Uniprot REST Free Text Search Client
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 806               during tests
 807             </li>
 808           </ul>
 809         </div></td>
 810       <td><div align="left">
 811           <em>Calculations</em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 815               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 816               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 817             </li>
 818             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 819               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 820               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 821               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 822               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 823               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 824               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 825               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 826               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 827               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 828               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 829               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 830               // for 2.10.1 mode <br />
 831               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 832               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 833                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 834                 calculations (not recommended)</em></li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 837               scaling of branch lengths for trees computed using
 838               Sequence Feature Similarity.
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 842               generating output report when working with highly
 843               redundant alignments
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 847               right of selected region when gaps present on right-hand
 848               boundary
 849             </li>
 850           </ul>
 851           <em>User Interface</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 855               doesn't reselect a specific sequence's associated
 856               annotation after it was used for colouring a view
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 860               opened on a region of alignment without groups
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 864               of an alignment with overlapping groups
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 868               name and description match
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 872               hidden regions results in incorrect hidden regions
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 876               changing colour does not apply Conservation slider value
 877               to all groups
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 881               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 885               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 889               gaps before start of features
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 893               restored to UI when feature colour is edited
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 897               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 901               as graduate feature colour settings are modified via the
 902               dialog box
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 906               when a group defined on the alignment is resized
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 910               wrapped view result in positional status updates
 911             </li>
 912
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 915               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 919               alignment included gapped columns
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 923               widgets don't permanently disappear
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 927               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 928               T-Coffee column reliability scores)
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 932               sequence feature on gaps only
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 936               button from a Find inherit previously defined feature type
 937               rather than the Find query string
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 941               exporting tree calculated in Jalview
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 945               and then revealing them reorders sequences on the
 946               alignment
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 950               doesn't update to reflect available set of groups after
 951               interactively adding or modifying features
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 955               Linux
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 959               only excluded gaps in current sequence and ignored
 960               selection.
 961             </li>
 962           </ul>
 963           <em>Rendering</em>
 964           <ul>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 967               erratically when hidden rows or columns are present
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 971               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 972               sequence colouring
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 976               colour and group colour menu for protein alignments
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 980               reflect currently selected view or group's shading
 981               thresholds
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 985               when rendered on overview and structures when opacity at
 986               100%
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 990               overview when features overlaid on alignment
 991             </li>
 992           </ul>
 993           <em>Data import/export</em>
 994           <ul>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 997               load
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1001               added after a sequence was imported are not written to
1002               Stockholm File
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1006               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1010               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1014               with lightGray or darkGray via features file (but can
1015               specify lightgray)
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1019               when alignment view imported from project
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1023               structure and sequences extracted from structure files
1024               imported via URL and viewed in Jmol
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1028               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1029               the project is loaded and the structure viewed
1030             </li>
1031           </ul>
1032           <em>Web Services</em>
1033           <ul>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1036               release of Ensembl v.88
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1040               appear enabled in Preferences->Connections
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1044               removed from console output
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1048               Ensembl by Peptide ID
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1052               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1053               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1054               due to 'null' string rather than empty string used for
1055               residues with no corresponding PDB mapping).
1056             </li>
1057           </ul>
1058           <em>Application UI</em>
1059           <ul>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1062               menu
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1066               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1067               new documentation and tooltips added)
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1071               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1075               new features are added to alignment
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1079               changes to feature colours via the Amend features dialog
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1083               edit graduated feature colour via amend features dialog
1084               box
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1088               selection menu changes colours of alignment views
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1092               from alignment calculation workers after alignment has
1093               been closed
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1097               groups now 'Create Group'
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1101               Create/Undefine group doesn't always work
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1105               shown again after pressing 'Cancel'
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1109               adjusts start position in wrap mode
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1113               ambiguous amino acids
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1117               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1118               proteins
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1122               Defined' don't appear in Colours menu
1123             </li>
1124           </ul>
1125           <em>Applet</em>
1126           <ul>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1129               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1133               overview or linked structure view
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1137               work (since 2.8)
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1141               user-defined colourscheme doesn't restore original
1142               colourscheme
1143             </li>
1144           </ul>
1145           <em>Test Suite</em>
1146           <ul>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1149               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1153               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1154               problems with deep array comparison equality asserts in
1155               successive versions of TestNG
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1159               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1160             </li>
1161           </ul>
1162           <em>New Known Issues</em>
1163           <ul>
1164             <li>
1165               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1166               phase after a sequence motif find operation
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1170               containing just upper and lower case letters are
1171               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1175               reliably from eggnog Ortholog database
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1179               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1180               to mark columns containing highlighted regions.
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1184               doesn't always add secondary structure annotation.
1185             </li>
1186           </ul>
1187         </div>
1188     <tr>
1189       <td width="60" nowrap>
1190         <div align="center">
1191           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1192         </div>
1193       </td>
1194       <td><div align="left">
1195           <em>General</em>
1196           <ul>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1199               for all consensus calculations
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1203               3rd Oct 2016)
1204             </li>
1205             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1206               for 2016-2017</li>
1207           </ul>
1208           <em>Application</em>
1209           <ul>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1212               set of database cross-references, sorted alphabetically
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1216               from database cross references. Users with custom links
1217               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1218                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1222               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1223               Chimera session
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1227               the Chimera it is connected to is shut down
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1231               columns menu item to mark columns containing highlighted
1232               regions (e.g. from structure selections or results of a
1233               Find operation)
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1237               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1238               MSAviewer
1239             </li>
1240           </ul>
1241         </div></td>
1242       <td>
1243         <div align="left">
1244           <em>General</em>
1245           <ul>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1248               are not coloured or thresholded according to percent
1249               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1253               hydrophobic
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1257               threshold, amino acid properties)
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1261               reported as mapped to residues in a structure file in the
1262               View Mapping report
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1266               could be added multiple times to a sequence
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1270               bond features shown as two highlighted residues rather
1271               than a range in linked structure views, and treated
1272               correctly when selecting and computing trees from features
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1276               cross-references are matched to database name regardless
1277               of case
1278             </li>
1279
1280           </ul>
1281           <em>Application</em>
1282           <ul>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1285               names without regular expressions also offer links from
1286               Sequence ID
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1290               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1291               update Jalview configuration
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1295               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1299               files with similarly named sequences if dropped onto the
1300               alignment
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1304               entries where more chains exist in the PDB accession than
1305               are reported in the SIFTS file
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1309               the structure view when displayed with Chimera
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1313               panel's View->Show Chains submenu
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1317               work for wrapped alignment views
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1321               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1325               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1326               first annotation row
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1330               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1334               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1335             </li>
1336             <!-- JAL-2319 -->
1337             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1338             coordindate data
1339             </li>
1340           </ul>
1341           <!--           <em>New Known Issues</em>
1342           <ul>
1343             <li></li>
1344           </ul> -->
1345         </div>
1346       </td>
1347     </tr>
1348     <td width="60" nowrap>
1349       <div align="center">
1350         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1351           <em>25/10/2016</em></strong>
1352       </div>
1353     </td>
1354     <td><em>Application</em>
1355       <ul>
1356         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1357           view if structures already loaded</li>
1358         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1359           structure views</li>
1360       </ul></td>
1361     <td>
1362       <div align="left">
1363         <em>General</em>
1364         <ul>
1365           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1366             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1367           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1368             example sequences/projects/trees</li>
1369         </ul>
1370         <em>Application</em>
1371         <ul>
1372           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1373             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1374           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1375             without timeout for structures with multiple models or
1376             multiple sequences in alignment</li>
1377           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1378             PDB ID HEADER line</li>
1379           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1380             is performed</li>
1381           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1382             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1383           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1384           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1385             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1386             option</li>
1387           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1388             is created on the alignment</li>
1389           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1390             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1391             pop-up menu</li>
1392         </ul>
1393         <em>Build and deployment</em>
1394         <ul>
1395           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1396             tags</li>
1397         </ul>
1398         <em>New Known Issues</em>
1399         <ul>
1400           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1401             on Windows</li>
1402         </ul>
1403       </div>
1404     </td>
1405     </tr>
1406     <tr>
1407       <td width="60" nowrap>
1408         <div align="center">
1409           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1410         </div>
1411       </td>
1412       <td><em>General</em>
1413         <ul>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1416           </li>
1417           <li>
1418             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1419             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1420             better PDB parsing.
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1424             reference sequence
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1428             mousing over sequence associated annotation
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1432             for manual entry
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1436             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1437             for each column
1438           </li>
1439           <li>
1440             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1441             showing or hiding columns containing a feature
1442           </li>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1445             group and sequence associated annotation labels
1446           </li>
1447           <li>
1448             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1449             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1450             dialogs
1451           </li>
1452
1453         </ul> <em>Application</em>
1454         <ul>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1457             gene/transcript view
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1461             dialog
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1465             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1469             Pfam sources to xfam.org
1470           </li>
1471           <li>
1472             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1476             over sequences in Jalview
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1480             regions in ENA and EMBL
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1484             for record retrieval via ENA rest API
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1488             complement operator
1489           </li>
1490           <li>
1491             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1492             groovy script execution
1493           </li>
1494           <li>
1495             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1496             alignment window's Calculate menu
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1500             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1504             calculation workers from groovy scripts
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1508             Jalview projects
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1512             associations are now saved/restored from project
1513           </li>
1514           <li>
1515             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1516             before sequence fetcher is opened
1517           </li>
1518           <li>
1519             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1520             database chooser opens a sequence fetcher
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1524             the UniProt REST API
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1528             the news reader opening
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1532             querying stored in preferences
1533           </li>
1534           <li>
1535             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1536             search results
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1540           </li>
1541           <li>
1542             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1543             menu for nucleotide sequences
1544           </li>
1545           <li>
1546             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1547             and feature counts preserves alignment ordering (and
1548             debugged for complex feature sets).
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1552             viewing structures with Jalview 2.10
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1556             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1557             Ensembl Genomes REST API
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1561             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1562             (Ensembl)
1563           </li>
1564           <li>
1565             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1566             sequences
1567           </li>
1568           <li>
1569             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1570             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1571             data from external database records.
1572           </li>
1573           <li>
1574             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1575             efficient recovery of sequence coding and alignment
1576             annotation relationships.
1577           </li>
1578         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1579         <ul>
1580           <li>
1581             -- JAL---
1582           </li>
1583         </ul> --></td>
1584       <td>
1585         <div align="left">
1586           <em>General</em>
1587           <ul>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1590               menu on OSX
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1594               includes graduated colourschemes
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1598               working with big alignments and lots of hidden columns
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1602               at right of alignment window
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1606               contents
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1610               for DNA alignments
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1614               based tree calculation
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1618               unconserved enabled for group on alignment
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1622               set as reference
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1626               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1627               annotation
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1631               hidden columns present
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1635               user created annotation added to alignment
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1639               '()' base pair annotation
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1643               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1644               Consensus
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1648               feature not working
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1652               beginning of sequence
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1656               entry 3a6s
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1660               from a tree when t-coffee scores are shown
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1664               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1668               some structures
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1672               to Clustal, PIR and PileUp output
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1676               not visible causes alignment window to repaint
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1680               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1681               scores associated with features and annotation rows
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1685               calculation should be case independent
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1689               columns
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1693               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1694               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1698               problems when reference sequence defined and 'show
1699               non-conserved' enabled
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1703               load even when Consensus calculation is disabled
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1707               alignment does nothing
1708             </li>
1709           </ul>
1710           <em>Application</em>
1711           <ul>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1714               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1715               yet fixed for El Capitan)
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1719               output when running on non-gb/us i18n platforms
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1723               hidden sequences as flat-file alignment
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1727               launching Chimera
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1731               (also hotfix for 2.9.0b2)
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1735               reference sequence defined
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1739               alignments and views when revealing hidden columns
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1743               view in a cDNA/Protein splitframe
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1747               sequence from project when only one sequence is
1748               represented
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1752               in Structure Chooser
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1756               structure consensus didn't refresh annotation panel
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1760               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1764               dialogs format columns correctly, don't display array
1765               data, sort columns according to type
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1769               file chooser is cancelled during an image export
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1773               sequence name containing special characters
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1777               case insensitive
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1781               formatting don't wrap
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1785               truncated so L looks like I in consensus annotation
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1789               currently displayed features for the current selection or
1790               view
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1794               after fetching cross-references, and restoring from
1795               project
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1799               followed in the structure viewer
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1803               splitframe not restored from project
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1807               trailing end of protein alignment in transcript/product
1808               splitview when pad-gaps not enabled by default
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1812               is case dependent
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1816               article has been read (reopened issue due to
1817               internationalisation problems)
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1821               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1822               cross-references
1823             </li>
1824
1825             <li>
1826               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1827               alignment as HTML
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1831               multiple structures are shown for one or more sequences.
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1835               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1836               is enabled.
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1840               specific PDB id for sequence
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1844               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1845               columns' is disabled.
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1849               selects lowest rather than highest resolution structures
1850               for each sequence
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1854               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1858               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1862               after clicking on it to create new annotation for a
1863               column.
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1867               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1868             </li>
1869             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1870             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1871           </ul>
1872           <em>Applet</em>
1873           <ul>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1876               hidden columns present before start of sequence
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1880               (JSON jars)
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1884               sequences are hidden in applet
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1888               deployment on examples pages.
1889             </li>
1890           </ul>
1891         </div>
1892       </td>
1893     </tr>
1894     <tr>
1895       <td width="60" nowrap>
1896         <div align="center">
1897           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1898             <em>16/10/2015</em></strong>
1899         </div>
1900       </td>
1901       <td><em>General</em>
1902         <ul>
1903           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1904             jars</li>
1905         </ul></td>
1906       <td>
1907         <div align="left">
1908           <em>Application</em>
1909           <ul>
1910             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1911               shown when tree is partitioned</li>
1912             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1913               multiple cDNA/Protein split views</li>
1914           </ul>
1915         </div>
1916       </td>
1917     </tr>
1918     <tr>
1919       <td width="60" nowrap>
1920         <div align="center">
1921           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1922             <em>8/10/2015</em></strong>
1923         </div>
1924       </td>
1925       <td><em>General</em>
1926         <ul>
1927           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1928             2.9</li>
1929         </ul> <em>Application</em>
1930         <ul>
1931           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1932           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1933           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1934         </ul> <em>Applet</em>
1935         <ul>
1936           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1937         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1938         <ul>
1939           <li>
1940             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1941             suite
1942           </li>
1943         </ul></td>
1944       <td>
1945         <div align="left">
1946           <em>General</em>
1947           <ul>
1948             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1949               incorrect when sequence start > 1</li>
1950             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1951               documentation</li>
1952             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1953             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1954               loading a features file containing HTML tags in feature
1955               description</li>
1956
1957           </ul>
1958           <em>Application</em>
1959           <ul>
1960             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1961               reimport</li>
1962             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1963               with 'trim retrieved sequences'</li>
1964             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1965               deleting selected columns</li>
1966             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1967               JNLP templates for webstart launch</li>
1968             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1969               unreleased structures for download or viewing</li>
1970             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1971               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1972             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1973               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1974             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1975               recovered from jalview project</li>
1976             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1977               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1978               alignment view</li>
1979             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1980               color schemes from BioJSON</li>
1981           </ul>
1982           <em>Applet</em>
1983           <ul>
1984             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1985               frame</li>
1986             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1987           </ul>
1988         </div>
1989       </td>
1990     </tr>
1991     <tr>
1992       <td><div align="center">
1993           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1994         </div></td>
1995       <td><em>General</em>
1996         <ul>
1997           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1998             alignments:
1999             <ul>
2000               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2001                 and DNA alignment views</li>
2002               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2003                 cDNA alignment views</li>
2004               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2005                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2006               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2007                 protein sequences</li>
2008             </ul>
2009           </li>
2010           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2011           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2012             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2013           <li>New alignment annotation file statements for
2014             reference sequences and marking hidden columns</li>
2015           <li>Reference sequence based alignment shading to
2016             highlight variation</li>
2017           <li>Select or hide columns according to alignment
2018             annotation</li>
2019           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2020           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2021             acid conservation row</li>
2022           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2023         </ul> <em>Application</em>
2024         <ul>
2025           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2026             <ul>
2027               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2028                 view with cDNA/Protein</li>
2029               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2030                 sequences are placed in the same alignment</li>
2031               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2032                 projects</li>
2033             </ul>
2034           </li>
2035
2036           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2037           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2038             Jalview windows</li>
2039
2040           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2041           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2042           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2043             be shown in VARNA</li>
2044
2045           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2046             as the active selected region</li>
2047
2048           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2049             similarity</li>
2050           <li>New Export options
2051             <ul>
2052               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2053                 region export in flat file generation</li>
2054
2055               <li>Export alignment views for display with the <a
2056                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2057
2058               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2059               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2060                 alignment figures to HTML</li>
2061           </li>
2062           <li>3D structure retrieval and display
2063             <ul>
2064               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2065                 Search API</li>
2066               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2067                 PDB structures for a sequence set</li>
2068             </ul>
2069           </li>
2070
2071           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2072             predictions</li>
2073           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2074             for one or a group of sequences</li>
2075           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2076             from the JPred4 web server</li>
2077           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2078             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2079             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2080           </li>
2081           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2082             VARNA 2D Structure'</li>
2083           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2084             Structure ..."</li>
2085
2086         </ul> <em>Applet</em>
2087         <ul>
2088           <li>New layout for applet example pages</li>
2089           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2090             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2091           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2092             Protein alignments</li>
2093         </ul> <em>Development and deployment</em>
2094         <ul>
2095           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2096           <li>Include installation type and git revision in build
2097             properties and console log output</li>
2098           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2099             storing BioJsMSA Templates</li>
2100           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2101         </ul></td>
2102       <td>
2103         <!-- <em>General</em>
2104         <ul>
2105         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2106         <ul>
2107           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2108           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2109           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2110             predictions are not highlighted in amber</li>
2111           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2112             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2113           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2114             associated structure views</li>
2115           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2116             width checkbox not enabled</li>
2117           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2118             creating user defined colours</li>
2119           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2120             mappings for just that viewer's sequences</li>
2121           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2122             multiple models in Chimera</li>
2123           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2124             over Jmol structure</li>
2125           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2126             output to text box</li>
2127           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2128             have incorrect sequence start/end</li>
2129           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2130             Jalview fails</li>
2131           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2132             work for nucleotide</li>
2133           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2134             to a grey/invisible alignment window</li>
2135           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2136             imports to different position</li>
2137           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2138             on some platforms</li>
2139           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2140             populated</li>
2141           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2142             console if Chimera has been opened</li>
2143           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2144           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2145             retrieved</li>
2146           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2147           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2148             either sequence shows on first structure</li>
2149           <li>'Show annotations' options should not make
2150             non-positional annotations visible</li>
2151           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2152             in right place after 'view flanking regions'</li>
2153           <li>File Save As type unset when current file format is
2154             unknown</li>
2155           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2156             projects</li>
2157           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2158             responsive</li>
2159           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2160             several views on same alignment</li>
2161           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2162           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2163             spaces</li>
2164         </ul> <em>Applet</em>
2165         <ul>
2166           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2167           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2168             descriptions containing angle brackets</li>
2169         </ul> <em>General</em>
2170         <ul>
2171           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2172             via jalview annotation file</li>
2173           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2174             with RNA secondary structure</li>
2175           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2176             translation doesn't work.</li>
2177           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2178           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2179             positions</li>
2180           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2181             choosing 1pt font</li>
2182           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2183             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2184             'h'</li>
2185           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2186             new feature</li>
2187           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2188             order dependent</li>
2189           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2190             sequences</li>
2191           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2192         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2193         <ul>
2194           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2195             www.jalview.org</li>
2196         </ul> <em>Application Known issues</em>
2197         <ul>
2198           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2199           <li>Misleading message appears after trying to delete
2200             solid column.</li>
2201           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2202             version launches</li>
2203           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2204             fails with a sequence mismatch</li>
2205           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2206             scrolling alignment to right</li>
2207           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2208             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2209           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2210             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2211           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2212             ultra-high resolution</li>
2213           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2214             quality and conservation</li>
2215           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2216             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2217         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2218         <ul>
2219           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2220           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2221             window is being resized</li>
2222
2223         </ul>
2224       </td>
2225     </tr>
2226     <tr>
2227       <td><div align="center">
2228           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2229         </div></td>
2230       <td><em>General</em>
2231         <ul>
2232           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2233             Certum.PL.</li>
2234           <li>Features and annotation preserved when performing
2235             pairwise alignment</li>
2236           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2237             imported/exported/displayed</li>
2238           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2239             protein secondary structure</li>
2240           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2241               post-hoc with 2.9 release</em>)
2242           </li>
2243
2244         </ul> <em>Application</em>
2245         <ul>
2246           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2247             with 3D structures</li>
2248           <li>Support for parsing RNAML</li>
2249           <li>Annotations menu for layout
2250             <ul>
2251               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2252               <li>place sequence annotation above/below alignment
2253                 annotation</li>
2254             </ul>
2255           <li>Output in Stockholm format</li>
2256           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2257             translation</li>
2258           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2259           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2260             shared between alignments</li>
2261           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2262             Jalview</li>
2263           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2264             all or current selection</li>
2265           <li>disorder and secondary structure predictions
2266             available as dataset annotation</li>
2267           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2268
2269
2270           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2271             alignments from Rfam</li>
2272           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2273
2274           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2275             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2276           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2277           <li>include installation type in build properties and
2278             console log output</li>
2279           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2280             annotation</li>
2281         </ul></td>
2282       <td>
2283         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2284         <ul>
2285           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2286             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2287           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2288             alignment</li>
2289           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2290           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2291           <li>Double click on sequence associated annotation
2292             selects only first column</li>
2293           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2294             leaves shown in tree</li>
2295           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2296             properly</li>
2297           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2298           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2299             screen and buttons not visible</li>
2300           <li>author list isn't updated if already written to
2301             Jalview properties</li>
2302           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2303             from database</li>
2304           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2305           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2306             browser search window</li>
2307           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2308             in feature settings dialog</li>
2309           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2310             desktop</li>
2311           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2312             pass validation</li>
2313           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2314             fit on screen</li>
2315           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2316             tooltip</li>
2317           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2318             defined user preset</li>
2319           <li>MSA web services warns user if they were launched
2320             with invalid input</li>
2321           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2322             Java 8</li>
2323           <li>
2324             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2325             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2326             created
2327           </li>
2328
2329         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2330         <ul>
2331         </ul> <em>General</em>
2332         <ul>
2333         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2334         <ul>
2335           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2336             memory allocation</li>
2337           <li>launchApp service doesn't automatically open
2338             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2339           <li>
2340             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2341             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2342             1.7_055 is available
2343           </li>
2344         </ul> <em>Application Known issues</em>
2345         <ul>
2346           <li>
2347             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2348             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2349             alignment to right
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2353             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2354             with large number of ID
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2358             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2359             start/end
2360           </li>
2361           <li>
2362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2363             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2364             structure tracks are rearranged
2365           </li>
2366           <li>
2367             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2368             invalid rna structure positional highlighting does not
2369             highlight position of invalid base pairs
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2373             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2374             project from alignment window file menu
2375           </li>
2376           <li>
2377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2378             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2379             structures
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2383             colour by RNA Helices not enabled when user created
2384             annotation added to alignment
2385           </li>
2386           <li>
2387             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2388             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2389           </li>
2390         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2391         <ul>
2392           <li>
2393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2394             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2395           </li>
2396           <li>
2397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2398             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2399           </li>
2400
2401           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2402             when selected</li>
2403         </ul>
2404       </td>
2405     </tr>
2406     <tr>
2407       <td><div align="center">
2408           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2409         </div></td>
2410       <td>
2411         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2412         <em>General</em>
2413         <ul>
2414           <li>Internationalisation of user interface (usually
2415             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2416           <li>Define/Undefine group on current selection with
2417             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2418           <li>Improved group creation/removal options in
2419             alignment/sequence Popup menu</li>
2420           <li>Sensible precision for symbol distribution
2421             percentages shown in logo tooltip.</li>
2422           <li>Annotation panel height set according to amount of
2423             annotation when alignment first opened</li>
2424         </ul> <em>Application</em>
2425         <ul>
2426           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2427             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2428           <li>Select columns containing particular features from
2429             Feature Settings dialog</li>
2430           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2431             sequences</li>
2432           <li>Update Jalview project format:
2433             <ul>
2434               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2435               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2436                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2437               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2438                 colouring</li>
2439             </ul>
2440           </li>
2441           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2442             (PAM250)</li>
2443           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2444             flanking regions for an alignment</li>
2445         </ul>
2446       </td>
2447       <td>
2448         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2449         <ul>
2450           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2451             running after job is cancelled</li>
2452           <li>cannot export features from alignments imported from
2453             Jalview/VAMSAS projects</li>
2454           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2455             float values</li>
2456           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2457             have 'display all symbols' flag set</li>
2458           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2459             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2460           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2461             Jalview</li>
2462           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2463             Lion/Webstart</li>
2464           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2465           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2466           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2467             alignment onto desktop</li>
2468           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2469             'extract scores' function</li>
2470           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2471             alignment window</li>
2472           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2473             performing IUPred disorder prediction</li>
2474           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2475             changing 'normalise logo' display setting</li>
2476           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2477             nothing matches query</li>
2478           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2479             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2480           </li>
2481           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2482             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2483           </li>
2484           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2485             Jalview's menu</li>
2486           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2487             'invalid literal/length code'</li>
2488           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2489             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2490           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2491             colourscheme</li>
2492
2493         </ul> <em>Applet</em>
2494         <ul>
2495           <li>Remove group option is shown even when selection is
2496             not a group</li>
2497           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2498             don't affect groups</li>
2499           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2500             colourscheme name</li>
2501           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2502             Annotation panel is not displayed</li>
2503           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2504             embedded windows</li>
2505         </ul> <em>Other</em>
2506         <ul>
2507           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2508             single sequence were not calculated</li>
2509           <li>annotation files that contain only groups imported as
2510             annotation and junk sequences</li>
2511           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2512             recognised as PFAM or BLC</li>
2513           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2514             doesn't affect background (2.8.0b1)
2515           <li></li>
2516           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2517           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2518             trailing gaps</li>
2519           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2520             registered correctly on import</li>
2521           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2522             certain alignments</li>
2523           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2524             existing annotation based 'use original colours'
2525             colourscheme loses original colours setting</li>
2526         </ul>
2527       </td>
2528     </tr>
2529     <tr>
2530       <td><div align="center">
2531           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2532             <em>30/1/2014</em></strong>
2533         </div></td>
2534       <td>
2535         <ul>
2536           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2537             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2538             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2539             open source project).
2540           </li>
2541           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2542           <li>Output in Stockholm format</li>
2543           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2544           <li>Export/import group and sequence associated line
2545             graph thresholds</li>
2546           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2547             ambiguity codes</li>
2548           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2549             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2550             works</li>
2551           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2552         </ul> <em>Other improvements</em>
2553         <ul>
2554           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2555           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2556             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2557           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2558             files</li>
2559           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2560           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2561             link but no description</li>
2562           <li>Select primary source when selecting authority in
2563             database fetcher GUI</li>
2564           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2565             Jalview</li>
2566           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2567         </ul>
2568       </td>
2569       <td>
2570         <ul>
2571           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2572             displayed</li>
2573           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2574             secondary structure annotation line</li>
2575           <li>Sequence database accessions not imported when
2576             fetching alignments from Rfam</li>
2577           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2578             identical IDs</li>
2579           <li>View all structures does not always superpose
2580             structures</li>
2581           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2582             reflect user or preset settings</li>
2583           <li>Null pointer exceptions for some services without
2584             presets or adjustable parameters</li>
2585           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2586             discover PDB xRefs</li>
2587           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2588             features with DAS</li>
2589           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2590             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2591           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2592             residue follows a gap</li>
2593           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2594             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2595           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2596             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2597           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2598             annotation already exists on alignment</li>
2599           <li>oninit javascript function should be called after
2600             initialisation completes</li>
2601           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2602             alignment window display</li>
2603           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2604           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2605             to annotation file</li>
2606           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2607             groups created</li>
2608           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2609             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2610           <li>Pressing return several times causes Number Format
2611             exceptions in keyboard mode</li>
2612           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2613             correct partitions for input data</li>
2614           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2615           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2616           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2617           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2618             mode</li>
2619           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2620             changes one row&#39;s threshold</li>
2621           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2622             doesn&#39;t open</li>
2623           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2624             quality histograms</li>
2625         </ul>
2626       </td>
2627     </tr>
2628     <tr>
2629       <td><div align="center">
2630           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2631         </div></td>
2632       <td><em>Application</em>
2633         <ul>
2634           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2635             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2636           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2637             preferences</li>
2638           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2639             in Jalview alignment window</li>
2640           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2641             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2642           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2643             RNA and ambiguity codes</li>
2644
2645           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2646           <li>Support fetching and database reference look up
2647             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2648             refs')</li>
2649           <li>Jalview project improvements
2650             <ul>
2651               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2652                 flag for annotation</li>
2653               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2654                 alignment</li>
2655               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2656                 Jalview project</li>
2657
2658             </ul>
2659           </li>
2660           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2661           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2662             running</li>
2663           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2664           <li>visual indication that web service results are still
2665             being retrieved from server</li>
2666           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2667             starts up for first time</li>
2668           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2669             services</li>
2670           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2671             client library</li>
2672           <li>Examples directory and Groovy library included in
2673             InstallAnywhere distribution</li>
2674         </ul> <em>Applet</em>
2675         <ul>
2676           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2677             visualization applet example</li>
2678         </ul> <em>General</em>
2679         <ul>
2680           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2681           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2682             defaults</li>
2683           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2684             calculation</li>
2685           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2686             matrices
2687           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2688             in HTML</li>
2689           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2690             structure contacts</li>
2691           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2692           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2693           <li>Parse sequence associated secondary structure
2694             information in Stockholm files</li>
2695           <li>HTML Export database accessions and annotation
2696             information presented in tooltip for sequences</li>
2697           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2698             style RNA alignment files</li>
2699           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2700             alignment</li>
2701           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2702             shade each sequence according to its associated alignment
2703             annotation</li>
2704           <li>New Jalview Logo</li>
2705         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2706         <ul>
2707           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2708           <li>New Website!</li>
2709         </ul></td>
2710       <td><em>Application</em>
2711         <ul>
2712           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2713             wsdbfetch REST service</li>
2714           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2715           <li>Filetype associations not installed for webstart
2716             launch</li>
2717           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2718             job execution in full once it is complete</li>
2719           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2720             uploaded via ali_file parameter</li>
2721           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2722           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2723           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2724             submitted for prediction</li>
2725           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2726             desktop window</li>
2727           <li>Putting fractional value into integer text box in
2728             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2729           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2730             windows 7</li>
2731           <li>View all structures fails with exception shown in
2732             structure view</li>
2733           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2734             escaped in a platform independent way</li>
2735           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2736             using proxy</li>
2737           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2738             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2739           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2740             failure when java web start temporary file caching is
2741             disabled</li>
2742           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2743             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2744           <li>Errors during processing of command line arguments
2745             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2746           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2747             DAS sources in sequence fetcher</li>
2748           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2749             dialog is shown</li>
2750           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2751           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2752           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2753           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2754             on OSX Mountain Lion</li>
2755           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2756             sequences with alignment annotation are pasted into the
2757             alignment</li>
2758           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2759             when loaded from Jalview project</li>
2760           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2761           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2762             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2763           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2764             associated with all views</li>
2765           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2766             annotation rows to new window</li>
2767         </ul> <em>Applet</em>
2768         <ul>
2769           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2770             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2771           <li>loading features via javascript API automatically
2772             enables feature display</li>
2773           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2774             work</li>
2775         </ul> <em>General</em>
2776         <ul>
2777           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2778           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2779             and then deselected</li>
2780           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2781           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2782             coloured with clustalx</li>
2783           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2784             exceptions and redraw errors</li>
2785           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2786             reconfigured view</li>
2787           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2788             colour</li>
2789           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2790             for lots of labels</li>
2791         </ul>
2792     </tr>
2793     <tr>
2794       <td>
2795         <div align="center">
2796           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2797         </div>
2798       </td>
2799       <td><em>Application</em>
2800         <ul>
2801           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2802           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2803           <li>View/alignment association menu to enable user to
2804             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2805             its colours/correspondences from</li>
2806           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2807           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2808             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2809           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2810           <li>Annotation row column label formatting attributes
2811             stored in project file</li>
2812           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2813             rows preserved in Jalview project file</li>
2814           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2815             saved using Desktop window menu</li>
2816           <li>Visual indication that command line arguments are
2817             still being processed</li>
2818           <li>Groovy script execution from URL</li>
2819           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2820             preferences</li>
2821           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2822             alignment with sequences that have high similarity and
2823             matching IDs</li>
2824           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2825           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2826             structures in same window</li>
2827           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2828           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2829             analysis function in its own submenu</li>
2830         </ul> <em>Applet</em>
2831         <ul>
2832           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2833             groups</li>
2834           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2835           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2836           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2837           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2838           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2839             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2840           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2841           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2842             parameters are treated as such</li>
2843           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2844             <ul>
2845               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2846               <li>Javascript callbacks for
2847                 <ul>
2848                   <li>Applet initialisation</li>
2849                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2850                 </ul>
2851               </li>
2852               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2853                 functions</li>
2854               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2855               <li>javascript structure viewer harness to pass
2856                 messages between Jmol and Jalview when running as
2857                 distinct applets</li>
2858               <li>sortBy method</li>
2859               <li>Set of applet and application examples shipped
2860                 with documentation</li>
2861               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2862                 javascript message exchange</li>
2863             </ul>
2864         </ul> <em>General</em>
2865         <ul>
2866           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2867             multiple alignments</li>
2868           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2869           <li>User configurable link to enable redirects to a
2870             www.Jalview.org mirror</li>
2871           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2872           <li>Configurable newline string when writing alignment
2873             and other flat files</li>
2874           <li>Allow alignment annotation description lines to
2875             contain html tags</li>
2876         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2877         <ul>
2878           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2879             examples</li>
2880           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2881             using a web service before displaying the result in the
2882             Jalview desktop</li>
2883           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2884           <li>Ant target to publish example html files with applet
2885             archive</li>
2886           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2887           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2888         </ul></td>
2889       <td><em>Application</em>
2890         <ul>
2891           <li>User defined colourscheme throws exception when
2892             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2893           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2894             dialog for valid filename/format</li>
2895           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2896           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2897             P37173</li>
2898           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2899             which sequence is to be associated with the file</li>
2900           <li>Find All raises null pointer exception when query
2901             only matches sequence IDs</li>
2902           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2903           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2904             2.4 cannot be loaded</li>
2905           <li>Filetype associations not installed for webstart
2906             launch</li>
2907           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2908             with sequences in different alignments do not get coloured
2909             by their associated sequence</li>
2910           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2911             not preserved when project is loaded</li>
2912           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2913             stored in Jalview project</li>
2914           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2915             Jalview project</li>
2916           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2917           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2918             by conservation</li>
2919           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2920             created on new view</li>
2921           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2922             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2923           <li>Alignment quality not updated after alignment
2924             annotation row is hidden then shown</li>
2925           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2926             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2927           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2928             properly</li>
2929           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2930             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2931           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2932           <li>Structures imported from file and saved in project
2933             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2934           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2935             job execution in full once it is complete</li>
2936         </ul> <em>Applet</em>
2937         <ul>
2938           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2939             annotation rows are displayed</li>
2940           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2941             codebase</li>
2942           <li>View follows highlighting does not work for positions
2943             in sequences</li>
2944           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2945           <li>Export features raises exception when no features
2946             exist</li>
2947           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2948             for javascript api is modified when separator string
2949             provided as parameter</li>
2950           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2951             alignment with no existing selection</li>
2952           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2953             to applet&#39;s codebase</li>
2954           <li>Status bar not updated after finished searching and
2955             search wraps around to first result</li>
2956           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2957             several Jalview applets causes race conditions and memory
2958             leaks</li>
2959           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2960             not sent from Jmol in applet</li>
2961           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2962             applet API fatally hang browser</li>
2963         </ul> <em>General</em>
2964         <ul>
2965           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2966             position with wrapped view and hidden regions</li>
2967           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2968             with/without hidden columns</li>
2969           <li>Sequence length given in alignment properties window
2970             is off by 1</li>
2971           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2972             import PDB like structure files</li>
2973           <li>Positional search results are only highlighted
2974             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2975           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2976           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2977             given sequence position</li>
2978           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2979             output</li>
2980           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2981             from nucleotide chains correctly</li>
2982           <li>Structure colours not updated when tree partition
2983             changed in alignment</li>
2984           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2985             parsed in interleaved stockholm</li>
2986           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2987             state</li>
2988           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2989             properly</li>
2990           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2991             properly associated with their pdb files</li>
2992         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2993         <ul>
2994           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2995             ApplyCopyright tool</li>
2996         </ul></td>
2997     </tr>
2998     <tr>
2999       <td>
3000         <div align="center">
3001           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3002         </div>
3003       </td>
3004       <td><em>Application</em>
3005         <ul>
3006           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3007             contact web services</li>
3008           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3009             service job window</li>
3010           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3011         </ul></td>
3012       <td>
3013         <ul>
3014           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3015             pir file emitted by Jalview</li>
3016           <li>Existing feature settings transferred to new
3017             alignment view created from cut'n'paste</li>
3018           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3019             parsing PDB files</li>
3020           <li>Consensus and conservation annotation rows
3021             occasionally become blank for all new windows</li>
3022           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3023             in wrapped view mode</li>
3024         </ul> <em>Application</em>
3025         <ul>
3026           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3027             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3028           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3029             parameter names</li>
3030           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3031             is down</li>
3032         </ul>
3033       </td>
3034     </tr>
3035     <tr>
3036       <td>
3037         <div align="center">
3038           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3039         </div>
3040       </td>
3041       <td><em>Application</em>
3042         <ul>
3043           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3044             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3045             (JABAWS)
3046           </li>
3047           <li>Web Services preference tab</li>
3048           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3049             preferences</li>
3050           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3051           <li>Superpose structures using associated sequence
3052             alignment</li>
3053           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3054             viewer</li>
3055         </ul> <em>Applet</em>
3056         <ul>
3057           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3058             link out mechanism</li>
3059         </ul> <em>Other</em>
3060         <ul>
3061           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3062             series 12</li>
3063           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3064             require Java 1.5</li>
3065           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3066             sequence annotation files</li>
3067           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3068             type colour specification</li>
3069           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3070             script to check if it being run in an interactive session or
3071             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3072         </ul></td>
3073       <td>
3074         <ul>
3075           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3076             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3077         </ul> <em>Application</em>
3078         <ul>
3079           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3080             selected Regions menu item</li>
3081           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3082             part of a valid accession ID</li>
3083           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3084             runs out of memory</li>
3085           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3086             analysis results</li>
3087           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3088             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3089           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3090         </ul> <em>Applet</em>
3091         <ul>
3092           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3093             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3094             defined.</li>
3095         </ul>
3096       </td>
3097     </tr>
3098     <tr>
3099       <td>
3100         <div align="center">
3101           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3102         </div>
3103       </td>
3104       <td></td>
3105       <td>
3106         <ul>
3107           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3108             sequence IDs</li>
3109           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3110             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3111           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3112             import correctly</li>
3113           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3114             number of columns are hidden</li>
3115           <li>annotation label popup menu not providing correct
3116             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3117             present</li>
3118           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3119             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3120           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3121             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3122
3123         </ul> <em>Applet</em>
3124         <ul>
3125           <li>annotation panel disappears when annotation is
3126             hidden/removed</li>
3127         </ul> <em>Application</em>
3128         <ul>
3129           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3130             alignment opened where annotation panel is visible but no
3131             annotations are present on alignment</li>
3132           <li>pasted region containing hidden columns is
3133             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3134           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3135             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3136           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3137             selected Rregions menu item.</li>
3138           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3139             'Un' or 'Non'conserved</li>
3140           <li>Sequence feature settings are being shared by
3141             multiple distinct alignments</li>
3142           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3143             changed</li>
3144           <li>double click on group annotation to select sequences
3145             does not propagate to associated trees</li>
3146           <li>Mac OSX specific issues:
3147             <ul>
3148               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3149                 window background</li>
3150               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3151                 name set correctly</li>
3152               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3153                 save feature colourscheme button</li>
3154             </ul>
3155           </li>
3156         </ul>
3157       </td>
3158     </tr>
3159     <tr>
3160
3161       <td>
3162         <div align="center">
3163           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3164         </div>
3165       </td>
3166       <td><em>New Capabilities</em>
3167         <ul>
3168           <li>URL links generated from description line for
3169             regular-expression based URL links (applet and application)
3170
3171           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3172             menu</li>
3173           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3174             structures</li>
3175           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3176             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3177           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3178             average score or total feature count for each sequence.</li>
3179           <li>Shading features by score or associated description</li>
3180           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3181             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3182           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3183             hide everything but the currently selected region.</li>
3184           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3185         </ul> <em>Application</em>
3186         <ul>
3187           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3188             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3189           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3190             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3191           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3192             database references and protein_name is parsed as
3193             description line (BioSapiens terms).</li>
3194           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3195             references in sequence ID tooltip from View menu in
3196             application.</li>
3197           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3198       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3199           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3200             conservation plots</li>
3201           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3202             and visualized as sequence logos</li>
3203           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3204             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3205           </li>
3206           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3207             when a new tree is opened.</li>
3208           <li>Jalview Java Console</li>
3209           <li>Better placement of desktop window when moving
3210             between different screens.</li>
3211           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3212             consensus annotation</li>
3213           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3214             Workflows</li>
3215           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3216             <ul>
3217               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3218                 used to preserve views, structures, and tree display
3219                 settings)</li>
3220               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3221                 command line</li>
3222               <li>Sharing of selected regions between views and
3223                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3224               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3225             </ul></li>
3226         </ul> <em>Applet</em>
3227         <ul>
3228           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3229           <li>New Parameters
3230             <ul>
3231               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3232                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3233                 opened.</li>
3234               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3235                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3236               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3237                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3238               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3239                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3240                 view</li>
3241               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3242                 increase the height or width of a cell in the alignment
3243                 grid relative to the current font size.</li>
3244             </ul>
3245           </li>
3246           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3247             tooltip</li>
3248         </ul> <em>Other</em>
3249         <ul>
3250           <li>Features format: graduated colour definitions and
3251             specification of feature scores</li>
3252           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3253             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3254             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3255           <li>XML formats extended to support graduated feature
3256             colourschemes, group associated annotation, and profile
3257             visualization settings.</li></td>
3258       <td>
3259         <ul>
3260           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3261             rather than description</li>
3262           <li>Non-positional features are now included in sequence
3263             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3264             visibility in tooltip).</li>
3265           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3266           <li>Added URL embedding instructions to features file
3267             documentation.</li>
3268           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3269             'X' in peptide product</li>
3270           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3271             sequence ID and sequence string and query strings do not
3272             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3273           <li>AMSA files only contain first column of
3274             multi-character column annotation labels</li>
3275           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3276             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3277             exported and re-imported)</li>
3278           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3279             name</li>
3280           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3281             as subsequence matches, and correctly reports total number
3282             of both.</li>
3283           <li>Application:
3284             <ul>
3285               <li>Better handling of exceptions during sequence
3286                 retrieval</li>
3287               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3288                 link text excludes the start_end suffix</li>
3289               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3290                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3291               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3292               <li>Sequence description lines properly shared via
3293                 VAMSAS</li>
3294               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3295                 data sources</li>
3296               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3297                 completes before alignment figures are generated.</li>
3298               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3299                 first time.</li>
3300               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3301                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3302               <li>User defined group colours properly recovered
3303                 from Jalview projects.</li>
3304             </ul>
3305           </li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308
3309     </tr>
3310     <tr>
3311       <td>
3312         <div align="center">
3313           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3314         </div>
3315       </td>
3316       <td>
3317         <ul>
3318           <li>Experimental support for google analytics usage
3319             tracking.</li>
3320           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3321         </ul>
3322       </td>
3323       <td>
3324         <ul>
3325           <li>Race condition in applet preventing startup in
3326             jre1.6.0u12+.</li>
3327           <li>Exception when feature created from selection beyond
3328             length of sequence.</li>
3329           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3330           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3331             all sequences with a given id</li>
3332           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3333             ID string searches</li>
3334           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3335             alignment to fail with exception</li>
3336         </ul> <em>Application Issues</em>
3337         <ul>
3338           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3339           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3340             data sources</li>
3341         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3342         <ul>
3343           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3344             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3345           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3346             version (java class versioning error fixed)</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td>
3352
3353         <div align="center">
3354           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3355         </div>
3356       </td>
3357       <td><em>User Interface</em>
3358         <ul>
3359           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3360             translation and protein products</li>
3361           <li>Linked highlighting of structure associated with
3362             residue mapping to codon position</li>
3363           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3364             and 'clear' button</li>
3365           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3366             Tools menu</li>
3367           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3368             numeric data in description line</li>
3369           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3370           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3371             of sequence</li>
3372         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3373         <ul>
3374           <li>JPred3 web service</li>
3375           <li>Prototype sequence search client (no public services
3376             available yet)</li>
3377           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3378             PFAM</li>
3379           <li>URL Links created for matching database cross
3380             references as well as sequence ID</li>
3381           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3382         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3383         <ul>
3384           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3385             databases</li>
3386           <li>Generalised database reference retrieval and
3387             validation to all fetchable databases</li>
3388           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3389             sequence command</li>
3390         </ul> <em>Import and Export</em>
3391         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3392         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3393           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3394         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3395           File</li>
3396         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3397           triplet as name of colourscheme</li>
3398         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3399         <ul>
3400           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3401           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3402             alignments (experimental)</li>
3403           <li>Create new or select existing session to join</li>
3404           <li>load and save of vamsas documents</li>
3405         </ul> <em>Application command line</em>
3406         <ul>
3407           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3408             from applet)</li>
3409           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3410             of DAS servers to query for alignment features</li>
3411           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3412             that are also automatically queried for features</li>
3413           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3414             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3415         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3416         <ul>
3417           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3418             application (when using &quot;View in full
3419             application&quot;)</li>
3420         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3421         <ul>
3422           <li>feature group display control parameter</li>
3423           <li>debug parameter</li>
3424           <li>showbutton parameter</li>
3425         </ul> <em>Applet API methods</em>
3426         <ul>
3427           <li>newView public method</li>
3428           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3429           <li>Feature display control methods</li>
3430           <li>get list of currently selected sequences</li>
3431         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3432         <ul>
3433           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3434           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3435             Jalview release.</li>
3436           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3437             property controls execution of obfuscator</li>
3438           <li>Build target for generating source distribution</li>
3439           <li>Debug flag for javacc</li>
3440           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3441             jalview.bin.Cache</li>
3442           <li>Continuous Build Integration for stable and
3443             development version of Application, Applet and source
3444             distribution</li>
3445         </ul></td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>selected region output includes visible annotations
3449             (for certain formats)</li>
3450           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3451             for editing</li>
3452           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3453           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3454           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3455           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3456             comments</li>
3457           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3458             filenames containing a ':'</li>
3459           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3460             global sequence features</li>
3461           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3462             references from alignment sequences goes to zero</li>
3463           <li>Close of tree branch colour box without colour
3464             selection causes cascading exceptions</li>
3465           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3466           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3467             file parsing fails.</li>
3468           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3469           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3470             not a valid output format</li>
3471           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3472             vamsas</li>
3473           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3474           <li>error messages passed up and output when data read
3475             fails</li>
3476           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3477             sequence is edited</li>
3478           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3479             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3480           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3481             filetype</li>
3482           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3483             import fixed for PFAM records</li>
3484           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3485             window list</li>
3486           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3487             can be read and written correctly to annotation file</li>
3488           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3489             correctly</li>
3490           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3491             non-italic font for representatives in Applet</li>
3492           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3493             Macs.</li>
3494           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3495             Applet)</li>
3496           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3497             due to null pointer exceptions</li>
3498           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3499             first column of alignment</li>
3500           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3501             July 2008</li>
3502           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3503             file is case-insensitive</li>
3504           <li>Sequence features read from Features file appended to
3505             all sequences with matching IDs</li>
3506           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3507             containing a sub-sequence</li>
3508           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3509           <li>feature and annotation file applet parameters
3510             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3511           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3512           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3513             splash-screen version check to complete</li>
3514           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3515             when passing them to the launchApp service</li>
3516           <li>display name and local features preserved in results
3517             retrieved from web service</li>
3518           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3519             sequence fetcher initialisation</li>
3520           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3521             dasobert DAS client</li>
3522           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3523             association</li>
3524           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3525             sequences
3526           </li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529     </tr>
3530     <tr>
3531       <td>
3532         <div align="center">
3533           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3534         </div>
3535       </td>
3536       <td>
3537         <ul>
3538           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3539           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3540           <li>Slide sequences</li>
3541           <li>Edit sequence in place</li>
3542           <li>EMBL CDS features</li>
3543           <li>DAS Feature mapping</li>
3544           <li>Feature ordering</li>
3545           <li>Alignment Properties</li>
3546           <li>Annotation Scores</li>
3547           <li>Sort by scores</li>
3548           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3554           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3555           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3556           <li>Feature group display state in XML</li>
3557           <li>Feature ordering in XML</li>
3558           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3559           <li>Stockholm alignment properties</li>
3560           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3561           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3562           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3563           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3564         </ul>
3565       </td>
3566
3567     </tr>
3568     <tr>
3569       <td>
3570         <div align="center">
3571           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3572         </div>
3573       </td>
3574       <td>
3575         <ul>
3576           <li>Non standard characters can be read and displayed
3577           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3578             applet via textbox
3579           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3580             name &amp; description
3581           <li>Preference setting to display sequence name in
3582             italics
3583           <li>Annotation file format extended to allow
3584             Sequence_groups to be defined
3585           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3586             specified in preferences
3587           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3588             sequences
3589         </ul>
3590       </td>
3591       <td>
3592         <ul>
3593           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3594             installed
3595           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3596           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3597         </ul>
3598       </td>
3599     </tr>
3600     <tr>
3601       <td>
3602         <div align="center">
3603           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3604         </div>
3605       </td>
3606       <td>
3607         <ul>
3608           <li>Multiple views on alignment
3609           <li>Sequence feature editing
3610           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3611           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3612           <li>Background dependent text colour
3613           <li>Right align sequence ids
3614           <li>User-defined lower case residue colours
3615           <li>Format Menu
3616           <li>Select Menu
3617           <li>Menu item accelerator keys
3618           <li>Control-V pastes to current alignment
3619           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3620           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3621           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3622
3623           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3624         </ul>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3629           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3630             calculations
3631           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3632             edits
3633           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3634             of alignment)
3635           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3636
3637           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3638             display correctly
3639           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3640           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3641             analysis results
3642           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3643             &#8739;
3644           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3645           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3646           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3647
3648         </ul>
3649       </td>
3650     </tr>
3651     <tr>
3652       <td>
3653         <div align="center">
3654           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3655         </div>
3656       </td>
3657       <td>
3658         <ul>
3659           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3665             sequence id panel has been resized</li>
3666           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3667             rendered</li>
3668           <li>Annotation files with sequence references - all
3669             elements in file are relative to sequence position</li>
3670           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3671         </ul>
3672       </td>
3673     </tr>
3674     <tr>
3675       <td>
3676         <div align="center">
3677           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3678         </div>
3679       </td>
3680       <td>
3681         <ul>
3682           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3683           <li>DAS Feature fetching</li>
3684           <li>Hide sequences and columns</li>
3685           <li>Export Annotations and Features</li>
3686           <li>GFF file reading / writing</li>
3687           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3688             files</li>
3689           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3690           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3691           <li>Applet can launch the full application</li>
3692           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3693             required)</li>
3694           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3695           <li>Applet can load sequences from parameter
3696             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3697           </li>
3698         </ul>
3699       </td>
3700       <td>
3701         <ul>
3702           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3703           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3704           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3705         </ul>
3706       </td>
3707     </tr>
3708     <tr>
3709       <td>
3710         <div align="center">
3711           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3712         </div>
3713       </td>
3714       <td>
3715         <ul>
3716           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3717           <li>Choose to match case when searching</li>
3718           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3719             expand the visible width and height of the alignment</li>
3720         </ul>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3725         </ul>
3726       </td>
3727     </tr>
3728     <tr>
3729       <td>
3730         <div align="center">
3731           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3732         </div>
3733       </td>
3734       <td>&nbsp;</td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3738           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3739             value</li>
3740         </ul>
3741       </td>
3742     </tr>
3743     <tr>
3744       <td>
3745         <div align="center">
3746           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3747         </div>
3748       </td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3752           <li>Keyboard editing</li>
3753           <li>Create sequence features from searches</li>
3754           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3755             alignments</li>
3756           <li>Features file allows grouping of features</li>
3757           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3758           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3759           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3760         </ul>
3761       </td>
3762       <td>
3763         <ul>
3764           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3765           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3766             descriptions saved.</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769     </tr>
3770     <tr>
3771       <td>
3772         <div align="center">
3773           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3774         </div>
3775       </td>
3776       <td>
3777         <ul>
3778           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3779           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3780           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3781             name for file output</li>
3782           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3783           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3784             used for HTML form input</li>
3785         </ul>
3786       </td>
3787       <td>
3788         <ul>
3789           <li>HTML output writes groups and features</li>
3790           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3791           <li>File IO bugs</li>
3792         </ul>
3793       </td>
3794     </tr>
3795     <tr>
3796       <td>
3797         <div align="center">
3798           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3799         </div>
3800       </td>
3801       <td>
3802         <ul>
3803           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3804           <li>More options for PCA viewer</li>
3805         </ul>
3806       </td>
3807       <td>
3808         <ul>
3809           <li>GUI bugs resolved</li>
3810           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3811         </ul>
3812       </td>
3813     </tr>
3814     <tr>
3815       <td height="63">
3816         <div align="center">
3817           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3818         </div>
3819       </td>
3820       <td>
3821         <ul>
3822           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3823           <li>Jar files are executable</li>
3824           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3825         </ul>
3826       </td>
3827       <td>
3828         <ul>
3829           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3830           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3831           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3832         </ul>
3833       </td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td>
3837         <div align="center">
3838           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3839         </div>
3840       </td>
3841       <td>
3842         <ul>
3843           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846       <td>
3847         <ul>
3848           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3849         </ul>
3850       </td>
3851     </tr>
3852     <tr>
3853       <td>
3854         <div align="center">
3855           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3856         </div>
3857       </td>
3858       <td>
3859         <ul>
3860           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3861             size</li>
3862         </ul>
3863       </td>
3864       <td>
3865         <ul>
3866           <li>Improved JPred client reliability</li>
3867           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3868         </ul>
3869       </td>
3870     </tr>
3871     <tr>
3872       <td>
3873         <div align="center">
3874           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3875         </div>
3876       </td>
3877       <td>
3878         <ul>
3879           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3880           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3881           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3882             to Colour Menu</li>
3883           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3884           <li>Unix users can set default web browser</li>
3885           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3886           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3887         </ul>
3888       </td>
3889       <td>
3890         <ul>
3891           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3892         </ul>
3893       </td>
3894     </tr>
3895     <tr>
3896       <td>
3897         <div align="center">
3898           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3899         </div>
3900       </td>
3901       <td>&nbsp;</td>
3902       <td>
3903         <ul>
3904           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3905             alignment order.</li>
3906         </ul>
3907       </td>
3908     </tr>
3909     <tr>
3910       <td>
3911         <div align="center">
3912           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3913         </div>
3914       </td>
3915       <td>
3916         <ul>
3917           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3918           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3919           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3920             annotations.</li>
3921           <li>Version and build date written to build properties
3922             file.</li>
3923           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3924             at launch of Jalview.</li>
3925         </ul>
3926       </td>
3927       <td>
3928         <ul>
3929           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3930           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3931           <li>Can remove groups one by one.</li>
3932           <li>Filechooser icons installed.</li>
3933           <li>Finder ignores return character when searching.
3934             Return key will initiate a search.<br>
3935           </li>
3936         </ul>
3937       </td>
3938     </tr>
3939     <tr>
3940       <td>
3941         <div align="center">
3942           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3943         </div>
3944       </td>
3945       <td>
3946         <ul>
3947           <li>New codebase</li>
3948         </ul>
3949       </td>
3950       <td>&nbsp;</td>
3951     </tr>
3952   </table>
3953   <p>&nbsp;</p>
3954 </body>
3955 </html>