help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>29/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55           <em>General</em>
  56           <ul>
  57             <li>
  58               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
  59               for all consensus calculations
  60             </li>
  61             <li>
  62               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
  63             </li>
  64             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
  65               for 2016-2017</li>
  66           </ul>
  67           <em>Application</em>
  68           <ul>
  69             <li>
  70               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
  71               set of database cross-references, sorted alphabetically
  72             </li>
  73             <li>
  74               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
  75               from database cross references. Users with custom links
  76               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
  77                 dialog</a> asking them to update their preferences.
  78             </li>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
  81               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
  82               Chimera session
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
  86               the Chimera it is connected to is shut down
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
  90               columns menu item to mark columns containing
  91               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
  92               of a Find operation)
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
  96               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
  97               MSAviewer
  98             </li>
  99           </ul>
 100         </div></td>
 101       <td>
 102         <div align="left">
 103           <em>General</em>
 104           <ul>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 107               are not coloured or thresholded according to percent
 108               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 112               hydrophobic
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 116               threshold, amino acid properties)
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 120               reported as mapped to residues in a structure file in the
 121               View Mapping report
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 125               could be added multiple times to a sequence
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 129               bond features shown as two highlighted residues rather
 130               than a range in linked structure views, and treated
 131               correctly when selecting and computing trees from features
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 135               cross-references are matched to database name regardless
 136               of case
 137             </li>
 138
 139           </ul>
 140           <em>Application</em>
 141           <ul>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 144               names without regular expressions also offer links from
 145               Sequence ID
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 149               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 150               update Jalview configuration
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 154               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 158               files with similarly named sequences if dropped onto the
 159               alignment
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 163               entries where more chains exist in the PDB accession than
 164               are reported in the SIFTS file
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 168               the structure view when displayed with Chimera
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 172               panel's View->Show Chains submenu
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 176               work for wrapped alignment views
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 180               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 184               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 185               first annotation row
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 189               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 190             </li>
 191           </ul>
 192 <!--           <em>New Known Issues</em>
 193           <ul>
 194             <li></li>
 195           </ul> -->
 196         </div>
 197       </td>
 198     </tr>
 199       <td width="60" nowrap>
 200         <div align="center">
 201           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 202             <em>25/10/2016</em></strong>
 203         </div>
 204       </td>
 205       <td><em>Application</em>
 206         <ul>
 207           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 208             view if structures already loaded</li>
 209           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 210             structure views</li>
 211         </ul></td>
 212       <td>
 213         <div align="left">
 214           <em>General</em>
 215           <ul>
 216             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 217               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 218             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 219               example sequences/projects/trees</li>
 220           </ul>
 221           <em>Application</em>
 222           <ul>
 223             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 224               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 225             <li>Multiple structure views can be opened and
 226               superposed without timeout for structures with multiple
 227               models or multiple sequences in alignment</li>
 228             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 229               a PDB ID HEADER line</li>
 230             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 231               superposition is performed</li>
 232             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 233               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 234             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 235             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 236               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 237               Refs UI option</li>
 238             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 239               view is created on the alignment</li>
 240             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 241               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 242               to open group pop-up menu</li>
 243           </ul>
 244           <em>Build and deployment</em>
 245           <ul>
 246             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 247               tags</li>
 248           </ul>
 249           <em>New Known Issues</em>
 250           <ul>
 251             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 252               work on Windows</li>
 253           </ul>
 254         </div>
 255       </td>
 256     </tr>
 257     <tr>
 258       <td width="60" nowrap>
 259         <div align="center">
 260           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 261         </div>
 262       </td>
 263       <td><em>General</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 270             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 271             better PDB parsing.
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 275             reference sequence
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 279             mousing over sequence associated annotation
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 283             for manual entry
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 287             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 288             for each column
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 292             showing or hiding columns containing a feature
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 296             group and sequence associated annotation labels
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 300             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 301             dialogs
 302           </li>
 303
 304         </ul> <em>Application</em>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 308             gene/transcript view
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 312             dialog
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 316             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 320             Pfam sources to xfam.org
 321           </li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 324           </li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 327             over sequences in Jalview
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 331             regions in ENA and EMBL
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 335             for record retrieval via ENA rest API
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 339             complement operator
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 343             groovy script execution
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 347             alignment window's Calculate menu
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 351             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 355             calculation workers from groovy scripts
 356           </li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 359             Jalview projects
 360           </li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 363             associations are now saved/restored from project
 364           </li>
 365           <li>
 366             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 367             before sequence fetcher is opened
 368           </li>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 371             database chooser opens a sequence fetcher
 372           </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 375             the UniProt REST API
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 379             the news reader opening
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 383             querying stored in preferences
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 387             search results
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 394             menu for nucleotide sequences
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 398             and feature counts preserves alignment ordering (and
 399             debugged for complex feature sets).
 400           </li>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 403             viewing structures with Jalview 2.10
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 407             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 408             Ensembl Genomes REST API
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 412             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 413             (Ensembl)
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 417             sequences
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 421             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 422             data from external database records.
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 426             efficient recovery of sequence coding and alignment
 427             annotation relationships.
 428           </li>
 429         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 430         <ul>
 431           <li>
 432             -- JAL---
 433           </li>
 434         </ul> --></td>
 435       <td>
 436         <div align="left">
 437           <em>General</em>
 438           <ul>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 441               menu on OSX
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 445               includes graduated colourschemes
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 449               working with big alignments and lots of hidden columns
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 453               at right of alignment window
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 457               contents
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 461               for DNA alignments
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 465               based tree calculation
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 469               unconserved enabled for group on alignment
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 473               set as reference
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 477               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 478               annotation
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 482               hidden columns present
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 486               user created annotation added to alignment
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 490               '()' base pair annotation
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 494               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 495               Consensus
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 499               feature not working
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 503               beginning of sequence
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 507               entry 3a6s
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 511               from a tree when t-coffee scores are shown
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 515               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 519               some structures
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 523               to Clustal, PIR and PileUp output
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 527               not visible causes alignment window to repaint
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 531               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 532               scores associated with features and annotation rows
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 536               calculation should be case independent
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 540               columns
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 544               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 545               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 549               problems when reference sequence defined and 'show
 550               non-conserved' enabled
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 554               load even when Consensus calculation is disabled
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 558               alignment does nothing
 559             </li>
 560           </ul>
 561           <em>Application</em>
 562           <ul>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 565               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 566               yet fixed for El Capitan)
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 570               output when running on non-gb/us i18n platforms
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 574               hidden sequences as flat-file alignment
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 578               launching Chimera
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 582               (also hotfix for 2.9.0b2)
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 586               reference sequence defined
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 590               alignments and views when revealing hidden columns
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 594               view in a cDNA/Protein splitframe
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 598               sequence from project when only one sequence is
 599               represented
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 603               in Structure Chooser
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 607               structure consensus didn't refresh annotation panel
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 611               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 615               dialogs format columns correctly, don't display array
 616               data, sort columns according to type
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 620               file chooser is cancelled during an image export
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 624               sequence name containing special characters
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 628               case insensitive
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 632               formatting don't wrap
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 636               truncated so L looks like I in consensus annotation
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 640               currently displayed features for the current selection or
 641               view
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 645               after fetching cross-references, and restoring from project
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 649               followed in the structure viewer
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 653               splitframe not restored from project
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 657               trailing end of protein alignment in transcript/product
 658               splitview when pad-gaps not enabled by default
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 662               is case dependent
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 666               article has been read (reopened issue due to
 667               internationalisation problems)
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 671               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 672               cross-references
 673             </li>
 674
 675             <li>
 676               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 677               alignment as HTML
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 681               multiple structures are shown for one or more sequences.
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 685               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 686               is enabled.
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 690               specific PDB id for sequence
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 694               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 695               columns' is disabled.
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 699               selects lowest rather than highest resolution structures
 700               for each sequence
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 704               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 708               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 709             </li>
 710             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 711               after clicking on it to create new annotation for a
 712               column.
 713             </li>
 714             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 715             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 716           </ul>
 717           <em>Applet</em>
 718           <ul>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 721               hidden columns present before start of sequence
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 725               (JSON jars)
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 729               sequences are hidden in applet
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 733               deployment on examples pages.
 734             </li>
 735           </ul>
 736         </div>
 737       </td>
 738     </tr>
 739     <tr>
 740       <td width="60" nowrap>
 741         <div align="center">
 742           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 743             <em>16/10/2015</em></strong>
 744         </div>
 745       </td>
 746       <td><em>General</em>
 747         <ul>
 748           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 749             jars</li>
 750         </ul></td>
 751       <td>
 752         <div align="left">
 753           <em>Application</em>
 754           <ul>
 755             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 756               shown when tree is partitioned</li>
 757             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 758               multiple cDNA/Protein split views</li>
 759           </ul>
 760         </div>
 761       </td>
 762     </tr>
 763     <tr>
 764       <td width="60" nowrap>
 765         <div align="center">
 766           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 767             <em>8/10/2015</em></strong>
 768         </div>
 769       </td>
 770       <td><em>General</em>
 771         <ul>
 772           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 773             2.9</li>
 774         </ul> <em>Application</em>
 775         <ul>
 776           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 777           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 778           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 779         </ul> <em>Applet</em>
 780         <ul>
 781           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 782         </ul><em>Build and Deployment</em>
 783         <ul>
 784           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 785         </ul></td>
 786       <td>
 787         <div align="left">
 788           <em>General</em>
 789           <ul>
 790             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 791               incorrect when sequence start > 1</li>
 792             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 793               documentation</li>
 794             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 795             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 796               loading a features file containing HTML tags in feature
 797               description</li>
 798
 799           </ul>
 800           <em>Application</em>
 801           <ul>
 802             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 803               reimport</li>
 804             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 805               with 'trim retrieved sequences'</li>
 806             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 807               deleting selected columns</li>
 808             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 809               JNLP templates for webstart launch</li>
 810             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 811               unreleased structures for download or viewing</li>
 812             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 813               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 814             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 815               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 816             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 817               recovered from jalview project</li>
 818             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 819               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 820               alignment view</li>
 821             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 822               color schemes from BioJSON</li>
 823           </ul>
 824           <em>Applet</em>
 825           <ul>
 826             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 827               frame</li>
 828             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 829           </ul>
 830         </div>
 831       </td>
 832     </tr>
 833     <tr>
 834       <td><div align="center">
 835           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 836         </div></td>
 837       <td><em>General</em>
 838         <ul>
 839           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 840             alignments:
 841             <ul>
 842               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 843                 and DNA alignment views</li>
 844               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 845                 cDNA alignment views</li>
 846               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 847                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 848               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 849                 protein sequences</li>
 850             </ul>
 851           </li>
 852           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 853           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 854             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 855           <li>New alignment annotation file statements for
 856             reference sequences and marking hidden columns</li>
 857           <li>Reference sequence based alignment shading to
 858             highlight variation</li>
 859           <li>Select or hide columns according to alignment
 860             annotation</li>
 861           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 862           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 863             acid conservation row</li>
 864           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 865         </ul> <em>Application</em>
 866         <ul>
 867           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 868             <ul>
 869               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 870                 view with cDNA/Protein</li>
 871               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 872                 sequences are placed in the same alignment</li>
 873               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 874                 projects</li>
 875             </ul>
 876           </li>
 877
 878           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 879           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 880             Jalview windows</li>
 881
 882           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 883           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 884           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 885             be shown in VARNA</li>
 886
 887           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 888             as the active selected region</li>
 889
 890           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 891             similarity</li>
 892           <li>New Export options
 893             <ul>
 894               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 895                 region export in flat file generation</li>
 896
 897               <li>Export alignment views for display with the <a
 898                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 899
 900               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 901               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 902                 alignment figures to HTML</li>
 903           </li>
 904           <li>3D structure retrieval and display
 905             <ul>
 906               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 907                 Search API</li>
 908               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 909                 PDB structures for a sequence set</li>
 910             </ul>
 911           </li>
 912
 913           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 914             predictions</li>
 915           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 916             for one or a group of sequences</li>
 917           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 918             from the JPred4 web server</li>
 919           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 920             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 921             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 922           </li>
 923           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 924             VARNA 2D Structure'</li>
 925           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 926             Structure ..."</li>
 927
 928         </ul> <em>Applet</em>
 929         <ul>
 930           <li>New layout for applet example pages</li>
 931           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 932             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 933           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 934             Protein alignments</li>
 935         </ul> <em>Development and deployment</em>
 936         <ul>
 937           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 938           <li>Include installation type and git revision in build
 939             properties and console log output</li>
 940           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 941             storing BioJsMSA Templates</li>
 942           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 943         </ul></td>
 944       <td>
 945         <!-- <em>General</em>
 946         <ul>
 947         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 948         <ul>
 949           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 950           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 951           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 952             predictions are not highlighted in amber</li>
 953           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 954             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 955           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 956             associated structure views</li>
 957           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 958             width checkbox not enabled</li>
 959           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 960             creating user defined colours</li>
 961           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 962             mappings for just that viewer's sequences</li>
 963           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 964             multiple models in Chimera</li>
 965           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 966             over Jmol structure</li>
 967           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 968             output to text box</li>
 969           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 970             have incorrect sequence start/end</li>
 971           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 972             Jalview fails</li>
 973           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 974             work for nucleotide</li>
 975           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 976             to a grey/invisible alignment window</li>
 977           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 978             imports to different position</li>
 979           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 980             on some platforms</li>
 981           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 982             populated</li>
 983           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 984             console if Chimera has been opened</li>
 985           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 986           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 987             retrieved</li>
 988           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 989           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 990             either sequence shows on first structure</li>
 991           <li>'Show annotations' options should not make
 992             non-positional annotations visible</li>
 993           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 994             in right place after 'view flanking regions'</li>
 995           <li>File Save As type unset when current file format is
 996             unknown</li>
 997           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 998             projects</li>
 999           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1000             responsive</li>
1001           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1002             several views on same alignment</li>
1003           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1004           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1005             spaces</li>
1006         </ul> <em>Applet</em>
1007         <ul>
1008           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1009           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1010             descriptions containing angle brackets</li>
1011         </ul> <em>General</em>
1012         <ul>
1013           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1014             via jalview annotation file</li>
1015           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1016             with RNA secondary structure</li>
1017           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1018             translation doesn't work.</li>
1019           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1020           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1021             positions</li>
1022           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1023             choosing 1pt font</li>
1024           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1025             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1026             'h'</li>
1027           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1028             new feature</li>
1029           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1030             order dependent</li>
1031           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1032             sequences</li>
1033           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1034         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1035         <ul>
1036           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1037             www.jalview.org</li>
1038         </ul> <em>Application Known issues</em>
1039         <ul>
1040           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1041           <li>Misleading message appears after trying to delete
1042             solid column.</li>
1043           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1044             version launches</li>
1045           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1046             fails with a sequence mismatch</li>
1047           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1048             scrolling alignment to right</li>
1049           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1050             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1051           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1052             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1053           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1054             ultra-high resolution</li>
1055           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1056             quality and conservation</li>
1057           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1058             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1059         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1060         <ul>
1061           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1062           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1063             window is being resized</li>
1064
1065         </ul>
1066       </td>
1067     </tr>
1068     <tr>
1069       <td><div align="center">
1070           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1071         </div></td>
1072       <td><em>General</em>
1073         <ul>
1074           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1075             Certum.PL.</li>
1076           <li>Features and annotation preserved when performing
1077             pairwise alignment</li>
1078           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1079             imported/exported/displayed</li>
1080           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1081             protein secondary structure</li>
1082           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1083               post-hoc with 2.9 release</em>)
1084           </li>
1085
1086         </ul> <em>Application</em>
1087         <ul>
1088           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1089             with 3D structures</li>
1090           <li>Support for parsing RNAML</li>
1091           <li>Annotations menu for layout
1092             <ul>
1093               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1094               <li>place sequence annotation above/below alignment
1095                 annotation</li>
1096             </ul>
1097           <li>Output in Stockholm format</li>
1098           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1099             translation</li>
1100           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1101           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1102             shared between alignments</li>
1103           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1104             Jalview</li>
1105           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1106             all or current selection</li>
1107           <li>disorder and secondary structure predictions
1108             available as dataset annotation</li>
1109           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1110
1111
1112           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1113             alignments from Rfam</li>
1114           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1115
1116           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1117             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1118           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1119           <li>include installation type in build properties and
1120             console log output</li>
1121           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1122             annotation</li>
1123         </ul></td>
1124       <td>
1125         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1126         <ul>
1127           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1128             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1129           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1130             alignment</li>
1131           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1132           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1133           <li>Double click on sequence associated annotation
1134             selects only first column</li>
1135           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1136             leaves shown in tree</li>
1137           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1138             properly</li>
1139           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1140           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1141             screen and buttons not visible</li>
1142           <li>author list isn't updated if already written to
1143             Jalview properties</li>
1144           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1145             from database</li>
1146           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1147           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1148             browser search window</li>
1149           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1150             in feature settings dialog</li>
1151           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1152             desktop</li>
1153           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1154             pass validation</li>
1155           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1156             fit on screen</li>
1157           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1158             tooltip</li>
1159           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1160             defined user preset</li>
1161           <li>MSA web services warns user if they were launched
1162             with invalid input</li>
1163           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1164             Java 8</li>
1165           <li>
1166             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1167             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1168             created
1169           </li>
1170
1171         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1172                                 <ul>
1173                                 </ul> <em>General</em>
1174                                 <ul>
1175                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1176         <ul>
1177           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1178             memory allocation</li>
1179           <li>launchApp service doesn't automatically open
1180             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1181           <li>
1182             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1183             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1184             1.7_055 is available
1185           </li>
1186         </ul> <em>Application Known issues</em>
1187         <ul>
1188           <li>
1189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1190             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1191             alignment to right
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1195             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1196             with large number of ID
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1200             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1201             start/end
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1205             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1206             structure tracks are rearranged
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1210             invalid rna structure positional highlighting does not
1211             highlight position of invalid base pairs
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1215             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1216             project from alignment window file menu
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1220             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1221             structures
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1225             colour by RNA Helices not enabled when user created
1226             annotation added to alignment
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1230             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1231           </li>
1232         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1233         <ul>
1234           <li>
1235             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1236             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1240             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1241           </li>
1242
1243           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1244             when selected</li>
1245         </ul>
1246       </td>
1247     </tr>
1248     <tr>
1249       <td><div align="center">
1250           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1251         </div></td>
1252       <td>
1253         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1254         <em>General</em>
1255         <ul>
1256           <li>Internationalisation of user interface (usually
1257             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1258           <li>Define/Undefine group on current selection with
1259             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1260           <li>Improved group creation/removal options in
1261             alignment/sequence Popup menu</li>
1262           <li>Sensible precision for symbol distribution
1263             percentages shown in logo tooltip.</li>
1264           <li>Annotation panel height set according to amount of
1265             annotation when alignment first opened</li>
1266         </ul> <em>Application</em>
1267         <ul>
1268           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1269             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1270           <li>Select columns containing particular features from
1271             Feature Settings dialog</li>
1272           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1273             sequences</li>
1274           <li>Update Jalview project format:
1275             <ul>
1276               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1277               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1278                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1279               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1280                 colouring</li>
1281             </ul>
1282           </li>
1283           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1284             (PAM250)</li>
1285           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1286             flanking regions for an alignment</li>
1287         </ul>
1288       </td>
1289       <td>
1290         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1291         <ul>
1292           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1293             running after job is cancelled</li>
1294           <li>cannot export features from alignments imported from
1295             Jalview/VAMSAS projects</li>
1296           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1297             float values</li>
1298           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1299             have 'display all symbols' flag set</li>
1300           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1301             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1302           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1303             Jalview</li>
1304           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1305             Lion/Webstart</li>
1306           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1307           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1308           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1309             alignment onto desktop</li>
1310           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1311             'extract scores' function</li>
1312           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1313             alignment window</li>
1314           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1315             performing IUPred disorder prediction</li>
1316           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1317             changing 'normalise logo' display setting</li>
1318           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1319             nothing matches query</li>
1320           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1321             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1322           </li>
1323           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1324             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1325           </li>
1326           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1327             Jalview's menu</li>
1328           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1329             'invalid literal/length code'</li>
1330           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1331             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1332           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1333             colourscheme</li>
1334
1335         </ul> <em>Applet</em>
1336         <ul>
1337           <li>Remove group option is shown even when selection is
1338             not a group</li>
1339           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1340             don't affect groups</li>
1341           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1342             colourscheme name</li>
1343           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1344             Annotation panel is not displayed</li>
1345           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1346             embedded windows</li>
1347         </ul> <em>Other</em>
1348         <ul>
1349           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1350             single sequence were not calculated</li>
1351           <li>annotation files that contain only groups imported as
1352             annotation and junk sequences</li>
1353           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1354             recognised as PFAM or BLC</li>
1355           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1356             doesn't affect background (2.8.0b1)
1357           <li></li>
1358           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1359           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1360             trailing gaps</li>
1361           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1362             registered correctly on import</li>
1363           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1364             certain alignments</li>
1365           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1366             existing annotation based 'use original colours'
1367             colourscheme loses original colours setting</li>
1368         </ul>
1369       </td>
1370     </tr>
1371     <tr>
1372       <td><div align="center">
1373           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1374             <em>30/1/2014</em></strong>
1375         </div></td>
1376       <td>
1377         <ul>
1378           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1379             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1380             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1381             open source project).
1382           </li>
1383           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1384           </li>
1385           <li>Output in Stockholm format</li>
1386           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1387           <li>Export/import group and sequence associated line
1388             graph thresholds</li>
1389           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1390             ambiguity codes</li>
1391           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1392             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1393             works</li>
1394           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1395         </ul> <em>Other improvements</em>
1396         <ul>
1397           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1398           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1399             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1400           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1401             files</li>
1402           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1403           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1404             link but no description</li>
1405           <li>Select primary source when selecting authority in
1406             database fetcher GUI</li>
1407           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1408             Jalview</li>
1409           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1410         </ul>
1411       </td>
1412       <td>
1413         <ul>
1414           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1415             displayed</li>
1416           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1417             secondary structure annotation line</li>
1418           <li>Sequence database accessions not imported when
1419             fetching alignments from Rfam</li>
1420           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1421             identical IDs</li>
1422           <li>View all structures does not always superpose
1423             structures</li>
1424           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1425             reflect user or preset settings</li>
1426           <li>Null pointer exceptions for some services without
1427             presets or adjustable parameters</li>
1428           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1429             discover PDB xRefs</li>
1430           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1431             features with DAS</li>
1432           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1433             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1434           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1435             residue follows a gap</li>
1436           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1437             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1438           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1439             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1440           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1441             annotation already exists on alignment</li>
1442           <li>oninit javascript function should be called after
1443             initialisation completes</li>
1444           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1445             alignment window display</li>
1446           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1447           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1448             to annotation file</li>
1449           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1450             groups created</li>
1451           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1452             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1453           <li>Pressing return several times causes Number Format
1454             exceptions in keyboard mode</li>
1455           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1456             correct partitions for input data</li>
1457           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1458           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1459           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1460           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1461             mode</li>
1462           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1463             changes one row&#39;s threshold</li>
1464           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1465             doesn&#39;t open</li>
1466           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1467             quality histograms</li>
1468         </ul>
1469       </td>
1470     </tr>
1471     <tr>
1472       <td><div align="center">
1473           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1474         </div></td>
1475       <td><em>Application</em>
1476         <ul>
1477           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1478             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1479           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1480             preferences</li>
1481           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1482             in Jalview alignment window</li>
1483           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1484             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1485           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1486             RNA and ambiguity codes</li>
1487
1488           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1489           <li>Support fetching and database reference look up
1490             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1491             refs')</li>
1492           <li>Jalview project improvements
1493             <ul>
1494               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1495                 flag for annotation</li>
1496               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1497                 alignment</li>
1498               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1499                 Jalview project</li>
1500
1501             </ul>
1502           </li>
1503           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1504           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1505             running</li>
1506           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1507           <li>visual indication that web service results are still
1508             being retrieved from server</li>
1509           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1510             starts up for first time</li>
1511           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1512             services</li>
1513           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1514             client library</li>
1515           <li>Examples directory and Groovy library included in
1516             InstallAnywhere distribution</li>
1517         </ul> <em>Applet</em>
1518         <ul>
1519           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1520             visualization applet example</li>
1521         </ul> <em>General</em>
1522         <ul>
1523           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1524           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1525             defaults</li>
1526           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1527             calculation</li>
1528           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1529             matrices
1530           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1531             in HTML</li>
1532           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1533             structure contacts</li>
1534           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1535           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1536           <li>Parse sequence associated secondary structure
1537             information in Stockholm files</li>
1538           <li>HTML Export database accessions and annotation
1539             information presented in tooltip for sequences</li>
1540           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1541             style RNA alignment files</li>
1542           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1543             alignment</li>
1544           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1545             shade each sequence according to its associated alignment
1546             annotation</li>
1547           <li>New Jalview Logo</li>
1548         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1549         <ul>
1550           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1551           <li>New Website!</li>
1552         </ul></td>
1553       <td><em>Application</em>
1554         <ul>
1555           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1556             wsdbfetch REST service</li>
1557           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1558           <li>Filetype associations not installed for webstart
1559             launch</li>
1560           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1561             job execution in full once it is complete</li>
1562           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1563             uploaded via ali_file parameter</li>
1564           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1565           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1566           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1567             submitted for prediction</li>
1568           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1569             desktop window</li>
1570           <li>Putting fractional value into integer text box in
1571             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1572           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1573             windows 7</li>
1574           <li>View all structures fails with exception shown in
1575             structure view</li>
1576           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1577             escaped in a platform independent way</li>
1578           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1579             using proxy</li>
1580           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1581             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1582           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1583             failure when java web start temporary file caching is
1584             disabled</li>
1585           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1586             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1587           <li>Errors during processing of command line arguments
1588             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1589           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1590             DAS sources in sequence fetcher</li>
1591           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1592             dialog is shown</li>
1593           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1594           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1595           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1596           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1597             on OSX Mountain Lion</li>
1598           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1599             sequences with alignment annotation are pasted into the
1600             alignment</li>
1601           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1602             when loaded from Jalview project</li>
1603           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1604           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1605             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1606           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1607             associated with all views</li>
1608           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1609             annotation rows to new window</li>
1610         </ul> <em>Applet</em>
1611         <ul>
1612           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1613             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1614           <li>loading features via javascript API automatically
1615             enables feature display</li>
1616           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1617             work</li>
1618         </ul> <em>General</em>
1619         <ul>
1620           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1621           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1622             and then deselected</li>
1623           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1624           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1625             coloured with clustalx</li>
1626           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1627             exceptions and redraw errors</li>
1628           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1629             reconfigured view</li>
1630           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1631             colour</li>
1632           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1633             for lots of labels</li>
1634         </ul>
1635     </tr>
1636     <tr>
1637       <td>
1638         <div align="center">
1639           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1640         </div>
1641       </td>
1642       <td><em>Application</em>
1643         <ul>
1644           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1645           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1646           <li>View/alignment association menu to enable user to
1647             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1648             its colours/correspondences from</li>
1649           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1650           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1651             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1652           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1653           <li>Annotation row column label formatting attributes
1654             stored in project file</li>
1655           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1656             rows preserved in Jalview project file</li>
1657           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1658             saved using Desktop window menu</li>
1659           <li>Visual indication that command line arguments are
1660             still being processed</li>
1661           <li>Groovy script execution from URL</li>
1662           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1663             preferences</li>
1664           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1665             alignment with sequences that have high similarity and
1666             matching IDs</li>
1667           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1668           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1669             structures in same window</li>
1670           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1671           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1672             analysis function in its own submenu</li>
1673         </ul> <em>Applet</em>
1674         <ul>
1675           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1676             groups</li>
1677           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1678           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1679           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1680           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1681           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1682             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1683           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1684           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1685             parameters are treated as such</li>
1686           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1687             <ul>
1688               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1689               <li>Javascript callbacks for
1690                 <ul>
1691                   <li>Applet initialisation</li>
1692                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1693                 </ul>
1694               </li>
1695               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1696                 functions</li>
1697               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1698               <li>javascript structure viewer harness to pass
1699                 messages between Jmol and Jalview when running as
1700                 distinct applets</li>
1701               <li>sortBy method</li>
1702               <li>Set of applet and application examples shipped
1703                 with documentation</li>
1704               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1705                 javascript message exchange</li>
1706             </ul>
1707         </ul> <em>General</em>
1708         <ul>
1709           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1710             multiple alignments</li>
1711           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1712           <li>User configurable link to enable redirects to a
1713             www.Jalview.org mirror</li>
1714           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1715           <li>Configurable newline string when writing alignment
1716             and other flat files</li>
1717           <li>Allow alignment annotation description lines to
1718             contain html tags</li>
1719         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1720         <ul>
1721           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1722             examples</li>
1723           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1724             using a web service before displaying the result in the
1725             Jalview desktop</li>
1726           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1727           <li>Ant target to publish example html files with applet
1728             archive</li>
1729           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1730           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1731         </ul></td>
1732       <td><em>Application</em>
1733         <ul>
1734           <li>User defined colourscheme throws exception when
1735             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1736           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1737             dialog for valid filename/format</li>
1738           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1739           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1740             P37173</li>
1741           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1742             which sequence is to be associated with the file</li>
1743           <li>Find All raises null pointer exception when query
1744             only matches sequence IDs</li>
1745           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1746           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1747             2.4 cannot be loaded</li>
1748           <li>Filetype associations not installed for webstart
1749             launch</li>
1750           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1751             with sequences in different alignments do not get coloured
1752             by their associated sequence</li>
1753           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1754             not preserved when project is loaded</li>
1755           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1756             stored in Jalview project</li>
1757           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1758             Jalview project</li>
1759           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1760           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1761             by conservation</li>
1762           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1763             created on new view</li>
1764           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1765             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1766           <li>Alignment quality not updated after alignment
1767             annotation row is hidden then shown</li>
1768           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1769             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1770           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1771             properly</li>
1772           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1773             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1774           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1775           <li>Structures imported from file and saved in project
1776             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1777           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1778             job execution in full once it is complete</li>
1779         </ul> <em>Applet</em>
1780         <ul>
1781           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1782             annotation rows are displayed</li>
1783           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1784             codebase</li>
1785           <li>View follows highlighting does not work for positions
1786             in sequences</li>
1787           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1788           <li>Export features raises exception when no features
1789             exist</li>
1790           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1791             for javascript api is modified when separator string
1792             provided as parameter</li>
1793           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1794             alignment with no existing selection</li>
1795           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1796             to applet&#39;s codebase</li>
1797           <li>Status bar not updated after finished searching and
1798             search wraps around to first result</li>
1799           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1800             several Jalview applets causes race conditions and memory
1801             leaks</li>
1802           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1803             not sent from Jmol in applet</li>
1804           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1805             applet API fatally hang browser</li>
1806         </ul> <em>General</em>
1807         <ul>
1808           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1809             position with wrapped view and hidden regions</li>
1810           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1811             with/without hidden columns</li>
1812           <li>Sequence length given in alignment properties window
1813             is off by 1</li>
1814           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1815             import PDB like structure files</li>
1816           <li>Positional search results are only highlighted
1817             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1818           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1819           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1820             given sequence position</li>
1821           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1822             output</li>
1823           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1824             from nucleotide chains correctly</li>
1825           <li>Structure colours not updated when tree partition
1826             changed in alignment</li>
1827           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1828             parsed in interleaved stockholm</li>
1829           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1830             state</li>
1831           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1832             properly</li>
1833           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1834             properly associated with their pdb files</li>
1835         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1836         <ul>
1837           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1838             ApplyCopyright tool</li>
1839         </ul></td>
1840     </tr>
1841     <tr>
1842       <td>
1843         <div align="center">
1844           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1845         </div>
1846       </td>
1847       <td><em>Application</em>
1848         <ul>
1849           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1850             contact web services</li>
1851           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1852             service job window</li>
1853           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1854         </ul></td>
1855       <td>
1856         <ul>
1857           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1858             pir file emitted by Jalview</li>
1859           <li>Existing feature settings transferred to new
1860             alignment view created from cut'n'paste</li>
1861           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1862             parsing PDB files</li>
1863           <li>Consensus and conservation annotation rows
1864             occasionally become blank for all new windows</li>
1865           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1866             in wrapped view mode</li>
1867         </ul> <em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1870             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1871           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1872             parameter names</li>
1873           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1874             is down</li>
1875         </ul>
1876       </td>
1877     </tr>
1878     <tr>
1879       <td>
1880         <div align="center">
1881           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1882         </div>
1883       </td>
1884       <td><em>Application</em>
1885         <ul>
1886           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1887             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1888             (JABAWS)
1889           </li>
1890           <li>Web Services preference tab</li>
1891           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1892             preferences</li>
1893           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1894           <li>Superpose structures using associated sequence
1895             alignment</li>
1896           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1897             viewer</li>
1898         </ul> <em>Applet</em>
1899         <ul>
1900           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1901             link out mechanism</li>
1902         </ul> <em>Other</em>
1903         <ul>
1904           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1905             series 12</li>
1906           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1907             require Java 1.5</li>
1908           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1909             sequence annotation files</li>
1910           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1911             type colour specification</li>
1912           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1913             script to check if it being run in an interactive session or
1914             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1915         </ul></td>
1916       <td>
1917         <ul>
1918           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1919             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1920         </ul> <em>Application</em>
1921         <ul>
1922           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1923             selected Regions menu item</li>
1924           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1925             part of a valid accession ID</li>
1926           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1927             runs out of memory</li>
1928           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1929             analysis results</li>
1930           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1931             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1932           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1933         </ul> <em>Applet</em>
1934         <ul>
1935           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1936             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1937             defined.</li>
1938         </ul>
1939       </td>
1940     </tr>
1941     <tr>
1942       <td>
1943         <div align="center">
1944           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1945         </div>
1946       </td>
1947       <td></td>
1948       <td>
1949         <ul>
1950           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1951             sequence IDs</li>
1952           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1953             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1954           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1955             import correctly</li>
1956           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1957             number of columns are hidden</li>
1958           <li>annotation label popup menu not providing correct
1959             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1960             present</li>
1961           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1962             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1963           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1964             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1965
1966         </ul> <em>Applet</em>
1967         <ul>
1968           <li>annotation panel disappears when annotation is
1969             hidden/removed</li>
1970         </ul> <em>Application</em>
1971         <ul>
1972           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1973             alignment opened where annotation panel is visible but no
1974             annotations are present on alignment</li>
1975           <li>pasted region containing hidden columns is
1976             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1977           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1978             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1979           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1980             selected Rregions menu item.</li>
1981           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1982             'Un' or 'Non'conserved</li>
1983           <li>Sequence feature settings are being shared by
1984             multiple distinct alignments</li>
1985           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1986             changed</li>
1987           <li>double click on group annotation to select sequences
1988             does not propagate to associated trees</li>
1989           <li>Mac OSX specific issues:
1990             <ul>
1991               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1992                 window background</li>
1993               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1994                 name set correctly</li>
1995               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1996                 save feature colourscheme button</li>
1997             </ul>
1998           </li>
1999         </ul>
2000       </td>
2001     </tr>
2002     <tr>
2003
2004       <td>
2005         <div align="center">
2006           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2007         </div>
2008       </td>
2009       <td><em>New Capabilities</em>
2010         <ul>
2011           <li>URL links generated from description line for
2012             regular-expression based URL links (applet and application)
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2020             menu</li>
2021           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2022             structures</li>
2023           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2024             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2025           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2026             average score or total feature count for each sequence.</li>
2027           <li>Shading features by score or associated description</li>
2028           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2029             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2030           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2031             hide everything but the currently selected region.</li>
2032           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2033         </ul> <em>Application</em>
2034         <ul>
2035           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2036             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2037           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2038             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2039           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2040             database references and protein_name is parsed as
2041             description line (BioSapiens terms).</li>
2042           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2043             references in sequence ID tooltip from View menu in
2044             application.</li>
2045           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2046                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2047           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2048             conservation plots</li>
2049           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2050             and visualized as sequence logos</li>
2051           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2052             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2053           </li>
2054           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2055             when a new tree is opened.</li>
2056           <li>Jalview Java Console</li>
2057           <li>Better placement of desktop window when moving
2058             between different screens.</li>
2059           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2060             consensus annotation</li>
2061           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2062             Workflows</li>
2063           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2064             <ul>
2065               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2066                 used to preserve views, structures, and tree display
2067                 settings)</li>
2068               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2069                 command line</li>
2070               <li>Sharing of selected regions between views and
2071                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2072               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2073             </ul></li>
2074         </ul> <em>Applet</em>
2075         <ul>
2076           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2077           <li>New Parameters
2078             <ul>
2079               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2080                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2081                 opened.</li>
2082               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2083                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2084               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2085                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2086               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2087                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2088                 view</li>
2089               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2090                 increase the height or width of a cell in the alignment
2091                 grid relative to the current font size.</li>
2092             </ul>
2093           </li>
2094           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2095             tooltip</li>
2096         </ul> <em>Other</em>
2097         <ul>
2098           <li>Features format: graduated colour definitions and
2099             specification of feature scores</li>
2100           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2101             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2102             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2103           <li>XML formats extended to support graduated feature
2104             colourschemes, group associated annotation, and profile
2105             visualization settings.</li></td>
2106       <td>
2107         <ul>
2108           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2109             rather than description</li>
2110           <li>Non-positional features are now included in sequence
2111             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2112             visibility in tooltip).</li>
2113           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2114           <li>Added URL embedding instructions to features file
2115             documentation.</li>
2116           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2117             'X' in peptide product</li>
2118           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2119             sequence ID and sequence string and query strings do not
2120             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2121           <li>AMSA files only contain first column of
2122             multi-character column annotation labels</li>
2123           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2124             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2125             exported and re-imported)</li>
2126           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2127             name</li>
2128           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2129             as subsequence matches, and correctly reports total number
2130             of both.</li>
2131           <li>Application:
2132             <ul>
2133               <li>Better handling of exceptions during sequence
2134                 retrieval</li>
2135               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2136                 link text excludes the start_end suffix</li>
2137               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2138                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2139               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2140               <li>Sequence description lines properly shared via
2141                 VAMSAS</li>
2142               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2143                 data sources</li>
2144               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2145                 completes before alignment figures are generated.</li>
2146               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2147                 first time.</li>
2148               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2149                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2150               <li>User defined group colours properly recovered
2151                 from Jalview projects.</li>
2152             </ul>
2153           </li>
2154         </ul>
2155       </td>
2156
2157     </tr>
2158     <tr>
2159       <td>
2160         <div align="center">
2161           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2162         </div>
2163       </td>
2164       <td>
2165         <ul>
2166           <li>Experimental support for google analytics usage
2167             tracking.</li>
2168           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2169         </ul>
2170       </td>
2171       <td>
2172         <ul>
2173           <li>Race condition in applet preventing startup in
2174             jre1.6.0u12+.</li>
2175           <li>Exception when feature created from selection beyond
2176             length of sequence.</li>
2177           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2178           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2179             all sequences with a given id</li>
2180           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2181             ID string searches</li>
2182           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2183             alignment to fail with exception</li>
2184         </ul> <em>Application Issues</em>
2185         <ul>
2186           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2187           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2188             data sources</li>
2189         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2190         <ul>
2191           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2192             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2193           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2194             version (java class versioning error fixed)</li>
2195         </ul>
2196       </td>
2197     </tr>
2198     <tr>
2199       <td>
2200
2201         <div align="center">
2202           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2203         </div>
2204       </td>
2205       <td><em>User Interface</em>
2206         <ul>
2207           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2208             translation and protein products</li>
2209           <li>Linked highlighting of structure associated with
2210             residue mapping to codon position</li>
2211           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2212             and 'clear' button</li>
2213           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2214             Tools menu</li>
2215           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2216             numeric data in description line</li>
2217           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2218           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2219             of sequence</li>
2220         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2221         <ul>
2222           <li>JPred3 web service</li>
2223           <li>Prototype sequence search client (no public services
2224             available yet)</li>
2225           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2226             PFAM</li>
2227           <li>URL Links created for matching database cross
2228             references as well as sequence ID</li>
2229           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2230         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2231         <ul>
2232           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2233             databases</li>
2234           <li>Generalised database reference retrieval and
2235             validation to all fetchable databases</li>
2236           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2237             sequence command</li>
2238         </ul> <em>Import and Export</em>
2239         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2240         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2241           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2242         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2243           File</li>
2244         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2245           triplet as name of colourscheme</li>
2246         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2247         <ul>
2248           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2249           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2250             alignments (experimental)</li>
2251           <li>Create new or select existing session to join</li>
2252           <li>load and save of vamsas documents</li>
2253         </ul> <em>Application command line</em>
2254         <ul>
2255           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2256             from applet)</li>
2257           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2258             of DAS servers to query for alignment features</li>
2259           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2260             that are also automatically queried for features</li>
2261           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2262             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2263         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2264         <ul>
2265           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2266             application (when using &quot;View in full
2267             application&quot;)</li>
2268         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2269         <ul>
2270           <li>feature group display control parameter</li>
2271           <li>debug parameter</li>
2272           <li>showbutton parameter</li>
2273         </ul> <em>Applet API methods</em>
2274         <ul>
2275           <li>newView public method</li>
2276           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2277           <li>Feature display control methods</li>
2278           <li>get list of currently selected sequences</li>
2279         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2280         <ul>
2281           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2282           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2283             Jalview release.</li>
2284           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2285             property controls execution of obfuscator</li>
2286           <li>Build target for generating source distribution</li>
2287           <li>Debug flag for javacc</li>
2288           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2289             jalview.bin.Cache</li>
2290           <li>Continuous Build Integration for stable and
2291             development version of Application, Applet and source
2292             distribution</li>
2293         </ul></td>
2294       <td>
2295         <ul>
2296           <li>selected region output includes visible annotations
2297             (for certain formats)</li>
2298           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2299             for editing</li>
2300           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2301           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2302           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2303           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2304             comments</li>
2305           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2306             filenames containing a ':'</li>
2307           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2308             global sequence features</li>
2309           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2310             references from alignment sequences goes to zero</li>
2311           <li>Close of tree branch colour box without colour
2312             selection causes cascading exceptions</li>
2313           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2314           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2315             file parsing fails.</li>
2316           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2317           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2318             not a valid output format</li>
2319           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2320             vamsas</li>
2321           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2322           <li>error messages passed up and output when data read
2323             fails</li>
2324           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2325             sequence is edited</li>
2326           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2327             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2328           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2329             filetype</li>
2330           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2331             import fixed for PFAM records</li>
2332           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2333             window list</li>
2334           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2335             can be read and written correctly to annotation file</li>
2336           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2337             correctly</li>
2338           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2339             non-italic font for representatives in Applet</li>
2340           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2341             Macs.</li>
2342           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2343             Applet)</li>
2344           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2345             due to null pointer exceptions</li>
2346           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2347             first column of alignment</li>
2348           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2349             July 2008</li>
2350           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2351             file is case-insensitive</li>
2352           <li>Sequence features read from Features file appended to
2353             all sequences with matching IDs</li>
2354           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2355             containing a sub-sequence</li>
2356           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2357           <li>feature and annotation file applet parameters
2358             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2359           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2360           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2361             splash-screen version check to complete</li>
2362           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2363             when passing them to the launchApp service</li>
2364           <li>display name and local features preserved in results
2365             retrieved from web service</li>
2366           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2367             sequence fetcher initialisation</li>
2368           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2369             dasobert DAS client</li>
2370           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2371             association</li>
2372           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2373             sequences
2374           </li>
2375         </ul>
2376       </td>
2377     </tr>
2378     <tr>
2379       <td>
2380         <div align="center">
2381           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2382         </div>
2383       </td>
2384       <td>
2385         <ul>
2386           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2387           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2388           <li>Slide sequences</li>
2389           <li>Edit sequence in place</li>
2390           <li>EMBL CDS features</li>
2391           <li>DAS Feature mapping</li>
2392           <li>Feature ordering</li>
2393           <li>Alignment Properties</li>
2394           <li>Annotation Scores</li>
2395           <li>Sort by scores</li>
2396           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2397         </ul>
2398       </td>
2399       <td>
2400         <ul>
2401           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2402           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2403           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2404           <li>Feature group display state in XML</li>
2405           <li>Feature ordering in XML</li>
2406           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2407           <li>Stockholm alignment properties</li>
2408           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2409           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2410           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2411           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2412         </ul>
2413       </td>
2414
2415     </tr>
2416     <tr>
2417       <td>
2418         <div align="center">
2419           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2420         </div>
2421       </td>
2422       <td>
2423         <ul>
2424           <li>Non standard characters can be read and displayed
2425           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2426             applet via textbox
2427           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2428             name &amp; description
2429           <li>Preference setting to display sequence name in
2430             italics
2431           <li>Annotation file format extended to allow
2432             Sequence_groups to be defined
2433           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2434             specified in preferences
2435           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2436             sequences
2437         </ul>
2438       </td>
2439       <td>
2440         <ul>
2441           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2442             installed
2443           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2444           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2445         </ul>
2446       </td>
2447     </tr>
2448     <tr>
2449       <td>
2450         <div align="center">
2451           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2452         </div>
2453       </td>
2454       <td>
2455         <ul>
2456           <li>Multiple views on alignment
2457           <li>Sequence feature editing
2458           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2459           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2460           <li>Background dependent text colour
2461           <li>Right align sequence ids
2462           <li>User-defined lower case residue colours
2463           <li>Format Menu
2464           <li>Select Menu
2465           <li>Menu item accelerator keys
2466           <li>Control-V pastes to current alignment
2467           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2468           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2469           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2470
2471
2472
2473
2474
2475
2476           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2477         </ul>
2478       </td>
2479       <td>
2480         <ul>
2481           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2482           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2483             calculations
2484           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2485             edits
2486           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2487             of alignment)
2488           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2489
2490
2491
2492
2493
2494
2495           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2496             display correctly
2497           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2498           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2499             analysis results
2500           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2501             &#8739;
2502           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2503           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2504           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2505
2506
2507
2508
2509
2510
2511         </ul>
2512       </td>
2513     </tr>
2514     <tr>
2515       <td>
2516         <div align="center">
2517           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2518         </div>
2519       </td>
2520       <td>
2521         <ul>
2522           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2523         </ul>
2524       </td>
2525       <td>
2526         <ul>
2527           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2528             sequence id panel has been resized</li>
2529           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2530             rendered</li>
2531           <li>Annotation files with sequence references - all
2532             elements in file are relative to sequence position</li>
2533           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2534         </ul>
2535       </td>
2536     </tr>
2537     <tr>
2538       <td>
2539         <div align="center">
2540           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2541         </div>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2546           <li>DAS Feature fetching</li>
2547           <li>Hide sequences and columns</li>
2548           <li>Export Annotations and Features</li>
2549           <li>GFF file reading / writing</li>
2550           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2551             files</li>
2552           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2553           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2554           <li>Applet can launch the full application</li>
2555           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2556             required)</li>
2557           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2558           <li>Applet can load sequences from parameter
2559             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2560           </li>
2561         </ul>
2562       </td>
2563       <td>
2564         <ul>
2565           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2566           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2567           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2568         </ul>
2569       </td>
2570     </tr>
2571     <tr>
2572       <td>
2573         <div align="center">
2574           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2575         </div>
2576       </td>
2577       <td>
2578         <ul>
2579           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2580           <li>Choose to match case when searching</li>
2581           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2582             expand the visible width and height of the alignment</li>
2583         </ul>
2584       </td>
2585       <td>
2586         <ul>
2587           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2588         </ul>
2589       </td>
2590     </tr>
2591     <tr>
2592       <td>
2593         <div align="center">
2594           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2595         </div>
2596       </td>
2597       <td>&nbsp;</td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2601           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2602             value</li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td>
2608         <div align="center">
2609           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2615           <li>Keyboard editing</li>
2616           <li>Create sequence features from searches</li>
2617           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2618             alignments</li>
2619           <li>Features file allows grouping of features</li>
2620           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2621           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2622           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2623         </ul>
2624       </td>
2625       <td>
2626         <ul>
2627           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2628           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2629             descriptions saved.</li>
2630         </ul>
2631       </td>
2632     </tr>
2633     <tr>
2634       <td>
2635         <div align="center">
2636           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2637         </div>
2638       </td>
2639       <td>
2640         <ul>
2641           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2642           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2643           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2644             name for file output</li>
2645           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2646           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2647             used for HTML form input</li>
2648         </ul>
2649       </td>
2650       <td>
2651         <ul>
2652           <li>HTML output writes groups and features</li>
2653           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2654           <li>File IO bugs</li>
2655         </ul>
2656       </td>
2657     </tr>
2658     <tr>
2659       <td>
2660         <div align="center">
2661           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td>
2665         <ul>
2666           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2667           <li>More options for PCA viewer</li>
2668         </ul>
2669       </td>
2670       <td>
2671         <ul>
2672           <li>GUI bugs resolved</li>
2673           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2674         </ul>
2675       </td>
2676     </tr>
2677     <tr>
2678       <td height="63">
2679         <div align="center">
2680           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2681         </div>
2682       </td>
2683       <td>
2684         <ul>
2685           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2686           <li>Jar files are executable</li>
2687           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2688         </ul>
2689       </td>
2690       <td>
2691         <ul>
2692           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2693           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2694           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2695         </ul>
2696       </td>
2697     </tr>
2698     <tr>
2699       <td>
2700         <div align="center">
2701           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2702         </div>
2703       </td>
2704       <td>
2705         <ul>
2706           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2707         </ul>
2708       </td>
2709       <td>
2710         <ul>
2711           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2712         </ul>
2713       </td>
2714     </tr>
2715     <tr>
2716       <td>
2717         <div align="center">
2718           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2719         </div>
2720       </td>
2721       <td>
2722         <ul>
2723           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2724             size</li>
2725         </ul>
2726       </td>
2727       <td>
2728         <ul>
2729           <li>Improved JPred client reliability</li>
2730           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2731         </ul>
2732       </td>
2733     </tr>
2734     <tr>
2735       <td>
2736         <div align="center">
2737           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2738         </div>
2739       </td>
2740       <td>
2741         <ul>
2742           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2743           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2744           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2745             to Colour Menu</li>
2746           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2747           <li>Unix users can set default web browser</li>
2748           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2749           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2750         </ul>
2751       </td>
2752       <td>
2753         <ul>
2754           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2755         </ul>
2756       </td>
2757     </tr>
2758     <tr>
2759       <td>
2760         <div align="center">
2761           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2762         </div>
2763       </td>
2764       <td>&nbsp;</td>
2765       <td>
2766         <ul>
2767           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2768             alignment order.</li>
2769         </ul>
2770       </td>
2771     </tr>
2772     <tr>
2773       <td>
2774         <div align="center">
2775           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2776         </div>
2777       </td>
2778       <td>
2779         <ul>
2780           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2781           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2782           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2783             annotations.</li>
2784           <li>Version and build date written to build properties
2785             file.</li>
2786           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2787             at launch of Jalview.</li>
2788         </ul>
2789       </td>
2790       <td>
2791         <ul>
2792           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2793           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2794           <li>Can remove groups one by one.</li>
2795           <li>Filechooser icons installed.</li>
2796           <li>Finder ignores return character when searching.
2797             Return key will initiate a search.<br>
2798           </li>
2799         </ul>
2800       </td>
2801     </tr>
2802     <tr>
2803       <td>
2804         <div align="center">
2805           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2806         </div>
2807       </td>
2808       <td>
2809         <ul>
2810           <li>New codebase</li>
2811         </ul>
2812       </td>
2813       <td>&nbsp;</td>
2814     </tr>
2815   </table>
2816   <p>&nbsp;</p>
2817 </body>
2818 </html>