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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
 100           <em>Testing and Deployment</em>
 101           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <em>General</em>
 106           <ul>
 107             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 108             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 109             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 110             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 111           </ul>
 112           <em>Desktop</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 115             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 116             </li>
 117             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 118             </li>
 119             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 120             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 121             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 122             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 123             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 124             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 125             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 126             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 127             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 128             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 129             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 130             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 131             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 132             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 133             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 134             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 135             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 136            </ul>
 137           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 138            <ul>
 139             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 140           </ul>
 141           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 142           <ul>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 145           </li>
 146           </ul>
 147           </div>
 148       </td>
 149     </tr>
 150     <tr>
 151       <td width="60" nowrap>
 152         <div align="center">
 153           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 154             <em>2/10/2017</em></strong>
 155         </div>
 156       </td>
 157       <td><div align="left">
 158           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 159           <ul>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 162             </li>
 163             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 164             </li>
 165           </ul>
 166         </div></td>
 167       <td><div align="left">
 168         </div></td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" nowrap>
 172         <div align="center">
 173           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 174             <em>7/9/2017</em></strong>
 175         </div>
 176       </td>
 177       <td><div align="left">
 178           <em></em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 182               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 183               white)
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 187               Preferences
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 191               in size and progress bar shown as higher resolution
 192               overview is recalculated
 193             </li>
 194
 195           </ul>
 196         </div></td>
 197       <td><div align="left">
 198           <em></em>
 199           <ul>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 202               column region row by row
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 206               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 210               format setting is unticked
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 214               if group has show boxes format setting unticked
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 218               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 219               include sequences and columns not currently displayed
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 223               assemblies are imported via CIF file
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 227               displayed when threshold or conservation colouring is also
 228               enabled.
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 232               server version
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 236               dragging a selected region off the visible region of the
 237               alignment
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 241               colourscheme to all groups in a view
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 245               initially after font size change using the Font chooser or
 246               middle-mouse zoom
 247             </li>
 248           </ul>
 249         </div></td>
 250     </tr>
 251     <tr>
 252       <td width="60" nowrap>
 253         <div align="center">
 254           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 255         </div>
 256       </td>
 257       <td><div align="left">
 258           <em>Calculations</em>
 259           <ul>
 260
 261             <li>
 262               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 263               ungapped positions in each column of the alignment.
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 267               a calculation dialog box
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 271               and memory efficiency (~30x faster)
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 275               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 276               and other calculations
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 280               files within the Jalview codebase
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 284               Similarity may have different topology due to increased
 285               precision
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Rendering</em>
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 292               model for alignments and groups
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 296               scripts
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>Overview</em>
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 303               with alignment and overview windows
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 307               overview
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 311               omitted in Overview
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 315               adjustment of visible position
 316             </li>
 317           </ul>
 318
 319           <em>Data import/export</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 323               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 327               annotation input/output via stockholm flatfile
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 331               extension when importing structure files without embedded
 332               names or PDB accessions
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 336               format sequence substitution matrices
 337             </li>
 338           </ul>
 339           <em>User Interface</em>
 340           <ul>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 343               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 344               the application.
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 348               via Overview or sequence motif search operations
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 352               opened by double clicking gaps within sequence feature
 353               extent
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 357               aligned positions were available to create a 3D structure
 358               superposition.
 359             </li>
 360           </ul>
 361           <em>3D Structure</em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 365               coloured in linked structure views
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 369               file-based command exchange
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 373               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 374               structures are already available for sequences
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 378               the Jalview project rather than downloaded again when the
 379               project is reopened.
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 383               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 384               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 385                 Feature</strong>)
 386             </li>
 387           </ul>
 388           <em>Web Services</em>
 389           <ul>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 395               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 396               Analysis services
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 400               cross-references provided by identifiers.org and the
 401               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 402             </li>
 403           </ul>
 404
 405           <em>Scripting</em>
 406           <ul>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 409               identifying file formats (instead of String constants)
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 413               efficiency when counting all displayed features (not
 414               backwards compatible with 2.10.1)
 415             </li>
 416           </ul>
 417           <em>Example files</em>
 418           <ul>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 421               included in the example feature file
 422             </li>
 423           </ul>
 424           <em>Documentation</em>
 425           <ul>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 428               with the built-in Java help viewer
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 432               sequence description' option
 433             </li>
 434           </ul>
 435           <em>Test Suite</em>
 436           <ul>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 439               Uniprot REST Free Text Search Client
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 446               during tests
 447             </li>
 448           </ul>
 449         </div></td>
 450       <td><div align="left">
 451           <em>Calculations</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 455               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 456               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 457             </li>
 458             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 459               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 460               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 461               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 462               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 463               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 464               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 465               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 466               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 467               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 468               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 469               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 470               // for 2.10.1 mode <br />
 471               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 472               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 473                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 474                 calculations (not recommended)</em></li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 477               scaling of branch lengths for trees computed using
 478               Sequence Feature Similarity.
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 482               generating output report when working with highly
 483               redundant alignments
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 487               right of selected region when gaps present on right-hand
 488               boundary
 489             </li>
 490           </ul>
 491           <em>User Interface</em>
 492           <ul>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 495               doesn't reselect a specific sequence's associated
 496               annotation after it was used for colouring a view
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 500               opened on a region of alignment without groups
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 504               of an alignment with overlapping groups
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 508               name and description match
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 512               hidden regions results in incorrect hidden regions
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 516               changing colour does not apply Conservation slider value
 517               to all groups
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 521               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 525               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 529               gaps before start of features
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 533               restored to UI when feature colour is edited
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 537               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 541               as graduate feature colour settings are modified via the
 542               dialog box
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 546               when a group defined on the alignment is resized
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 550               wrapped view result in positional status updates
 551             </li>
 552
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 555               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 559               alignment included gapped columns
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 563               widgets don't permanently disappear
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 567               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 568               T-Coffee column reliability scores)
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 572               sequence feature on gaps only
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 576               button from a Find inherit previously defined feature type
 577               rather than the Find query string
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 581               exporting tree calculated in Jalview
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 585               and then revealing them reorders sequences on the
 586               alignment
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 590               doesn't update to reflect available set of groups after
 591               interactively adding or modifying features
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 595               Linux
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 599               only excluded gaps in current sequence and ignored
 600               selection.
 601             </li>
 602           </ul>
 603           <em>Rendering</em>
 604           <ul>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 607               erratically when hidden rows or columns are present
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 611               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 612               sequence colouring
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 616               colour and group colour menu for protein alignments
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 620               reflect currently selected view or group's shading
 621               thresholds
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 625               when rendered on overview and structures when opacity at
 626               100%
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 630               overview when features overlaid on alignment
 631             </li>
 632           </ul>
 633           <em>Data import/export</em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 637               load
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 641               added after a sequence was imported are not written to
 642               Stockholm File
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 646               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 650               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 654               with lightGray or darkGray via features file (but can
 655               specify lightgray)
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 659               when alignment view imported from project
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 663               structure and sequences extracted from structure files
 664               imported via URL and viewed in Jmol
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 668               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 669               the project is loaded and the structure viewed
 670             </li>
 671           </ul>
 672           <em>Web Services</em>
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 676               release of Ensembl v.88
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 680               appear enabled in Preferences->Connections
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 684               removed from console output
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 688               Ensembl by Peptide ID
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 692               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 693               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 694               due to 'null' string rather than empty string used for
 695               residues with no corresponding PDB mapping).
 696             </li>
 697           </ul>
 698           <em>Application UI</em>
 699           <ul>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 702               menu
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 706               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 707               new documentation and tooltips added)
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 711               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 715               new features are added to alignment
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 719               changes to feature colours via the Amend features dialog
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 723               edit graduated feature colour via amend features dialog
 724               box
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 728               selection menu changes colours of alignment views
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 732               from alignment calculation workers after alignment has
 733               been closed
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 737               groups now 'Create Group'
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 741               Create/Undefine group doesn't always work
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 745               shown again after pressing 'Cancel'
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 749               adjusts start position in wrap mode
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 753               ambiguous amino acids
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 757               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 758               proteins
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 762               Defined' don't appear in Colours menu
 763             </li>
 764           </ul>
 765           <em>Applet</em>
 766           <ul>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 769               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 773               overview or linked structure view
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 777               work (since 2.8)
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 781               user-defined colourscheme doesn't restore original
 782               colourscheme
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Test Suite</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 789               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 793               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 794               problems with deep array comparison equality asserts in
 795               successive versions of TestNG
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 799               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 800             </li>
 801           </ul>
 802           <em>New Known Issues</em>
 803           <ul>
 804             <li>
 805               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 806               phase after a sequence motif find operation
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 810               containing just upper and lower case letters are
 811               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 815               reliably from eggnog Ortholog database
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 819               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 820               to mark columns containing highlighted regions.
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 824               doesn't always add secondary structure annotation.
 825             </li>
 826           </ul>
 827         </div>
 828     <tr>
 829       <td width="60" nowrap>
 830         <div align="center">
 831           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 832         </div>
 833       </td>
 834       <td><div align="left">
 835           <em>General</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 839               for all consensus calculations
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 843               3rd Oct 2016)
 844             </li>
 845             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 846               for 2016-2017</li>
 847           </ul>
 848           <em>Application</em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 852               set of database cross-references, sorted alphabetically
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 856               from database cross references. Users with custom links
 857               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 858                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 862               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 863               Chimera session
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 867               the Chimera it is connected to is shut down
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 871               columns menu item to mark columns containing highlighted
 872               regions (e.g. from structure selections or results of a
 873               Find operation)
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 877               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 878               MSAviewer
 879             </li>
 880           </ul>
 881         </div></td>
 882       <td>
 883         <div align="left">
 884           <em>General</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 888               are not coloured or thresholded according to percent
 889               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 893               hydrophobic
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 897               threshold, amino acid properties)
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 901               reported as mapped to residues in a structure file in the
 902               View Mapping report
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 906               could be added multiple times to a sequence
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 910               bond features shown as two highlighted residues rather
 911               than a range in linked structure views, and treated
 912               correctly when selecting and computing trees from features
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 916               cross-references are matched to database name regardless
 917               of case
 918             </li>
 919
 920           </ul>
 921           <em>Application</em>
 922           <ul>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 925               names without regular expressions also offer links from
 926               Sequence ID
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 930               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 931               update Jalview configuration
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 935               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 939               files with similarly named sequences if dropped onto the
 940               alignment
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 944               entries where more chains exist in the PDB accession than
 945               are reported in the SIFTS file
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 949               the structure view when displayed with Chimera
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 953               panel's View->Show Chains submenu
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 957               work for wrapped alignment views
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 961               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 965               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 966               first annotation row
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 970               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 974               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 975             </li>
 976             <!-- JAL-2319 -->
 977             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 978             coordindate data
 979             </li>
 980           </ul>
 981           <!--           <em>New Known Issues</em>
 982           <ul>
 983             <li></li>
 984           </ul> -->
 985         </div>
 986       </td>
 987     </tr>
 988     <td width="60" nowrap>
 989       <div align="center">
 990         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 991           <em>25/10/2016</em></strong>
 992       </div>
 993     </td>
 994     <td><em>Application</em>
 995       <ul>
 996         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 997           view if structures already loaded</li>
 998         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 999           structure views</li>
1000       </ul></td>
1001     <td>
1002       <div align="left">
1003         <em>General</em>
1004         <ul>
1005           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1006             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1007           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1008             example sequences/projects/trees</li>
1009         </ul>
1010         <em>Application</em>
1011         <ul>
1012           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1013             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1014           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1015             without timeout for structures with multiple models or
1016             multiple sequences in alignment</li>
1017           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1018             PDB ID HEADER line</li>
1019           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1020             is performed</li>
1021           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1022             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1023           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1024           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1025             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1026             option</li>
1027           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1028             is created on the alignment</li>
1029           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1030             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1031             pop-up menu</li>
1032         </ul>
1033         <em>Build and deployment</em>
1034         <ul>
1035           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1036             tags</li>
1037         </ul>
1038         <em>New Known Issues</em>
1039         <ul>
1040           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1041             on Windows</li>
1042         </ul>
1043       </div>
1044     </td>
1045     </tr>
1046     <tr>
1047       <td width="60" nowrap>
1048         <div align="center">
1049           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1050         </div>
1051       </td>
1052       <td><em>General</em>
1053         <ul>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1059             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1060             better PDB parsing.
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1064             reference sequence
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1068             mousing over sequence associated annotation
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1072             for manual entry
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1076             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1077             for each column
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1081             showing or hiding columns containing a feature
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1085             group and sequence associated annotation labels
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1089             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1090             dialogs
1091           </li>
1092
1093         </ul> <em>Application</em>
1094         <ul>
1095           <li>
1096             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1097             gene/transcript view
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1101             dialog
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1105             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1109             Pfam sources to xfam.org
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1116             over sequences in Jalview
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1120             regions in ENA and EMBL
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1124             for record retrieval via ENA rest API
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1128             complement operator
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1132             groovy script execution
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1136             alignment window's Calculate menu
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1140             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1144             calculation workers from groovy scripts
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1148             Jalview projects
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1152             associations are now saved/restored from project
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1156             before sequence fetcher is opened
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1160             database chooser opens a sequence fetcher
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1164             the UniProt REST API
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1168             the news reader opening
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1172             querying stored in preferences
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1176             search results
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1183             menu for nucleotide sequences
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1187             and feature counts preserves alignment ordering (and
1188             debugged for complex feature sets).
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1192             viewing structures with Jalview 2.10
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1196             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1197             Ensembl Genomes REST API
1198           </li>
1199           <li>
1200             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1201             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1202             (Ensembl)
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1206             sequences
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1210             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1211             data from external database records.
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1215             efficient recovery of sequence coding and alignment
1216             annotation relationships.
1217           </li>
1218         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1219         <ul>
1220           <li>
1221             -- JAL---
1222           </li>
1223         </ul> --></td>
1224       <td>
1225         <div align="left">
1226           <em>General</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1230               menu on OSX
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1234               includes graduated colourschemes
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1238               working with big alignments and lots of hidden columns
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1242               at right of alignment window
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1246               contents
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1250               for DNA alignments
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1254               based tree calculation
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1258               unconserved enabled for group on alignment
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1262               set as reference
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1266               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1267               annotation
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1271               hidden columns present
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1275               user created annotation added to alignment
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1279               '()' base pair annotation
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1283               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1284               Consensus
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1288               feature not working
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1292               beginning of sequence
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1296               entry 3a6s
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1300               from a tree when t-coffee scores are shown
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1304               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1308               some structures
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1312               to Clustal, PIR and PileUp output
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1316               not visible causes alignment window to repaint
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1320               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1321               scores associated with features and annotation rows
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1325               calculation should be case independent
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1329               columns
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1333               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1334               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1338               problems when reference sequence defined and 'show
1339               non-conserved' enabled
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1343               load even when Consensus calculation is disabled
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1347               alignment does nothing
1348             </li>
1349           </ul>
1350           <em>Application</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1354               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1355               yet fixed for El Capitan)
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1359               output when running on non-gb/us i18n platforms
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1363               hidden sequences as flat-file alignment
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1367               launching Chimera
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1371               (also hotfix for 2.9.0b2)
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1375               reference sequence defined
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1379               alignments and views when revealing hidden columns
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1383               view in a cDNA/Protein splitframe
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1387               sequence from project when only one sequence is
1388               represented
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1392               in Structure Chooser
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1396               structure consensus didn't refresh annotation panel
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1400               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1404               dialogs format columns correctly, don't display array
1405               data, sort columns according to type
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1409               file chooser is cancelled during an image export
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1413               sequence name containing special characters
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1417               case insensitive
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1421               formatting don't wrap
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1425               truncated so L looks like I in consensus annotation
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1429               currently displayed features for the current selection or
1430               view
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1434               after fetching cross-references, and restoring from
1435               project
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1439               followed in the structure viewer
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1443               splitframe not restored from project
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1447               trailing end of protein alignment in transcript/product
1448               splitview when pad-gaps not enabled by default
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1452               is case dependent
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1456               article has been read (reopened issue due to
1457               internationalisation problems)
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1461               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1462               cross-references
1463             </li>
1464
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1467               alignment as HTML
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1471               multiple structures are shown for one or more sequences.
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1475               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1476               is enabled.
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1480               specific PDB id for sequence
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1484               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1485               columns' is disabled.
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1489               selects lowest rather than highest resolution structures
1490               for each sequence
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1494               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1498               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1502               after clicking on it to create new annotation for a
1503               column.
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1507               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1508             </li>
1509             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1510             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1511           </ul>
1512           <em>Applet</em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1516               hidden columns present before start of sequence
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1520               (JSON jars)
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1524               sequences are hidden in applet
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1528               deployment on examples pages.
1529             </li>
1530           </ul>
1531         </div>
1532       </td>
1533     </tr>
1534     <tr>
1535       <td width="60" nowrap>
1536         <div align="center">
1537           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1538             <em>16/10/2015</em></strong>
1539         </div>
1540       </td>
1541       <td><em>General</em>
1542         <ul>
1543           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1544             jars</li>
1545         </ul></td>
1546       <td>
1547         <div align="left">
1548           <em>Application</em>
1549           <ul>
1550             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1551               shown when tree is partitioned</li>
1552             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1553               multiple cDNA/Protein split views</li>
1554           </ul>
1555         </div>
1556       </td>
1557     </tr>
1558     <tr>
1559       <td width="60" nowrap>
1560         <div align="center">
1561           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1562             <em>8/10/2015</em></strong>
1563         </div>
1564       </td>
1565       <td><em>General</em>
1566         <ul>
1567           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1568             2.9</li>
1569         </ul> <em>Application</em>
1570         <ul>
1571           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1572           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1573           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1574         </ul> <em>Applet</em>
1575         <ul>
1576           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1577         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1578         <ul>
1579           <li>
1580             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1581             suite
1582           </li>
1583         </ul></td>
1584       <td>
1585         <div align="left">
1586           <em>General</em>
1587           <ul>
1588             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1589               incorrect when sequence start > 1</li>
1590             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1591               documentation</li>
1592             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1593             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1594               loading a features file containing HTML tags in feature
1595               description</li>
1596
1597           </ul>
1598           <em>Application</em>
1599           <ul>
1600             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1601               reimport</li>
1602             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1603               with 'trim retrieved sequences'</li>
1604             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1605               deleting selected columns</li>
1606             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1607               JNLP templates for webstart launch</li>
1608             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1609               unreleased structures for download or viewing</li>
1610             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1611               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1612             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1613               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1614             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1615               recovered from jalview project</li>
1616             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1617               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1618               alignment view</li>
1619             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1620               color schemes from BioJSON</li>
1621           </ul>
1622           <em>Applet</em>
1623           <ul>
1624             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1625               frame</li>
1626             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1627           </ul>
1628         </div>
1629       </td>
1630     </tr>
1631     <tr>
1632       <td><div align="center">
1633           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1634         </div></td>
1635       <td><em>General</em>
1636         <ul>
1637           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1638             alignments:
1639             <ul>
1640               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1641                 and DNA alignment views</li>
1642               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1643                 cDNA alignment views</li>
1644               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1645                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1646               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1647                 protein sequences</li>
1648             </ul>
1649           </li>
1650           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1651           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1652             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1653           <li>New alignment annotation file statements for
1654             reference sequences and marking hidden columns</li>
1655           <li>Reference sequence based alignment shading to
1656             highlight variation</li>
1657           <li>Select or hide columns according to alignment
1658             annotation</li>
1659           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1660           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1661             acid conservation row</li>
1662           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1663         </ul> <em>Application</em>
1664         <ul>
1665           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1666             <ul>
1667               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1668                 view with cDNA/Protein</li>
1669               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1670                 sequences are placed in the same alignment</li>
1671               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1672                 projects</li>
1673             </ul>
1674           </li>
1675
1676           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1677           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1678             Jalview windows</li>
1679
1680           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1681           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1682           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1683             be shown in VARNA</li>
1684
1685           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1686             as the active selected region</li>
1687
1688           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1689             similarity</li>
1690           <li>New Export options
1691             <ul>
1692               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1693                 region export in flat file generation</li>
1694
1695               <li>Export alignment views for display with the <a
1696                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1697
1698               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1699               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1700                 alignment figures to HTML</li>
1701           </li>
1702           <li>3D structure retrieval and display
1703             <ul>
1704               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1705                 Search API</li>
1706               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1707                 PDB structures for a sequence set</li>
1708             </ul>
1709           </li>
1710
1711           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1712             predictions</li>
1713           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1714             for one or a group of sequences</li>
1715           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1716             from the JPred4 web server</li>
1717           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1718             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1719             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1720           </li>
1721           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1722             VARNA 2D Structure'</li>
1723           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1724             Structure ..."</li>
1725
1726         </ul> <em>Applet</em>
1727         <ul>
1728           <li>New layout for applet example pages</li>
1729           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1730             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1731           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1732             Protein alignments</li>
1733         </ul> <em>Development and deployment</em>
1734         <ul>
1735           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1736           <li>Include installation type and git revision in build
1737             properties and console log output</li>
1738           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1739             storing BioJsMSA Templates</li>
1740           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1741         </ul></td>
1742       <td>
1743         <!-- <em>General</em>
1744         <ul>
1745         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1746         <ul>
1747           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1748           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1749           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1750             predictions are not highlighted in amber</li>
1751           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1752             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1753           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1754             associated structure views</li>
1755           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1756             width checkbox not enabled</li>
1757           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1758             creating user defined colours</li>
1759           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1760             mappings for just that viewer's sequences</li>
1761           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1762             multiple models in Chimera</li>
1763           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1764             over Jmol structure</li>
1765           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1766             output to text box</li>
1767           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1768             have incorrect sequence start/end</li>
1769           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1770             Jalview fails</li>
1771           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1772             work for nucleotide</li>
1773           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1774             to a grey/invisible alignment window</li>
1775           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1776             imports to different position</li>
1777           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1778             on some platforms</li>
1779           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1780             populated</li>
1781           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1782             console if Chimera has been opened</li>
1783           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1784           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1785             retrieved</li>
1786           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1787           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1788             either sequence shows on first structure</li>
1789           <li>'Show annotations' options should not make
1790             non-positional annotations visible</li>
1791           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1792             in right place after 'view flanking regions'</li>
1793           <li>File Save As type unset when current file format is
1794             unknown</li>
1795           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1796             projects</li>
1797           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1798             responsive</li>
1799           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1800             several views on same alignment</li>
1801           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1802           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1803             spaces</li>
1804         </ul> <em>Applet</em>
1805         <ul>
1806           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1807           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1808             descriptions containing angle brackets</li>
1809         </ul> <em>General</em>
1810         <ul>
1811           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1812             via jalview annotation file</li>
1813           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1814             with RNA secondary structure</li>
1815           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1816             translation doesn't work.</li>
1817           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1818           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1819             positions</li>
1820           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1821             choosing 1pt font</li>
1822           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1823             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1824             'h'</li>
1825           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1826             new feature</li>
1827           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1828             order dependent</li>
1829           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1830             sequences</li>
1831           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1832         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1833         <ul>
1834           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1835             www.jalview.org</li>
1836         </ul> <em>Application Known issues</em>
1837         <ul>
1838           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1839           <li>Misleading message appears after trying to delete
1840             solid column.</li>
1841           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1842             version launches</li>
1843           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1844             fails with a sequence mismatch</li>
1845           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1846             scrolling alignment to right</li>
1847           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1848             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1849           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1850             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1851           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1852             ultra-high resolution</li>
1853           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1854             quality and conservation</li>
1855           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1856             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1857         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1858         <ul>
1859           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1860           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1861             window is being resized</li>
1862
1863         </ul>
1864       </td>
1865     </tr>
1866     <tr>
1867       <td><div align="center">
1868           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1869         </div></td>
1870       <td><em>General</em>
1871         <ul>
1872           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1873             Certum.PL.</li>
1874           <li>Features and annotation preserved when performing
1875             pairwise alignment</li>
1876           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1877             imported/exported/displayed</li>
1878           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1879             protein secondary structure</li>
1880           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1881               post-hoc with 2.9 release</em>)
1882           </li>
1883
1884         </ul> <em>Application</em>
1885         <ul>
1886           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1887             with 3D structures</li>
1888           <li>Support for parsing RNAML</li>
1889           <li>Annotations menu for layout
1890             <ul>
1891               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1892               <li>place sequence annotation above/below alignment
1893                 annotation</li>
1894             </ul>
1895           <li>Output in Stockholm format</li>
1896           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1897             translation</li>
1898           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1899           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1900             shared between alignments</li>
1901           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1902             Jalview</li>
1903           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1904             all or current selection</li>
1905           <li>disorder and secondary structure predictions
1906             available as dataset annotation</li>
1907           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1908
1909
1910           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1911             alignments from Rfam</li>
1912           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1913
1914           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1915             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1916           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1917           <li>include installation type in build properties and
1918             console log output</li>
1919           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1920             annotation</li>
1921         </ul></td>
1922       <td>
1923         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1924         <ul>
1925           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1926             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1927           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1928             alignment</li>
1929           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1930           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1931           <li>Double click on sequence associated annotation
1932             selects only first column</li>
1933           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1934             leaves shown in tree</li>
1935           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1936             properly</li>
1937           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1938           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1939             screen and buttons not visible</li>
1940           <li>author list isn't updated if already written to
1941             Jalview properties</li>
1942           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1943             from database</li>
1944           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1945           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1946             browser search window</li>
1947           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1948             in feature settings dialog</li>
1949           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1950             desktop</li>
1951           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1952             pass validation</li>
1953           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1954             fit on screen</li>
1955           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1956             tooltip</li>
1957           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1958             defined user preset</li>
1959           <li>MSA web services warns user if they were launched
1960             with invalid input</li>
1961           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1962             Java 8</li>
1963           <li>
1964             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1965             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1966             created
1967           </li>
1968
1969         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1970         <ul>
1971         </ul> <em>General</em>
1972         <ul>
1973         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1974         <ul>
1975           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1976             memory allocation</li>
1977           <li>launchApp service doesn't automatically open
1978             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1979           <li>
1980             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1981             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1982             1.7_055 is available
1983           </li>
1984         </ul> <em>Application Known issues</em>
1985         <ul>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1988             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1989             alignment to right
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1993             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1994             with large number of ID
1995           </li>
1996           <li>
1997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1998             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1999             start/end
2000           </li>
2001           <li>
2002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2003             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2004             structure tracks are rearranged
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2008             invalid rna structure positional highlighting does not
2009             highlight position of invalid base pairs
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2013             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2014             project from alignment window file menu
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2018             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2019             structures
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2023             colour by RNA Helices not enabled when user created
2024             annotation added to alignment
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2028             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2029           </li>
2030         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2031         <ul>
2032           <li>
2033             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2034             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2038             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2039           </li>
2040
2041           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2042             when selected</li>
2043         </ul>
2044       </td>
2045     </tr>
2046     <tr>
2047       <td><div align="center">
2048           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2049         </div></td>
2050       <td>
2051         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2052         <em>General</em>
2053         <ul>
2054           <li>Internationalisation of user interface (usually
2055             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2056           <li>Define/Undefine group on current selection with
2057             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2058           <li>Improved group creation/removal options in
2059             alignment/sequence Popup menu</li>
2060           <li>Sensible precision for symbol distribution
2061             percentages shown in logo tooltip.</li>
2062           <li>Annotation panel height set according to amount of
2063             annotation when alignment first opened</li>
2064         </ul> <em>Application</em>
2065         <ul>
2066           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2067             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2068           <li>Select columns containing particular features from
2069             Feature Settings dialog</li>
2070           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2071             sequences</li>
2072           <li>Update Jalview project format:
2073             <ul>
2074               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2075               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2076                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2077               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2078                 colouring</li>
2079             </ul>
2080           </li>
2081           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2082             (PAM250)</li>
2083           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2084             flanking regions for an alignment</li>
2085         </ul>
2086       </td>
2087       <td>
2088         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2089         <ul>
2090           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2091             running after job is cancelled</li>
2092           <li>cannot export features from alignments imported from
2093             Jalview/VAMSAS projects</li>
2094           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2095             float values</li>
2096           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2097             have 'display all symbols' flag set</li>
2098           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2099             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2100           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2101             Jalview</li>
2102           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2103             Lion/Webstart</li>
2104           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2105           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2106           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2107             alignment onto desktop</li>
2108           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2109             'extract scores' function</li>
2110           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2111             alignment window</li>
2112           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2113             performing IUPred disorder prediction</li>
2114           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2115             changing 'normalise logo' display setting</li>
2116           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2117             nothing matches query</li>
2118           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2119             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2120           </li>
2121           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2122             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2123           </li>
2124           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2125             Jalview's menu</li>
2126           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2127             'invalid literal/length code'</li>
2128           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2129             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2130           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2131             colourscheme</li>
2132
2133         </ul> <em>Applet</em>
2134         <ul>
2135           <li>Remove group option is shown even when selection is
2136             not a group</li>
2137           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2138             don't affect groups</li>
2139           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2140             colourscheme name</li>
2141           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2142             Annotation panel is not displayed</li>
2143           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2144             embedded windows</li>
2145         </ul> <em>Other</em>
2146         <ul>
2147           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2148             single sequence were not calculated</li>
2149           <li>annotation files that contain only groups imported as
2150             annotation and junk sequences</li>
2151           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2152             recognised as PFAM or BLC</li>
2153           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2154             doesn't affect background (2.8.0b1)
2155           <li></li>
2156           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2157           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2158             trailing gaps</li>
2159           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2160             registered correctly on import</li>
2161           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2162             certain alignments</li>
2163           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2164             existing annotation based 'use original colours'
2165             colourscheme loses original colours setting</li>
2166         </ul>
2167       </td>
2168     </tr>
2169     <tr>
2170       <td><div align="center">
2171           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2172             <em>30/1/2014</em></strong>
2173         </div></td>
2174       <td>
2175         <ul>
2176           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2177             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2178             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2179             open source project).
2180           </li>
2181           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2182           <li>Output in Stockholm format</li>
2183           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2184           <li>Export/import group and sequence associated line
2185             graph thresholds</li>
2186           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2187             ambiguity codes</li>
2188           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2189             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2190             works</li>
2191           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2192         </ul> <em>Other improvements</em>
2193         <ul>
2194           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2195           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2196             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2197           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2198             files</li>
2199           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2200           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2201             link but no description</li>
2202           <li>Select primary source when selecting authority in
2203             database fetcher GUI</li>
2204           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2205             Jalview</li>
2206           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2207         </ul>
2208       </td>
2209       <td>
2210         <ul>
2211           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2212             displayed</li>
2213           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2214             secondary structure annotation line</li>
2215           <li>Sequence database accessions not imported when
2216             fetching alignments from Rfam</li>
2217           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2218             identical IDs</li>
2219           <li>View all structures does not always superpose
2220             structures</li>
2221           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2222             reflect user or preset settings</li>
2223           <li>Null pointer exceptions for some services without
2224             presets or adjustable parameters</li>
2225           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2226             discover PDB xRefs</li>
2227           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2228             features with DAS</li>
2229           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2230             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2231           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2232             residue follows a gap</li>
2233           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2234             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2235           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2236             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2237           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2238             annotation already exists on alignment</li>
2239           <li>oninit javascript function should be called after
2240             initialisation completes</li>
2241           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2242             alignment window display</li>
2243           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2244           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2245             to annotation file</li>
2246           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2247             groups created</li>
2248           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2249             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2250           <li>Pressing return several times causes Number Format
2251             exceptions in keyboard mode</li>
2252           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2253             correct partitions for input data</li>
2254           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2255           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2256           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2257           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2258             mode</li>
2259           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2260             changes one row&#39;s threshold</li>
2261           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2262             doesn&#39;t open</li>
2263           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2264             quality histograms</li>
2265         </ul>
2266       </td>
2267     </tr>
2268     <tr>
2269       <td><div align="center">
2270           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2271         </div></td>
2272       <td><em>Application</em>
2273         <ul>
2274           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2275             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2276           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2277             preferences</li>
2278           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2279             in Jalview alignment window</li>
2280           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2281             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2282           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2283             RNA and ambiguity codes</li>
2284
2285           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2286           <li>Support fetching and database reference look up
2287             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2288             refs')</li>
2289           <li>Jalview project improvements
2290             <ul>
2291               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2292                 flag for annotation</li>
2293               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2294                 alignment</li>
2295               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2296                 Jalview project</li>
2297
2298             </ul>
2299           </li>
2300           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2301           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2302             running</li>
2303           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2304           <li>visual indication that web service results are still
2305             being retrieved from server</li>
2306           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2307             starts up for first time</li>
2308           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2309             services</li>
2310           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2311             client library</li>
2312           <li>Examples directory and Groovy library included in
2313             InstallAnywhere distribution</li>
2314         </ul> <em>Applet</em>
2315         <ul>
2316           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2317             visualization applet example</li>
2318         </ul> <em>General</em>
2319         <ul>
2320           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2321           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2322             defaults</li>
2323           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2324             calculation</li>
2325           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2326             matrices
2327           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2328             in HTML</li>
2329           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2330             structure contacts</li>
2331           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2332           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2333           <li>Parse sequence associated secondary structure
2334             information in Stockholm files</li>
2335           <li>HTML Export database accessions and annotation
2336             information presented in tooltip for sequences</li>
2337           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2338             style RNA alignment files</li>
2339           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2340             alignment</li>
2341           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2342             shade each sequence according to its associated alignment
2343             annotation</li>
2344           <li>New Jalview Logo</li>
2345         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2346         <ul>
2347           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2348           <li>New Website!</li>
2349         </ul></td>
2350       <td><em>Application</em>
2351         <ul>
2352           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2353             wsdbfetch REST service</li>
2354           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2355           <li>Filetype associations not installed for webstart
2356             launch</li>
2357           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2358             job execution in full once it is complete</li>
2359           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2360             uploaded via ali_file parameter</li>
2361           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2362           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2363           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2364             submitted for prediction</li>
2365           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2366             desktop window</li>
2367           <li>Putting fractional value into integer text box in
2368             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2369           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2370             windows 7</li>
2371           <li>View all structures fails with exception shown in
2372             structure view</li>
2373           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2374             escaped in a platform independent way</li>
2375           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2376             using proxy</li>
2377           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2378             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2379           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2380             failure when java web start temporary file caching is
2381             disabled</li>
2382           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2383             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2384           <li>Errors during processing of command line arguments
2385             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2386           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2387             DAS sources in sequence fetcher</li>
2388           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2389             dialog is shown</li>
2390           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2391           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2392           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2393           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2394             on OSX Mountain Lion</li>
2395           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2396             sequences with alignment annotation are pasted into the
2397             alignment</li>
2398           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2399             when loaded from Jalview project</li>
2400           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2401           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2402             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2403           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2404             associated with all views</li>
2405           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2406             annotation rows to new window</li>
2407         </ul> <em>Applet</em>
2408         <ul>
2409           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2410             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2411           <li>loading features via javascript API automatically
2412             enables feature display</li>
2413           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2414             work</li>
2415         </ul> <em>General</em>
2416         <ul>
2417           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2418           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2419             and then deselected</li>
2420           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2421           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2422             coloured with clustalx</li>
2423           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2424             exceptions and redraw errors</li>
2425           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2426             reconfigured view</li>
2427           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2428             colour</li>
2429           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2430             for lots of labels</li>
2431         </ul>
2432     </tr>
2433     <tr>
2434       <td>
2435         <div align="center">
2436           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2437         </div>
2438       </td>
2439       <td><em>Application</em>
2440         <ul>
2441           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2442           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2443           <li>View/alignment association menu to enable user to
2444             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2445             its colours/correspondences from</li>
2446           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2447           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2448             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2449           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2450           <li>Annotation row column label formatting attributes
2451             stored in project file</li>
2452           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2453             rows preserved in Jalview project file</li>
2454           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2455             saved using Desktop window menu</li>
2456           <li>Visual indication that command line arguments are
2457             still being processed</li>
2458           <li>Groovy script execution from URL</li>
2459           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2460             preferences</li>
2461           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2462             alignment with sequences that have high similarity and
2463             matching IDs</li>
2464           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2465           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2466             structures in same window</li>
2467           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2468           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2469             analysis function in its own submenu</li>
2470         </ul> <em>Applet</em>
2471         <ul>
2472           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2473             groups</li>
2474           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2475           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2476           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2477           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2478           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2479             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2480           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2481           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2482             parameters are treated as such</li>
2483           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2484             <ul>
2485               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2486               <li>Javascript callbacks for
2487                 <ul>
2488                   <li>Applet initialisation</li>
2489                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2490                 </ul>
2491               </li>
2492               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2493                 functions</li>
2494               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2495               <li>javascript structure viewer harness to pass
2496                 messages between Jmol and Jalview when running as
2497                 distinct applets</li>
2498               <li>sortBy method</li>
2499               <li>Set of applet and application examples shipped
2500                 with documentation</li>
2501               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2502                 javascript message exchange</li>
2503             </ul>
2504         </ul> <em>General</em>
2505         <ul>
2506           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2507             multiple alignments</li>
2508           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2509           <li>User configurable link to enable redirects to a
2510             www.Jalview.org mirror</li>
2511           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2512           <li>Configurable newline string when writing alignment
2513             and other flat files</li>
2514           <li>Allow alignment annotation description lines to
2515             contain html tags</li>
2516         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2517         <ul>
2518           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2519             examples</li>
2520           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2521             using a web service before displaying the result in the
2522             Jalview desktop</li>
2523           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2524           <li>Ant target to publish example html files with applet
2525             archive</li>
2526           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2527           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2528         </ul></td>
2529       <td><em>Application</em>
2530         <ul>
2531           <li>User defined colourscheme throws exception when
2532             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2533           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2534             dialog for valid filename/format</li>
2535           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2536           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2537             P37173</li>
2538           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2539             which sequence is to be associated with the file</li>
2540           <li>Find All raises null pointer exception when query
2541             only matches sequence IDs</li>
2542           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2543           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2544             2.4 cannot be loaded</li>
2545           <li>Filetype associations not installed for webstart
2546             launch</li>
2547           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2548             with sequences in different alignments do not get coloured
2549             by their associated sequence</li>
2550           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2551             not preserved when project is loaded</li>
2552           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2553             stored in Jalview project</li>
2554           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2555             Jalview project</li>
2556           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2557           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2558             by conservation</li>
2559           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2560             created on new view</li>
2561           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2562             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2563           <li>Alignment quality not updated after alignment
2564             annotation row is hidden then shown</li>
2565           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2566             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2567           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2568             properly</li>
2569           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2570             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2571           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2572           <li>Structures imported from file and saved in project
2573             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2574           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2575             job execution in full once it is complete</li>
2576         </ul> <em>Applet</em>
2577         <ul>
2578           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2579             annotation rows are displayed</li>
2580           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2581             codebase</li>
2582           <li>View follows highlighting does not work for positions
2583             in sequences</li>
2584           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2585           <li>Export features raises exception when no features
2586             exist</li>
2587           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2588             for javascript api is modified when separator string
2589             provided as parameter</li>
2590           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2591             alignment with no existing selection</li>
2592           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2593             to applet&#39;s codebase</li>
2594           <li>Status bar not updated after finished searching and
2595             search wraps around to first result</li>
2596           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2597             several Jalview applets causes race conditions and memory
2598             leaks</li>
2599           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2600             not sent from Jmol in applet</li>
2601           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2602             applet API fatally hang browser</li>
2603         </ul> <em>General</em>
2604         <ul>
2605           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2606             position with wrapped view and hidden regions</li>
2607           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2608             with/without hidden columns</li>
2609           <li>Sequence length given in alignment properties window
2610             is off by 1</li>
2611           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2612             import PDB like structure files</li>
2613           <li>Positional search results are only highlighted
2614             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2615           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2616           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2617             given sequence position</li>
2618           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2619             output</li>
2620           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2621             from nucleotide chains correctly</li>
2622           <li>Structure colours not updated when tree partition
2623             changed in alignment</li>
2624           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2625             parsed in interleaved stockholm</li>
2626           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2627             state</li>
2628           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2629             properly</li>
2630           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2631             properly associated with their pdb files</li>
2632         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2633         <ul>
2634           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2635             ApplyCopyright tool</li>
2636         </ul></td>
2637     </tr>
2638     <tr>
2639       <td>
2640         <div align="center">
2641           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2642         </div>
2643       </td>
2644       <td><em>Application</em>
2645         <ul>
2646           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2647             contact web services</li>
2648           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2649             service job window</li>
2650           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2651         </ul></td>
2652       <td>
2653         <ul>
2654           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2655             pir file emitted by Jalview</li>
2656           <li>Existing feature settings transferred to new
2657             alignment view created from cut'n'paste</li>
2658           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2659             parsing PDB files</li>
2660           <li>Consensus and conservation annotation rows
2661             occasionally become blank for all new windows</li>
2662           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2663             in wrapped view mode</li>
2664         </ul> <em>Application</em>
2665         <ul>
2666           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2667             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2668           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2669             parameter names</li>
2670           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2671             is down</li>
2672         </ul>
2673       </td>
2674     </tr>
2675     <tr>
2676       <td>
2677         <div align="center">
2678           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2679         </div>
2680       </td>
2681       <td><em>Application</em>
2682         <ul>
2683           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2684             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2685             (JABAWS)
2686           </li>
2687           <li>Web Services preference tab</li>
2688           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2689             preferences</li>
2690           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2691           <li>Superpose structures using associated sequence
2692             alignment</li>
2693           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2694             viewer</li>
2695         </ul> <em>Applet</em>
2696         <ul>
2697           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2698             link out mechanism</li>
2699         </ul> <em>Other</em>
2700         <ul>
2701           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2702             series 12</li>
2703           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2704             require Java 1.5</li>
2705           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2706             sequence annotation files</li>
2707           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2708             type colour specification</li>
2709           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2710             script to check if it being run in an interactive session or
2711             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2712         </ul></td>
2713       <td>
2714         <ul>
2715           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2716             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2717         </ul> <em>Application</em>
2718         <ul>
2719           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2720             selected Regions menu item</li>
2721           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2722             part of a valid accession ID</li>
2723           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2724             runs out of memory</li>
2725           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2726             analysis results</li>
2727           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2728             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2729           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2730         </ul> <em>Applet</em>
2731         <ul>
2732           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2733             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2734             defined.</li>
2735         </ul>
2736       </td>
2737     </tr>
2738     <tr>
2739       <td>
2740         <div align="center">
2741           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2742         </div>
2743       </td>
2744       <td></td>
2745       <td>
2746         <ul>
2747           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2748             sequence IDs</li>
2749           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2750             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2751           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2752             import correctly</li>
2753           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2754             number of columns are hidden</li>
2755           <li>annotation label popup menu not providing correct
2756             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2757             present</li>
2758           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2759             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2760           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2761             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2762
2763         </ul> <em>Applet</em>
2764         <ul>
2765           <li>annotation panel disappears when annotation is
2766             hidden/removed</li>
2767         </ul> <em>Application</em>
2768         <ul>
2769           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2770             alignment opened where annotation panel is visible but no
2771             annotations are present on alignment</li>
2772           <li>pasted region containing hidden columns is
2773             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2774           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2775             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2776           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2777             selected Rregions menu item.</li>
2778           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2779             'Un' or 'Non'conserved</li>
2780           <li>Sequence feature settings are being shared by
2781             multiple distinct alignments</li>
2782           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2783             changed</li>
2784           <li>double click on group annotation to select sequences
2785             does not propagate to associated trees</li>
2786           <li>Mac OSX specific issues:
2787             <ul>
2788               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2789                 window background</li>
2790               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2791                 name set correctly</li>
2792               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2793                 save feature colourscheme button</li>
2794             </ul>
2795           </li>
2796         </ul>
2797       </td>
2798     </tr>
2799     <tr>
2800
2801       <td>
2802         <div align="center">
2803           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2804         </div>
2805       </td>
2806       <td><em>New Capabilities</em>
2807         <ul>
2808           <li>URL links generated from description line for
2809             regular-expression based URL links (applet and application)
2810
2811           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2812             menu</li>
2813           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2814             structures</li>
2815           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2816             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2817           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2818             average score or total feature count for each sequence.</li>
2819           <li>Shading features by score or associated description</li>
2820           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2821             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2822           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2823             hide everything but the currently selected region.</li>
2824           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2825         </ul> <em>Application</em>
2826         <ul>
2827           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2828             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2829           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2830             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2831           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2832             database references and protein_name is parsed as
2833             description line (BioSapiens terms).</li>
2834           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2835             references in sequence ID tooltip from View menu in
2836             application.</li>
2837           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2838       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2839           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2840             conservation plots</li>
2841           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2842             and visualized as sequence logos</li>
2843           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2844             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2845           </li>
2846           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2847             when a new tree is opened.</li>
2848           <li>Jalview Java Console</li>
2849           <li>Better placement of desktop window when moving
2850             between different screens.</li>
2851           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2852             consensus annotation</li>
2853           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2854             Workflows</li>
2855           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2856             <ul>
2857               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2858                 used to preserve views, structures, and tree display
2859                 settings)</li>
2860               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2861                 command line</li>
2862               <li>Sharing of selected regions between views and
2863                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2864               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2865             </ul></li>
2866         </ul> <em>Applet</em>
2867         <ul>
2868           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2869           <li>New Parameters
2870             <ul>
2871               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2872                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2873                 opened.</li>
2874               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2875                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2876               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2877                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2878               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2879                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2880                 view</li>
2881               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2882                 increase the height or width of a cell in the alignment
2883                 grid relative to the current font size.</li>
2884             </ul>
2885           </li>
2886           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2887             tooltip</li>
2888         </ul> <em>Other</em>
2889         <ul>
2890           <li>Features format: graduated colour definitions and
2891             specification of feature scores</li>
2892           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2893             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2894             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2895           <li>XML formats extended to support graduated feature
2896             colourschemes, group associated annotation, and profile
2897             visualization settings.</li></td>
2898       <td>
2899         <ul>
2900           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2901             rather than description</li>
2902           <li>Non-positional features are now included in sequence
2903             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2904             visibility in tooltip).</li>
2905           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2906           <li>Added URL embedding instructions to features file
2907             documentation.</li>
2908           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2909             'X' in peptide product</li>
2910           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2911             sequence ID and sequence string and query strings do not
2912             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2913           <li>AMSA files only contain first column of
2914             multi-character column annotation labels</li>
2915           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2916             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2917             exported and re-imported)</li>
2918           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2919             name</li>
2920           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2921             as subsequence matches, and correctly reports total number
2922             of both.</li>
2923           <li>Application:
2924             <ul>
2925               <li>Better handling of exceptions during sequence
2926                 retrieval</li>
2927               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2928                 link text excludes the start_end suffix</li>
2929               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2930                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2931               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2932               <li>Sequence description lines properly shared via
2933                 VAMSAS</li>
2934               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2935                 data sources</li>
2936               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2937                 completes before alignment figures are generated.</li>
2938               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2939                 first time.</li>
2940               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2941                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2942               <li>User defined group colours properly recovered
2943                 from Jalview projects.</li>
2944             </ul>
2945           </li>
2946         </ul>
2947       </td>
2948
2949     </tr>
2950     <tr>
2951       <td>
2952         <div align="center">
2953           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2954         </div>
2955       </td>
2956       <td>
2957         <ul>
2958           <li>Experimental support for google analytics usage
2959             tracking.</li>
2960           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2961         </ul>
2962       </td>
2963       <td>
2964         <ul>
2965           <li>Race condition in applet preventing startup in
2966             jre1.6.0u12+.</li>
2967           <li>Exception when feature created from selection beyond
2968             length of sequence.</li>
2969           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2970           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2971             all sequences with a given id</li>
2972           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2973             ID string searches</li>
2974           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2975             alignment to fail with exception</li>
2976         </ul> <em>Application Issues</em>
2977         <ul>
2978           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2979           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2980             data sources</li>
2981         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2982         <ul>
2983           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2984             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2985           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2986             version (java class versioning error fixed)</li>
2987         </ul>
2988       </td>
2989     </tr>
2990     <tr>
2991       <td>
2992
2993         <div align="center">
2994           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2995         </div>
2996       </td>
2997       <td><em>User Interface</em>
2998         <ul>
2999           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3000             translation and protein products</li>
3001           <li>Linked highlighting of structure associated with
3002             residue mapping to codon position</li>
3003           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3004             and 'clear' button</li>
3005           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3006             Tools menu</li>
3007           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3008             numeric data in description line</li>
3009           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3010           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3011             of sequence</li>
3012         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3013         <ul>
3014           <li>JPred3 web service</li>
3015           <li>Prototype sequence search client (no public services
3016             available yet)</li>
3017           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3018             PFAM</li>
3019           <li>URL Links created for matching database cross
3020             references as well as sequence ID</li>
3021           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3022         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3023         <ul>
3024           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3025             databases</li>
3026           <li>Generalised database reference retrieval and
3027             validation to all fetchable databases</li>
3028           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3029             sequence command</li>
3030         </ul> <em>Import and Export</em>
3031         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3032         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3033           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3034         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3035           File</li>
3036         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3037           triplet as name of colourscheme</li>
3038         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3039         <ul>
3040           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3041           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3042             alignments (experimental)</li>
3043           <li>Create new or select existing session to join</li>
3044           <li>load and save of vamsas documents</li>
3045         </ul> <em>Application command line</em>
3046         <ul>
3047           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3048             from applet)</li>
3049           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3050             of DAS servers to query for alignment features</li>
3051           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3052             that are also automatically queried for features</li>
3053           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3054             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3055         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3056         <ul>
3057           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3058             application (when using &quot;View in full
3059             application&quot;)</li>
3060         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3061         <ul>
3062           <li>feature group display control parameter</li>
3063           <li>debug parameter</li>
3064           <li>showbutton parameter</li>
3065         </ul> <em>Applet API methods</em>
3066         <ul>
3067           <li>newView public method</li>
3068           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3069           <li>Feature display control methods</li>
3070           <li>get list of currently selected sequences</li>
3071         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3072         <ul>
3073           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3074           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3075             Jalview release.</li>
3076           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3077             property controls execution of obfuscator</li>
3078           <li>Build target for generating source distribution</li>
3079           <li>Debug flag for javacc</li>
3080           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3081             jalview.bin.Cache</li>
3082           <li>Continuous Build Integration for stable and
3083             development version of Application, Applet and source
3084             distribution</li>
3085         </ul></td>
3086       <td>
3087         <ul>
3088           <li>selected region output includes visible annotations
3089             (for certain formats)</li>
3090           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3091             for editing</li>
3092           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3093           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3094           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3095           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3096             comments</li>
3097           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3098             filenames containing a ':'</li>
3099           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3100             global sequence features</li>
3101           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3102             references from alignment sequences goes to zero</li>
3103           <li>Close of tree branch colour box without colour
3104             selection causes cascading exceptions</li>
3105           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3106           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3107             file parsing fails.</li>
3108           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3109           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3110             not a valid output format</li>
3111           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3112             vamsas</li>
3113           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3114           <li>error messages passed up and output when data read
3115             fails</li>
3116           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3117             sequence is edited</li>
3118           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3119             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3120           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3121             filetype</li>
3122           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3123             import fixed for PFAM records</li>
3124           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3125             window list</li>
3126           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3127             can be read and written correctly to annotation file</li>
3128           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3129             correctly</li>
3130           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3131             non-italic font for representatives in Applet</li>
3132           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3133             Macs.</li>
3134           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3135             Applet)</li>
3136           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3137             due to null pointer exceptions</li>
3138           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3139             first column of alignment</li>
3140           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3141             July 2008</li>
3142           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3143             file is case-insensitive</li>
3144           <li>Sequence features read from Features file appended to
3145             all sequences with matching IDs</li>
3146           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3147             containing a sub-sequence</li>
3148           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3149           <li>feature and annotation file applet parameters
3150             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3151           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3152           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3153             splash-screen version check to complete</li>
3154           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3155             when passing them to the launchApp service</li>
3156           <li>display name and local features preserved in results
3157             retrieved from web service</li>
3158           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3159             sequence fetcher initialisation</li>
3160           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3161             dasobert DAS client</li>
3162           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3163             association</li>
3164           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3165             sequences
3166           </li>
3167         </ul>
3168       </td>
3169     </tr>
3170     <tr>
3171       <td>
3172         <div align="center">
3173           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3174         </div>
3175       </td>
3176       <td>
3177         <ul>
3178           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3179           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3180           <li>Slide sequences</li>
3181           <li>Edit sequence in place</li>
3182           <li>EMBL CDS features</li>
3183           <li>DAS Feature mapping</li>
3184           <li>Feature ordering</li>
3185           <li>Alignment Properties</li>
3186           <li>Annotation Scores</li>
3187           <li>Sort by scores</li>
3188           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3189         </ul>
3190       </td>
3191       <td>
3192         <ul>
3193           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3194           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3195           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3196           <li>Feature group display state in XML</li>
3197           <li>Feature ordering in XML</li>
3198           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3199           <li>Stockholm alignment properties</li>
3200           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3201           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3202           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3203           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3204         </ul>
3205       </td>
3206
3207     </tr>
3208     <tr>
3209       <td>
3210         <div align="center">
3211           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3212         </div>
3213       </td>
3214       <td>
3215         <ul>
3216           <li>Non standard characters can be read and displayed
3217           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3218             applet via textbox
3219           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3220             name &amp; description
3221           <li>Preference setting to display sequence name in
3222             italics
3223           <li>Annotation file format extended to allow
3224             Sequence_groups to be defined
3225           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3226             specified in preferences
3227           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3228             sequences
3229         </ul>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3234             installed
3235           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3236           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3237         </ul>
3238       </td>
3239     </tr>
3240     <tr>
3241       <td>
3242         <div align="center">
3243           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3244         </div>
3245       </td>
3246       <td>
3247         <ul>
3248           <li>Multiple views on alignment
3249           <li>Sequence feature editing
3250           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3251           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3252           <li>Background dependent text colour
3253           <li>Right align sequence ids
3254           <li>User-defined lower case residue colours
3255           <li>Format Menu
3256           <li>Select Menu
3257           <li>Menu item accelerator keys
3258           <li>Control-V pastes to current alignment
3259           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3260           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3261           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3262
3263           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3264         </ul>
3265       </td>
3266       <td>
3267         <ul>
3268           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3269           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3270             calculations
3271           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3272             edits
3273           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3274             of alignment)
3275           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3276
3277           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3278             display correctly
3279           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3280           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3281             analysis results
3282           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3283             &#8739;
3284           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3285           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3286           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3287
3288         </ul>
3289       </td>
3290     </tr>
3291     <tr>
3292       <td>
3293         <div align="center">
3294           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3295         </div>
3296       </td>
3297       <td>
3298         <ul>
3299           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302       <td>
3303         <ul>
3304           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3305             sequence id panel has been resized</li>
3306           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3307             rendered</li>
3308           <li>Annotation files with sequence references - all
3309             elements in file are relative to sequence position</li>
3310           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td>
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3323           <li>DAS Feature fetching</li>
3324           <li>Hide sequences and columns</li>
3325           <li>Export Annotations and Features</li>
3326           <li>GFF file reading / writing</li>
3327           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3328             files</li>
3329           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3330           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3331           <li>Applet can launch the full application</li>
3332           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3333             required)</li>
3334           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3335           <li>Applet can load sequences from parameter
3336             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3337           </li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3343           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3344           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3345         </ul>
3346       </td>
3347     </tr>
3348     <tr>
3349       <td>
3350         <div align="center">
3351           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3352         </div>
3353       </td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3357           <li>Choose to match case when searching</li>
3358           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3359             expand the visible width and height of the alignment</li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367     </tr>
3368     <tr>
3369       <td>
3370         <div align="center">
3371           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3372         </div>
3373       </td>
3374       <td>&nbsp;</td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3378           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3379             value</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382     </tr>
3383     <tr>
3384       <td>
3385         <div align="center">
3386           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3387         </div>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3392           <li>Keyboard editing</li>
3393           <li>Create sequence features from searches</li>
3394           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3395             alignments</li>
3396           <li>Features file allows grouping of features</li>
3397           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3398           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3399           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3400         </ul>
3401       </td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3405           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3406             descriptions saved.</li>
3407         </ul>
3408       </td>
3409     </tr>
3410     <tr>
3411       <td>
3412         <div align="center">
3413           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3414         </div>
3415       </td>
3416       <td>
3417         <ul>
3418           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3419           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3420           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3421             name for file output</li>
3422           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3423           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3424             used for HTML form input</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>HTML output writes groups and features</li>
3430           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3431           <li>File IO bugs</li>
3432         </ul>
3433       </td>
3434     </tr>
3435     <tr>
3436       <td>
3437         <div align="center">
3438           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3439         </div>
3440       </td>
3441       <td>
3442         <ul>
3443           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3444           <li>More options for PCA viewer</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>GUI bugs resolved</li>
3450           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3451         </ul>
3452       </td>
3453     </tr>
3454     <tr>
3455       <td height="63">
3456         <div align="center">
3457           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3458         </div>
3459       </td>
3460       <td>
3461         <ul>
3462           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3463           <li>Jar files are executable</li>
3464           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3465         </ul>
3466       </td>
3467       <td>
3468         <ul>
3469           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3470           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3471           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td>
3477         <div align="center">
3478           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486       <td>
3487         <ul>
3488           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3489         </ul>
3490       </td>
3491     </tr>
3492     <tr>
3493       <td>
3494         <div align="center">
3495           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3496         </div>
3497       </td>
3498       <td>
3499         <ul>
3500           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3501             size</li>
3502         </ul>
3503       </td>
3504       <td>
3505         <ul>
3506           <li>Improved JPred client reliability</li>
3507           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3508         </ul>
3509       </td>
3510     </tr>
3511     <tr>
3512       <td>
3513         <div align="center">
3514           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3515         </div>
3516       </td>
3517       <td>
3518         <ul>
3519           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3520           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3521           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3522             to Colour Menu</li>
3523           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3524           <li>Unix users can set default web browser</li>
3525           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3526           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534     </tr>
3535     <tr>
3536       <td>
3537         <div align="center">
3538           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3539         </div>
3540       </td>
3541       <td>&nbsp;</td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3545             alignment order.</li>
3546         </ul>
3547       </td>
3548     </tr>
3549     <tr>
3550       <td>
3551         <div align="center">
3552           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3553         </div>
3554       </td>
3555       <td>
3556         <ul>
3557           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3558           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3559           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3560             annotations.</li>
3561           <li>Version and build date written to build properties
3562             file.</li>
3563           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3564             at launch of Jalview.</li>
3565         </ul>
3566       </td>
3567       <td>
3568         <ul>
3569           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3570           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3571           <li>Can remove groups one by one.</li>
3572           <li>Filechooser icons installed.</li>
3573           <li>Finder ignores return character when searching.
3574             Return key will initiate a search.<br>
3575           </li>
3576         </ul>
3577       </td>
3578     </tr>
3579     <tr>
3580       <td>
3581         <div align="center">
3582           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3583         </div>
3584       </td>
3585       <td>
3586         <ul>
3587           <li>New codebase</li>
3588         </ul>
3589       </td>
3590       <td>&nbsp;</td>
3591     </tr>
3592   </table>
3593   <p>&nbsp;</p>
3594 </body>
3595 </html>