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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>17/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120             <li><!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000 takes a long time in Cursor mode</li>
 121           </ul>
 122           <em>Desktop</em>
 123           <ul>
 124             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 125             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 126             </li>
 127             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 128             </li>
 129             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 130             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 131             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 132             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 133             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 134             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 135             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 136             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 137             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 138             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 139             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 140             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 141             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 142             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of each selected sequence do not have correct start/end positions</li>
 143             <li><!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 144             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 145             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 146             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 147             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 148             <li><!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode if new selection moves alignment window</li>
 149             <li><!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using arrow key in cursor mode to pass hidden column marker</li>
 150             <li><!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one that produces correctly annotated transcripts and products</li>
 151             <li><!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time doesn't update associated structure view</li>
 152            </ul>
 153           ><em>Applet</em><br/>
 154            <ul>
 155             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 156           </ul>
 157           <em>BioJSON</em><br/>
 158           <ul>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 161           </li>
 162           </ul>
 163           <strong>New Known Issues</strong>
 164           <ul>
 165           <li><!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate sequence features correctly (for many previous versions of Jalview)</li>
 166           <li><!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when using cursor in wrapped panel other than top</li>
 167           <li><!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores graduated colour threshold</li>
 168           <li><!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't always preserve numbering and sequence features</li>
 169           </ul>
 170           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 171           <ul>
 172             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 173             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 174             OSX 10.10)
 175             </li>
 176           </ul>
 177           </div>
 178       </td>
 179     </tr>
 180     <tr>
 181       <td width="60" nowrap>
 182         <div align="center">
 183           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 184             <em>2/10/2017</em></strong>
 185         </div>
 186       </td>
 187       <td><div align="left">
 188           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 189           <ul>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 192             </li>
 193             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 194             </li>
 195           </ul>
 196         </div></td>
 197       <td><div align="left">
 198         </div></td>
 199     </tr>
 200     <tr>
 201       <td width="60" nowrap>
 202         <div align="center">
 203           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 204             <em>7/9/2017</em></strong>
 205         </div>
 206       </td>
 207       <td><div align="left">
 208           <em></em>
 209           <ul>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 212               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 213               white)
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 217               Preferences
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 221               in size and progress bar shown as higher resolution
 222               overview is recalculated
 223             </li>
 224
 225           </ul>
 226         </div></td>
 227       <td><div align="left">
 228           <em></em>
 229           <ul>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 232               column region row by row
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 236               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 240               format setting is unticked
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 244               if group has show boxes format setting unticked
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 248               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 249               include sequences and columns not currently displayed
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 253               assemblies are imported via CIF file
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 257               displayed when threshold or conservation colouring is also
 258               enabled.
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 262               server version
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 266               dragging a selected region off the visible region of the
 267               alignment
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 271               colourscheme to all groups in a view
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 275               initially after font size change using the Font chooser or
 276               middle-mouse zoom
 277             </li>
 278           </ul>
 279         </div></td>
 280     </tr>
 281     <tr>
 282       <td width="60" nowrap>
 283         <div align="center">
 284           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 285         </div>
 286       </td>
 287       <td><div align="left">
 288           <em>Calculations</em>
 289           <ul>
 290
 291             <li>
 292               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 293               ungapped positions in each column of the alignment.
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 297               a calculation dialog box
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 301               and memory efficiency (~30x faster)
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 305               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 306               and other calculations
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 310               files within the Jalview codebase
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 314               Similarity may have different topology due to increased
 315               precision
 316             </li>
 317           </ul>
 318           <em>Rendering</em>
 319           <ul>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 322               model for alignments and groups
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 326               scripts
 327             </li>
 328           </ul>
 329           <em>Overview</em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 333               with alignment and overview windows
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 337               overview
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 341               omitted in Overview
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 345               adjustment of visible position
 346             </li>
 347           </ul>
 348
 349           <em>Data import/export</em>
 350           <ul>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 353               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 357               annotation input/output via stockholm flatfile
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 361               extension when importing structure files without embedded
 362               names or PDB accessions
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 366               format sequence substitution matrices
 367             </li>
 368           </ul>
 369           <em>User Interface</em>
 370           <ul>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 373               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 374               the application.
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 378               via Overview or sequence motif search operations
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 382               opened by double clicking gaps within sequence feature
 383               extent
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 387               aligned positions were available to create a 3D structure
 388               superposition.
 389             </li>
 390           </ul>
 391           <em>3D Structure</em>
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 395               coloured in linked structure views
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 399               file-based command exchange
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 403               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 404               structures are already available for sequences
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 408               the Jalview project rather than downloaded again when the
 409               project is reopened.
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 413               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 414               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 415                 Feature</strong>)
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>Web Services</em>
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 425               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 426               Analysis services
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 430               cross-references provided by identifiers.org and the
 431               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 432             </li>
 433           </ul>
 434
 435           <em>Scripting</em>
 436           <ul>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 439               identifying file formats (instead of String constants)
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 443               efficiency when counting all displayed features (not
 444               backwards compatible with 2.10.1)
 445             </li>
 446           </ul>
 447           <em>Example files</em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 451               included in the example feature file
 452             </li>
 453           </ul>
 454           <em>Documentation</em>
 455           <ul>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 458               with the built-in Java help viewer
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 462               sequence description' option
 463             </li>
 464           </ul>
 465           <em>Test Suite</em>
 466           <ul>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 469               Uniprot REST Free Text Search Client
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 476               during tests
 477             </li>
 478           </ul>
 479         </div></td>
 480       <td><div align="left">
 481           <em>Calculations</em>
 482           <ul>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 485               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 486               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 487             </li>
 488             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 489               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 490               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 491               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 492               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 493               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 494               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 495               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 496               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 497               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 498               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 499               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 500               // for 2.10.1 mode <br />
 501               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 502               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 503                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 504                 calculations (not recommended)</em></li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 507               scaling of branch lengths for trees computed using
 508               Sequence Feature Similarity.
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 512               generating output report when working with highly
 513               redundant alignments
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 517               right of selected region when gaps present on right-hand
 518               boundary
 519             </li>
 520           </ul>
 521           <em>User Interface</em>
 522           <ul>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 525               doesn't reselect a specific sequence's associated
 526               annotation after it was used for colouring a view
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 530               opened on a region of alignment without groups
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 534               of an alignment with overlapping groups
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 538               name and description match
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 542               hidden regions results in incorrect hidden regions
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 546               changing colour does not apply Conservation slider value
 547               to all groups
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 551               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 555               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 559               gaps before start of features
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 563               restored to UI when feature colour is edited
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 567               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 571               as graduate feature colour settings are modified via the
 572               dialog box
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 576               when a group defined on the alignment is resized
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 580               wrapped view result in positional status updates
 581             </li>
 582
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 585               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 589               alignment included gapped columns
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 593               widgets don't permanently disappear
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 597               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 598               T-Coffee column reliability scores)
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 602               sequence feature on gaps only
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 606               button from a Find inherit previously defined feature type
 607               rather than the Find query string
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 611               exporting tree calculated in Jalview
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 615               and then revealing them reorders sequences on the
 616               alignment
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 620               doesn't update to reflect available set of groups after
 621               interactively adding or modifying features
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 625               Linux
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 629               only excluded gaps in current sequence and ignored
 630               selection.
 631             </li>
 632           </ul>
 633           <em>Rendering</em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 637               erratically when hidden rows or columns are present
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 641               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 642               sequence colouring
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 646               colour and group colour menu for protein alignments
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 650               reflect currently selected view or group's shading
 651               thresholds
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 655               when rendered on overview and structures when opacity at
 656               100%
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 660               overview when features overlaid on alignment
 661             </li>
 662           </ul>
 663           <em>Data import/export</em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 667               load
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 671               added after a sequence was imported are not written to
 672               Stockholm File
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 676               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 680               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 684               with lightGray or darkGray via features file (but can
 685               specify lightgray)
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 689               when alignment view imported from project
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 693               structure and sequences extracted from structure files
 694               imported via URL and viewed in Jmol
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 698               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 699               the project is loaded and the structure viewed
 700             </li>
 701           </ul>
 702           <em>Web Services</em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 706               release of Ensembl v.88
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 710               appear enabled in Preferences->Connections
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 714               removed from console output
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 718               Ensembl by Peptide ID
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 722               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 723               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 724               due to 'null' string rather than empty string used for
 725               residues with no corresponding PDB mapping).
 726             </li>
 727           </ul>
 728           <em>Application UI</em>
 729           <ul>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 732               menu
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 736               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 737               new documentation and tooltips added)
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 741               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 745               new features are added to alignment
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 749               changes to feature colours via the Amend features dialog
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 753               edit graduated feature colour via amend features dialog
 754               box
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 758               selection menu changes colours of alignment views
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 762               from alignment calculation workers after alignment has
 763               been closed
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 767               groups now 'Create Group'
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 771               Create/Undefine group doesn't always work
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 775               shown again after pressing 'Cancel'
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 779               adjusts start position in wrap mode
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 783               ambiguous amino acids
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 787               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 788               proteins
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 792               Defined' don't appear in Colours menu
 793             </li>
 794           </ul>
 795           <em>Applet</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 799               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 803               overview or linked structure view
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 807               work (since 2.8)
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 811               user-defined colourscheme doesn't restore original
 812               colourscheme
 813             </li>
 814           </ul>
 815           <em>Test Suite</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 819               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 823               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 824               problems with deep array comparison equality asserts in
 825               successive versions of TestNG
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 829               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 830             </li>
 831           </ul>
 832           <em>New Known Issues</em>
 833           <ul>
 834             <li>
 835               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 836               phase after a sequence motif find operation
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 840               containing just upper and lower case letters are
 841               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 845               reliably from eggnog Ortholog database
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 849               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 850               to mark columns containing highlighted regions.
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 854               doesn't always add secondary structure annotation.
 855             </li>
 856           </ul>
 857         </div>
 858     <tr>
 859       <td width="60" nowrap>
 860         <div align="center">
 861           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 862         </div>
 863       </td>
 864       <td><div align="left">
 865           <em>General</em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 869               for all consensus calculations
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 873               3rd Oct 2016)
 874             </li>
 875             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 876               for 2016-2017</li>
 877           </ul>
 878           <em>Application</em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 882               set of database cross-references, sorted alphabetically
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 886               from database cross references. Users with custom links
 887               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 888                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 892               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 893               Chimera session
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 897               the Chimera it is connected to is shut down
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 901               columns menu item to mark columns containing highlighted
 902               regions (e.g. from structure selections or results of a
 903               Find operation)
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 907               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 908               MSAviewer
 909             </li>
 910           </ul>
 911         </div></td>
 912       <td>
 913         <div align="left">
 914           <em>General</em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 918               are not coloured or thresholded according to percent
 919               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 923               hydrophobic
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 927               threshold, amino acid properties)
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 931               reported as mapped to residues in a structure file in the
 932               View Mapping report
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 936               could be added multiple times to a sequence
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 940               bond features shown as two highlighted residues rather
 941               than a range in linked structure views, and treated
 942               correctly when selecting and computing trees from features
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 946               cross-references are matched to database name regardless
 947               of case
 948             </li>
 949
 950           </ul>
 951           <em>Application</em>
 952           <ul>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 955               names without regular expressions also offer links from
 956               Sequence ID
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 960               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 961               update Jalview configuration
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 965               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 969               files with similarly named sequences if dropped onto the
 970               alignment
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 974               entries where more chains exist in the PDB accession than
 975               are reported in the SIFTS file
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 979               the structure view when displayed with Chimera
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 983               panel's View->Show Chains submenu
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 987               work for wrapped alignment views
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 991               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 995               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 996               first annotation row
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1000               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1004               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1005             </li>
1006             <!-- JAL-2319 -->
1007             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1008             coordindate data
1009             </li>
1010           </ul>
1011           <!--           <em>New Known Issues</em>
1012           <ul>
1013             <li></li>
1014           </ul> -->
1015         </div>
1016       </td>
1017     </tr>
1018     <td width="60" nowrap>
1019       <div align="center">
1020         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1021           <em>25/10/2016</em></strong>
1022       </div>
1023     </td>
1024     <td><em>Application</em>
1025       <ul>
1026         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1027           view if structures already loaded</li>
1028         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1029           structure views</li>
1030       </ul></td>
1031     <td>
1032       <div align="left">
1033         <em>General</em>
1034         <ul>
1035           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1036             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1037           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1038             example sequences/projects/trees</li>
1039         </ul>
1040         <em>Application</em>
1041         <ul>
1042           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1043             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1044           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1045             without timeout for structures with multiple models or
1046             multiple sequences in alignment</li>
1047           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1048             PDB ID HEADER line</li>
1049           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1050             is performed</li>
1051           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1052             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1053           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1054           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1055             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1056             option</li>
1057           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1058             is created on the alignment</li>
1059           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1060             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1061             pop-up menu</li>
1062         </ul>
1063         <em>Build and deployment</em>
1064         <ul>
1065           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1066             tags</li>
1067         </ul>
1068         <em>New Known Issues</em>
1069         <ul>
1070           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1071             on Windows</li>
1072         </ul>
1073       </div>
1074     </td>
1075     </tr>
1076     <tr>
1077       <td width="60" nowrap>
1078         <div align="center">
1079           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1080         </div>
1081       </td>
1082       <td><em>General</em>
1083         <ul>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1089             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1090             better PDB parsing.
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1094             reference sequence
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1098             mousing over sequence associated annotation
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1102             for manual entry
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1106             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1107             for each column
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1111             showing or hiding columns containing a feature
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1115             group and sequence associated annotation labels
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1119             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1120             dialogs
1121           </li>
1122
1123         </ul> <em>Application</em>
1124         <ul>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1127             gene/transcript view
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1131             dialog
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1135             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1139             Pfam sources to xfam.org
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1146             over sequences in Jalview
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1150             regions in ENA and EMBL
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1154             for record retrieval via ENA rest API
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1158             complement operator
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1162             groovy script execution
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1166             alignment window's Calculate menu
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1170             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1174             calculation workers from groovy scripts
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1178             Jalview projects
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1182             associations are now saved/restored from project
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1186             before sequence fetcher is opened
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1190             database chooser opens a sequence fetcher
1191           </li>
1192           <li>
1193             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1194             the UniProt REST API
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1198             the news reader opening
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1202             querying stored in preferences
1203           </li>
1204           <li>
1205             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1206             search results
1207           </li>
1208           <li>
1209             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1213             menu for nucleotide sequences
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1217             and feature counts preserves alignment ordering (and
1218             debugged for complex feature sets).
1219           </li>
1220           <li>
1221             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1222             viewing structures with Jalview 2.10
1223           </li>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1226             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1227             Ensembl Genomes REST API
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1231             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1232             (Ensembl)
1233           </li>
1234           <li>
1235             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1236             sequences
1237           </li>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1240             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1241             data from external database records.
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1245             efficient recovery of sequence coding and alignment
1246             annotation relationships.
1247           </li>
1248         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1249         <ul>
1250           <li>
1251             -- JAL---
1252           </li>
1253         </ul> --></td>
1254       <td>
1255         <div align="left">
1256           <em>General</em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1260               menu on OSX
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1264               includes graduated colourschemes
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1268               working with big alignments and lots of hidden columns
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1272               at right of alignment window
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1276               contents
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1280               for DNA alignments
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1284               based tree calculation
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1288               unconserved enabled for group on alignment
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1292               set as reference
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1296               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1297               annotation
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1301               hidden columns present
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1305               user created annotation added to alignment
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1309               '()' base pair annotation
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1313               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1314               Consensus
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1318               feature not working
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1322               beginning of sequence
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1326               entry 3a6s
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1330               from a tree when t-coffee scores are shown
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1334               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1338               some structures
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1342               to Clustal, PIR and PileUp output
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1346               not visible causes alignment window to repaint
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1350               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1351               scores associated with features and annotation rows
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1355               calculation should be case independent
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1359               columns
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1363               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1364               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1368               problems when reference sequence defined and 'show
1369               non-conserved' enabled
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1373               load even when Consensus calculation is disabled
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1377               alignment does nothing
1378             </li>
1379           </ul>
1380           <em>Application</em>
1381           <ul>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1384               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1385               yet fixed for El Capitan)
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1389               output when running on non-gb/us i18n platforms
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1393               hidden sequences as flat-file alignment
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1397               launching Chimera
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1401               (also hotfix for 2.9.0b2)
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1405               reference sequence defined
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1409               alignments and views when revealing hidden columns
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1413               view in a cDNA/Protein splitframe
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1417               sequence from project when only one sequence is
1418               represented
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1422               in Structure Chooser
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1426               structure consensus didn't refresh annotation panel
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1430               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1434               dialogs format columns correctly, don't display array
1435               data, sort columns according to type
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1439               file chooser is cancelled during an image export
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1443               sequence name containing special characters
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1447               case insensitive
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1451               formatting don't wrap
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1455               truncated so L looks like I in consensus annotation
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1459               currently displayed features for the current selection or
1460               view
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1464               after fetching cross-references, and restoring from
1465               project
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1469               followed in the structure viewer
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1473               splitframe not restored from project
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1477               trailing end of protein alignment in transcript/product
1478               splitview when pad-gaps not enabled by default
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1482               is case dependent
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1486               article has been read (reopened issue due to
1487               internationalisation problems)
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1491               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1492               cross-references
1493             </li>
1494
1495             <li>
1496               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1497               alignment as HTML
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1501               multiple structures are shown for one or more sequences.
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1505               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1506               is enabled.
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1510               specific PDB id for sequence
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1514               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1515               columns' is disabled.
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1519               selects lowest rather than highest resolution structures
1520               for each sequence
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1524               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1528               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1532               after clicking on it to create new annotation for a
1533               column.
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1537               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1538             </li>
1539             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1540             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1541           </ul>
1542           <em>Applet</em>
1543           <ul>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1546               hidden columns present before start of sequence
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1550               (JSON jars)
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1554               sequences are hidden in applet
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1558               deployment on examples pages.
1559             </li>
1560           </ul>
1561         </div>
1562       </td>
1563     </tr>
1564     <tr>
1565       <td width="60" nowrap>
1566         <div align="center">
1567           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1568             <em>16/10/2015</em></strong>
1569         </div>
1570       </td>
1571       <td><em>General</em>
1572         <ul>
1573           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1574             jars</li>
1575         </ul></td>
1576       <td>
1577         <div align="left">
1578           <em>Application</em>
1579           <ul>
1580             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1581               shown when tree is partitioned</li>
1582             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1583               multiple cDNA/Protein split views</li>
1584           </ul>
1585         </div>
1586       </td>
1587     </tr>
1588     <tr>
1589       <td width="60" nowrap>
1590         <div align="center">
1591           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1592             <em>8/10/2015</em></strong>
1593         </div>
1594       </td>
1595       <td><em>General</em>
1596         <ul>
1597           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1598             2.9</li>
1599         </ul> <em>Application</em>
1600         <ul>
1601           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1602           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1603           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1604         </ul> <em>Applet</em>
1605         <ul>
1606           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1607         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1608         <ul>
1609           <li>
1610             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1611             suite
1612           </li>
1613         </ul></td>
1614       <td>
1615         <div align="left">
1616           <em>General</em>
1617           <ul>
1618             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1619               incorrect when sequence start > 1</li>
1620             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1621               documentation</li>
1622             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1623             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1624               loading a features file containing HTML tags in feature
1625               description</li>
1626
1627           </ul>
1628           <em>Application</em>
1629           <ul>
1630             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1631               reimport</li>
1632             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1633               with 'trim retrieved sequences'</li>
1634             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1635               deleting selected columns</li>
1636             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1637               JNLP templates for webstart launch</li>
1638             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1639               unreleased structures for download or viewing</li>
1640             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1641               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1642             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1643               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1644             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1645               recovered from jalview project</li>
1646             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1647               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1648               alignment view</li>
1649             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1650               color schemes from BioJSON</li>
1651           </ul>
1652           <em>Applet</em>
1653           <ul>
1654             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1655               frame</li>
1656             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1657           </ul>
1658         </div>
1659       </td>
1660     </tr>
1661     <tr>
1662       <td><div align="center">
1663           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1664         </div></td>
1665       <td><em>General</em>
1666         <ul>
1667           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1668             alignments:
1669             <ul>
1670               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1671                 and DNA alignment views</li>
1672               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1673                 cDNA alignment views</li>
1674               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1675                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1676               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1677                 protein sequences</li>
1678             </ul>
1679           </li>
1680           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1681           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1682             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1683           <li>New alignment annotation file statements for
1684             reference sequences and marking hidden columns</li>
1685           <li>Reference sequence based alignment shading to
1686             highlight variation</li>
1687           <li>Select or hide columns according to alignment
1688             annotation</li>
1689           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1690           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1691             acid conservation row</li>
1692           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1693         </ul> <em>Application</em>
1694         <ul>
1695           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1696             <ul>
1697               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1698                 view with cDNA/Protein</li>
1699               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1700                 sequences are placed in the same alignment</li>
1701               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1702                 projects</li>
1703             </ul>
1704           </li>
1705
1706           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1707           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1708             Jalview windows</li>
1709
1710           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1711           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1712           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1713             be shown in VARNA</li>
1714
1715           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1716             as the active selected region</li>
1717
1718           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1719             similarity</li>
1720           <li>New Export options
1721             <ul>
1722               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1723                 region export in flat file generation</li>
1724
1725               <li>Export alignment views for display with the <a
1726                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1727
1728               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1729               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1730                 alignment figures to HTML</li>
1731           </li>
1732           <li>3D structure retrieval and display
1733             <ul>
1734               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1735                 Search API</li>
1736               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1737                 PDB structures for a sequence set</li>
1738             </ul>
1739           </li>
1740
1741           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1742             predictions</li>
1743           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1744             for one or a group of sequences</li>
1745           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1746             from the JPred4 web server</li>
1747           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1748             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1749             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1750           </li>
1751           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1752             VARNA 2D Structure'</li>
1753           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1754             Structure ..."</li>
1755
1756         </ul> <em>Applet</em>
1757         <ul>
1758           <li>New layout for applet example pages</li>
1759           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1760             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1761           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1762             Protein alignments</li>
1763         </ul> <em>Development and deployment</em>
1764         <ul>
1765           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1766           <li>Include installation type and git revision in build
1767             properties and console log output</li>
1768           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1769             storing BioJsMSA Templates</li>
1770           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1771         </ul></td>
1772       <td>
1773         <!-- <em>General</em>
1774         <ul>
1775         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1776         <ul>
1777           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1778           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1779           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1780             predictions are not highlighted in amber</li>
1781           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1782             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1783           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1784             associated structure views</li>
1785           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1786             width checkbox not enabled</li>
1787           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1788             creating user defined colours</li>
1789           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1790             mappings for just that viewer's sequences</li>
1791           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1792             multiple models in Chimera</li>
1793           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1794             over Jmol structure</li>
1795           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1796             output to text box</li>
1797           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1798             have incorrect sequence start/end</li>
1799           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1800             Jalview fails</li>
1801           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1802             work for nucleotide</li>
1803           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1804             to a grey/invisible alignment window</li>
1805           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1806             imports to different position</li>
1807           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1808             on some platforms</li>
1809           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1810             populated</li>
1811           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1812             console if Chimera has been opened</li>
1813           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1814           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1815             retrieved</li>
1816           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1817           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1818             either sequence shows on first structure</li>
1819           <li>'Show annotations' options should not make
1820             non-positional annotations visible</li>
1821           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1822             in right place after 'view flanking regions'</li>
1823           <li>File Save As type unset when current file format is
1824             unknown</li>
1825           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1826             projects</li>
1827           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1828             responsive</li>
1829           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1830             several views on same alignment</li>
1831           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1832           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1833             spaces</li>
1834         </ul> <em>Applet</em>
1835         <ul>
1836           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1837           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1838             descriptions containing angle brackets</li>
1839         </ul> <em>General</em>
1840         <ul>
1841           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1842             via jalview annotation file</li>
1843           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1844             with RNA secondary structure</li>
1845           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1846             translation doesn't work.</li>
1847           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1848           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1849             positions</li>
1850           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1851             choosing 1pt font</li>
1852           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1853             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1854             'h'</li>
1855           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1856             new feature</li>
1857           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1858             order dependent</li>
1859           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1860             sequences</li>
1861           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1862         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1863         <ul>
1864           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1865             www.jalview.org</li>
1866         </ul> <em>Application Known issues</em>
1867         <ul>
1868           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1869           <li>Misleading message appears after trying to delete
1870             solid column.</li>
1871           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1872             version launches</li>
1873           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1874             fails with a sequence mismatch</li>
1875           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1876             scrolling alignment to right</li>
1877           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1878             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1879           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1880             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1881           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1882             ultra-high resolution</li>
1883           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1884             quality and conservation</li>
1885           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1886             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1887         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1888         <ul>
1889           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1890           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1891             window is being resized</li>
1892
1893         </ul>
1894       </td>
1895     </tr>
1896     <tr>
1897       <td><div align="center">
1898           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1899         </div></td>
1900       <td><em>General</em>
1901         <ul>
1902           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1903             Certum.PL.</li>
1904           <li>Features and annotation preserved when performing
1905             pairwise alignment</li>
1906           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1907             imported/exported/displayed</li>
1908           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1909             protein secondary structure</li>
1910           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1911               post-hoc with 2.9 release</em>)
1912           </li>
1913
1914         </ul> <em>Application</em>
1915         <ul>
1916           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1917             with 3D structures</li>
1918           <li>Support for parsing RNAML</li>
1919           <li>Annotations menu for layout
1920             <ul>
1921               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1922               <li>place sequence annotation above/below alignment
1923                 annotation</li>
1924             </ul>
1925           <li>Output in Stockholm format</li>
1926           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1927             translation</li>
1928           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1929           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1930             shared between alignments</li>
1931           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1932             Jalview</li>
1933           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1934             all or current selection</li>
1935           <li>disorder and secondary structure predictions
1936             available as dataset annotation</li>
1937           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1938
1939
1940           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1941             alignments from Rfam</li>
1942           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1943
1944           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1945             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1946           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1947           <li>include installation type in build properties and
1948             console log output</li>
1949           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1950             annotation</li>
1951         </ul></td>
1952       <td>
1953         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1954         <ul>
1955           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1956             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1957           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1958             alignment</li>
1959           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1960           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1961           <li>Double click on sequence associated annotation
1962             selects only first column</li>
1963           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1964             leaves shown in tree</li>
1965           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1966             properly</li>
1967           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1968           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1969             screen and buttons not visible</li>
1970           <li>author list isn't updated if already written to
1971             Jalview properties</li>
1972           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1973             from database</li>
1974           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1975           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1976             browser search window</li>
1977           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1978             in feature settings dialog</li>
1979           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1980             desktop</li>
1981           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1982             pass validation</li>
1983           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1984             fit on screen</li>
1985           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1986             tooltip</li>
1987           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1988             defined user preset</li>
1989           <li>MSA web services warns user if they were launched
1990             with invalid input</li>
1991           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1992             Java 8</li>
1993           <li>
1994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1995             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1996             created
1997           </li>
1998
1999         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2000         <ul>
2001         </ul> <em>General</em>
2002         <ul>
2003         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2004         <ul>
2005           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2006             memory allocation</li>
2007           <li>launchApp service doesn't automatically open
2008             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2009           <li>
2010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2011             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2012             1.7_055 is available
2013           </li>
2014         </ul> <em>Application Known issues</em>
2015         <ul>
2016           <li>
2017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2018             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2019             alignment to right
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2023             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2024             with large number of ID
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2028             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2029             start/end
2030           </li>
2031           <li>
2032             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2033             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2034             structure tracks are rearranged
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2038             invalid rna structure positional highlighting does not
2039             highlight position of invalid base pairs
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2043             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2044             project from alignment window file menu
2045           </li>
2046           <li>
2047             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2048             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2049             structures
2050           </li>
2051           <li>
2052             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2053             colour by RNA Helices not enabled when user created
2054             annotation added to alignment
2055           </li>
2056           <li>
2057             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2058             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2059           </li>
2060         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2061         <ul>
2062           <li>
2063             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2064             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2065           </li>
2066           <li>
2067             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2068             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2069           </li>
2070
2071           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2072             when selected</li>
2073         </ul>
2074       </td>
2075     </tr>
2076     <tr>
2077       <td><div align="center">
2078           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2079         </div></td>
2080       <td>
2081         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2082         <em>General</em>
2083         <ul>
2084           <li>Internationalisation of user interface (usually
2085             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2086           <li>Define/Undefine group on current selection with
2087             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2088           <li>Improved group creation/removal options in
2089             alignment/sequence Popup menu</li>
2090           <li>Sensible precision for symbol distribution
2091             percentages shown in logo tooltip.</li>
2092           <li>Annotation panel height set according to amount of
2093             annotation when alignment first opened</li>
2094         </ul> <em>Application</em>
2095         <ul>
2096           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2097             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2098           <li>Select columns containing particular features from
2099             Feature Settings dialog</li>
2100           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2101             sequences</li>
2102           <li>Update Jalview project format:
2103             <ul>
2104               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2105               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2106                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2107               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2108                 colouring</li>
2109             </ul>
2110           </li>
2111           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2112             (PAM250)</li>
2113           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2114             flanking regions for an alignment</li>
2115         </ul>
2116       </td>
2117       <td>
2118         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2119         <ul>
2120           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2121             running after job is cancelled</li>
2122           <li>cannot export features from alignments imported from
2123             Jalview/VAMSAS projects</li>
2124           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2125             float values</li>
2126           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2127             have 'display all symbols' flag set</li>
2128           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2129             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2130           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2131             Jalview</li>
2132           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2133             Lion/Webstart</li>
2134           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2135           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2136           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2137             alignment onto desktop</li>
2138           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2139             'extract scores' function</li>
2140           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2141             alignment window</li>
2142           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2143             performing IUPred disorder prediction</li>
2144           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2145             changing 'normalise logo' display setting</li>
2146           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2147             nothing matches query</li>
2148           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2149             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2150           </li>
2151           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2152             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2153           </li>
2154           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2155             Jalview's menu</li>
2156           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2157             'invalid literal/length code'</li>
2158           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2159             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2160           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2161             colourscheme</li>
2162
2163         </ul> <em>Applet</em>
2164         <ul>
2165           <li>Remove group option is shown even when selection is
2166             not a group</li>
2167           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2168             don't affect groups</li>
2169           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2170             colourscheme name</li>
2171           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2172             Annotation panel is not displayed</li>
2173           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2174             embedded windows</li>
2175         </ul> <em>Other</em>
2176         <ul>
2177           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2178             single sequence were not calculated</li>
2179           <li>annotation files that contain only groups imported as
2180             annotation and junk sequences</li>
2181           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2182             recognised as PFAM or BLC</li>
2183           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2184             doesn't affect background (2.8.0b1)
2185           <li></li>
2186           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2187           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2188             trailing gaps</li>
2189           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2190             registered correctly on import</li>
2191           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2192             certain alignments</li>
2193           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2194             existing annotation based 'use original colours'
2195             colourscheme loses original colours setting</li>
2196         </ul>
2197       </td>
2198     </tr>
2199     <tr>
2200       <td><div align="center">
2201           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2202             <em>30/1/2014</em></strong>
2203         </div></td>
2204       <td>
2205         <ul>
2206           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2207             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2208             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2209             open source project).
2210           </li>
2211           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2212           <li>Output in Stockholm format</li>
2213           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2214           <li>Export/import group and sequence associated line
2215             graph thresholds</li>
2216           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2217             ambiguity codes</li>
2218           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2219             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2220             works</li>
2221           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2222         </ul> <em>Other improvements</em>
2223         <ul>
2224           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2225           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2226             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2227           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2228             files</li>
2229           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2230           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2231             link but no description</li>
2232           <li>Select primary source when selecting authority in
2233             database fetcher GUI</li>
2234           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2235             Jalview</li>
2236           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2237         </ul>
2238       </td>
2239       <td>
2240         <ul>
2241           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2242             displayed</li>
2243           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2244             secondary structure annotation line</li>
2245           <li>Sequence database accessions not imported when
2246             fetching alignments from Rfam</li>
2247           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2248             identical IDs</li>
2249           <li>View all structures does not always superpose
2250             structures</li>
2251           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2252             reflect user or preset settings</li>
2253           <li>Null pointer exceptions for some services without
2254             presets or adjustable parameters</li>
2255           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2256             discover PDB xRefs</li>
2257           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2258             features with DAS</li>
2259           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2260             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2261           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2262             residue follows a gap</li>
2263           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2264             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2265           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2266             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2267           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2268             annotation already exists on alignment</li>
2269           <li>oninit javascript function should be called after
2270             initialisation completes</li>
2271           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2272             alignment window display</li>
2273           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2274           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2275             to annotation file</li>
2276           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2277             groups created</li>
2278           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2279             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2280           <li>Pressing return several times causes Number Format
2281             exceptions in keyboard mode</li>
2282           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2283             correct partitions for input data</li>
2284           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2285           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2286           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2287           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2288             mode</li>
2289           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2290             changes one row&#39;s threshold</li>
2291           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2292             doesn&#39;t open</li>
2293           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2294             quality histograms</li>
2295         </ul>
2296       </td>
2297     </tr>
2298     <tr>
2299       <td><div align="center">
2300           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2301         </div></td>
2302       <td><em>Application</em>
2303         <ul>
2304           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2305             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2306           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2307             preferences</li>
2308           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2309             in Jalview alignment window</li>
2310           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2311             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2312           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2313             RNA and ambiguity codes</li>
2314
2315           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2316           <li>Support fetching and database reference look up
2317             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2318             refs')</li>
2319           <li>Jalview project improvements
2320             <ul>
2321               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2322                 flag for annotation</li>
2323               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2324                 alignment</li>
2325               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2326                 Jalview project</li>
2327
2328             </ul>
2329           </li>
2330           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2331           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2332             running</li>
2333           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2334           <li>visual indication that web service results are still
2335             being retrieved from server</li>
2336           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2337             starts up for first time</li>
2338           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2339             services</li>
2340           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2341             client library</li>
2342           <li>Examples directory and Groovy library included in
2343             InstallAnywhere distribution</li>
2344         </ul> <em>Applet</em>
2345         <ul>
2346           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2347             visualization applet example</li>
2348         </ul> <em>General</em>
2349         <ul>
2350           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2351           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2352             defaults</li>
2353           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2354             calculation</li>
2355           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2356             matrices
2357           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2358             in HTML</li>
2359           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2360             structure contacts</li>
2361           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2362           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2363           <li>Parse sequence associated secondary structure
2364             information in Stockholm files</li>
2365           <li>HTML Export database accessions and annotation
2366             information presented in tooltip for sequences</li>
2367           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2368             style RNA alignment files</li>
2369           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2370             alignment</li>
2371           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2372             shade each sequence according to its associated alignment
2373             annotation</li>
2374           <li>New Jalview Logo</li>
2375         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2376         <ul>
2377           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2378           <li>New Website!</li>
2379         </ul></td>
2380       <td><em>Application</em>
2381         <ul>
2382           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2383             wsdbfetch REST service</li>
2384           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2385           <li>Filetype associations not installed for webstart
2386             launch</li>
2387           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2388             job execution in full once it is complete</li>
2389           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2390             uploaded via ali_file parameter</li>
2391           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2392           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2393           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2394             submitted for prediction</li>
2395           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2396             desktop window</li>
2397           <li>Putting fractional value into integer text box in
2398             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2399           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2400             windows 7</li>
2401           <li>View all structures fails with exception shown in
2402             structure view</li>
2403           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2404             escaped in a platform independent way</li>
2405           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2406             using proxy</li>
2407           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2408             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2409           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2410             failure when java web start temporary file caching is
2411             disabled</li>
2412           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2413             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2414           <li>Errors during processing of command line arguments
2415             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2416           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2417             DAS sources in sequence fetcher</li>
2418           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2419             dialog is shown</li>
2420           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2421           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2422           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2423           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2424             on OSX Mountain Lion</li>
2425           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2426             sequences with alignment annotation are pasted into the
2427             alignment</li>
2428           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2429             when loaded from Jalview project</li>
2430           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2431           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2432             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2433           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2434             associated with all views</li>
2435           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2436             annotation rows to new window</li>
2437         </ul> <em>Applet</em>
2438         <ul>
2439           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2440             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2441           <li>loading features via javascript API automatically
2442             enables feature display</li>
2443           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2444             work</li>
2445         </ul> <em>General</em>
2446         <ul>
2447           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2448           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2449             and then deselected</li>
2450           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2451           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2452             coloured with clustalx</li>
2453           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2454             exceptions and redraw errors</li>
2455           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2456             reconfigured view</li>
2457           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2458             colour</li>
2459           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2460             for lots of labels</li>
2461         </ul>
2462     </tr>
2463     <tr>
2464       <td>
2465         <div align="center">
2466           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2467         </div>
2468       </td>
2469       <td><em>Application</em>
2470         <ul>
2471           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2472           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2473           <li>View/alignment association menu to enable user to
2474             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2475             its colours/correspondences from</li>
2476           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2477           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2478             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2479           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2480           <li>Annotation row column label formatting attributes
2481             stored in project file</li>
2482           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2483             rows preserved in Jalview project file</li>
2484           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2485             saved using Desktop window menu</li>
2486           <li>Visual indication that command line arguments are
2487             still being processed</li>
2488           <li>Groovy script execution from URL</li>
2489           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2490             preferences</li>
2491           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2492             alignment with sequences that have high similarity and
2493             matching IDs</li>
2494           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2495           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2496             structures in same window</li>
2497           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2498           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2499             analysis function in its own submenu</li>
2500         </ul> <em>Applet</em>
2501         <ul>
2502           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2503             groups</li>
2504           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2505           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2506           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2507           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2508           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2509             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2510           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2511           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2512             parameters are treated as such</li>
2513           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2514             <ul>
2515               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2516               <li>Javascript callbacks for
2517                 <ul>
2518                   <li>Applet initialisation</li>
2519                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2520                 </ul>
2521               </li>
2522               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2523                 functions</li>
2524               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2525               <li>javascript structure viewer harness to pass
2526                 messages between Jmol and Jalview when running as
2527                 distinct applets</li>
2528               <li>sortBy method</li>
2529               <li>Set of applet and application examples shipped
2530                 with documentation</li>
2531               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2532                 javascript message exchange</li>
2533             </ul>
2534         </ul> <em>General</em>
2535         <ul>
2536           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2537             multiple alignments</li>
2538           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2539           <li>User configurable link to enable redirects to a
2540             www.Jalview.org mirror</li>
2541           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2542           <li>Configurable newline string when writing alignment
2543             and other flat files</li>
2544           <li>Allow alignment annotation description lines to
2545             contain html tags</li>
2546         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2547         <ul>
2548           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2549             examples</li>
2550           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2551             using a web service before displaying the result in the
2552             Jalview desktop</li>
2553           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2554           <li>Ant target to publish example html files with applet
2555             archive</li>
2556           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2557           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2558         </ul></td>
2559       <td><em>Application</em>
2560         <ul>
2561           <li>User defined colourscheme throws exception when
2562             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2563           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2564             dialog for valid filename/format</li>
2565           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2566           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2567             P37173</li>
2568           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2569             which sequence is to be associated with the file</li>
2570           <li>Find All raises null pointer exception when query
2571             only matches sequence IDs</li>
2572           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2573           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2574             2.4 cannot be loaded</li>
2575           <li>Filetype associations not installed for webstart
2576             launch</li>
2577           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2578             with sequences in different alignments do not get coloured
2579             by their associated sequence</li>
2580           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2581             not preserved when project is loaded</li>
2582           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2583             stored in Jalview project</li>
2584           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2585             Jalview project</li>
2586           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2587           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2588             by conservation</li>
2589           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2590             created on new view</li>
2591           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2592             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2593           <li>Alignment quality not updated after alignment
2594             annotation row is hidden then shown</li>
2595           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2596             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2597           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2598             properly</li>
2599           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2600             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2601           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2602           <li>Structures imported from file and saved in project
2603             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2604           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2605             job execution in full once it is complete</li>
2606         </ul> <em>Applet</em>
2607         <ul>
2608           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2609             annotation rows are displayed</li>
2610           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2611             codebase</li>
2612           <li>View follows highlighting does not work for positions
2613             in sequences</li>
2614           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2615           <li>Export features raises exception when no features
2616             exist</li>
2617           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2618             for javascript api is modified when separator string
2619             provided as parameter</li>
2620           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2621             alignment with no existing selection</li>
2622           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2623             to applet&#39;s codebase</li>
2624           <li>Status bar not updated after finished searching and
2625             search wraps around to first result</li>
2626           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2627             several Jalview applets causes race conditions and memory
2628             leaks</li>
2629           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2630             not sent from Jmol in applet</li>
2631           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2632             applet API fatally hang browser</li>
2633         </ul> <em>General</em>
2634         <ul>
2635           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2636             position with wrapped view and hidden regions</li>
2637           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2638             with/without hidden columns</li>
2639           <li>Sequence length given in alignment properties window
2640             is off by 1</li>
2641           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2642             import PDB like structure files</li>
2643           <li>Positional search results are only highlighted
2644             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2645           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2646           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2647             given sequence position</li>
2648           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2649             output</li>
2650           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2651             from nucleotide chains correctly</li>
2652           <li>Structure colours not updated when tree partition
2653             changed in alignment</li>
2654           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2655             parsed in interleaved stockholm</li>
2656           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2657             state</li>
2658           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2659             properly</li>
2660           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2661             properly associated with their pdb files</li>
2662         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2663         <ul>
2664           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2665             ApplyCopyright tool</li>
2666         </ul></td>
2667     </tr>
2668     <tr>
2669       <td>
2670         <div align="center">
2671           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2672         </div>
2673       </td>
2674       <td><em>Application</em>
2675         <ul>
2676           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2677             contact web services</li>
2678           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2679             service job window</li>
2680           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2681         </ul></td>
2682       <td>
2683         <ul>
2684           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2685             pir file emitted by Jalview</li>
2686           <li>Existing feature settings transferred to new
2687             alignment view created from cut'n'paste</li>
2688           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2689             parsing PDB files</li>
2690           <li>Consensus and conservation annotation rows
2691             occasionally become blank for all new windows</li>
2692           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2693             in wrapped view mode</li>
2694         </ul> <em>Application</em>
2695         <ul>
2696           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2697             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2698           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2699             parameter names</li>
2700           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2701             is down</li>
2702         </ul>
2703       </td>
2704     </tr>
2705     <tr>
2706       <td>
2707         <div align="center">
2708           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2709         </div>
2710       </td>
2711       <td><em>Application</em>
2712         <ul>
2713           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2714             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2715             (JABAWS)
2716           </li>
2717           <li>Web Services preference tab</li>
2718           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2719             preferences</li>
2720           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2721           <li>Superpose structures using associated sequence
2722             alignment</li>
2723           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2724             viewer</li>
2725         </ul> <em>Applet</em>
2726         <ul>
2727           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2728             link out mechanism</li>
2729         </ul> <em>Other</em>
2730         <ul>
2731           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2732             series 12</li>
2733           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2734             require Java 1.5</li>
2735           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2736             sequence annotation files</li>
2737           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2738             type colour specification</li>
2739           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2740             script to check if it being run in an interactive session or
2741             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2742         </ul></td>
2743       <td>
2744         <ul>
2745           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2746             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2747         </ul> <em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2750             selected Regions menu item</li>
2751           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2752             part of a valid accession ID</li>
2753           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2754             runs out of memory</li>
2755           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2756             analysis results</li>
2757           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2758             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2759           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2760         </ul> <em>Applet</em>
2761         <ul>
2762           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2763             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2764             defined.</li>
2765         </ul>
2766       </td>
2767     </tr>
2768     <tr>
2769       <td>
2770         <div align="center">
2771           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2772         </div>
2773       </td>
2774       <td></td>
2775       <td>
2776         <ul>
2777           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2778             sequence IDs</li>
2779           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2780             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2781           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2782             import correctly</li>
2783           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2784             number of columns are hidden</li>
2785           <li>annotation label popup menu not providing correct
2786             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2787             present</li>
2788           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2789             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2790           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2791             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2792
2793         </ul> <em>Applet</em>
2794         <ul>
2795           <li>annotation panel disappears when annotation is
2796             hidden/removed</li>
2797         </ul> <em>Application</em>
2798         <ul>
2799           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2800             alignment opened where annotation panel is visible but no
2801             annotations are present on alignment</li>
2802           <li>pasted region containing hidden columns is
2803             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2804           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2805             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2806           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2807             selected Rregions menu item.</li>
2808           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2809             'Un' or 'Non'conserved</li>
2810           <li>Sequence feature settings are being shared by
2811             multiple distinct alignments</li>
2812           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2813             changed</li>
2814           <li>double click on group annotation to select sequences
2815             does not propagate to associated trees</li>
2816           <li>Mac OSX specific issues:
2817             <ul>
2818               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2819                 window background</li>
2820               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2821                 name set correctly</li>
2822               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2823                 save feature colourscheme button</li>
2824             </ul>
2825           </li>
2826         </ul>
2827       </td>
2828     </tr>
2829     <tr>
2830
2831       <td>
2832         <div align="center">
2833           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2834         </div>
2835       </td>
2836       <td><em>New Capabilities</em>
2837         <ul>
2838           <li>URL links generated from description line for
2839             regular-expression based URL links (applet and application)
2840
2841           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2842             menu</li>
2843           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2844             structures</li>
2845           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2846             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2847           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2848             average score or total feature count for each sequence.</li>
2849           <li>Shading features by score or associated description</li>
2850           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2851             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2852           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2853             hide everything but the currently selected region.</li>
2854           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2855         </ul> <em>Application</em>
2856         <ul>
2857           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2858             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2859           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2860             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2861           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2862             database references and protein_name is parsed as
2863             description line (BioSapiens terms).</li>
2864           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2865             references in sequence ID tooltip from View menu in
2866             application.</li>
2867           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2868       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2869           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2870             conservation plots</li>
2871           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2872             and visualized as sequence logos</li>
2873           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2874             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2875           </li>
2876           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2877             when a new tree is opened.</li>
2878           <li>Jalview Java Console</li>
2879           <li>Better placement of desktop window when moving
2880             between different screens.</li>
2881           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2882             consensus annotation</li>
2883           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2884             Workflows</li>
2885           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2886             <ul>
2887               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2888                 used to preserve views, structures, and tree display
2889                 settings)</li>
2890               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2891                 command line</li>
2892               <li>Sharing of selected regions between views and
2893                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2894               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2895             </ul></li>
2896         </ul> <em>Applet</em>
2897         <ul>
2898           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2899           <li>New Parameters
2900             <ul>
2901               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2902                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2903                 opened.</li>
2904               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2905                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2906               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2907                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2908               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2909                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2910                 view</li>
2911               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2912                 increase the height or width of a cell in the alignment
2913                 grid relative to the current font size.</li>
2914             </ul>
2915           </li>
2916           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2917             tooltip</li>
2918         </ul> <em>Other</em>
2919         <ul>
2920           <li>Features format: graduated colour definitions and
2921             specification of feature scores</li>
2922           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2923             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2924             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2925           <li>XML formats extended to support graduated feature
2926             colourschemes, group associated annotation, and profile
2927             visualization settings.</li></td>
2928       <td>
2929         <ul>
2930           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2931             rather than description</li>
2932           <li>Non-positional features are now included in sequence
2933             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2934             visibility in tooltip).</li>
2935           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2936           <li>Added URL embedding instructions to features file
2937             documentation.</li>
2938           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2939             'X' in peptide product</li>
2940           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2941             sequence ID and sequence string and query strings do not
2942             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2943           <li>AMSA files only contain first column of
2944             multi-character column annotation labels</li>
2945           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2946             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2947             exported and re-imported)</li>
2948           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2949             name</li>
2950           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2951             as subsequence matches, and correctly reports total number
2952             of both.</li>
2953           <li>Application:
2954             <ul>
2955               <li>Better handling of exceptions during sequence
2956                 retrieval</li>
2957               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2958                 link text excludes the start_end suffix</li>
2959               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2960                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2961               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2962               <li>Sequence description lines properly shared via
2963                 VAMSAS</li>
2964               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2965                 data sources</li>
2966               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2967                 completes before alignment figures are generated.</li>
2968               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2969                 first time.</li>
2970               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2971                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2972               <li>User defined group colours properly recovered
2973                 from Jalview projects.</li>
2974             </ul>
2975           </li>
2976         </ul>
2977       </td>
2978
2979     </tr>
2980     <tr>
2981       <td>
2982         <div align="center">
2983           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2984         </div>
2985       </td>
2986       <td>
2987         <ul>
2988           <li>Experimental support for google analytics usage
2989             tracking.</li>
2990           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2991         </ul>
2992       </td>
2993       <td>
2994         <ul>
2995           <li>Race condition in applet preventing startup in
2996             jre1.6.0u12+.</li>
2997           <li>Exception when feature created from selection beyond
2998             length of sequence.</li>
2999           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3000           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3001             all sequences with a given id</li>
3002           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3003             ID string searches</li>
3004           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3005             alignment to fail with exception</li>
3006         </ul> <em>Application Issues</em>
3007         <ul>
3008           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3009           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3010             data sources</li>
3011         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3012         <ul>
3013           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3014             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3015           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3016             version (java class versioning error fixed)</li>
3017         </ul>
3018       </td>
3019     </tr>
3020     <tr>
3021       <td>
3022
3023         <div align="center">
3024           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3025         </div>
3026       </td>
3027       <td><em>User Interface</em>
3028         <ul>
3029           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3030             translation and protein products</li>
3031           <li>Linked highlighting of structure associated with
3032             residue mapping to codon position</li>
3033           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3034             and 'clear' button</li>
3035           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3036             Tools menu</li>
3037           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3038             numeric data in description line</li>
3039           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3040           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3041             of sequence</li>
3042         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3043         <ul>
3044           <li>JPred3 web service</li>
3045           <li>Prototype sequence search client (no public services
3046             available yet)</li>
3047           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3048             PFAM</li>
3049           <li>URL Links created for matching database cross
3050             references as well as sequence ID</li>
3051           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3052         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3053         <ul>
3054           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3055             databases</li>
3056           <li>Generalised database reference retrieval and
3057             validation to all fetchable databases</li>
3058           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3059             sequence command</li>
3060         </ul> <em>Import and Export</em>
3061         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3062         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3063           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3064         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3065           File</li>
3066         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3067           triplet as name of colourscheme</li>
3068         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3069         <ul>
3070           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3071           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3072             alignments (experimental)</li>
3073           <li>Create new or select existing session to join</li>
3074           <li>load and save of vamsas documents</li>
3075         </ul> <em>Application command line</em>
3076         <ul>
3077           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3078             from applet)</li>
3079           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3080             of DAS servers to query for alignment features</li>
3081           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3082             that are also automatically queried for features</li>
3083           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3084             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3085         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3086         <ul>
3087           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3088             application (when using &quot;View in full
3089             application&quot;)</li>
3090         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3091         <ul>
3092           <li>feature group display control parameter</li>
3093           <li>debug parameter</li>
3094           <li>showbutton parameter</li>
3095         </ul> <em>Applet API methods</em>
3096         <ul>
3097           <li>newView public method</li>
3098           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3099           <li>Feature display control methods</li>
3100           <li>get list of currently selected sequences</li>
3101         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3102         <ul>
3103           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3104           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3105             Jalview release.</li>
3106           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3107             property controls execution of obfuscator</li>
3108           <li>Build target for generating source distribution</li>
3109           <li>Debug flag for javacc</li>
3110           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3111             jalview.bin.Cache</li>
3112           <li>Continuous Build Integration for stable and
3113             development version of Application, Applet and source
3114             distribution</li>
3115         </ul></td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>selected region output includes visible annotations
3119             (for certain formats)</li>
3120           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3121             for editing</li>
3122           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3123           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3124           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3125           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3126             comments</li>
3127           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3128             filenames containing a ':'</li>
3129           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3130             global sequence features</li>
3131           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3132             references from alignment sequences goes to zero</li>
3133           <li>Close of tree branch colour box without colour
3134             selection causes cascading exceptions</li>
3135           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3136           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3137             file parsing fails.</li>
3138           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3139           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3140             not a valid output format</li>
3141           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3142             vamsas</li>
3143           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3144           <li>error messages passed up and output when data read
3145             fails</li>
3146           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3147             sequence is edited</li>
3148           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3149             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3150           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3151             filetype</li>
3152           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3153             import fixed for PFAM records</li>
3154           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3155             window list</li>
3156           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3157             can be read and written correctly to annotation file</li>
3158           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3159             correctly</li>
3160           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3161             non-italic font for representatives in Applet</li>
3162           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3163             Macs.</li>
3164           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3165             Applet)</li>
3166           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3167             due to null pointer exceptions</li>
3168           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3169             first column of alignment</li>
3170           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3171             July 2008</li>
3172           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3173             file is case-insensitive</li>
3174           <li>Sequence features read from Features file appended to
3175             all sequences with matching IDs</li>
3176           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3177             containing a sub-sequence</li>
3178           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3179           <li>feature and annotation file applet parameters
3180             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3181           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3182           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3183             splash-screen version check to complete</li>
3184           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3185             when passing them to the launchApp service</li>
3186           <li>display name and local features preserved in results
3187             retrieved from web service</li>
3188           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3189             sequence fetcher initialisation</li>
3190           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3191             dasobert DAS client</li>
3192           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3193             association</li>
3194           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3195             sequences
3196           </li>
3197         </ul>
3198       </td>
3199     </tr>
3200     <tr>
3201       <td>
3202         <div align="center">
3203           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3204         </div>
3205       </td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3209           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3210           <li>Slide sequences</li>
3211           <li>Edit sequence in place</li>
3212           <li>EMBL CDS features</li>
3213           <li>DAS Feature mapping</li>
3214           <li>Feature ordering</li>
3215           <li>Alignment Properties</li>
3216           <li>Annotation Scores</li>
3217           <li>Sort by scores</li>
3218           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3219         </ul>
3220       </td>
3221       <td>
3222         <ul>
3223           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3224           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3225           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3226           <li>Feature group display state in XML</li>
3227           <li>Feature ordering in XML</li>
3228           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3229           <li>Stockholm alignment properties</li>
3230           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3231           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3232           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3233           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3234         </ul>
3235       </td>
3236
3237     </tr>
3238     <tr>
3239       <td>
3240         <div align="center">
3241           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3242         </div>
3243       </td>
3244       <td>
3245         <ul>
3246           <li>Non standard characters can be read and displayed
3247           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3248             applet via textbox
3249           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3250             name &amp; description
3251           <li>Preference setting to display sequence name in
3252             italics
3253           <li>Annotation file format extended to allow
3254             Sequence_groups to be defined
3255           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3256             specified in preferences
3257           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3258             sequences
3259         </ul>
3260       </td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3264             installed
3265           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3266           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3267         </ul>
3268       </td>
3269     </tr>
3270     <tr>
3271       <td>
3272         <div align="center">
3273           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3274         </div>
3275       </td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>Multiple views on alignment
3279           <li>Sequence feature editing
3280           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3281           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3282           <li>Background dependent text colour
3283           <li>Right align sequence ids
3284           <li>User-defined lower case residue colours
3285           <li>Format Menu
3286           <li>Select Menu
3287           <li>Menu item accelerator keys
3288           <li>Control-V pastes to current alignment
3289           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3290           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3291           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3292
3293           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3294         </ul>
3295       </td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3299           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3300             calculations
3301           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3302             edits
3303           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3304             of alignment)
3305           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3306
3307           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3308             display correctly
3309           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3310           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3311             analysis results
3312           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3313             &#8739;
3314           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3315           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3316           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3317
3318         </ul>
3319       </td>
3320     </tr>
3321     <tr>
3322       <td>
3323         <div align="center">
3324           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3325         </div>
3326       </td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3335             sequence id panel has been resized</li>
3336           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3337             rendered</li>
3338           <li>Annotation files with sequence references - all
3339             elements in file are relative to sequence position</li>
3340           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3341         </ul>
3342       </td>
3343     </tr>
3344     <tr>
3345       <td>
3346         <div align="center">
3347           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3348         </div>
3349       </td>
3350       <td>
3351         <ul>
3352           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3353           <li>DAS Feature fetching</li>
3354           <li>Hide sequences and columns</li>
3355           <li>Export Annotations and Features</li>
3356           <li>GFF file reading / writing</li>
3357           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3358             files</li>
3359           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3360           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3361           <li>Applet can launch the full application</li>
3362           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3363             required)</li>
3364           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3365           <li>Applet can load sequences from parameter
3366             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3367           </li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370       <td>
3371         <ul>
3372           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3373           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3374           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3375         </ul>
3376       </td>
3377     </tr>
3378     <tr>
3379       <td>
3380         <div align="center">
3381           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3382         </div>
3383       </td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3387           <li>Choose to match case when searching</li>
3388           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3389             expand the visible width and height of the alignment</li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392       <td>
3393         <ul>
3394           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3395         </ul>
3396       </td>
3397     </tr>
3398     <tr>
3399       <td>
3400         <div align="center">
3401           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3402         </div>
3403       </td>
3404       <td>&nbsp;</td>
3405       <td>
3406         <ul>
3407           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3408           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3409             value</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412     </tr>
3413     <tr>
3414       <td>
3415         <div align="center">
3416           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3417         </div>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3422           <li>Keyboard editing</li>
3423           <li>Create sequence features from searches</li>
3424           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3425             alignments</li>
3426           <li>Features file allows grouping of features</li>
3427           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3428           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3429           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3435           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3436             descriptions saved.</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439     </tr>
3440     <tr>
3441       <td>
3442         <div align="center">
3443           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3444         </div>
3445       </td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3449           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3450           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3451             name for file output</li>
3452           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3453           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3454             used for HTML form input</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457       <td>
3458         <ul>
3459           <li>HTML output writes groups and features</li>
3460           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3461           <li>File IO bugs</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464     </tr>
3465     <tr>
3466       <td>
3467         <div align="center">
3468           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3469         </div>
3470       </td>
3471       <td>
3472         <ul>
3473           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3474           <li>More options for PCA viewer</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477       <td>
3478         <ul>
3479           <li>GUI bugs resolved</li>
3480           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3481         </ul>
3482       </td>
3483     </tr>
3484     <tr>
3485       <td height="63">
3486         <div align="center">
3487           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3488         </div>
3489       </td>
3490       <td>
3491         <ul>
3492           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3493           <li>Jar files are executable</li>
3494           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497       <td>
3498         <ul>
3499           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3500           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3501           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3502         </ul>
3503       </td>
3504     </tr>
3505     <tr>
3506       <td>
3507         <div align="center">
3508           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3509         </div>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521     </tr>
3522     <tr>
3523       <td>
3524         <div align="center">
3525           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3526         </div>
3527       </td>
3528       <td>
3529         <ul>
3530           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3531             size</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Improved JPred client reliability</li>
3537           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3538         </ul>
3539       </td>
3540     </tr>
3541     <tr>
3542       <td>
3543         <div align="center">
3544           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3545         </div>
3546       </td>
3547       <td>
3548         <ul>
3549           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3550           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3551           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3552             to Colour Menu</li>
3553           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3554           <li>Unix users can set default web browser</li>
3555           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3556           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3557         </ul>
3558       </td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3562         </ul>
3563       </td>
3564     </tr>
3565     <tr>
3566       <td>
3567         <div align="center">
3568           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3569         </div>
3570       </td>
3571       <td>&nbsp;</td>
3572       <td>
3573         <ul>
3574           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3575             alignment order.</li>
3576         </ul>
3577       </td>
3578     </tr>
3579     <tr>
3580       <td>
3581         <div align="center">
3582           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3583         </div>
3584       </td>
3585       <td>
3586         <ul>
3587           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3588           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3589           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3590             annotations.</li>
3591           <li>Version and build date written to build properties
3592             file.</li>
3593           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3594             at launch of Jalview.</li>
3595         </ul>
3596       </td>
3597       <td>
3598         <ul>
3599           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3600           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3601           <li>Can remove groups one by one.</li>
3602           <li>Filechooser icons installed.</li>
3603           <li>Finder ignores return character when searching.
3604             Return key will initiate a search.<br>
3605           </li>
3606         </ul>
3607       </td>
3608     </tr>
3609     <tr>
3610       <td>
3611         <div align="center">
3612           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3613         </div>
3614       </td>
3615       <td>
3616         <ul>
3617           <li>New codebase</li>
3618         </ul>
3619       </td>
3620       <td>&nbsp;</td>
3621     </tr>
3622   </table>
3623   <p>&nbsp;</p>
3624 </body>
3625 </html>