help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93       </td>
  94       <td><div align="left">
  95           <em></em>
  96           <ul>
  97             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  98             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
  99             </li>
 100             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 101             </li>
 102           </ul>
 103       </td>
 104     </tr>
 105     <tr>
 106       <td width="60" nowrap>
 107         <div align="center">
 108           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 109             <em>2/10/2017</em></strong>
 110         </div>
 111       </td>
 112       <td><div align="left">
 113           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 114           <ul>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 117             </li>
 118             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 119             </li>
 120           </ul>
 121         </div></td>
 122       <td><div align="left">
 123         </div></td>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126       <td width="60" nowrap>
 127         <div align="center">
 128           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 129             <em>7/9/2017</em></strong>
 130         </div>
 131       </td>
 132       <td><div align="left">
 133           <em></em>
 134           <ul>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 137               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 138               white)
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 142               Preferences
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 146               in size and progress bar shown as higher resolution
 147               overview is recalculated
 148             </li>
 149
 150           </ul>
 151         </div></td>
 152       <td><div align="left">
 153           <em></em>
 154           <ul>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 157               column region row by row
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 161               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 165               format setting is unticked
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 169               if group has show boxes format setting unticked
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 173               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 174               include sequences and columns not currently displayed
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 178               assemblies are imported via CIF file
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 182               displayed when threshold or conservation colouring is also
 183               enabled.
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 187               server version
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 191               dragging a selected region off the visible region of the
 192               alignment
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 196               colourscheme to all groups in a view
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 200               initially after font size change using the Font chooser or
 201               middle-mouse zoom
 202             </li>
 203           </ul>
 204         </div></td>
 205     </tr>
 206     <tr>
 207       <td width="60" nowrap>
 208         <div align="center">
 209           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 210         </div>
 211       </td>
 212       <td><div align="left">
 213           <em>Calculations</em>
 214           <ul>
 215
 216             <li>
 217               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 218               ungapped positions in each column of the alignment.
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 222               a calculation dialog box
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 226               and memory efficiency (~30x faster)
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 230               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 231               and other calculations
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 235               files within the Jalview codebase
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 239               Similarity may have different topology due to increased
 240               precision
 241             </li>
 242           </ul>
 243           <em>Rendering</em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 247               model for alignments and groups
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 251               scripts
 252             </li>
 253           </ul>
 254           <em>Overview</em>
 255           <ul>
 256             <li>
 257               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 258               with alignment and overview windows
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 262               overview
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 266               omitted in Overview
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 270               adjustment of visible position
 271             </li>
 272           </ul>
 273
 274           <em>Data import/export</em>
 275           <ul>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 278               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 282               annotation input/output via stockholm flatfile
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 286               extension when importing structure files without embedded
 287               names or PDB accessions
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 291               format sequence substitution matrices
 292             </li>
 293           </ul>
 294           <em>User Interface</em>
 295           <ul>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 298               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 299               the application.
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 303               via Overview or sequence motif search operations
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 307               opened by double clicking gaps within sequence feature
 308               extent
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 312               aligned positions were available to create a 3D structure
 313               superposition.
 314             </li>
 315           </ul>
 316           <em>3D Structure</em>
 317           <ul>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 320               coloured in linked structure views
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 324               file-based command exchange
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 328               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 329               structures are already available for sequences
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 333               the Jalview project rather than downloaded again when the
 334               project is reopened.
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 338               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 339               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 340                 Feature</strong>)
 341             </li>
 342           </ul>
 343           <em>Web Services</em>
 344           <ul>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 350               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 351               Analysis services
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 355               cross-references provided by identifiers.org and the
 356               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 357             </li>
 358           </ul>
 359
 360           <em>Scripting</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 364               identifying file formats (instead of String constants)
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 368               efficiency when counting all displayed features (not
 369               backwards compatible with 2.10.1)
 370             </li>
 371           </ul>
 372           <em>Example files</em>
 373           <ul>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 376               included in the example feature file
 377             </li>
 378           </ul>
 379           <em>Documentation</em>
 380           <ul>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 383               with the built-in Java help viewer
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 387               sequence description' option
 388             </li>
 389           </ul>
 390           <em>Test Suite</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 394               Uniprot REST Free Text Search Client
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 401               during tests
 402             </li>
 403           </ul>
 404         </div></td>
 405       <td><div align="left">
 406           <em>Calculations</em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 410               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 411               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 412             </li>
 413             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 414               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 415               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 416               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 417               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 418               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 419               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 420               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 421               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 422               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 423               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 424               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 425               // for 2.10.1 mode <br />
 426               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 427               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 428                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 429                 calculations (not recommended)</em></li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 432               scaling of branch lengths for trees computed using
 433               Sequence Feature Similarity.
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 437               generating output report when working with highly
 438               redundant alignments
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 442               right of selected region when gaps present on right-hand
 443               boundary
 444             </li>
 445           </ul>
 446           <em>User Interface</em>
 447           <ul>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 450               doesn't reselect a specific sequence's associated
 451               annotation after it was used for colouring a view
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 455               opened on a region of alignment without groups
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 459               of an alignment with overlapping groups
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 463               name and description match
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 467               hidden regions results in incorrect hidden regions
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 471               changing colour does not apply Conservation slider value
 472               to all groups
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 476               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 480               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 484               gaps before start of features
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 488               restored to UI when feature colour is edited
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 492               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 496               as graduate feature colour settings are modified via the
 497               dialog box
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 501               when a group defined on the alignment is resized
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 505               wrapped view result in positional status updates
 506             </li>
 507
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 510               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 514               alignment included gapped columns
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 518               widgets don't permanently disappear
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 522               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 523               T-Coffee column reliability scores)
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 527               sequence feature on gaps only
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 531               button from a Find inherit previously defined feature type
 532               rather than the Find query string
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 536               exporting tree calculated in Jalview
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 540               and then revealing them reorders sequences on the
 541               alignment
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 545               doesn't update to reflect available set of groups after
 546               interactively adding or modifying features
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 550               Linux
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 554               only excluded gaps in current sequence and ignored
 555               selection.
 556             </li>
 557           </ul>
 558           <em>Rendering</em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 562               erratically when hidden rows or columns are present
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 566               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 567               sequence colouring
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 571               colour and group colour menu for protein alignments
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 575               reflect currently selected view or group's shading
 576               thresholds
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 580               when rendered on overview and structures when opacity at
 581               100%
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 585               overview when features overlaid on alignment
 586             </li>
 587           </ul>
 588           <em>Data import/export</em>
 589           <ul>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 592               load
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 596               added after a sequence was imported are not written to
 597               Stockholm File
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 601               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 605               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 609               with lightGray or darkGray via features file (but can
 610               specify lightgray)
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 614               when alignment view imported from project
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 618               structure and sequences extracted from structure files
 619               imported via URL and viewed in Jmol
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 623               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 624               the project is loaded and the structure viewed
 625             </li>
 626           </ul>
 627           <em>Web Services</em>
 628           <ul>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 631               release of Ensembl v.88
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 635               appear enabled in Preferences->Connections
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 639               removed from console output
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 643               Ensembl by Peptide ID
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 647               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 648               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 649               due to 'null' string rather than empty string used for
 650               residues with no corresponding PDB mapping).
 651             </li>
 652           </ul>
 653           <em>Application UI</em>
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 657               menu
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 661               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 662               new documentation and tooltips added)
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 666               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 670               new features are added to alignment
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 674               changes to feature colours via the Amend features dialog
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 678               edit graduated feature colour via amend features dialog
 679               box
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 683               selection menu changes colours of alignment views
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 687               from alignment calculation workers after alignment has
 688               been closed
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 692               groups now 'Create Group'
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 696               Create/Undefine group doesn't always work
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 700               shown again after pressing 'Cancel'
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 704               adjusts start position in wrap mode
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 708               ambiguous amino acids
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 712               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 713               proteins
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 717               Defined' don't appear in Colours menu
 718             </li>
 719           </ul>
 720           <em>Applet</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 724               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 728               overview or linked structure view
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 732               work (since 2.8)
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 736               user-defined colourscheme doesn't restore original
 737               colourscheme
 738             </li>
 739           </ul>
 740           <em>Test Suite</em>
 741           <ul>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 744               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 748               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 749               problems with deep array comparison equality asserts in
 750               successive versions of TestNG
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 754               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 755             </li>
 756           </ul>
 757           <em>New Known Issues</em>
 758           <ul>
 759             <li>
 760               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 761               phase after a sequence motif find operation
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 765               containing just upper and lower case letters are
 766               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 770               reliably from eggnog Ortholog database
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 774               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 775               to mark columns containing highlighted regions.
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 779               doesn't always add secondary structure annotation.
 780             </li>
 781           </ul>
 782         </div>
 783     <tr>
 784       <td width="60" nowrap>
 785         <div align="center">
 786           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 787         </div>
 788       </td>
 789       <td><div align="left">
 790           <em>General</em>
 791           <ul>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 794               for all consensus calculations
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 798               3rd Oct 2016)
 799             </li>
 800             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 801               for 2016-2017</li>
 802           </ul>
 803           <em>Application</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 807               set of database cross-references, sorted alphabetically
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 811               from database cross references. Users with custom links
 812               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 813                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 817               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 818               Chimera session
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 822               the Chimera it is connected to is shut down
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 826               columns menu item to mark columns containing highlighted
 827               regions (e.g. from structure selections or results of a
 828               Find operation)
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 832               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 833               MSAviewer
 834             </li>
 835           </ul>
 836         </div></td>
 837       <td>
 838         <div align="left">
 839           <em>General</em>
 840           <ul>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 843               are not coloured or thresholded according to percent
 844               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 848               hydrophobic
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 852               threshold, amino acid properties)
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 856               reported as mapped to residues in a structure file in the
 857               View Mapping report
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 861               could be added multiple times to a sequence
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 865               bond features shown as two highlighted residues rather
 866               than a range in linked structure views, and treated
 867               correctly when selecting and computing trees from features
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 871               cross-references are matched to database name regardless
 872               of case
 873             </li>
 874
 875           </ul>
 876           <em>Application</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 880               names without regular expressions also offer links from
 881               Sequence ID
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 885               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 886               update Jalview configuration
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 890               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 894               files with similarly named sequences if dropped onto the
 895               alignment
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 899               entries where more chains exist in the PDB accession than
 900               are reported in the SIFTS file
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 904               the structure view when displayed with Chimera
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 908               panel's View->Show Chains submenu
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 912               work for wrapped alignment views
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 916               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 920               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 921               first annotation row
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 925               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 929               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 930             </li>
 931             <!-- JAL-2319 -->
 932             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 933             coordindate data
 934             </li>
 935           </ul>
 936           <!--           <em>New Known Issues</em>
 937           <ul>
 938             <li></li>
 939           </ul> -->
 940         </div>
 941       </td>
 942     </tr>
 943     <td width="60" nowrap>
 944       <div align="center">
 945         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 946           <em>25/10/2016</em></strong>
 947       </div>
 948     </td>
 949     <td><em>Application</em>
 950       <ul>
 951         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 952           view if structures already loaded</li>
 953         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 954           structure views</li>
 955       </ul></td>
 956     <td>
 957       <div align="left">
 958         <em>General</em>
 959         <ul>
 960           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 961             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 962           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 963             example sequences/projects/trees</li>
 964         </ul>
 965         <em>Application</em>
 966         <ul>
 967           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 968             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 969           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 970             without timeout for structures with multiple models or
 971             multiple sequences in alignment</li>
 972           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 973             PDB ID HEADER line</li>
 974           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 975             is performed</li>
 976           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 977             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 978           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 979           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 980             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 981             option</li>
 982           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 983             is created on the alignment</li>
 984           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 985             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 986             pop-up menu</li>
 987         </ul>
 988         <em>Build and deployment</em>
 989         <ul>
 990           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 991             tags</li>
 992         </ul>
 993         <em>New Known Issues</em>
 994         <ul>
 995           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 996             on Windows</li>
 997         </ul>
 998       </div>
 999     </td>
1000     </tr>
1001     <tr>
1002       <td width="60" nowrap>
1003         <div align="center">
1004           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1005         </div>
1006       </td>
1007       <td><em>General</em>
1008         <ul>
1009           <li>
1010             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1014             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1015             better PDB parsing.
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1019             reference sequence
1020           </li>
1021           <li>
1022             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1023             mousing over sequence associated annotation
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1027             for manual entry
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1031             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1032             for each column
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1036             showing or hiding columns containing a feature
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1040             group and sequence associated annotation labels
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1044             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1045             dialogs
1046           </li>
1047
1048         </ul> <em>Application</em>
1049         <ul>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1052             gene/transcript view
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1056             dialog
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1060             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1064             Pfam sources to xfam.org
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1071             over sequences in Jalview
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1075             regions in ENA and EMBL
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1079             for record retrieval via ENA rest API
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1083             complement operator
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1087             groovy script execution
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1091             alignment window's Calculate menu
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1095             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1099             calculation workers from groovy scripts
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1103             Jalview projects
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1107             associations are now saved/restored from project
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1111             before sequence fetcher is opened
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1115             database chooser opens a sequence fetcher
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1119             the UniProt REST API
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1123             the news reader opening
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1127             querying stored in preferences
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1131             search results
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1138             menu for nucleotide sequences
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1142             and feature counts preserves alignment ordering (and
1143             debugged for complex feature sets).
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1147             viewing structures with Jalview 2.10
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1151             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1152             Ensembl Genomes REST API
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1156             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1157             (Ensembl)
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1161             sequences
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1165             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1166             data from external database records.
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1170             efficient recovery of sequence coding and alignment
1171             annotation relationships.
1172           </li>
1173         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1174         <ul>
1175           <li>
1176             -- JAL---
1177           </li>
1178         </ul> --></td>
1179       <td>
1180         <div align="left">
1181           <em>General</em>
1182           <ul>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1185               menu on OSX
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1189               includes graduated colourschemes
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1193               working with big alignments and lots of hidden columns
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1197               at right of alignment window
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1201               contents
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1205               for DNA alignments
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1209               based tree calculation
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1213               unconserved enabled for group on alignment
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1217               set as reference
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1221               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1222               annotation
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1226               hidden columns present
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1230               user created annotation added to alignment
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1234               '()' base pair annotation
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1238               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1239               Consensus
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1243               feature not working
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1247               beginning of sequence
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1251               entry 3a6s
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1255               from a tree when t-coffee scores are shown
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1259               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1263               some structures
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1267               to Clustal, PIR and PileUp output
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1271               not visible causes alignment window to repaint
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1275               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1276               scores associated with features and annotation rows
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1280               calculation should be case independent
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1284               columns
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1288               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1289               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1293               problems when reference sequence defined and 'show
1294               non-conserved' enabled
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1298               load even when Consensus calculation is disabled
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1302               alignment does nothing
1303             </li>
1304           </ul>
1305           <em>Application</em>
1306           <ul>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1309               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1310               yet fixed for El Capitan)
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1314               output when running on non-gb/us i18n platforms
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1318               hidden sequences as flat-file alignment
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1322               launching Chimera
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1326               (also hotfix for 2.9.0b2)
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1330               reference sequence defined
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1334               alignments and views when revealing hidden columns
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1338               view in a cDNA/Protein splitframe
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1342               sequence from project when only one sequence is
1343               represented
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1347               in Structure Chooser
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1351               structure consensus didn't refresh annotation panel
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1355               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1359               dialogs format columns correctly, don't display array
1360               data, sort columns according to type
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1364               file chooser is cancelled during an image export
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1368               sequence name containing special characters
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1372               case insensitive
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1376               formatting don't wrap
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1380               truncated so L looks like I in consensus annotation
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1384               currently displayed features for the current selection or
1385               view
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1389               after fetching cross-references, and restoring from
1390               project
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1394               followed in the structure viewer
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1398               splitframe not restored from project
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1402               trailing end of protein alignment in transcript/product
1403               splitview when pad-gaps not enabled by default
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1407               is case dependent
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1411               article has been read (reopened issue due to
1412               internationalisation problems)
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1416               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1417               cross-references
1418             </li>
1419
1420             <li>
1421               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1422               alignment as HTML
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1426               multiple structures are shown for one or more sequences.
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1430               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1431               is enabled.
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1435               specific PDB id for sequence
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1439               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1440               columns' is disabled.
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1444               selects lowest rather than highest resolution structures
1445               for each sequence
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1449               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1453               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1457               after clicking on it to create new annotation for a
1458               column.
1459             </li>
1460             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1461             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1462           </ul>
1463           <em>Applet</em>
1464           <ul>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1467               hidden columns present before start of sequence
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1471               (JSON jars)
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1475               sequences are hidden in applet
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1479               deployment on examples pages.
1480             </li>
1481           </ul>
1482         </div>
1483       </td>
1484     </tr>
1485     <tr>
1486       <td width="60" nowrap>
1487         <div align="center">
1488           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1489             <em>16/10/2015</em></strong>
1490         </div>
1491       </td>
1492       <td><em>General</em>
1493         <ul>
1494           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1495             jars</li>
1496         </ul></td>
1497       <td>
1498         <div align="left">
1499           <em>Application</em>
1500           <ul>
1501             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1502               shown when tree is partitioned</li>
1503             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1504               multiple cDNA/Protein split views</li>
1505           </ul>
1506         </div>
1507       </td>
1508     </tr>
1509     <tr>
1510       <td width="60" nowrap>
1511         <div align="center">
1512           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1513             <em>8/10/2015</em></strong>
1514         </div>
1515       </td>
1516       <td><em>General</em>
1517         <ul>
1518           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1519             2.9</li>
1520         </ul> <em>Application</em>
1521         <ul>
1522           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1523           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1524           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1525         </ul> <em>Applet</em>
1526         <ul>
1527           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1528         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1529         <ul>
1530           <li>
1531             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1532             suite
1533           </li>
1534         </ul></td>
1535       <td>
1536         <div align="left">
1537           <em>General</em>
1538           <ul>
1539             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1540               incorrect when sequence start > 1</li>
1541             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1542               documentation</li>
1543             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1544             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1545               loading a features file containing HTML tags in feature
1546               description</li>
1547
1548           </ul>
1549           <em>Application</em>
1550           <ul>
1551             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1552               reimport</li>
1553             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1554               with 'trim retrieved sequences'</li>
1555             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1556               deleting selected columns</li>
1557             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1558               JNLP templates for webstart launch</li>
1559             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1560               unreleased structures for download or viewing</li>
1561             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1562               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1563             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1564               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1565             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1566               recovered from jalview project</li>
1567             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1568               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1569               alignment view</li>
1570             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1571               color schemes from BioJSON</li>
1572           </ul>
1573           <em>Applet</em>
1574           <ul>
1575             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1576               frame</li>
1577             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1578           </ul>
1579         </div>
1580       </td>
1581     </tr>
1582     <tr>
1583       <td><div align="center">
1584           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1585         </div></td>
1586       <td><em>General</em>
1587         <ul>
1588           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1589             alignments:
1590             <ul>
1591               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1592                 and DNA alignment views</li>
1593               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1594                 cDNA alignment views</li>
1595               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1596                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1597               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1598                 protein sequences</li>
1599             </ul>
1600           </li>
1601           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1602           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1603             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1604           <li>New alignment annotation file statements for
1605             reference sequences and marking hidden columns</li>
1606           <li>Reference sequence based alignment shading to
1607             highlight variation</li>
1608           <li>Select or hide columns according to alignment
1609             annotation</li>
1610           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1611           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1612             acid conservation row</li>
1613           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1614         </ul> <em>Application</em>
1615         <ul>
1616           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1617             <ul>
1618               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1619                 view with cDNA/Protein</li>
1620               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1621                 sequences are placed in the same alignment</li>
1622               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1623                 projects</li>
1624             </ul>
1625           </li>
1626
1627           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1628           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1629             Jalview windows</li>
1630
1631           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1632           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1633           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1634             be shown in VARNA</li>
1635
1636           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1637             as the active selected region</li>
1638
1639           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1640             similarity</li>
1641           <li>New Export options
1642             <ul>
1643               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1644                 region export in flat file generation</li>
1645
1646               <li>Export alignment views for display with the <a
1647                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1648
1649               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1650               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1651                 alignment figures to HTML</li>
1652           </li>
1653           <li>3D structure retrieval and display
1654             <ul>
1655               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1656                 Search API</li>
1657               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1658                 PDB structures for a sequence set</li>
1659             </ul>
1660           </li>
1661
1662           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1663             predictions</li>
1664           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1665             for one or a group of sequences</li>
1666           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1667             from the JPred4 web server</li>
1668           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1669             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1670             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1671           </li>
1672           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1673             VARNA 2D Structure'</li>
1674           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1675             Structure ..."</li>
1676
1677         </ul> <em>Applet</em>
1678         <ul>
1679           <li>New layout for applet example pages</li>
1680           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1681             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1682           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1683             Protein alignments</li>
1684         </ul> <em>Development and deployment</em>
1685         <ul>
1686           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1687           <li>Include installation type and git revision in build
1688             properties and console log output</li>
1689           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1690             storing BioJsMSA Templates</li>
1691           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1692         </ul></td>
1693       <td>
1694         <!-- <em>General</em>
1695         <ul>
1696         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1697         <ul>
1698           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1699           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1700           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1701             predictions are not highlighted in amber</li>
1702           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1703             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1704           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1705             associated structure views</li>
1706           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1707             width checkbox not enabled</li>
1708           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1709             creating user defined colours</li>
1710           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1711             mappings for just that viewer's sequences</li>
1712           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1713             multiple models in Chimera</li>
1714           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1715             over Jmol structure</li>
1716           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1717             output to text box</li>
1718           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1719             have incorrect sequence start/end</li>
1720           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1721             Jalview fails</li>
1722           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1723             work for nucleotide</li>
1724           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1725             to a grey/invisible alignment window</li>
1726           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1727             imports to different position</li>
1728           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1729             on some platforms</li>
1730           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1731             populated</li>
1732           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1733             console if Chimera has been opened</li>
1734           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1735           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1736             retrieved</li>
1737           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1738           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1739             either sequence shows on first structure</li>
1740           <li>'Show annotations' options should not make
1741             non-positional annotations visible</li>
1742           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1743             in right place after 'view flanking regions'</li>
1744           <li>File Save As type unset when current file format is
1745             unknown</li>
1746           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1747             projects</li>
1748           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1749             responsive</li>
1750           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1751             several views on same alignment</li>
1752           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1753           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1754             spaces</li>
1755         </ul> <em>Applet</em>
1756         <ul>
1757           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1758           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1759             descriptions containing angle brackets</li>
1760         </ul> <em>General</em>
1761         <ul>
1762           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1763             via jalview annotation file</li>
1764           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1765             with RNA secondary structure</li>
1766           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1767             translation doesn't work.</li>
1768           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1769           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1770             positions</li>
1771           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1772             choosing 1pt font</li>
1773           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1774             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1775             'h'</li>
1776           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1777             new feature</li>
1778           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1779             order dependent</li>
1780           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1781             sequences</li>
1782           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1783         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1784         <ul>
1785           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1786             www.jalview.org</li>
1787         </ul> <em>Application Known issues</em>
1788         <ul>
1789           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1790           <li>Misleading message appears after trying to delete
1791             solid column.</li>
1792           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1793             version launches</li>
1794           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1795             fails with a sequence mismatch</li>
1796           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1797             scrolling alignment to right</li>
1798           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1799             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1800           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1801             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1802           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1803             ultra-high resolution</li>
1804           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1805             quality and conservation</li>
1806           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1807             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1808         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1809         <ul>
1810           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1811           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1812             window is being resized</li>
1813
1814         </ul>
1815       </td>
1816     </tr>
1817     <tr>
1818       <td><div align="center">
1819           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1820         </div></td>
1821       <td><em>General</em>
1822         <ul>
1823           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1824             Certum.PL.</li>
1825           <li>Features and annotation preserved when performing
1826             pairwise alignment</li>
1827           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1828             imported/exported/displayed</li>
1829           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1830             protein secondary structure</li>
1831           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1832               post-hoc with 2.9 release</em>)
1833           </li>
1834
1835         </ul> <em>Application</em>
1836         <ul>
1837           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1838             with 3D structures</li>
1839           <li>Support for parsing RNAML</li>
1840           <li>Annotations menu for layout
1841             <ul>
1842               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1843               <li>place sequence annotation above/below alignment
1844                 annotation</li>
1845             </ul>
1846           <li>Output in Stockholm format</li>
1847           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1848             translation</li>
1849           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1850           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1851             shared between alignments</li>
1852           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1853             Jalview</li>
1854           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1855             all or current selection</li>
1856           <li>disorder and secondary structure predictions
1857             available as dataset annotation</li>
1858           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1859
1860
1861           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1862             alignments from Rfam</li>
1863           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1864
1865           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1866             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1867           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1868           <li>include installation type in build properties and
1869             console log output</li>
1870           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1871             annotation</li>
1872         </ul></td>
1873       <td>
1874         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1875         <ul>
1876           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1877             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1878           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1879             alignment</li>
1880           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1881           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1882           <li>Double click on sequence associated annotation
1883             selects only first column</li>
1884           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1885             leaves shown in tree</li>
1886           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1887             properly</li>
1888           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1889           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1890             screen and buttons not visible</li>
1891           <li>author list isn't updated if already written to
1892             Jalview properties</li>
1893           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1894             from database</li>
1895           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1896           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1897             browser search window</li>
1898           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1899             in feature settings dialog</li>
1900           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1901             desktop</li>
1902           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1903             pass validation</li>
1904           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1905             fit on screen</li>
1906           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1907             tooltip</li>
1908           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1909             defined user preset</li>
1910           <li>MSA web services warns user if they were launched
1911             with invalid input</li>
1912           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1913             Java 8</li>
1914           <li>
1915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1916             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1917             created
1918           </li>
1919
1920         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1921         <ul>
1922         </ul> <em>General</em>
1923         <ul>
1924         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1925         <ul>
1926           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1927             memory allocation</li>
1928           <li>launchApp service doesn't automatically open
1929             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1930           <li>
1931             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1932             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1933             1.7_055 is available
1934           </li>
1935         </ul> <em>Application Known issues</em>
1936         <ul>
1937           <li>
1938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1939             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1940             alignment to right
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1944             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1945             with large number of ID
1946           </li>
1947           <li>
1948             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1949             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1950             start/end
1951           </li>
1952           <li>
1953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1954             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1955             structure tracks are rearranged
1956           </li>
1957           <li>
1958             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1959             invalid rna structure positional highlighting does not
1960             highlight position of invalid base pairs
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1964             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1965             project from alignment window file menu
1966           </li>
1967           <li>
1968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1969             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1970             structures
1971           </li>
1972           <li>
1973             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1974             colour by RNA Helices not enabled when user created
1975             annotation added to alignment
1976           </li>
1977           <li>
1978             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1979             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1980           </li>
1981         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1982         <ul>
1983           <li>
1984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1985             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1986           </li>
1987           <li>
1988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1989             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1990           </li>
1991
1992           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1993             when selected</li>
1994         </ul>
1995       </td>
1996     </tr>
1997     <tr>
1998       <td><div align="center">
1999           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2000         </div></td>
2001       <td>
2002         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2003         <em>General</em>
2004         <ul>
2005           <li>Internationalisation of user interface (usually
2006             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2007           <li>Define/Undefine group on current selection with
2008             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2009           <li>Improved group creation/removal options in
2010             alignment/sequence Popup menu</li>
2011           <li>Sensible precision for symbol distribution
2012             percentages shown in logo tooltip.</li>
2013           <li>Annotation panel height set according to amount of
2014             annotation when alignment first opened</li>
2015         </ul> <em>Application</em>
2016         <ul>
2017           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2018             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2019           <li>Select columns containing particular features from
2020             Feature Settings dialog</li>
2021           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2022             sequences</li>
2023           <li>Update Jalview project format:
2024             <ul>
2025               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2026               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2027                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2028               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2029                 colouring</li>
2030             </ul>
2031           </li>
2032           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2033             (PAM250)</li>
2034           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2035             flanking regions for an alignment</li>
2036         </ul>
2037       </td>
2038       <td>
2039         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2040         <ul>
2041           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2042             running after job is cancelled</li>
2043           <li>cannot export features from alignments imported from
2044             Jalview/VAMSAS projects</li>
2045           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2046             float values</li>
2047           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2048             have 'display all symbols' flag set</li>
2049           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2050             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2051           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2052             Jalview</li>
2053           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2054             Lion/Webstart</li>
2055           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2056           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2057           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2058             alignment onto desktop</li>
2059           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2060             'extract scores' function</li>
2061           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2062             alignment window</li>
2063           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2064             performing IUPred disorder prediction</li>
2065           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2066             changing 'normalise logo' display setting</li>
2067           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2068             nothing matches query</li>
2069           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2070             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2071           </li>
2072           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2073             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2074           </li>
2075           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2076             Jalview's menu</li>
2077           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2078             'invalid literal/length code'</li>
2079           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2080             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2081           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2082             colourscheme</li>
2083
2084         </ul> <em>Applet</em>
2085         <ul>
2086           <li>Remove group option is shown even when selection is
2087             not a group</li>
2088           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2089             don't affect groups</li>
2090           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2091             colourscheme name</li>
2092           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2093             Annotation panel is not displayed</li>
2094           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2095             embedded windows</li>
2096         </ul> <em>Other</em>
2097         <ul>
2098           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2099             single sequence were not calculated</li>
2100           <li>annotation files that contain only groups imported as
2101             annotation and junk sequences</li>
2102           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2103             recognised as PFAM or BLC</li>
2104           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2105             doesn't affect background (2.8.0b1)
2106           <li></li>
2107           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2108           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2109             trailing gaps</li>
2110           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2111             registered correctly on import</li>
2112           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2113             certain alignments</li>
2114           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2115             existing annotation based 'use original colours'
2116             colourscheme loses original colours setting</li>
2117         </ul>
2118       </td>
2119     </tr>
2120     <tr>
2121       <td><div align="center">
2122           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2123             <em>30/1/2014</em></strong>
2124         </div></td>
2125       <td>
2126         <ul>
2127           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2128             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2129             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2130             open source project).
2131           </li>
2132           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2133           <li>Output in Stockholm format</li>
2134           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2135           <li>Export/import group and sequence associated line
2136             graph thresholds</li>
2137           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2138             ambiguity codes</li>
2139           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2140             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2141             works</li>
2142           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2143         </ul> <em>Other improvements</em>
2144         <ul>
2145           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2146           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2147             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2148           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2149             files</li>
2150           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2151           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2152             link but no description</li>
2153           <li>Select primary source when selecting authority in
2154             database fetcher GUI</li>
2155           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2156             Jalview</li>
2157           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2158         </ul>
2159       </td>
2160       <td>
2161         <ul>
2162           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2163             displayed</li>
2164           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2165             secondary structure annotation line</li>
2166           <li>Sequence database accessions not imported when
2167             fetching alignments from Rfam</li>
2168           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2169             identical IDs</li>
2170           <li>View all structures does not always superpose
2171             structures</li>
2172           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2173             reflect user or preset settings</li>
2174           <li>Null pointer exceptions for some services without
2175             presets or adjustable parameters</li>
2176           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2177             discover PDB xRefs</li>
2178           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2179             features with DAS</li>
2180           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2181             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2182           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2183             residue follows a gap</li>
2184           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2185             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2186           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2187             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2188           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2189             annotation already exists on alignment</li>
2190           <li>oninit javascript function should be called after
2191             initialisation completes</li>
2192           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2193             alignment window display</li>
2194           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2195           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2196             to annotation file</li>
2197           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2198             groups created</li>
2199           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2200             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2201           <li>Pressing return several times causes Number Format
2202             exceptions in keyboard mode</li>
2203           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2204             correct partitions for input data</li>
2205           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2206           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2207           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2208           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2209             mode</li>
2210           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2211             changes one row&#39;s threshold</li>
2212           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2213             doesn&#39;t open</li>
2214           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2215             quality histograms</li>
2216         </ul>
2217       </td>
2218     </tr>
2219     <tr>
2220       <td><div align="center">
2221           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2222         </div></td>
2223       <td><em>Application</em>
2224         <ul>
2225           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2226             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2227           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2228             preferences</li>
2229           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2230             in Jalview alignment window</li>
2231           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2232             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2233           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2234             RNA and ambiguity codes</li>
2235
2236           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2237           <li>Support fetching and database reference look up
2238             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2239             refs')</li>
2240           <li>Jalview project improvements
2241             <ul>
2242               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2243                 flag for annotation</li>
2244               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2245                 alignment</li>
2246               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2247                 Jalview project</li>
2248
2249             </ul>
2250           </li>
2251           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2252           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2253             running</li>
2254           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2255           <li>visual indication that web service results are still
2256             being retrieved from server</li>
2257           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2258             starts up for first time</li>
2259           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2260             services</li>
2261           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2262             client library</li>
2263           <li>Examples directory and Groovy library included in
2264             InstallAnywhere distribution</li>
2265         </ul> <em>Applet</em>
2266         <ul>
2267           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2268             visualization applet example</li>
2269         </ul> <em>General</em>
2270         <ul>
2271           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2272           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2273             defaults</li>
2274           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2275             calculation</li>
2276           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2277             matrices
2278           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2279             in HTML</li>
2280           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2281             structure contacts</li>
2282           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2283           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2284           <li>Parse sequence associated secondary structure
2285             information in Stockholm files</li>
2286           <li>HTML Export database accessions and annotation
2287             information presented in tooltip for sequences</li>
2288           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2289             style RNA alignment files</li>
2290           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2291             alignment</li>
2292           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2293             shade each sequence according to its associated alignment
2294             annotation</li>
2295           <li>New Jalview Logo</li>
2296         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2297         <ul>
2298           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2299           <li>New Website!</li>
2300         </ul></td>
2301       <td><em>Application</em>
2302         <ul>
2303           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2304             wsdbfetch REST service</li>
2305           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2306           <li>Filetype associations not installed for webstart
2307             launch</li>
2308           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2309             job execution in full once it is complete</li>
2310           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2311             uploaded via ali_file parameter</li>
2312           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2313           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2314           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2315             submitted for prediction</li>
2316           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2317             desktop window</li>
2318           <li>Putting fractional value into integer text box in
2319             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2320           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2321             windows 7</li>
2322           <li>View all structures fails with exception shown in
2323             structure view</li>
2324           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2325             escaped in a platform independent way</li>
2326           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2327             using proxy</li>
2328           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2329             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2330           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2331             failure when java web start temporary file caching is
2332             disabled</li>
2333           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2334             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2335           <li>Errors during processing of command line arguments
2336             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2337           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2338             DAS sources in sequence fetcher</li>
2339           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2340             dialog is shown</li>
2341           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2342           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2343           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2344           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2345             on OSX Mountain Lion</li>
2346           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2347             sequences with alignment annotation are pasted into the
2348             alignment</li>
2349           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2350             when loaded from Jalview project</li>
2351           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2352           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2353             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2354           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2355             associated with all views</li>
2356           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2357             annotation rows to new window</li>
2358         </ul> <em>Applet</em>
2359         <ul>
2360           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2361             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2362           <li>loading features via javascript API automatically
2363             enables feature display</li>
2364           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2365             work</li>
2366         </ul> <em>General</em>
2367         <ul>
2368           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2369           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2370             and then deselected</li>
2371           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2372           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2373             coloured with clustalx</li>
2374           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2375             exceptions and redraw errors</li>
2376           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2377             reconfigured view</li>
2378           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2379             colour</li>
2380           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2381             for lots of labels</li>
2382         </ul>
2383     </tr>
2384     <tr>
2385       <td>
2386         <div align="center">
2387           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2388         </div>
2389       </td>
2390       <td><em>Application</em>
2391         <ul>
2392           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2393           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2394           <li>View/alignment association menu to enable user to
2395             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2396             its colours/correspondences from</li>
2397           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2398           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2399             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2400           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2401           <li>Annotation row column label formatting attributes
2402             stored in project file</li>
2403           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2404             rows preserved in Jalview project file</li>
2405           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2406             saved using Desktop window menu</li>
2407           <li>Visual indication that command line arguments are
2408             still being processed</li>
2409           <li>Groovy script execution from URL</li>
2410           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2411             preferences</li>
2412           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2413             alignment with sequences that have high similarity and
2414             matching IDs</li>
2415           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2416           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2417             structures in same window</li>
2418           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2419           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2420             analysis function in its own submenu</li>
2421         </ul> <em>Applet</em>
2422         <ul>
2423           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2424             groups</li>
2425           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2426           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2427           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2428           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2429           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2430             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2431           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2432           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2433             parameters are treated as such</li>
2434           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2435             <ul>
2436               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2437               <li>Javascript callbacks for
2438                 <ul>
2439                   <li>Applet initialisation</li>
2440                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2441                 </ul>
2442               </li>
2443               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2444                 functions</li>
2445               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2446               <li>javascript structure viewer harness to pass
2447                 messages between Jmol and Jalview when running as
2448                 distinct applets</li>
2449               <li>sortBy method</li>
2450               <li>Set of applet and application examples shipped
2451                 with documentation</li>
2452               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2453                 javascript message exchange</li>
2454             </ul>
2455         </ul> <em>General</em>
2456         <ul>
2457           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2458             multiple alignments</li>
2459           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2460           <li>User configurable link to enable redirects to a
2461             www.Jalview.org mirror</li>
2462           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2463           <li>Configurable newline string when writing alignment
2464             and other flat files</li>
2465           <li>Allow alignment annotation description lines to
2466             contain html tags</li>
2467         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2468         <ul>
2469           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2470             examples</li>
2471           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2472             using a web service before displaying the result in the
2473             Jalview desktop</li>
2474           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2475           <li>Ant target to publish example html files with applet
2476             archive</li>
2477           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2478           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2479         </ul></td>
2480       <td><em>Application</em>
2481         <ul>
2482           <li>User defined colourscheme throws exception when
2483             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2484           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2485             dialog for valid filename/format</li>
2486           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2487           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2488             P37173</li>
2489           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2490             which sequence is to be associated with the file</li>
2491           <li>Find All raises null pointer exception when query
2492             only matches sequence IDs</li>
2493           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2494           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2495             2.4 cannot be loaded</li>
2496           <li>Filetype associations not installed for webstart
2497             launch</li>
2498           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2499             with sequences in different alignments do not get coloured
2500             by their associated sequence</li>
2501           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2502             not preserved when project is loaded</li>
2503           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2504             stored in Jalview project</li>
2505           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2506             Jalview project</li>
2507           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2508           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2509             by conservation</li>
2510           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2511             created on new view</li>
2512           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2513             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2514           <li>Alignment quality not updated after alignment
2515             annotation row is hidden then shown</li>
2516           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2517             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2518           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2519             properly</li>
2520           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2521             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2522           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2523           <li>Structures imported from file and saved in project
2524             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2525           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2526             job execution in full once it is complete</li>
2527         </ul> <em>Applet</em>
2528         <ul>
2529           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2530             annotation rows are displayed</li>
2531           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2532             codebase</li>
2533           <li>View follows highlighting does not work for positions
2534             in sequences</li>
2535           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2536           <li>Export features raises exception when no features
2537             exist</li>
2538           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2539             for javascript api is modified when separator string
2540             provided as parameter</li>
2541           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2542             alignment with no existing selection</li>
2543           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2544             to applet&#39;s codebase</li>
2545           <li>Status bar not updated after finished searching and
2546             search wraps around to first result</li>
2547           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2548             several Jalview applets causes race conditions and memory
2549             leaks</li>
2550           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2551             not sent from Jmol in applet</li>
2552           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2553             applet API fatally hang browser</li>
2554         </ul> <em>General</em>
2555         <ul>
2556           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2557             position with wrapped view and hidden regions</li>
2558           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2559             with/without hidden columns</li>
2560           <li>Sequence length given in alignment properties window
2561             is off by 1</li>
2562           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2563             import PDB like structure files</li>
2564           <li>Positional search results are only highlighted
2565             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2566           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2567           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2568             given sequence position</li>
2569           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2570             output</li>
2571           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2572             from nucleotide chains correctly</li>
2573           <li>Structure colours not updated when tree partition
2574             changed in alignment</li>
2575           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2576             parsed in interleaved stockholm</li>
2577           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2578             state</li>
2579           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2580             properly</li>
2581           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2582             properly associated with their pdb files</li>
2583         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2584         <ul>
2585           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2586             ApplyCopyright tool</li>
2587         </ul></td>
2588     </tr>
2589     <tr>
2590       <td>
2591         <div align="center">
2592           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2593         </div>
2594       </td>
2595       <td><em>Application</em>
2596         <ul>
2597           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2598             contact web services</li>
2599           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2600             service job window</li>
2601           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2602         </ul></td>
2603       <td>
2604         <ul>
2605           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2606             pir file emitted by Jalview</li>
2607           <li>Existing feature settings transferred to new
2608             alignment view created from cut'n'paste</li>
2609           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2610             parsing PDB files</li>
2611           <li>Consensus and conservation annotation rows
2612             occasionally become blank for all new windows</li>
2613           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2614             in wrapped view mode</li>
2615         </ul> <em>Application</em>
2616         <ul>
2617           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2618             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2619           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2620             parameter names</li>
2621           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2622             is down</li>
2623         </ul>
2624       </td>
2625     </tr>
2626     <tr>
2627       <td>
2628         <div align="center">
2629           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2630         </div>
2631       </td>
2632       <td><em>Application</em>
2633         <ul>
2634           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2635             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2636             (JABAWS)
2637           </li>
2638           <li>Web Services preference tab</li>
2639           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2640             preferences</li>
2641           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2642           <li>Superpose structures using associated sequence
2643             alignment</li>
2644           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2645             viewer</li>
2646         </ul> <em>Applet</em>
2647         <ul>
2648           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2649             link out mechanism</li>
2650         </ul> <em>Other</em>
2651         <ul>
2652           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2653             series 12</li>
2654           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2655             require Java 1.5</li>
2656           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2657             sequence annotation files</li>
2658           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2659             type colour specification</li>
2660           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2661             script to check if it being run in an interactive session or
2662             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2663         </ul></td>
2664       <td>
2665         <ul>
2666           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2667             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2668         </ul> <em>Application</em>
2669         <ul>
2670           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2671             selected Regions menu item</li>
2672           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2673             part of a valid accession ID</li>
2674           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2675             runs out of memory</li>
2676           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2677             analysis results</li>
2678           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2679             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2680           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2681         </ul> <em>Applet</em>
2682         <ul>
2683           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2684             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2685             defined.</li>
2686         </ul>
2687       </td>
2688     </tr>
2689     <tr>
2690       <td>
2691         <div align="center">
2692           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2693         </div>
2694       </td>
2695       <td></td>
2696       <td>
2697         <ul>
2698           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2699             sequence IDs</li>
2700           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2701             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2702           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2703             import correctly</li>
2704           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2705             number of columns are hidden</li>
2706           <li>annotation label popup menu not providing correct
2707             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2708             present</li>
2709           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2710             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2711           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2712             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2713
2714         </ul> <em>Applet</em>
2715         <ul>
2716           <li>annotation panel disappears when annotation is
2717             hidden/removed</li>
2718         </ul> <em>Application</em>
2719         <ul>
2720           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2721             alignment opened where annotation panel is visible but no
2722             annotations are present on alignment</li>
2723           <li>pasted region containing hidden columns is
2724             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2725           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2726             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2727           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2728             selected Rregions menu item.</li>
2729           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2730             'Un' or 'Non'conserved</li>
2731           <li>Sequence feature settings are being shared by
2732             multiple distinct alignments</li>
2733           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2734             changed</li>
2735           <li>double click on group annotation to select sequences
2736             does not propagate to associated trees</li>
2737           <li>Mac OSX specific issues:
2738             <ul>
2739               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2740                 window background</li>
2741               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2742                 name set correctly</li>
2743               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2744                 save feature colourscheme button</li>
2745             </ul>
2746           </li>
2747         </ul>
2748       </td>
2749     </tr>
2750     <tr>
2751
2752       <td>
2753         <div align="center">
2754           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2755         </div>
2756       </td>
2757       <td><em>New Capabilities</em>
2758         <ul>
2759           <li>URL links generated from description line for
2760             regular-expression based URL links (applet and application)
2761
2762           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2763             menu</li>
2764           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2765             structures</li>
2766           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2767             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2768           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2769             average score or total feature count for each sequence.</li>
2770           <li>Shading features by score or associated description</li>
2771           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2772             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2773           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2774             hide everything but the currently selected region.</li>
2775           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2776         </ul> <em>Application</em>
2777         <ul>
2778           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2779             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2780           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2781             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2782           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2783             database references and protein_name is parsed as
2784             description line (BioSapiens terms).</li>
2785           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2786             references in sequence ID tooltip from View menu in
2787             application.</li>
2788           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2789       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2790           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2791             conservation plots</li>
2792           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2793             and visualized as sequence logos</li>
2794           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2795             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2796           </li>
2797           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2798             when a new tree is opened.</li>
2799           <li>Jalview Java Console</li>
2800           <li>Better placement of desktop window when moving
2801             between different screens.</li>
2802           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2803             consensus annotation</li>
2804           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2805             Workflows</li>
2806           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2807             <ul>
2808               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2809                 used to preserve views, structures, and tree display
2810                 settings)</li>
2811               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2812                 command line</li>
2813               <li>Sharing of selected regions between views and
2814                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2815               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2816             </ul></li>
2817         </ul> <em>Applet</em>
2818         <ul>
2819           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2820           <li>New Parameters
2821             <ul>
2822               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2823                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2824                 opened.</li>
2825               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2826                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2827               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2828                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2829               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2830                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2831                 view</li>
2832               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2833                 increase the height or width of a cell in the alignment
2834                 grid relative to the current font size.</li>
2835             </ul>
2836           </li>
2837           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2838             tooltip</li>
2839         </ul> <em>Other</em>
2840         <ul>
2841           <li>Features format: graduated colour definitions and
2842             specification of feature scores</li>
2843           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2844             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2845             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2846           <li>XML formats extended to support graduated feature
2847             colourschemes, group associated annotation, and profile
2848             visualization settings.</li></td>
2849       <td>
2850         <ul>
2851           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2852             rather than description</li>
2853           <li>Non-positional features are now included in sequence
2854             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2855             visibility in tooltip).</li>
2856           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2857           <li>Added URL embedding instructions to features file
2858             documentation.</li>
2859           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2860             'X' in peptide product</li>
2861           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2862             sequence ID and sequence string and query strings do not
2863             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2864           <li>AMSA files only contain first column of
2865             multi-character column annotation labels</li>
2866           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2867             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2868             exported and re-imported)</li>
2869           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2870             name</li>
2871           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2872             as subsequence matches, and correctly reports total number
2873             of both.</li>
2874           <li>Application:
2875             <ul>
2876               <li>Better handling of exceptions during sequence
2877                 retrieval</li>
2878               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2879                 link text excludes the start_end suffix</li>
2880               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2881                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2882               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2883               <li>Sequence description lines properly shared via
2884                 VAMSAS</li>
2885               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2886                 data sources</li>
2887               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2888                 completes before alignment figures are generated.</li>
2889               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2890                 first time.</li>
2891               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2892                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2893               <li>User defined group colours properly recovered
2894                 from Jalview projects.</li>
2895             </ul>
2896           </li>
2897         </ul>
2898       </td>
2899
2900     </tr>
2901     <tr>
2902       <td>
2903         <div align="center">
2904           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2905         </div>
2906       </td>
2907       <td>
2908         <ul>
2909           <li>Experimental support for google analytics usage
2910             tracking.</li>
2911           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2912         </ul>
2913       </td>
2914       <td>
2915         <ul>
2916           <li>Race condition in applet preventing startup in
2917             jre1.6.0u12+.</li>
2918           <li>Exception when feature created from selection beyond
2919             length of sequence.</li>
2920           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2921           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2922             all sequences with a given id</li>
2923           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2924             ID string searches</li>
2925           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2926             alignment to fail with exception</li>
2927         </ul> <em>Application Issues</em>
2928         <ul>
2929           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2930           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2931             data sources</li>
2932         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2933         <ul>
2934           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2935             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2936           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2937             version (java class versioning error fixed)</li>
2938         </ul>
2939       </td>
2940     </tr>
2941     <tr>
2942       <td>
2943
2944         <div align="center">
2945           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2946         </div>
2947       </td>
2948       <td><em>User Interface</em>
2949         <ul>
2950           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2951             translation and protein products</li>
2952           <li>Linked highlighting of structure associated with
2953             residue mapping to codon position</li>
2954           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2955             and 'clear' button</li>
2956           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2957             Tools menu</li>
2958           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2959             numeric data in description line</li>
2960           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2961           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2962             of sequence</li>
2963         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2964         <ul>
2965           <li>JPred3 web service</li>
2966           <li>Prototype sequence search client (no public services
2967             available yet)</li>
2968           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2969             PFAM</li>
2970           <li>URL Links created for matching database cross
2971             references as well as sequence ID</li>
2972           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2973         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2974         <ul>
2975           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2976             databases</li>
2977           <li>Generalised database reference retrieval and
2978             validation to all fetchable databases</li>
2979           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2980             sequence command</li>
2981         </ul> <em>Import and Export</em>
2982         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2983         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2984           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2985         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2986           File</li>
2987         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2988           triplet as name of colourscheme</li>
2989         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2990         <ul>
2991           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2992           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2993             alignments (experimental)</li>
2994           <li>Create new or select existing session to join</li>
2995           <li>load and save of vamsas documents</li>
2996         </ul> <em>Application command line</em>
2997         <ul>
2998           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2999             from applet)</li>
3000           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3001             of DAS servers to query for alignment features</li>
3002           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3003             that are also automatically queried for features</li>
3004           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3005             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3006         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3007         <ul>
3008           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3009             application (when using &quot;View in full
3010             application&quot;)</li>
3011         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3012         <ul>
3013           <li>feature group display control parameter</li>
3014           <li>debug parameter</li>
3015           <li>showbutton parameter</li>
3016         </ul> <em>Applet API methods</em>
3017         <ul>
3018           <li>newView public method</li>
3019           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3020           <li>Feature display control methods</li>
3021           <li>get list of currently selected sequences</li>
3022         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3023         <ul>
3024           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3025           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3026             Jalview release.</li>
3027           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3028             property controls execution of obfuscator</li>
3029           <li>Build target for generating source distribution</li>
3030           <li>Debug flag for javacc</li>
3031           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3032             jalview.bin.Cache</li>
3033           <li>Continuous Build Integration for stable and
3034             development version of Application, Applet and source
3035             distribution</li>
3036         </ul></td>
3037       <td>
3038         <ul>
3039           <li>selected region output includes visible annotations
3040             (for certain formats)</li>
3041           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3042             for editing</li>
3043           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3044           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3045           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3046           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3047             comments</li>
3048           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3049             filenames containing a ':'</li>
3050           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3051             global sequence features</li>
3052           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3053             references from alignment sequences goes to zero</li>
3054           <li>Close of tree branch colour box without colour
3055             selection causes cascading exceptions</li>
3056           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3057           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3058             file parsing fails.</li>
3059           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3060           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3061             not a valid output format</li>
3062           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3063             vamsas</li>
3064           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3065           <li>error messages passed up and output when data read
3066             fails</li>
3067           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3068             sequence is edited</li>
3069           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3070             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3071           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3072             filetype</li>
3073           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3074             import fixed for PFAM records</li>
3075           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3076             window list</li>
3077           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3078             can be read and written correctly to annotation file</li>
3079           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3080             correctly</li>
3081           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3082             non-italic font for representatives in Applet</li>
3083           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3084             Macs.</li>
3085           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3086             Applet)</li>
3087           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3088             due to null pointer exceptions</li>
3089           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3090             first column of alignment</li>
3091           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3092             July 2008</li>
3093           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3094             file is case-insensitive</li>
3095           <li>Sequence features read from Features file appended to
3096             all sequences with matching IDs</li>
3097           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3098             containing a sub-sequence</li>
3099           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3100           <li>feature and annotation file applet parameters
3101             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3102           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3103           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3104             splash-screen version check to complete</li>
3105           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3106             when passing them to the launchApp service</li>
3107           <li>display name and local features preserved in results
3108             retrieved from web service</li>
3109           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3110             sequence fetcher initialisation</li>
3111           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3112             dasobert DAS client</li>
3113           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3114             association</li>
3115           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3116             sequences
3117           </li>
3118         </ul>
3119       </td>
3120     </tr>
3121     <tr>
3122       <td>
3123         <div align="center">
3124           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3125         </div>
3126       </td>
3127       <td>
3128         <ul>
3129           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3130           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3131           <li>Slide sequences</li>
3132           <li>Edit sequence in place</li>
3133           <li>EMBL CDS features</li>
3134           <li>DAS Feature mapping</li>
3135           <li>Feature ordering</li>
3136           <li>Alignment Properties</li>
3137           <li>Annotation Scores</li>
3138           <li>Sort by scores</li>
3139           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3140         </ul>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3145           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3146           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3147           <li>Feature group display state in XML</li>
3148           <li>Feature ordering in XML</li>
3149           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3150           <li>Stockholm alignment properties</li>
3151           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3152           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3153           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3154           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3155         </ul>
3156       </td>
3157
3158     </tr>
3159     <tr>
3160       <td>
3161         <div align="center">
3162           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3163         </div>
3164       </td>
3165       <td>
3166         <ul>
3167           <li>Non standard characters can be read and displayed
3168           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3169             applet via textbox
3170           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3171             name &amp; description
3172           <li>Preference setting to display sequence name in
3173             italics
3174           <li>Annotation file format extended to allow
3175             Sequence_groups to be defined
3176           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3177             specified in preferences
3178           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3179             sequences
3180         </ul>
3181       </td>
3182       <td>
3183         <ul>
3184           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3185             installed
3186           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3187           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3188         </ul>
3189       </td>
3190     </tr>
3191     <tr>
3192       <td>
3193         <div align="center">
3194           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3195         </div>
3196       </td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>Multiple views on alignment
3200           <li>Sequence feature editing
3201           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3202           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3203           <li>Background dependent text colour
3204           <li>Right align sequence ids
3205           <li>User-defined lower case residue colours
3206           <li>Format Menu
3207           <li>Select Menu
3208           <li>Menu item accelerator keys
3209           <li>Control-V pastes to current alignment
3210           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3211           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3212           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3213
3214           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3215         </ul>
3216       </td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3220           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3221             calculations
3222           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3223             edits
3224           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3225             of alignment)
3226           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3227
3228           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3229             display correctly
3230           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3231           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3232             analysis results
3233           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3234             &#8739;
3235           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3236           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3237           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3238
3239         </ul>
3240       </td>
3241     </tr>
3242     <tr>
3243       <td>
3244         <div align="center">
3245           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3246         </div>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3256             sequence id panel has been resized</li>
3257           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3258             rendered</li>
3259           <li>Annotation files with sequence references - all
3260             elements in file are relative to sequence position</li>
3261           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3262         </ul>
3263       </td>
3264     </tr>
3265     <tr>
3266       <td>
3267         <div align="center">
3268           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3269         </div>
3270       </td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3274           <li>DAS Feature fetching</li>
3275           <li>Hide sequences and columns</li>
3276           <li>Export Annotations and Features</li>
3277           <li>GFF file reading / writing</li>
3278           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3279             files</li>
3280           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3281           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3282           <li>Applet can launch the full application</li>
3283           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3284             required)</li>
3285           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3286           <li>Applet can load sequences from parameter
3287             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3288           </li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291       <td>
3292         <ul>
3293           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3294           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3295           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3296         </ul>
3297       </td>
3298     </tr>
3299     <tr>
3300       <td>
3301         <div align="center">
3302           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3303         </div>
3304       </td>
3305       <td>
3306         <ul>
3307           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3308           <li>Choose to match case when searching</li>
3309           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3310             expand the visible width and height of the alignment</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313       <td>
3314         <ul>
3315           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3316         </ul>
3317       </td>
3318     </tr>
3319     <tr>
3320       <td>
3321         <div align="center">
3322           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3323         </div>
3324       </td>
3325       <td>&nbsp;</td>
3326       <td>
3327         <ul>
3328           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3329           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3330             value</li>
3331         </ul>
3332       </td>
3333     </tr>
3334     <tr>
3335       <td>
3336         <div align="center">
3337           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3338         </div>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3343           <li>Keyboard editing</li>
3344           <li>Create sequence features from searches</li>
3345           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3346             alignments</li>
3347           <li>Features file allows grouping of features</li>
3348           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3349           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3350           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3351         </ul>
3352       </td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3356           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3357             descriptions saved.</li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360     </tr>
3361     <tr>
3362       <td>
3363         <div align="center">
3364           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3365         </div>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3370           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3371           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3372             name for file output</li>
3373           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3374           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3375             used for HTML form input</li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378       <td>
3379         <ul>
3380           <li>HTML output writes groups and features</li>
3381           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3382           <li>File IO bugs</li>
3383         </ul>
3384       </td>
3385     </tr>
3386     <tr>
3387       <td>
3388         <div align="center">
3389           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3390         </div>
3391       </td>
3392       <td>
3393         <ul>
3394           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3395           <li>More options for PCA viewer</li>
3396         </ul>
3397       </td>
3398       <td>
3399         <ul>
3400           <li>GUI bugs resolved</li>
3401           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3402         </ul>
3403       </td>
3404     </tr>
3405     <tr>
3406       <td height="63">
3407         <div align="center">
3408           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3409         </div>
3410       </td>
3411       <td>
3412         <ul>
3413           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3414           <li>Jar files are executable</li>
3415           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3416         </ul>
3417       </td>
3418       <td>
3419         <ul>
3420           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3421           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3422           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3423         </ul>
3424       </td>
3425     </tr>
3426     <tr>
3427       <td>
3428         <div align="center">
3429           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3430         </div>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3435         </ul>
3436       </td>
3437       <td>
3438         <ul>
3439           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3440         </ul>
3441       </td>
3442     </tr>
3443     <tr>
3444       <td>
3445         <div align="center">
3446           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3447         </div>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3452             size</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>Improved JPred client reliability</li>
3458           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3459         </ul>
3460       </td>
3461     </tr>
3462     <tr>
3463       <td>
3464         <div align="center">
3465           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3466         </div>
3467       </td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3471           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3472           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3473             to Colour Menu</li>
3474           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3475           <li>Unix users can set default web browser</li>
3476           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3477           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3478         </ul>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3483         </ul>
3484       </td>
3485     </tr>
3486     <tr>
3487       <td>
3488         <div align="center">
3489           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3490         </div>
3491       </td>
3492       <td>&nbsp;</td>
3493       <td>
3494         <ul>
3495           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3496             alignment order.</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502         <div align="center">
3503           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3504         </div>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3509           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3510           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3511             annotations.</li>
3512           <li>Version and build date written to build properties
3513             file.</li>
3514           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3515             at launch of Jalview.</li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518       <td>
3519         <ul>
3520           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3521           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3522           <li>Can remove groups one by one.</li>
3523           <li>Filechooser icons installed.</li>
3524           <li>Finder ignores return character when searching.
3525             Return key will initiate a search.<br>
3526           </li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529     </tr>
3530     <tr>
3531       <td>
3532         <div align="center">
3533           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3534         </div>
3535       </td>
3536       <td>
3537         <ul>
3538           <li>New codebase</li>
3539         </ul>
3540       </td>
3541       <td>&nbsp;</td>
3542     </tr>
3543   </table>
3544   <p>&nbsp;</p>
3545 </body>
3546 </html>