help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li></li>
  81           </ul>
  82           <em>Application</em>
  83           <ul>
  84           <li><!--  --></li>
  85
  86           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  87           </ul>
  88           <em>Applet</em>
  89           <ul>
  90           <li></li>
  91           </ul>
  92           </div></td><td><div align="left">
  93           <em>General</em>
  94           <ul>
  95           <li></li>
  96           </ul>
  97           <em>Application</em>
  98           <ul>
  99           <li></li>
 100           </ul>
 101           <em>Applet</em>
 102           <ul>
 103           <li></li>
 104           </ul>
 105           <em>New Known Issues</em>
 106           <ul>
 107           <li></li>
 108           </ul>
 109
 110           </div>
 111     <tr>
 112       <td width="60" nowrap>
 113         <div align="center">
 114           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 115             <em>29/11/2016</em></strong>
 116         </div>
 117       </td>
 118       <td><div align="left">
 119           <em>General</em>
 120           <ul>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 123               for all consensus calculations
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 127             </li>
 128             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 129               for 2016-2017</li>
 130           </ul>
 131           <em>Application</em>
 132           <ul>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 135               set of database cross-references, sorted alphabetically
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 139               from database cross references. Users with custom links
 140               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 141                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 145               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 146               Chimera session
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 150               the Chimera it is connected to is shut down
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 154               columns menu item to mark columns containing
 155               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 156               of a Find operation)
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 160               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 161               MSAviewer
 162             </li>
 163           </ul>
 164         </div></td>
 165       <td>
 166         <div align="left">
 167           <em>General</em>
 168           <ul>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 171               are not coloured or thresholded according to percent
 172               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 176               hydrophobic
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 180               threshold, amino acid properties)
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 184               reported as mapped to residues in a structure file in the
 185               View Mapping report
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 189               could be added multiple times to a sequence
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 193               bond features shown as two highlighted residues rather
 194               than a range in linked structure views, and treated
 195               correctly when selecting and computing trees from features
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 199               cross-references are matched to database name regardless
 200               of case
 201             </li>
 202
 203           </ul>
 204           <em>Application</em>
 205           <ul>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 208               names without regular expressions also offer links from
 209               Sequence ID
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 213               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 214               update Jalview configuration
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 218               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 222               files with similarly named sequences if dropped onto the
 223               alignment
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 227               entries where more chains exist in the PDB accession than
 228               are reported in the SIFTS file
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 232               the structure view when displayed with Chimera
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 236               panel's View->Show Chains submenu
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 240               work for wrapped alignment views
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 244               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 248               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 249               first annotation row
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 253               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 254             </li>
 255           </ul>
 256 <!--           <em>New Known Issues</em>
 257           <ul>
 258             <li></li>
 259           </ul> -->
 260         </div>
 261       </td>
 262     </tr>
 263       <td width="60" nowrap>
 264         <div align="center">
 265           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 266             <em>25/10/2016</em></strong>
 267         </div>
 268       </td>
 269       <td><em>Application</em>
 270         <ul>
 271           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 272             view if structures already loaded</li>
 273           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 274             structure views</li>
 275         </ul></td>
 276       <td>
 277         <div align="left">
 278           <em>General</em>
 279           <ul>
 280             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 281               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 282             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 283               example sequences/projects/trees</li>
 284           </ul>
 285           <em>Application</em>
 286           <ul>
 287             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 288               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 289             <li>Multiple structure views can be opened and
 290               superposed without timeout for structures with multiple
 291               models or multiple sequences in alignment</li>
 292             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 293               a PDB ID HEADER line</li>
 294             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 295               superposition is performed</li>
 296             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 297               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 298             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 299             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 300               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 301               Refs UI option</li>
 302             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 303               view is created on the alignment</li>
 304             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 305               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 306               to open group pop-up menu</li>
 307           </ul>
 308           <em>Build and deployment</em>
 309           <ul>
 310             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 311               tags</li>
 312           </ul>
 313           <em>New Known Issues</em>
 314           <ul>
 315             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 316               work on Windows</li>
 317           </ul>
 318         </div>
 319       </td>
 320     </tr>
 321     <tr>
 322       <td width="60" nowrap>
 323         <div align="center">
 324           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 325         </div>
 326       </td>
 327       <td><em>General</em>
 328         <ul>
 329           <li>
 330           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 334             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 335             better PDB parsing.
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 339             reference sequence
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 343             mousing over sequence associated annotation
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 347             for manual entry
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 351             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 352             for each column
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 356             showing or hiding columns containing a feature
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 360             group and sequence associated annotation labels
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 364             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 365             dialogs
 366           </li>
 367
 368         </ul> <em>Application</em>
 369         <ul>
 370           <li>
 371             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 372             gene/transcript view
 373           </li>
 374           <li>
 375             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 376             dialog
 377           </li>
 378           <li>
 379             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 380             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 381           </li>
 382           <li>
 383             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 384             Pfam sources to xfam.org
 385           </li>
 386           <li>
 387             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 391             over sequences in Jalview
 392           </li>
 393           <li>
 394             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 395             regions in ENA and EMBL
 396           </li>
 397           <li>
 398             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 399             for record retrieval via ENA rest API
 400           </li>
 401           <li>
 402             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 403             complement operator
 404           </li>
 405           <li>
 406             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 407             groovy script execution
 408           </li>
 409           <li>
 410             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 411             alignment window's Calculate menu
 412           </li>
 413           <li>
 414             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 415             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 419             calculation workers from groovy scripts
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 423             Jalview projects
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 427             associations are now saved/restored from project
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 431             before sequence fetcher is opened
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 435             database chooser opens a sequence fetcher
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 439             the UniProt REST API
 440           </li>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 443             the news reader opening
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 447             querying stored in preferences
 448           </li>
 449           <li>
 450             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 451             search results
 452           </li>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 458             menu for nucleotide sequences
 459           </li>
 460           <li>
 461             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 462             and feature counts preserves alignment ordering (and
 463             debugged for complex feature sets).
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 467             viewing structures with Jalview 2.10
 468           </li>
 469           <li>
 470             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 471             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 472             Ensembl Genomes REST API
 473           </li>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 476             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 477             (Ensembl)
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 481             sequences
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 485             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 486             data from external database records.
 487           </li>
 488           <li>
 489             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 490             efficient recovery of sequence coding and alignment
 491             annotation relationships.
 492           </li>
 493         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 494         <ul>
 495           <li>
 496             -- JAL---
 497           </li>
 498         </ul> --></td>
 499       <td>
 500         <div align="left">
 501           <em>General</em>
 502           <ul>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 505               menu on OSX
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 509               includes graduated colourschemes
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 513               working with big alignments and lots of hidden columns
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 517               at right of alignment window
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 521               contents
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 525               for DNA alignments
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 529               based tree calculation
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 533               unconserved enabled for group on alignment
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 537               set as reference
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 541               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 542               annotation
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 546               hidden columns present
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 550               user created annotation added to alignment
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 554               '()' base pair annotation
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 558               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 559               Consensus
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 563               feature not working
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 567               beginning of sequence
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 571               entry 3a6s
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 575               from a tree when t-coffee scores are shown
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 579               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 583               some structures
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 587               to Clustal, PIR and PileUp output
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 591               not visible causes alignment window to repaint
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 595               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 596               scores associated with features and annotation rows
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 600               calculation should be case independent
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 604               columns
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 608               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 609               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 613               problems when reference sequence defined and 'show
 614               non-conserved' enabled
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 618               load even when Consensus calculation is disabled
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 622               alignment does nothing
 623             </li>
 624           </ul>
 625           <em>Application</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 629               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 630               yet fixed for El Capitan)
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 634               output when running on non-gb/us i18n platforms
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 638               hidden sequences as flat-file alignment
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 642               launching Chimera
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 646               (also hotfix for 2.9.0b2)
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 650               reference sequence defined
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 654               alignments and views when revealing hidden columns
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 658               view in a cDNA/Protein splitframe
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 662               sequence from project when only one sequence is
 663               represented
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 667               in Structure Chooser
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 671               structure consensus didn't refresh annotation panel
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 675               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 679               dialogs format columns correctly, don't display array
 680               data, sort columns according to type
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 684               file chooser is cancelled during an image export
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 688               sequence name containing special characters
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 692               case insensitive
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 696               formatting don't wrap
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 700               truncated so L looks like I in consensus annotation
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 704               currently displayed features for the current selection or
 705               view
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 709               after fetching cross-references, and restoring from project
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 713               followed in the structure viewer
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 717               splitframe not restored from project
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 721               trailing end of protein alignment in transcript/product
 722               splitview when pad-gaps not enabled by default
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 726               is case dependent
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 730               article has been read (reopened issue due to
 731               internationalisation problems)
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 735               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 736               cross-references
 737             </li>
 738
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 741               alignment as HTML
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 745               multiple structures are shown for one or more sequences.
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 749               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 750               is enabled.
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 754               specific PDB id for sequence
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 758               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 759               columns' is disabled.
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 763               selects lowest rather than highest resolution structures
 764               for each sequence
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 768               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 772               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 773             </li>
 774             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 775               after clicking on it to create new annotation for a
 776               column.
 777             </li>
 778             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 779             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 780           </ul>
 781           <em>Applet</em>
 782           <ul>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 785               hidden columns present before start of sequence
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 789               (JSON jars)
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 793               sequences are hidden in applet
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 797               deployment on examples pages.
 798             </li>
 799           </ul>
 800         </div>
 801       </td>
 802     </tr>
 803     <tr>
 804       <td width="60" nowrap>
 805         <div align="center">
 806           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 807             <em>16/10/2015</em></strong>
 808         </div>
 809       </td>
 810       <td><em>General</em>
 811         <ul>
 812           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 813             jars</li>
 814         </ul></td>
 815       <td>
 816         <div align="left">
 817           <em>Application</em>
 818           <ul>
 819             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 820               shown when tree is partitioned</li>
 821             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 822               multiple cDNA/Protein split views</li>
 823           </ul>
 824         </div>
 825       </td>
 826     </tr>
 827     <tr>
 828       <td width="60" nowrap>
 829         <div align="center">
 830           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 831             <em>8/10/2015</em></strong>
 832         </div>
 833       </td>
 834       <td><em>General</em>
 835         <ul>
 836           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 837             2.9</li>
 838         </ul> <em>Application</em>
 839         <ul>
 840           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 841           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 842           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 843         </ul> <em>Applet</em>
 844         <ul>
 845           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 846         </ul><em>Build and Deployment</em>
 847         <ul>
 848           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 849         </ul></td>
 850       <td>
 851         <div align="left">
 852           <em>General</em>
 853           <ul>
 854             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 855               incorrect when sequence start > 1</li>
 856             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 857               documentation</li>
 858             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 859             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 860               loading a features file containing HTML tags in feature
 861               description</li>
 862
 863           </ul>
 864           <em>Application</em>
 865           <ul>
 866             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 867               reimport</li>
 868             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 869               with 'trim retrieved sequences'</li>
 870             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 871               deleting selected columns</li>
 872             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 873               JNLP templates for webstart launch</li>
 874             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 875               unreleased structures for download or viewing</li>
 876             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 877               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 878             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 879               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 880             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 881               recovered from jalview project</li>
 882             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 883               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 884               alignment view</li>
 885             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 886               color schemes from BioJSON</li>
 887           </ul>
 888           <em>Applet</em>
 889           <ul>
 890             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 891               frame</li>
 892             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 893           </ul>
 894         </div>
 895       </td>
 896     </tr>
 897     <tr>
 898       <td><div align="center">
 899           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 900         </div></td>
 901       <td><em>General</em>
 902         <ul>
 903           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 904             alignments:
 905             <ul>
 906               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 907                 and DNA alignment views</li>
 908               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 909                 cDNA alignment views</li>
 910               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 911                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 912               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 913                 protein sequences</li>
 914             </ul>
 915           </li>
 916           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 917           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 918             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 919           <li>New alignment annotation file statements for
 920             reference sequences and marking hidden columns</li>
 921           <li>Reference sequence based alignment shading to
 922             highlight variation</li>
 923           <li>Select or hide columns according to alignment
 924             annotation</li>
 925           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 926           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 927             acid conservation row</li>
 928           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 929         </ul> <em>Application</em>
 930         <ul>
 931           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 932             <ul>
 933               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 934                 view with cDNA/Protein</li>
 935               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 936                 sequences are placed in the same alignment</li>
 937               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 938                 projects</li>
 939             </ul>
 940           </li>
 941
 942           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 943           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 944             Jalview windows</li>
 945
 946           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 947           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 948           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 949             be shown in VARNA</li>
 950
 951           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 952             as the active selected region</li>
 953
 954           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 955             similarity</li>
 956           <li>New Export options
 957             <ul>
 958               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 959                 region export in flat file generation</li>
 960
 961               <li>Export alignment views for display with the <a
 962                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 963
 964               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 965               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 966                 alignment figures to HTML</li>
 967           </li>
 968           <li>3D structure retrieval and display
 969             <ul>
 970               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 971                 Search API</li>
 972               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 973                 PDB structures for a sequence set</li>
 974             </ul>
 975           </li>
 976
 977           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 978             predictions</li>
 979           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 980             for one or a group of sequences</li>
 981           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 982             from the JPred4 web server</li>
 983           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 984             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 985             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 986           </li>
 987           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 988             VARNA 2D Structure'</li>
 989           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 990             Structure ..."</li>
 991
 992         </ul> <em>Applet</em>
 993         <ul>
 994           <li>New layout for applet example pages</li>
 995           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 996             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 997           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 998             Protein alignments</li>
 999         </ul> <em>Development and deployment</em>
1000         <ul>
1001           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1002           <li>Include installation type and git revision in build
1003             properties and console log output</li>
1004           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1005             storing BioJsMSA Templates</li>
1006           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1007         </ul></td>
1008       <td>
1009         <!-- <em>General</em>
1010         <ul>
1011         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1012         <ul>
1013           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1014           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1015           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1016             predictions are not highlighted in amber</li>
1017           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1018             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1019           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1020             associated structure views</li>
1021           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1022             width checkbox not enabled</li>
1023           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1024             creating user defined colours</li>
1025           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1026             mappings for just that viewer's sequences</li>
1027           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1028             multiple models in Chimera</li>
1029           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1030             over Jmol structure</li>
1031           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1032             output to text box</li>
1033           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1034             have incorrect sequence start/end</li>
1035           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1036             Jalview fails</li>
1037           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1038             work for nucleotide</li>
1039           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1040             to a grey/invisible alignment window</li>
1041           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1042             imports to different position</li>
1043           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1044             on some platforms</li>
1045           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1046             populated</li>
1047           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1048             console if Chimera has been opened</li>
1049           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1050           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1051             retrieved</li>
1052           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1053           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1054             either sequence shows on first structure</li>
1055           <li>'Show annotations' options should not make
1056             non-positional annotations visible</li>
1057           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1058             in right place after 'view flanking regions'</li>
1059           <li>File Save As type unset when current file format is
1060             unknown</li>
1061           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1062             projects</li>
1063           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1064             responsive</li>
1065           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1066             several views on same alignment</li>
1067           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1068           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1069             spaces</li>
1070         </ul> <em>Applet</em>
1071         <ul>
1072           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1073           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1074             descriptions containing angle brackets</li>
1075         </ul> <em>General</em>
1076         <ul>
1077           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1078             via jalview annotation file</li>
1079           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1080             with RNA secondary structure</li>
1081           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1082             translation doesn't work.</li>
1083           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1084           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1085             positions</li>
1086           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1087             choosing 1pt font</li>
1088           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1089             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1090             'h'</li>
1091           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1092             new feature</li>
1093           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1094             order dependent</li>
1095           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1096             sequences</li>
1097           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1098         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1099         <ul>
1100           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1101             www.jalview.org</li>
1102         </ul> <em>Application Known issues</em>
1103         <ul>
1104           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1105           <li>Misleading message appears after trying to delete
1106             solid column.</li>
1107           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1108             version launches</li>
1109           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1110             fails with a sequence mismatch</li>
1111           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1112             scrolling alignment to right</li>
1113           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1114             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1115           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1116             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1117           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1118             ultra-high resolution</li>
1119           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1120             quality and conservation</li>
1121           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1122             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1123         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1124         <ul>
1125           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1126           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1127             window is being resized</li>
1128
1129         </ul>
1130       </td>
1131     </tr>
1132     <tr>
1133       <td><div align="center">
1134           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1135         </div></td>
1136       <td><em>General</em>
1137         <ul>
1138           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1139             Certum.PL.</li>
1140           <li>Features and annotation preserved when performing
1141             pairwise alignment</li>
1142           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1143             imported/exported/displayed</li>
1144           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1145             protein secondary structure</li>
1146           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1147               post-hoc with 2.9 release</em>)
1148           </li>
1149
1150         </ul> <em>Application</em>
1151         <ul>
1152           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1153             with 3D structures</li>
1154           <li>Support for parsing RNAML</li>
1155           <li>Annotations menu for layout
1156             <ul>
1157               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1158               <li>place sequence annotation above/below alignment
1159                 annotation</li>
1160             </ul>
1161           <li>Output in Stockholm format</li>
1162           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1163             translation</li>
1164           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1165           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1166             shared between alignments</li>
1167           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1168             Jalview</li>
1169           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1170             all or current selection</li>
1171           <li>disorder and secondary structure predictions
1172             available as dataset annotation</li>
1173           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1174
1175
1176           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1177             alignments from Rfam</li>
1178           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1179
1180           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1181             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1182           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1183           <li>include installation type in build properties and
1184             console log output</li>
1185           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1186             annotation</li>
1187         </ul></td>
1188       <td>
1189         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1190         <ul>
1191           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1192             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1193           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1194             alignment</li>
1195           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1196           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1197           <li>Double click on sequence associated annotation
1198             selects only first column</li>
1199           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1200             leaves shown in tree</li>
1201           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1202             properly</li>
1203           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1204           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1205             screen and buttons not visible</li>
1206           <li>author list isn't updated if already written to
1207             Jalview properties</li>
1208           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1209             from database</li>
1210           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1211           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1212             browser search window</li>
1213           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1214             in feature settings dialog</li>
1215           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1216             desktop</li>
1217           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1218             pass validation</li>
1219           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1220             fit on screen</li>
1221           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1222             tooltip</li>
1223           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1224             defined user preset</li>
1225           <li>MSA web services warns user if they were launched
1226             with invalid input</li>
1227           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1228             Java 8</li>
1229           <li>
1230             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1231             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1232             created
1233           </li>
1234
1235         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1236                                 <ul>
1237                                 </ul> <em>General</em>
1238                                 <ul>
1239                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1240         <ul>
1241           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1242             memory allocation</li>
1243           <li>launchApp service doesn't automatically open
1244             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1245           <li>
1246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1247             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1248             1.7_055 is available
1249           </li>
1250         </ul> <em>Application Known issues</em>
1251         <ul>
1252           <li>
1253             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1254             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1255             alignment to right
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1259             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1260             with large number of ID
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1264             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1265             start/end
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1269             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1270             structure tracks are rearranged
1271           </li>
1272           <li>
1273             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1274             invalid rna structure positional highlighting does not
1275             highlight position of invalid base pairs
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1279             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1280             project from alignment window file menu
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1284             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1285             structures
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1289             colour by RNA Helices not enabled when user created
1290             annotation added to alignment
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1294             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1295           </li>
1296         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1297         <ul>
1298           <li>
1299             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1300             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1301           </li>
1302           <li>
1303             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1304             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1305           </li>
1306
1307           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1308             when selected</li>
1309         </ul>
1310       </td>
1311     </tr>
1312     <tr>
1313       <td><div align="center">
1314           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1315         </div></td>
1316       <td>
1317         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1318         <em>General</em>
1319         <ul>
1320           <li>Internationalisation of user interface (usually
1321             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1322           <li>Define/Undefine group on current selection with
1323             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1324           <li>Improved group creation/removal options in
1325             alignment/sequence Popup menu</li>
1326           <li>Sensible precision for symbol distribution
1327             percentages shown in logo tooltip.</li>
1328           <li>Annotation panel height set according to amount of
1329             annotation when alignment first opened</li>
1330         </ul> <em>Application</em>
1331         <ul>
1332           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1333             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1334           <li>Select columns containing particular features from
1335             Feature Settings dialog</li>
1336           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1337             sequences</li>
1338           <li>Update Jalview project format:
1339             <ul>
1340               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1341               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1342                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1343               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1344                 colouring</li>
1345             </ul>
1346           </li>
1347           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1348             (PAM250)</li>
1349           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1350             flanking regions for an alignment</li>
1351         </ul>
1352       </td>
1353       <td>
1354         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1355         <ul>
1356           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1357             running after job is cancelled</li>
1358           <li>cannot export features from alignments imported from
1359             Jalview/VAMSAS projects</li>
1360           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1361             float values</li>
1362           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1363             have 'display all symbols' flag set</li>
1364           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1365             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1366           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1367             Jalview</li>
1368           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1369             Lion/Webstart</li>
1370           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1371           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1372           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1373             alignment onto desktop</li>
1374           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1375             'extract scores' function</li>
1376           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1377             alignment window</li>
1378           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1379             performing IUPred disorder prediction</li>
1380           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1381             changing 'normalise logo' display setting</li>
1382           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1383             nothing matches query</li>
1384           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1385             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1386           </li>
1387           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1388             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1389           </li>
1390           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1391             Jalview's menu</li>
1392           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1393             'invalid literal/length code'</li>
1394           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1395             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1396           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1397             colourscheme</li>
1398
1399         </ul> <em>Applet</em>
1400         <ul>
1401           <li>Remove group option is shown even when selection is
1402             not a group</li>
1403           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1404             don't affect groups</li>
1405           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1406             colourscheme name</li>
1407           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1408             Annotation panel is not displayed</li>
1409           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1410             embedded windows</li>
1411         </ul> <em>Other</em>
1412         <ul>
1413           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1414             single sequence were not calculated</li>
1415           <li>annotation files that contain only groups imported as
1416             annotation and junk sequences</li>
1417           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1418             recognised as PFAM or BLC</li>
1419           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1420             doesn't affect background (2.8.0b1)
1421           <li></li>
1422           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1423           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1424             trailing gaps</li>
1425           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1426             registered correctly on import</li>
1427           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1428             certain alignments</li>
1429           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1430             existing annotation based 'use original colours'
1431             colourscheme loses original colours setting</li>
1432         </ul>
1433       </td>
1434     </tr>
1435     <tr>
1436       <td><div align="center">
1437           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1438             <em>30/1/2014</em></strong>
1439         </div></td>
1440       <td>
1441         <ul>
1442           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1443             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1444             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1445             open source project).
1446           </li>
1447           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1448           </li>
1449           <li>Output in Stockholm format</li>
1450           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1451           <li>Export/import group and sequence associated line
1452             graph thresholds</li>
1453           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1454             ambiguity codes</li>
1455           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1456             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1457             works</li>
1458           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1459         </ul> <em>Other improvements</em>
1460         <ul>
1461           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1462           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1463             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1464           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1465             files</li>
1466           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1467           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1468             link but no description</li>
1469           <li>Select primary source when selecting authority in
1470             database fetcher GUI</li>
1471           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1472             Jalview</li>
1473           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1474         </ul>
1475       </td>
1476       <td>
1477         <ul>
1478           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1479             displayed</li>
1480           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1481             secondary structure annotation line</li>
1482           <li>Sequence database accessions not imported when
1483             fetching alignments from Rfam</li>
1484           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1485             identical IDs</li>
1486           <li>View all structures does not always superpose
1487             structures</li>
1488           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1489             reflect user or preset settings</li>
1490           <li>Null pointer exceptions for some services without
1491             presets or adjustable parameters</li>
1492           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1493             discover PDB xRefs</li>
1494           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1495             features with DAS</li>
1496           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1497             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1498           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1499             residue follows a gap</li>
1500           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1501             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1502           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1503             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1504           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1505             annotation already exists on alignment</li>
1506           <li>oninit javascript function should be called after
1507             initialisation completes</li>
1508           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1509             alignment window display</li>
1510           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1511           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1512             to annotation file</li>
1513           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1514             groups created</li>
1515           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1516             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1517           <li>Pressing return several times causes Number Format
1518             exceptions in keyboard mode</li>
1519           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1520             correct partitions for input data</li>
1521           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1522           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1523           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1524           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1525             mode</li>
1526           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1527             changes one row&#39;s threshold</li>
1528           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1529             doesn&#39;t open</li>
1530           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1531             quality histograms</li>
1532         </ul>
1533       </td>
1534     </tr>
1535     <tr>
1536       <td><div align="center">
1537           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1538         </div></td>
1539       <td><em>Application</em>
1540         <ul>
1541           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1542             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1543           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1544             preferences</li>
1545           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1546             in Jalview alignment window</li>
1547           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1548             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1549           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1550             RNA and ambiguity codes</li>
1551
1552           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1553           <li>Support fetching and database reference look up
1554             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1555             refs')</li>
1556           <li>Jalview project improvements
1557             <ul>
1558               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1559                 flag for annotation</li>
1560               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1561                 alignment</li>
1562               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1563                 Jalview project</li>
1564
1565             </ul>
1566           </li>
1567           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1568           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1569             running</li>
1570           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1571           <li>visual indication that web service results are still
1572             being retrieved from server</li>
1573           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1574             starts up for first time</li>
1575           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1576             services</li>
1577           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1578             client library</li>
1579           <li>Examples directory and Groovy library included in
1580             InstallAnywhere distribution</li>
1581         </ul> <em>Applet</em>
1582         <ul>
1583           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1584             visualization applet example</li>
1585         </ul> <em>General</em>
1586         <ul>
1587           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1588           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1589             defaults</li>
1590           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1591             calculation</li>
1592           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1593             matrices
1594           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1595             in HTML</li>
1596           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1597             structure contacts</li>
1598           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1599           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1600           <li>Parse sequence associated secondary structure
1601             information in Stockholm files</li>
1602           <li>HTML Export database accessions and annotation
1603             information presented in tooltip for sequences</li>
1604           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1605             style RNA alignment files</li>
1606           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1607             alignment</li>
1608           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1609             shade each sequence according to its associated alignment
1610             annotation</li>
1611           <li>New Jalview Logo</li>
1612         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1613         <ul>
1614           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1615           <li>New Website!</li>
1616         </ul></td>
1617       <td><em>Application</em>
1618         <ul>
1619           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1620             wsdbfetch REST service</li>
1621           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1622           <li>Filetype associations not installed for webstart
1623             launch</li>
1624           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1625             job execution in full once it is complete</li>
1626           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1627             uploaded via ali_file parameter</li>
1628           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1629           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1630           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1631             submitted for prediction</li>
1632           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1633             desktop window</li>
1634           <li>Putting fractional value into integer text box in
1635             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1636           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1637             windows 7</li>
1638           <li>View all structures fails with exception shown in
1639             structure view</li>
1640           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1641             escaped in a platform independent way</li>
1642           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1643             using proxy</li>
1644           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1645             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1646           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1647             failure when java web start temporary file caching is
1648             disabled</li>
1649           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1650             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1651           <li>Errors during processing of command line arguments
1652             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1653           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1654             DAS sources in sequence fetcher</li>
1655           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1656             dialog is shown</li>
1657           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1658           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1659           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1660           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1661             on OSX Mountain Lion</li>
1662           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1663             sequences with alignment annotation are pasted into the
1664             alignment</li>
1665           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1666             when loaded from Jalview project</li>
1667           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1668           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1669             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1670           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1671             associated with all views</li>
1672           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1673             annotation rows to new window</li>
1674         </ul> <em>Applet</em>
1675         <ul>
1676           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1677             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1678           <li>loading features via javascript API automatically
1679             enables feature display</li>
1680           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1681             work</li>
1682         </ul> <em>General</em>
1683         <ul>
1684           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1685           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1686             and then deselected</li>
1687           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1688           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1689             coloured with clustalx</li>
1690           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1691             exceptions and redraw errors</li>
1692           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1693             reconfigured view</li>
1694           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1695             colour</li>
1696           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1697             for lots of labels</li>
1698         </ul>
1699     </tr>
1700     <tr>
1701       <td>
1702         <div align="center">
1703           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1704         </div>
1705       </td>
1706       <td><em>Application</em>
1707         <ul>
1708           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1709           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1710           <li>View/alignment association menu to enable user to
1711             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1712             its colours/correspondences from</li>
1713           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1714           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1715             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1716           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1717           <li>Annotation row column label formatting attributes
1718             stored in project file</li>
1719           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1720             rows preserved in Jalview project file</li>
1721           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1722             saved using Desktop window menu</li>
1723           <li>Visual indication that command line arguments are
1724             still being processed</li>
1725           <li>Groovy script execution from URL</li>
1726           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1727             preferences</li>
1728           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1729             alignment with sequences that have high similarity and
1730             matching IDs</li>
1731           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1732           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1733             structures in same window</li>
1734           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1735           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1736             analysis function in its own submenu</li>
1737         </ul> <em>Applet</em>
1738         <ul>
1739           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1740             groups</li>
1741           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1742           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1743           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1744           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1745           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1746             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1747           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1748           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1749             parameters are treated as such</li>
1750           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1751             <ul>
1752               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1753               <li>Javascript callbacks for
1754                 <ul>
1755                   <li>Applet initialisation</li>
1756                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1757                 </ul>
1758               </li>
1759               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1760                 functions</li>
1761               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1762               <li>javascript structure viewer harness to pass
1763                 messages between Jmol and Jalview when running as
1764                 distinct applets</li>
1765               <li>sortBy method</li>
1766               <li>Set of applet and application examples shipped
1767                 with documentation</li>
1768               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1769                 javascript message exchange</li>
1770             </ul>
1771         </ul> <em>General</em>
1772         <ul>
1773           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1774             multiple alignments</li>
1775           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1776           <li>User configurable link to enable redirects to a
1777             www.Jalview.org mirror</li>
1778           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1779           <li>Configurable newline string when writing alignment
1780             and other flat files</li>
1781           <li>Allow alignment annotation description lines to
1782             contain html tags</li>
1783         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1784         <ul>
1785           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1786             examples</li>
1787           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1788             using a web service before displaying the result in the
1789             Jalview desktop</li>
1790           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1791           <li>Ant target to publish example html files with applet
1792             archive</li>
1793           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1794           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1795         </ul></td>
1796       <td><em>Application</em>
1797         <ul>
1798           <li>User defined colourscheme throws exception when
1799             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1800           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1801             dialog for valid filename/format</li>
1802           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1803           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1804             P37173</li>
1805           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1806             which sequence is to be associated with the file</li>
1807           <li>Find All raises null pointer exception when query
1808             only matches sequence IDs</li>
1809           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1810           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1811             2.4 cannot be loaded</li>
1812           <li>Filetype associations not installed for webstart
1813             launch</li>
1814           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1815             with sequences in different alignments do not get coloured
1816             by their associated sequence</li>
1817           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1818             not preserved when project is loaded</li>
1819           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1820             stored in Jalview project</li>
1821           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1822             Jalview project</li>
1823           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1824           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1825             by conservation</li>
1826           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1827             created on new view</li>
1828           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1829             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1830           <li>Alignment quality not updated after alignment
1831             annotation row is hidden then shown</li>
1832           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1833             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1834           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1835             properly</li>
1836           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1837             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1838           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1839           <li>Structures imported from file and saved in project
1840             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1841           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1842             job execution in full once it is complete</li>
1843         </ul> <em>Applet</em>
1844         <ul>
1845           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1846             annotation rows are displayed</li>
1847           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1848             codebase</li>
1849           <li>View follows highlighting does not work for positions
1850             in sequences</li>
1851           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1852           <li>Export features raises exception when no features
1853             exist</li>
1854           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1855             for javascript api is modified when separator string
1856             provided as parameter</li>
1857           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1858             alignment with no existing selection</li>
1859           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1860             to applet&#39;s codebase</li>
1861           <li>Status bar not updated after finished searching and
1862             search wraps around to first result</li>
1863           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1864             several Jalview applets causes race conditions and memory
1865             leaks</li>
1866           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1867             not sent from Jmol in applet</li>
1868           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1869             applet API fatally hang browser</li>
1870         </ul> <em>General</em>
1871         <ul>
1872           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1873             position with wrapped view and hidden regions</li>
1874           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1875             with/without hidden columns</li>
1876           <li>Sequence length given in alignment properties window
1877             is off by 1</li>
1878           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1879             import PDB like structure files</li>
1880           <li>Positional search results are only highlighted
1881             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1882           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1883           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1884             given sequence position</li>
1885           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1886             output</li>
1887           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1888             from nucleotide chains correctly</li>
1889           <li>Structure colours not updated when tree partition
1890             changed in alignment</li>
1891           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1892             parsed in interleaved stockholm</li>
1893           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1894             state</li>
1895           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1896             properly</li>
1897           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1898             properly associated with their pdb files</li>
1899         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1900         <ul>
1901           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1902             ApplyCopyright tool</li>
1903         </ul></td>
1904     </tr>
1905     <tr>
1906       <td>
1907         <div align="center">
1908           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1909         </div>
1910       </td>
1911       <td><em>Application</em>
1912         <ul>
1913           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1914             contact web services</li>
1915           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1916             service job window</li>
1917           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1918         </ul></td>
1919       <td>
1920         <ul>
1921           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1922             pir file emitted by Jalview</li>
1923           <li>Existing feature settings transferred to new
1924             alignment view created from cut'n'paste</li>
1925           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1926             parsing PDB files</li>
1927           <li>Consensus and conservation annotation rows
1928             occasionally become blank for all new windows</li>
1929           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1930             in wrapped view mode</li>
1931         </ul> <em>Application</em>
1932         <ul>
1933           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1934             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1935           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1936             parameter names</li>
1937           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1938             is down</li>
1939         </ul>
1940       </td>
1941     </tr>
1942     <tr>
1943       <td>
1944         <div align="center">
1945           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1946         </div>
1947       </td>
1948       <td><em>Application</em>
1949         <ul>
1950           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1951             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1952             (JABAWS)
1953           </li>
1954           <li>Web Services preference tab</li>
1955           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1956             preferences</li>
1957           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1958           <li>Superpose structures using associated sequence
1959             alignment</li>
1960           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1961             viewer</li>
1962         </ul> <em>Applet</em>
1963         <ul>
1964           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1965             link out mechanism</li>
1966         </ul> <em>Other</em>
1967         <ul>
1968           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1969             series 12</li>
1970           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1971             require Java 1.5</li>
1972           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1973             sequence annotation files</li>
1974           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1975             type colour specification</li>
1976           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1977             script to check if it being run in an interactive session or
1978             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1979         </ul></td>
1980       <td>
1981         <ul>
1982           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1983             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1984         </ul> <em>Application</em>
1985         <ul>
1986           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1987             selected Regions menu item</li>
1988           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1989             part of a valid accession ID</li>
1990           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1991             runs out of memory</li>
1992           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1993             analysis results</li>
1994           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1995             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1996           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1997         </ul> <em>Applet</em>
1998         <ul>
1999           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2000             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2001             defined.</li>
2002         </ul>
2003       </td>
2004     </tr>
2005     <tr>
2006       <td>
2007         <div align="center">
2008           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2009         </div>
2010       </td>
2011       <td></td>
2012       <td>
2013         <ul>
2014           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2015             sequence IDs</li>
2016           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2017             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2018           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2019             import correctly</li>
2020           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2021             number of columns are hidden</li>
2022           <li>annotation label popup menu not providing correct
2023             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2024             present</li>
2025           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2026             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2027           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2028             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2029
2030         </ul> <em>Applet</em>
2031         <ul>
2032           <li>annotation panel disappears when annotation is
2033             hidden/removed</li>
2034         </ul> <em>Application</em>
2035         <ul>
2036           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2037             alignment opened where annotation panel is visible but no
2038             annotations are present on alignment</li>
2039           <li>pasted region containing hidden columns is
2040             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2041           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2042             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2043           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2044             selected Rregions menu item.</li>
2045           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2046             'Un' or 'Non'conserved</li>
2047           <li>Sequence feature settings are being shared by
2048             multiple distinct alignments</li>
2049           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2050             changed</li>
2051           <li>double click on group annotation to select sequences
2052             does not propagate to associated trees</li>
2053           <li>Mac OSX specific issues:
2054             <ul>
2055               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2056                 window background</li>
2057               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2058                 name set correctly</li>
2059               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2060                 save feature colourscheme button</li>
2061             </ul>
2062           </li>
2063         </ul>
2064       </td>
2065     </tr>
2066     <tr>
2067
2068       <td>
2069         <div align="center">
2070           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2071         </div>
2072       </td>
2073       <td><em>New Capabilities</em>
2074         <ul>
2075           <li>URL links generated from description line for
2076             regular-expression based URL links (applet and application)
2077
2078
2079
2080
2081
2082
2083           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2084             menu</li>
2085           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2086             structures</li>
2087           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2088             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2089           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2090             average score or total feature count for each sequence.</li>
2091           <li>Shading features by score or associated description</li>
2092           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2093             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2094           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2095             hide everything but the currently selected region.</li>
2096           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2097         </ul> <em>Application</em>
2098         <ul>
2099           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2100             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2101           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2102             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2103           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2104             database references and protein_name is parsed as
2105             description line (BioSapiens terms).</li>
2106           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2107             references in sequence ID tooltip from View menu in
2108             application.</li>
2109           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2110                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2111           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2112             conservation plots</li>
2113           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2114             and visualized as sequence logos</li>
2115           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2116             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2117           </li>
2118           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2119             when a new tree is opened.</li>
2120           <li>Jalview Java Console</li>
2121           <li>Better placement of desktop window when moving
2122             between different screens.</li>
2123           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2124             consensus annotation</li>
2125           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2126             Workflows</li>
2127           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2128             <ul>
2129               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2130                 used to preserve views, structures, and tree display
2131                 settings)</li>
2132               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2133                 command line</li>
2134               <li>Sharing of selected regions between views and
2135                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2136               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2137             </ul></li>
2138         </ul> <em>Applet</em>
2139         <ul>
2140           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2141           <li>New Parameters
2142             <ul>
2143               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2144                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2145                 opened.</li>
2146               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2147                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2148               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2149                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2150               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2151                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2152                 view</li>
2153               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2154                 increase the height or width of a cell in the alignment
2155                 grid relative to the current font size.</li>
2156             </ul>
2157           </li>
2158           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2159             tooltip</li>
2160         </ul> <em>Other</em>
2161         <ul>
2162           <li>Features format: graduated colour definitions and
2163             specification of feature scores</li>
2164           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2165             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2166             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2167           <li>XML formats extended to support graduated feature
2168             colourschemes, group associated annotation, and profile
2169             visualization settings.</li></td>
2170       <td>
2171         <ul>
2172           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2173             rather than description</li>
2174           <li>Non-positional features are now included in sequence
2175             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2176             visibility in tooltip).</li>
2177           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2178           <li>Added URL embedding instructions to features file
2179             documentation.</li>
2180           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2181             'X' in peptide product</li>
2182           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2183             sequence ID and sequence string and query strings do not
2184             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2185           <li>AMSA files only contain first column of
2186             multi-character column annotation labels</li>
2187           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2188             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2189             exported and re-imported)</li>
2190           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2191             name</li>
2192           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2193             as subsequence matches, and correctly reports total number
2194             of both.</li>
2195           <li>Application:
2196             <ul>
2197               <li>Better handling of exceptions during sequence
2198                 retrieval</li>
2199               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2200                 link text excludes the start_end suffix</li>
2201               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2202                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2203               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2204               <li>Sequence description lines properly shared via
2205                 VAMSAS</li>
2206               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2207                 data sources</li>
2208               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2209                 completes before alignment figures are generated.</li>
2210               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2211                 first time.</li>
2212               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2213                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2214               <li>User defined group colours properly recovered
2215                 from Jalview projects.</li>
2216             </ul>
2217           </li>
2218         </ul>
2219       </td>
2220
2221     </tr>
2222     <tr>
2223       <td>
2224         <div align="center">
2225           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2226         </div>
2227       </td>
2228       <td>
2229         <ul>
2230           <li>Experimental support for google analytics usage
2231             tracking.</li>
2232           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2233         </ul>
2234       </td>
2235       <td>
2236         <ul>
2237           <li>Race condition in applet preventing startup in
2238             jre1.6.0u12+.</li>
2239           <li>Exception when feature created from selection beyond
2240             length of sequence.</li>
2241           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2242           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2243             all sequences with a given id</li>
2244           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2245             ID string searches</li>
2246           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2247             alignment to fail with exception</li>
2248         </ul> <em>Application Issues</em>
2249         <ul>
2250           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2251           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2252             data sources</li>
2253         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2254         <ul>
2255           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2256             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2257           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2258             version (java class versioning error fixed)</li>
2259         </ul>
2260       </td>
2261     </tr>
2262     <tr>
2263       <td>
2264
2265         <div align="center">
2266           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2267         </div>
2268       </td>
2269       <td><em>User Interface</em>
2270         <ul>
2271           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2272             translation and protein products</li>
2273           <li>Linked highlighting of structure associated with
2274             residue mapping to codon position</li>
2275           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2276             and 'clear' button</li>
2277           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2278             Tools menu</li>
2279           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2280             numeric data in description line</li>
2281           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2282           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2283             of sequence</li>
2284         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2285         <ul>
2286           <li>JPred3 web service</li>
2287           <li>Prototype sequence search client (no public services
2288             available yet)</li>
2289           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2290             PFAM</li>
2291           <li>URL Links created for matching database cross
2292             references as well as sequence ID</li>
2293           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2294         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2295         <ul>
2296           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2297             databases</li>
2298           <li>Generalised database reference retrieval and
2299             validation to all fetchable databases</li>
2300           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2301             sequence command</li>
2302         </ul> <em>Import and Export</em>
2303         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2304         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2305           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2306         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2307           File</li>
2308         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2309           triplet as name of colourscheme</li>
2310         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2311         <ul>
2312           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2313           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2314             alignments (experimental)</li>
2315           <li>Create new or select existing session to join</li>
2316           <li>load and save of vamsas documents</li>
2317         </ul> <em>Application command line</em>
2318         <ul>
2319           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2320             from applet)</li>
2321           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2322             of DAS servers to query for alignment features</li>
2323           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2324             that are also automatically queried for features</li>
2325           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2326             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2327         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2328         <ul>
2329           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2330             application (when using &quot;View in full
2331             application&quot;)</li>
2332         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2333         <ul>
2334           <li>feature group display control parameter</li>
2335           <li>debug parameter</li>
2336           <li>showbutton parameter</li>
2337         </ul> <em>Applet API methods</em>
2338         <ul>
2339           <li>newView public method</li>
2340           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2341           <li>Feature display control methods</li>
2342           <li>get list of currently selected sequences</li>
2343         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2344         <ul>
2345           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2346           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2347             Jalview release.</li>
2348           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2349             property controls execution of obfuscator</li>
2350           <li>Build target for generating source distribution</li>
2351           <li>Debug flag for javacc</li>
2352           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2353             jalview.bin.Cache</li>
2354           <li>Continuous Build Integration for stable and
2355             development version of Application, Applet and source
2356             distribution</li>
2357         </ul></td>
2358       <td>
2359         <ul>
2360           <li>selected region output includes visible annotations
2361             (for certain formats)</li>
2362           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2363             for editing</li>
2364           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2365           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2366           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2367           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2368             comments</li>
2369           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2370             filenames containing a ':'</li>
2371           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2372             global sequence features</li>
2373           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2374             references from alignment sequences goes to zero</li>
2375           <li>Close of tree branch colour box without colour
2376             selection causes cascading exceptions</li>
2377           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2378           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2379             file parsing fails.</li>
2380           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2381           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2382             not a valid output format</li>
2383           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2384             vamsas</li>
2385           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2386           <li>error messages passed up and output when data read
2387             fails</li>
2388           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2389             sequence is edited</li>
2390           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2391             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2392           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2393             filetype</li>
2394           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2395             import fixed for PFAM records</li>
2396           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2397             window list</li>
2398           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2399             can be read and written correctly to annotation file</li>
2400           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2401             correctly</li>
2402           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2403             non-italic font for representatives in Applet</li>
2404           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2405             Macs.</li>
2406           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2407             Applet)</li>
2408           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2409             due to null pointer exceptions</li>
2410           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2411             first column of alignment</li>
2412           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2413             July 2008</li>
2414           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2415             file is case-insensitive</li>
2416           <li>Sequence features read from Features file appended to
2417             all sequences with matching IDs</li>
2418           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2419             containing a sub-sequence</li>
2420           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2421           <li>feature and annotation file applet parameters
2422             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2423           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2424           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2425             splash-screen version check to complete</li>
2426           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2427             when passing them to the launchApp service</li>
2428           <li>display name and local features preserved in results
2429             retrieved from web service</li>
2430           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2431             sequence fetcher initialisation</li>
2432           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2433             dasobert DAS client</li>
2434           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2435             association</li>
2436           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2437             sequences
2438           </li>
2439         </ul>
2440       </td>
2441     </tr>
2442     <tr>
2443       <td>
2444         <div align="center">
2445           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2446         </div>
2447       </td>
2448       <td>
2449         <ul>
2450           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2451           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2452           <li>Slide sequences</li>
2453           <li>Edit sequence in place</li>
2454           <li>EMBL CDS features</li>
2455           <li>DAS Feature mapping</li>
2456           <li>Feature ordering</li>
2457           <li>Alignment Properties</li>
2458           <li>Annotation Scores</li>
2459           <li>Sort by scores</li>
2460           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2461         </ul>
2462       </td>
2463       <td>
2464         <ul>
2465           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2466           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2467           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2468           <li>Feature group display state in XML</li>
2469           <li>Feature ordering in XML</li>
2470           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2471           <li>Stockholm alignment properties</li>
2472           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2473           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2474           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2475           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2476         </ul>
2477       </td>
2478
2479     </tr>
2480     <tr>
2481       <td>
2482         <div align="center">
2483           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2484         </div>
2485       </td>
2486       <td>
2487         <ul>
2488           <li>Non standard characters can be read and displayed
2489           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2490             applet via textbox
2491           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2492             name &amp; description
2493           <li>Preference setting to display sequence name in
2494             italics
2495           <li>Annotation file format extended to allow
2496             Sequence_groups to be defined
2497           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2498             specified in preferences
2499           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2500             sequences
2501         </ul>
2502       </td>
2503       <td>
2504         <ul>
2505           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2506             installed
2507           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2508           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2509         </ul>
2510       </td>
2511     </tr>
2512     <tr>
2513       <td>
2514         <div align="center">
2515           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2516         </div>
2517       </td>
2518       <td>
2519         <ul>
2520           <li>Multiple views on alignment
2521           <li>Sequence feature editing
2522           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2523           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2524           <li>Background dependent text colour
2525           <li>Right align sequence ids
2526           <li>User-defined lower case residue colours
2527           <li>Format Menu
2528           <li>Select Menu
2529           <li>Menu item accelerator keys
2530           <li>Control-V pastes to current alignment
2531           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2532           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2533           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2534
2535
2536
2537
2538
2539
2540           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2541         </ul>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2546           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2547             calculations
2548           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2549             edits
2550           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2551             of alignment)
2552           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2553
2554
2555
2556
2557
2558
2559           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2560             display correctly
2561           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2562           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2563             analysis results
2564           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2565             &#8739;
2566           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2567           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2568           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2569
2570
2571
2572
2573
2574
2575         </ul>
2576       </td>
2577     </tr>
2578     <tr>
2579       <td>
2580         <div align="center">
2581           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2582         </div>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <ul>
2586           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2587         </ul>
2588       </td>
2589       <td>
2590         <ul>
2591           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2592             sequence id panel has been resized</li>
2593           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2594             rendered</li>
2595           <li>Annotation files with sequence references - all
2596             elements in file are relative to sequence position</li>
2597           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2598         </ul>
2599       </td>
2600     </tr>
2601     <tr>
2602       <td>
2603         <div align="center">
2604           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2605         </div>
2606       </td>
2607       <td>
2608         <ul>
2609           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2610           <li>DAS Feature fetching</li>
2611           <li>Hide sequences and columns</li>
2612           <li>Export Annotations and Features</li>
2613           <li>GFF file reading / writing</li>
2614           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2615             files</li>
2616           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2617           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2618           <li>Applet can launch the full application</li>
2619           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2620             required)</li>
2621           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2622           <li>Applet can load sequences from parameter
2623             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2624           </li>
2625         </ul>
2626       </td>
2627       <td>
2628         <ul>
2629           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2630           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2631           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2632         </ul>
2633       </td>
2634     </tr>
2635     <tr>
2636       <td>
2637         <div align="center">
2638           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2639         </div>
2640       </td>
2641       <td>
2642         <ul>
2643           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2644           <li>Choose to match case when searching</li>
2645           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2646             expand the visible width and height of the alignment</li>
2647         </ul>
2648       </td>
2649       <td>
2650         <ul>
2651           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2652         </ul>
2653       </td>
2654     </tr>
2655     <tr>
2656       <td>
2657         <div align="center">
2658           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2659         </div>
2660       </td>
2661       <td>&nbsp;</td>
2662       <td>
2663         <ul>
2664           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2665           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2666             value</li>
2667         </ul>
2668       </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td>
2672         <div align="center">
2673           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2674         </div>
2675       </td>
2676       <td>
2677         <ul>
2678           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2679           <li>Keyboard editing</li>
2680           <li>Create sequence features from searches</li>
2681           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2682             alignments</li>
2683           <li>Features file allows grouping of features</li>
2684           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2685           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2686           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2687         </ul>
2688       </td>
2689       <td>
2690         <ul>
2691           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2692           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2693             descriptions saved.</li>
2694         </ul>
2695       </td>
2696     </tr>
2697     <tr>
2698       <td>
2699         <div align="center">
2700           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2701         </div>
2702       </td>
2703       <td>
2704         <ul>
2705           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2706           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2707           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2708             name for file output</li>
2709           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2710           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2711             used for HTML form input</li>
2712         </ul>
2713       </td>
2714       <td>
2715         <ul>
2716           <li>HTML output writes groups and features</li>
2717           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2718           <li>File IO bugs</li>
2719         </ul>
2720       </td>
2721     </tr>
2722     <tr>
2723       <td>
2724         <div align="center">
2725           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2726         </div>
2727       </td>
2728       <td>
2729         <ul>
2730           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2731           <li>More options for PCA viewer</li>
2732         </ul>
2733       </td>
2734       <td>
2735         <ul>
2736           <li>GUI bugs resolved</li>
2737           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2738         </ul>
2739       </td>
2740     </tr>
2741     <tr>
2742       <td height="63">
2743         <div align="center">
2744           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2745         </div>
2746       </td>
2747       <td>
2748         <ul>
2749           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2750           <li>Jar files are executable</li>
2751           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2752         </ul>
2753       </td>
2754       <td>
2755         <ul>
2756           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2757           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2758           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2759         </ul>
2760       </td>
2761     </tr>
2762     <tr>
2763       <td>
2764         <div align="center">
2765           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2766         </div>
2767       </td>
2768       <td>
2769         <ul>
2770           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2771         </ul>
2772       </td>
2773       <td>
2774         <ul>
2775           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2776         </ul>
2777       </td>
2778     </tr>
2779     <tr>
2780       <td>
2781         <div align="center">
2782           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2783         </div>
2784       </td>
2785       <td>
2786         <ul>
2787           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2788             size</li>
2789         </ul>
2790       </td>
2791       <td>
2792         <ul>
2793           <li>Improved JPred client reliability</li>
2794           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2795         </ul>
2796       </td>
2797     </tr>
2798     <tr>
2799       <td>
2800         <div align="center">
2801           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2802         </div>
2803       </td>
2804       <td>
2805         <ul>
2806           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2807           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2808           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2809             to Colour Menu</li>
2810           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2811           <li>Unix users can set default web browser</li>
2812           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2813           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2814         </ul>
2815       </td>
2816       <td>
2817         <ul>
2818           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2819         </ul>
2820       </td>
2821     </tr>
2822     <tr>
2823       <td>
2824         <div align="center">
2825           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2826         </div>
2827       </td>
2828       <td>&nbsp;</td>
2829       <td>
2830         <ul>
2831           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2832             alignment order.</li>
2833         </ul>
2834       </td>
2835     </tr>
2836     <tr>
2837       <td>
2838         <div align="center">
2839           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2840         </div>
2841       </td>
2842       <td>
2843         <ul>
2844           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2845           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2846           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2847             annotations.</li>
2848           <li>Version and build date written to build properties
2849             file.</li>
2850           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2851             at launch of Jalview.</li>
2852         </ul>
2853       </td>
2854       <td>
2855         <ul>
2856           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2857           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2858           <li>Can remove groups one by one.</li>
2859           <li>Filechooser icons installed.</li>
2860           <li>Finder ignores return character when searching.
2861             Return key will initiate a search.<br>
2862           </li>
2863         </ul>
2864       </td>
2865     </tr>
2866     <tr>
2867       <td>
2868         <div align="center">
2869           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2870         </div>
2871       </td>
2872       <td>
2873         <ul>
2874           <li>New codebase</li>
2875         </ul>
2876       </td>
2877       <td>&nbsp;</td>
2878     </tr>
2879   </table>
2880   <p>&nbsp;</p>
2881 </body>
2882 </html>