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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
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  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
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  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
 100           <em>Testing and Deployment</em>
 101           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <em>General</em>
 106           <ul>
 107             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 108             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 109             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 110             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 111           </ul>
 112           <em>Desktop</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 115             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 116             </li>
 117             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 118             </li>
 119             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 120             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 121             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 122             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 123             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 124             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 125             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 126             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 127             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 128             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 129             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 130             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 131             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 132             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 133             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 134             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 135            </ul>
 136           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 137            <ul>
 138             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 139           </ul>
 140           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 141           <ul>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 144           </li>
 145           </ul>
 146           </div>
 147       </td>
 148     </tr>
 149     <tr>
 150       <td width="60" nowrap>
 151         <div align="center">
 152           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 153             <em>2/10/2017</em></strong>
 154         </div>
 155       </td>
 156       <td><div align="left">
 157           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 158           <ul>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 161             </li>
 162             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 163             </li>
 164           </ul>
 165         </div></td>
 166       <td><div align="left">
 167         </div></td>
 168     </tr>
 169     <tr>
 170       <td width="60" nowrap>
 171         <div align="center">
 172           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 173             <em>7/9/2017</em></strong>
 174         </div>
 175       </td>
 176       <td><div align="left">
 177           <em></em>
 178           <ul>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 181               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 182               white)
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 186               Preferences
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 190               in size and progress bar shown as higher resolution
 191               overview is recalculated
 192             </li>
 193
 194           </ul>
 195         </div></td>
 196       <td><div align="left">
 197           <em></em>
 198           <ul>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 201               column region row by row
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 205               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 209               format setting is unticked
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 213               if group has show boxes format setting unticked
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 217               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 218               include sequences and columns not currently displayed
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 222               assemblies are imported via CIF file
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 226               displayed when threshold or conservation colouring is also
 227               enabled.
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 231               server version
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 235               dragging a selected region off the visible region of the
 236               alignment
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 240               colourscheme to all groups in a view
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 244               initially after font size change using the Font chooser or
 245               middle-mouse zoom
 246             </li>
 247           </ul>
 248         </div></td>
 249     </tr>
 250     <tr>
 251       <td width="60" nowrap>
 252         <div align="center">
 253           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 254         </div>
 255       </td>
 256       <td><div align="left">
 257           <em>Calculations</em>
 258           <ul>
 259
 260             <li>
 261               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 262               ungapped positions in each column of the alignment.
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 266               a calculation dialog box
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 270               and memory efficiency (~30x faster)
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 274               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 275               and other calculations
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 279               files within the Jalview codebase
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 283               Similarity may have different topology due to increased
 284               precision
 285             </li>
 286           </ul>
 287           <em>Rendering</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 291               model for alignments and groups
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 295               scripts
 296             </li>
 297           </ul>
 298           <em>Overview</em>
 299           <ul>
 300             <li>
 301               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 302               with alignment and overview windows
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 306               overview
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 310               omitted in Overview
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 314               adjustment of visible position
 315             </li>
 316           </ul>
 317
 318           <em>Data import/export</em>
 319           <ul>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 322               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 326               annotation input/output via stockholm flatfile
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 330               extension when importing structure files without embedded
 331               names or PDB accessions
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 335               format sequence substitution matrices
 336             </li>
 337           </ul>
 338           <em>User Interface</em>
 339           <ul>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 342               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 343               the application.
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 347               via Overview or sequence motif search operations
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 351               opened by double clicking gaps within sequence feature
 352               extent
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 356               aligned positions were available to create a 3D structure
 357               superposition.
 358             </li>
 359           </ul>
 360           <em>3D Structure</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 364               coloured in linked structure views
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 368               file-based command exchange
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 372               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 373               structures are already available for sequences
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 377               the Jalview project rather than downloaded again when the
 378               project is reopened.
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 382               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 383               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 384                 Feature</strong>)
 385             </li>
 386           </ul>
 387           <em>Web Services</em>
 388           <ul>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 394               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 395               Analysis services
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 399               cross-references provided by identifiers.org and the
 400               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 401             </li>
 402           </ul>
 403
 404           <em>Scripting</em>
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 408               identifying file formats (instead of String constants)
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 412               efficiency when counting all displayed features (not
 413               backwards compatible with 2.10.1)
 414             </li>
 415           </ul>
 416           <em>Example files</em>
 417           <ul>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 420               included in the example feature file
 421             </li>
 422           </ul>
 423           <em>Documentation</em>
 424           <ul>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 427               with the built-in Java help viewer
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 431               sequence description' option
 432             </li>
 433           </ul>
 434           <em>Test Suite</em>
 435           <ul>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 438               Uniprot REST Free Text Search Client
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 445               during tests
 446             </li>
 447           </ul>
 448         </div></td>
 449       <td><div align="left">
 450           <em>Calculations</em>
 451           <ul>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 454               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 455               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 456             </li>
 457             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 458               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 459               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 460               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 461               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 462               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 463               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 464               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 465               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 466               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 467               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 468               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 469               // for 2.10.1 mode <br />
 470               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 471               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 472                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 473                 calculations (not recommended)</em></li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 476               scaling of branch lengths for trees computed using
 477               Sequence Feature Similarity.
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 481               generating output report when working with highly
 482               redundant alignments
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 486               right of selected region when gaps present on right-hand
 487               boundary
 488             </li>
 489           </ul>
 490           <em>User Interface</em>
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 494               doesn't reselect a specific sequence's associated
 495               annotation after it was used for colouring a view
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 499               opened on a region of alignment without groups
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 503               of an alignment with overlapping groups
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 507               name and description match
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 511               hidden regions results in incorrect hidden regions
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 515               changing colour does not apply Conservation slider value
 516               to all groups
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 520               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 524               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 528               gaps before start of features
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 532               restored to UI when feature colour is edited
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 536               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 540               as graduate feature colour settings are modified via the
 541               dialog box
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 545               when a group defined on the alignment is resized
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 549               wrapped view result in positional status updates
 550             </li>
 551
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 554               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 558               alignment included gapped columns
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 562               widgets don't permanently disappear
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 566               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 567               T-Coffee column reliability scores)
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 571               sequence feature on gaps only
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 575               button from a Find inherit previously defined feature type
 576               rather than the Find query string
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 580               exporting tree calculated in Jalview
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 584               and then revealing them reorders sequences on the
 585               alignment
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 589               doesn't update to reflect available set of groups after
 590               interactively adding or modifying features
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 594               Linux
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 598               only excluded gaps in current sequence and ignored
 599               selection.
 600             </li>
 601           </ul>
 602           <em>Rendering</em>
 603           <ul>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 606               erratically when hidden rows or columns are present
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 610               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 611               sequence colouring
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 615               colour and group colour menu for protein alignments
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 619               reflect currently selected view or group's shading
 620               thresholds
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 624               when rendered on overview and structures when opacity at
 625               100%
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 629               overview when features overlaid on alignment
 630             </li>
 631           </ul>
 632           <em>Data import/export</em>
 633           <ul>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 636               load
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 640               added after a sequence was imported are not written to
 641               Stockholm File
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 645               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 649               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 653               with lightGray or darkGray via features file (but can
 654               specify lightgray)
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 658               when alignment view imported from project
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 662               structure and sequences extracted from structure files
 663               imported via URL and viewed in Jmol
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 667               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 668               the project is loaded and the structure viewed
 669             </li>
 670           </ul>
 671           <em>Web Services</em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 675               release of Ensembl v.88
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 679               appear enabled in Preferences->Connections
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 683               removed from console output
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 687               Ensembl by Peptide ID
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 691               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 692               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 693               due to 'null' string rather than empty string used for
 694               residues with no corresponding PDB mapping).
 695             </li>
 696           </ul>
 697           <em>Application UI</em>
 698           <ul>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 701               menu
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 705               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 706               new documentation and tooltips added)
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 710               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 714               new features are added to alignment
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 718               changes to feature colours via the Amend features dialog
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 722               edit graduated feature colour via amend features dialog
 723               box
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 727               selection menu changes colours of alignment views
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 731               from alignment calculation workers after alignment has
 732               been closed
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 736               groups now 'Create Group'
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 740               Create/Undefine group doesn't always work
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 744               shown again after pressing 'Cancel'
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 748               adjusts start position in wrap mode
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 752               ambiguous amino acids
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 756               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 757               proteins
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 761               Defined' don't appear in Colours menu
 762             </li>
 763           </ul>
 764           <em>Applet</em>
 765           <ul>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 768               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 772               overview or linked structure view
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 776               work (since 2.8)
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 780               user-defined colourscheme doesn't restore original
 781               colourscheme
 782             </li>
 783           </ul>
 784           <em>Test Suite</em>
 785           <ul>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 788               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 792               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 793               problems with deep array comparison equality asserts in
 794               successive versions of TestNG
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 798               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 799             </li>
 800           </ul>
 801           <em>New Known Issues</em>
 802           <ul>
 803             <li>
 804               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 805               phase after a sequence motif find operation
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 809               containing just upper and lower case letters are
 810               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 814               reliably from eggnog Ortholog database
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 818               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 819               to mark columns containing highlighted regions.
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 823               doesn't always add secondary structure annotation.
 824             </li>
 825           </ul>
 826         </div>
 827     <tr>
 828       <td width="60" nowrap>
 829         <div align="center">
 830           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 831         </div>
 832       </td>
 833       <td><div align="left">
 834           <em>General</em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 838               for all consensus calculations
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 842               3rd Oct 2016)
 843             </li>
 844             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 845               for 2016-2017</li>
 846           </ul>
 847           <em>Application</em>
 848           <ul>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 851               set of database cross-references, sorted alphabetically
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 855               from database cross references. Users with custom links
 856               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 857                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 861               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 862               Chimera session
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 866               the Chimera it is connected to is shut down
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 870               columns menu item to mark columns containing highlighted
 871               regions (e.g. from structure selections or results of a
 872               Find operation)
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 876               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 877               MSAviewer
 878             </li>
 879           </ul>
 880         </div></td>
 881       <td>
 882         <div align="left">
 883           <em>General</em>
 884           <ul>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 887               are not coloured or thresholded according to percent
 888               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 892               hydrophobic
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 896               threshold, amino acid properties)
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 900               reported as mapped to residues in a structure file in the
 901               View Mapping report
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 905               could be added multiple times to a sequence
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 909               bond features shown as two highlighted residues rather
 910               than a range in linked structure views, and treated
 911               correctly when selecting and computing trees from features
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 915               cross-references are matched to database name regardless
 916               of case
 917             </li>
 918
 919           </ul>
 920           <em>Application</em>
 921           <ul>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 924               names without regular expressions also offer links from
 925               Sequence ID
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 929               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 930               update Jalview configuration
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 934               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 938               files with similarly named sequences if dropped onto the
 939               alignment
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 943               entries where more chains exist in the PDB accession than
 944               are reported in the SIFTS file
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 948               the structure view when displayed with Chimera
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 952               panel's View->Show Chains submenu
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 956               work for wrapped alignment views
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 960               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 964               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 965               first annotation row
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 969               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 973               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 974             </li>
 975             <!-- JAL-2319 -->
 976             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 977             coordindate data
 978             </li>
 979           </ul>
 980           <!--           <em>New Known Issues</em>
 981           <ul>
 982             <li></li>
 983           </ul> -->
 984         </div>
 985       </td>
 986     </tr>
 987     <td width="60" nowrap>
 988       <div align="center">
 989         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 990           <em>25/10/2016</em></strong>
 991       </div>
 992     </td>
 993     <td><em>Application</em>
 994       <ul>
 995         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 996           view if structures already loaded</li>
 997         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 998           structure views</li>
 999       </ul></td>
1000     <td>
1001       <div align="left">
1002         <em>General</em>
1003         <ul>
1004           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1005             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1006           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1007             example sequences/projects/trees</li>
1008         </ul>
1009         <em>Application</em>
1010         <ul>
1011           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1012             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1013           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1014             without timeout for structures with multiple models or
1015             multiple sequences in alignment</li>
1016           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1017             PDB ID HEADER line</li>
1018           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1019             is performed</li>
1020           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1021             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1022           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1023           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1024             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1025             option</li>
1026           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1027             is created on the alignment</li>
1028           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1029             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1030             pop-up menu</li>
1031         </ul>
1032         <em>Build and deployment</em>
1033         <ul>
1034           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1035             tags</li>
1036         </ul>
1037         <em>New Known Issues</em>
1038         <ul>
1039           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1040             on Windows</li>
1041         </ul>
1042       </div>
1043     </td>
1044     </tr>
1045     <tr>
1046       <td width="60" nowrap>
1047         <div align="center">
1048           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1049         </div>
1050       </td>
1051       <td><em>General</em>
1052         <ul>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1058             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1059             better PDB parsing.
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1063             reference sequence
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1067             mousing over sequence associated annotation
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1071             for manual entry
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1075             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1076             for each column
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1080             showing or hiding columns containing a feature
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1084             group and sequence associated annotation labels
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1088             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1089             dialogs
1090           </li>
1091
1092         </ul> <em>Application</em>
1093         <ul>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1096             gene/transcript view
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1100             dialog
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1104             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1108             Pfam sources to xfam.org
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1115             over sequences in Jalview
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1119             regions in ENA and EMBL
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1123             for record retrieval via ENA rest API
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1127             complement operator
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1131             groovy script execution
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1135             alignment window's Calculate menu
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1139             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1143             calculation workers from groovy scripts
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1147             Jalview projects
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1151             associations are now saved/restored from project
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1155             before sequence fetcher is opened
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1159             database chooser opens a sequence fetcher
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1163             the UniProt REST API
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1167             the news reader opening
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1171             querying stored in preferences
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1175             search results
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1182             menu for nucleotide sequences
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1186             and feature counts preserves alignment ordering (and
1187             debugged for complex feature sets).
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1191             viewing structures with Jalview 2.10
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1195             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1196             Ensembl Genomes REST API
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1200             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1201             (Ensembl)
1202           </li>
1203           <li>
1204             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1205             sequences
1206           </li>
1207           <li>
1208             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1209             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1210             data from external database records.
1211           </li>
1212           <li>
1213             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1214             efficient recovery of sequence coding and alignment
1215             annotation relationships.
1216           </li>
1217         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1218         <ul>
1219           <li>
1220             -- JAL---
1221           </li>
1222         </ul> --></td>
1223       <td>
1224         <div align="left">
1225           <em>General</em>
1226           <ul>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1229               menu on OSX
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1233               includes graduated colourschemes
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1237               working with big alignments and lots of hidden columns
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1241               at right of alignment window
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1245               contents
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1249               for DNA alignments
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1253               based tree calculation
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1257               unconserved enabled for group on alignment
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1261               set as reference
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1265               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1266               annotation
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1270               hidden columns present
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1274               user created annotation added to alignment
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1278               '()' base pair annotation
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1282               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1283               Consensus
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1287               feature not working
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1291               beginning of sequence
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1295               entry 3a6s
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1299               from a tree when t-coffee scores are shown
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1303               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1307               some structures
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1311               to Clustal, PIR and PileUp output
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1315               not visible causes alignment window to repaint
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1319               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1320               scores associated with features and annotation rows
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1324               calculation should be case independent
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1328               columns
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1332               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1333               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1337               problems when reference sequence defined and 'show
1338               non-conserved' enabled
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1342               load even when Consensus calculation is disabled
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1346               alignment does nothing
1347             </li>
1348           </ul>
1349           <em>Application</em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1353               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1354               yet fixed for El Capitan)
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1358               output when running on non-gb/us i18n platforms
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1362               hidden sequences as flat-file alignment
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1366               launching Chimera
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1370               (also hotfix for 2.9.0b2)
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1374               reference sequence defined
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1378               alignments and views when revealing hidden columns
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1382               view in a cDNA/Protein splitframe
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1386               sequence from project when only one sequence is
1387               represented
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1391               in Structure Chooser
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1395               structure consensus didn't refresh annotation panel
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1399               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1403               dialogs format columns correctly, don't display array
1404               data, sort columns according to type
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1408               file chooser is cancelled during an image export
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1412               sequence name containing special characters
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1416               case insensitive
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1420               formatting don't wrap
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1424               truncated so L looks like I in consensus annotation
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1428               currently displayed features for the current selection or
1429               view
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1433               after fetching cross-references, and restoring from
1434               project
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1438               followed in the structure viewer
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1442               splitframe not restored from project
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1446               trailing end of protein alignment in transcript/product
1447               splitview when pad-gaps not enabled by default
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1451               is case dependent
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1455               article has been read (reopened issue due to
1456               internationalisation problems)
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1460               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1461               cross-references
1462             </li>
1463
1464             <li>
1465               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1466               alignment as HTML
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1470               multiple structures are shown for one or more sequences.
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1474               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1475               is enabled.
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1479               specific PDB id for sequence
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1483               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1484               columns' is disabled.
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1488               selects lowest rather than highest resolution structures
1489               for each sequence
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1493               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1497               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1501               after clicking on it to create new annotation for a
1502               column.
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1506               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1507             </li>
1508             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1509             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1510           </ul>
1511           <em>Applet</em>
1512           <ul>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1515               hidden columns present before start of sequence
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1519               (JSON jars)
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1523               sequences are hidden in applet
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1527               deployment on examples pages.
1528             </li>
1529           </ul>
1530         </div>
1531       </td>
1532     </tr>
1533     <tr>
1534       <td width="60" nowrap>
1535         <div align="center">
1536           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1537             <em>16/10/2015</em></strong>
1538         </div>
1539       </td>
1540       <td><em>General</em>
1541         <ul>
1542           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1543             jars</li>
1544         </ul></td>
1545       <td>
1546         <div align="left">
1547           <em>Application</em>
1548           <ul>
1549             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1550               shown when tree is partitioned</li>
1551             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1552               multiple cDNA/Protein split views</li>
1553           </ul>
1554         </div>
1555       </td>
1556     </tr>
1557     <tr>
1558       <td width="60" nowrap>
1559         <div align="center">
1560           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1561             <em>8/10/2015</em></strong>
1562         </div>
1563       </td>
1564       <td><em>General</em>
1565         <ul>
1566           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1567             2.9</li>
1568         </ul> <em>Application</em>
1569         <ul>
1570           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1571           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1572           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1573         </ul> <em>Applet</em>
1574         <ul>
1575           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1576         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1577         <ul>
1578           <li>
1579             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1580             suite
1581           </li>
1582         </ul></td>
1583       <td>
1584         <div align="left">
1585           <em>General</em>
1586           <ul>
1587             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1588               incorrect when sequence start > 1</li>
1589             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1590               documentation</li>
1591             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1592             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1593               loading a features file containing HTML tags in feature
1594               description</li>
1595
1596           </ul>
1597           <em>Application</em>
1598           <ul>
1599             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1600               reimport</li>
1601             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1602               with 'trim retrieved sequences'</li>
1603             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1604               deleting selected columns</li>
1605             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1606               JNLP templates for webstart launch</li>
1607             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1608               unreleased structures for download or viewing</li>
1609             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1610               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1611             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1612               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1613             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1614               recovered from jalview project</li>
1615             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1616               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1617               alignment view</li>
1618             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1619               color schemes from BioJSON</li>
1620           </ul>
1621           <em>Applet</em>
1622           <ul>
1623             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1624               frame</li>
1625             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1626           </ul>
1627         </div>
1628       </td>
1629     </tr>
1630     <tr>
1631       <td><div align="center">
1632           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1633         </div></td>
1634       <td><em>General</em>
1635         <ul>
1636           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1637             alignments:
1638             <ul>
1639               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1640                 and DNA alignment views</li>
1641               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1642                 cDNA alignment views</li>
1643               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1644                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1645               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1646                 protein sequences</li>
1647             </ul>
1648           </li>
1649           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1650           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1651             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1652           <li>New alignment annotation file statements for
1653             reference sequences and marking hidden columns</li>
1654           <li>Reference sequence based alignment shading to
1655             highlight variation</li>
1656           <li>Select or hide columns according to alignment
1657             annotation</li>
1658           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1659           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1660             acid conservation row</li>
1661           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1662         </ul> <em>Application</em>
1663         <ul>
1664           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1665             <ul>
1666               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1667                 view with cDNA/Protein</li>
1668               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1669                 sequences are placed in the same alignment</li>
1670               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1671                 projects</li>
1672             </ul>
1673           </li>
1674
1675           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1676           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1677             Jalview windows</li>
1678
1679           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1680           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1681           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1682             be shown in VARNA</li>
1683
1684           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1685             as the active selected region</li>
1686
1687           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1688             similarity</li>
1689           <li>New Export options
1690             <ul>
1691               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1692                 region export in flat file generation</li>
1693
1694               <li>Export alignment views for display with the <a
1695                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1696
1697               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1698               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1699                 alignment figures to HTML</li>
1700           </li>
1701           <li>3D structure retrieval and display
1702             <ul>
1703               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1704                 Search API</li>
1705               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1706                 PDB structures for a sequence set</li>
1707             </ul>
1708           </li>
1709
1710           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1711             predictions</li>
1712           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1713             for one or a group of sequences</li>
1714           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1715             from the JPred4 web server</li>
1716           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1717             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1718             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1719           </li>
1720           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1721             VARNA 2D Structure'</li>
1722           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1723             Structure ..."</li>
1724
1725         </ul> <em>Applet</em>
1726         <ul>
1727           <li>New layout for applet example pages</li>
1728           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1729             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1730           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1731             Protein alignments</li>
1732         </ul> <em>Development and deployment</em>
1733         <ul>
1734           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1735           <li>Include installation type and git revision in build
1736             properties and console log output</li>
1737           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1738             storing BioJsMSA Templates</li>
1739           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1740         </ul></td>
1741       <td>
1742         <!-- <em>General</em>
1743         <ul>
1744         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1745         <ul>
1746           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1747           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1748           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1749             predictions are not highlighted in amber</li>
1750           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1751             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1752           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1753             associated structure views</li>
1754           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1755             width checkbox not enabled</li>
1756           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1757             creating user defined colours</li>
1758           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1759             mappings for just that viewer's sequences</li>
1760           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1761             multiple models in Chimera</li>
1762           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1763             over Jmol structure</li>
1764           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1765             output to text box</li>
1766           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1767             have incorrect sequence start/end</li>
1768           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1769             Jalview fails</li>
1770           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1771             work for nucleotide</li>
1772           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1773             to a grey/invisible alignment window</li>
1774           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1775             imports to different position</li>
1776           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1777             on some platforms</li>
1778           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1779             populated</li>
1780           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1781             console if Chimera has been opened</li>
1782           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1783           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1784             retrieved</li>
1785           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1786           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1787             either sequence shows on first structure</li>
1788           <li>'Show annotations' options should not make
1789             non-positional annotations visible</li>
1790           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1791             in right place after 'view flanking regions'</li>
1792           <li>File Save As type unset when current file format is
1793             unknown</li>
1794           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1795             projects</li>
1796           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1797             responsive</li>
1798           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1799             several views on same alignment</li>
1800           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1801           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1802             spaces</li>
1803         </ul> <em>Applet</em>
1804         <ul>
1805           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1806           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1807             descriptions containing angle brackets</li>
1808         </ul> <em>General</em>
1809         <ul>
1810           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1811             via jalview annotation file</li>
1812           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1813             with RNA secondary structure</li>
1814           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1815             translation doesn't work.</li>
1816           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1817           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1818             positions</li>
1819           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1820             choosing 1pt font</li>
1821           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1822             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1823             'h'</li>
1824           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1825             new feature</li>
1826           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1827             order dependent</li>
1828           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1829             sequences</li>
1830           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1831         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1832         <ul>
1833           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1834             www.jalview.org</li>
1835         </ul> <em>Application Known issues</em>
1836         <ul>
1837           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1838           <li>Misleading message appears after trying to delete
1839             solid column.</li>
1840           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1841             version launches</li>
1842           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1843             fails with a sequence mismatch</li>
1844           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1845             scrolling alignment to right</li>
1846           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1847             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1848           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1849             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1850           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1851             ultra-high resolution</li>
1852           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1853             quality and conservation</li>
1854           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1855             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1856         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1857         <ul>
1858           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1859           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1860             window is being resized</li>
1861
1862         </ul>
1863       </td>
1864     </tr>
1865     <tr>
1866       <td><div align="center">
1867           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1868         </div></td>
1869       <td><em>General</em>
1870         <ul>
1871           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1872             Certum.PL.</li>
1873           <li>Features and annotation preserved when performing
1874             pairwise alignment</li>
1875           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1876             imported/exported/displayed</li>
1877           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1878             protein secondary structure</li>
1879           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1880               post-hoc with 2.9 release</em>)
1881           </li>
1882
1883         </ul> <em>Application</em>
1884         <ul>
1885           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1886             with 3D structures</li>
1887           <li>Support for parsing RNAML</li>
1888           <li>Annotations menu for layout
1889             <ul>
1890               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1891               <li>place sequence annotation above/below alignment
1892                 annotation</li>
1893             </ul>
1894           <li>Output in Stockholm format</li>
1895           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1896             translation</li>
1897           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1898           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1899             shared between alignments</li>
1900           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1901             Jalview</li>
1902           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1903             all or current selection</li>
1904           <li>disorder and secondary structure predictions
1905             available as dataset annotation</li>
1906           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1907
1908
1909           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1910             alignments from Rfam</li>
1911           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1912
1913           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1914             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1915           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1916           <li>include installation type in build properties and
1917             console log output</li>
1918           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1919             annotation</li>
1920         </ul></td>
1921       <td>
1922         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1923         <ul>
1924           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1925             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1926           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1927             alignment</li>
1928           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1929           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1930           <li>Double click on sequence associated annotation
1931             selects only first column</li>
1932           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1933             leaves shown in tree</li>
1934           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1935             properly</li>
1936           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1937           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1938             screen and buttons not visible</li>
1939           <li>author list isn't updated if already written to
1940             Jalview properties</li>
1941           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1942             from database</li>
1943           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1944           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1945             browser search window</li>
1946           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1947             in feature settings dialog</li>
1948           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1949             desktop</li>
1950           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1951             pass validation</li>
1952           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1953             fit on screen</li>
1954           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1955             tooltip</li>
1956           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1957             defined user preset</li>
1958           <li>MSA web services warns user if they were launched
1959             with invalid input</li>
1960           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1961             Java 8</li>
1962           <li>
1963             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1964             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1965             created
1966           </li>
1967
1968         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1969         <ul>
1970         </ul> <em>General</em>
1971         <ul>
1972         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1973         <ul>
1974           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1975             memory allocation</li>
1976           <li>launchApp service doesn't automatically open
1977             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1980             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1981             1.7_055 is available
1982           </li>
1983         </ul> <em>Application Known issues</em>
1984         <ul>
1985           <li>
1986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1987             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1988             alignment to right
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1992             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1993             with large number of ID
1994           </li>
1995           <li>
1996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1997             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1998             start/end
1999           </li>
2000           <li>
2001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2002             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2003             structure tracks are rearranged
2004           </li>
2005           <li>
2006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2007             invalid rna structure positional highlighting does not
2008             highlight position of invalid base pairs
2009           </li>
2010           <li>
2011             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2012             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2013             project from alignment window file menu
2014           </li>
2015           <li>
2016             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2017             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2018             structures
2019           </li>
2020           <li>
2021             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2022             colour by RNA Helices not enabled when user created
2023             annotation added to alignment
2024           </li>
2025           <li>
2026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2027             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2028           </li>
2029         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2030         <ul>
2031           <li>
2032             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2033             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2034           </li>
2035           <li>
2036             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2037             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2038           </li>
2039
2040           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2041             when selected</li>
2042         </ul>
2043       </td>
2044     </tr>
2045     <tr>
2046       <td><div align="center">
2047           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2048         </div></td>
2049       <td>
2050         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2051         <em>General</em>
2052         <ul>
2053           <li>Internationalisation of user interface (usually
2054             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2055           <li>Define/Undefine group on current selection with
2056             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2057           <li>Improved group creation/removal options in
2058             alignment/sequence Popup menu</li>
2059           <li>Sensible precision for symbol distribution
2060             percentages shown in logo tooltip.</li>
2061           <li>Annotation panel height set according to amount of
2062             annotation when alignment first opened</li>
2063         </ul> <em>Application</em>
2064         <ul>
2065           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2066             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2067           <li>Select columns containing particular features from
2068             Feature Settings dialog</li>
2069           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2070             sequences</li>
2071           <li>Update Jalview project format:
2072             <ul>
2073               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2074               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2075                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2076               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2077                 colouring</li>
2078             </ul>
2079           </li>
2080           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2081             (PAM250)</li>
2082           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2083             flanking regions for an alignment</li>
2084         </ul>
2085       </td>
2086       <td>
2087         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2088         <ul>
2089           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2090             running after job is cancelled</li>
2091           <li>cannot export features from alignments imported from
2092             Jalview/VAMSAS projects</li>
2093           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2094             float values</li>
2095           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2096             have 'display all symbols' flag set</li>
2097           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2098             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2099           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2100             Jalview</li>
2101           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2102             Lion/Webstart</li>
2103           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2104           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2105           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2106             alignment onto desktop</li>
2107           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2108             'extract scores' function</li>
2109           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2110             alignment window</li>
2111           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2112             performing IUPred disorder prediction</li>
2113           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2114             changing 'normalise logo' display setting</li>
2115           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2116             nothing matches query</li>
2117           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2118             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2119           </li>
2120           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2121             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2122           </li>
2123           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2124             Jalview's menu</li>
2125           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2126             'invalid literal/length code'</li>
2127           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2128             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2129           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2130             colourscheme</li>
2131
2132         </ul> <em>Applet</em>
2133         <ul>
2134           <li>Remove group option is shown even when selection is
2135             not a group</li>
2136           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2137             don't affect groups</li>
2138           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2139             colourscheme name</li>
2140           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2141             Annotation panel is not displayed</li>
2142           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2143             embedded windows</li>
2144         </ul> <em>Other</em>
2145         <ul>
2146           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2147             single sequence were not calculated</li>
2148           <li>annotation files that contain only groups imported as
2149             annotation and junk sequences</li>
2150           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2151             recognised as PFAM or BLC</li>
2152           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2153             doesn't affect background (2.8.0b1)
2154           <li></li>
2155           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2156           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2157             trailing gaps</li>
2158           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2159             registered correctly on import</li>
2160           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2161             certain alignments</li>
2162           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2163             existing annotation based 'use original colours'
2164             colourscheme loses original colours setting</li>
2165         </ul>
2166       </td>
2167     </tr>
2168     <tr>
2169       <td><div align="center">
2170           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2171             <em>30/1/2014</em></strong>
2172         </div></td>
2173       <td>
2174         <ul>
2175           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2176             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2177             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2178             open source project).
2179           </li>
2180           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2181           <li>Output in Stockholm format</li>
2182           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2183           <li>Export/import group and sequence associated line
2184             graph thresholds</li>
2185           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2186             ambiguity codes</li>
2187           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2188             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2189             works</li>
2190           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2191         </ul> <em>Other improvements</em>
2192         <ul>
2193           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2194           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2195             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2196           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2197             files</li>
2198           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2199           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2200             link but no description</li>
2201           <li>Select primary source when selecting authority in
2202             database fetcher GUI</li>
2203           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2204             Jalview</li>
2205           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2206         </ul>
2207       </td>
2208       <td>
2209         <ul>
2210           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2211             displayed</li>
2212           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2213             secondary structure annotation line</li>
2214           <li>Sequence database accessions not imported when
2215             fetching alignments from Rfam</li>
2216           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2217             identical IDs</li>
2218           <li>View all structures does not always superpose
2219             structures</li>
2220           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2221             reflect user or preset settings</li>
2222           <li>Null pointer exceptions for some services without
2223             presets or adjustable parameters</li>
2224           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2225             discover PDB xRefs</li>
2226           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2227             features with DAS</li>
2228           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2229             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2230           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2231             residue follows a gap</li>
2232           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2233             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2234           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2235             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2236           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2237             annotation already exists on alignment</li>
2238           <li>oninit javascript function should be called after
2239             initialisation completes</li>
2240           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2241             alignment window display</li>
2242           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2243           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2244             to annotation file</li>
2245           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2246             groups created</li>
2247           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2248             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2249           <li>Pressing return several times causes Number Format
2250             exceptions in keyboard mode</li>
2251           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2252             correct partitions for input data</li>
2253           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2254           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2255           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2256           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2257             mode</li>
2258           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2259             changes one row&#39;s threshold</li>
2260           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2261             doesn&#39;t open</li>
2262           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2263             quality histograms</li>
2264         </ul>
2265       </td>
2266     </tr>
2267     <tr>
2268       <td><div align="center">
2269           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2270         </div></td>
2271       <td><em>Application</em>
2272         <ul>
2273           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2274             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2275           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2276             preferences</li>
2277           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2278             in Jalview alignment window</li>
2279           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2280             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2281           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2282             RNA and ambiguity codes</li>
2283
2284           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2285           <li>Support fetching and database reference look up
2286             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2287             refs')</li>
2288           <li>Jalview project improvements
2289             <ul>
2290               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2291                 flag for annotation</li>
2292               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2293                 alignment</li>
2294               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2295                 Jalview project</li>
2296
2297             </ul>
2298           </li>
2299           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2300           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2301             running</li>
2302           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2303           <li>visual indication that web service results are still
2304             being retrieved from server</li>
2305           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2306             starts up for first time</li>
2307           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2308             services</li>
2309           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2310             client library</li>
2311           <li>Examples directory and Groovy library included in
2312             InstallAnywhere distribution</li>
2313         </ul> <em>Applet</em>
2314         <ul>
2315           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2316             visualization applet example</li>
2317         </ul> <em>General</em>
2318         <ul>
2319           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2320           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2321             defaults</li>
2322           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2323             calculation</li>
2324           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2325             matrices
2326           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2327             in HTML</li>
2328           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2329             structure contacts</li>
2330           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2331           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2332           <li>Parse sequence associated secondary structure
2333             information in Stockholm files</li>
2334           <li>HTML Export database accessions and annotation
2335             information presented in tooltip for sequences</li>
2336           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2337             style RNA alignment files</li>
2338           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2339             alignment</li>
2340           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2341             shade each sequence according to its associated alignment
2342             annotation</li>
2343           <li>New Jalview Logo</li>
2344         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2345         <ul>
2346           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2347           <li>New Website!</li>
2348         </ul></td>
2349       <td><em>Application</em>
2350         <ul>
2351           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2352             wsdbfetch REST service</li>
2353           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2354           <li>Filetype associations not installed for webstart
2355             launch</li>
2356           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2357             job execution in full once it is complete</li>
2358           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2359             uploaded via ali_file parameter</li>
2360           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2361           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2362           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2363             submitted for prediction</li>
2364           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2365             desktop window</li>
2366           <li>Putting fractional value into integer text box in
2367             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2368           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2369             windows 7</li>
2370           <li>View all structures fails with exception shown in
2371             structure view</li>
2372           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2373             escaped in a platform independent way</li>
2374           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2375             using proxy</li>
2376           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2377             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2378           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2379             failure when java web start temporary file caching is
2380             disabled</li>
2381           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2382             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2383           <li>Errors during processing of command line arguments
2384             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2385           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2386             DAS sources in sequence fetcher</li>
2387           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2388             dialog is shown</li>
2389           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2390           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2391           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2392           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2393             on OSX Mountain Lion</li>
2394           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2395             sequences with alignment annotation are pasted into the
2396             alignment</li>
2397           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2398             when loaded from Jalview project</li>
2399           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2400           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2401             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2402           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2403             associated with all views</li>
2404           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2405             annotation rows to new window</li>
2406         </ul> <em>Applet</em>
2407         <ul>
2408           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2409             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2410           <li>loading features via javascript API automatically
2411             enables feature display</li>
2412           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2413             work</li>
2414         </ul> <em>General</em>
2415         <ul>
2416           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2417           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2418             and then deselected</li>
2419           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2420           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2421             coloured with clustalx</li>
2422           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2423             exceptions and redraw errors</li>
2424           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2425             reconfigured view</li>
2426           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2427             colour</li>
2428           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2429             for lots of labels</li>
2430         </ul>
2431     </tr>
2432     <tr>
2433       <td>
2434         <div align="center">
2435           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2436         </div>
2437       </td>
2438       <td><em>Application</em>
2439         <ul>
2440           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2441           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2442           <li>View/alignment association menu to enable user to
2443             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2444             its colours/correspondences from</li>
2445           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2446           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2447             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2448           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2449           <li>Annotation row column label formatting attributes
2450             stored in project file</li>
2451           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2452             rows preserved in Jalview project file</li>
2453           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2454             saved using Desktop window menu</li>
2455           <li>Visual indication that command line arguments are
2456             still being processed</li>
2457           <li>Groovy script execution from URL</li>
2458           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2459             preferences</li>
2460           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2461             alignment with sequences that have high similarity and
2462             matching IDs</li>
2463           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2464           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2465             structures in same window</li>
2466           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2467           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2468             analysis function in its own submenu</li>
2469         </ul> <em>Applet</em>
2470         <ul>
2471           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2472             groups</li>
2473           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2474           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2475           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2476           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2477           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2478             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2479           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2480           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2481             parameters are treated as such</li>
2482           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2483             <ul>
2484               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2485               <li>Javascript callbacks for
2486                 <ul>
2487                   <li>Applet initialisation</li>
2488                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2489                 </ul>
2490               </li>
2491               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2492                 functions</li>
2493               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2494               <li>javascript structure viewer harness to pass
2495                 messages between Jmol and Jalview when running as
2496                 distinct applets</li>
2497               <li>sortBy method</li>
2498               <li>Set of applet and application examples shipped
2499                 with documentation</li>
2500               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2501                 javascript message exchange</li>
2502             </ul>
2503         </ul> <em>General</em>
2504         <ul>
2505           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2506             multiple alignments</li>
2507           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2508           <li>User configurable link to enable redirects to a
2509             www.Jalview.org mirror</li>
2510           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2511           <li>Configurable newline string when writing alignment
2512             and other flat files</li>
2513           <li>Allow alignment annotation description lines to
2514             contain html tags</li>
2515         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2516         <ul>
2517           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2518             examples</li>
2519           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2520             using a web service before displaying the result in the
2521             Jalview desktop</li>
2522           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2523           <li>Ant target to publish example html files with applet
2524             archive</li>
2525           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2526           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2527         </ul></td>
2528       <td><em>Application</em>
2529         <ul>
2530           <li>User defined colourscheme throws exception when
2531             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2532           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2533             dialog for valid filename/format</li>
2534           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2535           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2536             P37173</li>
2537           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2538             which sequence is to be associated with the file</li>
2539           <li>Find All raises null pointer exception when query
2540             only matches sequence IDs</li>
2541           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2542           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2543             2.4 cannot be loaded</li>
2544           <li>Filetype associations not installed for webstart
2545             launch</li>
2546           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2547             with sequences in different alignments do not get coloured
2548             by their associated sequence</li>
2549           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2550             not preserved when project is loaded</li>
2551           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2552             stored in Jalview project</li>
2553           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2554             Jalview project</li>
2555           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2556           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2557             by conservation</li>
2558           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2559             created on new view</li>
2560           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2561             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2562           <li>Alignment quality not updated after alignment
2563             annotation row is hidden then shown</li>
2564           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2565             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2566           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2567             properly</li>
2568           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2569             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2570           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2571           <li>Structures imported from file and saved in project
2572             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2573           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2574             job execution in full once it is complete</li>
2575         </ul> <em>Applet</em>
2576         <ul>
2577           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2578             annotation rows are displayed</li>
2579           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2580             codebase</li>
2581           <li>View follows highlighting does not work for positions
2582             in sequences</li>
2583           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2584           <li>Export features raises exception when no features
2585             exist</li>
2586           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2587             for javascript api is modified when separator string
2588             provided as parameter</li>
2589           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2590             alignment with no existing selection</li>
2591           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2592             to applet&#39;s codebase</li>
2593           <li>Status bar not updated after finished searching and
2594             search wraps around to first result</li>
2595           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2596             several Jalview applets causes race conditions and memory
2597             leaks</li>
2598           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2599             not sent from Jmol in applet</li>
2600           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2601             applet API fatally hang browser</li>
2602         </ul> <em>General</em>
2603         <ul>
2604           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2605             position with wrapped view and hidden regions</li>
2606           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2607             with/without hidden columns</li>
2608           <li>Sequence length given in alignment properties window
2609             is off by 1</li>
2610           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2611             import PDB like structure files</li>
2612           <li>Positional search results are only highlighted
2613             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2614           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2615           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2616             given sequence position</li>
2617           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2618             output</li>
2619           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2620             from nucleotide chains correctly</li>
2621           <li>Structure colours not updated when tree partition
2622             changed in alignment</li>
2623           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2624             parsed in interleaved stockholm</li>
2625           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2626             state</li>
2627           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2628             properly</li>
2629           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2630             properly associated with their pdb files</li>
2631         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2632         <ul>
2633           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2634             ApplyCopyright tool</li>
2635         </ul></td>
2636     </tr>
2637     <tr>
2638       <td>
2639         <div align="center">
2640           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2641         </div>
2642       </td>
2643       <td><em>Application</em>
2644         <ul>
2645           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2646             contact web services</li>
2647           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2648             service job window</li>
2649           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2650         </ul></td>
2651       <td>
2652         <ul>
2653           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2654             pir file emitted by Jalview</li>
2655           <li>Existing feature settings transferred to new
2656             alignment view created from cut'n'paste</li>
2657           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2658             parsing PDB files</li>
2659           <li>Consensus and conservation annotation rows
2660             occasionally become blank for all new windows</li>
2661           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2662             in wrapped view mode</li>
2663         </ul> <em>Application</em>
2664         <ul>
2665           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2666             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2667           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2668             parameter names</li>
2669           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2670             is down</li>
2671         </ul>
2672       </td>
2673     </tr>
2674     <tr>
2675       <td>
2676         <div align="center">
2677           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2678         </div>
2679       </td>
2680       <td><em>Application</em>
2681         <ul>
2682           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2683             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2684             (JABAWS)
2685           </li>
2686           <li>Web Services preference tab</li>
2687           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2688             preferences</li>
2689           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2690           <li>Superpose structures using associated sequence
2691             alignment</li>
2692           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2693             viewer</li>
2694         </ul> <em>Applet</em>
2695         <ul>
2696           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2697             link out mechanism</li>
2698         </ul> <em>Other</em>
2699         <ul>
2700           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2701             series 12</li>
2702           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2703             require Java 1.5</li>
2704           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2705             sequence annotation files</li>
2706           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2707             type colour specification</li>
2708           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2709             script to check if it being run in an interactive session or
2710             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2711         </ul></td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2715             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2716         </ul> <em>Application</em>
2717         <ul>
2718           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2719             selected Regions menu item</li>
2720           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2721             part of a valid accession ID</li>
2722           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2723             runs out of memory</li>
2724           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2725             analysis results</li>
2726           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2727             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2728           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2729         </ul> <em>Applet</em>
2730         <ul>
2731           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2732             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2733             defined.</li>
2734         </ul>
2735       </td>
2736     </tr>
2737     <tr>
2738       <td>
2739         <div align="center">
2740           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2741         </div>
2742       </td>
2743       <td></td>
2744       <td>
2745         <ul>
2746           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2747             sequence IDs</li>
2748           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2749             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2750           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2751             import correctly</li>
2752           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2753             number of columns are hidden</li>
2754           <li>annotation label popup menu not providing correct
2755             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2756             present</li>
2757           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2758             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2759           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2760             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2761
2762         </ul> <em>Applet</em>
2763         <ul>
2764           <li>annotation panel disappears when annotation is
2765             hidden/removed</li>
2766         </ul> <em>Application</em>
2767         <ul>
2768           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2769             alignment opened where annotation panel is visible but no
2770             annotations are present on alignment</li>
2771           <li>pasted region containing hidden columns is
2772             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2773           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2774             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2775           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2776             selected Rregions menu item.</li>
2777           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2778             'Un' or 'Non'conserved</li>
2779           <li>Sequence feature settings are being shared by
2780             multiple distinct alignments</li>
2781           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2782             changed</li>
2783           <li>double click on group annotation to select sequences
2784             does not propagate to associated trees</li>
2785           <li>Mac OSX specific issues:
2786             <ul>
2787               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2788                 window background</li>
2789               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2790                 name set correctly</li>
2791               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2792                 save feature colourscheme button</li>
2793             </ul>
2794           </li>
2795         </ul>
2796       </td>
2797     </tr>
2798     <tr>
2799
2800       <td>
2801         <div align="center">
2802           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2803         </div>
2804       </td>
2805       <td><em>New Capabilities</em>
2806         <ul>
2807           <li>URL links generated from description line for
2808             regular-expression based URL links (applet and application)
2809
2810           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2811             menu</li>
2812           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2813             structures</li>
2814           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2815             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2816           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2817             average score or total feature count for each sequence.</li>
2818           <li>Shading features by score or associated description</li>
2819           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2820             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2821           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2822             hide everything but the currently selected region.</li>
2823           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2824         </ul> <em>Application</em>
2825         <ul>
2826           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2827             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2828           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2829             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2830           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2831             database references and protein_name is parsed as
2832             description line (BioSapiens terms).</li>
2833           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2834             references in sequence ID tooltip from View menu in
2835             application.</li>
2836           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2837       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2838           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2839             conservation plots</li>
2840           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2841             and visualized as sequence logos</li>
2842           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2843             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2844           </li>
2845           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2846             when a new tree is opened.</li>
2847           <li>Jalview Java Console</li>
2848           <li>Better placement of desktop window when moving
2849             between different screens.</li>
2850           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2851             consensus annotation</li>
2852           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2853             Workflows</li>
2854           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2855             <ul>
2856               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2857                 used to preserve views, structures, and tree display
2858                 settings)</li>
2859               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2860                 command line</li>
2861               <li>Sharing of selected regions between views and
2862                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2863               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2864             </ul></li>
2865         </ul> <em>Applet</em>
2866         <ul>
2867           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2868           <li>New Parameters
2869             <ul>
2870               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2871                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2872                 opened.</li>
2873               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2874                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2875               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2876                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2877               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2878                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2879                 view</li>
2880               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2881                 increase the height or width of a cell in the alignment
2882                 grid relative to the current font size.</li>
2883             </ul>
2884           </li>
2885           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2886             tooltip</li>
2887         </ul> <em>Other</em>
2888         <ul>
2889           <li>Features format: graduated colour definitions and
2890             specification of feature scores</li>
2891           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2892             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2893             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2894           <li>XML formats extended to support graduated feature
2895             colourschemes, group associated annotation, and profile
2896             visualization settings.</li></td>
2897       <td>
2898         <ul>
2899           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2900             rather than description</li>
2901           <li>Non-positional features are now included in sequence
2902             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2903             visibility in tooltip).</li>
2904           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2905           <li>Added URL embedding instructions to features file
2906             documentation.</li>
2907           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2908             'X' in peptide product</li>
2909           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2910             sequence ID and sequence string and query strings do not
2911             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2912           <li>AMSA files only contain first column of
2913             multi-character column annotation labels</li>
2914           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2915             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2916             exported and re-imported)</li>
2917           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2918             name</li>
2919           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2920             as subsequence matches, and correctly reports total number
2921             of both.</li>
2922           <li>Application:
2923             <ul>
2924               <li>Better handling of exceptions during sequence
2925                 retrieval</li>
2926               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2927                 link text excludes the start_end suffix</li>
2928               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2929                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2930               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2931               <li>Sequence description lines properly shared via
2932                 VAMSAS</li>
2933               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2934                 data sources</li>
2935               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2936                 completes before alignment figures are generated.</li>
2937               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2938                 first time.</li>
2939               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2940                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2941               <li>User defined group colours properly recovered
2942                 from Jalview projects.</li>
2943             </ul>
2944           </li>
2945         </ul>
2946       </td>
2947
2948     </tr>
2949     <tr>
2950       <td>
2951         <div align="center">
2952           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2953         </div>
2954       </td>
2955       <td>
2956         <ul>
2957           <li>Experimental support for google analytics usage
2958             tracking.</li>
2959           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2960         </ul>
2961       </td>
2962       <td>
2963         <ul>
2964           <li>Race condition in applet preventing startup in
2965             jre1.6.0u12+.</li>
2966           <li>Exception when feature created from selection beyond
2967             length of sequence.</li>
2968           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2969           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2970             all sequences with a given id</li>
2971           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2972             ID string searches</li>
2973           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2974             alignment to fail with exception</li>
2975         </ul> <em>Application Issues</em>
2976         <ul>
2977           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2978           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2979             data sources</li>
2980         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2981         <ul>
2982           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2983             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2984           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2985             version (java class versioning error fixed)</li>
2986         </ul>
2987       </td>
2988     </tr>
2989     <tr>
2990       <td>
2991
2992         <div align="center">
2993           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2994         </div>
2995       </td>
2996       <td><em>User Interface</em>
2997         <ul>
2998           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2999             translation and protein products</li>
3000           <li>Linked highlighting of structure associated with
3001             residue mapping to codon position</li>
3002           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3003             and 'clear' button</li>
3004           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3005             Tools menu</li>
3006           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3007             numeric data in description line</li>
3008           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3009           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3010             of sequence</li>
3011         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3012         <ul>
3013           <li>JPred3 web service</li>
3014           <li>Prototype sequence search client (no public services
3015             available yet)</li>
3016           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3017             PFAM</li>
3018           <li>URL Links created for matching database cross
3019             references as well as sequence ID</li>
3020           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3021         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3022         <ul>
3023           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3024             databases</li>
3025           <li>Generalised database reference retrieval and
3026             validation to all fetchable databases</li>
3027           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3028             sequence command</li>
3029         </ul> <em>Import and Export</em>
3030         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3031         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3032           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3033         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3034           File</li>
3035         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3036           triplet as name of colourscheme</li>
3037         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3038         <ul>
3039           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3040           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3041             alignments (experimental)</li>
3042           <li>Create new or select existing session to join</li>
3043           <li>load and save of vamsas documents</li>
3044         </ul> <em>Application command line</em>
3045         <ul>
3046           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3047             from applet)</li>
3048           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3049             of DAS servers to query for alignment features</li>
3050           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3051             that are also automatically queried for features</li>
3052           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3053             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3054         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3055         <ul>
3056           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3057             application (when using &quot;View in full
3058             application&quot;)</li>
3059         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3060         <ul>
3061           <li>feature group display control parameter</li>
3062           <li>debug parameter</li>
3063           <li>showbutton parameter</li>
3064         </ul> <em>Applet API methods</em>
3065         <ul>
3066           <li>newView public method</li>
3067           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3068           <li>Feature display control methods</li>
3069           <li>get list of currently selected sequences</li>
3070         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3071         <ul>
3072           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3073           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3074             Jalview release.</li>
3075           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3076             property controls execution of obfuscator</li>
3077           <li>Build target for generating source distribution</li>
3078           <li>Debug flag for javacc</li>
3079           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3080             jalview.bin.Cache</li>
3081           <li>Continuous Build Integration for stable and
3082             development version of Application, Applet and source
3083             distribution</li>
3084         </ul></td>
3085       <td>
3086         <ul>
3087           <li>selected region output includes visible annotations
3088             (for certain formats)</li>
3089           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3090             for editing</li>
3091           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3092           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3093           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3094           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3095             comments</li>
3096           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3097             filenames containing a ':'</li>
3098           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3099             global sequence features</li>
3100           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3101             references from alignment sequences goes to zero</li>
3102           <li>Close of tree branch colour box without colour
3103             selection causes cascading exceptions</li>
3104           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3105           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3106             file parsing fails.</li>
3107           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3108           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3109             not a valid output format</li>
3110           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3111             vamsas</li>
3112           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3113           <li>error messages passed up and output when data read
3114             fails</li>
3115           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3116             sequence is edited</li>
3117           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3118             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3119           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3120             filetype</li>
3121           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3122             import fixed for PFAM records</li>
3123           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3124             window list</li>
3125           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3126             can be read and written correctly to annotation file</li>
3127           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3128             correctly</li>
3129           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3130             non-italic font for representatives in Applet</li>
3131           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3132             Macs.</li>
3133           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3134             Applet)</li>
3135           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3136             due to null pointer exceptions</li>
3137           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3138             first column of alignment</li>
3139           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3140             July 2008</li>
3141           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3142             file is case-insensitive</li>
3143           <li>Sequence features read from Features file appended to
3144             all sequences with matching IDs</li>
3145           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3146             containing a sub-sequence</li>
3147           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3148           <li>feature and annotation file applet parameters
3149             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3150           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3151           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3152             splash-screen version check to complete</li>
3153           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3154             when passing them to the launchApp service</li>
3155           <li>display name and local features preserved in results
3156             retrieved from web service</li>
3157           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3158             sequence fetcher initialisation</li>
3159           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3160             dasobert DAS client</li>
3161           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3162             association</li>
3163           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3164             sequences
3165           </li>
3166         </ul>
3167       </td>
3168     </tr>
3169     <tr>
3170       <td>
3171         <div align="center">
3172           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3173         </div>
3174       </td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3178           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3179           <li>Slide sequences</li>
3180           <li>Edit sequence in place</li>
3181           <li>EMBL CDS features</li>
3182           <li>DAS Feature mapping</li>
3183           <li>Feature ordering</li>
3184           <li>Alignment Properties</li>
3185           <li>Annotation Scores</li>
3186           <li>Sort by scores</li>
3187           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3188         </ul>
3189       </td>
3190       <td>
3191         <ul>
3192           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3193           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3194           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3195           <li>Feature group display state in XML</li>
3196           <li>Feature ordering in XML</li>
3197           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3198           <li>Stockholm alignment properties</li>
3199           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3200           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3201           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3202           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3203         </ul>
3204       </td>
3205
3206     </tr>
3207     <tr>
3208       <td>
3209         <div align="center">
3210           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3211         </div>
3212       </td>
3213       <td>
3214         <ul>
3215           <li>Non standard characters can be read and displayed
3216           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3217             applet via textbox
3218           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3219             name &amp; description
3220           <li>Preference setting to display sequence name in
3221             italics
3222           <li>Annotation file format extended to allow
3223             Sequence_groups to be defined
3224           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3225             specified in preferences
3226           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3227             sequences
3228         </ul>
3229       </td>
3230       <td>
3231         <ul>
3232           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3233             installed
3234           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3235           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3236         </ul>
3237       </td>
3238     </tr>
3239     <tr>
3240       <td>
3241         <div align="center">
3242           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3243         </div>
3244       </td>
3245       <td>
3246         <ul>
3247           <li>Multiple views on alignment
3248           <li>Sequence feature editing
3249           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3250           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3251           <li>Background dependent text colour
3252           <li>Right align sequence ids
3253           <li>User-defined lower case residue colours
3254           <li>Format Menu
3255           <li>Select Menu
3256           <li>Menu item accelerator keys
3257           <li>Control-V pastes to current alignment
3258           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3259           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3260           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3261
3262           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3263         </ul>
3264       </td>
3265       <td>
3266         <ul>
3267           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3268           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3269             calculations
3270           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3271             edits
3272           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3273             of alignment)
3274           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3275
3276           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3277             display correctly
3278           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3279           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3280             analysis results
3281           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3282             &#8739;
3283           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3284           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3285           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3286
3287         </ul>
3288       </td>
3289     </tr>
3290     <tr>
3291       <td>
3292         <div align="center">
3293           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3294         </div>
3295       </td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301       <td>
3302         <ul>
3303           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3304             sequence id panel has been resized</li>
3305           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3306             rendered</li>
3307           <li>Annotation files with sequence references - all
3308             elements in file are relative to sequence position</li>
3309           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3310         </ul>
3311       </td>
3312     </tr>
3313     <tr>
3314       <td>
3315         <div align="center">
3316           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3317         </div>
3318       </td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3322           <li>DAS Feature fetching</li>
3323           <li>Hide sequences and columns</li>
3324           <li>Export Annotations and Features</li>
3325           <li>GFF file reading / writing</li>
3326           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3327             files</li>
3328           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3329           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3330           <li>Applet can launch the full application</li>
3331           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3332             required)</li>
3333           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3334           <li>Applet can load sequences from parameter
3335             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3336           </li>
3337         </ul>
3338       </td>
3339       <td>
3340         <ul>
3341           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3342           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3343           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3344         </ul>
3345       </td>
3346     </tr>
3347     <tr>
3348       <td>
3349         <div align="center">
3350           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3351         </div>
3352       </td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3356           <li>Choose to match case when searching</li>
3357           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3358             expand the visible width and height of the alignment</li>
3359         </ul>
3360       </td>
3361       <td>
3362         <ul>
3363           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3364         </ul>
3365       </td>
3366     </tr>
3367     <tr>
3368       <td>
3369         <div align="center">
3370           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3371         </div>
3372       </td>
3373       <td>&nbsp;</td>
3374       <td>
3375         <ul>
3376           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3377           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3378             value</li>
3379         </ul>
3380       </td>
3381     </tr>
3382     <tr>
3383       <td>
3384         <div align="center">
3385           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3386         </div>
3387       </td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3391           <li>Keyboard editing</li>
3392           <li>Create sequence features from searches</li>
3393           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3394             alignments</li>
3395           <li>Features file allows grouping of features</li>
3396           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3397           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3398           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401       <td>
3402         <ul>
3403           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3404           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3405             descriptions saved.</li>
3406         </ul>
3407       </td>
3408     </tr>
3409     <tr>
3410       <td>
3411         <div align="center">
3412           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3413         </div>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3418           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3419           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3420             name for file output</li>
3421           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3422           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3423             used for HTML form input</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>HTML output writes groups and features</li>
3429           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3430           <li>File IO bugs</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433     </tr>
3434     <tr>
3435       <td>
3436         <div align="center">
3437           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3438         </div>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3443           <li>More options for PCA viewer</li>
3444         </ul>
3445       </td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>GUI bugs resolved</li>
3449           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3450         </ul>
3451       </td>
3452     </tr>
3453     <tr>
3454       <td height="63">
3455         <div align="center">
3456           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3457         </div>
3458       </td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3462           <li>Jar files are executable</li>
3463           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3464         </ul>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3469           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3470           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473     </tr>
3474     <tr>
3475       <td>
3476         <div align="center">
3477           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3478         </div>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3483         </ul>
3484       </td>
3485       <td>
3486         <ul>
3487           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3488         </ul>
3489       </td>
3490     </tr>
3491     <tr>
3492       <td>
3493         <div align="center">
3494           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3495         </div>
3496       </td>
3497       <td>
3498         <ul>
3499           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3500             size</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Improved JPred client reliability</li>
3506           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3507         </ul>
3508       </td>
3509     </tr>
3510     <tr>
3511       <td>
3512         <div align="center">
3513           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3514         </div>
3515       </td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3519           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3520           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3521             to Colour Menu</li>
3522           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3523           <li>Unix users can set default web browser</li>
3524           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3525           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528       <td>
3529         <ul>
3530           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533     </tr>
3534     <tr>
3535       <td>
3536         <div align="center">
3537           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3538         </div>
3539       </td>
3540       <td>&nbsp;</td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3544             alignment order.</li>
3545         </ul>
3546       </td>
3547     </tr>
3548     <tr>
3549       <td>
3550         <div align="center">
3551           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3552         </div>
3553       </td>
3554       <td>
3555         <ul>
3556           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3557           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3558           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3559             annotations.</li>
3560           <li>Version and build date written to build properties
3561             file.</li>
3562           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3563             at launch of Jalview.</li>
3564         </ul>
3565       </td>
3566       <td>
3567         <ul>
3568           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3569           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3570           <li>Can remove groups one by one.</li>
3571           <li>Filechooser icons installed.</li>
3572           <li>Finder ignores return character when searching.
3573             Return key will initiate a search.<br>
3574           </li>
3575         </ul>
3576       </td>
3577     </tr>
3578     <tr>
3579       <td>
3580         <div align="center">
3581           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3582         </div>
3583       </td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>New codebase</li>
3587         </ul>
3588       </td>
3589       <td>&nbsp;</td>
3590     </tr>
3591   </table>
3592   <p>&nbsp;</p>
3593 </body>
3594 </html>